5J5DA

Crystal structure of dihydrodipicolinate synthase from mycobacterium tuberculosis in complex with alpha-ketopimelic acid
Total Genus 113
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
113
sequence length
297
structure length
297
Chain Sequence
VGFDVAARLGTLLTAMVTPFSGDGSLDTATAARLANHLVDQGCDGLVVSGTTGESPTTTDGEKIELLRAVLEAVGDRARVIAGAGTYDTAHSIRLAKACAAEGAHGLLVVTPYYSKPPQRGLQAHFTAVADATELPMLLYDIPGRSAVPIEPDTIRALASHPNIVGVKDAKADLHSGAQIMADTGLAYYSGDDALNLPWLAMGATGFISVIAHLAAGQLRELLSAFGSGDIATARKINIAVAPLCNAMSRLGGVTLSKAGLRLQGIDVGDPRLPQVAATPEQIDALAADMRAASVLR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Lyase
source organism Mycobacterium tuberculosis h37rv
publication title Inhibition of Mycobacterium tuberculosis dihydrodipicolinate synthase by alpha-ketopimelic acid and its other structural analogues
pubmed doi rcsb
molecule keywords 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase
total genus 113
structure length 297
sequence length 297
ec nomenclature ec 4.3.3.7: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase.
pdb deposition date 2016-04-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00701 DHDPS Dihydrodipicolinate synthetase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 5j5dA00
3MHUA 3HPXA 4Z1AA 4HPXA 2YYUA 5HQEA 4NX5A 1KW1A 2YR1A 2YZRA 1GVSA 1K7EA 5DCDA 3IIPA 1ZAJA 3OVRA 1VQTA 2CWNA 3NA8A 4YCPA 1CI1A 3A22A 3EXSA 4N9BA 1JCXA 1GTHA 5CPMA 1WAUA 1G4SA 3W1RA 4FNQA 1XI3A 4MJZA 5LKYA 3L9CA 2J27A 2CLKA 4LVDA 5A8GA 3R8RA 3MI3A 2E1DA 3KHJA 2B4GA 1MEWA 1EP3A 4CCDA 1TPUA 3G18A 4L4MA 1D3GA 1K8XA 2DZXA 1VJIA 3NQFA 4RCXA 1K3UA 3RFAA 4O13A 4M19A 2OZ0A 1Z42A 1TPEA 2CLLA 5DBTA 3M5XA 5KSWA 4AF0B 4JR5A 3CQ0A 4UFLA 3Q37A 4DBEA 1GQNA 1IF2A 3TJXA 5FF4A 1I2OA 2QCNA 1BEUA 1GVRA 2TSYA 2Z6JA 5F4SA 3H54A 4WY0B 1N55A 2EAWA 3KVMA 2DZUA 2YFNA 1OFPA 3NXFA 5KZDA 3K30A 3BW2A 2E5BA 2AGKA 5LNSA 5K4ZA 3O6DA 2FB2A 4CCEA 5MHBA 5DLCA 4UTTC 4XTDA 3BW3A 1EP2A 4S1FA 2NV1A 2ZZ4A 4RZ5A 4M6VA 1RD5A 1SW3A 4FHAA 3S0CA 1UCWA 3FEMA 3UY7A 3F1QA 4N9EA 3TCEA 3W7EA 1KTBA 3P82A 3HGJA 3PBUA 2VEMA 4NT0A 3HB9A 1ZAHA 2H90A 1RQBA 5I3GA 4ZVJA 4IXXA 1AMKA 2VFDA 3NQ2A 1YPFA 1ICPA 3O6CA 4ZMGA 1H7NA 3O06A 2ZRZA 3T55A 4PH6A 4S2CA 1LP6A 1JUKA 1KM6A 3STFA 5C2XA 3TK7A 2CLMA 3M43A 2P0OA 4O28A 2CFFA 4RZ6A 5HULA 3FIGA 1LZOA 4O19A 2I1OA 2YCEA 2J9YA 3N2XA 1VGAA 3O1NA 3W3OA 4DO4A 2C16A 3BGJA 3LX9A 1OX5A 1XL9A 5CSRA 2BWGA 3ANYA 2VOMA 4N6FA 1H50A 2NZLA 1HG3A 3N9SA 4O54A 1WQ5A 3W7DA 2G95A 7TIMA 3OHIA 3SFKA 4TIMA 1R2RA 4G1KA 1FWTA 1WOBA 4DEFA 5AHFA 2C18A 5CG7A 3M5VA 4JTUA 5KITA 1D9EA 4UUIA 3EXTA 1JVNA 2PURA 1H1YA 2EHHA 1SSDA 4IMFA 2OT1A 1E51A 3G8RA 4NNBA 3UY8A 4PEKA 3EX2A 3QF0A 3NQMA 4I7VA 1LOLA 5EBUA 4UTHA 3ZFHA 1I2RA 4IOTA 3W7JA 1TV5A 4KFNA 1VS1A 1OK6A 3W1UA 2ZRVA 3LI0A 3B0UX 4CCCA 4NJIA 2W0UA 4GBUA 2GJLA 4M5PA 3QM3A 2DZPA 1WDWA 4PC8A 3F4WA 4A3UA 1OFRA 4OGZA 4XQ6A 2QUUA 1G7UA 3W2LA 3VCRA 3NGJA 1W5PA 3UNDA 3DHFA 3L2IA 3M41A 4R53A 4JTTA 5HUOA 1P5BA 1F7BA 1PVNA 2J6XA 5TQLA 3C56A 1M6JA 2CLHA 1Q6LA 3CTLA 2Y85A 4JIQA 3G3MA 3S8HA 1FBAA 3PS7A 3TQ0A 1VYRA 3UWVA 3NL3A 3PUEA 4Y9AA 4HNUA 3THQA 3UWUA 3QSTA 2JK2A 2YGYA 1KTCA 3TKFA 2WV8A 2A6NA 2QJHA 3MHFA 3TC7A 3TQKA 4AAJA 3THAA 1O60A 2H3BA 3EWUA 4ZQCA 1OG0A 4O57A 3LB0A 3FJ6A 4WZHA 4E2BA 3MHGA 1ZALA 3C8FA 1ME8A 4O10A 3SY5A 1LDCA 3ABRA 3E12A 2X30A 6ALDA 2YXGA 3KVJA 3GDLA 5L9FA 4GC4A 4O17A 1PCWA 2B0MA 2GJNA 5K9CA 4E0CA 4NVTA 2ZCGA 2B7NA 5E1QA 4P61A 3ZWTA 1S5VA 5AHMA 5BW6A 3DFQA 1W0MA 4NJHA 3I65A 4Q32A 3MYPA 3IIOA 4OV4A 2J9ZA 3ATYA 3BGGA 4JTHA 3VKJA 2EPHA 2V2HA 3NM1A 1SU5A 5D32A 2VELA 4M6PA 1AL7A 2NUWA 3GIYA 1JCYA 2G96A 3BARA 4LOCA 4HT3A 3P74A 1LROA 1FQ0A 3Q58A 4MOZA 1DVJA 2QCHA 3DH7A 3HGRA 1H61A 2VFHA 1OX6A 2FPYA 4O14A 4FX6M 1PL9A 1OX4A 2GQ9A 3UQNA 4NZFA 4Q4KA 1KM5A 3TV8A 1FWWA 3T44A 1EIXA 1R46A 1P0NA 3NL2A 5E93A 4ZZ9A 3LXCA 2ABAA 3OVPA 4M7SA 1B4KA 1NFBA 3SJ3A 4I7WA 5AN7A 1KV8A 5K9DA 1L9WA 3EX1A 5KZEA 3S42A 2NX1A 3TE9A 2RDTA 4FNUA 5HJLA 1VCGA 1HO1A 1W37A 1UB3A 4Z1BA 1IXQA 4E2DA 3G1XA 3HGSA 1DL3A 3TDFA 4MIMA 3W7HA 1OF6A 3SGZA 3S5OA 2CZ5A 2YW3A 1XXXA 1W31A 1XUZA 3CHVA 2X1SA 3OBKA 3O16A 2RDUA 2Z6IA 3QC3A 1TTPA 1QO2A 1N8FA 4JD4A 4L4LA 4O53A 2QKFA 3M9YA 2AAMA 4LC6A 3MP4A 1TB3A 1SSGA 4O1DA 1AW1A 2FPTA 3L5MA 3LBCA 4WD0A 3NR0A 1VLWA 3VI2A 1JULA 4IWWA 3HPSA 5AHIA 4BF9A 2C1HA 1A5BA 2NUXA 3KX6A 3M7WA 1PV8A 3BG3A 1B4EA 1NVMA 6TIMA 5H91A 1T8XA 1GOXA 1MO0A 1TPDA 2BX7A 3NQ7A 1NAL1 3RK8A 1OABA 2Y6ZA 4FB7A 1OFEA 1PE1A 3MJYA 2PRHA 3FS2A 3JR2A 2V0TA 2ZRWA 3SW6A 3WJXA 1EB3A 3CM4A 1V7YA 3QQ0A 4XKYA 3GXPA 3M47A 3N34A 3S6DA 5LNUA 2VFGA 3P7YA 3TQVA 3LHZA 1A5SA 1D3HA 1L6YA 2ISWA 2X16A 3GLCA 4I7UA 3LM7A 4A2RA 2Z1BA 3C61A 3MI2A 3CLMA 3G1SA 1YTKA 5CGQA 1S5WA 3CWOX 3UXDA 2FQIA 1KBIA 4MZ1A 3SSJA 1WBHA 2V2DA 1TTQA 1PHWA 3LOTA 3N3MA 5U7SA 1YTDA 4HNNA 4WOQA 3B8DA 1GWJA 3W7OA 1H62A 1VHCA 2V8ZA 4PL2A 4UFIA 3GXTA 2FJKA 1LORA 1SFLA 5I3HA 3M5ZA 1ML1A 3N19B 1K03A 1ME9A 2FDSA 3PBYA 4IUOA 1J4EA 3RLUA 3A21A 3VNDA 1KLYA 2WO5A 3L21A 5U4NA 4LW7A 4JTSA 4JTJA 2CZEA 3U8GA 3E96A 4YCOA 3W88A 1VYPX 4JICA 1F05A 5D2XA 3GX9A 3MYOA 1TQJA 3HG5A 4WQ6A 1M7OA 3EX4A 1U5JA 3I7RA 1Q45A 1TPFA 4FNRA 1H7WA 4DPQA 3EKLA 3LHYA 2VEPA 4BWLC 5LNWA 2Y7GA 3G0XA 4ZQRA 3STGA 2GQ8A 4DF1A 5HINA 2XN2A 4MYXA 1TRDA 1WOAA 2JBMA 3MP5A 4ORIA 5DY2A 4UNLA 5BMXA 2O7QA 3T4CA 2NXGA 2V82A 4KFPA 2TMDA 5FF0A 3GZ3A 3KVLA 1CW2A 1VH7A 2A21A 5DN1A 1SW7A 4AWTA 4DF0A 5I3JA 1SPQA 2AQWA 3B03A 1DQWA 1WX0A 3W7KA 3W87A 3W74A 4B5NA 3TUUA 3G1HA 2WNQA 4LVAA 2VFIA 4ADUA 1QDSA 5F2IA 4NNCA 1XC4A 5AHLA 1G4PA 2A7NA 2F7FA 3GDRA 1T0OA 3GAYA 5ABTA 1I4NA 5D2YA 4X3ZA 4ZQMA 4CNOA 2IQTA 1OX4B 1LCOA 1IIGA 3CIXA 3UWZA 2TYSA 4ORMA 3M6YA 4UTWC 1GVFA 1NEYA 5D05A 3UXAA 1SO6A 1ZCOA 3CC1A 1GYLA 4UFKA 1O5KA 4HNVA 3L66A 3PB0A 1QCWA 3HPZA 3C2VA 4LVFA 2A7RA 3PY2A 5CSSA 2ALDA 1TPB1 5C6MA 2ZYFA 4UC5A 2PCQA 3SR7A 4H4IA 3W2NA 4N6EA 3F03K 3LCIA 4IPJA 1KBJA 1LOQA 3DFNA 3B0PA 3CWNA 3ABOA 3HJZA 4Z08A 3U2OA 3V1PA 4OU1A 2DZTA 3ATZA 3NZRA 2B7QA 1JQXA 2I14A 5FEZA 3IVUA 3ELFA 1SZGA 5AC8A 5I3FA 4O4WA 5DY3A 4KWWA 4XBKA 1PIIA 4TU1A 4K6AA 3FKRA 5LHFA 2OX1A 1IXNA 3P61A 3W85A 2V30A 3C2OA 4HHPA 2BXVA 3DI0A 2GUUA 3W9ZA 5K2ZA 1A53A 4N4PA 5D2WA 4UMCA 1LBLA 3EX6A 2JGYA 1LTDA 4UFMA 3LCXA 3E02A 1IXOA 4I9AA 1X1OA 1KM0A 1OFDA 4C1LA 1S5TA 3QRHA 3TR2A 4BFAA 3GKAA 4NX0A 1BWKA 1RR2A 3PM6A 1X1ZA 2NUYA 1XDLA 4UFHA 1TPVA 2CW6A 4N2YA 3OG3A 4H3DA 3NQDA 4UTMA 2NXHA 4ADSA 5FEWA 4ZL1A 2FPVA 1ZY9A 3NG3A 1FCBA 1SR9A 3KFTA 2Z2UA 4RLIA 1GTEA 2Y7DA 4O12A 3STCA 1OK4A 1QPRA 4EWND 4FX7A 4RX0A 4CQ8A 4IMDA 2O7SA 2QAPA 3NPVA 3C52A 1SZEA 5CPOA 3W07A 4NU7A 2UV8G 1AG1O 4K39A 4RXFA 3CEUA 2EGZA 2QCFA 2QUVA 3C2RA 2D73A 2J88A 4LVGA 5A5WA 4O0ZA 3TH6A 3BVJA 4MY1A 3NEVA 2WPBA 5CZJA 1ICSA 4HPJA 3W2UA 3DFPA 4FXSA 3P81A 3TMLA 2E77A 1PS9A 3LHWA 2X2GA 2DP3A 1NF7A 1RQHA 3B04A 3NNTA 4N4QA 4CLMA 3NPWA 1FCUA 5K3VA 4K8EA 4K38A 3R89A 5AFDA 4C1KA 5C5YA 2GQAA 4M6QA 1ZENA 4OE7A 2A6LA 2DZWA 2WQPA 4UTIA 1Y0EA 4W9TA 3I68A 3CT7A 5EA9A 5L6UA 2QCDA 1ALDA 1YADA 4K36A 2A7PA 1U83A 4MJMA 1OF8A 1JRCA 3CU2A 3P84A 3KRZA 4DPPA 1TIMA 2FB3A 2QEZA 1LLZA 4PTNA 1G69A 3LCHA 4UTKA 3TMQA 2E09A 3LGEA 4Q33A 3W73A 3MBFA 1T99A 1I2NA 1L6SA 1YXDA 3MBDA 3BPWA 3HIJA 3QFEA 3Q94A 4FNPA 2JKPA 3TNOA 3P60A 4CNNA 1LM1A 4LTSA 1H7RA 1YXCA 4RR4A 4PCFA 3M16A 1XBXA 2R94A 4IMGA 1M7PA 3DBPA 4LS1A 1LRNA 4JX5A 3DFSA 3TXVA 3INPA 4PA8A 3NQ6A 1TJRA 4KWVA 2BZNA 1UUOA 3NQVA 1SZNA 4OV9A 4AXKA 1F73A 3W22A 4PL1A 1W3TA 1DV7A 3M5YA 3MI6A 5DELA 3SI9A 3V75A 5F4WA 1W5NA 3WJWA 2R91A 3QMTA 1K8ZA 1ME7A 5HWJA 1SO3A 3F4NA 1KTNA 3PF3A 3DU0A 3BG5A 5K4XA 4LUIA 1TREA 3CEPA 3LRKA 3DHDA 4XZ9A 3WJSA 1SUXA 3QEZA 1W5OA 4UCGA 2GVLA 3W1TA 2RHGA 4K8HA 1VLIA 3PAJA 4ONVA 3UYCA 2Y61A 3W76A 5AYZA 3IGXA 5FF7A 1PHQA 1TRIA 4OT7A 4IX0A 1Q6RA 3ZS4A 3MW7A 1FCVA 1G4EA 4LY8A 4AWUA 1ADOA 4X2RA 4WXZA 1H1ZA 1SW0A 1F6PA 4UTUA 2W6RA 2YYTA 3W1MA 3W7NA 1I2QA 2CU0A 4MY9A 1F74A 3LRMA 3GKFA 4DQWA 5I3IA 1KV5A 2V9DA 4JYDA 3EB2A 1MXSA 4DF2A 1TQXA 2HTMA 4GXMA 4X22A 3LERA 5HWNA 2Y7FA 2Y63A 1JUEA 3W1NA 1OJXA 3LCGA 5G1TA 1W3NA 4LUJA 5J5RA 3W84A 4PFMA 2NWSA 3QMSA 2Q3RA 3H55A 2WKJA 3LCFA 2X1UA 1FDZA 1Z41A 4EF9A 1OFAA 2QDHA 1RVGA 4QQ3A 3GNNA 2P1FA 2VXNA 1KFJA 2VFFA 4AB4A 2H8ZA 3USBA 3NL5A 4QIUA 2W79A 3GDTA 4MYAA 4N02A 4NQ1A 1W5MA 3A24A 3MUXA 4XWUA 3QPYA 5FI8A 1P4CA 2QJIA 1UJPA 3W7QA 4O8RA 3G3DA 1O94A 4MZ8A 4DBDA 1WYIA 4GWEA 1IXPA 4GUGA 4IGHA 3FFSA 5LGZA 4IMEA 3PBVA 5LNVA 1FDYA 3LHUA 3M44A 3VE9A 1SFJA 4DO6A 2VEIA 4FO4A 5CKSA 1XFBA 1SQ7A 1WXJA 2CLFA 4JTEA 2PC4A 4O0KA 4LVBA 2R8WA 2E6DA 3PSWA 3GK0A 5F1VA 1J2WA 4O15A 3W7IA 4MKNA 1FXPA 3TW7A 1KM2A 5D38A 1GG1A 4Z0SA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3MHU A;  4Z1A A;  2E0P A;  4HPX A;  4J35 A;  2YZR A;  3VNY A;  2UY5 A;  1E0U A;  5DCD A;  3IIP A;  4QS6 A;  2YB4 A;  1ZAJ A;  2OYM A;  4PCP A;  4GAC A;  2CWN A;  1E0W A;  1HKJ A;  3PZG A;  1MW1 A;  3PNU A;  4DJD A;  3VIK A;  1UR2 A;  1JCX A;  1GTH A;  3KWS A;  5CPM A;  3ZXW A;  1WAU A;  4AC7 C;  1UR9 A;  4IGS A;  3W1R A;  4M0X A;  2ZVI A;  2E25 A;  3WLT A;  2AQO A;  4XD6 A;  1K6W A;  6XIA A;  2JIE A;  3GVQ A;  2J27 A;  3L9C A;  3KS6 A;  4QG8 A;  3QFW A;  5HMD A;  4ZOC A;  1Q4W A;  2PDQ A;  1RAL A;  3T07 A;  1UPM B;  5I24 A;  1NEL A;  3N3T A;  3GVV A;  3G6L A;  4L4M A;  1D3G A;  1VFF A;  4O8A A;  3GUG A;  3NQF A;  4O13 A;  3B8T A;  5KSW A;  3DYO A;  3CQ0 A;  4UFL A;  4TVU A;  4DBE A;  1IF2 A;  3OLI A;  1J12 A;  1I2O A;  1BEU A;  5BXP A;  2PLK A;  2PC8 A;  4LNC A;  1UKT A;  4H8U A;  2DZU A;  4NI8 A;  3NXF A;  5KZD A;  1ZBW A;  2E5B A;  1RA5 A;  1EGM A;  1Q13 A;  2DEP A;  1VIW A;  2FB2 A;  2IPG A;  3LZ3 A;  5DLC A;  3GQY A;  3R4I A;  1UA3 A;  1QI5 A;  3MZ2 A;  5CJM A;  1EP2 A;  1P7T B;  1GVY A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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