4ICN | Genus

Total Genus 102

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	102
sequence length	300
structure length	300
Chain Sequence	ESWGSHMINGSIVALITPLNSDGTVDYTSLEKLVEYHITEGTDAIVAVGTTGESATLPISEHIAVVGQTVKFASGRIPVIGGNGANATAEAIELTKAQNKLGVAAMLGVTPYYNKPSPKGLIAHYTAVAASTDIPQILYNVPGRTAVDMLPETIAQLVEVPNIIGVKDATGDVARVKQLRDLCGNDFLLYSGDDATAREFLTLGGDGVISVANNIVPKLFKLMCDAALAGDTQAAMAAEDQIKGLFSALFCEANPIPVKWAAHKMGLISQGDIRLPLTELSTEFHGLLLDAMKNARIEVK

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Cold enzymology offers insight into molecular evolution in quaternary structure rcsb
molecule keywords	DIHYDRODIPICOLINATE SYNTHASE
molecule tags	Lyase
source organism	Shewanella benthica
total genus	102
structure length	300
sequence length	300
chains with identical sequence	B
ec nomenclature
pdb deposition date	2012-12-10

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00701	DHDPS	Dihydrodipicolinate synthetase family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	4icnA00

3P60A 1NF0A 3OG3A 3R5EA 1SW7A 3LV5A 2I9EA 3DH7A 4NX5A 3W85A 1YDNA 3QZEA 3DFTA 5KINA 2UV8G 3NQVA 3THQA 1LLWA 4O15A 3DGRA 3GXTA 3TMQA 1SW0A 1OFDA 3PC0A 4IMEA 1DV7A 3L5LA 1TYGA 3C2RA 5KMYA 3H55A 1NEYA 4MPQA 3SFKA 5D05A 3C61A 1XDLA 4LOCA 1GEQA 3G0SA 3KHJA 1L6SA 1JVNA 1OYCA 1Q3NA 2V5LA 3GKAA 1DHPA 5K9CA 2VENA 1WQ5A 3INPA 2HS6A 2RDWA 2ZZ2A 3ZS4A 4MZ8A 3NQMA 5C54A 3LX9A 3LI1A 3NPVA 4UNKA 3LCLA 4JD4A 4C1LA 4RXGA 2ZA3A 5L6UA 1QPRA 2I14A 2W6RA 1YTDA 3HMJG 2DZVA 3C3NA 2QCHA 3G1YA 3NGJA 2GQ9A 4P2VA 3LCHA 1OFQA 2R94A 2V2HA 4UCGA 4UTTA 5EMUA 4PEKA 4GUFA 1ZCOA 4HHPA 2E5CA 4LS1A 3UPWA 2RKXA 1AMKA 1ZAJA 2AAMA 2B0MA 2ZFAA 1SUXA 1PCKA 2NUYA 1GTEA 5EYWA 3C6CA 3MP3A 3S1UA 3PB0A 4Z1BA 1UUMA 3LI0A 4J9JA 2I1OA 3EWYA 1K03A 1W1ZA 2J9YA 4DF0A 3B04A 2GQAA 3Q2DA 1XDMA 4JNMA 4ZQPA 3NL5A 4KWVA 3W7IA 5DLCA 5AYXA 1F05A 2TYSA 3DAQA 2WKJA 1LROA 1XM3A 2QJHA 3W73A 1H7OA 3HF3A 3QSTA 3UD6A 1H51A 3IEBA 1TRDA 1KM1A 3LTSA 1FWNA 1OHLA 2VXNA 3I7QA 3O05A 2ZRVA 1XI3A 3EXTA 3M5VA 5K9DA 4P61A 4JY8A 3LCIA 4A29A 5J5DA 2Q3RA 3OEXA 5EKYA 4IPJA 1KV5A 1TPB1 2X2GA 4PH6A 3G18A 5F4SA 4NZFA 4FXRA 4LT9A 5D38A 2QKFA 4ZMGA 1H1YA 2P1FA 4MYAA 1H7XA 3Q94A 4MFEA 3BO9A 1I2QA 5CGQA 1T0OA 3BV4A 3W2LA 2BLEA 3TQKA 4XKYB 5A8GA 2G5WA 2V30A 2ZZ4A 3C4UA 2YFNA 1OX4A 2WQPA 3E02A 3UWQA 2NV2A 4N9BA 1LM1A 4OU1A 4JIQA 3E49A 5BW6A 4JTTA 2TSYA 4RXFA 1MO0A 3O63A 3W7JA 2E77A 3W7HA 1Q6QA 3TSMA 5HQEA 4A3UA 4JEQA 4W9TA 4LVAA 3G8RA 3NO5A 3W7QA 4AWUA 1EP3A 4OV9A 3W7RA 1KM2A 3BLIA 1KBJA 3E96A 5AYZA 3T7VA 2VKZG 1PIIA 3TQ0A 2A21A 3LBMA 3GDRA 4R7JA 4UTWA 5G4EA 5G2HA 3QRHA 1QPNA 4K8HA 4ORIA 5G1YA 3S42A 3MI3A 1JQVA 4KKXA 5KTLA 3CC1A 2VOMA 4O0ZA 1XCFA 3Q58A 3TK7A 4IWWA 1F6KA 4IQLA 3W71A 1KM6A 4JTFA 3CPRA 3HBLA 4R53A 2E09A 3UPBA 1VGAA 4HPJA 1JQXA 1KM5A 3NZ1A 3O6DA 4UTLA 3EX2A 1TPWA 3RLVA 1FWWA 1L2UA 3LXCA 4BFAA 3OBKA 3T4CA 2GQ8A 3W7NA 3NAVA 1DVJA 2D73A 1W0MA 4PL1A 1CX9A 1TRIA 1Z42A 7TIMA 3TSDA 2A6NA 4NQ1A 4S2CA 1AW1A 4NX0A 3UZ5A 2TPSA 1FDYA 5BNKA 5HUOA 5LNRA 3WK3A 1YLVA 5FESA 5DY2A 3W1QA 3U8GA 2B7PA 4NJHA 4FNUA 1H60A 3EX4A 1W5NA 5D02A 4NJJA 2R91A 1G4SA 2P10A 1YPFA 3HG3A 3MJYA 4DF2A 4RR4A 1UB3A 1TSIA 4LVGA 4FNRA 4UTHA 5H2ZA 5DBUA 3PUEA 2F84A 1T99A 2ZRYA 3SI9A 1FXPA 3PSVA 1WAUA 4K6AA 4LV4A 4TMCA 3S0CA 1VS1A 3GX9A 1H7NA 2V81A 1EB3A 2VFDA 4O19A 4IMFA 5U7SA 4JTKA 5LKYA 3CIXA 5FEPA 1FUYA 3CTLA 1PL9A 4Z0SA 2Q8LA 2C16A 4UTMA 1IF2A 3LCWA 2CLLA 3B4UA 4ADSA 1XKYA 5K3VA 3FLUA 3STFA 1OFAA 3EKLA 4WY0F 5KZDA 4ZQMA 3S1XA 2ZRXA 5BMWA 3C2EA 4PL2A 2WO5A 1EWEA 3ABQA 1MEWA 1HO1A 1GT8A 1OFRA 3LHZA 5ABTA 1F73A 5LZLA 3EWZA 4YCOA 2QEZA 2NXIA 2ZZ1A 3TXZA 3E0IA 4ZL1A 3TC6A 1O95A 4TX9A 1GG0A 3PBYA 2VFGA 4JTGA 3TR2A 5MHBA 4JX6A 4BR1A 1VZWA 1LBMA 1R30A 1FXQA 3LHWA 3T55A 3B0VC 1U5JA 4XZ9A 1QO2A 4GXMA 2QCNA 2CLEA 4WJEA 4WOZA 1OF6A 1W3IA 3A23A 3NOEA 3P8JA 1NAL1 4XKYA 3L0NA 4RJEA 2CLHA 1OVDA 1ME8A 2VFEA 3HGSA 3NNTA 5SWUA 1FQ0A 2Q3OA 1DORA 4CNPA 2NV1A 2C13A 4XBKA 1THFD 3P5ZA 1XL9A 1VHCA 1C29A 2QUVA 2Y7FA 3EX3A 3LCFA 1Y0EA 4UMBA 3QSRA 4ZQNA 5AHIA 4K7YA 3I6RA 2C14A 3JR2A 2GVGA 4N9EA 1DKWA 2ZTJA 3LTPA 4LS2A 1W56A 5AHFA 4NNAA 3BVJA 4BI5A 3LOTA 3MP5A 4NJKA 3SIZA 2C0AA 2XN0A 1ZAHA 1X6UA 1QDSA 3DFSA 4O18A 4CQ9A 1OX6A 4NNCA 2Z2UA 1AL7A 4CCDA 1VC4A 1GYLA 4N6EA 1QPOA 1JUKA 1ME9A 3L67A 3S6DA 2DZUA 3W7GA 2AQWA 1HO4A 3TX9A 1TJPA 4UTIA 2X1TA 1J4EA 4NJGA 2VFIA 3BW2A 1EP1A 3CM4A 3G3DA 2WNZA 3EX6A 4I7VA 3TW6A 4MZ1A 4TU1A 4NVTA 1GZGA 2C18A 3O15A 3GIYA 1I2NA 2GJLA 2OZ0A 2FIQA 3BG5A 4HNUA 3CLMA 3G24A 1CW2A 4PC8A 3DI1A 3VI2A 1HG3A 4MLRA 3MMTA 4UFKA 2NX9A 1WOBA 4CCCA 4CCEA 4Y9AA 5GVJA 3N73A 4ONVA 3SW6A 3W2JA 3LDVA 4ORMA 3KVMA 4M7TA 4BWLA 4UMAA 3STCA 3SSJA 1OYAA 4CLMA 3FFSA 3S5OA 4XTIA 2HTMA 2GVJA 3OVRA 3IIXA 4K37A 4NZJA 1ADOA 5C5YA 1RV8A 2VEKA 3C52A 3TH6A 4IX0A 1K8XA 2CLKA 3CWNA 4HT3A 1FWRA 4LV9A 4MIMA 2YW3A 3HGOA 1KFJA 3LCXA 3HJZA 2OCZA 1Z41A 3PR2A 1LYXA 2WSQA 4OQVA 4QIUA 1OFOA 5LNUA 3EWUA 2J6XA 5IM51 2HS8A 1KW1A 5A5WA 1K3UA 3GLCA 3PULA 2J9ZA 3BG9A 4QITA 5EBUA 4EOUA 3GDLA 4FX7A 2H3BA 4S1FA 1DQWA 4RV8A 4PFMA 3WFAA 3E9AA 2OJPA 3AJXA 3TU9A 1FCQA 3KRSA 3P61A 1S5TA 2NX3A 3FIGA 3IV3A 3DZ1A 1TPFA 4Q33A 4H3DA 1PV8A 4JTIA 4QSHA 3UWZA 4XBSA 2H6RA 2QF7A 2PE4A 3I65A 3OVPA 4EF8A 1AK5A 3PB2A 4A2SA 1JCNA 4ZQOA 4N02A 1N8FA 2YW4A 4CQAA 2YCEA 3F4WA 1I2RA 2VC6A 2XN1A 1VYSX 3MYPA 5D2XA 1UASA 4A22A 3UWVA 1SO4A 1GVRA 2JBMA 1XUUA 1VLWA 3ATZA 5AFDA 1SZNA 4O16A 1GVOA 2E5DA 3TDFA 2B7NA 3RK8A 4Z1DA 3DHFA 3M5YA 5EL1A 4N2YA 2F7FA 5FF4A 3I7SA 4UTTC 3WK1A 3L65A 4RK8A 3O6CA 3L0GA 4DO5A 1RZMA 3BLEA 1QNVA 1ICSA 5CPNA 2FQIA 3HG4A 3EEGA 3NL2A 2W79A 3P62A 1PVNA 1EX5A 1G4PA 3GK0A 4XTDA 4RZ4A 2VEMA 3GKFA 4AF0B 1S3HA 1G4EA 2IQTA 2H8ZA 4XQ6A 3N9SA 4MJMA 3F1QA 1RPXA 3P81A 4RZ5A 4LUIA 1CI1A 1W5MA 3W6YA 3A5VA 3W2KA 1QFEA 2PC4A 1BEUA 1H7PA 4O13A 3P8IA 4AHOA 3KX6A 2A0NA 5HMSA 3LHUA 1ZALA 4HPXA 1FWSA 5AN7A 3QYQA 4UFMA 2Y85A 3AO0A 3S5NA 4AHPA 2RDUA 1JUBA 1ONRA 2J24A 4JDYA 3LHYA 5TQLA 3IGSA 1X8FA 1HFBA 3P84A 2G96A 4GFSA 3N14A 1ZENA 1SPQA 2R8WA 1MEIA 3HPZA 1M7PA 3DI0A 1IGSA 3GYEA 4UNLA 1H63A 1V5XA 1EA0A 4I9AA 4IPIA 4RKAA 3W72A 2V9DA 3W74A 4DPPA 1KLZA 2GOUA 4AAJA 3P80A 3UXAA 5K4XA 3PBVA 3QEZA 1V7YA 3T44A 3NDOA 1G67A 3PG8A 4OE7A 3KVJA 2CZ5A 2B7QA 1VPXA 1LORA 4O11A 3HB9A 5CSSA 4Y90A 1XBZA 4O8RA 2FPTA 4L4LA 1EIXA 3A21A 4OWGA 5FF0A 4QISA 1F7BA 4IOTA 3GR7A 4DBEA 3BW4A 1YPIA 2Z0IA 3L9CA 1FWTA 4FIQA 1D3HA 1GTHA 1ZY9A 2DJXA 4WXZA 3RFAA 3P82A 1EUNA 4H4IA 4DQWA 5HUPA 1FBAA 4MKNA 4DO6A 1GVQA 4M5PA 4R33A 3V1PA 3QPZA 3USBA 4Z1CA 3W7KA 2E6FA 2H90A 1Z48A 4GWEA 1B57A 4AVFA 2CLFA 3M47A 1I8JA 5F2IA 3CU2A 4GUIA 5IBXC 5D09A 1GYNA 2CLMA 2NZLA 4Q4KA 5HINA 1A5CA 4RCXA 1I4NA 4LWWA 2P0OA 4MUZA 2ZRWA 3FYOA 2EF9A 4HN4A 5AC7A 4IMCA 2J9XA 3O06A 1ALDA 4Z0JA 4X9SA 2WSYA 1T8XA 2CU0A 4MY9A 3QQ0A 2NXHA 4HKPA 4JTLA 4JTJA 5K2ZA 1M5WA 1N55A 2CLOA 3EWBX 1QPQA 4BI6A 4UXDA 3B0PA 4GUHA 4JY9A 2J27A 1LOQA 1U83A 4FNTA 4A2RA 5AHEA 2NX1A 5CKSA 2QR6A 2RH9A 2EKCA 4TR9A 3UQNA 4PTNA 4FNSA 1LTDA 3IGXA 5D2WA 3UNDA 2QCCA 1M7OA 4O53A 1B4EA 3CQ0A 4GC4A 4JDBA 1D3GA 4X2RA 3M43A 4WD0A 1KM4A 1VLIA 1IIGA 1TO3A 3S8HA 1VQTA 1TREA 2WV8A 3CHVA 3QF0A 1R47A 4R34A 3A24A 1FX6A 1Q6RA 1OK4A 1TB3A 2QCFA 3G0XA 3BLFA 3TXVA 2DP3A 2B4GA 1WBJA 4ML9A 2QDGA 2C3ZA 3H54A 1C8VA 3GAYA 4QQ3A 3GDKA 1H62A 1W8SA 4WOQA 1QMLA 4ADUA 1F6PA 1S5VA 3W7LA 3W9ZA 4M6PA 5F4WA 5FEXA 2NXGA 1W3NA 1KM0A 1EWDA 3DFOA 3W70A 3LERA 5CZSA 3L5AA 1XBXA 3NPUA 5DN1A 2QJIA 2JKPA 4JYEA 3NQEA 2ZCGA 1T96A 5HR7A 1TV5A 3P5YA 4LRSA 1GQNA 2E6AA 3FKRA 1MXSA 3TUUA 4Z1AA 2GJNA 3MUXA 2YXGA 6TIMA 3ATYA 3WJWA 3EWXA 3M0ZA 3TIMA 1GWJA 5DXYA 2QCLA 1FDJA 2FB3A 4YL2A 4Y6GA 3SGZA 4O4WA 4ZQCA 5LGZA 3R12A 5FF3A 2PRHA 5D2TA 3GNNA 5AHMA 3W84A 2ZA2A 1VHNA 5AHLA 3TROA 4GUJA 3DKLA 3ZWTA 2X1UA 2Z1BA 3FS2A 3RMJA 3GB6A 5G2IA 1LOLA 3N34A 1LDCA 3H53A 1KTBA 2YDAA 4BF9A 2EGZA 1H50A 1W31A 5J5RA 1PE1A 1VCVA 1I2PA 4LUJA 4B5NA 2VELA 2TMDA 3I68A 3VE7A 2ZZ6A 4H6KA 3F03K 2AGKA 1BKSA 1GOXA 4QM1A 3DENA 4UR7A 3R8RA 1TQXA 4UMCA 2H3DA 1JCLA 1IIHA 3B05A 5AC8A 3TJLA 4M6VA 3BARA 3QW4B 4UTUA 1UCWA 3RNDA 4DXVA 4KFNA 5DCEA 1W5PA 3ELFA 1O94A 3W3OA 5LHFA 4GUGA 4UC5A 3NPWA 4YWIA 3W1XA 1LOSA 2JKAA 2ZYFA 1UBSA 1DBTA 3HGJA 1XBYA 3PG9A 3GXNA 3N3MA 3QJAA 2FLIA 1IXQA 1A5BA 4ICNA 1MZHA 3IVTA 2ALDA 3P7YA 1RD5A 2NUXA 1RQBA 1TMHA 2A1YA 4LC8A 5E1QA 4TIMA 3HPXA 4PCFA 3FYPA 2FPYA 3IIPA 3S9YA 3C8FA 3EX1A 4CQ8A 3NQ7A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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