2J74A

Structure of beta-1,4-galactanase
Total Genus 147
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
147
sequence length
386
structure length
386
Chain Sequence
GLYVEKVSGLRKDFIKGVDVSSIIALEESGVAFYNESGKKQDIFKTLKEAGVNYVRVRIWNDPYDANGNGYGGGNNDLEKAIQIGKRATANGMKLLADFHYSDFWADPAKQKAPKAWANLNFEDKKTALYQYTKQSLKAMKAAGIDIGMVQVGNETNGGLAGETDWAKMSQLFNAGSQAVRETDSNILVALHFTNPETSGRYAWIAETLHRHHVDYDVFASSYYPFWHGTLKNLTSVLTSVADTYGKKVMVAETSYTYTAEDGDGHGNTAPKNGQTLNNPVTVQGQANAVRDVIQAVSDVGEAGIGVFYWEPAWIPVGPAHRLEKNKALWETYGSGWATSYAAEYDPEDAGKWFGGSAVDNQALFDFKGRPLPSLHVFQYVDTGTP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Investigating the Binding of Beta-1,4-Galactan to Bacillus Licheniformis Beta-1,4-Galactanase by Crystallography and Computational Modeling.
pubmed doi rcsb
molecule keywords YVFO
molecule tags Hydrolase
source organism Bacillus licheniformis
total genus 147
structure length 386
sequence length 386
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.89: Arabinogalactan endo-beta-1,4-galactanase.
pdb deposition date 2006-10-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF07745 Glyco_hydro_53 Glycosyl hydrolase family 53
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 2j74A00
1PBGA 1E6PA 2BVYA 3W6LA 5DMYA 1GOWA 3W25A 4P7OA 2XSAA 3GYCA 3MV11 2HVMA 2ZX7A 2W62A 1VFOA 2GK1A 1OGSA 5KEZA 5LA1A 3MV01 3AIWA 3QHNA 4JKKA 3KWXA 4ZENA 7TAAA 1UOKA 2ZUVA 4V27A 1UA3A 3CLWA 5CPTA 3WUEA 4GXPA 5A2AA 4M8UA 3AHYA 1RP9A 1EO7A 5D8WA 3CH9A 1JZ8A 2CKRA 1GZJA 1NWSA 4AEFA 1CLXA 3IAPA 1GOMA 1HN1A 2PF0A 4LYQA 1U33A 3NIYA 3RJYA 2XVKA 3F4VA 1EDGA 1LL6A 1PJ9A 4MDOA 1CGUA 3PZIA 3WF1A 2O9RA 3SCVA 3CUHA 1ZB5A 4GI6A 4JFTA 2QHAA 4AZGA 4PUDA 3VOCA 2BVTA 3VGDA 2QMKA 2XIBA 1CXHA 3HJEA 4HOWA 4P8UA 1VBRA 1EA9C 1HNYA 4RE3A 3G6MA 1CECA 1GW1A 2E8YA 3QR3A 1Q6GA 1LWJA 3AJ7A 2IXUA 1KXTA 2WMIA 1SR0A 4U5KA 1XD1A 2E9LA 2DEPA 3AXXA 3GH4A 4AIEA 2ZXDA 1VRXA 2VR5A 5CGMA 1JZ3A 3EDJA 4AD3A 1UWRA 1OWQA 4D6EA 3EYPA 4D1IA 1ODUA 3VDHA 2JE8A 1VFUA 1QI4A 3ZT6A 2D0GA 4DUWA 3VINA 3AMCA 1V02A 4R5EA 2O9OA 1OB0A 4MAZA 3MMWA 4JZ5A 4ZFMA 1UWQA 3GXIA 4W85A 2XVLA 1UQYA 1B2YA 4M56A 1UYQA 4F9DA 4D6FA 4A3YA 4HOZA 4UZSA 4XZWA 2CPUA 2VX5A 3K4DA 3ARYA 4BF7A 4DM1A 4WSJA 1ODZA 1UR9A 2WMGA 3N04A 3GNPA 1V6XA 2G8ZA 2GDUA 1LJYA 4DM2A 3ZJ8A 3SUSA 1OD0A 3KZSA 5FL0A 3VGFA 3BAWA 4OKDA 2ZE0A 3OIHA 1XYZA 3WL0A 2PBGA 1OM0A 2Y2WA 1D3CA 1MW2A 1TVPA 6A3HA 5GNYA 2NW0A 1DP0A 1L8NA 4U2ZA 2OLHA 3WELA 5KZ6A 2VO5A 2O9TA 3AS2A 1NM9A 3O6AA 5ABEA 2GVYA 4MJ4A 4DWSC 2V5CA 4W8LA 1W9DM 2BFGA 3RM8A 1MW0A 5CLTA 5CSYA 3VIFA 3ALFA 3UCQA 4UQCA 3CUJA 4MAVA 2PBOA 1MXGA 2G3NA 1UWIA 1GPFA 1ITCA 2J8GA 1WP6A 1LG2A 1EXPA 2A3EA 1HKKA 2WBGA 4AYSA 1WZAA 1V6VA 1KCLA 1GVYA 1UKTA 4KGLA 3CZJA 2WAGA 1J10A 4CCEA 1W3JA 3GH5A 3ALGA 5E6YA 5HBFA 4CU6A 5GQBA 1WB0A 3WFLA 1JGIA 2NT0A 1QW9A 4F79A 1Q6CA 1O7AA 3SCOA 3MUIA 4EAMA 3EDKA 3ZJ6A 4QP0A 1OCQA 5IDIA 1KR1A 3OGRA 4JL1A 2W66A 3MKKA 5CG0A 2Z1SA 4U5IA 4W7UA 4W7VA 4UOJA 4NSBA 5HDRA 2D0HA 3VTRA 5BXRA 3PZGA 1KGXA 1NQ6A 4GQQA 2C8NA 3MS8A 2YDQA 3VM7A 2F8QA 3GTNA 1W9VA 4E8CA 4D6DA 5FKYA 1JYNA 1QNPA 1E6ZA 3WEZA 3N1AA 1ECEA 4B3LA 5E0FA 3BAIA 1XH2A 3OBAA 1TA3A 2Y4SA 2D23A 1MFVA 4JL2A 3G6LA 2BY2A 1W3LA 3ZT5A 2ZIDA 3UEQA 1UZ1A 1GQJA 3A4AA 5A95A 4DUXA 5C70A 3ZIZA 3QHMA 4UQDA 3WQ8A 5A8OA 3U5YA 4XUYA 4PMRA 3RPMA 4AW7A 2YLLA 5ABHA 2E3ZA 4M1RA 1GOKA 3UETA 3AMDA 1UD2A 2WZIA 4UZUA 1GOQA 3NSNA 2EPNA 8A3HA 4JKMA 1QI2A 5I0DA 3DYMA 4MADA 5A6SA 4D6HA 1FA2A 4BZYA 1X6NA 3B8SA 3WQ5A 1JNDA 2JFEX 3OLDA 1NOFA 1QI3A 2WB5A 4LX4A 1LG1A 3VNYA 1CXKA 2PI6A 5BXTA 1UD6A 2WK2A 1BHGA 3VIOA 1B3WA 2VZSA 2WWCA 3NDYA 1D7FA 3CPUA 4QLLA 1UKPA 1BAGA 2WBKA 4R27A 1E9LA 1CEOA 4YPJA 2UY4A 3RIKA 4CCDA 4LYPA 3VGGA 3AYSA 3BMVA 1KB3A 4QCFA 1JZ5A 5A2BA 3OGVA 4XZBA 4B3KA 4UCFA 4U3AA 3VKKA 4JCMA 3VX1A 2D20A 2EPKX 1GOOA 1BF2A 4HMEA 5I77A 4W86A 2XTKA 2J4GA 4MPKA 3SCQA 1E43A 3W38A 3KEHA 1JI2A 3UG4A 2DT3A 2X05A 2MANA 1NOUA 5A8NA 1DWGM 1ZL1A 2VCAA 5CQ1A 3SCNA 3LPFA 4WF7A 3PZVA 1E0WA 4PN2A 2E0PA 4UFMA 4PMVA 2X2YA 3VIJA 4K68A 1BYBA 3KL5A 4TXEA 3THDA 2VI0A 3L4WA 4N42A 2NT1A 3NSXA 4MNLA 1AVAA 4HTYA 3KL3A 1ZBVA 3WNNA 2D24A 2A3BA 3WBAA 3TTYA 4RE2A 2DIEA 1QHPA 3WNOA 4CKQA 1CYGA 3WNPA 3PZTA 2J47A 1SYTA 1GJUA 3ARTA 4UFLA 1SFSA 3AZSA 1XRVA 5D9MA 1V6WA 4JFSA 1HKIA 2VC9A 3RJXA 1W3HA 3AOFA 1J9YA 1IV8A 5M3WA 2DSUA 1CTNA 4W7WA 2JALA 2QPUA 2WANA 3FXYA 4GZEA 2XPKA 2ZWYA 2V5DA 3APGA 1XCWA 4BQ5A 5C71A 2D22A 4D6IA 1EDTA 4OIFA 1XGZA 1XSIA 1EQCA 3PZNA 4H7VA 3DHPA 3W29A 3ZJKA 4GI9A 5AY7A 4GO8A 1GCYA 4B16A 3VNZA 2O9PA 2ZXAA 1X6LA 1CGYA 2EQDA 4MB5A 4MB4A 1JFHA 1UD3A 3POCA 1DWHM 4AZCB 3UESA 1EH9A 3WNLA 3M6DA 4PMXA 3RO8A 2J7FA 1CDGA 1B31A 2W92A 1TVNA 1VEOA 1MQQA 3W27A 1UUQA 4JFWA 4URIA 1HKJA 1W1PA 4H8VA 4XB3A 3KE0A 3BAYA 3WQWA 3ARWA 3BAJA 3SUTA 1H2JA 1FH7A 2DGAA 4ATDA 4CN6A 1J01A 1I1WA 2JEQA 4HA1A 1B3ZA 1G1YA 4D6GA 4AMCA 2X8RA 3VILA 3UERA 1KR0A 4PTVA 1FH9A 1QI5A 3CZGA 4GIAA 1PZ2A 4PMNA 5A6KA 2ZUMA 4J3XA 3AIVA 2G3JA 3L2MA 4OOUA 4XX6A 1CXIA 1HP4A 2YDSA 4BS0A 3GZAA 2ZICA 3LPGA 4J3UA 3WDJA 2VJXA 3VGHA 1MXDA 2J62A 3OZPA 1VIWA 1MQRA 2J7BA 3SCWA 3BSHA 1M7XA 4AIOA 5A1AA 1WE5A 1H3GA 4AC1X 1V6UA 1E6NA 2VL4A 1CXFA 1V3MA 4WSKA 1UD5A 3AIUA 4CD5A 5HOSA 4ZE5A 3IJ8A 4HU0A 5TD4A 3CMJA 1AQMA 2CKSA 2CEQA 1PAMA 5LYRA 1W3KA 3DYOA 4M80A 1GOIA 4YHEA 4RE4A 3I3EA 2A3AA 3TTOA 1GNXA 5CJ5A 3MANA 1NWRA 3CO4A 4FMVA 5GNZA 4UOZA 1AMYA 3SURA 4KWUA 1UA7A 2VT0A 2FHBA 1VEMA 2CERA 4HMDA 2WVTA 5DO8A 1C93A 4P7NA 1V0NA 2WZEA 4PTWA 4TX8A 3RILA 3MU7A 4AD1A 2WVVA 4NF7A 2EPOA 1K9DA 2YL6A 1JXJA 2FHFA 5A6BA 4DWSB 4S3KA 2XFFA 1ZBWA 2PWEA 3WH7A 1OBAA 2VRJA 1IZJA 3BXWA 3CGTA 2V3FA 1KXHA 2CHNA 4PCTA 4AZ6A 1QNOA 3L4TA 3CUIA 2GK1B 3OA5A 4NRSA 3VD4A 3VIGA 1H41A 3N15A 2CXGA 2EPLX 1NWTA 1JF5A 1LL7A 3AHXA 5IFPA 1C7TA 1WO2A 1LQ0A 1VAHA 2YL9A 1BG4A 1SMDA 2WW5A 4M81A 1VFFA 3WUFA 2PB1A 3VX0A 3PZUA 2BXZA 4AIUA 1CNVA 2HISA 3N13A 4HMCA 3B9EA 2ZX6A 4DWSD 3W37A 1TFVA 2OSXA 2XM1A 4Z2IA 3OB8A 2DPEA 3ARUA 5D9NA 1V03A 2DQXA 2OYMA 3AROA 5I5RA 4W8AA 1KWGA 3S2CA 5A6BD 2VVSA 1OSEA 1EDQA 2B31A 3THCA 2V3EA 2WPGA 1CGXA 2CBIA 1D2KA 1G0CA 3TTQA 2WMIB 1UR0A 5D9PA 1TG7A 1UQZA 2BY3A 1DTUA 2YBTA 2WMKA 3CMGA 1B3XA 4IPLA 2BNJA 1W1TA 1FP9A 2ZUWA 1ZBKA 4BQ4A 4Z2HA 1JF6A 1VFMA 5JIWA 2VMFA 2OSYA 1W9XA 4ZE4A 2G41A 4AZBA 4OJYA 3CHEA 1ITXA 2J77A 3PTMA 1QBAA 1NP0A 2A3CA 4PTXA 2UY3A 4LYRA 4P8WA 2E8ZA 2WCSA 3IANA 4AD0A 5AC4A 4JIEA 2WVUA 5JBFA 4XV0A 1PIFA 2UY5A 3VIPA 4CVWA 3CIVA 5D9OA 1EQPA 3EMZA 1NP2A 2ZOXA 5DF0A 4UNIA 3F5JA 4TOQA 2QV4A 2VURA 1BLIA 1B3YA 4QLJA 4FLRA 5M03A 2W91A 1K9TA 4QFUA 1WZMA 1XYFA 3WNKA 2XIIA 4W8BA 3DYPA 2BHYA 5IHSA 4UFJA 3A47A 3GH7A 4PRWA 1US2A 2FH8A 1LF1A 1HF6A 3WDQA 3O9NA 1JAKA 3SCSA 5ABFA 3L2LA 4UQBA 3FN9A 4LQ1A 1Q6FA 3T0DA 5JIPA 4HP5A 2CBUA 5I3DA 2XFRA 3WEMA 4HU8A 7A3HA 1ISVA 1KGUA 4TTUA 1CLVA 3GDBA 2VCBA 2X0YA 3GNOA 1HJVA 2YL8A 3AHTA 4JHZA 1CZ1A 3MUZ1 3VMOA 4TVDA 3VDBA 1WAWA 3PN8A 1TUXA 1WDRA 2JIWA 3QHOA 4JFVA 1JZ7A 1FFRA 3WH8A 2J7EA 5IHRA 4GQRA 3K4AA 2YL5A 4E8DA 1E6XM 5M17A 3PZ9A 3FHAA 1ISYA 5CGTA 1XD0A 1R7OA 3MSDA 4PEEA 4HOXA 1J0KA 1HJQA 1QNRA 5A6AA 2WC4A 1W2VA 3L4VA 2CESA 4AWEA 2BHZA 3BSGA 3N17A 4TX6A 4X0NA 1E6RA 2JF6A 4EANA 4OUEA 2J75A 1FHLA 2BS9A 4JFUA 4PMDA 4M82A 1W1VA 1TR1A 1XCXA 1IZKA 1RPKA 3L4YA 4P7RA 3VUPA 2DT2A 2VRKA 3WQ4A 1CBGA 1Q4NX 4ZXOA 4TVUA 1MYRA 4ACZA 1CPUA 3CHCA 5I23A 4WJXA 1TA3B 4Y7EA 1TZ7A 1VB9A 2ZUNA 3WFZA 3LMYA 1V08A 4D72A 1GQKA 1RH9A 1QHOA 2XWEA 4IUGA 2AMGA 3RMEA 4MB1A 1UH4A 3W82A 3I3BA 2YBUA 3OZOA 2CNCA 2DT0A 1H0GA 1C8QA 1V3JA 2D2OA 5E9AA 3FY1A 1ISZA 3W53A 5A6LA 2GDVA 4EK7A 1JXKA 1H4PA 5F7UA 1JD7A 4QDMA 2Y5EA 1ZJAA 3SCPA 3W0KA 3CBWA 3W4RA 1YQ2A 5I6SA 2WSPA 1C7SA 3CUGA 2DSVA 2V38A 3PTQA 5IFTA 2EO7A 3ARPA 1EO5A 1Y7VA 2BV9A 3BLKA 1J12A 1LL4A 3AIBA 4GI8A 5LA2A 3SUVA 4KRTA 4CD6A 1Q6EA 5HNNA 1U2YA 5DEZA 3ARZA 4F9JA 1LLOA 1Q6DA 3GBDA 1G9HA 3NSMA 1DWAM 3QOKA 4UQEA 3WQ6A 3WMCA 3VIIA 2W61A 3VD5A 2C7FA 5EFDA 1ESWA 1BGAA 2VNCA 1DWFM 4AZIA 1V02E 1BG9A 1HJWA 1KFWA 3AXHA 3CHDA 4ATWA 4TTGA 5I79A 5EMYA 5JBDA 4Z2KA 2WKLA 3K8LA 4F66A 3SCUA 2IUZA 3EDDA 1EIBA 3VM5A 3W24A 4D6JA 2XVPA 1E0XA 3FW6A 3SEPA 3VDAA 4CUCA 4PMOA 1J0JA 1XC6A 1PX3A 2VQTA 5BYWA 4IISA 5DT7A 1MFUA 3D5HA 5BCAA 2AAAA 1R85A 2WLZA 4TUFA 2EBNA 1UWTA 1E3XA 3ZQ9A 1B90A 5FD0A 4GINA 2CCRA 1EGZA 4PMZA 5GNXA 4BA0A 5CLWA 1US3A 2QF8A 1TE1A 4MDPA 3A4WA 3AI0A 1UD4A 1OT1A 4FF5A 3WN6A 1M03A 1OGGA 1S46A 4H8UA 3IJ7A 5HXMA 3ARSA 1F4AA 2PC8A 1H49A 4BQ3A 1SMAA 4X0VA 1UKQA 3SCRA 3BAXA 2GJXA 3U57A 1V6YA 3NUKA 2VX4A 4W5UA 2VOTA 5FCZA 3FAXA 2CIPA 4EE9A 2WSKA 2WC7A 3II1A 4F8XA 2XSBA 1V3HA 2OWWA 1R7AA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1PBG A;  1E6P A;  2BVY A;  3W6L A;  5DMY A;  1GOW A;  3W25 A;  4P7O A;  2XSA A;  3GYC A;  3MV1 1;  2HVM A;  2ZX7 A;  2W62 A;  1VFO A;  2GK1 A;  1OGS A;  5KEZ A;  5LA1 A;  3MV0 1;  3AIW A;  3QHN A;  4JKK A;  3KWX A;  4ZEN A;  7TAA A;  1UOK A;  2ZUV A;  4V27 A;  1UA3 A;  3CLW A;  5CPT A;  3WUE A;  4GXP A;  5A2A A;  4M8U A;  3AHY A;  1RP9 A;  1EO7 A;  5D8W A;  3CH9 A;  1JZ8 A;  2CKR A;  1GZJ A;  1NWS A;  4AEF A;  1CLX A;  3IAP A;  1GOM A;  1HN1 A;  2PF0 A;  4LYQ A;  1U33 A;  3NIY A;  3RJY A;  2XVK A;  3F4V A;  1EDG A;  1LL6 A;  1PJ9 A;  4MDO A;  1CGU A;  3PZI A;  3WF1 A;  2O9R A;  3SCV A;  3CUH A;  1ZB5 A;  4GI6 A;  4JFT A;  2QHA A;  4AZG A;  4PUD A;  3VOC A;  2BVT A;  3VGD A;  2QMK A;  2XIB A;  1CXH A;  3HJE A;  4HOW A;  4P8U A;  1VBR A;  1EA9 C;  1HNY A;  4RE3 A;  3G6M A;  1CEC A;  1GW1 A;  2E8Y A;  3QR3 A;  1Q6G A;  1LWJ A;  3AJ7 A;  2IXU A;  1KXT A;  2WMI A;  1SR0 A;  4U5K A;  1XD1 A;  2E9L A;  2DEP A;  3AXX A;  3GH4 A;  4AIE A;  2ZXD A;  1VRX A;  2VR5 A;  5CGM A;  1JZ3 A;  3EDJ A;  4AD3 A;  1UWR A;  1OWQ A;  4D6E A;  3EYP A;  4D1I A;  1ODU A;  3VDH A;  2JE8 A;  1VFU A;  1QI4 A;  3ZT6 A;  2D0G A;  4DUW A;  3VIN A;  3AMC A;  1V02 A;  4R5E A;  2O9O A;  1OB0 A;  4MAZ A;  3MMW A;  4JZ5 A;  4ZFM A;  1UWQ A;  3GXI A;  4W85 A;  2XVL A;  1UQY A;  1B2Y A;  4M56 A;  1UYQ A;  4F9D A;  4D6F A;  4A3Y A;  4HOZ A;  4UZS A;  4XZW A;  2CPU A;  2VX5 A;  3K4D A;  3ARY A;  4BF7 A;  4DM1 A;  4WSJ A;  1ODZ A;  1UR9 A;  2WMG A;  3N04 A;  3GNP A;  1V6X A;  2G8Z A;  2GDU A;  1LJY A;  4DM2 A;  3ZJ8 A;  3SUS A;  1OD0 A;  3KZS A;  5FL0 A;  3VGF A;  3BAW A;  4OKD A;  2ZE0 A;  3OIH A;  1XYZ A;  3WL0 A;  2PBG A;  1OM0 A;  2Y2W A;  1D3C A;  1MW2 A;  1TVP A;  6A3H A;  5GNY A;  2NW0 A;  1DP0 A;  1L8N A;  4U2Z A;  2OLH A;  3WEL A;  5KZ6 A;  2VO5 A;  2O9T A;  3AS2 A;  1NM9 A;  3O6A A;  5ABE A;  2GVY A;  4MJ4 A;  4DWS C;  2V5C A;  4W8L A;  1W9D M;  2BFG A;  3RM8 A;  1MW0 A;  5CLT A;  5CSY A;  3VIF A;  3ALF A;  3UCQ A;  4UQC A;  3CUJ A;  4MAV A;  2PBO A;  1MXG A;  2G3N A;  1UWI A;  1GPF A;  1ITC A;  2J8G A;  1WP6 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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