3G1VA

Crystal structure of the mutant d70g of orotidine 5'-monophosphate decarboxylase from methanobacterium thermoautotrophicum complexed with 5-fluorouridine 5'-monophosphate
Total Genus 80
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
80
sequence length
213
structure length
213
Chain Sequence
VMNRLILAMDLMNRDDALRVTGEVREYIDTVKIGYPLVLSEGMDIIAEFRKRFGCRIIAGFKVADIPETNEKICRATFKAGADAIIVHGFPGADSVRACLNVAEEMGREVFLLTEMSHPGAEMFIQGAADEIARMGVDLGVKNYVGPSTRPERLSRLREIIGQDSFLISPGVGAQGGDPGETLRFADAIIVGRSIYLADNPAAAAAGIIESIK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Mechanism of the orotidine 5'-monophosphate decarboxylase-catalyzed reaction: evidence for substrate destabilization.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
molecule tags Lyase
source organism Methanothermobacter thermautotrophicus str. delta h
total genus 80
structure length 213
sequence length 213
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.1.1.23: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date 2009-01-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00215 OMPdecase Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3g1vA00
3NM3A 5G4WA 3DI1A 3BGGA 3NQCA 2J9XA 3QSRA 4KWVA 4K6AA 3HO8A 3TV8A 2BX7A 4H3DA 3I6RA 4DQWA 3LI0A 2FQIA 1G4PA 3INPA 3TW6A 3UWZA 5FEPA 5C5YA 3M41A 4QITA 2GQAA 4ZMGA 4UTUA 3PWAA 2YSWA 3WJSA 4OGZA 2ISVA 4QM1A 1LM1A 1YADA 4LVAA 4QNEA 4NJKA 5HUOA 5IBXC 1XBZA 3YPIA 3W83A 4O53A 1FWSA 1FXPA 1KFCA 3G22A 3MWAA 1VLIA 4UTJA 1GVSA 5F2GA 3IEBA 4UTTA 3LCWA 4O12A 3W07A 1OFOA 3TA6A 2VOMA 3W6YA 2V2CA 3N9SA 2GJNA 3EX3A 2HTMA 4NQ1A 4YLWA 2Y7GA 4PEKA 3LHYA 4K37A 4UFIA 3GXPA 4MFEA 4K38A 4TIMA 1O60A 3KVLA 4JTJA 2ZQ0A 1UUOA 4YCOA 2V30A 4HIBA 3NQ8A 3A24A 4DO4A 3U6WA 3I65A 3IV3A 1VC4A 1B4EA 2HS6A 5KZMA 3FFSA 2WKJA 1G67A 3GYEA 2I14A 4QNWA 2QCGA 3T78A 4AAJA 2H90A 1EA0A 4Z1CA 3IVSA 3PUDA 2A21A 3O16A 1N8FA 4M6VA 3EKLA 1FCQA 1GTHA 1MEHA 3DKLA 3W7PA 3UXAA 1J5TA 3THAA 3DFNA 3M44A 1S5VA 2CLEA 2W79A 3N2MA 1DVJA 4K39A 3W22A 2DJLA 3G1YA 1LLWA 1WX0A 3CIWA 1BEUA 5U4NA 1LRQA 5F1VA 2J27A 1M6JA 3QMRA 4O57A 2VC6A 3SECA 1I2OA 3CB8A 4I9AA 3L9CA 1HTIA 4HSNA 1DOSA 2WOQA 3ZS4A 4QSHA 3FIGA 3MJYA 3A23A 4BR1A 4WXZA 2QEZA 4AHOA 4DO5A 3PUOA 2ZTJA 2A4AA 3Q37A 1LOLA 1F73A 3LV5A 3G1XA 1OX5A 1GJPA 3M16A 5BMXA 3W7RA 3QPYA 3T55A 5F4XA 1EIXA 1RR2A 3B04A 1XBVA 3P84A 3BVJA 3FOKA 3PC0A 1UCWA 3KHJA 3NYZA 4UTWA 3G0SA 3H54A 2TMDA 3PBYA 1H51A 5FI8A 2ZRZA 4ZQCA 1X1ZA 2PE4A 1UJPA 1MO0A 3HIJA 5LSMA 2GVJA 3NPUA 5LHEA 5U7SA 5CZSA 3MI3A 4YXGA 4N4QA 4GC4A 5EKYA 3GLCA 5TIMA 2A1YA 2QDGA 4HNTA 3C2EA 1OFBA 3LCIA 4AHQA 3W2KA 5AHMA 4IQLA 3G1HA 1YTEA 5GVJA 3UQNA 3TR2A 3PS7A 4A2RA 1FCUA 1R46A 1AW1A 5K4ZA 4LS0A 2LLEA 3B0VC 1G7UA 5G2IA 2X1UA 3PUEA 4IGHA 2EF9A 4FO4A 5K2ZA 4H4IA 4KFPA 3R8RA 4FHAA 1FWWA 3NVTA 3PY2A 4R7JA 3M5ZA 4G1KA 5DXXA 2NV1A 2EGZA 4UTLA 3LERA 3BW3A 4A2SA 3I7SA 4JGDA 3PB0A 3LI1A 4JTFA 3LGEA 3L5MA 3NEVA 2XFWA 3K30A 5EPDA 1W5QA 2PURA 3LOTA 1FWRA 1R30A 2TRSA 4NJJA 3PVFA 3DFPA 4WD0A 1BTMA 1N7KA 4AWTA 4XTDA 1QCWA 1YDNA 3B06A 5E0KA 3CEUA 4WY0A 2RDWA 5FF2A 4OV4A 3QSTA 5K3VA 3MHFA 4N02A 5KSWA 5F4WA 4N9BA 1XUZA 1OYBA 3C4UA 1DJNA 4Q32A 3GDLA 5D2XA 5AC8A 1KFBA 3W7DA 3TE9A 3L67A 4A21A 4AHPA 3S1XA 3EEGA 1TJRA 4FXRA 5HUPA 1SO6A 2WO5A 2CW6A 4N4PA 4TMBA 2J6XA 1SPQA 3W76A 1ZAIA 3UNDA 3TH6A 2X1TA 3LTPA 3UWYA 4QJ1A 5D37A 3W85A 3W1TA 2VENA 1IXNA 3N34A 3GIYA 1JRBA 1ICPA 5AFDA 1OYAA 2XN0A 2GVLA 3GXNA 2F7FA 5LGZA 4DF2A 2WNQA 2WQPA 1FXQA 2CFFA 3W1PA 1W3IA 4LV9A 1OFRA 2HMCA 4WJEA 4XWUA 1VGAA 1K8ZA 1KM5A 2RH9A 3TKFA 1O5XA 5I3KA 3C2OA 2ZZ1A 3A9IA 3IVTA 4DF1A 4RV8A 1SFLA 4ZQNA 3NXFA 4CQAA 3TNOA 3W87A 4GUFA 1GVFA 4LUIA 5AHEA 1P1XA 4JYEA 3W1LA 2YR1A 4AWSA 4WOQA 1QPQA 2NX1A 1TPC1 1ZCOA 1W0MA 1JCJA 1U5JA 3IVUA 3L21A 5DXYA 1NVMA 1D3HA 2QAFA 2PCQA 2H3DA 2H6RA 3P82A 1TQXA 2FJKA 3FEMA 2R8WA 1JULA 3NAVA 4OT7A 2ISWA 2X2GA 1WA3A 1LOQA 4LVGA 2X1RA 3THQA 3BV4A 2RHGA 2JKAA 3WK0A 3GNDA 2GOUA 1F7BA 1GG0A 3SW6A 5CZ0A 3DFOA 5AHIA 4XQ6A 1G4SA 4UCGA 3QEZA 3G1VA 3LXAA 4IPIA 3BLIA 5LKYA 3SY5A 1ALDA 5CGQA 1YPIA 5D09A 2A7RA 1L9WA 2ATSA 4JX5A 3HPXA 4LU0A 3STCA 3TFXA 3AJXA 1G69A 1JVNA 3UWUA 2YYTA 5G2WA 1W8SA 4BF9A 4EWND 3MHGA 3KRUA 3OVPA 4I7VA 1Z48A 1H50A 2A5HA 5HJLA 3L68A 1EP1A 4JICA 4MYAA 1K8XA 1NEYA 3LTSA 1HO1A 3KVKA 5C54A 1A53A 1JUKA 2QCDB 3DHFA 4Y90A 2C3ZA 2YPIA 4JY8A 3W7OA 3NOEA 3B03A 2QAPA 2VFGA 2C15A 1VHNA 4FNUA 4L4MA 3TX9A 4NVTA 1VHCA 2QDHA 3N19B 4K7VA 4BFAA 4UTWC 5CZTA 4JN6A 5H91A 4RK8A 1OYCA 2V9DA 1XL9A 3QPZA 4BI6A 3G0XA 2E6DA 4RXGA 4RZ5A 3OVQA 3CM4A 1RZMA 5DBTA 4ZQMA 3STFA 1SUXA 1XXXA 3C8FA 5HWMA 2NXIA 2YXGA 4IMCA 3CIXA 3NQFA 4Z1AA 4JDBA 2HS8A 1IXOA 2CLIA 2GPTA 1JUBA 4GUIA 4K7YA 3FA5A 5J5RA 3FKRA 4UFKA 5I3FA 3DFSA 3SFKA 1TTQA 3TAOA 2ZZ4A 3PBWA 2E09A 4QISA 3T7VA 4PA8A 2QJIA 1P5BA 1J4EA 2Z2UA 3QF0A 2ZYFA 1S5TA 1KFEA 2ISSA 3G1DA 4MFDA 1DHPA 3FS2A 1M7OA 3G1FA 1SW3A 4I7UA 1OFQA 4N6FA 3WJXA 1HUVA 3ZWTA 3O05A 3W72A 2DZUA 2GUUA 4MLRA 3S5ZA 3P5ZA 3S5OA 3HGOA 1F05A 3G3DA 4GRSA 2NX3A 4LOCA 3TQVA 3ABSA 3WJYA 5HNRA 5EBUA 1X8FA 3E12A 5BOOA 1JRCA 3P61A 1LBFA 1TPUA 3E96A 3HBLA 4MVAA 2CLHA 3IRDA 2NZLA 4O11A 1ME9A 5AYXA 4DEFA 4UTMA 4KFOA 4DO6A 2ZRVA 2X1SA 2A7NA 3M0ZA 1TRDA 1K03A 3STGA 1H60A 1TTPA 5G5IA 3LRLA 3HG5A 1O4UA 5G1YA 4UMAA 2CLFA 1I2RA 3TMQA 3JRKA 4IX0A 4YWIA 2H8ZA 2Y88A 3NL6A 3DH7A 4AF0B 2GQ8A 1GTEA 4NJHA 5AYYA 4O13A 1W3NA 3A5VA 3EB2A 4JTEA 3CU2A 2G95A 1Q45A 1OHLA 4UNLA 1FBAA 4ALDA 4NNCA 3EXRA 1KA9F 1SFJA 1OFPA 3B4UA 1VRDA 4UMCA 1S5WA 5K9CA 1LLZA 4Z1BA 3L65A 2CLOA 2X16A 2Y7DA 1XDMA 2ZZ6A 1IIGA 3CWNA 1GWJA 4LW7A 1LRTA 4DELA 1WBJA 2H8XA 1F74A 3E9AA 4LRTA 2KZHA 1OK4A 1PHWA 4FX7A 4LNYA 1GOXA 1WBHA 1QAPA 4J9JA 2FIQA 5H2ZA 1QPOA 1AK5A 2W6RA 3VE7A 3E0IA 2ATMA 2BSLA 3G24A 4CQ8A 1H63A 1TIMA 1C8VA 4O8RA 2RKXA 2WNNA 4R53A 1PCKA 3Q2DA 3NPXA 3WJWA 2QUTA 1JJKA 3N2XA 3G8EA 4S2BA 3DGRA 1TQJA 4FNQA 5J5DA 1A5CA 1PS9A 1VR6A 4JR5A 3TUUA 1NF0A 2C19A 1JUEA 2CLKA 5BNKA 4IUOA 2CLMA 3NQGA 1SO5A 3LTYA 3PR2A 2C1HA 3TK7A 4MY8A 2VEPA 2JGQA 2JKEA 3VE9A 2Y70A 3C2RA 1FDJA 3P7YA 1G7VA 3U8GA 2VFDA 2VFHA 3O63A 3PM6A 4K36A 5CPOA 1ML1A 2BZNA 3C2VA 3HOJA 1QWGA 1VZWA 3HGJA 4OBTA 5F4SA 1KFLA 4GUGA 5C6MA 3QW3A 1SZEA 4FNPA 1IF2A 1N55A 1OABA 1LYXA 3NPWA 1MXSA 2B7NA 2V8ZA 2YGYA 4WUIA 3PBVA 2NUXA 1LOSA 3BG5A 1TTJA 2YFNA 3LLFA 1B3OA 3NQ6A 2CZEA 1LBMA 3GX9A 4O52A 3HQ1A 4O18A 4NUWA 3P62A 5HMSA 1TTIA 1RQEA 2BWGA 4AEOA 4E2BA 4MJMA 4MY9A 1DJQA 1OF6A 1W5MA 1TV8A 5KINA 3KVMA 2ZA3A 1C29A 2ZFAA 4N6EA 2DZPA 1FQ0A 3P8IA 3UZJA 5AOUA 4AMAA 4MPQA 1W54A 3BW4A 3KVJA 1OG0A 5D2VA 2WPBA 1YXCA 2FLIA 4Y8FA 2W0UA 4ZVJA 1I2NA 3RF9A 1P0KA 3RFAA 3O8AA 2VXNA 1OK6A 5AHFA 3PAJA 4FX6M 3S8HA 3ZWSA 1AL7A 2B7PA 3PBUA 3NL2A 1X6UA 4M5PA 1NF7A 1ZENA 3TXZA 3MO7A 4CLMA 3S0CA 2ZZ5A 3IIOA 4UTIA 2E1DA 3LHZA 1U83A 3C52A 1H62A 3KOFA 1EUAA 4JTTA 3NQAA 3TQKA 3O6CA 3TSDA 4C1LA 1DQWA 3DENA 2ZRWA 1YPFA 4NXKA 2P10A 2B4GA 4O17A 1K7XA 2R94A 4IMEA 2WV8A 1G4TA 4BWLC 1TPVA 1KBJA 3BW2A 1F6KA 3S5NA 2DJXA 4UC5A 3T44A 1RQBA 4P2VA 4U4MA 3L66A 1ADOA 3N3MA 3HPZA 4W9TA 5SWUA 3LHUA 4IOTA 4X9SA 4LRSA 2Q8LA 4Z1DA 3UWWA 3TJLA 3TFCA 4HNNA 1OJXA 3EX2A 1VYRA 4CCCA 3M6YA 5G4EA 2JGYA 1SSDA 3O1NA 4FNTA 3W2NA 5KITA 4YL2A 5DN1A 1OX6A 2WSYA 5D38A 1ICQA 3W88A 1X1OA 4IPJA 2ZRYA 2CZ5A 5TQLA 1ZAJA 4ONVA 4TMCA 3QC3A 4LWWA 4WY0B 2QR6A 3GDKA 3EXSA 4LVBA 3MP3A 3F4NA 1QR7A 3W74A 2NXGA 1IIHA 4RZ4A 3HG2A 6ALDA 1XDLA 1PE1A 2CWNA 2XN2A 3HJZA 1TCDA 5I3IA 3IIVA 4PH6A 3UY7A 3MHUA 3VFLA 2OT0A 3QM3A 2V81A 1RD5A 2QJGA 3H53A 3NM1A 3OHIA 3NO5A 4JX4A 5AN7A 1YTDA 3MMTA 3GDTA 4X2RA 1Q6QA 3B0PA 3LHWA 5TBOA 4MZYA 3BGJA 4FNRA 1JCYA 3HG3A 4JTIA 3R89A 1Y0EA 3MI6A 1BWKA 1OFEA 3G1SA 3MP4A 4OWGA 1K7FA 4O1DA 1MZHA 5L9FA 4BI5A 1VS1A 3ATZA 3GAYA 1KV5A 1TRIA 1QNVA 3M9YA 3UZ5A 2E6FA 4JTUA 3CLMA 5HWNA 4QIUA 1KM6A 1GVRA 1XM3A 5D05A 3TQ0A 4RJEA 3W7KA 4GXMA 1ZFJA 2OT1A 3W1RA 1OX4A 5F1UA 1L6SA 4KWWA 3HF3A 3L5AA 2GQ9A 2YFOA 3NDOA 3MBFA 1XUUA 1O95A 2YW3A 4MOZA 1TYGA 1QMLA 3R5EA 5DY2A 5CPNA 4PL1A 4WXYA 2YW4A 1WOAA 3FJ6A 1QO2A 4H6KA 3W75A 4WY0F 1LRNA 1EWDA 3TU9A 3W7EA 4AH7A 4R33A 4O1CA 3KXQA 2E5DA 3HGSA 3G1AA 1A5BA 4D2JA 2E77A 2WNZA 2ZCGA 2E6YA 1VYPX 4RZ6A 5EA9A 3LHTA 3NNTA 4FNSA 2Y7FA 3EX1A 4XUGA 3FYPA 4JTGA 4JTSA 1JCNA 4ZZ9A 5FEZA 3QZEA 2DZWA 2VFIA 5LNVA 4EF9A 4JX6A 5HINA 4XKYA 5D2TA 2QCFA 2V0TA 1W5NA 4CQ9A 3OVRA 1F2JA 1FCBA 4O4WA 3GKAA 4A22A 4FXSA 1RVGA 4JTLA 5FF3A 2ZBTA 2EKCA 4K8HA 4N2YA 1KTCA 3N9RA 1WAUA 4O10A 1ONRA 3DI0A 4CNOA 2JKPA 1AL8A 2VFFA 3W7LA 4HKPA 3TXVA 2VEIA 1PV8A 1YXDA 3TJXA 1Q3NA 2VEKA 2E6AA 1UUMA 3B0UX 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3FND A;  2QMJ A;  1QI4 A;  1WKD A;  2IKG A;  3IJD A;  3TV8 A;  4H3D A;  1GOQ A;  1UR0 A;  2HXT A;  3I6R A;  1EXP A;  2IPG A;  1R8L A;  3AHV A;  3H7R A;  4ZMG A;  2Z28 A;  4YNG A;  1JYN A;  4QNE A;  4GGH A;  4NJK A;  3YPI A;  1ITQ A;  3T42 A;  1XGE A;  3VOJ A;  1FWS A;  2WVV A;  1KFC A;  2AL1 A;  1CTN A;  3D5H A;  3G22 A;  1WZK A;  1VLI A;  1Q7M A;  4M3P A;  3IEB A;  3VUP A;  2HZG A;  3LCW A;  2V2C A;  5XIN A;  4C6Q A;  3OOD A;  4PEK A;  3LHY A;  3AUJ A;  5A8O A;  2QMK A;  3HJE A;  3GXP A;  4MFE A;  4EE9 A;  3BAY A;  1EDT A;  3GXM A;  1REQ B;  4HOX A;  1B9Z A;  2ZQ0 A;  2QW5 A;  2F6K A;  4PE8 A;  5TD4 A;  1UG6 A;  4B5X A;  3FFS A;  4WKF A;  4AAJ A;  1EA0 A;  4Z1C A;  2J7H A;  5MF5 A;  1N8F A;  1FCQ A;  1WPC A;  4WF7 A;  3UXA A;  3FVM A;  3M44 A;  1V3K A;  2W79 A;  2PUZ A;  1OZM A;  5U4N A;  1EJR C;  1XYA A;  3VKC A;  2CER A;  3SEC A;  4W5Z A;  4HSN A;  1TWD A;  3LM3 A;  4ZOD A;  1M1B A;  4CD7 A;  4BR1 A;  3KWX A;  2QEZ A;  4AHO A;  4DO5 A;  4LGX A;  1YE6 A;  3PUO A;  2ZTJ A;  1J96 A;  1WO2 A; 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