2GDUA

E232q mutant of sucrose phosphorylase from bifidobacterium adolescentis in complex with sucrose
Total Genus 180
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
180
sequence length
504
structure length
503
Chain Sequence
MKNKVQLITYADRLGDGTIKSMTDILRTRFDGVYDGVHILPFFTPFDGADAGFDPIDHTKVDERLGSWDDVAELSKTHNIMVDAIVNHMSWESKQFQDVLAKGEESEYYPMFLTMSSVFPNGATEEDLAGIYRPRPGLPFTHYKFAGKTRLVWVSFTPQQVDIDTDSDKGWEYLMSIFDQMAASHVSYIRLDAVGYGAKEAGTSCFMTPKTFKLISRLREEGVKRGLEILIQVHSYYKKQVEIASKVDRVYDFALPPLLLHALSTGHVEPVAHWTDIRPNNAVTVLDTHDGIGVIDIGSDQLDRSLKGLVPDEDVDNLVNTIHANTHGESQAATGAAASNLDLYQVNSTYYSALGNDQHYIAARAVQFFLPGVPQVYYVGALAGKNDMELLRKTNNGRDINRHYYSTAEIDENLKRPVVKALNALAKFRNELDAFDGTFSYTTDDDTSISFTWRGETSQATLTFEPKRGLGVDNTTPVAMLEWEDSAGDHRSDDLIANPPVVA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Structural Rearrangements of Sucrose Phosphorylase from Bifidobacterium adolescentis during Sucrose Conversion
pubmed doi rcsb
molecule keywords sucrose phosphorylase
molecule tags Transferase
source organism Bifidobacterium adolescentis
total genus 180
structure length 503
sequence length 504
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.4.1.7: Sucrose phosphorylase.
pdb deposition date 2006-03-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00128 Alpha-amylase Alpha amylase, catalytic domain
A PF09244 DUF1964 Domain of unknown function (DUF1964)
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.20.220.10 Mainly Beta Single Sheet Glycosyl hydrolase fold alpha-Amylases 2gduA03
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 2gduA01
3.90.400.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Oligo-1,6-glucosidase; domain 2 Oligo-1,6-glucosidase; Domain 2 2gduA02
2YA2A 3SCPA 3CZKA 1BYDA 3VD7A 2YL9A 5A3HA 4PMQA 3APGA 1VENA 3CZEA 1E55A 4BA0A 2JF6A 3WNOA 2V3EA 1DWJM 1XV8A 1C93A 2VCBA 4WKAA 4AW7A 3S6TA 4WJXA 9CGTA 3G6MA 3WKZA 4AYSA 3CIVA 3VVGA 5BXRA 2VVNA 3OZPA 1B30A 3J7HA 3CMGA 1Q6DA 2F2HA 2CKRA 4ZFMA 2ZOXA 3ZT5A 1MQRA 3WNPA 3CHDA 4Z2HA 1WPCA 4PMOA 5CSUA 7CGTA 2E40A 4LYRA 3UR8A 1H1NA 3FXYA 2CBUA 1UWIA 1WNOA 3FAXA 2CBVA 3IANA 3OLGA 1JDAA 1UKSA 1W2VA 4ATDA 4AIOA 1CXKA 3CHFA 1MYRA 3A4AA 4AISA 2QPSA 4FLOA 1WZMA 3NSMA 4MDPA 1E4LA 2QV4A 5FIPA 4PUDA 1CEOA 3KWXA 1KGXA 1QW9A 4OBRA 2OYMA 3B9DA 4CU6A 1W9VA 3AQUA 4Y7EA 1EO5A 1XSJA 3VUPA 3N12A 2FGLA 2VR4A 2E3ZA 4L4PA 5EMYA 2PC8A 5LA1A 1CGTA 4MB3A 3L4WA 1B31A 4P7LA 5A69A 3WY4A 5D8WA 2BNJA 4CD7A 1VJSA 2XVGA 2AOSA 1W91A 2NW0A 1J18A 1GJWA 5C71A 5CPQA 6A3HA 4WLCA 5HPOA 1JZ3A 1JDCA 2WHKA 2D2OA 1XC6A 3GM8A 4GKLA 3AZRA 3AIUA 3AFBA 1EGZA 2WMFA 2VMFA 3W24A 2GK1A 2WVTA 3WDPP 4P8WA 1HKMA 1KQZA 2XPKA 3CUIA 3VX0A 1E0VA 4MNLA 3AHTA 3MSDA 4H2CA 4HOWA 3WNKA 3VIOA 1KCLA 1KXTA 1E71M 1FHDA 1BGGA 1HP4A 4Z2GA 3WN6A 2D22A 3AYRA 1VFFA 1E6QM 3FHAA 4GZJA 3A4WA 2XTKA 2WSPA 1VFUA 3CZLA 3WUFA 2XVNA 1CXFA 1UD4A 4PMZA 3VDHA 2WSKA 3ZIZA 5JUVA 4V28A 3VIGA 3WL1A 3VD5A 3BAJA 4AZ6A 2VCAA 1W1YA 2V5CA 1BFNA 3L2MA 3W6MA 4MAZA 2QMJA 1TMQA 4OIFA 4D1IA 2PWDA 3EMZA 1VEMA 1E5JA 3T2QA 2WWDA 1V6WA 1Q4NX 3PTKA 1NWUA 4JCMA 1LL4A 4XZBA 1BYCA 5BXSA 4UQCA 2OYLA 6TAAA 4UFMA 2BHZA 3CH9A 1RD6A 2DSVA 3MMUA 4F66A 2NT1A 3CUGA 1E1EA 2WMKA 2G8ZA 3CHEA 3S2CA 4W5UA 3ARXA 4CUCA 4AC1X 3WBEA 2Q8XA 3WY3A 4YHEA 1B3XA 4N0RA 1V3IA 3ARWA 4JFWA 4UFIA 1UOKA 4XZWA 3WNMA 4NF7A 2VR5A 1JD7A 1HVXA 2VTFA 5CJ5A 1JZ8A 1KXVA 2DT3A 3MV11 4FLQA 5AYIA 4CN1A 1JNEA 2DSKA 1TFVA 5AYBA 4HPGA 2W5FA 3AMDA 3AS3A 4B16A 3F5JA 1H41A 2VZTA 3QOKA 1EOKA 1NOFA 1FFQA 1ZJAA 1LL7A 3SCTA 1C8YA 2WZHA 4DM2A 4CU7A 5A8NA 3O6AA 5ABEA 3L4ZA 4W5ZA 2HISA 2WHMA 4PBGA 5D9MA 3BSHA 2WKLA 3BXWA 1PIFA 3SURA 1HP5A 1W1PA 4W86A 3WQ8A 3AISA 1CGXA 3AIQA 4JL1A 2EPKX 3WL0A 1M7XA 1ISXA 2DT0A 1E70M 2PWGA 2VVSA 2J4GA 3POHA 3W37A 4EE9A 1E9LA 1W3KA 3BCDA 2XM2A 1XH0A 3AICA 4LQ1A 1BYAA 1U2YA 2J78A 1FHLA 1KBBA 4NSBA 4DUXA 1UH3A 4YHGA 1GOKA 1Q6EA 1W9XA 4DWSA 5CG0A 3ZQ9A 4CD6A 1TG7A 1LWHA 4MJ4A 4PEEA 1C90A 1P6WA 1W1VA 3VNYA 3F4VA 3MMWA 1KBKA 1GQJA 3CHCA 3RM4A 4P8UA 3VMNA 4NI3A 3GH4A 4TTGA 2W62A 1UH2A 1NWTA 4JL2A 2YLLA 4NRRA 1CDGA 3AROA 2GJPA 2OSYA 2GDVA 1OGSA 1MXGA 3PZTA 2BY1A 2J7CA 1UD6A 3GYCA 2FGZA 3B9EA 5A6MA 4LPCA 2JALA 1QBBA 2UWFA 3CZGA 3T08A 4PTVA 1E3ZA 4B3KA 4QAWA 3W0KA 1JZ6A 4RE2A 5I24A 2Z1KA 4QFUA 4OOUA 4UQDA 1HKKA 5GNZA 1R86A 2X05A 3GNPA 4KRTA 1QHOA 4FLSA 3M7SA 1PX3A 1GCYA 1QHZA 2WBKA 4BQ3A 4J3SA 1JZ2A 3WMBA 3NYDA 3BAKA 1WE5A 1V0MA 1QNSA 3W4RA 4QDMA 4HZ8A 1Q6CA 2G41A 3BLPX 3WD2A 1G9HA 3AXHA 3BLKA 3U7BA 4ATLA 1UD8A 4UFKA 1EIBA 1AQHA 3MS8A 5DF0A 3UETA 3UG5A 3ZSTA 2MANA 1V02E 2DH2A 3M46A 1GVIA 1VEOA 3WH9A 1H2JA 4HMCA 4CCDA 4M24A 2CIPA 3SIMA 3GXFA 4ACZB 4D6GA 4CVWA 3TTYA 5M5DA 2X1IA 1WO2A 3SCUA 1UA3A 3GBDA 1W32A 4KH2A 3SCOA 1MW2A 4AXNA 4JFVA 1H3GA 1YQ2A 1EO7A 1C8QA 5EB8A 1E6NA 2YKKA 4AZCB 4GQQA 2E0PA 2ZXDA 1CXIA 3F5KA 5GNYA 3GH7A 1MWOA 5C70A 1PEZA 4PYSA 1RP8A 1WDPA 1US3A 4P7NA 1UD3A 1H09A 2ZX9A 3HJEA 3ZMRA 1AQMA 4H8HA 4AD2A 1R85A 2DH3A 2B31A 2YBTA 1E6RA 4MAVA 3WF2A 1CGUA 1M53A 4AD0A 2J77A 3I3DA 2FDMA 3WNLA 2EJ1A 3W6LA 3WD1A 3WQ4A 1WB0A 2RGMA 3AIVA 1RP9A 4JHZA 2VZOA 1HL8A 5D9OA 1NM9A 1E15A 5DO8A 1ZJBA 3AMCA 3L4XA 1O6IA 1OIFA 2Y4SA 5D4YA 1DWGM 1OBAA 1WDRA 3LPFA 3WQ5A 4HMDA 2W92A 2G3NA 3FNDA 1HJSA 3VU2A 5FCZA 3K46A 3DECA 2XVPA 1D7FA 3QHMA 2WB5A 4YPJA 1BQCA 3WSUA 4RE4A 5GQBA 1BVNP 3G6LA 4KRUA 3GH5A 1MQPA 4TVDA 2JF7A 2XJ7A 1M01A 2WW5A 2X0YA 3AI0A 3ALGA 2D0GA 2PBOA 1M04A 1GUVA 3QGVA 4UCFA 1UKTA 4M82A 4MB1A 4AEFA 1K9EA 4U2ZA 5JBDA 3ARSA 3WMCA 2V38A 1TA3B 1NOWA 1ESWA 3WDRA 1B3YA 3AIWA 4QCFA 3BAWA 3PZUA 4HOZA 1CBGA 5JIWA 4EANA 3TTSA 1QVBA 3ZJ7A 3VDCA 3LPGA 5D9NA 3N11A 5CZKA 1L0PA 5EFDA 2YBUA 1TR1A 4JFSA 3OLDA 5CPTA 1U33A 4A3YA 1AVAA 3AXIA 1FH8A 3MMDA 2DSZA 2YLAA 4MTVA 2WC3A 1MFVA 4K68A 5HNNA 4W84A 5DFAA 1FH9A 5A1AA 2V3FA 5M03A 3BAYA 1W3HA 3OLIA 2O9PA 5AC4A 2OLHA 4AZBA 3CMJA 2ZWZA 5DEZA 3WUBA 4CN4A 2WVSA 1B3VA 3L4VA 1SMDA 2QMKA 2VX5A 2WK2A 5DT7A 1UWQA 1NP0A 1KXQA 4PTMA 3ZM8A 2Y8KA 4E8DA 5I6SA 1DWAM 1E6ZA 3OZOA 1LG2A 3ARVA 4U2YA 1UWTA 4P7QA 3UESA 1ZU8A 1PJ9A 4JZ5A 1JF6A 1R87A 3KZSA 3ZO9A 2J47A 1E40A 1V3LA 4W8LA 5BXPA 3E1F1 1SMAA 3MUY1 4UQEA 1BAGA 2VURA 1KR1A 3UG4A 5IHSA 3I3EA 1CNVA 1GOQA 3WFZA 1CPUA 1R7AA 1DTUA 1DEDA 3WDQA 3VGGA 2RGLA 3UCQA 3VGEA 3MUIA 4AZ7A 2WMIA 4QCEA 2A3BA 2CPUA 4BQ4A 2ZX5A 3AMGA 1ZBKA 4S3KA 5CLTA 3SCVA 5JBFA 3CLWA 1KGWA 5IHRA 5A6KA 1ZL1A 3AHZA 2BVYA 4WK9A 2G3IA 3B8SA 4HMEA 2DSUA 5D9PA 4AZ5A 1E6PA 3WQWA 3TOPA 3ZOAA 2OYKA 4UOJA 2XFRA 4AZHA 1MQQA 4M29A 4W89A 1SYTA 4F8XA 5HPCA 1ISZA 5I23A 1PAMA 5A6BA 3AHXA 2D1ZA 2BHYA 2YDRA 3UG3A 4UOQA 3EBVA 1NOUA 1US2A 5ABHA 5I79A 2F61A 3PZMA 1E5NA 4W88A 4FF5A 3WF1A 4MNMA 2DQXA 3BMWA 1AMYA 3OIHA 1UKQA 4MB5A 3WY1A 2ZX7A 2J62A 1LLOA 3T0AA 4CN6A 1WZAA 2VOTA 3TTOA 2IUZA 3T09A 3N15A 3OGSA 4H8VA 1JAKA 3FAWA 1B1YA 2DIEA 4J27A 4PSPA 3SUUA 1XH1A 5CQ1A 2FH6A 4D6JA 3PZ9A 3W28A 1N82A 1OWQA 4TVUA 4GQRA 4ACZA 1NH6A 5A6SA 5HOSA 3ZSSA 4MADA 4D6IA 2XGIA 2XSBA 3WH8A 4Z2JA 2VZSA 3IJ7A 3DYMA 4D6CA 2WLZA 5BYWA 2WKGA 1ODZA 3N13A 4C7DA 4J3UA 2D0FA 3ZT6A 4B15A 4FK9A 4W7WA 2WVUA 2ZWYA 4AZCA 1Y7VA 1GOOA 2DT2A 1ZBCA 3IJ8A 2DDXA 3A6OA 4NRSA 1UR2A 3RIKA 1GVYA 2DEPA 5CSYA 3ARYA 3WDIA 3WQVA 1GJUA 1KWKA 1BLIA 4H7VA 2PWEA 1CLVA 4Z2KA 2E8ZA 1EOMA 5BCAA 3WEMA 5I3DA 4HA3A 3SUVA 1SR0A 1OD0A 4M80A 1HX0A 4LYQA 1E72M 5BROA 2ZE0A 2EBNA 3WDHA 3GXMA 3CO4A 4D6EA 1K6AA 4PMXA 4UQAA 3IJ9A 1UWUA 2WMHA 3ZJ8A 1E3XA 3CZJA 1IT0A 2A3CA 2VQTA 4CCCA 3MO4A 2XUCA 1UYQA 4WKHA 3TONA 2XFYA 2WCAA 4CCEA 4J28A 4R27A 3AZTA 4U3AA 1QNQA 3WD4A 4IPNB 3CBWA 3RILA 3F5LA 4OZOA 1EHAA 1CGWA 3VGHA 3LPOA 2A3HA 2XFFA 4WSKA 3VGDA 4PRWA 2UY3A 4PMDA 4EKJA 4PTWA 2XYLA 1X6NA 1V3KA 4GZEA 5A2BA 4JKMA 2YIHA 2YL6A 4U31A 3AHVA 4C7GA 1TA3A 1I1WA 4CKQA 2WC7A 5A8OA 5IFTA 1EA9C 4PCTA 1VF8A 1MXDA 3EDDA 1V3JA 4MB4A 5EBAA 3WEOA 4Q7NA 1KGUA 3A3HA 4IM4A 4IUGA 3BC9A 2BVDA 2CNCA 1V6YA 2EO7A 4H41A 3SUWA 2D3NA 1W9BM 2D24A 2Y2WA 1H0IA 2IXUA 5BRPA 4GI8A 5C8BB 3BH4A 4PMRA 3RM9A 1GHRA 4UTFA 4JFTA 2VNCA 4HU0A 2OSXA 5E9AA 2J79A 4EAMA 3CTTA 5ECUA 1BYBA 1KXHA 5M17A 3U7VA 1XH2A 3EMQA 4E2OA 3OG2A 4AD1A 1B2YA 1W9UA 4PMNA 3WH7A 1J0JA 3SCRA 1G94A 3WY2A 2YL8A 1J0HA 1XRVA 2CETA 5CGMA 2F8QA 4UZUA 3NSNA 2E9BA 1HNYA 3M07A 1ZBVA 1G0CA 3NDYA 5CXPA 5A95A 2GDUA 1E43A 1OT2A 4GI6A 3GNOA 2G4FA 1XD1A 1AQ0A 1G1YA 2WZIA 2O9TA 2WMIB 2YOCA 3EDKA 1O7AA 3WMSA 2JEQA 4J3VA 2VQUA 2D3LA 4GZIA 4CD5A 2A3AA 1NWSA 1CXEA 2XSAA 1JGIA 2VRQA 5ABFA 4KWUA 4HZ7A 3W82A 3UR7A 3D5HA 4OUEA 1FP9A 3KE0A 2UY2A 3JUGA 2QF8A 5F7UA 1WP6A 2WHLA 4TX8A 3VX1A 2VX7A 4AIUA 3NCOA 4CGTA 1QI3A 1LWJA 3CUJA 2EQDA 2XIIA 1V6VA 2WWCA 3PHAA 4W87A 4U33A 2WCGA 1A47A 2CHOA 2CESA 4PCSA 1ISYA 1FOBA 4XX6A 3THDA 4JHOA 4P7OA 4AY1A 1UKPA 3ZT7A 1CYGA 1V6XA 1NWRA 3KL3A 3WENA 5CLWA 3AIEA 2VJXA 5A94A 4WF7A 1UA7A 1VB9A 2EPOA 1PZ2A 5A8MA 2J7GA 3ZR5A 4LGXA 3FW6A 2V3DA 1BG9A 1JF5A 4M8UA 3CUFA 3L4TA 5E0FA 1GQKA 4CD8A 2GJXA 2XG9A 1Q6FA 2Y8VA 1C7TA 5M3WA 2VO5A 1F4AA 3AMLA 3VDBA 4D71A 4GIAA 3VO0A 2FH8A 2UY5A 3W26A 4UFHA 1OD8A 3W53A 1CXLA 5I0DA 2ZICA 1W9PA 1OGGA 2EEXA 4TOQA 1PIGA 1SFSA 1DP0A 4JAWA 3PZOA 1H4PA 1L8NA 3WBAA 1OB0A 4P7RA 1IV8A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2YA2 A;  3SCP A;  3CZK A;  1BYD A;  3VD7 A;  2YL9 A;  5A3H A;  4PMQ A;  3APG A;  1VEN A;  3CZE A;  1E55 A;  4BA0 A;  2JF6 A;  3WNO A;  2V3E A;  1DWJ M;  1XV8 A;  1C93 A;  2VCB A;  4WKA A;  4AW7 A;  3S6T A;  4WJX A;  9CGT A;  3G6M A;  3WKZ A;  4AYS A;  3CIV A;  3VVG A;  5BXR A;  2VVN A;  3OZP A;  1B30 A;  3J7H A;  3CMG A;  1Q6D A;  2F2H A;  2CKR A;  4ZFM A;  2ZOX A;  3ZT5 A;  1MQR A;  3WNP A;  3CHD A;  4Z2H A;  1WPC A;  4PMO A;  5CSU A;  7CGT A;  2E40 A;  4LYR A;  3UR8 A;  1H1N A;  3FXY A;  2CBU A;  1UWI A;  1WNO A;  3FAX A;  2CBV A;  3IAN A;  3OLG A;  1JDA A;  1UKS A;  1W2V A;  4ATD A;  4AIO A;  1CXK A;  3CHF A;  1MYR A;  3A4A A;  4AIS A;  2QPS A;  4FLO A;  1WZM A;  3NSM A;  4MDP A;  1E4L A;  2QV4 A;  5FIP A;  4PUD A;  1CEO A;  3KWX A;  1KGX A;  1QW9 A;  4OBR A;  2OYM A;  3B9D A;  4CU6 A;  1W9V A;  3AQU A;  4Y7E A;  1EO5 A;  1XSJ A;  3VUP A;  3N12 A;  2FGL A;  2VR4 A;  2E3Z A;  4L4P A;  5EMY A;  2PC8 A;  5LA1 A;  1CGT A;  4MB3 A;  3L4W A;  1B31 A;  4P7L A;  5A69 A;  3WY4 A;  5D8W A;  2BNJ A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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