3G1VA

Crystal structure of the mutant d70g of orotidine 5'-monophosphate decarboxylase from methanobacterium thermoautotrophicum complexed with 5-fluorouridine 5'-monophosphate
Total Genus 80
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
80
sequence length
213
structure length
213
Chain Sequence
VMNRLILAMDLMNRDDALRVTGEVREYIDTVKIGYPLVLSEGMDIIAEFRKRFGCRIIAGFKVADIPETNEKICRATFKAGADAIIVHGFPGADSVRACLNVAEEMGREVFLLTEMSHPGAEMFIQGAADEIARMGVDLGVKNYVGPSTRPERLSRLREIIGQDSFLISPGVGAQGGDPGETLRFADAIIVGRSIYLADNPAAAAAGIIESIK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Lyase
source organism Methanothermobacter thermautotrophicus str. delta h
publication title Mechanism of the orotidine 5'-monophosphate decarboxylase-catalyzed reaction: evidence for substrate destabilization.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
total genus 80
structure length 213
sequence length 213
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.1.1.23: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date 2009-01-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00215 OMPdecase Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3g1vA00
1GVSA 3TJXA 3W7RA 3EXSA 3W7DA 1P5BA 3QQ1A 3R12A 3STFA 3L66A 4UFLA 3DU0A 4DXVA 3O8AA 1YYAA 3DENA 3DI1A 1C8VA 1TV5A 3PUOA 3S5OA 2DZUA 2D73A 4JYDA 1LBMA 3HGRA 3NEVA 2Q8LA 1UASA 4MKNA 1MEIA 4RXFA 1VRDA 1HO1A 1A5CA 2B0MA 2HSAA 3KOFA 1ICSA 5AYZA 1FDJA 3QFEA 2X30A 4O28A 5AHFA 2YFNA 1TPEA 3DAQA 2E6FA 4NNAA 2G95A 3U2OA 5CG7A 4RCXA 3PR2A 4GWEA 4EIVA 3LHWA 3G1VA 1B9BA 5DCEA 3B4UA 3SSJA 1ZFJA 3NQAA 2JK2A 1P0KA 4FX6M 4OGZA 5EA9A 2CLKA 1PCKA 1IGSA 3RK8A 4N9CA 3UXAA 3PBUA 4MZYA 3W1MA 3GDRA 4JTEA 2ATMA 4A2SA 2KZHA 4LU0A 1GEQA 3S1XA 3R8RA 2ZZ5A 2V81A 4JR5A 4LS1A 3TH6A 3S1VA 4FF7A 2CZEA 2V5BA 4RK8A 1RV8A 1W3NA 1K8ZA 2FFCA 1H7OA 4MY9A 2YCEA 4Z1AA 4FNUA 5DXXA 2DZXA 3UXDA 1A5SA 3GLCA 3H53A 4RX0A 2X16A 4TMBA 4NNCA 3NPXA 4FIQA 4N6FA 3LB0A 1H1YA 2QDGA 5LHEA 2QUUA 1DOSA 4Z1BA 3TC6A 1KBJA 2GVJA 3V1PA 1W3TA 5MHBA 2PURA 4UTKA 3BO9A 2BZNA 2ZQ0A 3EWXA 4FHAA 2CLMA 2PC4A 3W1TA 3LTPA 2QCMA 4NJJA 3BV4A 3L5AA 1JCJA 1ME7A 5AFDA 2JBMA 4A21A 2EGZA 2V2CA 4PCFA 1G4EA 4I7VA 3TAKA 3CIXA 5D30A 2QAPA 2RFGA 3W1QA 1NAL1 5K9DA 3CLMA 2A21A 3FS2A 2JGQA 4OV9A 4UFMA 1THFD 1H7WA 1Z41A 1UJPA 4LVBA 3OG3A 3VE9A 4WUIA 4LS0A 3W1RA 4JICA 5E1QA 3LLFA 2Y70A 1F74A 1CX9A 2W0UA 5EPDA 5EYWA 2NUWA 3HMJG 1SZEA 3DKLA 2Q3OA 3THQA 3KRSA 4O15A 1LLWA 5HMSA 2GOUA 3LRKA 4JY8A 4N9BA 4QQ3A 1EPXA 3TR2A 2YW3A 3QJAA 1QOQA 3W7IA 3QYQA 1N7KA 4BI7A 3QPZA 1AK5A 1R30A 4JEQA 1PHQA 3S0CA 4TR9A 1NSJA 2E09A 3QRHA 1NEYA 3TQ0A 3GXNA 5BMWA 4MLRA 4OE7A 1TREA 3W7KA 3TW7A 3BG3A 4LV9A 1FWWA 4LOCA 1N55A 3EX4A 3TDFA 1A50A 4ADUA 2FIQA 1XFBA 3LHYA 4P61A 1TJPA 1X8FA 1ICPA 3GNDA 2BX7A 2Y62A 2AQWA 1O5XA 4Z1CA 2EHHA 1XCFA 4N4QA 3C8FA 2A5HA 1JCYA 3M16A 3IGUA 3NZRA 1PIIA 1EP3A 3TSBA 4FNSA 2ISVA 2A7NA 4LS2A 3NO5A 1QOPA 2P10A 5D02A 1Q6QA 3PM6A 1TPVA 5K9XA 4Z0JA 3GK0A 5C55A 3OVPA 4TMCA 2QUVA 3QH2A 3C2RA 5BMXA 4LVDA 4Y96A 3O1NA 2J6XA 2WSQA 3QMTA 5J5DA 2HTMA 4UTUA 4FEZA 1J2WA 1FWSA 3BG9A 3DFNA 4ZQMA 1LROA 2FDSA 5F1VA 4N4PA 2X2GA 2ZDRA 3S42A 1PVNA 1GJPA 2E6AA 4H6KA 4UTMA 2HMCA 3ELFA 1Z42A 3LHVA 4N9DA 4ORIA 5HQEA 3DBPA 1OFBA 1CI1A 4H4IA 4A29A 1QPNA 3DZ1A 3GDMA 4LW7A 3CWOX 1O94A 4LWWA 4Q33A 1P0NA 2OJPA 4DO6A 1LZOA 3M5VA 3FYPA 4PFMA 1LRQA 1T99A 3GIYA 1BKSA 1RQBA 4AWSA 4HNTA 3IIZA 4RV8A 3ZWSA 4N9EA 3T55A 4QJ1A 2J24A 4ADTA 1HUVA 5D09A 1O60A 4UTWA 4RKAA 3JR2A 2HS8A 4XUGA 3O6YX 1ZAJA 3C61A 1Q6OA 3G0XA 3NL6A 3KVJA 5HWNA 1YDOA 3W88A 5AHIA 5DLCA 4DO4A 3DH7A 2HS6A 2J27A 4MYAA 2PRHA 2I14A 1HFBA 2YGYA 3I7SA 1D3HA 2J9XA 3LLDA 5KTLA 3QW4B 4QITA 1YXCA 1TTPA 3S5YA 5CSRA 4ZL1A 4DF1A 1VR6A 4NNBA 1DORA 1JCLA 1AW5A 3SI9A 2BXVA 3E49A 3EB2A 3A24A 5D2YA 1OFEA 3PBVA 1KM0A 5LGZA 1IXPA 2I1OA 4O50A 4LT9A 4TO8A 2TSYA 3M7WA 4KWVA 2FPTA 4CCDA 3Q37A 3A22A 5I3JA 2C14A 4O54A 1VHNA 3CC1A 4YXGA 3P62A 4O1AA 4GJ1A 4UFKA 5HUOA 1GOXA 3G1FA 4CNNA 3MP5A 1KFJA 1QPQA 4Q4KA 1YLVA 1EWDA 1ME8A 3I65A 2ZZ3A 4LV4A 1VCGA 4DF2A 2ZA3A 1OX6A 3NVTA 1B4EA 3UWUA 1S5TA 3NM1A 1GZGA 2X1UA 3MI3A 4JTFA 3W1LA 1LOQA 1DKWA 3MWAA 4IOTA 3WFAA 3UY8A 5ABTA 3RLUA 3MYPA 3LX9A 4KWWA 1TJRA 3A23A 3NQ2A 1TPC1 1LRTA 1VYPX 1DVJA 1PS9A 2OT1A 2YSWA 4C1LA 2GVGA 2RDTA 3QPYA 4FO4A 3LCFA 5DBTA 3ABRA 4OT7A 4OHQA 3TQKA 1KLYA 1I2NA 1GTHA 1MSSA 1VPXA 3ATZA 4C1KA 4E2BA 3EWUA 3G18A 1W31A 3B04A 4XBSA 5E93A 4IMEA 3S8HA 3G3MA 1JUEA 3NQ6A 2E68A 5G1YA 1KM5A 2G96A 2C15A 5U7SA 3UWVA 3KFTA 2WPBA 3LTSA 5G2IA 4JNMA 4UCGA 2ZZ6A 3MP4A 2Z1BA 4GUJA 2W6RA 3O07A 1XBVA 1KM2A 3EWYA 2VFFA 5H91A 5TIMA 2QCCA 3PF3A 5F1UA 3FEMA 1YPIA 3HGOA 5KITA 5FEPA 3OIXA 1ICQA 1EA0A 4FB7A 2E6YA 3PUDA 2A85A 4HKPA 4UFHA 3W2MA 4HSOA 3VE7A 1JQVA 4O19A 1ZNNA 2VKZG 2YR1A 1JR1A 1HTIA 3GDKA 3N9RA 4GFSA 2ZRYA 1SFJA 1SPQA 2NV2A 5AB3A 4A2RA 2AGKA 3IIXA 3INPA 3DHDA 4JDBA 4K37A 4BWLA 3EWWA 3L2IA 1SO4A 1YTEA 3W7CA 1LOSA 3PG9A 1IXNA 4M6PA 1OK6A 4JY9A 4O17A 3TQVA 1GG1A 3ABQA 1QFEA 4Y9AA 3W6YA 3DFTA 1R46A 1YADA 3GAYA 1OFAA 5DY3A 1Q45A 4JGDA 1FX6A 1WYIA 2B7OA 1TV7A 4GNJA 4M6VA 5F2LA 4OV4A 1Y0EA 1L6SA 5I3IA 3Q58A 1TPB1 2O7SA 1VLIA 2QEZA 3LXAA 3BLEA 1A5AA 5FF3A 5LKYA 1EUNA 3S5ZA 4HSNA 3QQ0A 2WNZA 2JKAA 4CLMA 1QDSA 1TTJA 4JTIA 3M0ZA 1EB3A 4UNKA 2X1RA 3HO8A 1F7BA 5DELA 1G7VA 1AMKA 2QAFA 3R2GA 4MUZA 1TV8A 5HR6A 5KMYA 2VEKA 3L21A 3NL2A 2NXHA 4M7TA 4JX4A 3BGJA 4WXZA 3R13A 4NU7A 2QCEA 4UR8A 2NWSA 3W83A 3HPZA 1H7PA 4BFAA 3N34A 3NL5A 3OA3A 2NV1A 4O10A 1HL2A 3H55A 2ZRWA 1AW1A 5DN1A 1ZCOA 3LHZA 1DQWA 1W0MA 3GXTA 3N2XA 2FB2A 1SZFA 1OYCA 3STEA 5K4ZA 3FLUA 3C52A 5LHFA 1BTMA 3LXBA 3DGRA 4JX5A 5F4XA 4NZFA 5FEXA 1VJIA 1KTBA 3M6YA 3P74A 1GVFA 1PE1A 3F4WA 3MJYA 1G4PA 1GPWA 4XTDA 1S5VA 4PTNA 2CLOA 3G1YA 3W86A 1Z48A 1W56A 5G4WA 5AOUA 3TX9A 4Y6GA 3P80A 2WNNA 3CEPA 2VFIA 5D32A 1TPWA 2Y89A 3F4NA 5E0KA 3L9CA 3P84A 1JCXA 1TYGA 3L67A 4O8RA 4MVAA 4I7WA 1SZNA 2PRLA 3G3DA 3P67A 1FY6A 3YPIA 3W7NA 4MIMA 4QISA 3SZ8A 1EUAA 1XBZA 3P82A 5AHLA 1WA3A 1F6PA 2C16A 4ZZ9A 5LZLA 4GBUA 3TV8A 3LI1A 3VKJA 2TPSA 4JN6A 3LI0A 4HT3A 2Z6IA 2PE4A 3IRDA 1J4EA 3GAKA 3W23A 1LDCA 3Q94A 3NQ7A 4AHPA 4JD4A 3M47A 3C56A 3IIOA 3T44A 3O16A 5EBUA 3TW6A 1ZENA 1EP1A 3PBYA 3E0IA 1M6JA 2QJIA 2CLEA 4YWIA 4O16A 5CPOA 4IXHA 1VHCA 1QPOA 1R47A 4JTUA 1K7EA 5KINA 4O11A 2TYSA 1L6YA 3GB6A 3C4UA 3Q2DA 3TJLA 1LYXA 1PL9A 2QCDB 2ZZ7A 3I7QA 4KKXA 1LOLA 4UMCA 4FX8A 2ZZ4A 1EP2A 4WY0B 1M5WA 3TKFA 2AAMA 1W3IA 2QCDA 1F6KA 3OEXA 3S1UA 4ONVA 2Z6JA 2ZRUA 3NQEA 4UXDA 5FESA 2Y7FA 1O4UA 3E12A 2FPVA 4WY0A 3THAA 4YL2A 1GYNA 3O15A 1GQNA 3W85A 3WJWA 4GUFA 1H50A 1VYSX 4MY8A 3NQVA 4PC8A 3G1HA 2V82A 2A4AA 3CQ0A 5D05A 5AHMA 1YXDA 3GYEA 4N02A 4CCCA 4CNOA 4O52A 4E2DA 5C5YA 3STCA 4LVGA 3B0UX 1FBAA 3M5ZA 3UWWA 2C1HA 3EKLA 3SR7A 4FIRA 1NVMA 2BWGA 2RDWA 1GVOA 3M5YA 3TE9A 4O0KA 1FUYA 4RXGA 1ZHAA 1D9EA 1S5WA 1I2OA 1W5NA 2H3BA 1SSDA 4OWGA 3IGSA 3PWAA 3UNDA 4LUJA 1L6WA 4FNPA 1JUKA 1AG1O 3C2OA 4JTTA 5G4EA 3SW6A 3FFSA 1A5BA 1CW2A 3GKAA 4K8HA 5HWMA 1I2PA 1YTKA 4W9TA 5H2ZA 1W1ZA 1UCWA 1KLZA 1T8XA 5FEZA 5IBXC 3NYZA 3KVKA 3O6DA 3P5YA 2BSLA 2DJXA 3W2KA 2OX1A 2G97A 2V8ZA 4LRSA 3W22A 1G69A 3NZ1A 2WQPA 3NGJA 1TO3A 2J9YA 1VS1A 4FXSA 2F7FA 3NXFA 3BW2A 1VCVA 1K8XA 3CM4A 3P5ZA 1R2TA 4R34A 4K6AA 5LNRA 2ALDA 1XBYA 3UWYA 2TMDA 1GT8A 4G1KA 4MZ1A 1W8SA 3IV3A 3QMSA 1VZWA 4I7UA 4HPXA 3FIGA 1TTQA 3TCEA 1KTNA 2ZZ2A 1QO5A 3TUUA 3WK1A 2FJKA 2C18A 1M7PA 3BG5A 4QIUA 1DBTA 1XI3A 2W79A 4AMAA 4DEFA 3FOKA 3PC0A 2VC6A 3L5LA 2YZRA 1EWEA 5EMUA 3MBFA 5FF4A 3A5VA 3WJXA 2QJHA 4LNYA 3W7HA 5KZDA 4UTTC 3C0JA 2ISWA 3MBDA 4IPIA 1PV8A 3UD6A 5K7JA 3IIPA 3P8JA 3TFXA 3HG4A 3QZEA 2DZTA 5FEWA 1LM1A 4CCEA 1SW7A 3T4CA 1T0OA 5DY2A 3BW4A 3PSVA 1RD5A 3W7EA 3MHGA 1W54A 3B05A 3HBLA 3QSRA 2VELA 4ZMGA 3WK0A 3UY7A 2A7RA 1TPUA 2YXGA 2V30A 8TIMA 5G2WA 4UIOA 1ALDA 5C54A 5DCDA 3W7GA 1WDWA 2VFGA 2ZTJA 2Q8ZA 1JRBA 3OVRA 5FF0A 4AXKA 4Z1DA 1H7RA 4LRTA 5EKYA 4GRSA 1GWJA 2A6LA 4IQLA 5EY5A 2ZA1A 3H54A 4JDYA 3LCIA 3RLVA 5HR7A 4LVAA 2NZLA 5SWUA 4OQVA 2B7QA 4LVFA 1AL8A 5F4WA 4RZ5A 4U4MA 1OG0A 2C13A 1OJXA 1FDYA 4CNPA 1IIGA 4NUWA 3ANYA 3GNNA 1B3OA 4NT0A 2GUUA 4O57A 2C0AA 1LBLA 3EWZA 3P7YA 4NX5A 2CU0A 1TRDA 1OX4B 2H90A 2J88A 1SO5A 3HG5A 4UFJA 3LHUA 2X1TA 4FX7A 1X1OA 3S1WA 2V0TA 2CW6A 5F2IA 2QDHA 1TIMA 3SFKA 1DQXA 2Y7GA 3NQCA 2CLHA 2PRMA 4K7VA 3GXPA 3HIJA 5TQLA 3O6CA 3CPRA 5D04C 4CQ9A 4RR4A 3ZR4A 3MI2A 1WOAA 5CZSA 3LCWA 4HPJA 3HQ1A 3CWNA 4XZ9A 1IXQA 1ML1A 2DZSA 1PHWA 3G1SA 1IF2A 4OU1A 1RPXA 4K7YA 3EX3A 1MEHA 2V9DA 4X22A 2ZRXA 4BF9A 1I2RA 4K8EA 1DJNA 1S3HA 2C19A 1RQEA 5HJLA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1GVS A;  4DJF A;  2HBX A;  2V69 A;  3CV2 A;  3EXS A;  3VMO A;  1P5B A;  2BOG X;  1FH7 A;  3N4E A;  3DI1 A;  2OWW A;  1A5O C;  3DYO A;  4B3Z A;  1IZJ A;  1LWI A;  1LBM A;  3NEV A;  2R1N A;  4RXF A;  1W1A 1;  4GZJ A;  4I3G A;  1A5C A;  2B0M A;  5GNY A;  1XD0 A;  3WQC A;  4O28 A;  4PMN A;  1JDC A;  2XSA A;  3DAQ A;  3PBM A;  3VOC A;  5AZ1 A;  1E0W A;  1CZ1 A;  3V0U A;  2HBV A;  1UD6 A;  3OOQ A;  3LHW A;  4C6D A;  1OC6 A;  5DCE A;  3B4U A;  3U2E A;  2XH7 A;  4RZB A;  1P0K A;  5EA9 A;  1AZ2 A;  3ARV A;  1F3E A;  4IG2 A;  5I78 A;  2RGL A;  2W5F A;  4A2S A;  2XVN A;  2Z4G A;  1M7X A;  1UKP A;  1HJS A;  2ZZ5 A;  3W29 A;  4LS1 A;  3UVA A;  2OR2 A;  3S1V A;  3E74 A;  2PLJ A;  1MXD A;  1X1N A;  3IAN A;  5BWA A;  1A5N C;  1X6L A;  1RV8 A;  1K8Z A;  2Z00 A;  5DXX A;  4H00 A;  3CIV A;  1V6T A;  3TW9 A;  2DZX A;  4H8U A;  3GYC A;  3S46 A;  3GLC A;  4C6Q A;  2V6A A;  3R0D A;  4AD1 A;  4MB1 A;  5HXM A;  1G94 A;  2DDX A;  5A8M A;  4B5V A;  2OEK A;  3AHV A;  4LUS B;  2DT1 A;  1AMY A;  1KBJ A;  4J3W A;  5FJJ A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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