2C15A

5-(4-carboxy-2-oxo-butoxy)-4-oxo-pentanoic acid acid bound to porphobilinogen synthase from pseudomonas aeruginosa
Total Genus 125
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
125
sequence length
333
structure length
332
Chain Sequence
FTPANRAYPYTRLRRNRRDDFSRRLVRENVLTVDDLILPVFVLDGVNQRESIPSMPGVERLSIDQLLIEAEEWVALGIPALALFPVTPVEKKSLDAAEAYNPEGIAQRATRALRERFPELGIITDVALDPFTTHGQDGILDDDGYVLNDVSIDVLVRQALSHAEAGAQVVAPSDMMDGRIGAIREALESAGHTNVRVMAYSAKYASAYYGPFRDAVGSASNLGKGNKATYQMDPANSDEALHEVAADLAEGADMVMVPGMPYLDIVRRVKDEFRAPTFVYQVSGEYAMHMGAIQNGWLAESVILESLTAFKRAGADGILTYFAKQAAEQLRR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Lyase
source organism Pseudomonas aeruginosa
publication title Probing the Active Site of Pseudomonas Aeruginosa Porphobilinogen Synthase Using Newly Developed Inhibitors.
pubmed doi rcsb
molecule keywords DELTA-AMINOLEVULINIC ACID DEHYDRATASE
total genus 125
structure length 332
sequence length 333
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.2.1.24: Porphobilinogen synthase.
pdb deposition date 2005-09-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00490 ALAD Delta-aminolevulinic acid dehydratase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 2c15A00
1EB3A 3G1SA 1H7XA 4K7YA 1OFRA 3I7RA 3EXRA 5D05A 1F2JA 2VC6A 5AHMA 1WA3A 4BI6A 1SFJA 3YPIA 2H6RA 5DCDA 3C0JA 2UV8G 4IMCA 1N55A 3TE9A 1SR9A 3W76A 1TPWA 1TTIA 3E9AA 5LHFA 1JUBA 4RZ6A 1EX5A 2VKZG 3KAOA 4RJEA 4LS0A 1OX6A 1W8SA 1Z48A 4FNTA 1H51A 4Y96A 5F1VA 5C6MA 2YCEA 3NEVA 1CX9A 2HS6A 4LV4A 1TPC1 4M7SA 4FO4A 4D2JA 1WBHA 1JCLA 4FX6M 3O06A 3W2JA 5K9DA 4MVAA 4JTSA 3B4UA 1ALDA 1O4UA 3KVJA 4TIMA 4Z1BA 3LHYA 1OX5A 4CQ9A 3NOEA 3LHVA 1H7NA 3KOFA 4UC5A 4WY0B 1F74A 1B57A 4NT0A 4DPPA 4E2BA 1G4TA 1GYLA 4DQWA 1F6PA 1LLZA 1PE1A 3FJ6A 4TMBA 3W1AA 2ZRZA 1WQ5A 1EP1A 3FEMA 3NQVA 4LVAA 1BTMA 1T8XA 1RR2A 4MJZA 4EOUA 3JS3A 1SO5A 3SY5A 2QCGA 3UXAA 5LKYA 3TDFA 2B7OA 3RFAA 4AWTA 3UNDA 3N14A 4UNKA 4K38A 3R8RA 4AAJA 4P61A 3W23A 1WBJA 5K9CA 4O12A 4AHOA 4JX6A 2Y89A 3WJXA 1I2NA 5I3KA 1WXJA 1GVOA 2ZRVA 1C8VA 3OEXA 3NQ7A 4UTLA 4LRSA 1RQEA 3NQ2A 3W7EA 3MI3A 4WXYA 1KFJA 3M5ZA 5A5WA 2VFFA 4LU0A 4MZYA 5U7SA 2JGQA 4O19A 5FF4A 4QISA 1KV5A 4NNCA 5D04C 3LTSA 1OG0A 1SW3A 2QCNA 2EGZA 3C2VA 2X2GA 2X1UA 4MYXA 1OK6A 3THAA 4UFMA 4IJBA 4UTWA 4RXGA 3W3OA 1NFBA 1JRCA 3GKAA 3G3MA 4O15A 1YYAA 1RQHA 2H3DA 3OG3A 2QAPA 5AYYA 3BLFA 4QNEA 3DFSA 3TSBA 4LUJA 1VCFA 2ZYFA 3V75A 2EAWA 1TPDA 4UTTC 5HUPA 5E93A 3S1WA 5H91A 2R14A 5HWNA 2H90A 2VEKA 2OX1A 3IGXA 5I3HA 1JUKA 2CWNA 3LX9A 4A2SA 5LHEA 1SU5A 3UY8A 4UXDA 6TIMA 3W72A 2F7FA 1TJRA 1IXNA 2NV2A 1YXYA 4TMCA 4X2RA 4N6FA 3NQDA 1OFAA 1OYAA 5BRBA 3CIXA 1FDZA 3T7VA 1E51A 3CB8A 3LCGA 3A5FA 2PE4A 3LBMA 4GJ1A 1GVSA 2WNNA 4L4LA 2ATMA 3EX4A 2Z6JA 3C6CA 2C16A 2VEPA 4Y6GA 3T44A 4DF0A 2C1HA 4RLIA 3O07A 3SECA 4PTNA 3W22A 1LDCA 3IVSA 4FNQA 3IIXA 4LY8A 1I8JA 4N4QA 3W2NA 2PCQA 3CIWA 3SGZA 1XM3A 3G1HA 4OWGA 4UR7A 4GUGA 4Z1AA 1O94A 4NZFA 1KM4A 4ZQOA 1Z42A 4N9BA 1LORA 4M6PA 3EX6A 5I3JA 2JK2A 5LNSA 4IOTA 2ISVA 4JTHA 2ZRUA 1LZOA 5K2ZA 1OF8A 3SGUA 1ZAIA 4MY8A 2BXVA 2ZZ2A 1PCWA 2CLHA 1TIMA 3O1NA 4AWSA 4MKNA 4XKYB 1TJPA 4ZQRA 1AW5A 4GUFA 4CCDA 2GVJA 1I2RA 3DFNA 4LVDA 1RZMA 3G0UA 3R2GA 1VRDA 3W7OA 3PY2A 3MJYA 3GXPA 2KZHA 4ICNA 4JN6A 3PS7A 4A29A 3VCRA 1VCVA 2RKXA 3N73A 1WV2A 3W87A 1AMKA 1NSJA 1P0KA 1FX6A 2DJXA 3NZRA 1LOLA 3P82A 3LERA 2J9YA 2JKPA 2CLMA 4K36A 3GR8A 2VFIA 2YGYA 1SUXA 3I7SA 3W1TA 2NUXA 3OHIA 1KA9F 2I1OA 3W7JA 4DXVA 2C19A 3HGSA 4I7UA 3CT7A 4NVTA 5DY2A 4U4MA 3TA6A 4A22A 2FTPA 4JXCA 1OYBA 3PBUA 4WY0F 5KMYA 2CZEA 4CQ8A 3PB0A 1W3TA 1O5XA 4AWUA 5LNUA 4AF0B 2Y88A 3H54A 3HGJA 4KFOA 4GWEA 4NJKA 3G8RA 2E6FA 4J9JA 4RV8A 3W07A 2JBMA 1WOBA 3UWQA 2FB3A 1JQXA 4FIRA 3OVRA 4R53A 4RZ4A 1FDYA 1GPWA 2XN2A 3W1LA 1EUNA 1FWSA 3LCLA 3NYZA 3SFKA 1KM3A 4LOCA 4UFHA 1GJPA 3NQAA 1PIIA 3HGRA 3PG9A 4YWIA 1LP6A 3FKKA 2ZCGA 2DJLA 3WK0A 1AK5A 4FXSA 3TK7A 1F76A 1PHWA 1OX4A 3FIGA 1XCFA 3U8GA 3A5VA 4O4VA 3UWUA 5HNRA 2PRMA 5G1YA 1TPB1 3ABRA 3NVTA 4HNTA 3LCIA 3S0CA 3M5XA 1AW1A 3N34A 3P7YA 3VKJA 4LTSA 1OFPA 1J4EA 5G1TA 1XI3A 3W7PA 2X1SA 2GJNA 4YLWA 4M19A 1W0MA 3DGRA 1K8XA 1MSSA 4DELA 3C56A 3SW6A 1IF2A 3CWOX 4PC8A 1LM1A 4PL1A 4YMZA 3M5YA 3QSRA 3GX9A 2BSLA 3D0CA 4A2RA 3R5EA 3MHGA 2QCDA 4X22A 1SO4A 1TYGA 1C29A 2ZRXA 3I6RA 3KVKA 1KTNA 3FYPA 3CHVA 1IXQA 4JTJA 5D2WA 4ADUA 5HR6A 1SZFA 2YYUA 2QJHA 3BW4A 2H8ZA 2XN1A 3CPRA 2QCEA 5AYZA 2WOQA 3IIOA 1GVQA 3QQ1A 4JTLA 5AC7A 3HG3A 1W5MA 1GT8A 4YL2A 4ORIA 1H1ZA 3C3NA 1I2PA 2ZFAA 3W86A 2CW6A 4HN4A 1YLVA 4MY1A 1XDLA 5BMWA 2NXGA 4YXGA 3L0NA 3N3MA 5E0KA 2B4GA 4HSNA 3R12A 3Q37A 4AH7A 4UIOA 4UTJA 4AVFA 2CLEA 3IVTA 4JIQA 1LBFA 4IUOA 4O10A 3NPVA 5K4ZA 4UMBA 4R34A 5G4WA 4OBTA 3LHWA 4PCFA 4UTHA 1T96A 4ZMGA 1B4EA 3CEUA 5AYXA 3LRMA 4S2BA 2Y6ZA 1TTPA 2NLIA 3EXSA 3S9YA 3RLUA 3UZJA 3S6DA 2ZQ0A 1A5BA 2EKCA 2ZZ3A 3UWZA 4DO4A 1BWLA 3TCEA 5DLCA 1RVGA 5K7JA 4Z1DA 4NXKA 1KM6A 2G5WA 2V82A 1O60A 1Q6OA 3GNNA 1A5CA 3O63A 3LXBA 1HO4A 3GVGA 2I14A 4DO6A 2Z2UA 2YXGA 5D2VA 5D32A 1HTIA 1TO3A 2RDUA 5C54A 1DVJA 4JTIA 3U6WA 3W7LA 2A21A 3CQ0A 1SO6A 1Q6LA 4MJMA 1I45A 5CZJA 4LS2A 3P8JA 1R46A 4TU1A 2E6AA 1PVNA 4OV9A 5AC8A 5EYWA 5EBUA 1H7RA 3EXTA 1GOXA 4M5PA 2J27A 4UTWC 4N9DA 2YSWA 3RNDA 4RX0A 3DXIA 2Z0IA 4NX5A 4WJEA 3TNOA 3F1QA 2GQ8A 5C2XA 3LOTA 3P74A 3NZ1A 3BW3A 4O50A 3S5NA 1W3NA 4WY0A 2CLIA 1GZGA 1H50A 4I9AA 1K7EA 5TBOA 1OYCA 4QQ3A 5DBUA 3B0UX 1T0OA 5G4EA 5HWJA 1WX0A 1TRIA 1MEIA 1V5XA 3L67A 3M9YA 5L6UA 3MWAA 1KM2A 3VE9A 1QWGA 3KX6A 1KBIA 4UTKA 2FLIA 5FF2A 3V1PA 2VELA 3IIZA 3EWWA 4O1CA 2DZTA 3BW2A 4FHAA 3N2XA 3TH6A 1NVMA 3DFPA 3EWUA 1GG1A 3B04A 1SZNA 3BGGA 4G1KA 3T78A 1ZALA 2A2IA 3G3DA 1ML1A 3CLMA 2QUUA 4Z0JA 3A24A 3FJLA 2A7PA 3EEGA 3GR7A 2DP3A 1TPEA 5CG7A 5LNVA 3K30A 3O05A 3ZR4A 2CZFA 4UFKA 1K7FA 3B05A 4JTEA 5FF0A 3NM1A 3UWVA 1O95A 1NF7A 4IQLA 3TFCA 2TRSA 4NQ1A 5CPOA 1LCOA 4K7VA 4BI7A 1WOAA 1VZWA 3NG3A 4LV9A 4LS1A 1KTBA 3BG5A 4LNYA 5AHLA 1QPOA 4CNPA 1AG1O 1QPQA 3R89A 2A5HA 4JS3A 2AQWA 1I2QA 2AGKA 3P81A 3EKZA 3DFQA 1T99A 1XKYA 5F4SA 4TX9A 4EVZA 2NXHA 5I3IA 3BGJA 4FEZA 1RV8A 2X1TA 4BFAA 4Z08A 1DL3A 3MP3A 3HPZA 2E1DA 2DZPA 3EX1A 1OFDA 4EIVA 3N9SA 2DZVA 2O7SA 1Q6QA 2W79A 3PBVA 2PURA 4RXFA 3STCA 3UQNA 1TREA 1TSIA 3G18A 4JTUA 5KTLA 2V2HA 1GQNA 3TC7A 3L68A 4A3UA 4JEQA 3GYEA 3C4UA 3W7MA 4JDBA 1SFLA 1KV8A 3WK3A 1JRBA 5C55A 1VCGA 4DF1A 2CLFA 4JDYA 1DKWA 3DI1A 1SSGA 1LRQA 4M6QA 3CWNA 3U2OA 4JNMA 4R33A 3NA8A 5BNKA 3NAVA 3ABOA 3PUDA 4FNPA 2Y7FA 3C2OA 2E5BA 3S5ZA 4UFLA 3LV5A 2J6XA 1MEWA 3FOKA 3WFAA 1EP2A 5D33A 3O15A 4FNUA 3E02A 1TMHA 4O4WA 3BK0A 5HWMA 3PB2A 4KFNA 1G4SA 4X3ZA 1LROA 1IGSA 1TV8A 2OZ0A 3GDTA 2Y63A 4JYFA 1EWDA 1QDSA 2G97A 3USBA 5HUOA 3IGUA 3M16A 1J2WA 4E2DA 2TYSA 3W1MA 2BTMA 4K37A 3KRUA 3EX3A 1ME9A 5IBXA 3G1VA 3MI6A 5I3FA 2VFEA 5EL1A 1NEYA 1FWNA 5CPLA 3PVFA 3TJLA 2G96A 2ZDRA 1TV5A 1UJPA 1WYIA 3W1NA 5DXXA 1HO1A 5CZSA 3W84A 1RQBA 3KFTA 5F2MA 3MMTA 2YFNA 1PHQA 4X9SA 5J5RA 3TAKA 3DKJA 4WOQA 3W9ZA 4UTMA 5HULA 3JR2A 3I68A 2E5DA 4CCEA 4M6VA 3W7CA 4NJJA 3W6YA 1W1ZA 3GKFA 3OVPA 1Q45A 3LLFA 4A21A 2NUWA 4LVFA 3A23A 1VR6A 1H1YA 4IMGA 3LGEA 1VQTA 1YPIA 3FFSA 1NAL1 4RKAA 4JY8A 5HJLA 1W54A 2LLEA 3W2MA 3NQ6A 2GPTA 1L6YA 1FBAA 3GIYA 5FF3A 3L5LA 3QMSA 4JTGA 3RLVA 3M43A 1Y0EA 1FCBA 4AF0A 1LBMA 4H3DA 4WXZA 3NQGA 5TQLA 4DBEA 2EPHA 2DZUA 3QSTA 3NM3A 4ZQMA 5G5IA 3W7HA 3SI9A 3PSWA 3STFA 4XTDA 2X30A 3UYCA 4XZ9A 3MP4A 4MZ8A 3PULA 1GTEA 4L4MA 2V8ZA 2RHGA 2GVGA 3S1UA 5FEXA 2HMCA 3S1XA 3MP5A 1GTHA 1KFBA 2YPIA 1TTQA 2VFHA 2YX0A 4ML9A 2GQ9A 3E49A 4O17A 5SWUA 4LW7A 1YDVA 3IIVA 3W7QA 2JKAA 3HG5A 2TSYA 2YW4A 3L5AA 1ZCOA 2YW3A 5DBTA 4NJIA 1R2SA 1JCNA 1TTJA 1QR7A 3HF3A 4AB4A 4N02A 3P5ZA 2QDGA 4ZQPA 3FLUA 3TSMA 1SW0A 3IEBA 3W7GA 4QIUA 4R7JA 3C61A 2CZDA 3NQFA 1W37A 5K3VA 4UFJA 4O0ZA 2A6LA 4XWUA 2NZLA 2Q3OA 1YPFA 1MXSA 2CFFA 4GC4A 2A7NA 3TW6A 3TXZA 2V5LA 3PG8A 2V2DA 4TO8A 2ZZ1A 4PODA 1UASA 3QMTA 4NZJA 1BWKA 1Z41A 3L2IA 3NL3A 1BKSA 3IIPA 1ZNNA 4UMCA 2Q8LA 1XBZA 3EB2A 3DHDA 1GVFA 4IWWA 1VJIA 3C52A 3G1AA 2FB2A 4DO5A 1JCMP 4XQ6A 1U5JA 3B06A 3A22A 3GDLA 1DBTA 4FX7A 3B0VC 4IMFA 3UWWA 3I7QA 3GK0A 1P0NA 4NUWA 1VYRA 3NQMA 3UY7A 1L9WA 5DN1A 1L6SA 4UTIA 4EF8A 1FQ0A 5AHNA 3W1PA 2XN0A 3MW7A 3O6DA 2ZA2A 4RCXA 3TX9A 3UXDA 2C18A 3VNDA 3E96A 2ISWA 6ALDA 1TQJA 5DCEA 4O1DA 5HINA 3O16A 1A53A 3HQ1A 5G2IA 2NUYA 3W7NA 3B0PA 4PFMA 5AHFA 4EWND 2Y7DA 4O14A 4ZVJA 3WK2A 1DQWA 3W73A 3CU2A 3CC1A 1QOPA 2RFGA 3TW7A 1TQXA 1F7BA 3LM7A 3LLDA 2ZA1A 4ADTA 1YXCA 1YDNA 1TPVA 3TUUA 3W1QA 3TMQA 3NQ8A 5D2TA 3S42A 1OFQA 3QC3A 3NXFA 2J88A 1CI1A 4POCA 3GZ3A 4WUIA 1UUOA 4Y90A 1GWJA 3G24A 3QJAA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1H7X A;  3ITL A;  4K7Y A;  3UPM A;  4RE0 A;  1OFR A;  3I7R A;  1W91 A;  1WA3 A;  1AD1 A;  2H6R A;  3H2F A;  3MJM A;  1IR1 A;  1P43 A;  4KWS A;  1O5Q A;  3WLM A;  1SR9 A;  2ZXQ A;  1TPW A;  1V4Y A;  2YKK A;  3RX4 A;  2Y8V A;  2W62 A;  3VNY A;  4U5K A;  1EX5 A;  2VKZ G;  2QDD A;  4E4F A;  3VC5 A;  1OX6 A;  3CZL A;  4EXA A;  5CQ1 A;  1Z48 A;  3BZG A;  4XAG A;  5DRI A;  4F0M A;  2IS7 A;  4IID A;  3BOL A;  1XD1 A;  3W2J A;  3C86 A;  1ALD A;  3LHY A;  1OX5 A;  2OO0 A;  3B8U A;  4UC5 A;  1B57 A;  2GK1 B;  1OIN A;  2INZ A;  1Y8B A;  1F6P A;  1LLZ A;  4K2S A;  3RN6 A;  1OCJ A;  4HZ6 A;  1UKP A;  3KHD A;  4ILS A;  4LVA A;  1T8X A;  1RR2 A;  4FAM A;  2QCG A;  3UXA A;  4AWT A;  3ARV A;  3N14 A;  2ZUS A;  4QDP A;  3GHS A;  4DM1 A;  3PZV A;  4AHO A;  3M64 A;  4JX6 A;  2Y89 A;  3WUE A;  2OQH A;  5AYB A;  5T8G A;  4KES A;  1C8V A;  1IEI A;  3NQ7 A;  5B7Z A;  3CV2 A;  3EOS A;  1A5M C;  3TWA A;  4LRS A;  5JH2 A;  4GCX A;  3MI3 A;  2DSU A;  1RXO B;  3U5U A;  5C2C A;  3GSM A;  3WF1 A;  4AST A;  3MKC A;  1MNZ A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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