3WUBA

The wild type crystal structure of b-1,4-xylanase (xynas9) from streptomyces sp. 9
Total Genus 129
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
129
sequence length
313
structure length
313
Chain Sequence
DTATLGELAEAKGRYFGSATDNPELPDTQYTQILGSEFSQITVGNTMKWQYTEPSRGRFDYTAAEEIVDLAESNGQSVRGHTLVWHNQLPSWVDDVPAGELLGVMRDHITHEVDHFKGRLIHWDVVNEAFEEDGSRRQSVFQQKIGDSYIAEAFKAARAADPDVKLYYNDYNIEGIGPKSDAVYEMVKSFKAQGIPIDGVGMQAHLIAGQVPASLQENIRRFADLGVDVALTELDIRMTLPRTAAKDAQQATDYGAVVEACLVVSRCVGITVWDYTDKYSWVPSVFPGQGAALPWDEDFAKKPAYHAIAAALN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
source organism Streptomyces sp.
publication title Structural perspectives of an engineered beta-1,4-xylanase with enhanced thermostability.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Endo-1,4-beta-xylanase A
total genus 129
structure length 313
sequence length 313
ec nomenclature ec 3.2.1.8: Endo-1,4-beta-xylanase.
pdb deposition date 2014-04-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00331 Glyco_hydro_10 Glycosyl hydrolase family 10
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 3wubA00
1CENA 5A6JA 5A6AA 3WMCA 1LL6A 1PZ3A 2CKRA 5D9OA 2VZUA 1VJZA 2E9BA 3VIGA 1B3ZA 1E6ZA 3BLPX 4D6CA 5I2UA 3PZ9A 1VEMA 5JIWA 3VDBA 1N82A 2DSKA 1AQHA 2CHNA 1HF6A 1MW2A 3M7SA 3TTYA 4D6IA 2ZE0A 2PWGA 4PTVA 2G3MA 1MQRA 2QMJA 3WQ8A 1W2PA 4AC1X 2WLZA 2E0PA 3FXYA 3M07A 5A8PA 4CCEA 3OBAA 2DT0A 1DWIM 1GOKA 1KXQA 3ZO9A 1UQYA 1E6QM 2VQTA 4P8XA 2FH8A 1WDSA 4W8LA 3POCA 4WKAA 1TA3B 3OA5A 4CD6A 1ZU8A 1CNVA 1UD4A 4KMQA 5D4YA 1E43A 1XYFA 1CIUA 1QNRA 2E40A 4M24A 3K46A 1KBBA 4DWSA 4WK9A 3MUZ1 3VGEA 4W93A 3ZSTA 1KGWA 3PZVA 5D9MA 3UESA 1GHRA 4B3KA 1JD9A 5HOSA 3MSDA 4PBGA 3VD7A 4P8VA 1ISZA 3BLKA 1VEPA 3WD1A 2QF8A 1R86A 1J0ZA 5AYIA 1E0VA 2VX4A 1UD6A 4GXPA 4ACYA 1WZMA 1BGAA 2AAAA 4UTFA 4AEEA 3GNRA 3AS1A 1QI4A 1KB3A 2VQUA 5D9NA 1UKQA 1MXDA 5A69A 3VM5A 1V0LA 2WZEA 3ARQA 3AIWA 1J12A 1KFWA 5A6LA 2XVPA 1LF1A 1CGYA 5DO8A 5GNXA 2QHAA 2YL9A 2VT0A 1HL9A 5E70A 5BRQA 1W1PA 1BFNA 1O7AA 3UERA 3WQ5A 5AC4A 2E3ZA 4M8UA 1AQ0A 4LQ1A 3AIUA 1YQ2A 4JFUA 3POHA 3GH7A 5BXTA 1U30A 1QBBA 3BH4A 3TONA 1BLIA 4WIWA 2E9LA 4W88A 3BCDA 4UQAA 5I79A 1KWGA 3DHUA 5M17A 3WNNA 3AHTA 2FH6A 5DF0A 4AZ5A 3A4XA 2YOCA 2Y8KA 4UR9A 1ZL1A 3A4AA 4TX6A 4BA0A 4ZFMA 2PBGA 2DGAA 5M5DA 1OIFA 1G01A 4ATWA 2EPKX 4AD4A 1JYXA 3BMWA 4EKJA 2JALA 1JZ5A 1C92A 2YLAA 5IFPA 3W4RA 4D6GA 3ZSSA 1JZ3A 4J3SA 1JF5A 3FNDA 2GJPA 3I3BA 4OZOA 2PWHA 2BVTA 2V3FA 7CGTA 4GZJA 4W89A 5A94A 2WC3A 1H1NA 4TVDA 3WY1A 2WSKA 4QLJA 3MMUA 1XSJA 1QHZA 1CXKA 2Y5EA 1F4HA 5CXPA 5GNZA 1J9YA 3WFLA 1EGZA 1OSEA 2CERA 3VNZA 4AXNA 1LG1A 4NSBA 1FFQA 2YIHA 5CPTA 1D3CA 2WYSA 1ZBCA 3VTRA 4CVUA 1HJUA 1G0CA 4J28A 2BNJA 2A3CA 1VFMA 4YN5A 5FL0A 9CGTA 4E4PA 3AZSA 2A3HA 2XWDA 4F8XA 1B3XA 4V2XA 4M56A 4KH2A 2VR4A 1V3HA 3WDHA 5CGTA 4ACZA 1UD2A 1HJXA 3OLGA 3MS8A 2WB5A 3CUHA 5A2AA 3WUEA 4KGLA 1UH3A 1EQPA 2DT2A 3U7VA 1KCKA 4AIOA 3AFBA 1UD3A 3OLIA 5LA1A 1FP9A 2QLYA 1LWHA 3SCNA 4S3JA 3VDAA 1CDGA 1OGGA 1S46A 2E8ZA 5I24A 3AMGA 1E3ZA 3QHNA 1SMAA 2XVGA 1KQZA 1V03A 2G3JA 3VIFA 2PF0A 1UWQA 4MDOA 4D6EA 3TA9A 3NIYA 3SUTA 1JDCA 3B8SA 4LXFA 1NP2A 3NUKA 2YKKA 4OOUA 1C90A 2DEPA 1FOBA 3F5LA 3ZT7A 1DWAM 4Q7NA 5A8NA 4CU6A 1FHDA 3ZJ6A 2DIJA 2NW0A 4ZE5A 1E70M 3O9NA 1QI3A 1B3WA 2WMIA 1EA9C 3VD4A 4CCDA 3ZM8A 4PSRA 1JD7A 2EBNA 4AD0A 1Q6EA 2V5DA 4ZXLA 4P7NA 4Z2JA 3VX1A 4YHGA 2UY4A 1E71M 3CHDA 1E1EA 4AMCA 3BGAA 2BFGA 2UY3A 4PCTA 3AIBA 4GQRA 1D7FA 1WDRA 1IT0A 4PTXA 3WQVA 3A4WA 1E15A 4QCEA 4ZE4A 1GQKA 4H8UA 3W26A 5CSYA 2GK1A 3ALGA 4X9YA 3SUVA 1VEOA 1TE1A 3WNLA 3ZJKA 3VD9A 1CGUA 1EO7A 1UHVA 2G3IA 1MW1A 3BAYA 3I3DA 3VM7A 1UKPA 3FY1A 1OM0A 1MW0A 3VIJA 3VIHA 1BYBA 1KXVA 4MDPA 2DH3A 4MNMA 4KWUA 1M53A 3VO0A 4MB5A 5BROA 1VIWA 4AZCB 4URIA 2WHMA 1R7OA 1V6WA 1AVAA 1GONA 3W37A 2XPKA 3PTKA 2UY2A 3J7HA 4K68A 5ABEA 2W92A 1XSIA 2JEPA 2CBIA 3WF2A 3WMBA 2VCAA 4D71A 2VVNA 3AYRA 1EOMA 2CKSA 2WWCA 1VBUA 4FLQA 4PMXA 3WFZA 5FD0A 2VRKA 2BXZA 3IJ8A 2XWEA 4J3VA 1WKYA 1NWSA 4Z2GA 1PX8A 2VC9A 1XD1A 3EMQA 4IPNB 5A3HA 1B3YA 3FHAA 3NDZA 1QHPA 3VIMA 4M82A 1KQYA 1KXTA 1V08A 3PZIA 1Q6CA 2CPUA 1R8LA 2WVUA 2XYLA 1X1NA 3ARPA 3E1F1 3L4ZA 4E8CA 1OCQA 4J3XA 5D9PA 1UR8A 4TTGA 2CYGA 1K9EA 4AZ6A 3GBEA 4XB3A 5BRPA 4XZWA 3SCPA 1AMYA 2EPLX 3ZR5A 2DSZA 1H3GA 1E6PA 1VFOA 3KL0A 2GJXB 3WDIA 1Y7VA 3HMCA 4QLLA 2O9PA 3EYPA 3N18A 4CCCA 2J74A 1JZ6A 4UQBA 2NSXA 4J7RA 1HT6A 3WL1A 4D6FA 2VVSA 1JL8A 2XTKA 1KGUA 3SCOA 1G94A 4W7WA 3NSNA 3WMSA 5ABGA 1TG7A 1W91A 3K8KA 3BAIA 1NWUA 4XZBA 1Z32X 3WH5A 4CD4A 2WBKA 3DECA 1GQIA 3DHPA 1BG4A 3VINA 1CYGA 4MAZA 1YHTA 2WWDA 2V3GA 3D3AA 3CZ8A 3PHAA 2VUYA 1W9VA 1HJSA 4TX8A 2DDXA 3UEQA 2W67A 1XCWA 2J77A 3WBEA 3ZIZA 1J0IA 3MKKA 2YDRA 1V6XA 4LYPA 3VOCA 3VDCA 2XUCA 1MWOA 4U3AA 4GQQA 4X0NA 5A6MA 2W66A 1HKMA 3RILA 2YLLA 4ATDA 2J7DA 3EDJA 4B15A 1V02A 4HU0A 1UOKA 1VRXA 1C7TA 2BY0A 1UD8A 2YL6A 1P6WA 2VJXA 3SCTA 3VMOA 3WNOA 4JKLA 1LLOA 1J0JA 1V3IA 1IZJA 4CN1A 4H41A 1ODZA 2XGBA 2DSVA 1JFXA 3AMLA 4Z2IA 4AD5A 2GVYA 5FOOA 4MNLA 1JFHA 4GINA 1TZ7A 3MMWA 5A8QA 1UZ4A 2J7FA 1PX3A 3W0KA 4UFMA 1RP9A 3WUFA 1HP4A 4V27A 2HVMA 1TA3A 2J7CA 3PBGA 1G9HA 4JL2A 4LPCA 3SEPA 2X0HA 1UH2A 4OKDA 3B9DA 2E8YA 2G41A 2CEQA 1CWYA 3VIPA 3AS0A 3DYMA 1QNQA 2ZOXA 3AICA 1MQPA 1UD5A 2WMJA 3N12A 3UG5A 4U31A 4UZSA 1OGBA 4FLSA 1H0IA 1OD0A 4GZEA 4UZUA 1GCYA 1Q4NX 1E9LA 1I1WA 4AISA 3ARXA 5AC5A 1UWIA 4ATLA 3F5KA 2X05A 3RDKA 3U5UA 2XSAA 4B9ZA 4GO9A 3GZAA 1H49A 3CUIA 1EDGA 1X6NA 5D8WA 1ZJAA 2DIEA 3VNYA 3LPFA 1PJ9A 4KGJA 1XGZA 1GNXA 2Y24A 5E0CA 3MANA 3OGSA 4W7VA 1Q6FA 2ZUVA 4J3UA 5HDRA 4DWSC 1W32A 1DWHM 2ZICA 2OSYA 1B2YA 1QHOA 3VKKA 1CLXA 1D2KA 2CIPA 2CBVA 1NQ6A 4CD7A 3VILA 3W81A 1JNDA 2Z1KA 2ESCA 3ZMRA 1CTNA 4HOWA 2VMFA 5A8MA 1JDAA 2J7BA 1W9UA 2ZX5A 2DSUA 1CZ1A 1GVYA 1VJSA 2CHOA 1US3A 1EIBA 3W82A 3VGDA 1GOOA 3FAXA 4OUEA 3WNMA 3GYCA 1C8XA 3S6TA 4EANA 1UG6A 1GOQA 3AXHA 1BAGA 2PBOA 2BHZA 2WCAA 2OWCA 2JEQA 3NSMA 3AMKA 4YHEA 2V5CA 2J7GA 2F8QA 1CGTA 1JYNA 5JIPA 1HKJA 3AMDA 4PCSA 3VPLA 1QBAA 4BF7A 1EDQA 4UQEA 1LQ0A 2WMFA 3SCWA 5BXSA 3AJ7A 3CZLA 5IXEA 3K8MA 6A3HA 4S3KA 3T2PA 2G8ZA 3LPGA 2C8NA 4JKMA 1CXHA 1XD0A 3RM8A 4CVWA 5D8ZA 4W8BA 2D1ZA 2BHYA 3PZQA 3S2CA 4Z2KA 2AMGA 3WELA 4UOQA 2VURA 1GJUA 2IXUA 3BCFA 1FP8A 2OYKA 1U33A 1W3LA 3N11A 4HPGA 3WDQA 2WBGA 1CGXA 1E6RA 1JI2A 1CBGA 2F61A 2JF7A 1DHKA 3SURA 3ZT5A 3QR3A 1VB9A 3VX0A 3CUJA 4W5UA 3ARYA 2CBJA 5BWFA 4CD5A 3CTTA 3AOFA 3AYSA 1VENA 2JE8A 2XVKA 1SYTA 4AW7A 3QHOA 2W62A 1B9ZA 1GJWA 2ZXQA 2WAGA 3AHVA 5ABFB 1H5VA 2DH2A 4PYSA 2Q8XA 3PTQA 5EMYA 2AOSA 2VZVA 3MUY1 4DWSB 1GHSA 5I5RA 4WLCA 2CETA 1FH9A 3A6OA 1RD6A 1BQCA 4JFTA 2GJRA 1ZS2A 4NZCA 3RJYA 2FHCA 2D0GA 3F5JA 2J62A 3GXIA 4UOZA 2J4GA 3BSGA 3UETA 1UH4A 1FH8A 4U5KA 1AQMA 2YA0A 3OZPA 2X0YA 1ZBWA 2EXOA 5C70A 5IDIA 4E2OA 2VNCA 4GI9A 2O9TA 3WDPP 2ZUWA 5BCAA 2IXVA 2FHBA 4OOZA 3OB8A 4ZXOA 1V3KA 1JGIA 2PWEA 2WC4A 3WUBA 3CUFA 4FLOA 4WSKA 3BSHA 4F9JA 1OB0A 3DYPA 5HNNA 1XYZA 3W27A 3FHQA 4KRUA 3FN9A 4RE4A 3EBVA 2WHLA 3LPOA 3T0BA 4CGTA 1CGVA 4W5ZA 4PN2A 4P8WA 5FIPA 3CGTA 3WDRA 4PTMA 5EFDA 2ZUMA 3I3EA 4AZBA 1H09A 1QVBA 4QDMA 4PMOA 3HJEA 1OIMA 1C8YA 1LWJA 2X1IA 4PMYA 3WIJA 3VDHA 2XIIA 3GDBA 1K9TA 2VL4A 4RE2A 4B9YA 1ZB5A 3AIVA 3WF3A 3UCQA 3OGVA 1F4AA 1WZAA 2OSXA 2BS9A 4OJYA 5I3DA 1UZ1A 2QV4A 1QI2A 2WKGA 3VIOA 3T08A 4C7GA 2VRQA 3MV01 4AZCA 4HA4A 1MW3A 4P7QA 5ABHA 3WD2A 5CSUA 3CH9A 3PZOA 3IJ7A 1NARA 1H41A 1KCLA 4TOQA 4A4AA 4JHOA 1E6NA 1J11A 2EQDA 1QI5A 1ISXA 3MUAA 5EFFA 4AD3A 2WPGA 3OIHA 1E0XA 4XV0A 2GUYA 1PX4A 1UA3A 1HL8A 1TFVA 4H8HA 4J27A 3CZEA 2A3EA 3CHCA 4M81A 4HA3A 1J18A 3SCVA 5I77A 1CXEA 4JL1A 4B16A 4MJ4A 3WQWA 2DT3A 3PZTA 2PWFA 4NF7A 4NRRA 3CZJA 1BVZA 1J01A 3K4AA 1LJYA 1JZ7A 3VIIA 2XVNA 2ZUSA 1UA7A 4PMNA 4R27A 3WUGA 4W86A 3N15A 1WP6A 2ZX7A 4HOZA 1V0KA 4WJXA 1DWJM 2EPNA 4AWEA 5BYWA 2CITA 4BS0A 5DT7A 1XC6A 1GZJA 2WMHA 1SMDA 2HISA 2QMKA 1W3KA 1KXHA 4FK9A 3AHZA 4HMEA 3NDYA 3CZGA 3W29A 1R87A 4AD2A 1MFVA 4U5IA 1E5NA 3GXMA 4AY1A 1LL4A 1ISWA 1JXJA 2BY3A 3AQUA 2ZX8A 1V3JA 4PEEA 3ALFA 3NSXA 2WVVB 1DWFM 3O2LA 4ZEPA 4UFHA 1WDPA 4LX4A 4W7UA 4D6HA 2JFEX 1JZ8A 3W28A 3DYOA 2XG9A 4CN4A 3AS2A 3SCRA 1UWRA 2EEXA 2WVSA 1QNOA 1RP8A 1HJVA 2FHFA 1VFFA 3VD5A 1V02E 1V6VA 3VIKA 2GDUA 2D0HA 5CZKA 1BF2A 1KBKA 3PZGA 3WD3A 1ITXA 4LYRA 2XFYA 4WF7A 2XJ7A 1C3FA 3GM8A 3ZJ8A 5CGMA 3WF4A 1MXGA 4GI8A 4OBSA 5IFTA 1FHLA 1NWRA 1TR1A 3LPPA 2JIEA 1E55A 5A2CA 1GQLA 4HOXA 3L4YA 4PMUA 1B90A 3THDA 3CPUA 1ECEA 4XUYA 3OLEA 2DT1A 1R7AA 2EO7A 3FAWA 2JF6A 5C8BB 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1CEN A;  5A6J A;  5A6A A;  3WMC A;  1LL6 A;  1PZ3 A;  2CKR A;  5D9O A;  2VZU A;  1VJZ A;  2E9B A;  3VIG A;  1B3Z A;  1E6Z A;  3BLP X;  4D6C A;  5I2U A;  3PZ9 A;  1VEM A;  5JIW A;  3VDB A;  1N82 A;  2DSK A;  1AQH A;  2CHN A;  1HF6 A;  1MW2 A;  3M7S A;  3TTY A;  4D6I A;  2ZE0 A;  2PWG A;  4PTV A;  2G3M A;  1MQR A;  2QMJ A;  3WQ8 A;  1W2P A;  4AC1 X;  2WLZ A;  2E0P A;  3FXY A;  3M07 A;  5A8P A;  4CCE A;  3OBA A;  2DT0 A;  1DWI M;  1GOK A;  1KXQ A;  3ZO9 A;  1UQY A;  1E6Q M;  2VQT A;  4P8X A;  2FH8 A;  1WDS A;  4W8L A;  3POC A;  4WKA A;  1TA3 B;  3OA5 A;  4CD6 A;  1ZU8 A;  1CNV A;  1UD4 A;  4KMQ A;  5D4Y A;  1E43 A;  1XYF A;  1CIU A;  1QNR A;  2E40 A;  4M24 A;  3K46 A;  1KBB A;  4DWS A;  4WK9 A;  3MUZ 1;  3VGE A;  4W93 A;  3ZST A;  1KGW A;  3PZV A;  5D9M A;  3UES A;  1GHR A;  4B3K A;  1JD9 A;  5HOS A;  3MSD A;  4PBG A;  3VD7 A;  4P8V A;  1ISZ A;  3BLK A;  1VEP A;  3WD1 A;  2QF8 A;  1R86 A;  1J0Z A;  5AYI A;  1E0V A;  2VX4 A;  1UD6 A;  4GXP A;  4ACY A;  1WZM A;  1BGA A;  2AAA A;  4UTF A;  4AEE A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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