1FDZA

N-acetylneuraminate lyase in complex with pyruvate via borohydride reduction
Total Genus 110
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
110
sequence length
292
structure length
292
Chain Sequence
NLRGVMAALLTPFDQQQALDKASLRRLVQFNIQQGIDGLYVGGSTGEAFVQSLSEREQVLEIVAEEGKGKIKLIAHVGCVTTAESQQLAASAKRYGFDAVSAVTPFYYPFSFEEHCDHYRAIIDSADGLPMVVYNIPALSGVKLTLDQINTLVTLPGVGALKQTSGDLYQMEQIRREHPDLVLYNGYDEIFASGLLAGADGGIGSTYNIMGWRYQGIVKALKEGDIQTAQKLQTECNKVIDLLIKTGVFRGLKTVLHYMDVVSVPLCRKPFGPVDEKYLPELKALAQQLMQE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Lyase
source organism Escherichia coli
publication title Structure and mechanism of a sub-family of enzymes related to N-acetylneuraminate lyase.
pubmed doi rcsb
molecule keywords N-ACETYLNEURAMINATE LYASE
total genus 110
structure length 292
sequence length 292
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 4.1.3.3: N-acetylneuraminate lyase.
pdb deposition date 1996-07-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00701 DHDPS Dihydrodipicolinate synthetase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 1fdzA00
3K30A 4JXCA 3G0SA 4BI5A 1I2PA 1VGAA 2WSQA 5AHLA 2WJZA 5EL1A 3C6CA 1DKWA 4XWUA 3ABQA 2PC4A 3EKZA 4YMZA 1E51A 3PUEA 4FNRA 3BW4A 2WNQA 3PR2A 3W1AA 2CZEA 1TREA 1CI1A 3L9CA 3QPZA 3G22A 5T26A 5FF4A 2TRSA 4PTNA 3M5VA 1LLZA 5H91A 3EWBX 4TU1A 3OG3A 1F2JA 4IMEA 2Y6ZA 4DXVA 3MHFA 5BMWA 2E5DA 3W75A 2Q8LA 1GJPA 5AHMA 3O16A 4LVAA 5CZTA 3W1XA 1MEHA 4IMGA 1TQXA 1NAL1 3W2MA 5LNSA 4UTTA 2H6RA 4WZHA 4N9DA 4L4MA 1FWSA 3NPXA 2YFOA 3W76A 1EIXA 3W70A 3HPZA 1XBVA 4BFAA 2C13A 1YDVA 3UQNA 4HNTA 1PHWA 3LCXA 3NQ8A 2RHGA 2CLIA 3W1LA 1EB3A 2C6QA 3HJZA 3QEZA 1K7FA 1LOSA 2HSAA 1S5TA 4WUIA 4W9TA 5K9DA 4IUOA 1OYAA 1Z48A 3L5LA 2RDWA 3PF3A 3UXAA 3W7CA 5I3GA 1KLZA 2ABAA 4E0CA 3S5NA 3LX9A 5LHFA 1VH7A 2ATSA 2I9EA 1TRDA 1C9DA 2NX1A 2A7NA 4KKXA 1JUBA 3CPRA 2OX1A 2DZWA 3GLCA 3TC7A 3NQEA 3NQ2A 3W83A 4UFIA 3PSVA 2ZRXA 1EWEA 1OFAA 2ZA3A 3NO5A 4GJ1A 5TQLA 4BR1A 3NA8A 3W7KA 2VENA 2OT1A 4H4IA 4MYXA 3SI9A 3P5ZA 2VFHA 4TMBA 3M43A 1SU5A 3UXDA 1ZAJA 1R2SA 1TV5A 3EWUA 1GEQA 5AHIA 3W73A 2FTPA 2NV2A 5LZLA 4MFEA 2ABBA 1R46A 1R2TA 4NJJA 3N34A 4Y96A 4N9CA 5A8GA 2VC6A 1XI3A 5F2LA 1WYIA 2GJNA 5D2XA 3RNDA 3VE7A 4YCOA 1KFEA 2Z1BA 3OVQA 1QR7A 2VEIA 3BG3A 1JRCA 4QJ1A 1DHPA 1MSSA 5D2YA 4BWLC 1EUAA 1PIIA 4WY0B 4AHPA 1L6YA 3AJXA 2ZZ2A 5G1TA 4FXSA 4Y90A 3LRKA 3EWWA 4LVBA 5U4NA 5AC8A 5I3FA 2C0AA 2VELA 4OQVA 2ZZ5A 4UTHA 3G24A 4ZZ9A 5CG7A 3S5YA 3PBUA 3IIXA 4MZ1A 4XZ9A 2CWNA 1HFBA 4O14A 5C54A 2NXHA 4O1AA 3WJZA 5CGQA 1OFDA 1O60A 5HULA 1GVOA 2FFCA 3MI6A 1YPFA 5D2TA 5TIMA 3QZEA 4FHAA 1XBYA 2H3BA 2E5BA 3TC6A 2JGQA 3GKFA 3LLFA 2CZDA 4QQ3A 3U6WA 3KVLA 3YPIA 3LXBA 1QPRA 3B04A 1A5BA 1VHNA 1VQTA 4POCA 4N02A 3WK3A 2E6YA 1PVNA 3C4UA 5I3JA 3TA6A 2YW4A 3C8FA 4M7TA 3EWZA 2JGYA 3HOJA 5L6UA 1R2RA 3S5OA 3MBFA 1W54A 1M7OA 3C2RA 2GQ8A 1QWGA 1XDMA 3G8EA 5DY3A 3LHVA 4RCXA 1NEYA 4AXKA 3IRDA 2QAFA 1OK6A 2AAMA 3NQ6A 1TPWA 4QM1A 1LBMA 4UTJA 5BMXA 4XBSA 2CZFA 2VKZG 4Z0JA 4X3ZA 1VC4A 3W7PA 1TJPA 3M0ZA 4GNJA 3G1YA 2R91A 5CSRA 1WAUA 1SFLA 3TAOA 4A21A 1S3HA 3NZRA 3LCWA 1KTNA 3KRZA 4LS0A 3STCA 3USBA 1MXSA 2RFGA 4RJEA 1F6KA 1AL7A 2KZHA 5AFDA 4JTGA 3O6CA 2Y88A 3R8RA 2WNZA 2YX0A 3R13A 3HG4A 3HGJA 4AMAA 2GPTA 5K4ZA 1H1ZA 2VOMA 1QCWA 4S1FA 3L0KA 2E77A 2FIQA 4NJGA 1EWDA 3O6DA 5LGXA 2HTMA 1N55A 1H7OA 3CC1A 5HNRA 1GYLA 4RXGA 3LGEA 4IGHA 3QJAA 3BG5A 5D2WA 1A53A 3GB6A 4Z1BA 3B03A 1OFPA 3B8DA 3NG3A 3W84A 2J27A 2V30A 1YDNA 1BWLA 4LV4A 1PCKA 2W0UA 4PODA 1TB3A 1W5NA 2O7QA 1ME7A 4OE7A 3G1HA 2HS6A 1SZFA 3S42A 5AC7A 1Q6QA 5F4XA 4RZ6A 4NQ1A 3M6YA 3SFKA 3WJSA 1J5TA 3P60A 4OBTA 3NL5A 4GWEA 5CPMA 4WQ6A 1W56A 4MJZA 5CZSA 2NWRA 3IV3A 4R33A 3LTPA 4XUGA 4AWSA 2A4AA 4YWIA 2E6DA 1R47A 2EPHA 1UCWA 4Z1CA 3STEA 4O10A 1LCOA 4Z08A 3P61A 5FF0A 5KITA 2VEMA 4QISA 3C52A 1TTIA 1H7RA 3I7RA 4JYFA 4K7YA 4LS2A 3T4CA 1AK5A 5DLCA 1FCVA 1NF0A 4K36A 3CLMA 1GVRA 3QMRA 5K9XA 3ZFHA 4RX0A 5DBUA 2QCLA 3RMJA 4HNVA 4K38A 5AHNA 2CLEA 2VEKA 4UTUA 3DI1A 1QFEA 2ZFAA 1BEUA 1QMLA 3THAA 2J9ZA 1JCYA 4MIMA 4UMCA 1B9BA 1T0OA 4N2YA 4KFOA 1VCFA 2V2HA 1NFBA 2R14A 2YR1A 2E6FA 1W5OA 2EKCA 4FEZA 3V1PA 4S2CA 4QSHA 3MHUA 3MMTA 1VPXA 2YDAA 2G96A 2X2GA 1OX4B 3QW3A 1A5SA 3DAQA 3NM1A 3UWVA 5SWUA 2Y61A 1Q6OA 4HIBA 1DQWA 5F1VA 1JCXA 3TCEA 1FCQA 1AL8A 4UFLA 4JTKA 2BTMA 5HWMA 4MKNA 4L4LA 4DO5A 1FBAA 4DF0A 5LNUA 1H63A 4CQ9A 3TAKA 3B05A 4N4QA 1JRBA 3L68A 3LHTA 3QQ0A 1OHLA 1H7WA 4MLJA 3KOFA 2Q3OA 2JKEA 4MVAA 4LWWA 3WFAA 3FS2A 3T40A 4WOQA 2YSWA 4UIOA 4ZQMA 3HPXA 3TMQA 4R53A 3P7YA 5I3IA 1TPFA 1J2WA 3FKKA 4UFJA 1JQVA 3PBYA 5GVJA 3BW2A 1QOQA 5AHFA 3W1TA 4XTIA 1K03A 3EX4A 3O6YX 2DZUA 3EKLA 4WOZA 4LUJA 1UBSA 4PA8A 4CQAA 2ZRWA 2BZNA 4Y6GA 4WD0A 2ZBTA 5I3KA 4WXZA 4Y8FA 4H6KA 4BWLA 4GBUA 1F5ZA 4NJKA 2DJLA 3WK1A 4NNCA 1I2NA 4PC8A 4ZQOA 1TSIA 4IMCA 1OK4A 1ZHAA 4HSOA 5FF3A 3A5VA 1EA0A 1I2RA 3GXPA 2ATMA 2FB3A 1ZALA 3E0IA 4IJBA 1VR6A 3GNDA 4M6VA 3GDRA 5KZMA 3NQAA 3TXVA 2Q3RA 1X1OA 1X8FA 4UTMA 4M7SA 1TTJA 2OT0A 3Q37A 3LOTA 4O54A 3PAJA 3P8IA 1GWJA 4KFPA 3FJLA 1PHQA 1YTKA 3S0CA 3F1QA 2OMAA 3PB2A 1F05A 3W3OA 2V81A 3LI0A 1OFBA 2DZXA 2V2CA 5AOUA 3PB0A 2EGZA 4JDYA 2P0OA 4JIQA 3LCLA 3PBVA 3E96A 1I8JA 1LROA 5AYXA 1UUMA 3TROA 3O07A 3OVPA 3UNDA 4FF7A 3W7NA 4X9SA 5BOOA 4E2BA 5E1QA 5C5YA 3G0UA 4O15A 4P2VA 3QPYA 3TUUA 2VFFA 1YTEA 2B4GA 1M5WA 3EXSA 3V75A 1ML1A 4O1CA 3INPA 3CEUA 3MI2A 4O52A 3RFAA 4RV8A 1FWNA 4O19A 3NOEA 2C14A 3LTSA 2AQWA 2ZCGA 3A24A 3C61A 3G1SA 3HF3A 4OV9A 5D09A 4DO4A 4O18A 1O94A 1SW0A 3OVRA 3DFPA 3CM4A 3NQDA 2GJLA 3QFEA 3LB0A 3EWXA 5IBXA 3FYOA 3W86A 3TKFA 4E38A 5E93A 2ZRZA 4RKAA 1KTBA 2TPSA 3BVJA 4OV4A 1G4EA 3LHUA 1M6JA 4MY9A 2H8XA 4C1KA 1A5AA 1B4EA 3L65A 2EAWA 3DBPA 4QNWA 5CPNA 3PUDA 2JKPA 2QCHA 2GOUA 1OABA 3OHIA 3G1FA 1XDLA 1LP6A 3BK0A 1ADOA 3KAOA 4XTDA 2FPYA 3TH6A 3EX1A 3SR7A 4JEQA 2Y62A 4E2DA 1XUZA 3N9SA 3BG9A 3H54A 4B5NA 1LDCA 1TPEA 4EF8A 3M1ZA 2QCDA 1T8XA 5IM51 4M6QA 3KX6A 2DZTA 4P61A 4NNAA 3EB2A 3C2VA 1UJPA 3CIWA 5KZDA 1GG1A 1VZWA 5CSSA 4R7JA 3MHGA 3QSRA 1GTEA 2WQPA 2ZRVA 3QMSA 4ADTA 1L6SA 1VS1A 3W1UA 4IQLA 1I4NA 2R8WA 5F4SA 4IOTA 5G2HA 4AH7A 1AW1A 1Q6LA 1TPC1 4Y9AA 7TIMA 3GDMA 2A6NA 3A22A 4LC6A 5HR6A 4HPXA 3LCIA 3TW6A 1JJKA 2ZRYA 4NZFA 2YZRA 4JTTA 2F84A 3M16A 3PG8A 3CEPA 1LM1A 4NNBA 4JTEA 1Q6RA 3EX3A 1KBIA 1H5YA 4LNYA 3GR7A 1QO5A 1XKYA 4NXKA 3B0VC 1ALDA 2DZPA 2I14A 4EIVA 3GIYA 2NZLA 1AW2A 2ZZ6A 4LTSA 1EP1A 1KFCA 4A3UA 3W7IA 3VE9A 5U7SA 1PL9A 4LOCA 3Q94A 1AG1O 3NYZA 2ZZ3A 3ZR4A 2ZYFA 4MZ8A 1XUUA 4TIMA 1SSGA 4WY0F 2NXGA 3MP3A 3RLVA 3VFLA 3MI3A 3PBWA 3UZJA 2TSYA 3TIMA 3W2KA 1YPIA 4GUHA 1QPOA 4TR9A 4ZQRA 2FJKA 3O63A 3W71A 5KMYA 3PY2A 1T96A 4FNSA 1I45A 4LC8A 3OA3A 4DEFA 5EPDA 1GVFA 2B7NA 1RQBA 1W5QA 3N2XA 1TRIA 4HHPA 4O16A 4U28A 5HQEA 1YADA 2Z6IA 3GYEA 3LXCA 1W3TA 3R5EA 4MYAA 1AW5A 3A21A 3KFTA 1LRNA 1KM6A 3G0XA 5G4WA 1SW7A 2Y7EA 4HKPA 3TX9A 2F7FA 3ABRA 1ZY9A 3NDOA 1CW2A 2C16A 3NQFA 3M47A 3B0PA 3KVMA 2FB2A 1JVNA 3MYOA 5MHBA 1OG0A 5AYYA 2VFGA 3KVJA 2Z6JA 2FPVA 3PVFA 3DHFA 3TQVA 1KBJA 3W1PA 3BPWA 2CLMA 3L21A 1DOSA 3W2JA 4CQ8A 1KM0A 1SSDA 1XC4A 5HINA 1NVMA 1WBHA 4IMDA 2NV1A 3TQ0A 1XBXA 3ATYA 1FWRA 2WNNA 4FB7A 3KRUA 1MEWA 2X1SA 1RQEA 3EEGA 3CQ0A 2V5LA 3TSMA 3A9IA 3G1XA 2QCFA 3LCGA 4JTSA 3FFSA 4KWVA 3MW7A 3GAKA 3W87A 2Y70A 1HO1A 4Q33A 1SPQA 3FJ6A 1LZOA 3NEVA 2QCCA 3CWOX 5D04C 5LGZA 2CZ5A 1OYBA 2QCDB 1LOLA 1Y0EA 2C1HA 3L66A 1FUYA 3I7QA 3OBKA 4O0KA 3HMJG 1OX4A 5F1UA 1TO3A 4JY8A 3W7GA 4FX8A 1ONRA 4O4VA 5DBTA 3TE9A 4IX2A 3GDKA 1O4UA 2W6RA 1K02A 5AB3A 3UWQA 3NM3A 3SIZA 5HUOA 4BI6A 1LBFA 2QAPA 4FNPA 3VNDA 5IBXC 1IXOA 1QAPA 4HN4A 4BK9A 2E1DA 3UWZA 2NX3A 4FX6M 3FOKA 3LRMA 5J5DA 4O28A 1G7VA 4X2RA 2NX9A 5LKYA 1KFBA 3S1XA 3TV8A 3JRKA 3NNTA 3W1MA 5D03A 4JICA 2H90A 2GVJA 3NAVA 4YCPA 4I7VA 3MO7A 4JTFA 2Z2UA 4UXDA 2YYUA 4DQWA 3STGA 4FIQA 4YXGA 1FDZA 1WA3A 3BLIA 3O1NA 4AHQA 1DL3A 3IEBA 4GC4A 2V2DA 4A2RA 4ORMA 1IXQA 4O8RA 2YCEA 1RV8A 2DP3A 5LNWA 5E0KA 4O4WA 3P82A 1W5MA 3GK0A 1UUOA 2XFWA 2EHHA 2QCEA 2QCMA 2NUWA 3DFQA 4X22A 1G4PA 2V0TA 2A21A 2FPTA 2QUUA 4PL2A 3HG5A 1FWWA 3LCHA 4YL2A 2BLEA 4G1KA 1TPH1 1FY6A 1HTIA 3W7QA 2HS8A 1ZFJA 1GG0A 4LY8A 3DHDA 2XN0A 4NXSA 3QQ1A 1YYAA 3M7WA 4NU7A 2C3ZA 3UY7A 1V7YA 1OF6A 3DU0A 1IXPA 3GKAA 1XBZA 5F2GA 2QJIA 3N73A 1VJIA 1KFLA 5EBUA 4LT9A 2BX7A 5A5WA 4UTLA 1R30A 3IVSA 1WDWA 3SZ8A 4GXMA 1HUVA 3TQKA 2QUVA 2J6XA 3NPVA 4QAIA 4JIPA 2WOQA 4TO8A 2BSLA 5EA9A 1GQNA 3WJXA 3P62A 1X1ZA 1I2QA 3KRSA 5DCBA 2WV8A 4MPQA 4O57A 2OZ0A 4GFSA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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