3LHTA

Crystal structure of the mutant v201f of orotidine 5'-monophosphate decarboxylase from methanobacterium thermoautotrophicum complexed with inhibitor bmp
Total Genus 81
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
81
sequence length
218
structure length
218
Chain Sequence
VMDVMNRLILAMDLMNRDDALRVTGEVREYIDTVKIGYPLVLSEGMDIIAEFRKRFGCRIIADFKVADIPETNEKICRATFKAGADAIIVHGFPGADSVRACLNVAEEMGREVFLLTEMSHPGAEMFIQGAADEIARMGVDLGVKNYVGPSTRPERLSRLREIIGQDSFLISPGVGAQGGDPGETLRFADAIIFGRSIYLADNPAAAAAGIIESIKDL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Lyase
source organism Methanothermobacter thermautotrophicus
publication title Conformational changes in orotidine 5'-monophosphate decarboxylase: "remote" residues that stabilize the active conformation.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
total genus 81
structure length 218
sequence length 218
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.1.1.23: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date 2010-01-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00215 OMPdecase Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3lhtA00
2UV8G 3EWXA 3VI2A 1XBYA 4DO4A 3NQ6A 3OA3A 3G1SA 5BRBA 1XXXA 3WJWA 3BARA 1H7NA 2J9ZA 2CWNA 4MZYA 4XKYA 4O52A 2NUYA 3TCEA 1ALDA 2NUXA 1TJRA 3A5VA 1Q6LA 3KHJA 5L9FA 2CLHA 4JTSA 3TROA 1LOQA 5DXXA 4DPPA 3CB8A 4XQ6A 5D02A 4AEOA 3N73A 3TSDA 4IMEA 1F6KA 4FNPA 2ZRYA 4LY8A 2V81A 2V5BA 4MZ8A 4O19A 4X2RA 2P10A 4HPXA 4A2RA 4O53A 3P62A 3TSBA 3SJ3A 1OFQA 4AF0B 2Q3RA 5F1VA 1B4KA 1TSIA 4O15A 4LUIA 3W1QA 4N6FA 5CZJA 4K36A 3ATYA 1H5YA 4RX0A 4Z1DA 4JTKA 3W1UA 2Z1BA 4UTJA 1TPFA 3DKJA 5LHEA 2B7QA 5CZSA 2G95A 2J27A 2R14A 3MP4A 3C2EA 2JBMA 3OVPA 3GAYA 1FUYA 4WOZA 4UMAA 2ZRWA 4IOTA 2TSYA 4LS1A 3KVKA 4ZQCA 5AFDA 1DQWA 3W7QA 3A24A 3NPWA 3FA5A 3KVMA 3S5ZA 1FBAA 1P4CA 1LRTA 3EWZA 5DELA 1RQEA 1LRQA 1A5SA 3F4WA 3O6YX 2BXVA 3BPWA 4KFOA 4BR1A 1QPRA 3N9SA 3BG3A 3RLUA 1AL7A 1JUKA 1WOAA 3NL6A 2C16A 4O1AA 3W7DA 4IXXA 4TX9A 4H3DA 3O1NA 1JRCA 1KFBA 2ISVA 3W84A 2OJPA 5D30A 3NQMA 1OFPA 1TJPA 4M19A 4HSNA 4K39A 3S5NA 3W73A 5KZMA 3GVGA 4N9BA 1RVGA 2ZRUA 4MLJA 5AHEA 1FWNA 2ZFAA 1FXQA 3C2FA 2ZZ2A 4IX0A 5FF2A 4LU0A 1OFOA 5GVJA 1CX9A 3PSWA 5D2WA 4B5NA 3L67A 3TXZA 4LC8A 4LWWA 1VC4A 3TJXA 4MIMA 4KFNA 1YYAA 1LYXA 4DO5A 1K02A 2EGZA 4ADUA 3LRKA 1GVFA 3KVJA 3E0IA 2RHGA 1QNVA 1E51A 1LORA 1A5BA 3WJZA 4PL1A 3W1RA 1ZAJA 3O05A 3LLFA 5AYYA 1C9DA 4O50A 4N6EA 2WJZA 3VKJA 2X1TA 4O18A 2ATSA 3NL5A 4Z1AA 1KM3A 4IPJA 4PH6A 3L65A 3N14A 3LOTA 4R53A 1AK5A 1R2RA 4JYDA 2ZZ7A 1FWTA 1XBVA 4OE7A 4YLWA 4O57A 1KFLA 1Q6OA 4RZ6A 3W22A 5HWNA 4MYXA 4QIUA 3LX9A 5F2LA 4QM1A 4WY0F 1FWRA 3HOJA 3WK3A 1QPNA 5AOUA 4QAIA 3C52A 4JY8A 2EKCA 2I1OA 1NVMA 3B0PA 5LNWA 3IV3A 1A5AA 4O16A 5IBXC 2VENA 4QNEA 3W07A 2JK2A 1J5TA 1U5JA 3TFXA 3BLFA 1FCBA 2W0UA 3BLEA 2B0MA 5F4XA 2E68A 1WV2A 4LRTA 4FX7A 4WXYA 4RLIA 3U6WA 1OYBA 3SIZA 2OX1A 4UFHA 1VH7A 5AC7A 2H90A 4U28A 3ABQA 4ZVJA 2CZFA 2GJLA 3N19B 3PWAA 5KINA 3PULA 4AAJA 5HINA 2R94A 2FPTA 3UWVA 1Q6RA 3G1AA 1ICPA 1KBIA 5D33A 1SO5A 3E9AA 5CG7A 4GUHA 3NQAA 4NJGA 1K8XA 3LHVA 5DY3A 2Z2UA 4GE8A 4KWWA 1GOXA 1Q3NA 3CIXA 4ORIA 3PUOA 1DVJA 3P82A 2RH9A 1KFCA 2Y88A 5FEWA 1F7BA 4JDBA 1VLWA 3OIXA 3HB9A 3HQ1A 2TYSA 1IXNA 4XWUA 5F2IA 2YCEA 4HNVA 4MKNA 1LM1A 3MYPA 1Z41A 5TIMA 3EEGA 2V2DA 3GX9A 1I4NA 3LLDA 3CTLA 4OQVA 4IMGA 1ME8A 1PL9A 1SW3A 1W5QA 5F1UA 3UXDA 4UTTA 4JX6A 4FEZA 1W31A 3JR2A 1YXDA 1VRDA 4I7WA 1VPXA 4A21A 3LI0A 1ZAHA 3ABRA 3HPSA 3Q2DA 4CNNA 1TTJA 4MOZA 2ISWA 3GDTA 1GPWA 3LERA 4JYFA 1FQ0A 3A23A 4NZFA 3UWZA 1GT8A 1KV5A 5FEPA 1K7EA 3M5XA 1EWDA 1LBLA 1YPFA 4LV9A 1PCKA 1GG1A 1QDSA 5K9CA 4JYEA 5HQEA 1VGAA 1KTNA 2ZTKA 3W2NA 1PV8A 1W5MA 3GNNA 4FX6M 4K37A 3SR7A 5CSSA 1XUZA 3H54A 4OT7A 4BI7A 2E6FA 1DJNA 3BLIA 3G0UA 1TREA 1Z48A 4P2VA 3LTYA 2J9XA 1HTIA 3FYOA 1SO4A 4J9JA 3DFSA 4U4MA 4FXSA 2V9DA 3VE7A 1TPUA 3LCIA 2Z6IA 4MY1A 3WJYA 2GOUA 3LCWA 1DKWA 1K03A 3PBVA 4BWLA 3KRZA 4UNKA 3GKFA 1N55A 5LNSA 3C2RA 4NX0A 3AO0A 1WOBA 2ZZ1A 4UTIA 4HHPA 3NZRA 5DBTA 3A9IA 4NUWA 5SWUA 2E6YA 1IIGA 3QQ0A 2YZRA 3HGRA 3CT7A 2VFFA 2Z0IA 3O16A 1GWJA 2EHHA 1NF7A 3RNDA 4O17A 2WOQA 1PHWA 4I9AA 3W7MA 2WNZA 3CU2A 1YXCA 3MBDA 1O60A 5I3JA 3DZ1A 3LHUA 2W6RA 1I45A 2R91A 4N2YA 1JQVA 1KTCA 3GXPA 2DZVA 2PURA 1SR9A 3STCA 3I68A 5A5WA 3V75A 2YX0A 2W79A 3G24A 4NJHA 1LLZA 1GEQA 1OX4A 4S2BA 2QDGA 1N7KA 3GDLA 2H8XA 1KFEA 1RR2A 4RXGA 5BMWA 2ZYFA 5D09A 3MI2A 3EXTA 1WBHA 4Q33A 5G5IA 4RXFA 3DBPA 2QEZA 2QCDA 4PA8A 4CCEA 5C54A 4ALDA 4MLRA 4GRSA 2C18A 1SW0A 4IJBA 3WJSA 3O6CA 3QEZA 1XDLA 4FNTA 4O14A 2OT1A 2LLEA 1JR1A 4ICNA 1UJPA 3LCLA 3MI3A 4X9SA 2X1SA 3G8EA 3TIMA 3TA6A 5K4XA 2YYTA 3QYQA 5AYZA 3TC6A 2HS8A 1TRDA 1M6JA 1TO3A 4K7VA 4N9CA 3W2LA 4YCOA 5FEZA 4ADSA 5I3FA 3THAA 3M7WA 3ZS4A 3EX1A 4RV8A 4JEQA 4LTSA 2CFFA 5D2YA 4AXKA 5E0KA 3MW7A 1K8YA 3UD6A 1OABA 4JTHA 3E02A 1RQBA 1TTQA 3FOKA 2PRLA 3W2KA 1LBMA 4GWEA 1HO4A 1XFBA 3BK0A 1P1XA 3AJXA 5CPOA 3SSJA 4DBDA 3R89A 2ZA1A 4A3UA 5U4NA 1ZALA 1TPEA 4HKPA 3LXAA 2OZ0A 3TQ0A 3NA8A 3WK0A 3S1UA 2PCQA 8TIMA 4A22A 1GZGA 1VJIA 4M6QA 1IIHA 2Y61A 3S1XA 4MY8A 1X1ZA 1G7UA 4GUJA 4GUFA 3W6YA 2WSYA 2VFGA 4TO8A 1A50A 5E1QA 1TQJA 3T55A 5FF7A 1KM5A 4MFEA 3HG4A 3C6CA 3NPVA 4O10A 2ZRZA 3C61A 1YDNA 3UWWA 4RCXA 5HULA 4I7UA 2Q8ZA 2A0NA 3NO5A 4YXGA 1OX5A 1W54A 4O4VA 2C1HA 3PUEA 1K8ZA 3FJLA 3CWOX 3TK7A 2WSRA 3PY2A 4HPJA 2B7OA 3ABOA 3VNDA 2V2CA 3CWNA 5AYXA 2P0OA 3IEBA 5K2ZA 5HUOA 3L0KA 4FF7A 3CLMA 3L66A 4R33A 1X8FA 4LT9A 3NNTA 4FX8A 2A4AA 3M44A 4QSHA 3W88A 1QPOA 2AAMA 1G4PA 2Y70A 3EX6A 1TCDA 4UTMA 3KVLA 2O7SA 3EWYA 3ZWTA 1C29A 2NWSA 4MPQA 1OJXA 3IVUA 5LHFA 2JKEA 3BW2A 1H7WA 4OWGA 1XBZA 4UMBA 1D3HA 5TQLA 3I7QA 5AHFA 3HMJG 1XL9A 5LNRA 4L4LA 2ZBTA 1ZCOA 1J4EA 4GXMA 2FIQA 1KM0A 3IGUA 1OFEA 2QF7A 3G1HA 1JCNA 3NGJA 3O15A 2J6XA 1O5KA 1OFAA 1I2OA 5D37A 2ABBA 5I3GA 2ALDA 3DXIA 4LS0A 5KITA 1ICSA 2E5CA 1I2NA 4PFMA 3BV4A 1HUVA 2DP3A 2YW3A 1H63A 1TV8A 1AW2A 3MHFA 2RKXA 3PC0A 3IIZA 2WV8A 1SQ7A 1SW7A 3LCHA 3TU9A 5EPDA 3HGJA 1EEPA 2CLIA 2JGYA 4MJMA 1JULA 3NL3A 3BW3A 2V82A 3BGGA 4LW7A 1B4EA 5K9DA 1W8SA 3GDKA 5G2IA 1L2UA 2GVGA 2H8ZA 2YFNA 1QO5A 3KRUA 3MBFA 3RFAA 2FDSA 3P5YA 5AC6A 2B7PA 3G1DA 3G3DA 3QM3A 3L5AA 5DBUA 1D9EA 3N9RA 4WY0A 3FKRA 4WOQA 5C6MA 1RD5A 1PS9A 3NQ7A 3WJXA 3PSVA 4OU1A 5FF0A 1LOSA 4FHAA 1H51A 5LGXA 1EP3A 3QZEA 1QWGA 3CEUA 4OV9A 1LTDA 2JGQA 1KM1A 1T0OA 2Y7GA 5CZTA 3W72A 2QCHA 2I9EA 3P74A 4P61A 1GYLA 3NPXA 3W2MA 1QO2A 3GK0A 3W71A 3TE9A 1T99A 1F05A 4UUIA 5MHBA 4JTFA 3IIPA 4M7TA 4MVAA 3LTPA 5FESA 5J5RA 1G4TA 1H1YA 1V7YA 2FJKA 5H2ZA 4NXSA 4X22A 1W3IA 4N9DA 1ADOA 5G4WA 1GG0A 5KMYA 1WQ5A 1H7XA 1Q45A 3LI1A 3S8HA 3DENA 4BF9A 1LROA 3CIWA 1L6SA 5HUPA 1WYIA 2NXIA 3W1LA 1TPVA 2QCMA 5EBUA 3NG3A 1TYGA 1H7OA 1H62A 1M7OA 4ZZ9A 4IQLA 1H1ZA 3LB0A 4FIRA 3UWQA 2NUWA 1YDOA 2QCFA 1CW2A 4Z08A 3DFNA 4UTTC 4ZQNA 1NFBA 2FPYA 1NF0A 3HPZA 4CQ9A 3CC1A 2PRHA 1SZFA 3UZ5A 5K4ZA 3W7HA 5F2MA 2GVLA 4Q4KA 2FB2A 2FTPA 1EWEA 3E12A 4UFKA 3HGOA 3WK1A 1ZHAA 7TIMA 5DLCA 5G2HA 1XI3A 2ZCGA 1G7VA 1AG1O 2ZRXA 2OCZA 2EF9A 3ABSA 1RPXA 3A22A 1KM6A 3I6RA 4DPQA 3A5FA 3HG3A 1A53A 5HR7A 2OMAA 3PBWA 2C15A 2QUVA 5D2VA 1NSJA 4Z1BA 3P8JA 1FWWA 3TAOA 1VQTA 4RKAA 2YGYA 4MJZA 4CLMA 1FCVA 4JNMA 4UTWA 1F76A 3PBYA 5K9XA 2QUTA 3D0CA 2J9YA 3QC3A 3W7KA 3W7NA 5AC8A 3LGEA 3L5MA 3TC7A 1JRBA 1I2RA 3KXQA 2DZPA 1GQNA 1UASA 3N2MA 2NV2A 2ZRVA 4BWLC 2X30A 2QDHA 3G0XA 3BG5A 1H7PA 2E6DA 4M5PA 3KRSA 1LBFA 4PCFA 4O12A 1AMKA 4ADTA 3P80A 4AWSA 3UPWA 3KOFA 1VLIA 4JS3A 3SGZA 1TV7A 1GVSA 4O28A 4JR5A 4WUIA 2VEKA 3TH6A 3O63A 4WZHA 3TV8A 5BW6A 3BGJA 3P84A 5F2GA 3HBLA 4EWND 4ORMA 3STGA 3NAVA 5CPMA 1QAPA 1H50A 4PL2A 2G97A 2VC6A 4NT0A 4O0ZA 1VCGA 2ZDRA 1R2TA 1R2SA 4PC8A 4DO6A 6TIMA 4Y8FA 3L5LA 1ZNNA 3EXRA 3MMTA 2YSWA 3STFA 3NDOA 3S0CA 2DZXA 2GQ9A 1GTHA 5D32A 3M47A 2ABAA 3TW6A 3IVSA 4E2BA 2FPVA 1ONRA 4UFMA 3DU0A 1V5XA 1O4UA 2BLEA 3GIYA 5C55A 4O8RA 4E0CA 2NX3A 3B04A 3PS7A 3JRKA 4H4IA 2VXNA 3EX4A 5HWJA 3E96A 5F4WA 3C0JA 1PHQA 3O8AA 4IMCA 4X3ZA 1JCXA 1GVOA 2CLFA 3TQVA 2Q8LA 1F6PA 3I65A 3GDMA 3IIVA 3NVTA 3W1PA 3MWAA 1TTIA 4LUJA 4HNTA 2CLOA 4XKYB 3GR7A 1H60A 3MJYA 4CCCA 2DZTA 4A2SA 2WQPA 3RF9A 3LCXA 5LGZA 2C13A 3EWWA 4GC4A 1JCJA 4YCPA 4AWTA 1MXSA 2ZZ4A 5HNRA 1BTMA 3LHYA 5D04C 1GVQA 3QH2A 3INPA 5HWMA 2HTMA 5HMSA 1I2PA 2E5BA 1YXYA 1XKYA 5J5DA 5BOOA 4HNUA 1QR7A 2BZNA 3W1MA 3EKLA 4HN4A 4HSOA 3QPZA 3S9YA 1LLWA 2PRMA 4ZQPA 2GUUA 5FF4A 1FCQA 1R47A 3C56A 1N8FA 1BKSA 2X1RA 3BW4A 3VE9A 1WDWA 3LXCA 4M6PA 3S1WA 3MP3A 4Y96A 3TSMA 1MSSA 2A6LA 1YLVA 1YADA 2DU2A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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