4GFSA

1.8 angstrom crystal structure of the 3-dehydroquinate dehydratase (arod) from salmonella typhimurium lt2 with nickel bound at active site
Total Genus 94
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
94
sequence length
251
structure length
251
Chain Sequence
KTVTVRDLVVGEGAPKIIVSLMGKTITDVKSEALAYREADFDILEWRVDHFANVTTAESVLEAAGAIREIITDKPLLFTFRSAKEGGEQALTTGQYIDLNRAAVDSGLVDMIDLELFTGDDEVKATVGYAHQHNVAVIMSNHDFHKTPAAEEIVQRLRKMQELGADIPKIAVMPQTKADVLTLLTATVEMQERYADRPIITMSMSKTGVISRLAGEVFGSAATFGAVKKASAPGQISVADLRTVLTILHQA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title 1.8 Angstrom Crystal Structure of the 3-Dehydroquinate Dehydratase (aroD) from Salmonella typhimurium LT2 with Nickel Bound at Active Site
rcsb
molecule keywords 3-dehydroquinate dehydratase
molecule tags Lyase
source organism Salmonella enterica subsp. enterica serovar typhimurium
total genus 94
structure length 251
sequence length 251
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.2.1.10: 3-dehydroquinate dehydratase.
pdb deposition date 2012-08-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01487 DHquinase_I Type I 3-dehydroquinase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 4gfsA00
4R53A 2ABAA 3TXZA 1LLZA 4IXHA 3RFAA 3EXRA 1VCVA 3S5YA 2Z0IA 4IMDA 2CZ5A 4IPIA 1GYLA 3DFSA 5D04C 3LV6A 2NV1A 3QM3A 3DHFA 4GXMA 5D2XA 2QUUA 4UUIA 2X16A 5I3FA 3TFCA 2RHGA 5CKSA 1RV8A 3U2OA 4RZ5A 3TNOA 1H7WA 1OF6A 3CWNA 3A5VA 4O8RA 3CU2A 1WBHA 1I2OA 1JCLA 1W56A 4GUJA 4WOQA 1LZOA 3NQDA 3O1NA 1ME9A 5G4WA 2Z1BA 1M5WA 3TU9A 1OYCA 3HMJG 1J5TA 3T7VA 3O8AA 1H50A 1Z41A 4FNRA 5HR6A 2OT1A 1C8VA 2Z6JA 4MLJA 2WV8A 1TTPA 4N9BA 2QCFA 4JYEA 3LB0A 2OJPA 1B3OA 5G2HA 3VE7A 4GC4A 2EPHA 3W74A 4DO5A 4R7JA 2VELA 3TW7A 3B0PA 1K7FA 2YR1A 1XDMA 1ZALA 4I7UA 5CSRA 2ZRWA 1ZY9A 3O07A 4FB7A 3L5AA 3F03K 4FNSA 3W7QA 3W75A 3DFNA 3DHDA 1M7PA 3FKRA 3W23A 4KFNA 4JYDA 5BOOA 3CTLA 3W9ZA 3SGUA 4O1CA 4UR8A 1KFLA 1F7BA 4NX5A 2HTMA 1GT8A 3HGJA 2C3ZA 4PODA 3YPIA 3V75A 3C3NA 3I6RA 2NUWA 2DP3A 1FWWA 5AHIA 1CI1A 4DO6A 2Y6ZA 1QCWA 3WJWA 5HULA 3O63A 4RZ6A 1OVDA 1TV8A 2AGKA 4LVFA 2Y7GA 4HKPA 4O1BA 5K2ZA 4FIRA 4K8EA 1VLIA 3S1XA 1L6WA 3GK0A 2DU2A 4QJ1A 1QOPA 3BW2A 1Z42A 1WOBA 5I3JA 4QQ3A 4C1KA 1HO1A 2A85A 2HMCA 1LP6A 3LDVA 4XZ9A 3MI6A 3G1HA 4OE7A 1LCOA 3EWWA 4AHPA 5LNSA 4E2DA 1H7RA 3E12A 1QFEA 3GXNA 2A1YA 3U8GA 1P0KA 5AHEA 3KVMA 3KX6A 4EOUA 2EKCA 2EF9A 2WJZA 5AB3A 5LNUA 1VZWA 4S1FA 1XKYA 3EX2A 2YXGA 2KZHA 5HMSA 2UV8G 3NQAA 2YFOA 3BPWA 2YFNA 2YPIA 1QR7A 4GUGA 3LBCA 3L66A 4Z1BA 3LHUA 3P67A 4UFHA 1MEHA 5D2TA 4ONVA 4NZFA 3HG3A 4YCPA 5EBUA 3TK7A 4N2YA 1KFEA 4X22A 3N3MA 3G0SA 1SZGA 1W5MA 1TRDA 1YXDA 4LVBA 1YXYA 3TUUA 2PURA 3NXFA 3GDMA 3NQVA 2V8ZA 1G4TA 1R47A 2DORA 3QMRA 3DFQA 3Q2DA 4DPQA 1VHNA 1SQ7A 3GNDA 4AWUA 4XTIA 3PB0A 1T99A 5EMUA 5D05A 4LTSA 3A21A 1PIIA 2V2DA 2X1SA 3IIZA 3W7JA 3TA6A 1VCFA 3DFPA 3TSDA 1FWTA 4AB4A 1N7KA 3TJXA 2OMAA 2X2GA 5D32A 4JR5A 1FBAA 1LYXA 2BLEA 3SZ8A 5E1QA 4YL2A 3W2KA 2DZWA 3T4CA 2J9YA 4UXDA 3W1LA 2ZZ7A 1GVOA 2RH9A 2TRSA 3M47A 3CLMA 4X2RA 2QJIA 3WFAA 2E6DA 3M41A 1RVGA 2CZEA 1DJQA 4FX7A 4NNBA 2ZRZA 1TB3A 2QCDA 5BMWA 3G18A 1TPUA 2QJGA 2EHHA 4UTHA 3CIXA 4CNPA 1DQWA 4RKAA 4BWLC 4MJZA 2ZTKA 3G1DA 4RR4A 1ZJIA 4EWND 4PA8A 4RV8A 3BGJA 3AO0A 3TC7A 3GR8A 1VJIA 2DZSA 1P0NA 3PWAA 4PCFA 4O14A 1OFDA 4Y9AA 2GQ9A 3TX9A 2ZZ2A 4LVDA 4ZZ9A 3GVGA 5DCDA 4LOCA 5TQLA 1ZENA 2CZDA 1FWNA 3KAOA 3USBA 1QPRA 4UIOA 4IMEA 1TREA 1H7NA 1RQBA 4O19A 3LXCA 4O4WA 3NA8A 1JUEA 2R94A 5G1TA 5FESA 1XL9A 1GWJA 2E6YA 3VI2A 1NF7A 1SSDA 3P5YA 3P74A 2D73A 4WY0B 2H90A 4JX6A 4X3ZA 2H8XA 4O15A 4MYXA 1IXQA 2Q8ZA 3OVRA 5D2WA 4XKYB 3SSJA 2A7PA 3LERA 3NM1A 2QCHA 4O1AA 2FDSA 2VC6A 3UWUA 2VEKA 4FO4A 3C2EA 4O54A 5C6MA 3LRLA 1A53A 2QUTA 3IIVA 3TW6A 2W6RA 3HO8A 1G7VA 1KM5A 3GKAA 4Z1CA 2QJHA 3AJXA 3CM4A 4JTLA 1VGAA 5FI8A 2GJLA 3IGXA 4IX2A 4W9TA 4JTHA 3W71A 4MKNA 4IX0A 5F1VA 3LBMA 1G4EA 5D2VA 4YMZA 3W2LA 3KVKA 4FXRA 1Q6LA 1SR9A 3V1PA 3SR7A 3DU0A 3W1XA 3M5YA 3SY5A 4CQ8A 5K3VA 2XFWA 1WX0A 3TJLA 3TROA 1EX5A 1WDWA 1IIGA 1JUBA 3LLDA 5U7SA 3WJSA 3QH2A 1EEPA 4Y90A 3M5ZA 3GZ3A 4ALDA 3QSTA 4JX5A 7TIMA 1ICQA 4UTIA 3PB2A 4LY8A 3STGA 1SFJA 5DXXA 2NZLA 3W87A 2QCNA 5DCEA 2V5LA 3W2UA 4K36A 2FLIA 2B7QA 4O57A 4FXSA 4TX9A 4FNUA 4OV4A 3GXTA 4QSHA 1UCWA 3L21A 1NF0A 4NT0A 4FEZA 3UXAA 5IBXA 4IPJA 3W7CA 4KWVA 3W7RA 1PS9A 3QF0A 1KM3A 1KTCA 1OK6A 3LCIA 3S1VA 5AHLA 3WJZA 3L9CA 1LOLA 1WXJA 3RMJA 4YLWA 3SJ3A 2R91A 5FF7A 2Y89A 2C18A 2A21A 3NQCA 3MW7A 1TJPA 1IXPA 4AXKA 3IRDA 3I65A 1DHPA 4M6PA 1KM6A 5LHFA 4BI7A 4TMCA 4IJBA 1FDZA 1MO0A 2C13A 4ML9A 2A0NA 1VRDA 4HT3A 3IVUA 5AC7A 2YYTA 1JQXA 4JTJA 1NEYA 1G4PA 2E77A 1XI3A 4LC8A 3SECA 1K8ZA 4FNPA 4CCEA 6TIMA 1MSSA 1YTEA 5LHEA 2YZRA 2JKPA 3P61A 1C29A 3B04A 5KZEA 2ZZ3A 3EX3A 2XN2A 4BF9A 1VQTA 1TPH1 1WYIA 3CEUA 1F5ZA 3NO5A 5FEZA 3R89A 4TO8A 1Z44A 4Z1DA 1I45A 2A6NA 3QQ0A 1DBTA 4JEQA 2ATMA 5K4ZA 4QITA 3L5MA 3TQKA 4N6FA 1EPXA 3QQ1A 4UTTA 2Q3OA 4JTKA 2ZCGA 1A50A 3PR2A 5KITA 5HWNA 2I9EA 2V30A 1I2NA 2NX3A 3GLCA 1GQNA 3KRUA 2DZPA 1IGSA 3Q58A 3KOFA 3ANYA 4TIMA 5CG7A 3R2GA 1TPC1 1IIHA 5C2XA 3DBPA 4FF7A 1NSJA 5GVJA 3A9IA 3JS3A 4LV4A 4M5PA 1XM3A 3EWUA 4XUGA 1SO3A 5D2YA 4NQ1A 1X1ZA 2FFCA 3PBUA 3W3OA 2GPTA 2QCCA 3LOTA 4ORMA 3MYPA 1O94A 1GVQA 4O10A 1BWKA 2ISVA 1I8JA 3TC6A 3D0CA 2QCGA 3W72A 1OFOA 2NLIA 3CB8A 3GDLA 1BWLA 3PAJA 3SIZA 2GQ8A 1W5QA 4UTJA 4HN4A 5KZMA 3QMTA 3R12A 1PCKA 3PBVA 3ABQA 3SW6A 2QR6A 4E38A 5AHFA 1DL3A 4ICNA 2OT0A 2PRLA 1DORA 3EWXA 4NX0A 4UNKA 2CLIA 3S0CA 4JTFA 1FWRA 4ORIA 4JXCA 4FX6M 5KTLA 3NQFA 5J5RA 3HJZA 4WY0A 2WKJA 4K7YA 3R5EA 2ALDA 3TE9A 4M6QA 4XKYA 2DZUA 1TYGA 4O4VA 5AYZA 2JKEA 3QJAA 4WQ6A 2E5CA 2A4AA 1OFEA 4OT7A 3R13A 5FEWA 5HWMA 3QW3A 1OFPA 4LT9A 5I3IA 3C2RA 1WBJA 5LZLA 1EUNA 2ZRUA 1VC4A 1HG3A 3TCEA 3W2JA 2VFEA 2EGZA 1PHQA 4EVZA 4O28A 2F84A 2J24A 2OX1A 1W3NA 3W7EA 3L0KA 4O11A 4UTTC 5AYYA 1W8SA 1KFJA 1W3IA 3RNDA 4EIVA 1OX5A 1F6PA 3MP3A 5CPMA 1GPWA 1V5XA 3WK2A 3NGJA 3TSMA 3HF3A 1U5JA 3TDFA 1HTIA 3UWWA 4EF9A 2Y61A 4HSOA 3EXTA 2RDTA 4O1DA 2R14A 3STCA 1CW2A 5LNRA 3IGUA 4HNNA 4XQ6A 2CLHA 5H91A 4RCXA 3TR2A 3ABRA 4OHQA 3G1YA 1PVNA 3C2FA 1VHCA 3W07A 4MZ1A 5KSWA 1R2SA 3S5OA 2E6FA 1HFBA 3LCWA 1YPIA 3LHZA 3UQNA 2FJKA 1KA9F 3LCGA 4CQAA 3B06A 3KXQA 2Y62A 1GJPA 2AAMA 3LX9A 4JTSA 2QDGA 5K4XA 5EYWA 1I2PA 3IGSA 2A5HA 1VS1A 4ZVJA 3RLUA 2CLLA 2Z2UA 2HS6A 3GX9A 2PE4A 4LRTA 2RKXA 1OABA 2DJXA 5F4XA 4H4IA 1Y0EA 3QMSA 1ZNNA 1TTQA 3E02A 1KLZA 4H3DA 4L4LA 5EY5A 1KW1A 3O06A 3LTPA 1W37A 3MP4A 2YW4A 3MO7A 4H6KA 3EXSA 5I3GA 1G4SA 3L0NA 3Q37A 3PVFA 1F6KA 4AH7A 3H55A 3MBFA 3BVJA 2DZTA 4OBTA 4JYFA 1T8XA 2B4GA 1H62A 2VEIA 2EAWA 4KFPA 3C52A 4PEKA 1PHWA 3CPRA 1RR2A 3NQ2A 1FDYA 4LNYA 3G8RA 4A22A 3M44A 4GUIA 4AWSA 1UUOA 4MYAA 3M0ZA 3W7NA 1L2UA 1K8YA 2E6AA 3TSBA 2GQAA 1N8FA 8TIMA 3L0GA 4N9EA 4DF1A 2BZNA 2H3BA 2LLEA 4N6EA 4JTTA 3ABOA 2CLEA 2WNQA 3NAVA 4PFMA 2QF7A 4HNUA 3LCLA 3VFLA 2QCMA 1QPNA 1X7FA 4MZYA 4X9SA 3W83A 1AMKA 3UD6A 3M7WA 1EP2A 1PE1A 2ISWA 5DXYA 2HSAA 1RQHA 4UFIA 3MHGA 5H2ZA 1C9DA 1VCGA 1KBJA 4MZ8A 1TPVA 1UASA 3N2MA 3W1TA 6ALDA 4YWIA 3UPBA 4DQWA 4LS1A 1VYRA 2C1HA 1FXQA 1KM2A 2H6RA 3LHTA 4JS3A 2ATSA 3CWOX 3BGGA 3ZWSA 1FCBA 3NVTA 1XBZA 3QFEA 3R8RA 4O52A 3WK1A 3JR2A 3NQGA 5C55A 2NX9A 4CCDA 5LGXA 1DKWA 2FB2A 5HQEA 2HS8A 5DBTA 5G1YA 1SSGA 5AFDA 5DLCA 1VYPX 3MHUA 1P1XA 3ATYA 4LS0A 4A3UA 3W86A 2TYSA 3GKFA 1T0OA 3FS2A 3W85A 3FA5A 3BLEA 5KZDA 1OX6A 1ME8A 1TPDA 1S3HA 3UXDA 2A6LA 4ZMGA 5AN7A 3PSVA 4IUOA 3GDKA 3C61A 4UMCA 4JIQA 4HNTA 3FLUA 3NR0A 3O6YX 4RJEA 3TKFA 2J9ZA 3EX4A 1AW2A 1SU5A 2R8WA 3LXAA 3P62A 3W7DA 4RX0A 1SW0A 3NPVA 3UYCA 3KFTA 4O0KA 3B8DA 3LGEA 4DEFA 3NZRA 1H61A 4JX4A 1DQXA 2DZXA 3NQEA 4UTMA 3UZ5A 5G2IA 3BW3A 1QAPA 1B57A 1WQ5A 3IVSA 1DOSA 3N2XA 1XUUA 4JDBA 5U4NA 4ZQNA 2X1TA 3G1VA 1BEUA 1SW3A 3UWVA 3MUXA 4UTLA 2GOUA 3C4UA 4QAIA 4KFOA 2WSQA 1UBSA 5EL1A 3WK0A 1SZNA 5TBOA 2NV2A 4JIPA 3S9YA 1H1YA 1YTKA 1IXOA 3NL3A 2BXVA 5F1UA 1TPB1 4CLMA 1AG1O 4M7SA 3M43A 2A7RA 4HHPA 1S5WA 5DCBA 3W7IA 4GWEA 3W7MA 1EUAA 4CNNA 4UR7A 4UTUA 1Z48A 1JJKA 1ZAJA 4WJEA 3UY7A 3UY8A 2IQTA 3G8EA 2GUUA 2J6XA 2X1RA 4G1KA 4IXXA 1OFQA 2CWNA 3EKZA 4AHQA 2B7NA 3G3MA 3CQ0A 1VH7A 2YGYA 4FX8A 2RDWA 1PL9A 2NXGA 2QAFA 2NWRA 3PF3A 4PL2A 3W7OA 5CPNA 1EP1A 3OEXA 1WAUA 2YDAA 4J9JA 2V81A 5F2LA 5AYXA 1F05A 3BLIA 1F76A 4JN6A 3LI1A 3NL5A 4MUZA 1Q6OA 3P84A 2VOMA 5DY3A 2ZDRA 3LHVA 4AEOA 4BR1A 1JRBA 3TXVA 3IEBA 1KM4A 3C6CA 4AF0B 4R33A 3ZS4A 3ATZA 3LCFA 1RQEA 3A23A 2Q8LA 2Q3RA 1WOAA 4Y8FA 3PY2A 1QDSA 2ISSA 1KBIA 4LV9A 2BTMA 3BLFA 1KFBA 1PV8A 1HUVA 2J88A 3H54A 2ZA2A 2BX7A 5CZTA 3C2VA 5KINA 3C8FA 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 5L6U A;  5KMY A;  3QZE A;  1O95 A;  4BI6 A;  2Z6I A;  1LM1 A;  2ZRY A;  1FCU A;  3S5Z A;  4IQL A;  2NXH A;  4BK9 A;  1QML A;  2ZBT A;  3L5L A;  2C15 A;  4JY9 A;  3RLV A;  1EA0 A;  1L6S A;  4L4M A;  3FYP A;  4S2C A;  3MHF A;  3KVL A;  1YDV A;  1RPX A;  4OU1 A;  2B7O A;  2ZA3 A;  4CNO A;  1EWD A;  3NPX A;  3NPU A;  1SFL A;  1TRI A;  2FPT A;  2W0U A;  5LKY A;  3E0I A;  3S8H A;  3GXP A;  2V2H A;  1TTI A;  1FCQ A;  1VLW A;  4ZL1 A;  3DAQ A;  1I2R A;  3UWY A;  5HJL A;  4LU0 A;  4DF0 A;  5D30 A;  4K6A A;  1OFA A;  4TU1 A;  4UCG A;  3VND A;  2JBM A;  4HPX A;  3TFX A;  1MXS A;  4NVT A;  4ADS A;  1TPW A;  5A5W A;  1XC4 A;  1ICS A;  3B4U A;  4JIC A;  3NQM A;  3T78 A;  3NQ7 A;  2H8Z A;  5DY2 A;  5D03 A;  1W3T A;  3A5F A;  4LRS A;  3OBK A;  4O12 A;  1B4E A;  2Y63 A;  2PC4 A;  1E51 A;  4BFA A;  1S5V A;  1W54 A;  4HPJ A;  3FKK A;  4BI5 A;  3CC1 A;  3PSW A;  2VFH A;  1ME7 A;  3UPW A;  2G97 A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 4H6Q A;  3TXZ A;  4IXH A;  1E9Y B;  3EXR A;  4A3R A;  2QGH A;  3EDK A;  3S5Y A;  1Q66 A;  3VNY A;  4FPS A;  3N1A A;  2XWD A;  1GYL A;  4IPI A;  1EOK A;  5A6J A;  4PFH A;  1Q5M A;  2NV1 A;  5C9X A;  4D6D A;  2QUU A;  4JII X;  1FHL A;  2X16 A;  1NP2 A;  3V16 A;  3PZG A;  1J6P A;  5CKS A;  4Z1Y A;  3U2O A;  4HHH A;  1OF6 A;  1YIX A;  3UYI A;  3CU2 A;  4AZ6 A;  4A8R A;  1KCZ A;  1Q2S A;  4MNL A;  4WOQ A;  1K70 A;  4J3S A;  1UYQ A;  4HMC A;  3M7S A;  1J5T A;  2PZN A;  4Y8E A;  3T7V A;  3F4D A;  1V3I A;  4EP8 C;  3UA3 A;  4UBP C;  1KB3 A;  4FNR A;  4EWJ A;  4GNV A;  1BQG A;  3BCJ A;  4Z2L A;  2WV8 A;  3A3X A;  4N9B A;  3A47 A;  1F4A A;  1XLI A;  3CL6 A;  1OIF A;  1XYM A;  4AVN A;  1HL8 A;  1UKP A;  1AD1 A;  3QKZ A;  3WQ6 A;  3WDJ A;  2VEL A;  1V6T A;  1ZZM A;  4ZOB A;  4DRS A;  3VKA A;  1ZAL A;  4FB7 A;  3L5A A;  3T2O A;  3W82 A;  1CEC A;  3F7J A;  4ZCW A;  5REQ A;  3I3D A;  3W23 A;  3S3G A;  1PDY A;  3CTL A;  3W9Z A;  4WCJ A;  4TUF A;  1MW1 A;  4O1C A;  4BQ2 A;  1UD2 A;  5CC7 A;  2C3Z A;  3BIC A; 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