3N9R | Genus

Total Genus 109

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	109
sequence length	307
structure length	297
Chain Sequence	MLVKGNEILLKAHKEGYGVGAFNFVNFEMLNAIFEAGNEENSPLFIQASEGAIKYMGIDMAVGMVKIMCERYPHIPVALHLDHGTTFESCEKAVKAGFTSVMIDASHHAFEENLELTSKVVKMAHNAGVSVEAELGRLMGIAVLVNPKEAEQFVKESQVDYLAPAIGTSHGAFKFKGEPKLDFERLQEVKRLTNIPLVLHGASAIPDNVRKSYLDAGGDLKGSKGVPFEFLQESVKGGINKVNTDTDLRIAFIAEVRKVANEDKSQFDLRKFFSPAQLALKNVVKERMKLLGSANKI

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase
source organism	Helicobacter pylori
publication title	Rational Design, Synthesis, and Evaluation of New Selective Inhibitors of Microbial Class II (Zinc Dependent) Fructose Bis-phosphate Aldolases. pubmed doi rcsb
molecule keywords	Fructose-bisphosphate aldolase
total genus	109
structure length	297
sequence length	307
chains with identical sequence	B, K, P, U, Z, e, j
ec nomenclature	ec 4.1.2.13: Fructose-bisphosphate aldolase.
pdb deposition date	2010-05-31

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF01116	F_bP_aldolase	Fructose-bisphosphate aldolase class-II

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	3n9rA00

1KW1A 1YADA 3C0JA 3QRHA 1TMHA 1FDZA 1VC4A 2Q3RA 1TQXA 1VZWA 1HL2A 5I3JA 1ZAHA 4FNTA 4YWIA 2BWGA 2CLHA 2YW3A 4O8RA 3EXSA 4O57A 1KM5A 2JKEA 3MP5A 3GVGA 3C2FA 3CWNA 4TR9A 2V2DA 1QMLA 2Y7GA 4RJEA 3INPA 1LLWA 3PS7A 1QPNA 4FNSA 3MI3A 2ZYFA 3JS3A 2JBMA 3HG3A 4JY8A 1NFBA 4LT9A 3P81A 4EF9A 3V1PA 2ZTKA 4K7VA 1LRNA 3G0SA 1EUNA 1G4TA 1LYXA 3DFPA 1XFBA 3TW7A 2WV8A 4JTIA 4AMAA 3TJLA 4MYXA 3KRZA 1W56A 3VKJA 5K9CA 1B4EA 2CFFA 3MYPA 2CLIA 2NWSA 3L0KA 5D33A 2DJLA 2QF7A 1BEUA 4GXMA 2O7QA 3NL6A 1KBJA 3SZ8A 1FCBA 1JQXA 1U5JA 4LV4A 2TSYA 3LM7A 5F2GA 1OFPA 1TSIA 4FNQA 3GX9A 1PL9A 3HPSA 3BPWA 4YCPA 1SW0A 3M6YA 5BMWA 1UUMA 1JVNA 3MBFA 1JCMP 1HO1A 2X1RA 3L67A 1FXQA 3BGGA 2CLMA 3UXDA 3KVLA 3LXBA 2EHHA 3HF3A 5DLCA 3GDLA 2RFGA 5HWNA 1L6YA 2NV2A 4IQLA 1W5OA 1K8ZA 1WV2A 3P62A 2PRLA 2ZA3A 4DBEA 4EIVA 3NL3A 2OCZA 3HGRA 1RZMA 4O50A 1ZNNA 3WJXA 3IVTA 3C2EA 3UNDA 3BK0A 1MZHA 4HPXA 3HGJA 3PUOA 4W9TA 3I7RA 2RH9A 4IPIA 4IX2A 3QMSA 2C13A 1GVQA 4JTUA 2HS6A 4K7YA 1AL8A 1H1ZA 4CQ9A 3LCGA 2YGYA 4OGZA 3LCXA 1J2WA 1G4EA 1HTIA 3R12A 1VCVA 3DKLA 1H7XA 4TIMA 3WJWA 5I3HA 1A5CA 3L5AA 4K36A 3T78A 3OVRA 1G4SA 5D30A 2DU2A 3FLUA 5AYXA 1M7OA 4Y8FA 5CZTA 1F73A 4JTJA 3W74A 1B57A 1LBLA 3STEA 1DJNA 3KVJA 4R53A 3LTSA 2G96A 3GLCA 3L0NA 4LS0A 4AF0B 4FX6M 2VFHA 3NXFA 5C54A 5AN7A 2Y6ZA 2A2IA 3NM3A 3TJXA 4RV8A 4CNPA 5D02A 5K4ZA 3RLVA 1YYAA 2ZRYA 5FEZA 3TC6A 3WK3A 3N3MA 4AXKA 2ZZ3A 3LCLA 3DI0A 4LV9A 4IMFA 3W7RA 4MY9A 3W7CA 3KFTA 5AHEA 4I7UA 1GVRA 4O11A 3C2RA 2CLLA 5TIMA 2Q3OA 2V8ZA 1FDJA 1OF8A 2B7NA 4JTKA 3IGSA 3W3OA 2AAMA 2CZ5A 4DO4A 4JXCA 4P61A 4JDBA 5K4XA 4MZ8A 1F76A 5D03A 3GR7A 3W2UA 4M19A 3IRDA 1NEYA 3JRKA 3N2MA 3PBUA 1RQEA 2E6FA 3C61A 4WY0F 4EOUA 1TIMA 3ATZA 3BVJA 3QFEA 1H51A 4A3UA 1G7VA 4QM1A 3I65A 5KZMA 3IIZA 2ISSA 2V30A 4S2CA 4BR1A 1W5MA 3W85A 4ADSA 2Y62A 5D2WA 4MJMA 1QOQA 2A21A 3U2OA 4HSOA 4ORMA 3SGZA 2A7PA 1UBSA 3GIYA 3DHDA 4O19A 3LB0A 3BW3A 3CPRA 3U8GA 3M43A 2C6QA 3DFQA 3EWUA 1VR6A 3C3NA 4AEOA 2PURA 4RXGA 2VEMA 1TB3A 3BG3A 2PE4A 4N02A 5KSWA 1ONRA 4AVFA 4JTEA 2TRSA 1KLZA 4ONVA 2LLEA 3CM4A 4I7WA 4WY0B 2E68A 5CZSA 4UMCA 3TUUA 1QNVA 1SQ7A 3KRUA 1GTHA 1YXYA 3LOTA 3LRLA 3W1RA 5E93A 4O12A 1BKSA 3T44A 4DF0A 2PCQA 3LI1A 3S42A 1LROA 2FPTA 1XBYA 1Z41A 3EB2A 4TO8A 4UMBA 4HKPA 3ZS4A 1R30A 3W7QA 2WSRA 1WOAA 4FNUA 4M6PA 1TTPA 1LRTA 1ALDA 3HQ1A 1I2PA 5H2ZA 2JGQA 1JULA 4MZ1A 1DOSA 4IMCA 1HUVA 1ICPA 3GXPA 3LI0A 4CQAA 4OBTA 3F4NA 3E12A 1MEWA 1I45A 3W7PA 4GNJA 2QJIA 2Y7DA 3BW4A 4O1DA 4UNKA 4CNOA 1LTDA 1AK5A 4Z1BA 3RNDA 1PHWA 3PB0A 1F6PA 1O4UA 3C6CA 4M7TA 1H63A 4JS3A 4LC6A 4RK8A 2OX1A 3W1LA 2VFGA 1RQBA 4Z1DA 4RXFA 5GVJA 3W7GA 1TYGA 1GG0A 4NQ1A 3GR8A 3NQDA 2VXNA 5FEXA 3W75A 1O95A 5G4EA 3S5OA 3MJYA 2WKJA 5DXYA 1LZOA 1NVMA 4Q32A 2X1TA 3B04A 4FX8A 2Y88A 1F5ZA 1X6UA 2R91A 4N6EA 2YDAA 5LNWA 5LSMA 2QJGA 5I3GA 3R13A 5BRBA 4UFKA 2Q8ZA 3TH6A 1BTMA 1ZY9A 3UWWA 2NXGA 3G3DA 4FF7A 3MP4A 1PIIA 4N9BA 4XKYA 3C2VA 3TSMA 3CEUA 2I14A 5A5WA 5LNVA 1GEQA 3A23A 3EXTA 3MUXA 3R8RA 5DBTA 1TTQA 1N55A 4OV4A 2R14A 2NLIA 3SR7A 3W72A 4IMDA 3KXQA 2IQTA 1GVOA 2GVGA 3LHYA 2QCFA 1WQ5A 1THFD 4ZVJA 1VCFA 5AB3A 3IIOA 4XTIA 1SSGA 2YR1A 4O10A 1ME7A 1TPC1 5D38A 1H7NA 2QCCA 2NZLA 1UJPA 1YTEA 3FKRA 2R8WA 4IOTA 1H7OA 4KFPA 2I9EA 1X1ZA 3MO7A 1AW5A 1PS9A 3M5ZA 4NJGA 4UXDA 1FCVA 3NPXA 1JQVA 5IBXA 5KZEA 3V75A 5EKYA 4NNCA 5K9DA 3NEVA 4WJEA 3GXTA 4MZYA 3ABOA 3SW6A 4AAJA 4ZQCA 3TCEA 1SZFA 3BW2A 3LCFA 4DF1A 1W3IA 2VEPA 1FCQA 1GZGA 3P61A 2B7QA 3NNTA 1ZJIA 5CZ0A 1W37A 3QPZA 3VCRA 4C1LA 1K7EA 1GVFA 2VELA 1KM6A 1FWRA 1ZALA 5SWUA 5HR6A 3EWYA 4MOZA 3QQ1A 4P2VA 1W5QA 1T96A 1KFCA 4N2YA 3PR2A 1YTKA 1P0NA 3S1XA 2Y7EA 1GPWA 2WSYA 4IMGA 3W2JA 2GQ9A 3DFSA 5AHIA 2ZRUA 2ABBA 3VE7A 3PSWA 2BX7A 5HQEA 3G1AA 4K8EA 5CPLA 3MI6A 4N4QA 3M9YA 4N9EA 4JGDA 4LS2A 4MIMA 3WK1A 3G8EA 4PL2A 5LGXA 5EBUA 1T0OA 2VKZG 1M5WA 5MHBA 1ME9A 1TV8A 3HB9A 4QQ3A 4O18A 1XBXA 1KFEA 1KV5A 4Q4KA 5CPNA 1FQ0A 4JYDA 3VI2A 4QNWA 1TPB1 4OE7A 5EYWA 3OBKA 2WSQA 4ORIA 4WQ6A 1VHCA 2DZVA 3CC1A 2A1YA 3CEPA 1F74A 2ZA1A 3VFLA 2RDWA 1J4EA 2D73A 3A22A 5C55A 1RQHA 4C1KA 1OYAA 2NX3A 4FHAA 5HWJA 2ZZ4A 3UWVA 4G1KA 5EL1A 1OG0A 1IXNA 3SECA 4X22A 3IVUA 3SGUA 3W22A 3QYQA 3PBWA 1KM1A 4NNAA 2BZNA 1S5WA 1W5NA 4TU1A 3KVMA 2ZDRA 4UTMA 1RPXA 2V2CA 1OX4B 3SY5A 5F4XA 1AMKA 2Z1BA 4HNTA 3T7VA 3LHVA 3TR2A 2X2GA 4DPPA 3N19B 1PCKA 2VFFA 3L66A 1ZAIA 3IGXA 2E5BA 4JIQA 1XUUA 1F05A 3M44A 5I3KA 3UWYA 4YLWA 2H3DA 3LRMA 1I2NA 4O0ZA 3BARA 3MBDA 1WA3A 3FYPA 3U6WA 1IIGA 2ZTJA 5F2MA 3QPYA 1B4KA 1XC4A 3MHFA 3NQCA 3W1MA 2CLKA 3FJLA 4AB4A 1OFBA 4XUGA 1TCDA 3CU2A 1W31A 2GUUA 1QPRA 1CW2A 3MP3A 4NZFA 1JCYA 4NT0A 5LKYA 4NVTA 1A5AA 1YLVA 1KTBA 3HO8A 4NX0A 2A4AA 2WOQA 3O6YX 1Q6OA 1XKYA 4LC8A 1R47A 2FB3A 4JTHA 5AYZA 3SI9A 5D2TA 3DENA 5D37A 3W2LA 3GDMA 3O6DA 5HUPA 2QCDA 2V2HA 1W0MA 3LCIA 1KM3A 2NX1A 4JR5A 3P8IA 1OFDA 3FOKA 1TQJA 2G95A 1WBHA 3LLDA 3GDRA 3EX1A 5HNRA 4PFMA 5DY3A 3PUEA 3H54A 3ZR4A 2Z6IA 1K3UA 4CQ8A 5BMXA 4O16A 3G0UA 3MYOA 3Q37A 4WX2A 4D2JA 3W1XA 3W2KA 3DKJA 2YYUA 5IBXC 4I9AA 5LGZA 3H53A 2RHGA 1SW7A 3PSVA 3CLMA 4FXRA 3W2NA 4JYEA 1JCXA 3FA5A 5DY2A 2V5BA 1FWNA 3W1UA 3G18A 4JTLA 4MLJA 4OT7A 4WD0A 5HMSA 2NUWA 2X1SA 3DHFA 3QMTA 3TE9A 4MFDA 1R2TA 5LNSA 2GJNA 3W6YA 3AJXA 3Q94A 4LVAA 3TU9A 1E51A 3QSTA 3E49A 3NPWA 3P5YA 5BNKA 1O5XA 2ZCGA 4PEKA 3EWWA 3VNDA 4N4PA 4GUFA 1LOQA 2CU0A 5LZLA 4Y96A 1SZNA 3F4WA 2ISVA 2CLEA 5G4WA 1C29A 2A7NA 5AHNA 5DELA 1FXPA 5KINA 2E77A 2DZWA 3NL2A 4R33A 3RMJA 3W84A 2PRMA 4DO6A 3BLEA 1EX5A 1SFLA 1A50A 3JR2A 1L6WA 1QFEA 2ZRXA 1SR9A 3O05A 3W88A 3HGOA 3TKFA 3E02A 4NX5A 1IF2A 2QR6A 2F7FA 4BF9A 2BXVA 1TPUA 4BI7A 2ZQ0A 4R7JA 5HJLA 3KRSA 3MHUA 3NGJA 1DJQA 3NQFA 1OYCA 4UUIA 6TIMA 5KMYA 4BI6A 1L9WA 2CW6A 4CNNA 1RV8A 3CTLA 3KAOA 5F1UA 5FF3A 3UY8A 3EXRA 3R89A 2P10A 3TQ0A 3ABSA 5FESA 2B7PA 5AHLA 2QJHA 2OMAA 3HG5A 3IV3A 3B05A 1VPXA 3L5MA 4M6VA 4DQWA 1FX6A 3CQ0A 3ELFA 3O07A 5F2LA 1KFJA 3CB8A 4IGHA 4MJZA 1B9BA 3L68A 2CZEA 3MHGA 4IPJA 1N7KA 4OWGA 3QM3A 3W1AA 1ME8A 1ZFJA 4ZQPA 2H6RA 1I4NA 2E6DA 2VOMA 2AGKA 3LV5A 4JEQA 4LUIA 1GG1A 5CG7A 1EWEA 3W7NA 2XFWA 1LLZA 1Q6QA 3IGUA 2G97A 1OK4A 4RKAA 5G1YA 2Y85A 1P0KA 2C15A 1EP2A 4O17A 4OHQA 5AFDA 3N14A 1TV7A 4FXSA 2FQIA 3NQ2A 3W83A 2WO5A 4BK9A 1SSDA 2JKPA 5U4NA 3OHIA 3C52A 5LNUA 1MSSA 5DN1A 2EPHA 3FYOA 4UFMA 4M5PA 3LHZA 1R2SA 2NX9A 1WAUA 3B06A 4EF8A 3W7JA 3NR0A 4NJKA 1LDCA 4K37A 3HOJA 1VJIA 4S1FA 3ATYA 4XQ6A 2J88A 1QPQA 1IGSA 3IIPA 4DF2A 4JNMA 5J5RA 4GE8A 4NNBA 1LBFA 4UC5A 4UCGA 2TPSA 4WOQA 4EVZA 3P80A 3QW4B 3W73A 5CPMA 1A5SA 3PC0A 2CLOA 1K02A 2RKXA 1RVGA 3B03A 4UTKA 3SSJA 2C18A 4YL2A 5I3IA 1ZHAA 4OU1A 1IIHA 2NXIA 5ABTA 2QCLA 4AHPA 3LGEA 2FDSA 1I2RA 1GT8A 4LOCA 5D2XA 4UIOA 2GJLA 3ANYA 3GDKA 1D9EA 4R34A 3TA6A 2V82A 3LCWA 3I7QA 1TO3A 3Q58A 2X1UA 1C9DA 2DP3A 3LHWA 4PC8A 5H91A 4PTNA 1OHLA 3TX9A 1O94A 2NV1A 3UPBA 4ML9A 3EX6A 5DCDA 4GUJA 1KLYA 4IXHA 3O16A 3CWOX 3G0XA 1XDMA 5F4WA 4QNEA 1K7FA 3DFTA 4Y9AA 1LCOA 3S9YA 3MW7A 1TJRA 2FFCA 3P84A 4LS1A 5D2VA 1JRBA 1XM3A 4WZHA 3S5YA 3TMLA 4HNUA 3QQ0A 4CCCA 2Y61A 4NXKA 2H90A 2HMCA 1GYLA 4GC4A 4JTFA 8TIMA 2G5WA 1P4CA 1H61A 3A9IA 2J9YA 3S5ZA 5DXXA 1QWGA 1H1YA 4JN6A 4BI5A 1R2RA 2ZZ6A 4JX5A 2ZFAA 4JIPA 5U7SA 3GB6A 4RZ5A 3H55A 2J24A 2QAPA 1WX0A 5AC8A 1ML1A 2CWNA 4JICA 6ALDA 3IIXA 3G1YA 3EWXA 2VEKA 3GNNA 1ADOA 1VS1A 1XCFA 1LOSA 1EPXA 4LVFA 1VLIA 1QCWA 3TIMA 4LVBA 4BWLA 3Q2DA 3O06A 2ZRWA 3L5LA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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3N9RA

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