1J5T | Genus

Total Genus 68

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	68
sequence length	233
structure length	233
Chain Sequence	HHHMIVQRRNHRFLEVLSGKERVKIIAEFKKASPSAGDINADASLEDFIRMYDELADAISILTEKHYFKGDPAFVRAARNLTCRPILAKDFYIDTVQVKLASSVGADAILIIARILTAEQIKEIYEAAEELGMDSLVEVHSREDLEKVFSVIRPKIIGINTRDLDTFEIKKNVLWELLPLVPDDTVVVAESGIKDPRELKDLRGKVNAVLVGTSIMKAENPRRFLEEMRAWSE

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase
source organism	Thermotoga maritima
publication title	Crystal structure of indole-3-glycerol phosphate synthase (TM0140) from Thermotoga maritima at 3.0 A resolution rcsb
molecule keywords	INDOLE-3-GLYCEROL PHOSPHATE SYNTHASE
total genus	68
structure length	233
sequence length	233
ec nomenclature	ec 4.1.1.48: Indole-3-glycerol-phosphate synthase.
pdb deposition date	2002-07-03

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	1j5tA00

4PC8A 3H55A 3ABSA 3NZ1A 5MHBA 2DZUA 3N19B 2A5HA 3DKLA 1TPC1 1G69A 4PL2A 2NXIA 4JY9A 1GEQA 4IMGA 2CW6A 3W88A 4N6EA 5CKSA 3S42A 5BNKA 1D3GA 4O28A 4XTDA 2FDSA 4PA8A 3MMTA 5AHFA 2PRLA 1W5NA 3S5YA 1F6PA 2Q3RA 4IMCA 5BW6A 1TPH1 4HNTA 1IXOA 3IVUA 4KFOA 3HIJA 4KFPA 2V5BA 1O94A 2JGQA 1EX5A 4QM1A 3LCLA 1H7XA 1TPDA 3PUDA 3FJ6A 2GQ9A 1H7RA 4M7SA 1F7BA 3TA6A 1OFDA 3W23A 3IV3A 5L9FA 2E5DA 3CWNA 4E38A 4WX2A 1VR6A 3CEPA 2V82A 5HMSA 2GQAA 4L4MA 1TTIA 4K36A 2O7SA 4FXRA 3BVJA 4NX0A 2WNQA 1F6KA 3PULA 5I3FA 3Q37A 5K9DA 3BGJA 1XL9A 4JIPA 4BWLA 1UUMA 5D37A 2CWNA 1DJNA 3LXBA 4TX9A 3HB9A 4PL1A 2I1OA 4K39A 4M6VA 3T4CA 1GT8A 3UQNA 3AO0A 3OVRA 4EF8A 3TFCA 2V2DA 4MYAA 3W3OA 4FEZA 5IM51 3BLFA 4MZ1A 4HNVA 3EX6A 2QCHA 2DU2A 2A2IA 1OFOA 5IBXA 3B0UX 3NR0A 4UCGA 3WK1A 4NZJA 1W37A 4FXSA 2JKAA 4GBUA 5LSMA 3QW3A 1HUVA 3INPA 3PWAA 4PTNA 4JX4A 1GTEA 3TXVA 2RDTA 5EKYA 3TE9A 4UIOA 1KM2A 3RF9A 3DFQA 1X1ZA 5FF0A 5U4NA 4O53A 4DO5A 1IF2A 5FEZA 1GG0A 3G24A 4RJEA 3T40A 3UWWA 4TMCA 1EP3A 1QR7A 3LGEA 1JRBA 7TIMA 4JTTA 3U2OA 2ALDA 3LHVA 4PCFA 2ZZ3A 3KFTA 1AW2A 1QDSA 4QAIA 3W1AA 4EOUA 1XBXA 1FXQA 3LM7A 3W7HA 3SGUA 3CHVA 5AC6A 1H1ZA 4LUIA 3UXDA 1N8FA 3GAKA 3M1ZA 1AG1O 1LLWA 4BI6A 1JCJA 1XM3A 2A85A 2HSAA 3BV4A 2YR1A 5D02A 3P8IA 4FO4A 4LRTA 2DZWA 3RNDA 4UTJA 3W75A 4X3ZA 4AB4A 1G6CA 3EKLA 2Y7GA 2NX1A 3MI2A 2FB3A 3GXNA 4A3UA 3QFEA 4YLWA 3W7CA 5FEWA 3M0ZA 1GWJA 2JGYA 5D33A 4N9EA 1QFEA 5HJLA 3OA3A 3C2EA 4X9SA 4ZZ9A 1VLIA 3ATZA 2E6YA 4E2DA 5G5IA 5FEXA 1NF0A 1XUZA 1B57A 1RQEA 4K38A 1SO6A 3N14A 1NVMA 3LERA 3RMJA 4U4MA 1HG3A 3DFOA 4C1KA 3HG5A 2WPBA 3I7SA 2W79A 4LVGA 1OK6A 4HSOA 4O0KA 1EUAA 1RPXA 5AYYA 3GDKA 1EB3A 3SI9A 4WXYA 1J4EA 4EIVA 4K7YA 2J9XA 2ZZ5A 3S6DA 3UWVA 4QIUA 4RZ4A 5LGXA 4YWIA 3MP3A 1QPNA 1R2SA 2BX7A 2ZZ6A 1ICQA 4GFSA 3EWWA 3N2MA 2C15A 4X2RA 3WFAA 3TC7A 1TPUA 1EA0A 1SU5A 2X2GA 5DXYA 2A0NA 5AOUA 5J5RA 3N34A 3GKFA 3E02A 1TMHA 2ZZ1A 1G4PA 2QCCA 3SECA 1B4KA 4LT9A 3LLDA 1W1ZA 1AW1A 2QAFA 4CNPA 3R13A 4O1CA 5I3HA 1ZJIA 3P80A 2X30A 3TQVA 5D38A 1ME9A 3W76A 1YDOA 4BWLC 4HNNA 5HWJA 1LRQA 1EPXA 3QQ0A 4QISA 3G18A 3NA8A 5BRBA 1XDLA 3LCXA 2CZDA 3LI0A 4FNSA 1VQTA 2CZFA 3A9IA 5DN1A 1TRIA 3NQVA 2FPVA 3P8JA 3S8HA 1YADA 1TPB1 5DCEA 3ZFHA 4LV4A 3FLUA 4ADUA 1BTMA 3C6CA 1JR1A 5FF7A 5IBXC 3GDLA 2TPSA 3SIZA 1ZCOA 3HBLA 4ZVJA 2EGZA 2P10A 4CCCA 3BGGA 4PODA 1F73A 3FIGA 5HULA 4J9JA 3S1UA 4LW7A 3RFAA 3G1DA 3W22A 3HMJG 4MVAA 3IIXA 4GUHA 3HPZA 3W2NA 3P7YA 1DKWA 4IXHA 1XUUA 4LWWA 5D32A 3UD6A 4O1BA 1L6SA 1AK5A 3CEUA 4IOTA 3NM1A 5HINA 4A22A 8TIMA 3F1QA 4H3DA 4NJHA 2C6QA 4R53A 3G1HA 4XBSA 4NXSA 1GZGA 3GR7A 4NJKA 1KW1A 1KLYA 1V5XA 2YYTA 3CM4A 4WXZA 5E0KA 2QCDB 3W1NA 3DBPA 1CI1A 4IMEA 4TU1A 5DXXA 3SGZA 5A5WA 3Q58A 4FNPA 1RV8A 5H2ZA 3BW3A 3FEMA 4HPXA 1OFBA 5HR7A 3W86A 3E49A 1LOSA 3EX1A 4EWND 1SO5A 3O8AA 1WBHA 4DF2A 3NQ7A 5G1TA 4LUJA 5LNUA 2XFWA 1LDCA 3PBVA 4UFKA 1JUKA 4PEKA 1GOXA 2V5LA 5DLCA 1IIHA 1X7FA 3W7LA 4LU0A 1QMLA 3I7RA 5CPMA 4RZ5A 3E12A 5J5DA 3MI6A 2ISWA 4RX0A 3BW2A 1X6UA 4NJGA 5L6UA 1XI3A 1QPRA 3SW6A 1GPWA 3GR8A 3G1XA 1IIGA 3L5AA 3UWUA 1KLZA 4ZQOA 3GDTA 1K8XA 2VELA 1TJRA 3T55A 3MYOA 3SSJA 3GNNA 1B4EA 3PY2A 4XKYA 3DI0A 2NXHA 3UWQA 1M7PA 4NU7A 3I68A 1FDJA 4QJ1A 1OYAA 4BI7A 2F84A 3C3NA 3QF0A 3LCFA 3U8GA 1VHCA 1FCBA 5F2LA 1OX5A 2A1YA 3PSWA 3NQ6A 4P2VA 4TR9A 2QUUA 3A22A 5EA9A 4YMZA 4MLJA 3W2JA 2RDWA 2QJGA 3TUUA 3IVSA 1OX4B 4I7UA 1RZMA 4UFIA 5F4XA 3TQ0A 1MZHA 4MKNA 3L9CA 4AXKA 3W7EA 3PBYA 1FCVA 4AF0B 2ZQ0A 3W7PA 3W7DA 3VE9A 3FJLA 4Z08A 5BMWA 3PS7A 1YXYA 1A5SA 3JRKA 3HPXA 1SO4A 4UR7A 3CQ0A 2ABBA 1Q3NA 1ONRA 3N3MA 3TV8A 4M7TA 1FCQA 3L5MA 4ZQCA 3W9ZA 2B7PA 2QR6A 4XTIA 3V75A 4EF9A 1GVSA 1TPFA 4Z1BA 3CTLA 3LCWA 5F4SA 2E6DA 1SQ7A 2FLIA 1VPXA 2A4AA 2QCGA 1SW0A 2G5WA 5K4ZA 3MI3A 1TV7A 2ATMA 4DF1A 4OV9A 3QH2A 4CQAA 3ABOA 4WY0F 3PSVA 3S1VA 4UNLA 1LYXA 3LXAA 3LHYA 4CNNA 1VLWA 3O15A 3BG3A 1VGAA 3W72A 5F2IA 4JTJA 1FY6A 3C8FA 4LRSA 4CQ9A 1PHWA 3JS3A 3KRUA 2Q3OA 1TYGA 2BXVA 1H7WA 4K8HA 3HJZA 2B0MA 1I2QA 2CLHA 3L21A 4TMBA 2ZRWA 4JEQA 3C2VA 2HS8A 3GLCA 3DHFA 2NV2A 4HHPA 1D9EA 3LX9A 3IGUA 1XDMA 4MLRA 3DKJA 2J27A 3QMTA 3CPRA 4G1KA 4GNJA 5CZ0A 4HNUA 4MY1A 4UNKA 2HMCA 5D30A 2V8ZA 2GJLA 3GYEA 1F2JA 3PF3A 4LS2A 3UPWA 5HUOA 5KMYA 3LTSA 4OBTA 4Q32A 3KVJA 4N4QA 1RVGA 3W1LA 3N9SA 3UWYA 4Q4KA 3KRZA 4RR4A 1OX6A 3NQMA 1H63A 2W6RA 4AWSA 2E1DA 4ML9A 1MEHA 2VFIA 4O12A 1H7PA 4D2JA 1EWEA 3DFPA 5BOOA 2YCEA 4NXKA 4O10A 5KITA 1L6WA 4Z1CA 3PR2A 3W84A 1TIMA 3MO7A 4LV9A 5A8GA 4CNOA 2J9ZA 2ZRUA 3S0CA 2V0TA 1JCLA 4AEOA 2PRHA 5LHFA 4QITA 6ALDA 4IPJA 3C61A 3W7IA 3NAVA 4QSHA 4CLMA 1W5MA 2FJKA 5D09A 5LNVA 1LBMA 1P0KA 4UTHA 4HT3A 1VJIA 1X1OA 3NDOA 3KVKA 1OHLA 1L2UA 2H8ZA 2ZA3A 4A2SA 2VOMA 2H6RA 4FNQA 2QJHA 2QDGA 4JIQA 1W3IA 1BKSA 3THQA 3VNDA 2QCFA 2XN0A 3PVFA 3I65A 1JCMP 2RHGA 1Q6QA 1YTKA 4MFDA 2NX9A 3DU0A 5H91A 1O5XA 5D05A 4WY0A 3P84A 2RH9A 1EWDA 2WSRA 3DI1A 1H50A 1AMKA 1R2TA 4AWUA 3G1SA 4GJ1A 2ABAA 3BARA 3G0UA 3OBKA 4GXMA 1G4TA 3HGJA 4AHOA 3OIXA 2FPTA 1XBVA 3C2FA 2VC6A 4DO6A 3EX4A 2GUUA 3NQ2A 3KXQA 4EVZA 4YCPA 3B05A 2WNNA 1OYCA 2CZ5A 3M5XA 2JKEA 3WJYA 3NEVA 3BG9A 3DH7A 1S5TA 3SR7A 1KBIA 1AL8A 4MY9A 2CLKA 3T44A 1VYRA 5HNRA 4O11A 4NZFA 2VEKA 2X1RA 2B7QA 1WYIA 1FWWA 2NUXA 2ZRXA 3QJAA 2V2CA 3M43A 2H3BA 3TX9A 1KM0A 4YXGA 2H90A 1FQ0A 1YXCA 1EUNA 2VFEA 4LS0A 4DELA 3SJ3A 3MYPA 3B0VC 3R8RA 3L68A 1UCWA 1QOQA 3O06A 4MOZA 4MPQA 1JVNA 3O6CA 3VCRA 1OF6A 3WK0A 1A50A 1GVFA 2E68A 5K3VA 4JTFA 1LTDA 5C55A 4ZMGA 4W9TA 2EHHA 2H3DA 5FF4A 1YDVA 2DZVA 2QCEA 1W5PA 4R7JA 4N9CA 1LBLA 1OFAA 4L4LA 2CLLA 1IXQA 3DHDA 2A6NA 1W31A 5AYXA 2O7QA 2NUYA 1PS9A 3M5VA 1SW7A 3WJXA 3G8RA 5EY5A 3A24A 3W73A 3A23A 1HO1A 3CU2A 3FKKA 3G0XA 2V81A 4S2BA 2NX3A 1H51A 1DV7A 3QPZA 3NQGA 2B4GA 3MBFA 1T8XA 1AW5A 3OHIA 4FNTA 3TJLA 4UXDA 3W7NA 4AHPA 1C29A 1O60A 3KAOA 1M5WA 3QMRA 3HF3A 3QSRA 1ICPA 4A29A 3ZWTA 3S9YA 1SSGA 1OFRA 2WO5A 1MSSA 3S1WA 5D03A 5FF2A 3O05A 1A53A 4TIMA 1DVJA 1W5QA 3OVPA 1Q45A 4IGHA 1N7KA 2X1UA 1SZNA 5G4WA 1FWTA 4JDBA 2FB2A 3MHGA 4ZL1A 4O50A 3NL3A 4AVFA 1TRDA 3W7JA 3TROA 3MHUA 5AHLA 5K7JA 1FWRA 4Z1DA 4Z0SA 1FDZA 4KWVA 5CPLA 1F76A 5I3JA 3W7RA 1XCFA 1S3HA 1TQJA 3IIZA 4UMCA 3G1VA 3TQKA 4IX2A 5LZLA 1B3OA 1H1YA 3K30A 1I2NA 2PCQA 1GG1A 3O6YX 5C6MA 3CIWA 2DORA 4Y90A 4K8EA 2EAWA 1LRNA 4RXGA 3NNTA 3RU6A 1FDYA 1SZEA 2Q8LA 2OX1A 1B9BA 3B0PA 3EB2A 1KA9F 4NT0A 3TAKA 4JR5A 3R12A 5AC8A 4WOQA 4JGDA 3LI1A 3R5EA 4M19A 4O1AA 3B03A 4AWTA 1CX9A 4UFMA 3FYPA 3W1RA 1ZNNA 5F1UA 3O1NA 1NFBA 1R2RA 1TPVA 3OG3A 5LNSA 3L5LA 3DZ1A 3GB6A 4GUJA 4CCEA 3NO5A 4AHQA 4JDYA 2WSYA 3L67A 1KFEA 3ATYA 2TMDA 3TCEA 3IVTA 1ALDA 3M9YA 3UXAA 4IXXA 4JTIA 4O54A 2PC4A 4RXFA 4UMBA 3P5YA 1HO4A 3IEBA 1LOLA 2ZZ4A 5FI8A 4BF9A 1SFLA 3GK0A 3TFXA 3QSTA 2KZHA 3ABRA 3ABQA 4OU1A 3FA5A 4GUGA 3UWZA 4KFNA 3N9RA 3WJWA 1VC4A 2NV1A 2Y63A 4A2RA 2WOQA 3RLUA 5FEPA 5F4WA 3W70A 3FS2A 1OG0A 1Z44A 2Z1BA 3O07A 3LCGA 5TBOA 3NG3A 2OT1A 2Y85A 5HUPA 3DFTA 3E0IA 4K7VA 3HOJA 3UNDA 2Z2UA 3QMSA 5CSSA 4TO8A 3HQ1A 3JR2A 5AHMA 3I6RA 1DL3A 1KFKA 5F1VA 3USBA 3NPUA 1TB3A 2FPYA 3P74A 4ZQPA 3DXIA 3KX6A 2J24A 3G22A 1G4SA 5F2GA 5EL1A 3W2UA 3NL2A 1DJQA 2VEPA 2YXGA 1O95A 3N73A 4QNEA 1DHPA 3F03K 5CGQA 4AH7A 1K8YA 4O19A 5DCDA 3EX2A 1SZFA 5AHNA 3W7QA 2C14A 4S1FA 5BMXA 1NEYA 3Q94A 1FXPA 4NNBA 3P60A 3PG9A 1KFJA 4JY8A 3C56A 4NUWA 3THAA 3S1XA 2FIQA 4DQWA 1FWSA 4FX6M 5HR6A 3HG4A 4O17A 4OQVA 1Z48A 3PBWA 3PUEA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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1J5TA

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