3S42A

Crystal structure of the 3-dehydroquinate dehydratase (arod) from salmonella enterica typhimurium lt2 with malonate and boric acid at the active site
Total Genus 104
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
104
sequence length
260
structure length
259
Chain Sequence
NLYFQSNAMKTVTVRDLVVGEGAPKIIVSLMGKTIDVKSEALAYREADFDILEWRVDHFANVTTAESVLEAAGAIREIITDKPLLFTFRSAKEGGEQALTTGQYIDLNRAAVDSGLVDMIDLELFTGDDEVKATVGYAHQHNVAVIMSNHDFHKTPAAEEIVQRLRKMQELGADIPKIAVMPQTKADVLTLLTATVEMQERYADRPIITMSMSKTGVISRLAGEVFGSAATFGAVKKASAPGQISVADLRTVLTILHQA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Lyase
source organism Salmonella enterica subsp. enterica serovar typhimurium
publication title Crystal Structure of the 3-Dehydroquinate Dehydratase (aroD) from Salmonella enterica Typhimurium LT2 with Malonate and Boric Acid at the Active Site
rcsb
molecule keywords 3-dehydroquinate dehydratase
total genus 104
structure length 259
sequence length 260
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.2.1.10: 3-dehydroquinate dehydratase.
pdb deposition date 2011-05-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01487 DHquinase_I Type I 3-dehydroquinase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3s42A00
2CLOA 1QWGA 3TK7A 3RMJA 2ZZ6A 1KLZA 4Z1CA 2Y70A 2B7OA 1ZFJA 4TR9A 2JGQA 2FDSA 4L4MA 1ZCOA 4CLMA 2ZA3A 3TFCA 3TU9A 2WNZA 4LTSA 3IVUA 2YX0A 4ZMGA 5CZTA 2J88A 3W1MA 4BR1A 1LRQA 3IVTA 4HPJA 5CPMA 4PL2A 1RZMA 1QO2A 1JJKA 2WKJA 2XN1A 2Y7EA 3G1YA 4MUZA 1EP3A 3O6CA 1THFD 1GJPA 2ATMA 2VFIA 1NF7A 4NVTA 4IOTA 2R91A 2EGZA 3LOTA 1PL9A 4DF0A 3GNDA 4O50A 1AL8A 1W1ZA 3MMTA 3ZR4A 3WJYA 3C52A 4OU1A 4O0ZA 1ICQA 3DFOA 4NJKA 4RXFA 4JTHA 1GEQA 3H53A 3T4CA 3NXFA 3LTYA 1XFBA 3H54A 2CZFA 2CLIA 4H6KA 1UB3A 2PC4A 3PB0A 3W85A 3FLUA 3NOEA 4FX7A 3WK2A 1TJPA 4JTLA 3SR7A 3LCXA 5AHMA 1T96A 5LZLA 3W2UA 3TH6A 3IIOA 5C6MA 1HUVA 4FO4A 2TRSA 1Q6OA 3RK8A 3I7QA 4M6QA 3QSTA 2DZSA 3HMJG 4O13A 1OF8A 1OFQA 4MFDA 5HWNA 3C2EA 4TO8A 2QCDB 3P80A 1TMHA 1J4EA 4MPQA 4QSHA 1VLWA 2E68A 1C29A 2H3DA 4O11A 5CZ0A 3TE9A 1GG1A 1A50A 3MHUA 4DF2A 4LRSA 2QEZA 1KFJA 4LUJA 4HNUA 1DJNA 1CW2A 1I2PA 1CI1A 1GVSA 3THAA 3LHUA 5KITA 5HULA 4MY9A 4HPXA 4ALDA 3CEUA 3CPRA 1FUYA 2Y7FA 4ADSA 3B0UX 2ZZ7A 3Q2DA 4RJEA 2X16A 1LM1A 3DZ1A 3TW6A 4FNUA 4DBEA 2GQ8A 5LNVA 1P4CA 4O14A 3W83A 2FPVA 3HGJA 3LLFA 3G0UA 4KFPA 1T8XA 3BG9A 3R5EA 1WQ5A 3VE7A 3S8HA 1ZHAA 2CLEA 2QAFA 1TJRA 1W31A 1G7VA 1MEWA 2DP3A 1U5JA 2VFGA 4AHPA 3T78A 3K30A 4E2BA 1LORA 3I6RA 3N14A 5FEWA 4P61A 5EY5A 4PC8A 2EAWA 3NYZA 3W7EA 4QITA 5CPOA 2ZRUA 4BI6A 4LV4A 5D2YA 4MYXA 5HMSA 3WK1A 1R47A 1F6KA 1PS9A 1VRDA 3CEPA 3DFNA 2A7NA 5A5WA 3U6WA 4I7VA 1GVRA 4NXSA 4FF7A 5MHBA 4WUIA 1TIMA 2FFCA 5D03A 5F1VA 4RV8A 5D37A 1IGSA 4NQ1A 5DXXA 3ZS4A 3DHDA 2X1RA 4WY0A 3NQ6A 3WJWA 4Y9AA 3F03K 4DXVA 1L6WA 1K7FA 1PE1A 1OFRA 1W5OA 2QUUA 5D38A 1N55A 3A22A 3ATYA 1HO4A 2ZA2A 2J9YA 2HMCA 5I3HA 1S5TA 3R89A 1BTMA 2J24A 3N73A 4UTTA 1GVQA 2PRLA 1WX0A 2Z6IA 3L2IA 5FESA 5F1UA 2E5DA 3B0PA 3NL2A 4ZQRA 1ZJIA 2ISWA 1GTHA 1EEPA 3S1XA 3UZJA 4A2RA 1H60A 4RKAA 4JTTA 1KFKA 3HJZA 1OJXA 3S1VA 3P5YA 4PFMA 3W7KA 3B0VC 3A5FA 4XTDA 5C54A 4RCXA 1PCWA 3MYOA 3TFXA 2YFOA 3W87A 3QC3A 2J9ZA 1RQHA 4J9JA 2Y61A 4Q33A 1YTEA 4MKNA 3TKFA 1TV7A 3NQGA 3SY5A 2CU0A 3KOFA 3PBUA 5D2VA 4TIMA 1XL9A 4LS1A 5CZSA 3KFTA 3LI0A 4PL1A 4IMDA 4M6PA 4FNTA 3NQFA 4L4LA 1LBMA 1LLZA 3ZWSA 4PODA 4UFIA 1H5YA 4LVFA 1KW1A 2YCEA 3L0KA 1YTKA 4JICA 1L6SA 3BK0A 4YLWA 2PURA 5F2IA 2F7FA 2C15A 2NX3A 2DZPA 3G1VA 2QR6A 3GKAA 2EPHA 1LRNA 3TMQA 1LLWA 3B03A 3BG3A 2PRMA 3BW2A 4OHQA 5DBUA 1JQXA 2FIQA 3EX1A 1H63A 2P10A 2NXGA 4UC5A 3P82A 3LCGA 5DCDA 1HO1A 1HTIA 1G4PA 2DZVA 5J5DA 4KWWA 1OFDA 1LCOA 2YSWA 1OYBA 2V82A 4JS3A 1B9BA 1SR9A 2C14A 4UCGA 1EA0A 1UJPA 1YDOA 4DPQA 4PH6A 3QW3A 1FDJA 1K8ZA 3NQMA 2A0NA 5DCEA 3RU6A 2GQ9A 3CLMA 1LBFA 1R2RA 4AMAA 4O18A 1XBXA 3INPA 3Q94A 2H8XA 3I65A 3PG9A 4GUIA 5H91A 3C56A 4LVAA 3IVSA 1R2SA 3AJXA 4UMBA 1K02A 6TIMA 3SZ8A 1XBZA 4ZQNA 4XBSA 4CQAA 3VFLA 4KKXA 4UTJA 4FHAA 2E1DA 1TO3A 1IXNA 4NZFA 3NQ8A 4EF9A 1VGAA 1B3OA 4Z08A 2C3ZA 1G4SA 4C1KA 5I3FA 3P61A 5AFDA 1QCWA 3WFAA 3L5MA 4JTEA 2G95A 4UUIA 3PULA 5EKYA 2YW4A 1RVGA 1TPWA 4JTKA 1SFJA 5FF3A 3W7PA 1DORA 4IQLA 5CKSA 3LHWA 3W2NA 1WXJA 4M7SA 3S1WA 3B05A 4UTLA 8TIMA 2E6YA 4UIOA 5DY2A 1EWDA 1KFBA 3EWYA 3LBCA 1O4UA 1XI3A 3CWOX 4HNNA 4N6FA 2ABBA 3OVPA 1IIGA 1LTDA 5G4WA 3W70A 4MY8A 2NV2A 4JD4A 2ZA1A 3EB2A 5LGXA 2OJPA 1AG1O 3M47A 3THQA 1B57A 1IIHA 3IEBA 1B4EA 5AYZA 2RKXA 3DI1A 1NF0A 4HKPA 3RF9A 4IPIA 1PCKA 4E2DA 2WOQA 1OX6A 1QPQA 5BRBA 4H3DA 3WJSA 5K4XA 5CPNA 3NZ1A 1S5VA 3NQEA 2CZEA 3B8DA 4IMEA 4A2SA 3MI2A 2VEPA 2YFNA 3GDTA 1KTCA 3M44A 1I2OA 3S9YA 3C4UA 3G1HA 2A7PA 3TIMA 1SFLA 3LHTA 5LHEA 4P2VA 1JUKA 1H50A 1FDYA 2GVLA 1M5WA 2CZ5A 3Q37A 4JX4A 3BPWA 4AF0B 3TQVA 1WBHA 3UQNA 1VCFA 1OYCA 5U7SA 1QAPA 4R53A 3PC0A 1DJQA 2RFGA 4CCCA 2XN0A 3GNNA 5AC6A 1DQWA 1OHLA 5DLCA 2VOMA 3W7RA 3TV8A 3GR8A 4JNMA 3RLUA 3V1PA 2QCMA 5DCBA 3PS7A 2NUXA 1AW2A 4CNPA 2RHGA 1XCFA 3M9YA 3W9ZA 2DU2A 5C2XA 4GXMA 1SZFA 4NNCA 3G1SA 1OYAA 5I3JA 2YYTA 1AL7A 2ISVA 4O53A 5G5IA 3P84A 4GFSA 4CNNA 2ZRWA 4K37A 1TCDA 2GJNA 3O07A 3M6YA 5J5RA 1XDLA 3G8RA 5AYXA 5A8GA 3HQ1A 4ZZ9A 3A24A 3IGXA 3EX2A 3P8IA 1JR1A 3I68A 3T55A 2YYUA 1OX5A 2HTMA 4EIVA 1D3HA 4LT9A 4MZ8A 2J6XA 1VYPX 1W3IA 2ZRXA 1DBTA 4LUIA 4CCDA 4K8EA 1ZY9A 2W79A 4ORIA 3CQ0A 5AC8A 2CWNA 1F76A 1FCQA 4NXKA 3SJ3A 3L0GA 1VHCA 2GVGA 3FEMA 1EWEA 1G6CA 2WSRA 2QDHA 3DHFA 4N4QA 3UPWA 1LYXA 1ME7A 2NUYA 3M0ZA 1F5ZA 1TYGA 1A53A 2Z2UA 5HR7A 3SSJA 3HPZA 3R2GA 4HSNA 5K3VA 1FCVA 2ABAA 5D30A 1SZEA 3EWUA 4IWWA 1UBSA 4XQ6A 4JIPA 1SPQA 4O0KA 1SSGA 1ML1A 2BLEA 2V9DA 2FTPA 1G4EA 1TQXA 4OV9A 1BKSA 3PG8A 4TMBA 5G1TA 4JY9A 3MP4A 5EMUA 2CW6A 2Q8ZA 2A7RA 1MSSA 2HSAA 4FXRA 4WJEA 1Z48A 2Q3RA 4LS0A 3W7OA 1JCJA 4EF8A 5F4WA 4FX6M 1FCBA 1JUEA 5AB3A 2Z6JA 4ZVJA 2ATSA 5FEZA 5F4SA 4Z0JA 2GJLA 3CIWA 4OE7A 4MLRA 3W1XA 3HPSA 3KRSA 3NM3A 3QPZA 4JN6A 2JKEA 3T44A 3KVLA 3STCA 4LC8A 3FOKA 5AOUA 3TUUA 4UMCA 1JVNA 5G2WA 2QCFA 1FXPA 1SUXA 5L9FA 5LSMA 4I7UA 4K39A 3L5AA 3NQCA 4EWND 2QCNA 3PUDA 4O1CA 2FB3A 1N8FA 2BXVA 4E38A 1LP6A 1VJIA 2V0TA 1P5BA 3W73A 4MZYA 1GYNA 2CLLA 3W2KA 2DJLA 4AWTA 3GXNA 2ISSA 1JCNA 3NQ7A 3EKLA 5F2MA 4H4IA 1OVDA 3TNOA 2LLEA 2TSYA 5DXYA 2VC6A 3S1UA 4FNRA 1R30A 2FQIA 5AHLA 1TTIA 1RQEA 1W5NA 1EUAA 4FNQA 1DL3A 2X1SA 4OBTA 2WQPA 4ADUA 3OBKA 3KVMA 3W7NA 4TX9A 3KRUA 4HNVA 1KFLA 2NZLA 4OGZA 5LNUA 3W1UA 4S2CA 4FB7A 1F6PA 3QH2A 4B5NA 3NDOA 3QM3A 3ABRA 3LHYA 1Q3NA 3ZFHA 3LLDA 3S5ZA 2C1HA 1VS1A 3NQ2A 4A21A 4UFJA 2Y7GA 4PA8A 1Q6QA 1WA3A 2E5CA 3STEA 3CB8A 4UTKA 1VR6A 3DXIA 5FEPA 1V5XA 2VFDA 3ABSA 4OWGA 5I3GA 1EP1A 1E51A 3M5ZA 3W1RA 5AN7A 3NQAA 1N7KA 4LRTA 1FXQA 3W3OA 1B4KA 4LV9A 3PY2A 3DH7A 5EYWA 4LY8A 3MJYA 3MO7A 3UWZA 1ADOA 3Q58A 2C13A 3G24A 1ZENA 5EPDA 4O52A 3G18A 4IUOA 3BO9A 5FF7A 1GWJA 1TV5A 1UUOA 1SO6A 2VELA 3MI6A 2FJKA 2DZWA 2I14A 4LC6A 4LOCA 2ZBTA 5FI8A 1QO5A 5HUPA 1XXXA 3BGGA 1TPC1 3NAVA 2QCDA 3LXBA 2NUWA 1Z44A 2C6QA 4O12A 2HS8A 3OIXA 3W72A 5GVJA 2W6RA 4BWLC 1MO0A 3TC6A 5FF4A 1ZAJA 4MJMA 3BLFA 2CLHA 3PBYA 4XTIA 3MBFA 1TTPA 1W5QA 3TXVA 5TQLA 3GK0A 5C5YA 2Y88A 3W1TA 3NNTA 1X7FA 2ZTJA 1H7RA 4XKYB 1HFBA 1TB3A 3T7VA 3E12A 4Y8FA 3L5LA 4GUGA 2VKZG 3W88A 3M43A 3P60A 4W9TA 4U4MA 4TMCA 1QDSA 4LWWA 3FS2A 1KFCA 3TDFA 5D09A 3LCWA 1YADA 4JDBA 4NX5A 5EL1A 1TRDA 2V5LA 3WJZA 3DI0A 4ORMA 3LRKA 4EOUA 2GOUA 3NPUA 4N6EA 4GC4A 4DQWA 2C16A 1RR2A 1OFAA 2OZ0A 2NWRA 2E6FA 2QF7A 4X2RA 3GZ3A 3E0IA 3MP5A 4EVZA 4JTIA 4LU0A 2F84A 3VCRA 2O7QA 4A22A 3GDLA 1WBJA 3R12A 4DPPA 1MEHA 1H7NA 1KBIA 1K03A 4OT7A 4S2BA 2OX1A 5IBXA 5K2ZA 3LERA 3O8AA 3O1NA 2WSYA 3W7CA 1GT8A 5ABTA 4UFKA 1VH7A 3NPWA 1QPNA 4GJ1A 4DO6A 3O63A 3TXZA 2A6NA 3S0CA 2A6LA 3EX3A 1NAL1 1S3HA 2V2CA 3EWBX 1ALDA 1OK6A 1CX9A 1TPH1 3PBWA 3PAJA 2X1UA 4RXGA 1DV7A 4RZ6A 1W3NA 1C8VA 4FIQA 5HWJA 5TIMA 1T0OA 3O15A 5SWUA 2R8WA 5LNSA 4KFNA 2NV1A 3A23A 4IGHA 4MJZA 3TCEA 1QFEA 5LNWA 3N3MA 3CC1A 5CSSA 1X6UA 4AWUA 5DY3A 2A85A 4NNAA 3TQ0A 5LGZA 4K38A 3E49A 1KM5A 4FEZA 3L9CA 4I9AA 1L6YA 4AAJA 1OX4B 4ADTA 2J27A 1WDWA 2B4GA 3B06A 1P0NA 3R8RA 3ELFA 5F4XA 2G5WA 1EPXA 4BFAA 2NWSA 3U2OA 3LV6A 4M19A 1GOXA 2DZXA 2QJIA 1I45A 2ZZ3A 4QISA 1SU5A 1W56A 3A21A 1FY6A 3P5ZA 2VEIA 2QUTA 2X2GA 3DFPA 5CSRA 1KFEA 1I2RA 1H7OA 3LRMA 3MHGA 4JTGA 1AW1A 1TV8A 1I2QA 2I9EA 3FYOA 3BLIA 4CQ9A 4DF1A 3C2OA 3SGZA 3CM4A 3EXRA 1PHWA 1LOLA 1H7XA 4M7TA 3HG3A 3W2MA 2IQTA 4NU7A 5KTLA 2JK2A 4GWEA 4O16A 3W71A 1OG0A 3UY7A 3L0NA 2JKPA 1EUNA 1G4TA 2H8ZA 4UTHA 2VXNA 3W7MA 1ZNNA 5D2WA 2A1YA 4JDYA 1W3TA 4IXHA 4UTWC 5LKYA 3LGEA 4BK9A 3O16A 3W74A 3FKRA 3BVJA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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