4NJI | Genus

Total Genus 67

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	67
sequence length	209
structure length	209
Chain Sequence	TYAVKEIFYTLQGEGANAGRPAVFCRFAGCNLWSGREEDRAQAVCRFCDTDFVGTDGENGGKFKDADALVATIAGLWPAGEAHRFVVCTGGEPMLQLDQPLVDALHAAGFGIAIETNGSLPVLESIDWICVSPKADAPLVVTKGNELKVVIPQDNQRLADYAKLDFEYFLVQPMDGPSRDLNTKLAIDWCKRHPQWRLSMQTHKYLNIP

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase
source organism	Burkholderia multivorans
publication title	Radical SAM enzyme QueE defines a new minimal core fold and metal-dependent mechanism. pubmed doi rcsb
molecule keywords	7-carboxy-7-deazaguanine synthase
total genus	67
structure length	209
sequence length	209
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 4.3.99.3: 7-carboxy-7-deazaguanine synthase.
pdb deposition date	2013-11-10

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF13394	Fer4_14	4Fe-4S single cluster domain

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	4njiA00

2Y6ZA 4MZYA 4ZMGA 4HHPA 4NZJA 3EX4A 1PHQA 4RZ4A 2Y88A 4X9SA 1FXQA 1TB3A 3LTPA 3R12A 4FHAA 1FY6A 2QJGA 5LKYA 1MZHA 1OF8A 3W1RA 1WX0A 4JX4A 2WNZA 2ZZ5A 4C1KA 4DEFA 1MEHA 3F1QA 3TU9A 3VI2A 2H3DA 3CWOX 1KTBA 4LVDA 1AW1A 2QCDB 3CEUA 3W7QA 3MP5A 4FEZA 5HNRA 3QRHA 4RLIA 2Y89A 4TMBA 3PB2A 4XBKA 1T8XA 1XC4A 5IM51 4JX6A 4HNVA 4M7SA 1WV2A 1M7OA 5D03A 3B0PA 1VC4A 3GXPA 3TW6A 2JKEA 3CQ0A 3P62A 3SECA 1J4EA 5C6MA 5LNUA 4XBSA 3QQ0A 4FIRA 1E51A 4O4WA 1R2TA 1ZAHA 4S2BA 5HINA 4QQ3A 4ORIA 2WQPA 4Z1BA 1QDSA 4ADSA 1OX4A 1KFBA 1P0KA 1A5AA 2FJKA 1QR7A 1FUYA 2YFOA 3LBCA 4Q4KA 5AC8A 4NUWA 5EY5A 4OE7A 2V5BA 4CCCA 3EWUA 3SY5A 2YPIA 3NA8A 1JQXA 5EA9A 4LC6A 3UYCA 4UTIA 4NZFA 2ZTKA 4WZHA 5I3IA 3M9YA 4IMDA 4OHQA 3W1AA 3W7CA 4AHPA 5FF7A 1XBVA 4P2VA 1X8FA 1A53A 3BGGA 2BZNA 3NQAA 2FPYA 5CG7A 3AO0A 2A7NA 3SJ3A 4O28A 3NQMA 1BKSA 3STFA 3UXDA 1HO1A 4GUJA 5AYYA 3U6WA 1KM2A 2OJPA 3LCGA 4BR1A 5DCEA 3MHUA 2QCFA 5E93A 4IWWA 3B8DA 4KFPA 3TR2A 3FYOA 3G1SA 3DU0A 1PCKA 3QW4B 3DI1A 4Z08A 1Q6LA 5TBOA 1X7FA 2E68A 3NQCA 2C3ZA 1LOQA 3L0NA 3P60A 5F2GA 1LM1A 4PL2A 5AB3A 3LHYA 1XKYA 4LVBA 6TIMA 3A5VA 1TTIA 3DFSA 3BARA 4R34A 3G3MA 3P5ZA 2YSWA 3HBLA 3W7KA 5FEWA 2RDUA 2Q3OA 3O16A 3NL6A 3ELFA 5D2WA 3DFPA 3EWBX 4S1FA 2J27A 2JBMA 1DQXA 4HSNA 2VFHA 3S42A 2TSYA 1JUKA 3M44A 1W56A 2DZTA 2WJZA 3KVLA 2Z6IA 1FX6A 1EX5A 3DKJA 2ABAA 1DORA 4DF0A 3S6DA 2JKAA 2EPHA 2C18A 3GX9A 4JTFA 2CLMA 1XM3A 1JUBA 3E9AA 5D32A 4UFIA 3L0GA 1TPC1 1ZFJA 4IOTA 6ALDA 1F6PA 3W7JA 4N6FA 3OVQA 5G2IA 2E6DA 4GFSA 4N6EA 2ABBA 3KVKA 1KLZA 3NPVA 1QO2A 2Y7DA 5T26A 2ZZ6A 3P8JA 3K30A 5DBTA 3FKRA 2G5WA 2VKZG 3E49A 2HTMA 4ZZ9A 5HWMA 4AB4A 1EP2A 3GAYA 5A5WA 5SWUA 4AXKA 4N4PA 2J6XA 4WOQA 1OG0A 5BW6A 4O10A 5F2LA 1FCUA 1RQEA 3QH2A 2O7QA 3C2RA 1FCVA 3T40A 3CM4A 2R94A 2Q8ZA 3D0CA 4K6AA 4IJBA 2J9YA 4RZ5A 5KITA 1JR1A 3TNOA 3I65A 4HSOA 4CNPA 3W2KA 4FX6M 1KW1A 3PSWA 1Z44A 5CPOA 4JTLA 4YCPA 1GTEA 2QCEA 1VYRA 3U8GA 1UCWA 3FS2A 4UTJA 2FB3A 3NVTA 3V75A 1AL8A 3OA3A 5KMYA 1G4EA 2E6FA 2CLHA 4JTEA 3QZEA 5D33A 1G69A 4GJ1A 1GG0A 2V0TA 3M5XA 1LZOA 1TRIA 4EOUA 3S0CA 1XBYA 3EXTA 4OV9A 1K7EA 3A5FA 3TW7A 3ZS4A 1NEYA 4K8EA 4J9JA 2A85A 1Z48A 3IIVA 2HMCA 2Y7FA 3QMTA 5FEPA 2A1YA 5FI8A 3GR7A 1OX4B 4NVTA 3GKAA 2BWGA 3PBVA 3M1ZA 1N55A 1OHLA 1RQBA 2AAMA 1OFBA 1DVJA 4JGDA 4UMBA 3UXAA 4UTWA 2A7PA 4JTGA 2A21A 1OVDA 1A5SA 1L2UA 1AK5A 3HPSA 4O1DA 1G7VA 2VOMA 2QCHA 1B3OA 1WYIA 5DCBA 5LGZA 1EA0A 3GKFA 3KFTA 5K4XA 4IUOA 4IXHA 3TA6A 1I2OA 3VE7A 1GYLA 3G1VA 4NJJA 1W3NA 1BEUA 1H63A 1S5VA 5DY2A 3UPWA 5DXYA 1X1ZA 5K7JA 5DN1A 1W5PA 2FTPA 4HNTA 1JRBA 4XKYA 1KFKA 3DZ1A 3EWXA 3S9YA 2VC6A 2P10A 1K8ZA 3IGXA 1W5QA 4PH6A 1EP1A 1PCWA 3W86A 3HGJA 4KWVA 2QAFA 2RDWA 1SPQA 4AEOA 5D2XA 5AHLA 1TIMA 2PC4A 4I9AA 4Y6GA 4RKAA 3TSDA 3KRSA 3W1LA 2J24A 1EP3A 4FNUA 1TPWA 3W1QA 3W7GA 3NG3A 3USBA 1SSGA 3BW4A 1OFPA 3DXIA 3LCFA 4YWIA 3W74A 3C61A 4QAIA 4IGHA 2QR6A 3EX2A 4E2BA 1LRNA 1YXCA 3W1UA 3W88A 3S5NA 1HFBA 2V2CA 3UWZA 5CPNA 4WXYA 1W5OA 1KV8A 2NXGA 1F2JA 5E1QA 4NJIA 2C19A 3FKKA 3LCLA 1KM6A 4UTKA 4O0ZA 4DF1A 1XUUA 3OG3A 3CT7A 3LERA 3LHZA 3SR7A 1YADA 3L9CA 1H1YA 1RD5A 4MKNA 4GC4A 1K03A 2CLLA 2Y7GA 3C3NA 3JRKA 4GUFA 4UFMA 1T96A 2X16A 1JCJA 2EKCA 5CZJA 1OFOA 3THAA 5CPMA 2FPVA 1C9DA 2E09A 4IX0A 3M6YA 4LT9A 2YX0A 2GQAA 3WJWA 4NXSA 1H1ZA 1VJIA 3DAQA 4QSHA 1SUXA 4KWWA 3I7RA 3S1WA 3H55A 3W2LA 4MFEA 1G4SA 2NWSA 4EIVA 3BLFA 3G1XA 4JICA 3WK3A 2ATMA 4YMZA 1A5BA 3TJLA 3FIGA 3HG2A 3STGA 1H60A 4LWWA 1FDJA 1TV8A 3DFOA 3O06A 3VKJA 2GVGA 5F1VA 1F74A 3O6DA 3N73A 3NM1A 4O19A 3W1TA 1AW5A 3HOJA 3BLIA 3N9RA 4NJGA 3W7RA 4KFNA 4N9CA 3THQA 2Q3RA 1IIHA 3W1NA 4M6QA 2VENA 1LRTA 4IQLA 1UUMA 1SFLA 3F4WA 2V2HA 4RZ6A 5CSRA 2EGZA 3GNNA 5MHBA 4CLMA 2ZZ2A 4LUIA 1A5CA 4W9TA 4CQ8A 2ATSA 4H3DA 1UBSA 3P82A 2H6RA 3B0VC 3GB6A 2FFCA 3IIPA 3INPA 4PEKA 1SW0A 5HMSA 1DHPA 2OCZA 2ZZ1A 3TJXA 4AMAA 3QPYA 2BSLA 3HG3A 3PG8A 1GTHA 3E0IA 7TIMA 2O7SA 2JGQA 5IBXA 4WY0F 3PBYA 3SFKA 1QPRA 3MHFA 2ZZ3A 2PRMA 4M7TA 1LRQA 3BG3A 3QF0A 4MLRA 3W71A 1SZNA 3G22A 5TIMA 5HUOA 3DHFA 3EWWA 4O50A 3PS7A 1DJNA 1SO6A 4UTTC 4XTDA 1GG1A 1MEIA 4LVAA 3GK0A 3W7DA 1QMLA 3B06A 4XKYB 1YPIA 2ZRZA 5CZ0A 3L68A 2XFWA 3MYPA 3IVUA 2DORA 3EX3A 1ZALA 1SU5A 1YXDA 1QPNA 5DELA 3WJZA 1H5YA 1ADOA 2Y70A 2DJXA 3MO7A 4LU0A 5DLCA 3LCWA 3OBKA 3TDFA 3LTSA 1VRDA 3ABRA 1GYNA 4CCDA 2X1TA 3C4UA 1GVOA 3TAKA 1PE1A 3I7SA 1W54A 3WK1A 2QCGA 4PTNA 3ZR4A 1MSSA 4QJ1A 3KOFA 2CLEA 3TH6A 4JDYA 3TX9A 1VLWA 3C8FA 3UPBA 3C2OA 3BW2A 1IXQA 1KV5A 1NF7A 1ZENA 4WOZA 3N9SA 3F4NA 4BI5A 3FLUA 4KKXA 4MZ8A 4NX5A 4ZQOA 3S1VA 1XDLA 4O11A 2GPTA 4MYAA 1V7YA 4JYEA 2E77A 4JY8A 4DF2A 3NNTA 4ZVJA 4FB7A 3ATYA 3I6RA 4AWTA 1EB3A 2VEPA 2A0NA 4IX2A 1XCFA 1U83A 2FDSA 1IXOA 5HQEA 4K7VA 2DZPA 5H91A 3GXTA 3QM3A 1W5NA 2Z0IA 3FJ6A 5EMUA 1F76A 3SGZA 3OHIA 4LV9A 1TQXA 3T7VA 4EVZA 3IRDA 4A2RA 3IGSA 3BW3A 3G8RA 4UC5A 1FXPA 5H2ZA 3SGUA 1N8FA 3ZFHA 4JDBA 5F4SA 4GUGA 2CLFA 4MY9A 2A6LA 3LHWA 3W2MA 2E5DA 3TCEA 1F5ZA 5FF2A 3W2JA 1G4PA 1OYAA 3JS3A 5D02A 2LLEA 1LLWA 1XL9A 4DO4A 3T44A 3NQFA 3S5OA 3EXSA 1TPDA 4MZ1A 1VCVA 3WJXA 4B5NA 1R46A 3C2FA 3PUDA 1FWRA 4O1AA 1GQNA 5E0KA 4JNMA 4RV8A 3Q94A 4AF0A 5DBUA 4FNSA 2BLEA 3N19B 3S8HA 4DPQA 3L21A 3NR0A 4X2RA 1ME8A 1SZFA 2C0AA 3CIWA 5D04C 4BFAA 4XUGA 1KM1A 4X3ZA 1J5TA 3W7PA 1TO3A 1V5XA 2WNQA 1I2QA 3TSBA 1TRDA 1WBHA 5K4ZA 1W31A 3KVJA 3TC7A 2DZUA 1Z42A 4JN6A 2BX7A 5F4WA 1DV7A 2PCQA 4QITA 3PG9A 1O95A 1YXYA 3BG5A 2J9ZA 1KTCA 3KRZA 2VFEA 4O8RA 3NL2A 5U4NA 5D2YA 2DP3A 3EB2A 4LV4A 3LBMA 5K9XA 1YLVA 1RVGA 3W7EA 1SW3A 3GDRA 4LY8A 1JCYA 3MHGA 4OT7A 3PR2A 1I2PA 1ALDA 3DH7A 1S3HA 4L4MA 1A50A 4UNKA 4JTHA 3LXBA 5D2TA 2YCEA 2VEKA 4QNWA 3IIXA 4LUJA 3NAVA 3L5MA 2ZRXA 3Q2DA 3PB0A 1R30A 3PM6A 1QCWA 2RHGA 1MO0A 1SO5A 4GBUA 1OYBA 3I68A 3NQ6A 5HUPA 2X30A 5KINA 2TYSA 1EPXA 2VELA 3N34A 4UCGA 1H61A 1FWTA 5AYXA 5BRBA 2X1RA 2QUTA 3KVMA 2YDAA 4GUIA 4TR9A 1IGSA 3WJYA 3GZ3A 1SW7A 2E6YA 4O57A 4JTTA 2P0OA 4WXZA 2V5LA 3HIJA 3RMJA 1MXSA 3KX6A 4UR8A 1FWWA 3DKLA 1Z41A 4LS0A 5LNSA 5G1YA 3LV5A 4LRSA 1H7XA 4ZQNA 1QNVA 4MYXA 2VFGA 2E6AA 4PCFA 4S2CA 4N02A 4TIMA 4NJKA 1TPUA 4CQAA 3RLVA 2I9EA 3W83A 4MIMA 3W75A 1NSJA 4WQ6A 1NVMA 4JIQA 2A4AA 3T4CA 1TQJA 2QJHA 1VYPX 4RJEA 4TU1A 1BTMA 3NM3A 2F84A 4PC8A 5I3JA 1JCNA 1O60A 3LI1A 5KTLA 3O1NA 3EWZA 4YCOA 1IXNA 3LRMA 4MPQA 2NUXA 4O4VA 1SZGA 2CZ5A 1XDMA 3MW7A 4RX0A 3IGUA 3O6YX 3ABQA 1RPXA 1S5WA 3Q37A 5I3FA 3W3OA 2Y62A 3LI0A 5F4XA 3W7IA 2ZQ0A 5U7SA 3S1XA 3PULA 3P8IA 1LOSA 4UTWC 4MFDA 4ALDA 4LS1A 3EX6A 4R33A 1DQWA 3CHVA 3GDTA 4M6PA 4NNCA 4JTSA 2DZSA 2ZTJA 5I3KA 3W87A 3NZRA 1FDYA 3EKLA 3F03K 4I7VA 2QKFA 4UUIA 4LTSA 4O53A 3NZ1A 4AF0B 4AVFA 4DO5A 5KZDA 3G1YA 3S1UA 5CPLA 3NQEA 3W6YA 1H7RA 1AL7A 3TMQA 2NV1A 5D37A 3DFQA 5TQLA 2YW4A 1QPOA 5F2IA 5BNKA 4JY9A 5ABTA 2JGYA 3G24A 3C2VA 3N3MA 4FO4A 2XN2A 3B0UX 2NV2A 3LHVA 2ZYFA 1TV5A 4M5PA 5HJLA 1O5KA 5AHEA 2A6NA 2B0MA 2A2IA 1GPWA 3HPZA 3VNDA 3CU2A 3QFEA 4N9BA 3NQGA 3WFAA 3W22A 2F7FA 2QAPA 3V1PA 1I8JA 3TFXA 2EF9A 3HG5A 4PODA 3G1HA 3W7OA 3M5ZA 2C16A 3MP4A 3P5YA 3FOKA 1JJKA 3FA5A 1JUEA 3NQDA 3TQVA 5G2HA 4K37A 3EKZA 3QJAA 4LRTA 5HULA 4A29A 1JCLA 2NXHA 1GOXA 1LOLA 2VEMA 3MYOA 3HF3A 3BGJA 5AOUA 5FF4A 1KBJA 3OVRA 1OFEA 1IF2A 1R47A 3P61A 3TK7A 3NYZA 1AMKA 2W0UA 1Q6RA 3CPRA 1JULA 4MJZA 3C0JA 3LCXA 1LBMA 1VH7A 2D73A 3GVGA 3LCHA 1VGAA 3NXFA 3BPWA 4O14A 4ZL1A 1JQVA 1HTIA 4CCEA 5L9FA 4UMAA 2CLKA 3P81A 2DZXA 2WSQA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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