2V5LA

Structures of the open and closed state of trypanosomal triosephosphate isomerase: as observed in a new crystal form: implications for the reaction mechanism
Total Genus 93
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
93
sequence length
249
structure length
249
Chain Sequence
SKPQPIAAANWKCNGSQQSLSELIDLFNSTSINHDVQCVVASTFVHLAMTKERLSHPKFVIAAQNAIAKSGAFTGEVSLPILKDFGVNWIVLGHSERRAYYGETNEIVADKVAAAVASGFMVIACIGETLQERESGRTAVVVLTQIAAIAKKLKKADWAKVVIAYEPVWAIGTGKVATPQQAQEAHALIRSWVSSKIGADVAGELRILYGGSVNGKNARTLYQQRDVNGFLVGGASLKPEFVDIIKATQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Oxidoreductase
source organism Trypanosoma brucei brucei
publication title Structures of the Open and Closed State of Trypanosomal Triosephosphate Isomerase: As Observed in a New Crystal Form: Implications for the Reaction Mechanism
pubmed doi rcsb
molecule keywords TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE
total genus 93
structure length 249
sequence length 249
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 5.3.1.1: Triose-phosphate isomerase.
pdb deposition date 2007-07-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00121 TIM Triosephosphate isomerase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 2v5lA00
1WX0A 3EEGA 3U2OA 4O12A 1FUYA 3HPXA 1WOBA 4WOQA 2OJPA 5CG7A 3NQ6A 3IGXA 3L21A 1S5WA 4WOZA 3UQNA 2RKXA 1HUVA 3G3MA 1UUOA 3KFTA 3TXVA 3QSRA 1WV2A 4UNKA 1TCDA 1ONRA 3G1DA 4HSOA 4WXZA 1SFLA 3NL5A 2TYSA 4LVGA 1A5AA 3F1QA 4EWND 3U8GA 3N14A 2HTMA 3LXBA 3ZS4A 1I45A 2V8ZA 3HGOA 1TQXA 2CLFA 3PULA 3EX3A 4XUGA 3LCWA 1AG1O 1E51A 3TFXA 3NQVA 3LTPA 3OG3A 1C8VA 2TSYA 5H91A 4MYXA 2H6RA 3GXNA 3CU2A 4NXSA 1TTPA 1H7NA 1BWLA 4LWWA 2WJZA 4BI7A 4M7TA 3EX1A 3KHJA 1GYLA 5DCEA 1AL7A 3G22A 4JGDA 3ABRA 4O1CA 1B4EA 4IMFA 1JVNA 3C52A 1LZOA 3PWAA 4CCCA 4M19A 1YTKA 3FEMA 4DO6A 4O19A 2WNZA 1VPXA 5AHEA 5BOOA 4UTHA 3DFTA 1OYBA 4IX2A 4S2CA 5CPOA 3WK3A 5DY2A 4EF9A 4LVDA 1DV7A 3PUOA 4R33A 5AHMA 3W75A 3T44A 1GQNA 1WBHA 2QCDB 4IGHA 1TTQA 1A5SA 2CLMA 2BTMA 3H53A 1J5TA 3P67A 3JR2A 2ZTKA 3LI0A 3NVTA 3GK0A 3E02A 4NVTA 2WQPA 3G1VA 3SW6A 4FX6M 3TC7A 5CSSA 3TH6A 3QYQA 2NV2A 3QJAA 5ABTA 2ZRVA 1FCUA 4KKXA 3AJXA 1LBFA 2GQ8A 3WK1A 4MJZA 4IUOA 2YZRA 2O7QA 3EWYA 4UTWA 5FESA 1D3GA 3CIWA 2E5BA 4UC5A 1K8YA 1SO5A 2E68A 3EXSA 3GDTA 2BXVA 3IEBA 2ZZ4A 3SFKA 1JCNA 2P10A 1LDCA 4Y96A 2D73A 3LHZA 4HNTA 5CPMA 2BWGA 3T7VA 1OF8A 2NXIA 3DHDA 4TX9A 1ZAIA 1KM1A 3S1WA 3NNTA 4CNPA 5HINA 3HF3A 2YR1A 1ZENA 3TCEA 1VCGA 3NG3A 2V2HA 3GX9A 4JYDA 3PAJA 1SSGA 2C1HA 1XKYA 5LNRA 1DHPA 3QM3A 3IV3A 4FIQA 1ZNNA 4GRSA 1AL8A 1G67A 5HQEA 1OVDA 4JYFA 3M5ZA 3O15A 6ALDA 1VYSX 1XC4A 3E9AA 2EGZA 2V82A 1Z44A 1L6YA 2Q3RA 3PG8A 3LV6A 3G0XA 2KZHA 3MBDA 1YDNA 3F03K 4JICA 1LOSA 1XDMA 1K7FA 3KXQA 3E96A 4QJ1A 2AQWA 4LVAA 4GXMA 1IIGA 3MWAA 4ZMGA 3PUEA 1L6WA 5DBUA 3MBFA 1LTDA 4HHPA 4LS2A 4AWUA 3CTLA 1OABA 3G1XA 3W1QA 1X6UA 3MW7A 2V81A 2FFCA 1H50A 4CNNA 3M43A 4EVZA 3JS3A 3I7QA 3RK8A 4NUWA 3S0CA 1AW1A 4YWIA 3KOFA 4O8RA 3NL2A 1XXXA 3GLCA 1LLZA 2VOMA 2Z1BA 4JD4A 5K2ZA 4EOUA 1JCJA 2DZUA 4OHQA 3LI1A 2GOUA 2GPTA 3DFNA 3R13A 2W0UA 3L68A 1OYCA 5G4EA 5FEWA 2VEPA 3HJZA 1JCXA 2VEKA 1X8FA 1KM4A 4XKYA 1WA3A 2PCQA 1PCKA 3S6DA 3G8RA 3BG3A 1FWTA 4Q32A 1I2OA 1SZNA 2YW4A 2OT0A 4UMCA 1FDJA 2A5HA 3W7RA 3CWNA 3GR7A 3UD6A 3L5AA 4NNBA 1TIMA 4M6VA 1F6KA 1TO3A 5DBTA 2WOQA 2X1RA 1SW0A 5AYYA 1QAPA 1WDWA 2GVJA 4MZ1A 3MI3A 4JTIA 3NZRA 1OG0A 1L9WA 3QMTA 2JKEA 1NF7A 3QQ0A 1KLYA 4TU1A 1KA9F 1G4EA 1VS1A 3S5YA 3W7LA 4GUIA 5C5YA 5LKYA 1TTIA 3BGGA 3QQ1A 1W56A 1RD5A 3B0VC 3EXTA 2PURA 3NL6A 1HFBA 5F4SA 3UNDA 1GG0A 2PC4A 1WXJA 4MFEA 4A2RA 2J24A 4AH7A 3LRMA 1W1ZA 1KFEA 2A6NA 2PRMA 5I3KA 3W87A 3CEUA 5AOUA 3EKZA 1J2WA 2H90A 2FQIA 5I3GA 2B7NA 4NNAA 8TIMA 1EA0A 2QDGA 2GJNA 2Y7FA 3RLUA 1GTEA 2ZTJA 2CZFA 4GUHA 3G1HA 3NYZA 2CWNA 4LY8A 5FF4A 3QMRA 3U6WA 2C13A 2CZEA 3C3NA 2Y88A 3N19B 3QPZA 3FYOA 3M9YA 1H62A 4RZ5A 3I68A 3PG9A 5K3VA 1XBZA 4MOZA 3QF0A 3TFCA 2A1YA 4C1LA 2NWRA 1GVOA 1FXQA 2F7FA 3EX6A 1Q6RA 1VRDA 4GUJA 3TE9A 4Y9AA 1VZWA 3ABOA 4FNTA 5DLCA 3WK2A 2ZRZA 1NFBA 3WJWA 4JEQA 4JDYA 1R30A 2QDHA 3WFAA 1YPIA 1BTMA 6TIMA 3RMJA 3NEVA 3PBYA 3W7IA 4OV4A 1AMKA 3TSMA 1I8JA 5MHBA 5D2TA 3LTYA 1OFQA 3M44A 1T8XA 3QMSA 2OX1A 3NQ7A 1VR6A 2NXGA 3NM1A 1FWSA 2H3BA 4LU0A 3B06A 3N34A 3W1RA 4UMBA 5D2WA 2FLIA 1DQXA 4O4VA 3GDKA 4LTSA 4I7WA 1VGAA 1YYAA 4UTKA 3OVQA 1C9DA 5LNUA 2DZTA 3W1PA 4UFIA 1Q45A 5U7SA 1W5MA 2QCLA 1DOSA 1NSJA 2C15A 3BG5A 1DQWA 1XL9A 5KTLA 4WY0F 1QPQA 3A9IA 3C2EA 4JXCA 2YDAA 5K9DA 5LGZA 1J4EA 2JK2A 3MP4A 4C1KA 4E0CA 2NX3A 4JTHA 5D03A 3N2MA 5D02A 4GWEA 4ZQNA 3C4UA 1B57A 2QCHA 5AN7A 2RDWA 2NLIA 5A8GA 1K7EA 4I7VA 2VFDA 2EPHA 2QEZA 1W5PA 4PCFA 2VFIA 3AO0A 4ORIA 1F74A 4PL2A 5F4XA 3VE9A 1G7UA 4AF0B 4NT0A 4K7YA 5G2HA 1YXYA 1OFOA 1P0KA 4ORMA 3GVGA 3R89A 3V75A 3PUDA 4Z1DA 2JKAA 3L9CA 2C18A 4LUIA 3W1MA 2DZXA 1ZFJA 2QCGA 3EWZA 1F7BA 3HIJA 4UTTA 2TRSA 4ICNA 5D33A 3TMQA 3KRUA 1XM3A 3W1UA 3STEA 5HULA 4QNWA 2HS6A 1W0MA 3PBUA 2X2GA 3GNDA 1ALDA 3MO7A 5D32A 1JCYA 5F2GA 2CLHA 3A23A 3TV8A 2CLKA 3M7WA 5CPNA 4HNVA 2O7SA 5FEPA 4JY9A 2ZYFA 4JTJA 4RJEA 1ICQA 1IIHA 1KFJA 3CB8A 2V0TA 3A24A 3L66A 2DU2A 3KRZA 3W23A 4CQ8A 1H63A 1OFPA 3BW4A 4AVFA 3TU9A 2GJLA 4LC8A 4ZVJA 1M7PA 4QNEA 1GVQA 5AHIA 1SZFA 1UCWA 4PA8A 3MMTA 1IXQA 3TAKA 5DXXA 1ZCOA 1NEYA 4N9BA 1F5ZA 1A53A 1WQ5A 1G69A 3N9SA 3T4CA 2ZQ0A 1KM6A 1Z41A 1Q6LA 1EPXA 4DF1A 3ZWTA 3LBMA 3TJXA 1EUNA 2QCEA 3S1XA 4AMAA 1ML1A 3EWUA 1PHQA 4DF2A 3IIVA 2RH9A 3UWYA 4OE7A 3P84A 3FLUA 1I2QA 3GIYA 3L2IA 4Y90A 3GXPA 1W5OA 3NQ2A 3HGSA 3FKKA 3I65A 1SW3A 4K37A 2QUUA 5G1TA 3RU6A 4M7SA 4FIRA 1LLWA 2W79A 1XDLA 1KTNA 2E77A 1YXCA 5HJLA 4O14A 3TX9A 4GNJA 4GJ1A 1FCQA 4R7JA 4MFDA 3UWWA 3TA6A 1JCMP 3L5LA 4HNUA 4NNCA 3LGEA 4BWLC 3USBA 4UFJA 1P1XA 4X9SA 4MLRA 4KFPA 3ANYA 3SJ3A 5TQLA 4JX4A 1ME7A 3DH7A 4KFNA 3W07A 3SIZA 5DCBA 3LLDA 1TPEA 2AAMA 4Z0JA 2C3ZA 2ZDRA 3LHVA 2Y7GA 4IOTA 4ADTA 3HG5A 4JTTA 1H7WA 1V5XA 5FF0A 2ABAA 2EAWA 3A5VA 3GZ3A 3W7EA 3FYPA 1CW2A 4O50A 1X1ZA 1N7KA 2EKCA 1NVMA 2JGYA 3NM3A 4IMDA 5E0KA 3P81A 4JDBA 3NGJA 4MZ8A 4YXGA 4ONVA 2ZZ6A 5BRBA 4O16A 3ZFHA 1GVSA 2Z0IA 4AWTA 5K7JA 4WUIA 2Z2UA 1XUZA 2YGYA 5G2IA 5HR6A 1RPXA 1FWNA 3BLIA 4PODA 5G2WA 5C55A 1TRDA 4RLIA 4A21A 3W3OA 1TYGA 2J9ZA 2XN2A 4ML9A 1ZY9A 1THFD 3G3DA 2Y7EA 2B4GA 1EEPA 2VENA 1XFBA 2H3DA 5AHFA 3KRSA 3LX9A 1PHWA 4RK8A 1D9EA 3QPYA 3N3MA 3W2MA 5D09A 1XBYA 3HPZA 2P0OA 2YYUA 3CPRA 1Q6QA 3RFAA 2R14A 1FWWA 2QUVA 1H7OA 3QH2A 3QW3A 3TSBA 2ZRUA 4WJEA 4O57A 1BKSA 1HTIA 3ELFA 1Q3NA 3F4NA 4CLMA 4LS1A 1TJPA 3MI6A 3ZWSA 5LNVA 5FF7A 4P2VA 3WJSA 1O5KA 4OU1A 4ZQMA 4GUGA 3W7GA 3O63A 3W71A 2ZRXA 4ADUA 4AWSA 4X2RA 2XN1A 4WQ6A 4HPJA 2CFFA 3BO9A 3VE7A 1I2RA 4Y6GA 4BWLA 5EMUA 1S5VA 2X30A 4R53A 1TPVA 4DO5A 3MP3A 3UZJA 4O1BA 1F2JA 1JR1A 3LBCA 3NQCA 1N55A 5AC7A 3R5EA 3TKFA 4IPJA 2Z6JA 1VH7A 3P60A 4EIVA 3W70A 1YTDA 3OIXA 1K8ZA 4UFKA 5HWJA 4N02A 3W1TA 3BG9A 4ZQPA 5DY3A 3TR2A 4IWWA 4K8EA 4PC8A 4JTSA 1UBSA 1QO5A 3W2UA 3DGRA 4GE8A 1RR2A 3BLEA 5K4XA 1VJIA 1KFKA 4FF7A 4AXKA 4LW7A 4JYEA 5D2XA 5EYWA 1G4TA 1ICPA 1IXOA 1P0NA 1FXPA 3P5YA 3LERA 4MPQA 5CZTA 3S1UA 5DXYA 3FJLA 1KBIA 2QAFA 4A2SA 1NF0A 4KFOA 1MSSA 1NAL1 1QMLA 3C2FA 4N9EA 5D30A 4AAJA 5SWUA 4N4PA 2J27A 4UIOA 2ZFAA 3S1VA 3PVFA 5C2XA 1VLWA 4AF0A 4FHAA 2E5CA 3LOTA 1H51A 1QR7A 1WYIA 1SQ7A 2VELA 2YFOA 2A7NA 2ATSA 3W7CA 2CLEA 1TB3A 1WAUA 4WY0B 3EWBX 1LCOA 1RQBA 4K8HA 1CI1A 1GOXA 1DJNA 3TAOA 3MHUA 1RZMA 1DBTA 3QW4B 5F2LA 2QCCA 1VLIA 3UPWA 4DF0A 3B0PA 2B7OA 4DBEA 1UASA 4YL2A 2QCMA 2WSQA 1PIIA 5J5DA 1UB3A 4O18A 3B4UA 4L4LA 3M6YA 4QIUA 4JTGA 2B7PA 3C56A 3VKJA 3IIOA 4LV9A 2YX0A 1EWDA 1XBVA 1QNVA 2Y7DA 4TO8A 3O8AA 2J88A 5EL1A 1I2NA 2DZPA 4K7VA 3HGJA 5LGXA 2DZSA 3NZ1A 3P8JA 2ATMA 2NXHA 3NPWA 2NX9A 3NA8A 1GG1A 1DJQA 1FDZA 3KVKA 2FPTA 3DFPA 3UWZA 2NUYA 1X1OA 1KM3A 5AHNA 1GWJA 3W7OA 3B05A 1X7FA 3B03A 2ZZ1A 1L2UA 4O10A 1JCLA 2FIQA 2QCFA 4WXYA 5CGQA 1A5BA 5IM51 2X1SA 1YPFA 5C54A 4LT9A 4JX5A 2X16A 3LB0A 2QAPA 3WJZA 3GAKA 1AW2A 3A21A 4O15A 5HMSA 1K03A 1R46A 3W6YA 4BR1A 1XI3A 1F73A 4W9TA 4HKPA 1RVGA 3TJLA 3HO8A 2IQTA 3FFSA 3EX2A 1TMHA 4UFHA 4DO4A 3GYEA 1R2RA 3KAOA 1B4KA 2A0NA 3MYPA 3LCHA 5IBXC 1R2TA 4DEFA 1W54A 4O13A 1TV5A 3DKLA 3GNNA 2R8WA 1KV8A 2EF9A 3W86A 1OK6A 5H2ZA 2Q3OA 3PB2A 1W8SA 2PE4A 3W74A 3HBLA 4JR5A 2VFFA 4HSNA 4FEZA 4KWWA 3W72A 2E5DA 4FX7A 3CT7A 2X1TA 1VC4A 3T55A 1K02A 4X3ZA 3P7YA 4PL1A 4MKNA 3EX4A 3M0ZA 1FX6A 1BEUA 4JN6A 5TIMA 1JQVA 4D2JA 4XBSA 3N2XA 2WO5A 5I3JA 2HS8A 1S5TA 2G96A 3PM6A 1H1ZA 3C6CA 4JY8A 2NX1A 2JGQA 2YSWA 2CLIA 1GEQA 3G1FA 2FTPA 1QPNA 3HGRA 3G8EA 4JTKA 3UWUA 3D0CA 3TNOA 2DJXA 1PE1A 5HR7A 5D37A 4AB4A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2VZV A;  1Q63 A;  3L2L A;  3H8A A;  3D47 A;  3QGA C;  3UG4 A;  4TX8 A;  3HPX A;  2P3Z A;  4GX8 A;  2ZUN A;  3DOP A;  5CG7 A;  2PU1 A;  1GOK A;  3L21 A;  3O6A A;  2RKX A;  4L5Z A;  3BAN A;  2QV4 A;  1KGX A;  3T0C A;  4W8L A;  3RCN A;  1ONR A;  3G1D A;  2WKL A;  1SFL A;  4GQR A;  5M2F X;  2TYS A;  1E9I A;  3RUB L;  3N14 A;  4AZH A;  2WMJ A;  2V8Z A;  3HGO A;  1G01 A;  4RW3 A;  4XUG A;  3TFX A;  3D6N A;  4WGX A;  1UOK A;  3MCN A;  4MYX A;  3H2E A;  3VCN A;  3CU2 A;  1GOI A;  4DVO A;  1BWL A;  4LWW A;  3S2C A;  2VDG A;  3EX1 A;  3WQP A;  3KHJ A;  1GYL A;  3S2M A;  1KCX A;  3KBV A;  4HQV A;  4GYJ A;  1KR1 A;  4HOX A;  5HNT A;  4O1C A;  2WVU A;  3C52 A;  3PWA A;  2QT3 A;  1E15 A;  2BP1 A;  4M19 A;  4DO6 A;  4HHL A;  4UTH A;  4IX2 A;  3F2D A;  4LVD A;  1C8Y A;  3T44 A;  1GQN A;  1UWA A;  2XIN A;  1A5S A;  3GG8 A;  4W8A A;  2BTM A;  2B31 A;  3LI0 A;  3BH4 A;  1AVA A;  4AD3 A;  2O4Q A;  2WQP A;  4NVT A;  4UQE A;  1F8I A;  1FHV A;  4UWM A;  4PRT A;  4ZOD A;  2ZRV A;  2NV9 A;  1Q65 A;  4KKX A;  1LBF A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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