4A29A

Structure of the engineered retro-aldolase ra95.0
Total Genus 98
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
98
sequence length
247
structure length
247
Chain Sequence
PRYLKGWLEDVVQLSLRRPSVRASRQRPIISLNERILEFNKRNITAIIAVYERKSPSGLDVERDPIEYAKFMERYAVGLSITTEEKYFNGSYETLRKIASSVSIPILMSDFIVKESQIDDAYNLGADTVLLIVKILTERELESLLEYARSYGMEPLILINDENDLDIALRIGARFIGIMSRDFETGEINKENQRKLISMIPSNVVKVAKLGISERNEIEELRKLGVNAFLISSSLMRNPEKIKELIE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags De novo protein
source organism Synthetic construct
publication title Evolution of a designed retro-aldolase leads to complete active site remodeling.
pubmed doi rcsb
molecule keywords ENGINEERED RETRO-ALDOL ENZYME RA95.0
total genus 98
structure length 247
sequence length 247
ec nomenclature ec 4.1.1.48: Indole-3-glycerol-phosphate synthase.
pdb deposition date 2011-09-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00218 IGPS Indole-3-glycerol phosphate synthase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 4a29A00
1HO4A 3PG9A 4DPQA 4BFAA 8TIMA 1TCDA 1ZCOA 3LGEA 3V1PA 1P0NA 4L4MA 3UWVA 3M5YA 4R7JA 1KM1A 1JR1A 1ICSA 5C55A 3UWYA 2VENA 2ISVA 3HMJG 3BVJA 3NO5A 3OVPA 2J6XA 3UZ5A 5FEXA 1SSGA 2QCMA 4GUFA 4AHOA 2QCDA 3ABOA 4JS3A 3W72A 3DENA 4IMEA 1TPB1 2O7SA 3L68A 4B5NA 3LI1A 2VKZG 2TSYA 4KKXA 1EEPA 3AJXA 5J5RA 3GR8A 2Y89A 4WY0A 4N4PA 4JDYA 1LRNA 4LUIA 3HGRA 3BGJA 5DXXA 5LNWA 4TU1A 3HGSA 1Q6OA 1VHCA 4UTIA 1GT8A 4UTLA 4ZQMA 1JCNA 3FIGA 4ICNA 4LV4A 5K9DA 1TIMA 1L9WA 3NG3A 3KVLA 1LORA 2I1OA 5CG7A 2EAWA 1FUYA 2Y61A 3EXTA 4MZ8A 4N9BA 5I3FA 1G4EA 4UTWA 3HG3A 5DXYA 2Z6IA 1R2RA 3A22A 3SZ8A 2YDAA 3SW6A 4NJJA 2ZRZA 4RJEA 4ZQCA 1TRIA 3EWXA 3LTSA 3EXSA 3M1ZA 4IPIA 1TPUA 4IXXA 2EKCA 1O5KA 2ZDRA 3U8GA 3GNDA 4XZ9A 3G1SA 3DFOA 1YTEA 4N2YA 2WSRA 1VQTA 3P61A 1YDOA 4HPXA 4NJIA 4O4WA 5EBUA 1EUNA 3W2MA 3Q58A 1KFLA 1C8VA 3CLMA 3M47A 3MP3A 2Y88A 2C3ZA 3QJAA 2X1SA 5EY5A 1YADA 3Q2DA 4IMCA 2Z1BA 4O53A 3TE9A 4XTIA 1Z41A 1SZFA 1RR2A 4U28A 4GWEA 3LCWA 3FKRA 3G8RA 1OVDA 3KVKA 2BZNA 3CQ0A 2JK2A 4ADUA 3EWBX 3OIXA 1Q3NA 3LCLA 4M7TA 3GXNA 4NJKA 4OQVA 1GQNA 2D73A 4UFJA 4O1BA 4K8EA 3GB6A 3TCEA 4ZMGA 3NDOA 4CCDA 4UTJA 4MYXA 4MJMA 3GNNA 4FIQA 1JVNA 3BLFA 2OX1A 4LTSA 4ORIA 3LBCA 1OYAA 1AG1O 5D2YA 1YYAA 1UUOA 1VH7A 1X1OA 2FB3A 3NR0A 4UTKA 4N6EA 2J88A 1OX4B 1PS9A 1XI3A 2QUUA 4Z0SA 4UC5A 3PSVA 3FS2A 3PBUA 5DCEA 3EX6A 2OCZA 4JX5A 3GAKA 3UWWA 3GK0A 4AAJA 2ATSA 4M19A 3LHVA 3DXIA 3EKZA 1I45A 1AW1A 5KSWA 1ZJIA 3BW3A 3DI0A 1OX5A 1TMHA 1VLWA 4HNVA 2C15A 4OHQA 1VR6A 3TX9A 1KFJA 4JIQA 3S1VA 3UXAA 3E12A 3PM6A 3W1MA 1YDNA 3ABSA 3P60A 1H61A 2R8WA 1K8YA 2DJLA 5AFDA 2Y7EA 5D2TA 3PBYA 3TAKA 2VEPA 1Y0EA 2DP3A 2PCQA 2ISWA 3HG4A 4JEQA 2V81A 3RMJA 4DQWA 5F2LA 2Z2UA 2QCLA 4JIPA 5AYYA 3QYQA 3GDTA 3I7SA 5D37A 1IF2A 1O5XA 4HKPA 1YTDA 4ZQNA 2Q8LA 3EKLA 5HQEA 4Q33A 1XKYA 1LBMA 1LZOA 4UMCA 3GLCA 1A5SA 2ZA3A 3CIWA 3M6YA 4O0KA 3VE7A 4O16A 4FNUA 4IX0A 3D0CA 3HB9A 4H6KA 3P8JA 1VPXA 1N7KA 5AOUA 3N14A 2VXNA 3C0JA 1OFQA 5AHFA 1DBTA 1VHNA 3G0SA 3UPBA 4GUHA 2X1UA 3TFCA 5D04C 2DZWA 2ZZ6A 2NV1A 1K03A 3WJXA 4Y6GA 3THQA 1BWLA 3TDFA 4CQAA 5BW6A 5AHIA 4LC8A 1G4TA 2G5WA 3W2NA 3W74A 2RDWA 5KZDA 5LGZA 4DF0A 3QH2A 1XL9A 1WXJA 3ZS4A 3W84A 1Q6RA 1R2TA 3A24A 1KLYA 1XUZA 1JJKA 1NVMA 3UNDA 4UTMA 2EHHA 3SJ3A 2A6NA 5HR7A 3EWWA 2FFCA 1PL9A 3KRSA 1EX5A 2GQ8A 3LM7A 5F1VA 4WZHA 2F7FA 3GDKA 3W1NA 1XFBA 3NL6A 3W3OA 1FDZA 2VEIA 3ZWSA 2A4AA 3W1XA 4HIBA 2BLEA 2WNQA 4M5PA 2H6RA 3AO0A 3L65A 3N3MA 5TQLA 3W7CA 5G2WA 2GJLA 2ISSA 4POCA 3W22A 6TIMA 3S0CA 1HUVA 3NQAA 5F4SA 3G24A 3LBMA 1KTBA 1TB3A 3LV5A 1OFEA 3GVGA 3UZJA 3T55A 2DORA 4O1AA 2H90A 5AC6A 3P62A 1X8FA 3W6YA 3M16A 5HR6A 2WV8A 4MYAA 3ATZA 4GE8A 4RXGA 3S5ZA 3VI2A 4MOZA 2GVJA 4IPJA 4XBKA 1W37A 3ZFHA 1GVRA 2QCNA 4ZZ9A 3NQFA 1K8ZA 5EKYA 1FXPA 1LLWA 1GZGA 3BG9A 5EA9A 4HT3A 1GWJA 1FCQA 5DCDA 3G1XA 3UD6A 2CLEA 3NQ7A 4WY0F 4PH6A 1P5BA 3IVUA 1WV2A 1H51A 2E5BA 3ABQA 3L21A 3UPWA 4RX0A 1WX0A 1G67A 1A5CA 4AWUA 3LCIA 3MW7A 3PB2A 3FYPA 3E9AA 3V75A 2VFFA 1SSDA 4LRSA 2H3BA 3WFAA 5BRBA 3Q94A 5HINA 1F74A 4HN4A 4ONVA 3LHUA 3P5YA 1I8JA 1XBVA 3WK0A 4EWND 2IQTA 1QOQA 3MUXA 3UXDA 5EMUA 3R8RA 1DORA 1H7RA 4R53A 2FLIA 3C2VA 5D33A 1DOSA 3NZRA 3A9IA 5HWMA 1QO2A 3O6CA 2ALDA 4RZ6A 5G1TA 3W2UA 2J9ZA 3TMLA 3C6CA 1GYNA 1GVSA 3LXCA 1S5WA 4Z08A 1B9BA 2DZUA 3CEPA 2NZLA 2NX3A 5L9FA 3O6YX 1B4EA 2OT1A 2HS6A 3WK2A 1DL3A 2ZQ0A 4A22A 1RQHA 1JCYA 3GKAA 1CX9A 4EF9A 5C5YA 5T26A 2V30A 5FEPA 1RV8A 5HJLA 3HJZA 1FCUA 1W8SA 4A2RA 3PF3A 3MHUA 5FF4A 4BWLA 3NEVA 3KRZA 4JTJA 1WAUA 1LTDA 4P2VA 4BK9A 3NOEA 1J4EA 3C3NA 3BGGA 5AHLA 4JTFA 3S42A 1D3HA 1QCWA 3TROA 3RFAA 3YPIA 4Z1DA 3G0XA 3QZEA 4WOQA 4S2CA 2NXHA 1FWTA 1MXSA 3M43A 1PHWA 3C8FA 4NUWA 2PRMA 3HPZA 3OBKA 3W7QA 2QJIA 4I7UA 3FLUA 1ZAJA 3QSRA 4HHPA 1OFRA 2Z6JA 1F5ZA 5GVJA 2ZFAA 3TSDA 3W70A 3LCGA 4UTTA 2W79A 1VJIA 3LB0A 3ANYA 4DF2A 1YPIA 4JTEA 3L67A 3QM3A 3VE9A 4TMCA 5I3HA 5G4WA 3IIOA 3NL2A 2Y6ZA 1LYXA 1H7XA 3VCRA 3UQNA 3FEMA 1NF0A 4Z1CA 1KW1A 1KFBA 5D03A 1NSJA 5K7JA 3TW6A 3JR2A 4QISA 2QDHA 3QMTA 3LDVA 2I9EA 1WOBA 1BEUA 3W1LA 3I6RA 4TX9A 1ZFJA 4NT0A 1PCKA 1ZAHA 1JULA 1F6KA 5E0KA 3N9RA 1DQWA 3O07A 1HO1A 3NQ8A 1SU5A 4YL2A 3NM3A 4RV8A 5DN1A 1VC4A 2ZZ7A 2CLFA 2C6QA 3IEBA 3GXTA 4O14A 4BI6A 4OT7A 3U6WA 4NU7A 1LM1A 3NQCA 1XBXA 3S8HA 5CGQA 1FDYA 2JGYA 3ABRA 1FWNA 2V2DA 2X30A 1DJQA 5C6MA 2E6YA 4O1CA 2WO5A 5AN7A 3EX2A 3GYEA 3TKFA 4CLMA 1NF7A 4LWWA 3W7MA 1PIIA 3INPA 2VFDA 3M5ZA 1MZHA 5D05A 4NVTA 3E96A 5K3VA 2R14A 2E6DA 1WYIA 3NAVA 5EPDA 2QUTA 3QQ1A 2NX1A 4IJBA 2WNNA 2X16A 3H53A 5CZTA 5KITA 2CZEA 1G7VA 1SO6A 3R13A 4WXZA 4I9AA 1IGSA 2CFFA 5U4NA 1ME7A 4KFNA 1WOAA 2V2CA 4JD4A 3TXZA 3Q37A 4YLWA 4HSOA 1VYPX 5IBXC 3WJSA 2B7PA 1JUKA 3QQ0A 4K39A 2NUWA 2AAMA 4ORMA 5AC8A 4X3ZA 1D9EA 4IX2A 3G1YA 1C9DA 1VLIA 2XFWA 2YFNA 1KM0A 1G69A 3LERA 3PB0A 3W76A 2ZZ1A 3WK3A 3NPXA 4AVFA 2NLIA 4O11A 4ALDA 1W1ZA 2YYUA 1RQBA 1TJRA 4O50A 2CU0A 3NQMA 4N4QA 1XUUA 1SPQA 3B05A 4FNRA 5CPOA 4G1KA 3OHIA 3NA8A 3RF9A 3TJLA 4JTGA 4JGDA 5CPNA 3E02A 3WJZA 4GNJA 4M6VA 1TREA 3KHJA 3T40A 2ZZ4A 4MZYA 1YDVA 2P10A 2Q3RA 1W5NA 2GQ9A 3I65A 1JCMP 1I4NA 3G1FA 2NV2A 3GXPA 1UCWA 3SGZA 1K3UA 2QCDB 3ELFA 3KVJA 3C2RA 2QAFA 1KBIA 5G2IA 1UASA 2HSAA 1W54A 4ADTA 2B4GA 5HUOA 3W71A 2UV8G 1T8XA 2WNZA 4JYFA 4KWWA 5DY2A 4E38A 2JBMA 3MI6A 3N34A 4TR9A 1S5VA 1JQXA 1ME9A 4BF9A 3NNTA 1GJPA 3I7QA 4O57A 3TJXA 4M6PA 2E09A 4Y90A 1KFEA 1SUXA 1WQ5A 1EP1A 3DFQA 4O12A 5KMYA 3VKJA 5G4EA 2AQWA 3TIMA 2ZYFA 3B0PA 1RZMA 3LTYA 4A2SA 3TR2A 4JTKA 3G1VA 3QRHA 1GG1A 2QCCA 1KV5A 2DZSA 4QIUA 1TTPA 1W3TA 4JTHA 3S1WA 1HFBA 2VFGA 4QM1A 3NQDA 4JX6A 1UB3A 2ZBTA 5CZ0A 4N9DA 3W2JA 1AW2A 4FXSA 1B4KA 1W5OA 4MY1A 5LNSA 4OV4A 1SQ7A 3MBDA 1ONRA 3M5VA 4OV9A 3HO8A 3L2IA 1EWEA 3P84A 2W6RA 3P80A 1JCJA 3B04A 4Z1AA 3EX3A 3W7NA 4CQ9A 3TUUA 1JQVA 3E0IA 3PS7A 5D09A 1OF8A 1I2NA 1H60A 3JS3A 3PWAA 3MYOA 3HG5A 5DBTA 1UBSA 1SO3A 1KTNA 3MMTA 1GVFA 4NZJA 2ZRXA 4N6FA 3L5AA 1A5AA 1W31A 1JRBA 1SFJA 2E77A 4FHAA 4K38A 3W7KA 3O16A 2Q3OA 4O54A 1OJXA 2C14A 2A5HA 4LVBA 2TMDA 3IIXA 5D2VA 1GVQA 1ME8A 3SIZA 1KM3A 1P1XA 1LOLA 1TQXA 3ZWTA 1H7PA 3PG8A 1O95A 3TFXA 4NX0A 3UWUA 3STGA 3A23A 3M5XA 3NQVA 3MI2A 1GEQA 2J27A 3PUEA 4FB7A 1JRCA 1Q6LA 1FX6A 3S5OA 5K9CA 3S6DA 4UTWC 5LKYA 2A7RA 5HUPA 4LS1A 1PE1A 1EIXA 4PFMA 4BI7A 1GTEA 3C4UA 3LCHA 1O4UA 1TPFA 4W9TA 5I3IA 2WPBA 4XBSA 2QCEA 3RLUA 3TNOA 3O8AA 4FX6M 3U2OA 4HPJA 1OHLA 5FF3A 1AK5A 2NUXA 4LU0A 4AF0A 1OFDA 4LNYA 4C1LA 3TQVA 3GKFA 5LSMA 4PL2A 2QCHA 1BTMA 2ZRWA 1SW7A 5E1QA 1TPEA 1L6YA 4D2JA 4JTIA 3A21A 3NQEA 3NL3A 2FPTA 2QR6A 4NXSA 4UUIA 3NVTA 1EP2A 2VEKA 2E5CA 5K4ZA 4ADSA 2ABBA 1LOSA 1KM5A 1VRDA 5AYZA 5KTLA 2BX7A 5A8GA 4RK8A 3CC1A 5I3KA 2RDTA 2R91A 3IGUA 4UTUA 4ZL1A 1SZGA 1ZALA 5IM51 1IXOA 1OYBA 2FPVA 2P0OA 4MIMA 1YPFA 5I3JA 2J24A 2ZRYA 2A85A 2DZVA 4JR5A 4RCXA 2FQIA 5ABTA 2C0AA 3FYOA 2ATMA 2A7NA 2CLLA 2O7QA 1QPNA 2CLHA 1LDCA 2G97A 5LNUA 3N9SA 4KFPA 4DO5A 4M7SA 5AHNA 5AYXA 4E2DA 3W88A 4UNKA 3I68A 1TPWA 3BW4A 3EX4A 3BPWA 3P5ZA 7TIMA 5BMWA 1H7WA 3O06A 3T4CA 3G18A 5H2ZA 4AWSA 3R12A 3GX9A 1VYSX 5C2XA 2QKFA 2ZTJA 2A6LA 1QFEA 4FF7A 3SECA 4IMFA 4EIVA 1QNVA 4AH7A 4HSNA 2NWRA 4I7VA 3G8EA 1P4CA 2YFOA 1ZNNA 4CNPA 3EWZA 1WA3A 3BG3A 4UFKA 2WSYA 5F2GA 4Z1BA 1ICQA 2C19A 4LVDA 3PULA 1YLVA 3UWQA 1AW5A 1RQEA 4JX4A 3FJ6A 5D32A 1LRQA 1L6WA 2B7OA 1JCXA 5TBOA 3DH7A 3B06A 3C2EA 2XN1A 3IRDA 1AL8A 1KBJA 2ZZ3A 4UR8A 4FNSA 2DJXA 3L5LA 4X22A 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 2GVL A;  1LCO A;  3LXB A;  4LT9 A;  3JRK A;  1H62 A;  4MKN A;  1LBF A;  4O8R A;  2HTM A;  1MEI A;  1TPV A;  2I14 A;  2PUR A;  1W56 A;  3F4N A;  2QCG A;  4MLJ A;  4S1F A;  3W7O A;  2FPY A;  1QML A;  3BAR A;  3DFP A;  1LBL A;  2Y63 A;  3GDL A;  1V5X A;  3B03 A;  4UCG A;  4TMB A;  5DY3 A;  3M44 A;  4HNT A;  3DAQ A;  1GTH A;  1RD5 A;  3W7L A;  1G4P A;  4DPP A;  4CNN A;  1TTJ A;  3S9Y A;  4NZF A;  3R2G A;  1OX6 A;  1K7F A;  4DXV A;  3T78 A;  1N8F A;  4PA8 A;  1VCV A;  4N02 A;  4NNA A;  3NQG A;  1H1Z A;  4E2B A;  4QSH A;  3RK8 A;  2B7Q A;  3BV4 A;  3T7V A;  1FXQ A;  3ZR4 A;  2ZRU A;  5C54 A;  2TYS A;  4QNE A;  4MUZ A;  1OG0 A;  3PVF A;  3KRU A;  3UY8 A;  2YPI A;  1ICP A;  3W1A A;  4PL1 A;  3SFK A;  2Y85 A;  4MFD A;  4Y96 A;  1S5T A;  4O1D A;  4AXK A;  5AHM A;  4JNM A;  2VFE A;  3EB2 A;  4HNN A;  1W5M A;  2CZD A;  4LRT A;  4FXR A;  3M9Y A;  4O15 A;  1QOP A;  2PRH A;  1V7Y A;  4KWV A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 1FH9 A;  1BF2 A;  2I57 A;  1Q6F A;  3LGE A;  1JI1 A;  1Q2R A;  4GVH A;  1QW9 A;  5AC4 A;  3PFR A;  3UWY A;  2BVT A;  3SCR A;  3BVJ A;  3WEO A;  2J6X A;  2PLM A;  1SSG A;  2QCM A;  4GUF A;  4AHO A;  3SJN A;  2QCD A;  4FR1 A;  3K5X A;  4M3P A;  4DNM A;  4B5N A;  2VKZ G;  1G5A A;  3UJE A;  1QW7 A;  2J7H A;  5J5R A;  2PU1 A;  1UPM B;  2BOG X;  5DRI A;  4WY0 A;  1CEC A;  1EOK A;  1GPF A;  4L4P A;  3HGR A;  3HGS A;  1VHC A;  4CN1 A;  2OZ3 A;  1JCN A;  4XO6 A;  5K9D A;  4B9Z A;  1JD9 A;  1ELS A;  3DES A;  1L9W A;  4B4F A;  2O9P A;  1LOR A;  3DG3 A;  4F0K A;  4MZ8 A;  4QJ4 B;  1BYB A;  2D0H A;  2V5D A;  1G4E A;  5DXY A;  3WZ0 E;  1CB7 B;  2WPG A;  4I5U A;  4TV6 A;  4DZH A;  2OKT A;  2C91 A;  1UZ1 A;  3LTS A;  4FK9 A;  3M1Z A;  3CUF A;  3V3W A;  3HV9 A;  1IEI A;  5HJY A;  1TPU A;  2O4M A;  4XZ9 A;  3G1S A;  2F6X A;  1W1A 1;  2WSR A;  4S3B A;  3GIP A;  3PTM A;  4HPX A;  4KRU A;  1CLX A;  5EBU A;  2ISF A;  3CLM A;  3GH5 A;  3QJA A;  1BF6 A;  4GH1 A;  5EY5 A;  3S2C A;  2G8Z A;  2PDP A;  2V5J A;  4XTI A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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