5KZM | Genus

Total Genus 80

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	80
sequence length	269
structure length	260
Chain Sequence	MTNRYTTLFANLEKRNEGAFIPFVTIGDPNKALSFEIIDTLVSSGADALELGIPFSDPLADGPTIQEANIRALESGITPKDCFDILTKIRAKYPHIPIGLLLYANLVYANGIENFYQKCLDAGVDSILIADVPAHESKEFRDIAKKVGIAQIFIAPPDASESTLKQISELGSGYTYLLSRVGMPVEDVLTKLREYNAPKPVLGFGISKPEQVQQAIKAGAAGAISGSATVKIIQNNISNKQKMLNELTYFVKEMKAATLN

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase
source organism	Francisella tularensis subsp. tularensis
publication title	Crystal structure of Tryptophan synthase alpha-beta chain complex from Francisella tularensis rcsb
molecule keywords	Tryptophan synthase alpha chain
total genus	80
structure length	260
sequence length	269
ec nomenclature	ec 4.2.1.20: Tryptophan synthase.
pdb deposition date	2016-07-25

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00290	Trp_syntA	Tryptophan synthase alpha chain

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	5kzmA00

3AO0A 4UMCA 4UMAA 4PA8A 1UCWA 1EWEA 2AAMA 1FDJA 3CU2A 3EKLA 4JY8A 2CLHA 2G97A 4JX6A 4FHAA 4S2CA 1GYNA 3UXDA 4P2VA 4N2YA 1VHCA 2Z6IA 4MPQA 2ZFAA 1WQ5A 1XL9A 1G67A 3WJZA 3BLEA 1H7PA 1OYBA 3CLMA 1SZEA 3UPBA 3LXAA 1CI1A 2DP3A 4ZQPA 2YGYA 3NQEA 3LERA 3W71A 3G1XA 2FTPA 1WX0A 4IMDA 5HUPA 4NJKA 2RDWA 3NQGA 3WK3A 3WFAA 5C2XA 1TPB1 3CEUA 1W5OA 1H61A 3ABOA 2YZRA 2B7QA 3NNTA 1NFBA 2DORA 3P8JA 2TMDA 4J9JA 1L9WA 5HJLA 1XBVA 4Z0SA 2YR1A 1AK5A 4OWGA 5FF0A 3W7PA 3G0XA 4Y6GA 4O13A 1I2OA 3M5ZA 2WPBA 2ATSA 3NQVA 4N02A 3W2UA 1QCWA 1VQTA 4IPIA 1LRQA 3GB6A 4WXZA 4I7WA 2BSLA 4MFEA 4LUJA 1RR2A 3W2JA 1X1ZA 2WOQA 2ZZ3A 3T40A 5GVJA 2YSWA 1ICSA 3KVMA 4LOCA 1EUAA 3W7KA 3PUOA 4LNYA 3KHJA 3BW2A 3W73A 3PSVA 3R8RA 2X1UA 5F2GA 5E93A 1OABA 2E5DA 4M7SA 1OFRA 3W7LA 4NJJA 3P7YA 4NJIA 5I3IA 1LOLA 5HR7A 5CGQA 4W9TA 1CX9A 1XCFA 1W3NA 1DKWA 1K8ZA 1TPWA 1I2PA 2PCQA 1GVOA 3W85A 1O4UA 1SR9A 3OEXA 2CLOA 1H7NA 3HPSA 1XBXA 1KM6A 3C6CA 4O18A 3QSTA 2WKJA 4N9EA 3MJYA 3NZ1A 2RDUA 2WJZA 3W7JA 1TYGA 2DJLA 1FX6A 2NX3A 1T0OA 1TPEA 1SUXA 1GVFA 4MJZA 3W2NA 3NGJA 3PAJA 4FEZA 1W5NA 3MP5A 3IIVA 1FWWA 3TK7A 4XBKA 4TMCA 3ABSA 1A5CA 3L66A 2ATMA 1AW1A 1I2NA 2OT0A 4RZ4A 1X7FA 1ME7A 3W86A 1I45A 2VFDA 3DKJA 2RKXA 2A0NA 1G7VA 1FXPA 7TIMA 5LZLA 1K7XA 4LV4A 1VC4A 3MI3A 2ABBA 3MHUA 2B4GA 2QCDA 1H62A 3P5ZA 2A2IA 3BPWA 1ZNNA 4KFPA 2ZRVA 2I14A 1D9EA 4WXYA 4IXHA 4NZJA 2Z2UA 3W7DA 4GFSA 4Q32A 1IXNA 3UWZA 2A1YA 3FYOA 5F2LA 3FYPA 3IRDA 1KFBA 1D3GA 1JUKA 3GNDA 2B0MA 5BNKA 1Z41A 4Z1BA 3P67A 3R13A 1W3IA 1B57A 2QUTA 3FIGA 4IPJA 3KRUA 2PE4A 3IIPA 2GQ9A 4AWUA 3CEPA 4HPJA 3SGUA 1W5QA 3G1HA 3BW4A 1C29A 3W7EA 1XM3A 1XDLA 4UFMA 1UASA 2DJXA 4MZ8A 5IM51 1T8XA 3P84A 4JIQA 2PRLA 3DFQA 3SR7A 4CQ8A 1KFLA 1ALDA 2GVGA 4CQAA 1MEHA 3W7QA 5BOOA 1MXSA 3EWUA 3NPUA 4LT9A 2QCLA 2QUUA 4GBUA 2HTMA 1EEPA 1QNVA 1WDWA 2Y88A 2V2DA 3GXTA 3PSWA 1K3UA 4AH7A 5LNSA 4JEQA 4BI7A 3M16A 3TAOA 4UFJA 5FEZA 2ISVA 1Q6QA 4IQLA 1OFEA 2YX0A 3UXAA 2ZA2A 4XTIA 5G4EA 3NQCA 4IUOA 4K7YA 4FNSA 4XUGA 4XKYA 3V75A 3UNDA 1VLIA 4GRSA 3BG3A 5LNRA 3MYPA 1NAL1 2R94A 1KM4A 2C18A 3PM6A 5F2MA 3GXPA 4WZHA 4Y9AA 3TCEA 4JYFA 1C9DA 5HINA 1LM1A 5D38A 4HSNA 1OX4B 1PE1A 4FNTA 3ATYA 4Y8FA 3PULA 4K6AA 1YXYA 3W3OA 2NV2A 2WQPA 2VFEA 4RXFA 2E5CA 4CNOA 5G2HA 4EF8A 3S5ZA 3LI1A 3W88A 3PBVA 1JCMP 3O6DA 3ZWTA 1KLZA 2Y89A 3HO8A 2NWSA 1FUYA 3O1NA 1VS1A 3O8AA 4UNKA 1FWNA 1NEYA 4NZFA 2QAFA 2VENA 2OZ0A 1F73A 2E6DA 5AHMA 4CCDA 1JCNA 3MYOA 3N3MA 1WBJA 3KRSA 4O53A 4UTTA 3S1WA 3KFTA 3IIXA 5LNWA 5KZMA 1VCFA 3JS3A 2DZTA 5FF3A 2OMAA 4U4MA 1XBZA 5AHFA 3TU9A 4S1FA 1LYXA 1M6JA 1O95A 3CIWA 1XUZA 3MO7A 2EAWA 4UFKA 5BMXA 3QZEA 4DBEA 3O6YX 1SZNA 4Z1CA 1NF0A 5DCBA 3USBA 2WNQA 1UB3A 4X3ZA 4UUIA 5HUOA 4PCFA 2QCHA 4O28A 4OU1A 5H91A 3LLDA 4JR5A 5ABTA 3H54A 3K30A 3W7OA 3MBDA 5BW6A 4N9CA 1LOSA 4ORMA 1QR7A 2P10A 3NZRA 3GDRA 4QM1A 1OFPA 1LBMA 1JUBA 2C1HA 1IGSA 3TA6A 3DI0A 2GPTA 3LHYA 4X9SA 1AW5A 5CSRA 4JICA 3F1QA 3NQFA 1FWRA 4OQVA 5AN7A 1VR6A 4MOZA 5IBXA 4QJ1A 1OFQA 1VJIA 1N55A 1J5TA 5CZ0A 5K4ZA 3M7WA 2QUVA 4O57A 4GNJA 1IF2A 3NR0A 5J5RA 4QAIA 1SSDA 3TQVA 1QPRA 1HTIA 4ADUA 5HR6A 4ML9A 3Q2DA 5HWNA 2XN2A 3E9AA 3BK0A 4DBDA 1T96A 1THFD 1TQXA 3JR2A 3E49A 3QSRA 2ZRZA 3PWAA 3TE9A 3NG3A 4BI5A 2KZHA 3LCWA 3OA3A 1VZWA 5KZDA 1KFJA 2FPVA 3SZ8A 3QF0A 2YW4A 3GLCA 2DU2A 3TFCA 3W2MA 5AB3A 5HWJA 4GJ1A 4TMBA 1GJPA 1KLYA 4ADSA 4OV9A 2E6FA 1DJNA 3I7SA 3SGZA 1Q45A 3CIXA 3L5MA 4LVDA 2QCDB 3BGGA 2PRHA 4JNMA 4MYXA 4K37A 5DY2A 4JTHA 1OVDA 3W7CA 4HT3A 1OJXA 3E96A 1I2RA 1QMLA 1WAUA 3EX6A 2E5BA 1F74A 1PHQA 3MWAA 5AC7A 3QMRA 1GYLA 4I7UA 1ZENA 3S9YA 2FB3A 1PVNA 3M1ZA 1LRNA 3TXZA 4DO5A 4UFIA 4A2SA 3IVTA 4PFMA 3TFXA 2J6XA 3ATZA 3I68A 4EWND 1U83A 2YCEA 3PG9A 2JK2A 1WV2A 1M7OA 1FWTA 1FCVA 4PODA 4AXKA 2EHHA 5FF2A 3IVSA 5G5IA 1BTMA 4UTTC 4AEOA 3ABRA 1UJPA 1V7YA 1CW2A 5KINA 3GAYA 1AL7A 1FDYA 2H90A 1A5BA 3IIOA 4KFOA 4O4WA 1S3HA 3C2EA 2PC4A 3PUEA 4MJMA 2CLLA 2ZTJA 3C61A 1YADA 2A85A 3CC1A 3WJYA 3GDKA 4PTNA 3TAKA 2ZZ5A 2VXNA 1LROA 1YPFA 1W37A 3QQ0A 3OVRA 1KTNA 1UUMA 4NU7A 3TSBA 1LDCA 3DZ1A 3CWOX 3OG3A 1R46A 3NL2A 4OE7A 4YMZA 2CU0A 3MBFA 2V81A 3C3NA 3W07A 5HWMA 4QNEA 4D2JA 4XKYB 4UFHA 1OX5A 2E68A 3PS7A 1EP3A 4JTKA 4Z08A 3SECA 4O54A 1MSSA 4FX7A 1SZFA 4IX0A 3O15A 3SY5A 3TDFA 3NOEA 1ZAHA 2RDTA 4UNLA 3TIMA 4TU1A 4WY0A 5EBUA 2Y63A 3RF9A 3ZS4A 4BF9A 1KM2A 3L5AA 1KM5A 2ZBTA 3UWQA 3W1LA 3LCIA 3W84A 1KV8A 2VEMA 5EL1A 4FNRA 3M5YA 2NUXA 1Q6RA 5AHEA 1XDMA 4FIRA 3V1PA 1W3TA 2TPSA 4O1DA 3C56A 3TW6A 5CPNA 4DPQA 4DPPA 1FXQA 4XQ6A 1SU5A 1GQNA 3YPIA 4NJGA 2J9ZA 4LY8A 1P0KA 5BMWA 4LVGA 1HFBA 1ML1A 2YFNA 5AHNA 2J27A 4DEFA 2IQTA 5C6MA 3DI1A 5K4XA 1FDZA 1XXXA 1VGAA 4AAJA 2FFCA 5K9XA 1VCVA 1TMHA 2VC6A 1W5MA 2VELA 3UY7A 2VOMA 1R2TA 1JR1A 3B04A 4JGDA 4ZQRA 5D2WA 3LHZA 4JTTA 4O4VA 5DELA 3TJLA 4CQ9A 4RXGA 1DL3A 4XWUA 5KSWA 4HNVA 4BK9A 3PF3A 2XN0A 1QDSA 4PH6A 2P1FA 5DCDA 1KM0A 4HN4A 1SO4A 3B0VC 1ZAJA 4JTIA 4JTUA 4HNNA 5FF4A 2FLIA 1ZFJA 3N73A 1TB3A 4Q33A 4JIPA 5D30A 4AWTA 4IXXA 3FJLA 4PC8A 4ZQNA 4MLRA 5CKSA 3MUXA 1MEIA 2QR6A 2ZZ1A 1AW2A 2TYSA 2H8XA 2V8ZA 2OX1A 5AOUA 1IIGA 4H4IA 2VKZG 4FNPA 4EOUA 5EY5A 5HULA 1IXOA 3KAOA 4FB7A 5LGZA 1ICPA 4RX0A 1SW0A 3G3MA 3UWYA 4UTHA 5AC8A 3B0PA 3M0ZA 4BWLA 1GVSA 3S0CA 1QO2A 2JGYA 5D33A 3FOKA 3E02A 1JRCA 3DFTA 1L2UA 3EKZA 3B0UX 3NPWA 3H53A 3FS2A 1QAPA 3W83A 1H60A 1H51A 3IGUA 2NV1A 3EWWA 1X6UA 5CPOA 5F2IA 3G3DA 4UTKA 5CZSA 2R14A 5DBUA 4M7TA 4N9BA 1RVGA 5U4NA 1LCOA 3QW3A 3L65A 3QMTA 3LV6A 2ZZ7A 4RLIA 1SSGA 3G1AA 1JJKA 1LLZA 3QPYA 1TPH1 5I3FA 5C55A 2NXHA 3HG5A 1W8SA 4JYDA 4EIVA 4FNQA 1WOBA 1H7WA 1H63A 3W1NA 3VE9A 5FEXA 2Q3OA 1TIMA 4UTWA 4MZYA 3TQKA 2CZDA 4ZL1A 2JGQA 3NM3A 4Z1DA 2RFGA 1TTIA 3GXNA 1B4KA 2NXGA 2YXGA 4A21A 1FCBA 1DHPA 3LX9A 5I3GA 4O15A 5G1TA 3NL3A 4LUIA 4ZMGA 3W1XA 3BGJA 3Q94A 3W1MA 1X1OA 3STFA 1KM1A 2QKFA 2YYUA 5LSMA 4N4QA 1AL8A 4OGZA 5LNUA 1Z42A 5TQLA 3LCLA 1ZHAA 2ZRUA 1TV7A 2UV8G 3TXVA 3STCA 3LHVA 3LHUA 3DGRA 3L67A 2PRMA 5EKYA 1P4CA 4QITA 2JKPA 2V5LA 3BW3A 5HNRA 4BR1A 3EX3A 3LRMA 3VKJA 2A6LA 5HMSA 1W31A 2QCCA 4R33A 5LNVA 2QDHA 4B5NA 2WSYA 5KITA 5U7SA 5D03A 4EVZA 3P61A 4O12A 3ELFA 4JX5A 3GR7A 1KA9F 1ME9A 3DXIA 1EWDA 2C16A 4P61A 3HOJA 3FLUA 1F7BA 2BWGA 2CZ5A 3A23A 4GUGA 1B3OA 5E1QA 3CTLA 3G1VA 5EMUA 3HG2A 3D0CA 4QISA 4DO6A 4C1KA 1N7KA 5H2ZA 3AJXA 1OK4A 2QEZA 1DOSA 4GC4A 3GK0A 3A5FA 1RZMA 3W75A 2C6QA 3EWZA 4IX2A 5D04C 3DENA 4YCOA 1ICQA 1SW3A 4R7JA 1JCYA 1PV8A 1TTPA 3LTYA 4M6PA 4WY0B 3W87A 1PIIA 5DY3A 4JTLA 3LXBA 4RR4A 2I1OA 4AB4A 3GDMA 4BWLC 3WK2A 2Y7DA 4UTMA 3A5VA 3UWUA 4NX0A 3L0GA 5LHEA 1TV8A 3P5YA 3L0NA 2YFOA 3MHGA 1RV8A 5TIMA 2TRSA 1VYSX 3DFPA 3N34A 1WYIA 2EKCA 4BI6A 2QCFA 1HUVA 1SO6A 1YDVA 3CT7A 4H3DA 4MIMA 4MKNA 4E2BA 2FDSA 5D2VA 3NQMA 5K2ZA 2C3ZA 4DXVA 1TPC1 2CLIA 3KVLA 1HO1A 2BTMA 2Y61A 2X30A 1H7RA 3P81A 2FQIA 4IMEA 3QW4B 3B03A 1ZCOA 1LP6A 1OK6A 4JD4A 3PG8A 5SWUA 1GG0A 3TC7A 2OT1A 3P82A 3S42A 3HGRA 1Z48A 2E6AA 3T44A 1TO3A 2GQAA 3QMSA 3EWYA 4LVBA 4S2BA 3L0KA 2WSQA 1LTDA 4ADTA 4IOTA 2ZZ6A 4KWVA 5KTLA 4E2DA 1O60A 1GVRA 4N6FA 1B4EA 3W6YA 4UIOA 1Z44A 5CPMA 2DZWA 4UTWC 1V5XA 5FF7A 1UUOA 2GVJA 5AHLA 5DXYA 3G18A 3ABQA 1N8FA 6ALDA 5I3HA 3ZFHA 1GZGA 2HS8A 5L6UA 4AHOA 3LLFA 1VCGA 3ANYA 2GVLA 3TMQA 3FKKA 3HIJA 2FPYA 3LCFA 5AHIA 4JS3A 4QSHA 3MI2A 4MVAA 1XI3A 1H5YA 4LS1A 1OX6A 4NXKA 1VPXA 3VCRA 1R2RA 3W22A 1O5KA 4CLMA 5CSSA 4N9DA 1DQXA 1DJQA 3QM3A 4YL2A 2Y7FA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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5KZMA

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