3ZJ7A

Crystal structure of strictosidine glucosidase in complex with inhibitor-1
Total Genus 179
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
179
sequence length
472
structure length
467
Chain Sequence
VVHRRDFPQDFIFGAGGSAYQCEGAYNEGNRGPSIWDTFTQRSPAKISDGSNGNQAINCYHMYKEDIKIMKQTGLESYRFSISWSRVLPGGRLAAGVNKDGVKFYHDFIDELLANGIKPSVTLFHWDLPQALEDEYGGFLSHRIVDDFCEYAEFCFWEFGDKIKYWTTFNEPHTFAVNGYALGEFAPGRGGKGDEGDPAIEPYVVTHNILLAHKAAVEEYRNKFQKCQEGEIGIVLNSMWMEPLSDVQADIDAQKRALDFMLGWFLEPLTTGDYPKSMRELVKGRLPKFSADDSEKLKGCYDFIGMNYYTATYVTNAVKLSYETDDQVTKTFERNQKPIGHALYGGWQHVVPWGLYKLLVYTKETYHVPVLYVTESGMVEENKTKILLSEARRDAERTDYHQKHLASVRDAIDDGVNVKGYFVWSFFDNFEWNLGYICRYGIIHVDYKSFERYPKESAIWYKNFIAG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Ligand Structures of Synthetic Deoxa-Pyranosylamines with Raucaffricine and Strictosidine Glucosidases Provide Structural Insights Into Their Binding and Inhibitory Behaviours.
pubmed doi rcsb
molecule keywords STRICTOSIDINE-O-BETA-D-GLUCOSIDASE
molecule tags Hydrolase
source organism Rauvolfia serpentina
total genus 179
structure length 467
sequence length 472
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.105: 3-alpha-(S)-strictosidine beta-glucosidase.
pdb deposition date 2013-01-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00232 Glyco_hydro_1 Glycosyl hydrolase family 1
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 3zj7A00
1V3LA 3NSMA 3ECQA 3VDCA 1UKTA 2YIHA 2FH6A 4BQ5A 3WMBA 2WBGA 4CU7A 4AISA 1H5VA 2GSJA 2XWDA 4CD5A 4PMOA 3AS1A 1UA7A 1B90A 4MB4A 4P8WA 5AYBA 1WZKA 1JD9A 2TAAA 3VILA 3VIPA 2O9OA 3TTOA 5BCAA 1GQJA 3VGFA 2BY1A 1ZBCA 3CZJA 1NWTA 3WKZA 4PN2A 1BG9A 1HKKA 1MW0A 3VX0A 2Y8VA 1WP6A 1B30A 1W3JA 4CD4A 2EQDA 1W9UA 1GQIA 4LYQA 2D0FA 2FH8A 2JEQA 2CETA 2WMHA 4HOXA 4NF7A 1VFUA 3BAYA 1PAMA 4KRTA 1XCWA 5EB8A 1V3MA 3IJ8A 4GO8A 3L4WA 4AC1X 7TAAA 1QI0A 3U7BA 5FL0A 2XVLA 1E6XM 3RILA 2EXOA 3BMWA 3UESA 2EJ1A 3ALFA 3VNZA 2OWWA 4NSBA 3WL1A 1AQ0A 5E6ZA 2VZUA 3K4AA 2F8QA 2XJ7A 3K8LA 5FL1A 1QNRA 1XYFA 4UFIA 4V28A 3ZT5A 3SCQA 3T09A 1OBAA 4JCLA 3HN3A 3AMLA 2BY0A 3WNLA 4D6FA 3N9KA 1E71M 4CN1A 1VFMA 4GQRA 4J3TA 3DECA 2X0YA 2XWEA 3QHNA 3WBAA 1C92A 4J3XA 1LLOA 1TUXA 1VF8A 4XZBA 1E6RA 1V6VA 3BH4A 3ZIZA 1CPUA 2WLZA 4PMYA 3AI0A 4P7OA 3BCFA 3MU7A 1EGZA 1J18A 3PZGA 5TD4A 3SCPA 2XUCA 2ZWYA 3ARRA 5JIPA 2DEPA 1DWAM 4HPGA 3WEOA 5IXEA 1JD7A 5M5DA 3VDBA 1GOQA 4AYSA 1ISXA 1OD8A 3RM8A 1UWTA 3W53A 3WH7A 3HMCA 1P6WA 1I1XA 2WANA 4Z2LA 4RE2A 1PEZA 1HIZA 1EIBA 3ARUA 3SCNA 2VCCA 1V6WA 1G94A 1UKOA 2JF7A 1OT1A 4D6DA 1HF6A 5IFTA 4LQ1A 5I0DA 1NWSA 2OYLA 2Y2WA 3N17A 3SCWA 3W0KA 4TOQA 1FOBA 3OGSA 5CPTA 1NP0A 4UQAA 5D8ZA 3CBWA 1VB9A 1HN1A 5M17A 3VMNA 2YJQA 4W8AA 1MFVA 1W3KA 1Q4NX 1WZAA 3AISA 4TVUA 2CKRA 4GPNA 5BXTA 2DSUA 4BZYA 1IZJA 3VIKA 1U33A 1UKQA 3MO4A 3WUBA 4U5IA 3HU7A 1V3JA 3MMUA 1SMAA 4MDPA 2VX4A 3A6OA 1TMQA 5EBAA 3RCNA 1TA3B 2VI0A 3AXHA 3B8SA 1CIUA 4PMDA 3U5UA 2BHZA 4ATWA 3D5HA 3KL5A 3VIIA 2VCAA 3SCUA 1US2A 3PZQA 1GOIA 2XFYA 1EOKA 2VZOA 2JEPA 4W7UA 5GNZA 3ZR5A 3CUIA 1JF6A 2XSBA 2W62A 1ZBWA 3RDKA 2UY5A 2E40A 4U3AA 3SUWA 3TOPA 4EAMA 3WENA 1UD2A 2XVPA 5ABHA 1XSJA 2DSVA 3MS8A 1BVZA 1J0ZA 4LPCA 5IFPA 2E0PA 3LPOA 3VIHA 1AQHA 4D6HA 1BGGA 1J0YA 3N13A 3CTTA 3POHA 2VL4A 5CSYA 1R7OA 5LA1A 2WSPA 1LL4A 3GXMA 3AICA 3CUJA 5LYRA 1CZ1A 2E3ZA 4EK7A 3KL0A 3WNNA 4MJ2A 4AZCA 3ZJ6A 2G4FA 2D1ZA 5CGMA 1QW9A 1G1YA 1KCKA 1IZKA 4AWEA 1E4LA 1XRVA 3L4YA 4MB5A 4BCEA 4J3SA 5I3DA 1AVAA 2E8YA 4D1IA 5CSUA 4MTVA 2J8GA 7CGTA 4W5ZA 1EQPA 3AMKA 2OWCA 3L4UA 3M6DA 1GOOA 3GDBA 3VD9A 3T2QA 5E0FA 1S46A 4B15A 4A3YA 4X9YA 1CWYA 1ITXA 2CHOA 1CGYA 2DH2A 4LXFA 3W25A 3GM8A 3ZJ7A 2OSWA 4MB3A 5EFFA 4B16A 4F66A 5A8NA 3UEQA 5EFDA 3VD7A 4HU8A 3WDQA 2VX6A 1UZ4A 1E6PA 2W92A 3DYOA 3FW6A 1K9TA 5D9MA 2WMIB 4AD2A 1FHDA 3K4DA 3MSDA 2G3JA 3OB8A 2VX5A 1OM0A 4HMDA 4PEEA 4GZJA 2WM0A 1WE5A 5BWFA 1CGWA 4QP0A 3EBVA 2WXDM 2WWCA 4WJXA 2UY4A 1QBBA 1L0PA 3KE0A 3A4WA 3WQ6A 5A94A 2J7BA 3GXDA 5JBFA 3MV01 1KBBA 5A8MA 4AZBA 4U33A 4YPJA 1XGZA 4MNLA 4N42A 5FIPA 5A2CA 1JI2A 5E9AA 1ZBVA 3W81A 4W7VA 3K46A 2PBGA 3RO8A 3ZSSA 3MUAA 3ARPA 4UQDA 5CQ1A 1ZJBA 2WLYA 3S6TA 1X6NA 4GO9A 5HDRA 4CU8A 2CCRA 4JIEA 1EDTA 2D3NA 4HZ8A 3GBDA 3M07A 1UWIA 3O6AA 5A69A 5GQBA 2J47A 3VGGA 1LL7A 3GNOA 4TVCA 5IHRA 1NARA 4YHEA 4ZE5A 4GINA 2A3EA 2DIEA 1UH2A 2O9PA 1CBGA 4Z2GA 1ZS2A 5LA2A 3B9EA 1GQKA 1UYQA 4PSPA 3CZLA 1NWRA 4PMNA 3FAWA 1VJSA 2XIBA 1US3A 3PBGA 5C71A 2PI6A 4DM1A 1I1WA 1WDSA 1CXLA 2EPKX 1HJQA 1QI4A 1QI2A 3WDHA 1LJYA 2V5DA 4V27A 2CBVA 3BXWA 3N04A 1DWGM 1E15A 3ZM8A 3I3DA 3UETA 3RPMA 5DEZA 1HL8A 3IAPA 4MAVA 1X6LA 4MPKA 3GXFA 3WELA 4ACYA 1U30A 4PSRA 1XD0A 4ZENA 1GW1A 6TAAA 4X0VA 1MXDA 2WBKA 4JFSA 3WD2A 4UFKA 4QLLA 3T0AA 1J11A 1C7SA 3WFZA 1FH9A 2J7DA 2VCBA 4UFJA 1XHGA 4N0RA 3O9NA 1CXHA 5D8WA 2XPKA 4UZUA 1WPCA 3MUIA 1OT2A 1WZMA 3SCOA 1QOXA 1EHNA 3L4XA 4FF5A 2PWEA 3OLEA 3UR7A 3EMQA 5CLTA 3SUSA 1WB0A 4P7LA 1F4AA 4U2YA 1UWUA 5A6BD 3BLKA 2QPSA 2YDSA 3CIVA 3MANA 2QV4A 3AZSA 3AS2A 2WWDA 1VFOA 1OWQA 1W9DM 4QLKA 4AIOA 5KEZA 1V3HA 1ZB5A 2ZE0A 3WMSA 1WNOA 5A6BA 3CGTA 2V3EA 2NT0A 1HVQA 3LPPA 1R85A 1HXJA 4MNKA 1CENA 4FLOA 1EO7A 1VJZA 5JBEA 1GHRA 5I5RA 1LL6A 2X1IA 3GH5A 2DT2A 1DP0A 1PIGA 1TA3A 2BS9A 4ZXLA 1UZ1A 4H7VA 2ZX8A 4IPNB 1GJWA 2DSKA 5F7UA 1WCGA 2WMFA 5A2BA 4OUEA 2EPNA 1M7XA 3F5JA 1WZLA 1KXTA 4AZGA 4D6GA 1BLIA 1LWHA 1KBKA 4UNIA 1E1FA 3OZPA 1PBGA 3PZOA 1EA9C 2CBIA 2WAGA 1D7FA 3WQ4A 2BFGA 1QPKA 1B2YA 4AIUA 3PZUA 2YKKA 3ZSTA 2WC4A 1VIWA 3WDPP 1ESWA 1GQLA 2J62A 4TXEA 2GK1B 5ABFB 4U3CA 2J7FA 1XYZA 1C90A 2A3AA 2YL5A 4AD1A 2YL9A 2CEQA 1TVPA 3FY1A 4WLCA 3VX1A 2QMKA 2ZUSA 1UQYA 4UR9A 3THDA 4UOJA 2W91A 3VIOA 4RL3A 4GI9A 3OA5A 2ZUWA 4C7FA 3IK2A 3WQ8A 2G3NA 2VVSA 5DMYA 1R87A 2XFFA 4F8XA 1GOKA 1JYXA 3G6MA 4W93A 4BF7A 3AIWA 1HL9A 4P8VA 1RH9A 4W7WA 2CITA 3GNRA 2WB5A 4J3UA 2XSAA 3VUPA 1E73M 1J12A 4BQ4A 2BXYA 1WAWA 1H1NA 5HPCA 1IV8A 2BHUA 1UQZA 4HU0A 1AQMA 1DWJM 3VINA 4F9JA 3AIBA 5DT7A 1OINA 1GOMA 1N82A 1MQQA 3GYCA 3MKKA 2WMIA 1LG2A 2GUYA 2IXUA 3WH9A 4ATDA 4CU6A 3RJXA 3CO4A 3WNKA 2DSZA 1EO5A 3LMYA 4JZ5A 4Q22A 3UCQA 4D6JA 2WCAA 5A6KA 4HZ6A 3IJ9A 1C91A 3TTSA 3AIUA 2WVSA 4DWSB 2IUZA 1B9ZA 4P7NA 3ZOAA 1BPLB 3SCTA 4J27A 4Z2JA 1E40A 3TP4A 4E8CA 5HBFA 4GIAA 1W1PA 1H3GA 1JXKA 1MFUA 1W91A 4CVWA 1JZ8A 4JHZA 1E6QM 1BHGA 5D4YA 3RIKA 3WY1A 4OZOA 5FOOA 1V3IA 1JNDA 1ECEA 4H04A 4FLSA 2VNCA 4M82A 1BAGA 2X05A 2D2OA 1DWIM 1W9BM 3VD3A 1BG4A 4CCCA 3UERA 2C8NA 1E5JA 1GCYA 1XCXA 4YN5A 1VBRA 1UWSA 2J7EA 3TA9A 4NZCA 1PX8A 2WMGA 2ZWZA 2YA1A 1R7AA 2XTKA 4MNJA 3GH7A 3UG5A 1QHOA 3SCRA 2JE8A 1HNYA 4JKMA 2YBTA 1BYCA 3WDRA 4PYSA 5I2UA 1M01A 1NM9A 4UQCA 2HISA 4M81A 1GZJA 3VVGA 1GNXA 3PHAA 1GHSA 3GTNA 1MYRA 2WVVB 1BSIA 4W88A 2ZUNA 1DWHM 3B9AA 2VRKA 1KGWA 5AY7A 4LYPA 4ACZB 4FLQA 1Q6CA 1PIFA 1HJXA 1QI3A 5C8BB 3II1A 1UHVA 3FHAA 2D24A 1RD6A 5CPSA 3GH4A 5HOSA 2YOCA 3DHPA 2VTFA 2X0HA 4AZ7A 4TTGA 2BNJA 3N12A 1WO2A 1JDAA 4D1JA 1XC6A 3VTRA 4PMQA 4PRWA 4V2XA 4PUDA 2A3CA 1W3LA 1KGUA 3AMDA 3OG2A 2ZXAA 1UH3A 2V3DA 5A3HA 3NIYA 2VZVA 3K8KA 1HJVA 1B1YA 5CLWA 2RGMA 1UR8A 2BV9A 3GXIA 2V38A 3QHOA 1CEOA 2XVKA 1QI5A 2YDQA 4DM2A 3SIMA 4XUYA 1M03A 5JBDA 3VM5A 1BYBA 4AD0A 4E8DA 1W2VA 5I78A 3VGBA 3PZNA 2ZUUA 3OGRA 4P7QA 1JYNA 4J3VA 4B9YA 3AYRA 2WMJA 2J8FA 3ZR6A 3WDJA 1GONA 5AYIA 2BVTA 5BROA 1PX3A 1CXKA 2EBNA 2GJXA 4LGXA 1OIMA 4OBRA 3AZRA 4X0NA 4Z2IA 5GPRA 3BLPX 7A3HA 3NCOA 3W6LA 4Y7EA 2XVNA 4H8HA 1EXPA 4M56A 8A3HA 3W24A 2E9BA 2D3LA 3OBAA 5E09A 3K1DA 4CKQA 2G8ZA 3KL3A 1CLVA 3UG3A 3I3EA 5A8OA 4MAZA 3VMOA 1BFNA 4PTMA 1H2JA 1UG6A 4UFLA 3CLWA 2JFEX 4AZ6A 3WNPA 1D2KA 4E4PA 3L4VA 3DYMA 2ZXQA 1V6YA 2YDRA 4OIFA 4ZXOA 1BVNP 3FHQA 2Z1KA 3AHZA 3WL0A 1CGUA 1CGVA 4TUFA 5EMYA 2ZICA 3G6LA 1PX4A 1VRXA 2WZEA 2J79A 5D9NA 2GDUA 3FNDA 3BC9A 9CGTA 3WUGA 4PMRA 1UA3A 2CNCA 3OIHA 4PCSA 3EYPA 4LX4A 2GK1A 2ZX7A 3AYSA 3GNPA 1EDQA 3WD4A 2ZXBA 3OLGA 3WH8A 2WKGA 5A2AA 3WFLA 1V03A 2O92A 4QDMA 5AC5A 2D22A 3VIGA 3U57A 2WHKA 1M04A 2J7CA 2CERA 4FLRA 4WSJA 4AIEA 1JI1A 1HKJA 3ARTA 4HOWA 1MQPA 1XH1A 2CBJA 1UD6A 2E4TA 3IAQA 1LWJA 3MMWA 4UQEA 3ZO9A 4E2OA 2WHJA 2G3IA 3RJYA 3WD1A 4P8XA 1H0IA 3A4AA 1DEDA 2OSYA 4U2ZA 3CUHA 1UOKA 2OYMA 4WKFA 2WW5A 1W1YA 3VDAA 1CXIA 2VJXA 3D3AA 1TVNA 5FD0A 4DWSD 3CZGA 4KRUA 1R86A 2QPUA 1DHKA 3KZSA 2J78A 1PZ2A 1FP9A 1KGXA 1B3WA 2VQTA 2Y5EA 1V0KA 1L8NA 1CXFA 1MW1A 3NSNA 4OOZA 5A8QA 3BAJA 3DHUA 3AIEA 3N18A 1TG7A 4DWSA 5E70A 3W6MA 4W85A 3VIFA 1FP8A 1J0KA 1H09A 4WKHA 3U5YA 4K68A 1ZBKA 2ZX5A 1QNPA 3PTQA 3WQ5A 1QHZA 5CZKA 5A6SA 1QW8A 1E72M 3MV11 3MUZ1 4M80A 2VR5A 3EDFA 1CYGA 4AY1A 2Q8XA 1CECA 2W67A 1NP2A 1QHPA 2CHNA 2FHCA 1RP9A 3A3HA 3L2LA 1KXHA 3WEZA 3AIVA 1BF2A 3T08A 1BGAA 4L4PA 3AS0A 2ZUTA 3AROA 4HA1A 1GVIA 2AAAA 2VOTA 4RE4A 2WKLA 1HKMA 1HVXA 2OSXA 2PC8A 3NDYA 5BXRA 2NW0A 2UY2A 3CZEA 4AD4A 5I24A 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1V3L A;  3NSM A;  3ECQ A;  3VDC A;  1UKT A;  2YIH A;  2FH6 A;  4BQ5 A;  3WMB A;  2WBG A;  4CU7 A;  4AIS A;  1H5V A;  2GSJ A;  2XWD A;  4CD5 A;  4PMO A;  3AS1 A;  1UA7 A;  1B90 A;  4MB4 A;  4P8W A;  5AYB A;  1WZK A;  1JD9 A;  2TAA A;  3VIL A;  3VIP A;  2O9O A;  3TTO A;  5BCA A;  1GQJ A;  3VGF A;  2BY1 A;  1ZBC A;  3CZJ A;  1NWT A;  3WKZ A;  4PN2 A;  1BG9 A;  1HKK A;  1MW0 A;  3VX0 A;  2Y8V A;  1WP6 A;  1B30 A;  1W3J A;  4CD4 A;  2EQD A;  1W9U A;  1GQI A;  4LYQ A;  2D0F A;  2FH8 A;  2JEQ A;  2CET A;  2WMH A;  4HOX A;  4NF7 A;  1VFU A;  3BAY A;  1PAM A;  4KRT A;  1XCW A;  5EB8 A;  1V3M A;  3IJ8 A;  4GO8 A;  3L4W A;  4AC1 X;  7TAA A;  1QI0 A;  3U7B A;  5FL0 A;  2XVL A;  1E6X M;  3RIL A;  2EXO A;  3BMW A;  3UES A;  2EJ1 A;  3ALF A;  3VNZ A;  2OWW A;  4NSB A;  3WL1 A;  1AQ0 A;  5E6Z A;  2VZU A;  3K4A A;  2F8Q A;  2XJ7 A;  3K8L A;  5FL1 A;  1QNR A;  1XYF A;  4UFI A;  4V28 A;  3ZT5 A;  3SCQ A;  3T09 A;  1OBA A;  4JCL A;  3HN3 A;  3AML A;  2BY0 A;  3WNL A;  4D6F A;  3N9K A;  1E71 M;  4CN1 A;  1VFM A;  4GQR A;  4J3T A;  3DEC A;  2X0Y A;  2XWE A;  3QHN A;  3WBA A;  1C92 A;  4J3X A;  1LLO A;  1TUX A;  1VF8 A;  4XZB A;  1E6R A;  1V6V A;  3BH4 A;  3ZIZ A;  1CPU A;  2WLZ A;  4PMY A;  3AI0 A;  4P7O A;  3BCF A;  3MU7 A;  1EGZ A;  1J18 A;  3PZG A;  5TD4 A;  3SCP A;  2XUC A;  2ZWY A;  3ARR A;  5JIP A;  2DEP A;  1DWA M;  4HPG A;  3WEO A;  5IXE A;  1JD7 A;  5M5D A;  3VDB A;  1GOQ A;  4AYS A;  1ISX A;  1OD8 A;  3RM8 A;  1UWT A;  3W53 A;  3WH7 A;  3HMC A;  1P6W A;  1I1X A;  2WAN A;  4Z2L A;  4RE2 A;  1PEZ A;  1HIZ A;  1EIB A;  3ARU A;  3SCN A;  2VCC A;  1V6W A;  1G94 A;  1UKO A;  2JF7 A;  1OT1 A;  4D6D A;  1HF6 A;  5IFT A;  4LQ1 A;  5I0D A;  1NWS A;  2OYL A;  2Y2W A;  3N17 A;  3SCW A;  3W0K A;  4TOQ A;  1FOB A;  3OGS A;  5CPT A;  1NP0 A;  4UQA A;  5D8Z A;  3CBW A;  1VB9 A;  1HN1 A;  5M17 A;  3VMN A;  2YJQ A;  4W8A A;  1MFV A;  1W3K A;  1Q4N X;  1WZA A;  3AIS A;  4TVU A;  2CKR A;  4GPN A;  5BXT A;  2DSU A;  4BZY A;  1IZJ A;  3VIK A;  1U33 A;  1UKQ A;  3MO4 A;  3WUB A;  4U5I A;  3HU7 A;  1V3J A;  3MMU A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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