2QAFA

Crystal structure of plasmodium falciparum orotidine 5'-phosphate decarboxylase covalently modified by 6-iodo-ump
Total Genus 119
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
119
sequence length
329
structure length
329
Chain Sequence
GLVPRGSMGFKVKLEKRRNAINTCLCIGLDPDEKDIENFMKNEKENNYNNIKKNLKEKYINNVSIKKDILLKAPDNIIREEKSEEFFYFFNHFCFYIINETNKYALTFKMNFAFYIPYGSVGIDVLKNVFDYLYELNIPTILDMKINDIGNTVKNYRKFIFEYLKSDSCTVNIYMGTNMLKDICYDEEKNKYYSAFVLVKTTNPDSAIFQKNLSLDNKQAYVIMAQEALNMSSYLNLEQNNEFIGFVVGANSYDEMNYIRTYFPNCYILSPGIGAQNGDLHKTLTNGYHKSYEKILINIGRAITKNPYPQKAAQMYYDQINAILKQNME
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structure-activity relationships of C6-uridine derivatives targeting plasmodia orotidine monophosphate decarboxylase
pubmed doi rcsb
molecule keywords Orotidine 5' monophosphate decarboxylase
molecule tags Lyase
source organism Plasmodium falciparum
total genus 119
structure length 329
sequence length 329
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.1.1.23: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date 2007-06-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00215 OMPdecase Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 2qafA00
3G1AA 2V82A 3LOTA 1VGAA 2E6DA 3DKLA 2JKAA 3KRZA 4GNJA 1QCWA 1L6YA 5CG7A 4WY0B 2Y63A 1H7RA 2FPYA 1H63A 4KKXA 1FWTA 2WV8A 3I7QA 3TJLA 3QRHA 1L2UA 5DCEA 2QCGA 4UFIA 4RZ6A 2CFFA 4LS1A 3KHJA 4P61A 1SZFA 4UR8A 2XFWA 1F2JA 2E5CA 1GEQA 4OHQA 1LORA 1PIIA 1VCGA 3HG2A 4JTIA 4MY8A 1QO2A 3ZFHA 2ZZ5A 3GYEA 2UV8G 1I2RA 3S5ZA 2Z2UA 1W54A 3L2IA 1IGSA 4XKYA 1F73A 1K3UA 4JN6A 1FDYA 2NXGA 5A5WA 4WD0A 1PVNA 2Y7EA 4QQ3A 4UTMA 5DBTA 2VEPA 3SECA 4HSNA 2VEMA 2YX0A 1KTNA 1UB3A 2NX9A 4OWGA 2A21A 4UMBA 3HMJG 2NZLA 3TCEA 3BPWA 1UUOA 5G4EA 1Y0EA 3P61A 1LDCA 1V5XA 4O10A 3QH2A 1ZCOA 2R91A 2EAWA 1K03A 5HINA 3W84A 3GB6A 5LNWA 1VLWA 2ZA3A 4LU0A 4M6VA 4JYFA 3CEPA 1TPB1 2Y7FA 4NT0A 5HQEA 1OFBA 4BWLA 5CGQA 2V5LA 5FI8A 3DI0A 1H51A 2YW3A 3A9IA 3U2OA 1HO4A 3GNDA 3O07A 4BI5A 4M5PA 1PCWA 4NUWA 1BWLA 1R30A 5EY5A 3NQGA 3T7VA 3UQNA 4UTIA 1GOXA 2WQPA 3KFTA 1GVOA 1OF8A 2C15A 3ATYA 3GXPA 4AF0A 2B7OA 1KBIA 4MYAA 4NZJA 5AHNA 1ZY9A 1PE1A 2RDUA 4ALDA 1UCWA 1Q6QA 1TCDA 1XI3A 4DF1A 1GTHA 3I7SA 1YXDA 2HTMA 2Q8LA 3T40A 3GAKA 4K37A 3SIZA 1UBSA 4UR7A 4AMAA 4PH6A 1RR2A 4MUZA 1HG3A 4O0ZA 3W1NA 4QSHA 5H2ZA 3VI2A 3ZR4A 3QMSA 4AWSA 3W75A 2LLEA 4FXSA 4E2BA 2WO5A 4OQVA 4YCOA 1KW1A 3S1VA 1FUYA 3TU9A 3NNTA 4K39A 4UTHA 2X1UA 2YW4A 5KSWA 3S8HA 1GZGA 4H6KA 4S1FA 2WSYA 5AYYA 3CHVA 1PHWA 1Q6OA 2NX3A 3STCA 3ZWTA 5TQLA 4ZQRA 3LHWA 2P0OA 3ABSA 3TW6A 1TPUA 1TRIA 2CLIA 4RLIA 3ANYA 4EVZA 1FCVA 3JS3A 1L9WA 2C1HA 5CZJA 5EL1A 4TMCA 4WJEA 3M47A 5BOOA 4HT3A 1LLWA 1R2TA 4JTJA 3PG8A 4WY0A 4EF8A 1OFEA 1XC4A 3OVPA 1TPDA 2QAPA 3W7QA 4JEQA 3BGGA 1JCJA 1TPC1 3V1PA 2DJLA 3EKLA 3HQ1A 1RPXA 3M16A 2ISVA 3LBCA 4ZZ9A 3PY2A 2R94A 4LRSA 4JDYA 2JBMA 4K7VA 5CPNA 4AHQA 3EX2A 2JGYA 3RK8A 3O16A 3HGJA 5KZDA 4HKPA 3GDMA 2GJNA 1TRDA 3O8AA 4QM1A 2Y70A 3IGSA 3UZ5A 1VCFA 1RQHA 4IXXA 4BFAA 5SWUA 1W3NA 1S5TA 1EP1A 3TQ0A 2RH9A 1XM3A 4NJJA 4OBTA 1ZAHA 4I7VA 5KZMA 4W9TA 1OK4A 4TO8A 3MP3A 3UWQA 1AW1A 1X1OA 2YR1A 1MXSA 2ZZ4A 3DHDA 1H5YA 4LVBA 1SW3A 4XWUA 4FNSA 1Z44A 2HS6A 4O54A 3PB2A 1XUUA 4FIRA 4Y9AA 1G7VA 4JD4A 1GVFA 5J5DA 2GVLA 2Y88A 4JYDA 1A5CA 3W1XA 2Y61A 1FCQA 2CZEA 3IRDA 5D2TA 2Y6ZA 3W1MA 2D73A 1K8YA 4O13A 2Q3OA 2V8ZA 3HG3A 1LLZA 1OX4B 2QUUA 1Q3NA 1RZMA 3O1NA 1B4KA 2NXHA 4K36A 2B0MA 5E0KA 3LRLA 3L0KA 5I3IA 2W79A 4N9DA 3STFA 3HB9A 2NV1A 3KVJA 3WJYA 2GQ9A 1WOBA 4A29A 3MW7A 1YXCA 5U7SA 3P60A 3EEGA 3PBYA 3NL2A 2QDHA 3W70A 3MHUA 5DN1A 4N4QA 1F6KA 4Z1DA 4DO6A 3G8RA 1LBMA 3CB8A 1M6JA 3A5VA 1S5WA 4D2JA 4O19A 2PURA 4RZ4A 2NUWA 1JRBA 2DP3A 1F7BA 3W7HA 3NQCA 3HBLA 1VLIA 3TFCA 4GUIA 4OT7A 2ISSA 1DVJA 3MBFA 1ZJIA 3QPYA 3DU0A 4JS3A 3CIXA 3MMTA 1WOAA 1QR7A 3QC3A 5AC6A 2GVJA 2YPIA 3G22A 3N19B 3NZRA 3V75A 3IEBA 1EWDA 2NUYA 1W5MA 4IGHA 3M44A 2NXIA 4RCXA 1U5JA 2B7NA 3NQ8A 2YFNA 1NSJA 2P10A 3N2MA 3LRMA 5T26A 1W31A 3NPXA 5CPMA 4LTSA 3FEMA 3QF0A 3PUOA 3LTPA 5K4ZA 3DFPA 2V2CA 4UTJA 1VRDA 5DELA 3HOJA 1H7XA 3M7WA 4AHPA 1GG1A 1YDNA 2A2IA 5HNRA 1XKYA 3FFSA 3NM3A 3KXQA 1IIHA 1MSSA 3RF9A 1HFBA 2ZRWA 2CLEA 2H8XA 3NL3A 3W7PA 1AK5A 2CLFA 1N55A 2VOMA 3TJXA 3M41A 4Q33A 1KFCA 1KV5A 3F03K 1FX6A 4PA8A 3MBDA 2DZSA 3EX6A 4Z1BA 4O4WA 2FFCA 3H55A 4LVGA 4E2DA 5LSMA 3R13A 4CCDA 3PWAA 3IGXA 3HF3A 3HGRA 1YLVA 4HNTA 1GVSA 3LV5A 1I2NA 1KFKA 2FB2A 4DO4A 1EWEA 2V30A 4LT9A 4XUGA 3P62A 1EEPA 4MY1A 3FLUA 2FTPA 1M5WA 5FF7A 3EWXA 1THFD 4CNOA 3SGUA 5I3KA 4BK9A 4P2VA 2YDAA 3TXVA 1VJIA 5H91A 4Q4KA 3WK0A 5FF2A 4MJZA 2ABAA 2YXGA 4UC5A 2C14A 4MFEA 1R47A 2ZDRA 3GDTA 1XBVA 3QEZA 4FO4A 2B7PA 4OE7A 1ME7A 1FDZA 4K8EA 3W7NA 3P74A 1O4UA 4LC8A 3LB0A 4DPPA 3S1UA 2GOUA 3OVQA 4IPIA 3NQMA 2YYUA 3FS2A 2QJIA 1LOSA 3WJXA 4XKYB 3B03A 1ALDA 4YWIA 4ORMA 4JTUA 4M6PA 3MI2A 4I7UA 4S2CA 4X22A 3LDVA 2RFGA 3NQ6A 4QITA 3LTYA 1X1ZA 4FF7A 4LUIA 2QJHA 5CKSA 3WFAA 2GQ8A 1ADOA 1AG1O 5K2ZA 1JULA 3G1YA 1O5KA 5CPOA 1U83A 4O53A 4MOZA 4HIBA 2Z6JA 4JX6A 5F2IA 1PS9A 5C6MA 1EX5A 3M5YA 1FWSA 2O7QA 4UFKA 3P67A 2C19A 3VE7A 4ONVA 1H50A 1EP2A 1JQXA 2ZCGA 3FKKA 2GVGA 1VQTA 6ALDA 3PAJA 4CCEA 3HGSA 3CWOX 3WJSA 2OCZA 4QNWA 4RV8A 1A53A 3NGJA 3GLCA 6TIMA 2CLKA 2ZRYA 1ZENA 1F5ZA 1I8JA 2QDGA 4CQ9A 5D2VA 1C29A 1K7XA 3G24A 1G6CA 1OX6A 3Q94A 4UFHA 2A5HA 2X16A 3L66A 1JUKA 1TSIA 4AAJA 1FWNA 1I4NA 3W23A 3QQ0A 1DV7A 1SO6A 5HUOA 3CM4A 3VFLA 1WBHA 1TQXA 4MLRA 3MYPA 1JCXA 1GWJA 4N6EA 2ZZ2A 4NJIA 3LHYA 3ABRA 4UFMA 4XTIA 3PULA 3RNDA 1LRQA 1YADA 4MIMA 4N9CA 2VEIA 4RXGA 3RU6A 4QNEA 2R8WA 1OFAA 4NQ1A 3NPVA 3W7GA 3PBWA 2ZZ1A 3TQVA 5IM51 2I14A 2RDTA 3IIXA 3L0NA 3NPUA 3HPSA 2PC4A 5BMXA 1DORA 3N2XA 4PL2A 1QO5A 1NVMA 4RK8A 5BNKA 4JTGA 1SO3A 3PSWA 4JDBA 2DORA 3L5AA 3W1RA 1T96A 2EPHA 2OX1A 1TJRA 4QAIA 3NA8A 1GQNA 1XUZA 1DOSA 3UPBA 1GYLA 3IIZA 1B4EA 2C6QA 1G4EA 1B9BA 2CZDA 3LHVA 1O95A 2WSRA 5D2XA 4JYEA 1W37A 2AGKA 1QPOA 1JCLA 5DY2A 1LP6A 3W7KA 1DJNA 2Y7GA 2NWSA 1KFEA 2ABBA 4IUOA 3W73A 2E6FA 1CI1A 3OG3A 3TMQA 4WXYA 1QDSA 3PUEA 4B5NA 4DBDA 5HULA 2V2DA 1QWGA 1JRCA 1DJQA 2ZRXA 4OGZA 3W07A 2G96A 3A24A 2ZBTA 3EX3A 4AEOA 2I9EA 3G1HA 1KM1A 4Z0JA 1FCUA 2E6YA 1AW2A 1YDVA 3E12A 4ZQNA 3PB0A 2FJKA 2DU2A 3LRKA 3NO5A 5CZTA 2PRMA 2DZTA 3USBA 1GVQA 3G1VA 1SO4A 1SQ7A 3DFTA 1KM2A 3BW3A 1TJPA 5FEXA 3VKJA 3GX9A 3GKAA 2KZHA 3CU2A 2YYTA 5D05A 5I3GA 3G1XA 1UUMA 1VHCA 3TROA 2P1FA 1M7OA 2OJPA 5G5IA 1JVNA 5LHFA 5HR6A 3HO8A 3KVLA 1EB3A 4FB7A 1VC4A 4ORIA 3W86A 4KFPA 3EKZA 3CC1A 5G2WA 2YCEA 2NWRA 5FF3A 1RVGA 1TQJA 5AYZA 1TPEA 4XZ9A 2C3ZA 4UMAA 3GK0A 3QFEA 1A5BA 2IQTA 1ZFJA 4UTWC 2EKCA 2DZXA 1V7YA 1ZAIA 3KOFA 3TH6A 3INPA 4WXZA 4IPJA 2TSYA 2TMDA 1FWRA 4O1CA 3BK0A 3N9RA 3DBPA 4MJMA 1TPVA 3W7LA 2Y85A 3O63A 2CLHA 3MI6A 5CZSA 3S0CA 3W6YA 1W1ZA 3DFQA 5D30A 1FXPA 2A85A 3GR7A 4JY8A 1LRNA 2V5BA 1IXOA 5I3JA 5HJLA 3BW4A 5LHEA 5D04C 1VPXA 3L5LA 3G3DA 4LV9A 3E02A 1G4TA 3LHTA 3PBVA 1Q6RA 4FX8A 1G7UA 3M43A 4AH7A 2BLEA 1HO1A 3WK2A 4A21A 4JTLA 4JTFA 2XN1A 3G1DA 3JRKA 3GDLA 3CWNA 3SZ8A 2PE4A 1M7PA 1F6PA 2BSLA 3L5MA 3O06A 4WX2A 1I2OA 4WZHA 3SI9A 4UFLA 3UPWA 4A3UA 4IMCA 4Z1AA 1OFOA 3T4CA 3IVTA 5EA9A 3PM6A 3O05A 2FIQA 4LNYA 4PTNA 4DF2A 1WV2A 4MKNA 2Z0IA 3DAQA 2QCNA 5EPDA 3TDFA 4CCCA 1LCOA 2Q3RA 3LCFA 3OA3A 3THQA 3W7JA 5LNRA 3EWBX 4AWUA 3ZWSA 1AL8A 3TC7A 3HJZA 5AHIA 3UWWA 2C16A 2ZRVA 4PODA 3F1QA 1X7FA 1BTMA 2VFGA 1DQXA 4IJBA 1YTEA 3NQEA 3STGA 3UWVA 5HWMA 3CTLA 2G95A 2VKZG 4NVTA 1IXQA 3CPRA 3QPZA 4TX9A 5LNSA 1W5OA 5L6UA 3LI1A 5E1QA 3QMTA 3W3OA 1K02A 2W0UA 5KITA 3NQVA 1C9DA 1J4EA 2AAMA 3W7EA 1QNVA 3B04A 4HPJA 2GUUA 1F74A 5LKYA 3MP5A 3H53A 2OMAA 5AHLA 3HG4A 3UWYA 2G97A 3DFOA 3UXDA 4FXRA 3B06A 1CW2A 4FNQA 1NF7A 1ONRA 4Y8FA 4CNPA 2BZNA 3NQFA 2H6RA 2DZPA 4OU1A 5FESA 1TV7A 2XN0A 4DQWA 3CIWA 3B4UA 3M0ZA 3NG3A 3N9SA 3BARA 1SSGA 4UTTC 2GPTA 1K8XA 2JKEA 1XBZA 5I3HA 2VENA 3GZ3A 3D0CA 3EX4A 1N8FA 4GUHA 1QOPA 4XTDA 2X30A 1W3IA 5D2WA 1H7OA 3EB2A 3IIPA 3UWZA 1J2WA 3BG5A 1A5SA 4UMCA 2QEZA 1Z42A 4JTEA 3N3MA 4C1LA 2HS8A 3P5YA 3UY8A 3P5ZA 3CQ0A 5LGXA 5DBUA 4UTUA 3P84A 1TTJA 3NQAA 3EWWA 3LCIA 2J9YA 3O15A 1E51A 4UTKA 3TE9A 3G3MA 3L65A 4LY8A 2HMCA 1D9EA 2WNNA 1X8FA 2OZ0A 3FJ6A 1EPXA 5K9CA 4I9AA 4N02A 1KM0A 1H1ZA 1TPWA 4RR4A 4ADSA 2DJXA 4DXVA 3RMJA 3CEUA 5KINA 2VFHA 4NNCA 5G4WA 2VXNA 4O28A 5FEZA 2CWNA 2NV2A 4O1BA 1VH7A 3QM3A 3RLUA 5L9FA 2QKFA 1MZHA 1SO5A 4ZQOA 3W7IA 3W76A 1FDJA 2WSQA 3IVSA 5HWJA 1GPWA 4MZ8A 4R34A 3PG9A 3W88A 1OYBA 4IQLA 3SY5A 1VYSX 1RV8A 4TIMA 1KA9F 4JTHA 1GT8A 4FNUA 5BRBA 3NR0A 1H60A 3LXCA 2G5WA 2C18A 3NQDA 5I3FA 2V0TA 1EA0A 1YPIA 4HHPA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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