2NWS | Genus

Total Genus 92

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	92
sequence length	263
structure length	263
Chain Sequence	EKFLVIAGPNAIESEELLLKVGEEIKRLSEKFKEVEFVFKSSFDKANRSSIHSFRGHGLEYGVKALRKVKEEFGLKITTDIHESWQAEPVAEVADIIQIPAFLCRQTDLLLAAAKTGRAVNVKKGQFLAPWDTKNVVEKLKFGGAKEIYLTERGTTFGYNNLVVDFRSLPIMKQWAKVIYDATHSVQLPGGLGDKSGGMREFIFPLIRAAVAVGCDGVFMETHPEPEKALSDASTQLPLSQLEGIIEAILEIREVASKYYETI

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

molecule tags	Transferase
source organism	Aquifex aeolicus
publication title	Structural and Mechanistic Changes along an Engineered Path from Metallo to Nonmetallo 3-Deoxy-d-manno-octulosonate 8-Phosphate Synthases. pubmed doi rcsb
molecule keywords	2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase
total genus	92
structure length	263
sequence length	263
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 2.5.1.55: 3-deoxy-8-phosphooctulonate synthase.
pdb deposition date	2006-11-16

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00793	DAHP_synth_1	DAHP synthetase I family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	2nwsA00

4GUGA 4XKYB 4IMGA 2Q3OA 3EWXA 3FEMA 3HG2A 3QQ1A 1BWKA 1I2OA 1K7EA 1JR1A 2E09A 3CEPA 3W7PA 2H3DA 3FKRA 5E0KA 5HR7A 4Z1CA 1THFD 1KM4A 4PA8A 1WBHA 1U83A 1OX6A 6TIMA 4GE8A 3L9CA 4ADSA 1LM1A 4C1LA 4JX5A 1YLVA 5LSMA 1QR7A 3ATYA 1OFPA 1EA0A 2VFFA 3HPSA 3H54A 3PWAA 4JEQA 3NQ2A 3NNTA 4A2SA 4WZHA 2EGZA 5FF0A 1FWTA 3TMQA 4UTKA 3M5XA 4LVFA 2ZZ6A 4FXSA 1OFDA 3EWUA 2VEKA 3W70A 3W87A 1FDJA 2YYTA 3G0XA 4K37A 5J5RA 4WOQA 5TQLA 4AWUA 2J6XA 4OV4A 4O18A 4QIUA 3L0KA 5LNUA 3UXDA 1YPFA 4A2RA 3L5LA 2XN1A 4PCFA 4FB7A 2E5BA 1OYCA 3ABRA 1YPIA 4TX9A 1W5QA 4M6PA 1H7RA 2V2DA 4YLWA 4UUIA 3LCWA 3OG3A 3PG9A 4XTDA 1EWDA 1K3UA 5CPMA 4ICNA 2RFGA 8TIMA 3NOEA 1OYBA 1EEPA 1XUZA 3F1QA 1O94A 4AB4A 1JCXA 1JCNA 3R89A 2ISWA 2VXNA 1F74A 3NL6A 3KXQA 4LY8A 3EX3A 2DZVA 2E5DA 3P74A 1UJPA 4O1DA 2ATMA 4K8EA 4UTTA 2PRHA 3BV4A 3NQDA 5I3KA 2DZTA 1XM3A 1DKWA 3N9SA 1IXPA 1H7OA 1A5SA 4RX0A 4M7SA 4JTIA 3N73A 1PS9A 1M5WA 3UXAA 3L5AA 4EF8A 1HL2A 3WJZA 2J9ZA 3DFTA 4O54A 3HPXA 3GXPA 5GVJA 2A4AA 1OHLA 1WBJA 1KW1A 4CQ9A 1ME9A 5LGZA 5G2WA 3S1VA 2C6QA 1ZJIA 2A0NA 3CPRA 3CLMA 4S1FA 1KM5A 2GVLA 4UTUA 3GXNA 2DJLA 3CEUA 1JQXA 4GUFA 4JR5A 3UWWA 1ZALA 3PR2A 3TC6A 2X1UA 1OK4A 3NO5A 4K38A 4UTMA 4LU0A 1P5BA 2QCNA 3L0NA 1SFLA 1ZHAA 2EKCA 1D3GA 1UUOA 3LM7A 2NWRA 3ZS4A 1SW0A 3PUEA 3NXFA 3WK3A 2CWNA 4POCA 4JTTA 4PL1A 4Z1DA 4UR7A 4H3DA 4UCGA 3G1VA 4UFMA 3LXAA 4FX8A 3UZ5A 3SJ3A 2YW4A 1W31A 2X1SA 3BLEA 1VHNA 1EPXA 1DQWA 3IIPA 1W3NA 1W5NA 1YTEA 3DFOA 5K7JA 2B7QA 3M7WA 2QCMA 3T7VA 3IGXA 1KLZA 1V7YA 3IIZA 1SW3A 2B4GA 2ZA3A 3SGUA 5EMUA 4U4MA 3TNOA 1W37A 4LVDA 2B7PA 3LGEA 3F03K 2R14A 1OABA 3S1WA 2C19A 3M16A 3E49A 1TPUA 4N4PA 2Y7GA 3MHFA 1TPB1 3TJXA 1IGSA 3QSTA 4AWTA 1QOPA 1I2PA 4HSNA 3MMTA 3LCIA 3W85A 4DPPA 1SR9A 4JGDA 4RZ6A 5G2IA 3OVPA 5C54A 3BW3A 4KKXA 4Z1AA 3C6CA 1FWSA 5FI8A 4AHPA 4UTJA 4HNNA 1GYLA 3O6YX 3WJSA 2QCEA 3I68A 1GWJA 1L6WA 2Y7DA 4H6KA 1XFBA 3QEZA 4NNBA 3HG4A 3NA8A 1YDVA 1LRQA 1O95A 4DO4A 4O4WA 4O57A 4OT7A 2BLEA 3IIOA 3PAJA 3RU6A 4AAJA 2NV2A 5I3FA 4ONVA 5H91A 3E96A 2YZRA 4BF9A 4E2DA 3FOKA 3NDOA 1TTJA 1WYIA 1JRCA 3P7YA 2YFNA 3NR0A 1GJPA 5DCEA 3LXBA 3M1ZA 4RK8A 3I7RA 1L2UA 3QPZA 2W6RA 4N6EA 4NJIA 3S5NA 1FCBA 1TJRA 3S42A 4UTWC 2H90A 3P81A 1SPQA 1AL8A 1LLZA 4YCOA 1Z44A 2Z1BA 1LLWA 3EKLA 3EWYA 4IPJA 3R12A 3O8AA 2CZDA 2GPTA 1W0MA 4O11A 4JN6A 3V1PA 5H2ZA 4Z08A 2NUWA 5LGXA 1X7FA 4CCDA 3GB6A 1PE1A 2V5LA 4UMCA 5EYWA 2R8WA 3MYPA 5HMSA 1A5AA 5AHEA 3FJ6A 3L2IA 4AHOA 4LNYA 5C5YA 3P8JA 3AO0A 4GUJA 5TBOA 1P4CA 4NX0A 5EA9A 4A22A 4R33A 5U7SA 3NQEA 2VFGA 5AN7A 3G1HA 3P67A 3PSVA 2ZA2A 5EBUA 3SSJA 4EWND 4XZ9A 1R30A 2NX3A 2V2HA 3NPVA 1H1YA 1F05A 1H5YA 3U8GA 3GLCA 1F76A 1VYSX 4MFDA 1SO3A 1XC4A 5CZSA 3DGRA 1ZENA 2WSQA 2E1DA 1VRDA 4O50A 3ZFHA 3GAYA 4N9CA 2QCDA 3SY5A 2BXVA 3QC3A 1TQJA 5HQEA 3FA5A 1F73A 3EX4A 1P1XA 1O5KA 3CWNA 1VC4A 3LHYA 3UYCA 3OBKA 4MY1A 4WY0B 2OZ0A 5D02A 2FB3A 2E6YA 1K02A 4N6FA 1LTDA 1QDSA 4M6QA 3P80A 3O07A 4ML9A 2EAWA 2QEZA 1W3TA 1JCJA 1KM6A 3MI2A 3HPZA 4W9TA 1D9EA 1OG0A 5G4WA 3RMJA 2V30A 1TV5A 4Z1BA 3G1AA 3PS7A 2V5BA 1MO0A 2NWSA 2ZZ3A 5HWJA 3F4NA 2CLLA 3O06A 3W84A 5CSRA 2WSYA 2A7RA 1A5CA 1TPEA 2OCZA 3OA3A 3LLDA 3BVJA 2Y70A 1CX9A 4IMFA 2WV8A 3LRKA 5F2GA 1SO5A 1UCWA 1T96A 3QJAA 2AGKA 4LUJA 3TQ0A 4NU7A 5D2YA 5IM51 3IGSA 4I7WA 4TMBA 4NNAA 5AHMA 4ZQRA 3PY2A 5EY5A 2PURA 3KRSA 3EWBX 3W1TA 4ADUA 1ZFJA 1OFRA 4LS0A 4FIRA 3CU2A 4N9DA 3W7QA 5KINA 4AVFA 1X6UA 1NAL1 1TTQA 1SZFA 5L9FA 4WY0F 4NJJA 1D3HA 3LCFA 3RFAA 3FJLA 2YW3A 1LZOA 3MUXA 3W1UA 2LLEA 4YWIA 1K7XA 3FYPA 1TYGA 4BK9A 4YMZA 1FUYA 4I7VA 3QH2A 3NM3A 3TK7A 3B4UA 1J4EA 3G1XA 5CPOA 1KFEA 2A6LA 1KFLA 2GJNA 2C14A 3NL3A 3EX2A 4DO5A 4ORIA 3CB8A 1R46A 2QAFA 4ORMA 2FFCA 4LRSA 3TA6A 3DAQA 3SGZA 3NQMA 4QQ3A 1ZAIA 1SU5A 4BI5A 1R2RA 1RVGA 4HSOA 1OFBA 3N3MA 4M6VA 1FDYA 3V75A 1TQXA 1JULA 1MEIA 1KV5A 3QM3A 1VYPX 2WJZA 3UY7A 2CZ5A 2OT0A 1AW5A 1G4TA 3PULA 1JRBA 4JX6A 4R7JA 1XBZA 2WO5A 3P8IA 3IV3A 1MSSA 1TRIA 3LCHA 1FWNA 4ZQMA 2A21A 2QF7A 1TREA 2CLMA 1B4EA 3FYOA 2GVGA 2RDUA 2YCEA 4JIPA 3VKJA 4JICA 4J9JA 5EPDA 5KZMA 2J27A 2G95A 1CI1A 1RQHA 3O16A 5DBTA 1XKYA 4JXCA 3DFNA 5I3GA 2HSAA 4KWVA 5BOOA 3QW4B 1HTIA 1GPWA 1KFCA 3I65A 3HG5A 1VJIA 5FF4A 3DFPA 1RD5A 1RQEA 3VE7A 2A7NA 3W72A 4HPXA 1OF8A 2G96A 5AHNA 4AH7A 3GVGA 4JTGA 3DKJA 4ALDA 4BI7A 3Q2DA 1B3OA 3LCLA 1G69A 3W7GA 1UBSA 2XN0A 5K3VA 2CLOA 3S1UA 1WX0A 3O63A 1FXPA 3M47A 3TXZA 4FNRA 2FJKA 4MVAA 3G1DA 5D04C 4QSHA 5FEWA 3E0IA 1N8FA 2DJXA 2AAMA 4HT3A 4WD0A 3NQVA 1OFOA 2Y7FA 4R34A 1AG1O 4LS1A 2OX1A 3IIVA 5ABTA 3O1NA 1F7BA 1WXJA 5DXYA 1X1ZA 3RLVA 1TMHA 1XI3A 3MP4A 4NXKA 2FPYA 1OFAA 5F2MA 1PVNA 2P0OA 1AW2A 5HUOA 1C29A 3LHZA 2ZRXA 4GJ1A 1KFBA 3M44A 2WOQA 4N4QA 3BGGA 4UFJA 1R47A 3HG3A 4E38A 4GUHA 5D33A 3SI9A 1B57A 5KMYA 5I3IA 2QCHA 1H51A 1F6PA 2QJIA 4FXRA 5EKYA 2PRLA 1ME7A 2HMCA 3KAOA 1OX4B 4P2VA 5AHLA 1K8ZA 3O6DA 4JTLA 2V82A 2ZZ5A 5IBXC 1BWLA 3F4WA 2YGYA 1EIXA 4BWLC 3TFCA 3P62A 2E5CA 4IXXA 3W2KA 3OIXA 3EXSA 3LRMA 3TXVA 2VFHA 1TIMA 1UUMA 4O16A 1SO6A 4DELA 1H1ZA 4X9SA 3B05A 2FLIA 1A53A 4EF9A 4BI6A 3BLIA 2QCDB 1KV8A 4GFSA 1ZAHA 4N02A 3HO8A 2NXIA 5C2XA 3H53A 3MHGA 4X22A 3L65A 3DH7A 3PG8A 3EB2A 4FIQA 5LNVA 3NVTA 1LBMA 2H8XA 5LKYA 3MW7A 4UC5A 2X1TA 1GZGA 3N2MA 1RQBA 5AC8A 2DP3A 1FBAA 4QAIA 4PC8A 5FESA 5BMWA 5A5WA 3EX1A 2V9DA 1Q6LA 3T44A 1TJPA 2E6AA 1W3IA 4WY0A 3DXIA 3O15A 5C6MA 1FX6A 3W1LA 1PHQA 5LNSA 1GYNA 2ABBA 2NX1A 3W1NA 4GNJA 1Q6QA 1ML1A 2CZFA 5CZ0A 5LHFA 1I2NA 3Q58A 1IIGA 4JY8A 2G5WA 1EB3A 3TX9A 3NPXA 4JY9A 3U2OA 5AYXA 1JCLA 3HJZA 4QJ1A 1MEHA 1GVFA 3M41A 4AHQA 3PBYA 4E0CA 2VELA 4UMAA 6ALDA 4GRSA 2FB2A 4XUGA 3NAVA 4MY9A 2GUUA 1ALDA 4L4LA 4PODA 1EWEA 4X2RA 4UR8A 3W22A 2WNNA 4DPQA 4H4IA 3VI2A 1RV8A 3HGJA 5G1YA 4DBEA 4Y9AA 3ABOA 4O15A 4K7VA 4EOUA 4JYEA 1OX5A 1I45A 2YYUA 3W7NA 4WOZA 3RNDA 3MHUA 2C0AA 2ZQ0A 4GUIA 3R5EA 4RCXA 3LERA 1VS1A 3GDLA 3MI3A 3UY8A 4UTTC 3W7OA 3KVMA 1DJQA 4OE7A 3W23A 2ABAA 2CLKA 2P10A 2J9XA 2BSLA 4HPJA 5A8GA 3UPWA 2QUVA 3CQ0A 5K4ZA 3W1RA 3TW6A 3M5VA 1LBFA 2TSYA 3MBDA 2A6NA 1FDZA 1G7VA 5G4EA 1QFEA 3BG3A 1XBYA 3O6CA 2P1FA 3TQKA 5HULA 1W56A 4JIQA 2D73A 2JBMA 3P61A 3I6RA 4K7YA 2NUYA 3NQ6A 5TIMA 2JK2A 2QDGA 4DF2A 1XBVA 1IXNA 4IJBA 3TFXA 4WJEA 3EXTA 3NEVA 3I7QA 4FO4A 3NQAA 3IEBA 4AWSA 2WNZA 4MYXA 3BW4A 4I9AA 3N14A 2NXHA 4GWEA 4MOZA 2E6FA 1J5TA 3CIXA 1P0KA 1XUUA 4HIBA 2JKEA 1PHWA 1SW7A 3S6DA 1S3HA 1N7KA 2CZEA 3BLFA 3GZ3A 1J2WA 1QPRA 1DORA 1RZMA 2C1HA 1JUBA 1Q6OA 1W5PA 2Y7EA 4HN4A 2B7OA 4IMEA 4Q4KA 4K8HA 3WJXA 4DXVA 5E93A 2J24A 2ZRUA 3IRDA 1H7PA 3W86A 5U4NA 3RK8A 4CNNA 4JD4A 3BARA 4PEKA 1T0OA 5HWMA 3W1AA 2A5HA 5BRBA 4ZQPA 1YXCA 3G1FA 1I8JA 1ZAJA 4IMCA 4IWWA 3CC1A 4A29A 3OVRA 5LZLA 4Q32A 3A9IA 3UNDA 4O14A 3WK0A 2C3ZA 3WFAA 3LBMA 3G8EA 3GX9A 1M7PA 5G2HA 1QNVA 3DI0A 5AHIA 2B0MA 3NZ1A 1NSJA 3SR7A 4JNMA 1AK5A 1F2JA 4FNTA 1SFJA 3NM1A 1GG0A 3W1XA 5HNRA 2QDHA 3Q94A 2BTMA 2GQ8A 3P5ZA 4LVAA 3NPUA 1LROA 1W54A 1GG1A 3B04A 2QR6A 3WK1A 2QJGA 3LXCA 3C3NA 1NFBA 3VNDA 1OX4A 1H60A 3UD6A 1LOSA 1NVMA 4LUIA 4S2CA 1GOXA 1MEWA 5C55A 3W75A 1Q45A 4XBKA 3FKKA 2H6RA 4N9BA 1NF0A 3L5MA 1SUXA 1QO2A 4NNCA 5AYZA 3PC0A 5KZEA 1G6CA 4M19A 5K2ZA 3UPBA 2GOUA 2J9YA 3KHJA 3W3OA 5EL1A 3GDTA 1I2QA 5FF3A 4IUOA 2DZSA 3NL5A 5T26A 2E6DA 2Z6IA 5DN1A 5F2IA 1LCOA 3LRLA 3SECA 3QZEA 4O1AA 4HKPA 3JS3A 5HINA 3W2JA 4ZL1A 1VLIA 1JQVA 4RZ4A 4HNVA 3CHVA 1MZHA 3IVTA 2A1YA 1W5MA 4BR1A 2X30A 1C9DA 1DVJA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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