4NRRA

Crystal structure of glycoside hydrolase family 5 mannosidase (e202a mutant) from rhizomucor miehei in complex with mannosyl-fructose
Total Genus 166
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
166
sequence length
416
structure length
416
Chain Sequence
SEFAFVKIASDGKGFTRYGEPYLIRGANYWQGMNLGADDCSGGDRKRMELEIKQMAEMGINNLRVMASSEGPDDQPYRMRPSMMPQPGKYNEGVFVGLDYLLDTMDRYNMTAVMTLGNFWQWSGGFGQYVAWITGNQTIPYPVGDVTYDEFTQFAARFYNDSEIAPKANKLFKDHIYTVQNRRNTVNGKIYKEDPVIMSWQIANAPQEAPASWFEEISTFIKKGAPKHLVSAGLESKLDEYDFDRAHDHKNIDYTTCHCWVENWGIYDPADPDGLPHANEYMHDFLESRSKWAAQLNKPIVMEEFGMARDAWRNPEDETYKYLPSTPTSHKDEYYQKAFNQIVSLASNRSFSGSNFWAYGGEGRSTYPPNPYGMVWLGDPPHEPHGWYSVYSNDTTVQIIKDYNANLLKVQKELSK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
source organism Rhizomucor miehei
publication title Structural insights into the substrate specificity and transglycosylation activity of a fungal glycoside hydrolase family 5 beta-mannosidase.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Exo-beta-1,4-mannosidase
total genus 166
structure length 416
sequence length 416
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.25: Beta-mannosidase.
pdb deposition date 2013-11-27
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 4nrrA00
2WHLA 3N18A 4UOQA 3CZEA 4AIUA 2WMKA 1NWTA 2W91A 3ECQA 1ISWA 1JI1A 2QF8A 2D2OA 2VUYA 4OOZA 1WB0A 1LWHA 2DGAA 4CD4A 4CU6A 2FDMA 5LYRA 1W1YA 4JKLA 4OOUA 1E4LA 4QLJA 1OT2A 1UG6A 1OGBA 4CU8A 4WSJA 4IPLA 3DYOA 1EDQA 1E4IA 3CUFA 4W7WA 3AZSA 1V3KA 3BH4A 2E40A 3WBAA 4AZ5A 1M03A 4CUCA 2XIIA 3N13A 1HVQA 2Z1KA 2BVDA 1GNXA 1BAGA 2FHCA 5JBDA 2XUCA 2OYLA 3AS1A 3AJ7A 3N04A 2WCAA 5HPOA 3KEHA 1M53A 1NWRA 4FLRA 4QLLA 2VO5A 3WEZA 4DUVA 3RIKA 3WQ4A 3TTSA 4LX4A 3CHFA 2F61A 3AMCA 4C7DA 1W2VA 3M6DA 3WL0A 3WSUA 3WUGA 1TFVA 5EFFA 5M5DA 2XVPA 2XFRA 1X6NA 4P8VA 2VZSA 2FHBA 3EMCA 3U5UA 1C93A 3CHDA 4FLSA 2WMIB 1KFWA 2VX4A 2J7FA 3AIBA 2WXDM 2WZIA 1GORA 1GONA 3ZO9A 1JZ8A 4BZYA 2J7DA 1IT0A 5I3DA 3FNDA 3WIJA 2WW5A 1E1EA 1E6XM 2DT0A 1CXKA 2ZICA 3QHOA 2CETA 1UD3A 5FL0A 1EO5A 1UKPA 1AQMA 3AIQA 3W6LA 3EDDA 1W1PA 1QNOA 1CLXA 3A4WA 4HPGA 3VNYA 1DWJM 3LPFA 2VZTA 1CGTA 1J0ZA 5EMYA 1J18A 3CHEA 4BQ5A 5IFPA 2CYGA 2X8RA 1GQJA 4Q7NA 1EQPA 1KXVA 2BHYA 1CGVA 3ALGA 5GNXA 4TXEA 4BQ4A 3GXMA 2VX6A 1VEMA 5HDRA 3QHMA 2J78A 2WKGA 1XH2A 1XD1A 1JZ6A 4UFIA 4A4AA 1MYRA 4KGLA 1UWQA 1DP0A 3ZM8A 4AD3A 2GJXB 3FY1A 4KWUA 4JIEA 4PCTA 3L4ZA 3IANA 1JI2A 2J62A 1QVBA 1WZKA 3MV11 1Q6CA 3RO8A 4H04A 4HMDA 2EPKX 4WKAA 1WZLA 2PBOA 3PN8A 1VFOA 2XM1A 3AISA 1B30A 3ZT6A 4AZ7A 3NUKA 5KZ6A 1JNDA 4ACZB 4ZE4A 1KGUA 2VCAA 2DT1A 3WENA 2DPEA 5E6YA 2CBUA 1TCMA 9CGTA 1TG7A 1XYFA 2YLAA 3N9KA 4W7UA 2D3LA 2WM0A 2YA0A 5IHSA 3NSMA 2WMHA 3WDJA 3U5YA 3F5LA 3ARYA 3CMJA 3K46A 1E6RA 3WEOA 2CEQA 1V3LA 2YL8A 2GK1B 4PMQA 3FN9A 3W82A 4XV0A 4MB4A 3KL3A 2V3GA 1YHTA 4JCLA 1JNEA 4GPNA 1UD6A 3PBGA 2ZXAA 1MFUA 3ZOAA 3OBAA 4L4OA 3M07A 1J11A 2X2YA 2J77A 3DECA 4W86A 2RGMA 5FIPA 2CXGA 3BAXA 1OWQA 3NIYA 4BQ3A 1B31A 3POCA 1R7OA 2XYLA 1HJSA 1NOUA 2E0PA 3CUIA 4XUYA 4DM1A 1GUVA 1IZJA 1QI4A 3VM5A 5BRQA 3O6AA 4LYPA 1ITXA 1JAEA 3GNPA 1WO2A 2GJRA 1JAKA 1I1XA 4N0RA 3AIRA 4PMUA 4EKJA 2O9OA 5A8NA 4MNLA 4JKMA 3AIWA 4KMQA 1H5VA 2DIEA 4W5ZA 5HPCA 4ZE5A 2GDVA 3AYRA 1W1VA 3VDAA 2WPGA 3ZJ6A 1E6NA 4AW7A 4YHEA 3AHTA 1W3KA 5BXPA 3UG4A 2CHNA 4JHOA 2WMIA 3U7BA 3CZGA 1WP6A 1V6WA 2WVVB 2UY4A 1E55A 3BLKA 1MWOA 1LL6A 4BS0A 4PTXA 3SCNA 1QNPA 1TA3B 5I6SA 3SCWA 1C90A 4FK9A 1PEZA 2WLYA 2QHAA 3B8SA 1N82A 1V02A 2WMGA 3PZ9A 4CD7A 2JIEA 1XC6A 4V28A 1W9XA 2BY0A 3CMGA 1UZ4A 1ZJAA 2ZX7A 2RGLA 1R86A 1JFHA 3VIIA 3G6MA 3AS0A 3BSHA 4ZXLA 3UG3A 4YN5A 2BXZA 2YA1A 2W92A 4UQ9A 3W4RA 1W9BM 3AZRA 3UEQA 5JBFA 3BCFA 5BWFA 1I1WA 4WF7A 3MUZ1 2VCCA 3E1F1 3CUGA 3PZGA 2FGLA 3T0AA 3VM7A 3HMCA 2GSJA 3AMKA 3RCNA 3CLWA 4H8HA 1GPFA 3SCVA 2XWEA 3WD3A 1KR0A 2WKLA 2GJXA 3GXDA 4QCFA 4FF5A 1E0VA 2W66A 2WMFA 2DSKA 4H8VA 4J7RA 1SMDA 4ACYA 1K9FA 2O9PA 2DDXA 2OWCA 3VNZA 3UESA 4UQAA 2PF0A 1MQPA 1WZMA 1QNSA 4WLCA 3WD1A 3ZR5A 2WAGA 1V6YA 3ARRA 2W63A 3MUIA 2PC8A 5CXPA 1HP4A 4AD4A 2CNCA 1H49A 3UR8A 3PTMA 1G01A 3WEMA 2VJXA 2VZVA 1GVYA 5FKYA 1PIFA 5E70A 1ISVA 2J47A 4QDMA 3WDRA 1VFUA 5CPTA 2WHKA 3OB8A 3WUEA 1JZ4A 2GK1A 4P8XA 2BS9A 2ZE0A 3ARWA 1X1NA 3VUPA 1XSKA 2PWDA 1EDTA 4QLKA 4EANA 7TAAA 3MANA 3T0BA 1W3LA 5TD4A 2YKKA 5LA2A 3MSDA 1A3HA 3LPGA 1OGSA 2ZXQA 1HJUA 1JF6A 3VIJA 5A6AA 1CXLA 2V3EA 4L4PA 3SEPA 1TE1A 1UWSA 1WDSA 3WFZA 1DWAM 4JHZA 1QBAA 4RE4A 3N12A 1HJQA 1VFFA 2CERA 5BCAA 1E0XA 1X6LA 5A6JA 4D6GA 1HF6A 3VGEA 5JBEA 3CBWA 4W5UA 1U30A 3WH5A 5ABGA 3A6OA 3CH9A 1PZ3A 1G5AA 3FXYA 4X0NA 1QW8A 4J3SA 2Y8VA 1HJVA 7CGTA 3VIGA 1C91A 3WDIA 2Y5EA 4D71A 2UWFA 1NOWA 3OGVA 4LPCA 5AYIA 1CGYA 1E15A 3BAJA 2WANA 4PN2A 2HISA 4H2CA 3VGGA 4DWSB 1J12A 3VIPA 2QMKA 2EPNA 3EBVA 3WMSA 2E9MA 4UOJA 3NJ3A 5BXRA 1UA3A 4LXFA 1MXDA 1XD0A 4DM2A 3GH4A 2FH8A 1MVYA 1ODUA 4FMVA 4M81A 4U3CA 3AICA 1E9LA 6TAAA 3VKKA 4Z2HA 3NDYA 1B3WA 4QAWA 1ODZA 1EGZA 4D6FA 3WUBA 3BMVA 3SCOA 1Q4NX 1TA3A 1NH6A 1W9UA 3GBEA 1CXIA 1FH8A 4E2OA 1DWGM 3SUSA 3CGTA 1GJUA 2XSAA 1EIBA 1C8XA 1R87A 3L4XA 3N15A 1CWYA 1V02E 2ZOXA 4JFVA 4U5KA 3HJEA 2YL5A 3VD9A 4MPKA 4PUDA 3PZMA 1B1YA 1JGIA 2UY5A 1JDAA 3W25A 1E5JA 4BCEA 1KWKA 5HOSA 1GQKA 1JL8A 3WKZA 4PMRA 1MW0A 2A3BA 1TMQA 2DEPA 4D1IA 1BYDA 3AHYA 3I3BA 1ZBVA 2VTFA 3WN6A 4PTVA 2ZX6A 1OIFA 4K68A 5DMYA 2VVSA 2IXUA 2JF7A 5ABEA 3OG2A 3AQUA 1NQ6A 4XZWA 5D9MA 3WMCA 1C3FA 1OD0A 3WNKA 1G0CA 2BXYA 4PSRA 5JUVA 3U7VA 2OYMA 1W91A 3GXFA 1B3ZA 1FHLA 1BQCA 5I2UA 1KWGA 3ZSTA 3FAWA 4UFHA 1BHGA 1E6SM 2CESA 3W53A 1NOFA 1ZU8A 3L2MA 3OZOA 2OWWA 1PX3A 1UR9A 1G94A 1QHOA 1E4MM 3ZIZA 1UZ1A 1CDGA 3BMWA 3WNMA 1FP8A 2G41A 2D20A 3WH9A 2D0HA 4HZ8A 4AMCA 4UOZA 4HU8A 1CTNA 2DT2A 4CD8A 1VJSA 1NWUA 4J3XA 1AQ0A 5CSYA 1QI2A 3EDEA 3VD3A 3K8MA 1D7FA 4X9YA 1JYNA 1QBBA 4J3WA 3AI0A 4NRSA 3EDKA 3ARPA 4WSKA 3VGBA 3ZSSA 3BAWA 2WC7A 2AOSA 4TVCA 4TUFA 3ZR6A 1J0IA 3QGVA 1UR4A 3CUHA 5A6KA 2C0HA 1QHZA 2DSVA 1BPLB 2QPSA 3ZJ8A 4D72A 4J3TA 5BXTA 8A3HA 3WF3A 3VDCA 4Q22A 2CBIA 2ZIDA 1Q6DA 1WDQA 3AS2A 4B16A 4JL1A 1CBGA 4R5EA 5D8WA 5GPRA 3VVGA 4AEEA 3QOMA 4XZBA 3M7SA 2PI6A 3LPPA 4LYRA 3VU2A 2J25A 4M24A 2WMJA 3HN3A 4JFTA 1GQLA 3KL5A 4TOQA 3GXIA 1HJWA 1XYZA 4H8UA 4DWSA 1W2PA 5HNNA 3MS8A 3TP4A 2VCBA 1GOQA 1H3GA 4J28A 2ZUNA 2VRKA 3CZ8A 3KL0A 3ZQ9A 2CPUA 2ESCA 1BF2A 3GNRA 2OSXA 2W62A 2JFEX 2BV9A 1WZAA 3D3AA 1EQCA 2OSYA 3IJ7A 4W8LA 3ZT7A 5ABFB 5GNZA 1LWJA 2E4TA 4A3YA 4RE2A 1E1FA 1B0IA 2XFFA 3MUY1 1PPIA 5I5RA 2DT3A 1HVXA 3MU7A 2XPKA 5C70A 4CVWA 2J79A 3UCQA 2D3NA 3WBEA 4J27A 3OA5A 1B90A 3MSGA 4E4PA 4JFUA 5D9PA 2VMFA 1PAMA 1XV8A 1EXPA 1PZ2A 1BSIA 1GOOA 2ZUSA 3VGFA 3RMEA 5CGMA 1UKTA 1EOKA 4HMEA 4Z2JA 5C71A 4ZXOA 1OINA 1NP2A 1VJZA 4UQEA 5I79A 2J7EA 3L4YA 1V3HA 2WB5A 4H7VA 4DUXA 3PZUA 2CIPA 5CPSA 2YL9A 1US3A 3MV01 5FCZA 3GZAA 5CSUA 1GOKA 3BCDA 5A8QA 1QW9A 3WF2A 1BYCA 3T09A 3AIVA 4UZSA 1V3MA 2VVNA 4HMCA 1E4NA 4GI8A 1JXKA 1UQZA 1SR0A 1PX4A 5C8BB 3RM9A 2WBGA 3VDHA 2DSUA 4AZCB 1Q6EA 4M8UA 2VZOA 2WLZA 4MAVA 3K8LA 3WELA 4CCEA 1HKKA 1HXJA 3WH6A 1HN1A 1D3CA 3N11A 3VTRA 2WC4A 1UWTA 3TTOA 1E43A 4B15A 2PWHA 2Y8KA 3T2OA 5KEZA 4NSBA 2Y2WA 3GM8A 3MMWA 4AZGA 1UR2A 4MDOA 5D9OA 1LL4A 1VEOA 1JZ2A 1RP8A 1HNYA 4ATWA 4URIA 2F2HA 3UERA 2D0GA 4W85A 5CPQA 4HA1A 2A3CA 3ZT5A 3APGA 3OGRA 3T08A 4DUWA 5A95A 4EAMA 2XTKA 1EDGA 5IDIA 2YJQA 1E3XA 5JIPA 3DHUA 5A8MA 3OGSA 1HKMA 1WKYA 1GOIA 2TAAA 4TX8A 4AIOA 3VD7A 1UD4A 2WZEA 2WYSA 3CUJA 1MQQA 3CZLA 1XH0A 5E6ZA 5I77A 2NSXA 3AXIA 3PZIA 2WHMA 4GZIA 1XCXA 2XWDA 3QR3A 2WVSA 1G9HA 1ESWA 1KGXA 1B3VA 1A47A 4W89A 5GNYA 3VIMA 1H11A 5A6MA 4ZFMA 3WQ5A 4AYSA 2ZWZA 4PUEA 5E0FA 3EDJA 3QHNA 2X1IA 1H0GA 1UWUA 2XJ7A 3GTNA 5DT5A 4F66A 4D6HA 3VMPA 4B3LA 3GDBA 3N1AA 1GHRA 1H4PA 1MFVA 1H09A 5F7UA 4CD6A 3DYPA 1WPCA 2V5DA 3NDZA 2VR4A 2Y4SA 3VPLA 3CHCA 1EHAA 3FW6A 4ZENA 1DTUA 2YL6A 3WH8A 3AXHA 2E8ZA 1FP9A 1C7TA 1K9EA 1UA7A 5E09A 5A94A 4W8AA 2D1ZA 1VAHA 1FFRA 2WC3A 5I0DA 2JEPA 4UQBA 3W29A 4P7QA 1V0NA 1E6QM 4DWSC 3B9EA 4PMDA 1JYXA 1EH9A 1W3JA 3I3DA 4M82A 3GBDA 4WJXA 4AZBA 1M7XA 2A3AA 4ACZA 4D6EA 2YOCA 4HTYA 2J8GA 4UR9A 2XVNA 4W8BA 3VX0A 3WQ8A 4P8WA 2Z1SA 4UFLA 1KCLA 3DHPA 1JD7A 4UFMA 2F8QA 3W27A 2WVTA 3BXWA 1FH9A 1OT1A 4U31A 5BROA 3IJ8A 1G1YA 4J3UA 4PSPA 4AZIA 1QOXA 3VDBA 6CGTA 3EDFA 2IXVA 4HP5A 4AD0A 5M3WA 3VO0A 5A1AA 1WAWA 1LLOA 3L4TA 3DC0A 4AZCA 4W7VA 1SMAA 1MXGA 1TUXA 5CLTA 1B2YA 3K1DA 1HKJA 4PTWA 1EO7A 2ZUMA 2YBTA 4A3HA 1E0WA 1W1TA 2WWDA 1LF1A 4F8XA 4TVDA 2DSWA 1JZ7A 1OB0A 1Z32X 1ZBWA 3NCOA 1V0KA 4AXNA 5CGTA 1J01A 4AIEA 2W61A 1V3IA 1UYQA 2WCGA 2Q8XA 3W26A 3J7HA 3W28A 4PCSA 1RPKA 1V0LA 1XRVA 3OZPA 4PMXA 4IM4A 1Y7VA 2VURA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2WHL A;  3N18 A;  4UOQ A;  3CZE A;  4AIU A;  2WMK A;  1NWT A;  2W91 A;  3ECQ A;  1ISW A;  1JI1 A;  2QF8 A;  2D2O A;  2VUY A;  4OOZ A;  1WB0 A;  1LWH A;  2DGA A;  4CD4 A;  4CU6 A;  2FDM A;  5LYR A;  1W1Y A;  4JKL A;  4OOU A;  1E4L A;  4QLJ A;  1OT2 A;  1UG6 A;  1OGB A;  4CU8 A;  4WSJ A;  4IPL A;  3DYO A;  1EDQ A;  1E4I A;  3CUF A;  4W7W A;  3AZS A;  1V3K A;  3BH4 A;  2E40 A;  3WBA A;  4AZ5 A;  1M03 A;  4CUC A;  2XII A;  3N13 A;  1HVQ A;  2Z1K A;  2BVD A;  1GNX A;  1BAG A;  2FHC A;  5JBD A;  2XUC A;  2OYL A;  3AS1 A;  3AJ7 A;  3N04 A;  2WCA A;  5HPO A;  3KEH A;  1M53 A;  1NWR A;  4FLR A;  4QLL A;  2VO5 A;  3WEZ A;  4DUV A;  3RIK A;  3WQ4 A;  3TTS A;  4LX4 A;  3CHF A;  2F61 A;  3AMC A;  4C7D A;  1W2V A;  3M6D A;  3WL0 A;  3WSU A;  3WUG A;  1TFV A;  5EFF A;  5M5D A;  2XVP A;  2XFR A;  1X6N A;  4P8V A;  2VZS A;  2FHB A;  3EMC A;  3U5U A;  1C93 A;  3CHD A;  4FLS A;  2WMI B;  1KFW A;  2VX4 A;  2J7F A;  3AIB A;  2WXD M;  2WZI A;  1GOR A;  1GON A;  3ZO9 A;  1JZ8 A;  4BZY A;  2J7D A;  1IT0 A;  5I3D A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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