5I3F | Genus

Total Genus 94

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	94
sequence length	249
structure length	249
Chain Sequence	SKPQPIAAANWKCNGSQQSLSELIDLFNSTSINHDVQCVVASTFVHLAMTKERLSHPKFVIAAQNAIAKSGAFTGEVSLPILKDFGVNWIVLGHSERRAYYGETNEIVADKVAAAVASGFMVIACIGETLQERESGRTAVVVLTQIAAIAKKLKKADWAKVVIAYEPVWAAGTGKVATPQQAQEAHALIRSWVSSKIGADVAGELRILYGGSVNGKNARTLYQQRDVNGFLVGGASLKPEFVDIIKATQ

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Structure-Function Studies of Hydrophobic Residues That Clamp a Basic Glutamate Side Chain during Catalysis by Triosephosphate Isomerase. pubmed doi rcsb
molecule keywords	Triosephosphate isomerase, glycosomal
molecule tags	Isomerase
source organism	Trypanosoma brucei brucei
total genus	94
structure length	249
sequence length	249
chains with identical sequence	B, C, D
ec nomenclature	ec 5.3.1.1: Triose-phosphate isomerase.
pdb deposition date	2016-02-10

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00121	TIM	Triosephosphate isomerase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	5i3fA00

3TIMA 1K3UA 1LOLA 3I68A 3KX6A 3W75A 1L9WA 1O5KA 4MY1A 2BSLA 4O12A 4M6QA 4ZQNA 3W2KA 3W2NA 4N6EA 5F2IA 1SO6A 4FNUA 1X7FA 2QEZA 4IQLA 3NQ2A 5DELA 3BW4A 4K7YA 4IXXA 2Y70A 5AC8A 1KFEA 1I2QA 4JTUA 1ALDA 4O8RA 3HBLA 3BW3A 1H7WA 1O94A 4WUIA 3V1PA 1OABA 3DHFA 3IGSA 1VZWA 1AL8A 1WOAA 1X8FA 2ISSA 2GPTA 4RR4A 1SW3A 2ZA3A 3U8GA 2P0OA 3LTSA 2X30A 4M7SA 4IMCA 5KSWA 4LVDA 3THAA 3UWVA 1YYAA 3QMSA 3AO0A 4DO4A 5HWNA 5LHEA 2NV2A 5D2XA 3DENA 1LZOA 2QKFA 5AOUA 3W1NA 5D2YA 1W54A 1GVRA 1HFBA 3HG3A 2ZZ3A 1LBLA 3FLUA 1IXQA 5DY3A 1PS9A 2EPHA 1TV5A 4UC5A 4MFDA 1VYRA 3B0VC 1PV8A 3O6DA 1KM4A 4CLMA 4IOTA 1QR7A 4PEKA 1GOXA 3GXNA 3RMJA 4X9SA 3FOKA 2J9YA 3M44A 3MWAA 3FYPA 2YYUA 3H53A 1QCWA 3GKAA 5AHNA 2YXGA 2Z2UA 4ZQRA 3GDKA 2E5BA 2QCHA 4KWVA 1EP2A 1Q6OA 5G2WA 4N9EA 3UPBA 3PY2A 1Q45A 3CHVA 1RQHA 3TUUA 5KMYA 1OFRA 4WY0B 2NXIA 5EA9A 1HL2A 1TTIA 3WJXA 4GUHA 1QPQA 2V5BA 3IIPA 3O8AA 4OHQA 1FQ0A 3TQVA 3T78A 3FJLA 5G1YA 3HMJG 1D3HA 5BRBA 1A5BA 3UQNA 4R34A 1T0OA 1SO5A 2YFNA 2YSWA 2I14A 4WQ6A 2RFGA 4TO8A 3DFQA 2CZEA 1ICSA 3GKFA 4UTTC 3C4UA 4Z08A 3TW7A 3MP3A 1CI1A 4L4LA 4K37A 1VHNA 3W7NA 1FWTA 1WDWA 3WJYA 2E6YA 3LCIA 4XKYA 4N4PA 4O0ZA 4LVGA 5E93A 5G1TA 1EUAA 1XXXA 5L6UA 1DBTA 1ONRA 1L2UA 4E2BA 2H3DA 1H60A 1KBJA 4AF0A 2QCFA 2WOQA 3DKLA 3NNTA 2A7NA 3EXRA 3DXIA 1YDOA 3LCLA 5AB3A 4O14A 4HNVA 4S1FA 4A2SA 4HNUA 4IX0A 1ZJIA 2X1RA 3MP4A 3HQ1A 1ZENA 3L2IA 3STCA 1TPC1 4GUGA 4KFPA 2WQPA 1AL7A 1GQNA 3B0UX 1JUKA 5LNRA 3DZ1A 1WBHA 1PCKA 2VXNA 2QCGA 2EHHA 2CFFA 4IWWA 3C2VA 2ZYFA 5K7JA 1ME9A 1OFQA 4O50A 4MOZA 3D0CA 4AB4A 1P1XA 4K7VA 1RVGA 1H1ZA 4AAJA 1BTMA 3NPUA 1XC4A 1TPUA 3EEGA 2GVGA 3HGSA 3B0PA 4RCXA 4JDBA 4DO6A 2Z6IA 1AW5A 4QNEA 1G7UA 4XUGA 3W23A 1PHWA 2JK2A 5LHFA 3QQ0A 1F74A 1M5WA 1VYSX 1OG0A 4DXVA 1WXJA 4E2DA 4S2CA 1KFKA 4RV8A 2UV8G 2VFDA 2WPBA 3HF3A 1H62A 3DH7A 7TIMA 2NV1A 2ZZ5A 3P74A 1W5QA 4KFNA 1LORA 3LHTA 5AC6A 4GNJA 2QUVA 1EB3A 4P2VA 3OG3A 5D09A 4GUJA 4QQ3A 3G24A 2Q3OA 1R2TA 3LHWA 2OJPA 1RD5A 3Q37A 2NLIA 4AEOA 3C2OA 5DXYA 1VPXA 2B7NA 2CLMA 5I3IA 3HO8A 1VCFA 4MZ1A 1N55A 3N2MA 3WJSA 3C3NA 4H6KA 1WBJA 4HSOA 5ABTA 1EWEA 1V7YA 5E0KA 1JCJA 4NJJA 1LRTA 1T99A 2RKXA 5G4EA 4JTTA 1GYLA 2NXHA 3QPYA 1EX5A 2CLOA 2TPSA 1C29A 2V8ZA 5D37A 1JQVA 4Z1BA 4Z1DA 5DCDA 2LLEA 5A8GA 3UZ5A 2EKCA 3MUXA 3MBFA 3ZR4A 2GVLA 4DF1A 3O1NA 4R33A 3TXZA 1M7PA 2FPYA 3UWYA 3W73A 1XL9A 2F84A 4ADUA 1OX6A 2A5HA 4K8EA 1B4KA 1W31A 1KFBA 2Y6ZA 1KTNA 5CGQA 5FEZA 1JRCA 4LRTA 3T40A 1GEQA 2ZZ2A 2ABAA 3L67A 4XBKA 1GZGA 1NFBA 1W3TA 2R8WA 3EWYA 3P80A 2ZRXA 3G3DA 1W56A 1O4UA 3FEMA 3W7MA 5AYXA 4QJ1A 3MI3A 2OCZA 1OK4A 1SW0A 1KTCA 3RU6A 1KFJA 3TSDA 1TB3A 3ABQA 3VNDA 2FLIA 4UTTA 3TU9A 3KVKA 4JX6A 3LCGA 2ATMA 3G8EA 4UTWC 3W7KA 1XI3A 1MEHA 1TV8A 3W87A 3IIZA 4ZZ9A 1FWSA 1EEPA 4JYDA 4LC8A 4X22A 3S1VA 2DP3A 3TSBA 1KFLA 1R30A 4M5PA 1TMHA 4YLWA 4YCPA 3PB0A 3UWZA 1TYGA 1B57A 5BOOA 1G4SA 2WJZA 3LI1A 3RK8A 1UUMA 4AWTA 3EKLA 3PB2A 2O7SA 3U6WA 1VCVA 3O15A 1RQBA 3NL6A 3B05A 4IGHA 4XWUA 2DORA 3P82A 4M19A 1ZAHA 5AHMA 2TRSA 4WXYA 3C56A 3N9SA 5D05A 2CU0A 3ATYA 1PL9A 4Z0JA 5HUPA 3QYQA 4NNAA 2DZTA 4K39A 3NL3A 3N3MA 1KFCA 2R14A 1VS1A 5KINA 3L0NA 2JKPA 3GXTA 3TKFA 1YDNA 1XBXA 4A2RA 3V75A 1W0MA 1OYBA 3LTPA 1D9EA 3NQ7A 3W1AA 4YXGA 4DPQA 4ZVJA 4JIQA 4LOCA 5F4XA 3GR8A 4JX5A 3SECA 1KW1A 2ZRZA 4JTHA 3QEZA 4PA8A 4JX4A 1FXPA 5BNKA 1YADA 1FCUA 5D32A 4QM1A 1UCWA 1IIGA 4ZQPA 3TDFA 5HJLA 2YPIA 1U5JA 4ZQOA 1HUVA 1QFEA 2QCNA 1DVJA 3B03A 5K9XA 3JR2A 2DZWA 5T26A 3PUEA 3BVJA 3ZFHA 2A85A 1FDJA 2C6QA 2J27A 2OMAA 4UUIA 4TMCA 1OVDA 1FDYA 4HIBA 1MSSA 1L6YA 1H50A 2C14A 4ZMGA 4FNRA 4JTGA 3KVJA 4DQWA 4IXHA 3LOTA 1H1YA 4C1KA 4TX9A 2R94A 3PAJA 1JULA 1TPEA 2Q3RA 1FBAA 1A53A 2YR1A 4TU1A 4QIUA 3DHDA 1UASA 4G1KA 5HUOA 4BF9A 4MZ8A 1DV7A 4ALDA 2QCCA 1J2WA 4L4MA 4O28A 3QM3A 2TMDA 2NX9A 4PODA 2HMCA 2ZRUA 1OFOA 3NA8A 4IUOA 1SFLA 2YYTA 4O1CA 2G96A 3LM7A 3M6YA 1OFBA 1THFD 1S3HA 2WSQA 3GB6A 3MHGA 1W37A 1XBVA 2FDSA 3BO9A 1OYAA 4XKYB 2JBMA 3O63A 3M43A 2E09A 2FFCA 5I3JA 3UXAA 3M16A 5I3HA 1DJQA 2E5DA 3PSWA 2VFGA 4BI7A 3OHIA 2C15A 4K38A 4ORMA 3CPRA 3T7VA 4AF0B 1L6SA 2C18A 3HOJA 4O54A 5DCBA 3ABOA 4CQAA 4PC8A 3M5YA 1DKWA 4CQ9A 3MHUA 5K3VA 3EX4A 3N14A 1ADOA 1EP1A 4JDYA 2ZRWA 3EB2A 4MVAA 5D2WA 3DFPA 3QFEA 1YTKA 3NQ8A 2BTMA 1GWJA 1LLWA 3TK7A 4UTWA 5E1QA 1H5YA 1VLWA 3W88A 4NJGA 1P4CA 1TRDA 3GXPA 5D30A 3P84A 3BLIA 5DBTA 3ABSA 5U7SA 5FF4A 3SJ3A 3G1DA 3A22A 2H8ZA 2Y7GA 4YMZA 3G0UA 3NO5A 3K30A 4NNBA 3IGXA 1XCFA 3DBPA 1NSJA 1ZAIA 2IQTA 5L9FA 3ANYA 2X1UA 3DFOA 1SSGA 5F2LA 3F03K 4EIVA 4Z1CA 3N2XA 3N19B 4PTNA 2W79A 3DGRA 1TQXA 3PM6A 3W74A 2VEMA 3INPA 1ME7A 3LTYA 2FPVA 1A5SA 2YX0A 2AAMA 1GVOA 1SO3A 1JUEA 2A2IA 5EMUA 1MEIA 1OFPA 5KITA 3A23A 5HULA 1QNVA 5CSSA 4DEFA 2CLIA 4OGZA 2Y7EA 4JTSA 2GQAA 4RKAA 3EWXA 3TMQA 4PH6A 3VKJA 4GUFA 4J9JA 1OX5A 3TAOA 3S0CA 3AJXA 3VCRA 4W9TA 1M6JA 1K7FA 1TIMA 3KFTA 1JRBA 2OX1A 3T44A 2Y7FA 4O53A 3GDRA 3KRSA 3M5XA 4DELA 2WNNA 4BK9A 1KM2A 5U4NA 3CC1A 3Q2DA 1CX9A 1OFAA 1Z44A 1XUUA 1YXDA 3W7EA 2E77A 3LHYA 3C61A 4IMEA 1XFBA 3GLCA 4UTLA 3UYCA 2B7QA 3C0JA 4O16A 1GTEA 2XFWA 4NT0A 2I9EA 4R53A 3PULA 3BGJA 3NZRA 2VKZG 5AYYA 2GJNA 3P5YA 4QISA 4K36A 3SR7A 3W2JA 5EPDA 2FQIA 3QMRA 4UTKA 4KWWA 5AHEA 4JYEA 1TTJA 4XTIA 1RR2A 4UNLA 4EWND 5LKYA 4HN4A 2ATSA 5F4SA 3TFCA 4BR1A 2Y61A 3O07A 2CLEA 4NUWA 1FWRA 2ISVA 3GDTA 1ZY9A 5C54A 3TA6A 3UPWA 1H61A 3LX9A 4FX7A 2QAFA 1EUNA 1FCVA 3G1HA 4GXMA 3S5OA 1W8SA 2DU2A 5HINA 1SQ7A 4FF7A 3QSRA 2AGKA 3MMTA 1VQTA 3T4CA 4IX2A 4PFMA 2ZDRA 3IVSA 1XM3A 4MLRA 4NZJA 1PHQA 4CNNA 3TW6A 4I7UA 2YZRA 5TQLA 1H7XA 1I8JA 5HMSA 3W7IA 5AHLA 2B7OA 3NQ6A 4UMCA 4GBUA 1KV5A 3P62A 4NZFA 4HKPA 4FNTA 2FPTA 3GDLA 2QUUA 3W7RA 3MP5A 1GVSA 3QJAA 1IXNA 4RZ5A 2B4GA 3UWWA 2CLFA 2NWSA 1PIIA 4RLIA 2NWRA 2V0TA 3G1SA 3A21A 3ELFA 3I65A 1H7OA 1S5WA 1LP6A 3BW2A 2QR6A 5I3KA 5BMWA 3M7WA 1HTIA 1YTEA 2VENA 1AW2A 3PG9A 4QITA 1K03A 4LT9A 1DQXA 2CZFA 4UNKA 4UTMA 3W7JA 1JQXA 4JXCA 1MO0A 4BI6A 2B0MA 5C55A 3W9ZA 2BZNA 1WA3A 2CLLA 4UTJA 5LSMA 2ZRYA 4UFJA 4CNOA 4N2YA 1IGSA 3NL5A 4M7TA 4MJZA 2V30A 5FF2A 5K4ZA 4H3DA 2ZZ6A 4JIPA 3RNDA 3NPVA 4IPIA 2E6AA 3TQ0A 3BG9A 4ZL1A 4AWSA 1K8ZA 4ONVA 3HGJA 5CZSA 3HPSA 2DJLA 2C3ZA 2CWNA 2ZTJA 3B04A 4PL2A 3C52A 3N73A 1TPB1 2C13A 5BMXA 1N7KA 3NM1A 3R8RA 3KVMA 3W1TA 4MJMA 1G4EA 5FEPA 3H55A 4Y96A 2YDAA 2J24A 4R7JA 3WFAA 5EYWA 1R2RA 3W1LA 2ISWA 4POCA 4RXGA 3B06A 3I7QA 3W1RA 3KXQA 1SFJA 1QDSA 4AWUA 1QOPA 2VELA 3PBYA 2Y62A 3BV4A 4O4VA 3GAKA 2PCQA 3TE9A 3PUDA 3TH6A 1TPFA 2VOMA 3KVLA 2CLHA 1OFEA 4LU0A 3W07A 1LBFA 1FWNA 4CCEA 3OVRA 3S1WA 4WD0A 4O17A 2A21A 4EOUA 2DZSA 5FF0A 1QPOA 1VRDA 4OU1A 4MFEA 4UMBA 1H51A 5AFDA 3B8DA 1YTDA 4ZQCA 5CZ0A 3W2UA 1TTPA 5LNWA 2QF7A 1P0KA 4UTUA 1IXOA 2ZQ0A 5HR7A 1RV8A 4MKNA 4ADSA 2D73A 4X2RA 1TRIA 4O15A 4QAIA 3S6DA 2A7RA 3LLDA 3LXAA 1EPXA 1J5TA 1YLVA 1I2OA 3Q94A 5CPLA 5SWUA 2C0AA 3EX1A 3S9YA 2XN1A 4LVFA 3W7GA 2WKJA 3GVGA 4DBEA 1W5NA 3IEBA 5G4WA 3A5VA 4MPQA 4NQ1A 5LNSA 1H63A 3G3MA 3S1XA 4LUIA 2C16A 1TPH1 3L68A 4JTJA 2QCDA 2PRHA 1QOQA 5K2ZA 3EXTA 4FB7A 5K9CA 3CIWA 1N8FA 5DN1A 1EWDA 4EF8A 1KM6A 4LW7A 3R13A 3HPZA 3P61A 3USBA 5G5IA 1ZAJA 1G7VA 2EF9A 3W7CA 1R2SA 3WJZA 3G22A 1G4PA 3OVPA 4FNQA 5C2XA 3TC6A 1QPNA 5F1UA 4YWIA 2QJIA 4UR7A 2RDTA 3W71A 2ZBTA 4A29A 5IM51 5CKSA 3LI0A 1LRQA 1PVNA 1X1OA 4O1BA 2A1YA 3PR2A 1Q3NA 4BFAA 2QDGA 3LDVA 2NXGA 2A6LA 4O13A 1KM3A 3P60A 1OK6A 4UTIA 1SZEA 3P8JA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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5I3FA

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