4ZFMA

Structure of gan1d-e170q in complex with cellobiose-6-phosphate
Total Genus 184
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
184
sequence length
474
structure length
459
Chain Sequence
HLKPFPPEFLWGAASAAYQVEGAWNEDGKGLSVWDVFAKQPGRTFKGTNGDVAVDHYHRYQEDVALMAEMGLKAYRFSVSWSRVFPDGNGAVNEKGLDFYDRLIEELRNHGIEPIVTLYHWDVPQALMDAYGAWESRRIIDDFDRYAVTLFQRFGDRVKYWVTLNQQNIFISFGYRLGLHPPGVKDMKRYEANHIANLANAKVIQSFRHYVPDGKIGPSFAYSPMYPYDSRPENVLAFENAEEFQNHWWMDVYAWGMYPQAAWNYLESQGLEPTVAPGDWELLQAAKPDFMGVNYYQTTTVEHNPPDGVGTSSGIPGLFKTVRNPHVDTTNWDWAIDPVGLRIGLRRIANRYQLPILITENGLGEFDTLEPGDIVNDDYRIDYLRRHVQEIQRAITDGVDVLGYCAWSFTDLLWLNGYQKRYGFVYVNRDDESEKDLRRIKKKSFYWYQRVIETNGAEL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Hydrolase
source organism Geobacillus stearothermophilus
publication title To be published
rcsb
molecule keywords Putative 6-phospho-beta-galactobiosidase
total genus 184
structure length 459
sequence length 474
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 3.2.1.85: 6-phospho-beta-galactosidase.
pdb deposition date 2015-04-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00232 Glyco_hydro_1 Glycosyl hydrolase family 1
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 4zfmA00
3SCTA 1Q6CA 1JL8A 3AYSA 3CUFA 1HX0A 2YDQA 3IAQA 4PMYA 4UQEA 4BQ2A 2WMGA 4P8XA 3VD7A 1RP9A 5A69A 3A3HA 2V3GA 1TCMA 2ZICA 3L4ZA 3MANA 4TTGA 3U57A 1TE1A 2D20A 2W66A 3HJEA 1QI5A 1M03A 1B9ZA 4CN1A 5JIWA 1UKOA 1B1YA 3BAJA 1ZJAA 1GOIA 3PZ9A 4U2YA 3WENA 2OSXA 1ODUA 2O9RA 3WNOA 2XPKA 4OJYA 2WZEA 4YHEA 2WVVB 1C90A 1KFWA 2JF7A 3N9KA 2Y24A 4W8BA 4N0RA 3VIGA 1UWTA 3TONA 2A3BA 3K4AA 1V03A 4MB4A 1ZB5A 1CENA 4JHOA 2EXOA 1W1TA 1UD5A 5TD4A 1BGGA 4F9DA 8CGTA 4YHGA 2D3NA 2VX4A 1GQLA 3FNDA 3CUIA 3SUUA 3L2LA 3AS2A 5A8PA 4UZUA 4W5ZA 4DUVA 3THCA 4UQBA 3W25A 4C7DA 3AJ7A 1CXLA 4TUFA 1HXJA 1E5JA 1E6SM 1ZBCA 2DIJA 3BAIA 2WC3A 2CBIA 3GH5A 7TAAA 4U2ZA 3UERA 5CPSA 2UY4A 1BAGA 2FHFA 1JD7A 1ISZA 2FH8A 3OGSA 1V3MA 3BCDA 1UYQA 1LG1A 4UQDA 3WQ4A 4UFLA 3SCNA 2CPUA 2PC8A 4UCFA 1WAWA 5D8WA 2CBVA 1W3LA 1KR1A 1W2PA 3OB8A 4X0VA 2EQDA 4AZBA 1JDCA 2ZX5A 2VVSA 4P8VA 3CPUA 2E40A 4D1IA 3BMWA 3DYMA 3WUFA 4YN5A 3BGAA 3WBEA 1JD9A 4UFJA 3O6AA 5LA2A 4OIFA 1E71M 1O6IA 4QCEA 3KEHA 3L4VA 2WBKA 3VDHA 2DSKA 1J0IA 4W93A 2BY3A 4HZ8A 4PEEA 3AXIA 1JAEA 4E8CA 1UH2A 2WYSA 2HVMA 3VGHA 4OKDA 2ZX6A 4FK9A 1XH0A 1V3HA 4TVDA 4MADA 1CZ1A 1DHKA 1R8LA 4AZGA 4GQQA 3VIKA 4P7NA 3UCQA 2JEQA 3VMNA 3WIJA 5DMYA 4BZYA 1NQ6A 5JBEA 2E4TA 3J7HA 4PTWA 2VC9A 4TOQA 3EDJA 2GJXA 4X9YA 3K8MA 4AD1A 2JF6A 3AZTA 1XH2A 3AYRA 4MNJA 3GTNA 4AISA 1J0KA 1NOUA 2WNWA 1YQ2A 4J7RA 2WWCA 2X1IA 2WMFA 3WF3A 1PEZA 1BSIA 2DH3A 1E15A 2DT0A 3WMSA 4NI3A 2A3EA 4CVUA 3CZGA 2VTFA 1XYZA 4M56A 3N17A 2V3DA 3L4XA 1QI0A 5A6LA 3GXIA 2Y4SA 1E70M 2VQUA 3PBGA 4B3KA 3F5JA 2VJXA 3SUTA 1W32A 3II1A 3KL3A 3AS0A 4PCSA 3AS3A 4FF5A 3CIVA 1G5AA 3D5HA 1ISWA 3ZJ8A 1HKIA 1JZ3A 1JZ4A 4A4AA 3CZJA 4UOZA 1H09A 5AY7A 4HMDA 1W2VA 4D6DA 1W1VA 4W87A 5BCAA 3O2LA 2PWGA 5E0FA 3MUAA 3WDIA 1ZS2A 4HTYA 3UEQA 1IV8A 3OLIA 3CZKA 4MAVA 4Z2GA 1TA3B 2XWDA 4PYSA 3ZQ9A 4OOZA 5GQBA 4H41A 2DEPA 5IDIA 1HT6A 1H0GA 3TTYA 4CU7A 1C92A 1CTNA 2ZX7A 3VKKA 3CH9A 4RE3A 5EB8A 2WVUA 1FH9A 1SFSA 4WF7A 1HJVA 4ATLA 4PBGA 1ZU8A 1B31A 3VGDA 1G01A 1J9YA 1W9DM 2CEQA 5A8QA 1E4IA 4KMQA 4UQAA 1C7TA 3WSUA 1HJSA 2PI6A 3WUEA 3ZR5A 3NDZA 4MJ4A 5C71A 4V27A 1F4AA 1SMDA 2EEXA 3MMUA 4XV0A 4ACZB 3WY1A 5D4YA 3N12A 1XSJA 4GZEA 2GJPA 5CGMA 4TX8A 3LPFA 4D72A 5D9MA 4U3AA 4TXEA 3VGFA 2J8GA 3VD9A 1PAMA 4D6GA 3KL5A 1CXKA 3CZLA 1WDRA 1EOMA 1UA7A 4IPNB 3VX1A 1XC6A 3OLGA 3VU2A 3WELA 1TVNA 4FLOA 4PTVA 3FY1A 5IFTA 3DECA 3EDFA 1GPFA 3T0DA 4BS0A 2YA1A 1VBUA 2CCRA 4FMVA 5GNXA 1IT0A 4R5EA 2WVSA 1PBGA 2WSPA 1H3GA 3VX0A 4H8UA 1CPUA 3SCSA 2G41A 2DH2A 1H1NA 3GXFA 1D3CA 1L8NA 1GORA 3U5UA 2WWDA 3WNPA 4ACZA 2WLYA 1V0NA 2VURA 1OT1A 1GVIA 2CESA 3W4RA 5I78A 4AZHA 2WSKA 2FGZA 4RE2A 2J77A 4NSBA 1W9UA 5JIPA 3N18A 1XHGA 5CG0A 2VR5A 5A2AA 2VZOA 2Z1SA 3NDYA 2QF8A 4IISA 4PCTA 1E55A 2YDSA 4PMZA 2WVTA 1QPKA 1OD0A 1MWOA 4RE4A 2XJ7A 1JYVA 1XD0A 3PZMA 3SUVA 4AD0A 1V0LA 3IANA 2WC7A 3L4WA 1I1WA 3HMCA 3QHOA 3VIIA 3AHXA 4B3LA 1QHZA 1GVYA 1E6NA 2DQXA 1CBGA 4KRUA 4F79A 2VT0A 4S3JA 1UQYA 5BRPA 2Q8XA 1US3A 1G94A 1R87A 3WD1A 3WQVA 3S2CA 1TUXA 2UY3A 4AC1X 5CLWA 4TX6A 1UR2A 1FHDA 1UZ1A 2ZUSA 3SCWA 1JDDA 1DWJM 4FLQA 2D3LA 3WDHA 2DSUA 3CLWA 3UG4A 3BAWA 4WK9A 3VNZA 3D3AA 1AQ0A 3VO0A 1B30A 2X05A 4DM1A 5CXPA 2J7BA 3PZUA 4GIAA 4HZ6A 5AYIA 1KCLA 2GDVA 4IPLA 5FIPA 2ZXAA 2YJQA 3N13A 1JF6A 3ZSSA 4URIA 4BQ5A 3W29A 2X09A 1GW1A 2C0HA 5DEZA 1KB3A 5FL1A 1JG9A 1J10A 1B3ZA 3OGRA 1QOXA 1GOMA 3PHAA 1KGUA 4CKQA 4U33A 1MVYA 2W4XA 5A8NA 1BG4A 1C8YA 2WZHA 4HA4A 3W53A 3APGA 2A3CA 1DWIM 5DT7A 1EDQA 2ZOXA 1IZJA 1DWFM 3K8KA 3AMGA 1PIFA 4HU0A 1K6AA 3WN6A 4AZ6A 4AY1A 4GQRA 4DUWA 2X8RA 2GFTA 5M3WA 3FXYA 4N42A 4PUDA 4QP0A 5HBFA 2IXUA 2BS9A 3WUBA 3GM8A 1G9HA 2O9OA 2XUCA 1AQHA 1Y7VA 1BPLB 2PF0A 1HN1A 3GNOA 1C7SA 3WD3A 4F8XA 5E9AA 3OLDA 1MW0A 1VF8A 1NP0A 2W91A 3GDBA 3NCOA 1BQCA 2DDXA 2XGBA 4V28A 1UA3A 1WDQA 1OWQA 4HOWA 1MQPA 4CCDA 1GHSA 1WP6A 4MJ2A 2ZXQA 3CZEA 2BHYA 2D2OA 1BYBA 2WHJA 1G0CA 1MFUA 4WKFA 4JFVA 5CPQA 4JL1A 1VJZA 4AXNA 4K68A 1W9XA 3WQ6A 1M53A 3WD0A 4ZXLA 4OBSA 1A47A 3OG2A 5A94A 3I3BA 2E8YA 3VDCA 4XZWA 1E0WA 1K9DA 1KR0A 2ZIDA 5KEZA 4ZEPA 1HF6A 1ZBWA 4AEFA 3MU7A 1XV8A 3RIKA 2E9BA 4JCLA 2F61A 4MDPA 4EAMA 1UWUA 3AISA 3RM8A 1CXHA 3ZJ7A 1ITXA 2BFGA 1CNVA 1E40A 3SCRA 1J0HA 3WQ8A 2GJRA 1GZJA 3ARPA 1VEOA 2UY2A 3OZPA 1WPCA 5CPTA 4UTFA 3T0BA 3AIBA 4MPKA 3W24A 5I77A 5KZ6A 4BCEA 2XFFA 3A4AA 1J11A 1E1EA 1JF5A 2GK1B 2WAGA 2CITA 1V0MA 1X6LA 5D8ZA 4HOZA 4CGTA 5EFFA 1EXPA 2VCCA 3LMYA 3ARZA 1C3FA 1RPKA 3ZM8A 5ABFA 1JI1A 3PZIA 3RM4A 2A3HA 1E6RA 2GDUA 1US2A 2VZVA 2VRJA 4Q22A 1B2YA 1E3XA 5F7UA 2NT0A 1B3VA 4AD5A 3MS8A 1LG2A 3NIYA 4CU6A 5AYBA 1OGSA 1CWYA 2WKLA 3VUPA 4LYPA 3I3EA 1CDGA 5ECUA 5CLTA 1FP9A 1OIFA 3AICA 1QHPA 1W3HA 4WKAA 4J3UA 2VX7A 1QVBA 5A3HA 3TP4A 2DSZA 1B0IA 1HKJA 1GOKA 1WDSA 1K9FA 2VCBA 1KXVA 2WMHA 1R7OA 1U33A 2WVVA 1J0JA 2DIEA 1M04A 1JI2A 4Z2JA 2QHAA 1HKMA 2BXYA 1JXJA 1XYFA 3B9DA 3N11A 1DP0A 1GJWA 2RGMA 1NP2A 3T08A 2D0HA 3AIWA 1LL4A 3NJ3A 1QW8A 1GQJA 3AI0A 1E6XM 4AMCA 3W38A 3PZVA 1J0YA 4M81A 3AIUA 3WEZA 4ACYA 2ESCA 2B31A 1E4LA 1WNOA 5HNNA 4B9YA 4CD4A 1NARA 2J7EA 3CO4A 1JNEA 3IAPA 4CUCA 2WCAA 2XFYA 2WMIB 1NWSA 4OOUA 3W26A 3AHZA 2D0FA 3L4UA 4NRSA 4JL2A 3LPPA 4R27A 3UETA 4AIEA 4ATDA 1XRVA 2XIIA 2GSJA 2XVNA 5FCZA 4W84A 2XGIA 2XVKA 5IFPA 2J79A 1UWIA 4J28A 3TA9A 1QNOA 4OUEA 3VNYA 1GOOA 1EGZA 3HU7A 4X0NA 3WUGA 1EDTA 1X1NA 1OM0A 1UWQA 1E72M 2C7FA 4IM4A 3MSDA 3VIMA 2OYKA 3WNMA 3A47A 4DUXA 4UOJA 4U5KA 1EHNA 3T2PA 2W92A 3IJ9A 1J01A 1JXKA 2QMJA 2VX6A 4PMOA 3MMDA 2JEPA 1UG6A 2ZUNA 3MV01 4AW7A 1N82A 4PMXA 3KZSA 4JFWA 3VGEA 1GNXA 4JHZA 2WMIA 3RM9A 1HKKA 4J3XA 1UD3A 1UH3A 4UQCA 4UFIA 1OIMA 1V6YA 3W81A 1LLOA 1L0PA 2JIEA 1CGTA 1MQQA 1BYCA 1UD2A 1HVQA 2CIPA 1NM9A 4UFHA 4M8UA 4HPHA 1MYRA 2BHZA 2V3FA 4PTMA 1I75A 1LJYA 1V3LA 4AD4A 3POCA 4J27A 2XIBA 4J3TA 3BAXA 5IHRA 3QHNA 1KBBA 1WZMA 5I6SA 4HA3A 5A8MA 4QFUA 1NH6A 4W8LA 1FP8A 2WW5A 2PB1A 3FAWA 3ARXA 1H4PA 2J47A 2J7CA 4AD2A 1GONA 3K1DA 3CHCA 1LL7A 3OLEA 3AZRA 1WZLA 1VEPA 2WPGA 2VX5A 2ZUMA 3WF0A 1KWKA 2XVLA 5E0CA 3GYCA 1JDAA 1TZ7A 3GBEA 4WSKA 3MV11 4E2OA 1B90A 1E43A 4P7QA 3UR7A 3T2QA 3W82A 3CBWA 5E6YA 3ZT7A 4D6CA 4DM2A 3BMVA 2DT2A 4U3CA 4JKLA 5BYWA 1MXDA 2AMGA 2BY2A 3BC9A 2XSBA 1QNSA 1JZ6A 3IJ7A 4PSRA 3VGBA 5ABEA 2F8QA 1ECEA 1KXQA 4E8DA 4W8AA 4ZFMA 4BQ4A 4H8HA 5M03A 1V0KA 1UKTA 5M5DA 2Y8KA 4CVWA 1BLIA 4KGJA 3K46A 2OYMA 1TA3A 4PUEA 1OT2A 3WNNA 3SUSA 1UD4A 1H11A 3WDJA 2EPNA 1VIWA 3AIRA 1W9PA 4HU8A 4JFUA 2TAAA 2WXDM 2GVYA 1KQYA 3MUY1 2FDMA 2D22A 3BAKA 4UFKA 3U7VA 1WDPA 1A3HA 3B8SA 1E56A 1E4NA 4LX4A 3WD2A 2PWFA 1V6WA 4NZCA 1F4HA 2EPMX 1B3XA 1Q6DA 4KWUA 1TVPA 4Q7NA 1JZ2A 2BXZA 3GNRA 2DGAA 1HL8A 1CLXA 1UR9A 4MB5A 2BHUA 3VIOA 4PMVA 1JYXA 3VM5A 2V3EA 4A3YA 2VNCA 3BSGA 1EH9A 1VAHA 1XD1A 3PTQA 4JZ5A 1UH4A 1GQIA 1UHVA 1VB9A 4LPCA 2FH6A 1NWRA 4DWSC 4GO9A 2J7FA 1BF2A 2BV9A 3O9NA 5CJ5A 1EA9C 4JIEA 1FFQA 2WHLA 1TFVA 1Q6FA 2J7HA 3MUZ1 3W6MA 3RPMA 4GZJA 1J0ZA 4EANA 4NRRA 2WMKA 1H41A 3PZNA 1OGBA 2VCAA 1B3WA 1R85A 3GBDA 4WJXA 2IXVA 5FKYA 3K4DA 1HJWA 5A95A 1UQZA 3CGTA 5A6BA 4UZSA 5CGTA 1QNQA 1ZBVA 1RP8A 1KXTA 1PJ9A 1QHOA 5IHSA 3WNLA 1DWHM 1RD6A 5I23A 3A4WA 3F5KA 3QHMA 5BXSA 3M46A 1Q6GA 2O9PA 2PBGA 1R86A 4W89A 2JFEX 1E1FA 2C8NA 2D24A 3M6DA 5D9PA 1HVXA 4HMCA 3VD5A 3SCQA 1ISVA 2EPOA 3VINA 3WDPP 3OA5A 3ARQA 2VOTA 2QMKA 4BQ3A 3AMDA 3WH8A 3B9EA 4GI9A 4XUYA 3AHTA 4UFMA 1CXFA 1HJUA 3VILA 2V5DA 2NSXA 2JIWA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3SCT A;  1Q6C A;  1JL8 A;  3AYS A;  3CUF A;  1HX0 A;  2YDQ A;  3IAQ A;  4PMY A;  4UQE A;  4BQ2 A;  2WMG A;  4P8X A;  3VD7 A;  1RP9 A;  5A69 A;  3A3H A;  2V3G A;  1TCM A;  2ZIC A;  3L4Z A;  3MAN A;  4TTG A;  3U57 A;  1TE1 A;  2D20 A;  2W66 A;  3HJE A;  1QI5 A;  1M03 A;  1B9Z A;  4CN1 A;  5JIW A;  1UKO A;  1B1Y A;  3BAJ A;  1ZJA A;  1GOI A;  3PZ9 A;  4U2Y A;  3WEN A;  2OSX A;  1ODU A;  2O9R A;  3WNO A;  2XPK A;  4OJY A;  2WZE A;  4YHE A;  2WVV B;  1C90 A;  1KFW A;  2JF7 A;  3N9K A;  2Y24 A;  4W8B A;  4N0R A;  3VIG A;  1UWT A;  3TON A;  2A3B A;  3K4A A;  1V03 A;  4MB4 A;  1ZB5 A;  1CEN A;  4JHO A;  2EXO A;  1W1T A;  1UD5 A;  5TD4 A;  1BGG A;  4F9D A;  8CGT A;  4YHG A;  2D3N A;  2VX4 A;  1GQL A;  3FND A;  3CUI A;  3SUU A;  3L2L A;  3AS2 A;  5A8P A;  4UZU A;  4W5Z A;  4DUV A;  3THC A;  4UQB A;  3W25 A;  4C7D A;  3AJ7 A;  1CXL A;  4TUF A;  1HXJ A;  1E5J A;  1E6S M;  1ZBC A;  2DIJ A;  3BAI A;  2WC3 A;  2CBI A;  3GH5 A;  7TAA A;  4U2Z A;  3UER A;  5CPS A;  2UY4 A;  1BAG A;  2FHF A;  1JD7 A;  1ISZ A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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