2V5LA

Structures of the open and closed state of trypanosomal triosephosphate isomerase: as observed in a new crystal form: implications for the reaction mechanism
Total Genus 93
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
93
sequence length
249
structure length
249
Chain Sequence
SKPQPIAAANWKCNGSQQSLSELIDLFNSTSINHDVQCVVASTFVHLAMTKERLSHPKFVIAAQNAIAKSGAFTGEVSLPILKDFGVNWIVLGHSERRAYYGETNEIVADKVAAAVASGFMVIACIGETLQERESGRTAVVVLTQIAAIAKKLKKADWAKVVIAYEPVWAIGTGKVATPQQAQEAHALIRSWVSSKIGADVAGELRILYGGSVNGKNARTLYQQRDVNGFLVGGASLKPEFVDIIKATQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structures of the Open and Closed State of Trypanosomal Triosephosphate Isomerase: As Observed in a New Crystal Form: Implications for the Reaction Mechanism
pubmed doi rcsb
molecule keywords TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE
molecule tags Oxidoreductase
source organism Trypanosoma brucei brucei
total genus 93
structure length 249
sequence length 249
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 5.3.1.1: Triose-phosphate isomerase.
pdb deposition date 2007-07-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00121 TIM Triosephosphate isomerase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 2v5lA00
3BPWA 3O05A 2WKJA 4JD4A 2W79A 1I2NA 1W56A 4O1DA 1XDLA 3U6WA 4JN6A 1PIIA 1VHCA 1H51A 3F03K 4RX0A 4W9TA 3G1DA 3SY5A 1I2RA 4IX2A 3RLUA 3B0VC 1JUKA 2DORA 3PSWA 3W07A 1PS9A 4GXMA 3QRHA 1TQJA 4Y9AA 1TPFA 1M7PA 3P5YA 4TU1A 3HGOA 1I45A 4LW7A 5F2IA 4K37A 3LXBA 4N6FA 5DXXA 1FCBA 1LLZA 4CLMA 1BKSA 3CEPA 3LCWA 4XWUA 3LB0A 3QPZA 2GJNA 5D03A 3PS7A 5L9FA 3E02A 4FX6M 4LNYA 3LV6A 3TSMA 5E0KA 1L2UA 3NL3A 1I2PA 1GPWA 3D0CA 1H7RA 2V5LA 3S1VA 3W7LA 4BI7A 4GUGA 3SGZA 2I9EA 3GYEA 2Q8ZA 3STFA 1QOQA 2OT0A 3IIVA 2P10A 1NF7A 4QQ3A 4UTJA 4RK8A 3E96A 1KFKA 4C1LA 2B7NA 3IV3A 4GC4A 3TW6A 3UYCA 4AH7A 2ZZ2A 4FHAA 3PB0A 2GUUA 1LORA 3NVTA 2EGZA 4MFEA 1QR7A 1O4UA 1NAL1 3ATZA 2QCDB 3M5ZA 4M6QA 3TUUA 3HB9A 3KRZA 6ALDA 3C2VA 2Z6JA 4E38A 4I7UA 2H3BA 4KKXA 1TJRA 1OFEA 2FB3A 2GQAA 3L66A 4BI6A 3SIZA 3UPWA 1RR2A 2J6XA 1K7XA 3DU0A 1W54A 2H8ZA 2NWRA 4JTHA 4YWIA 4XTDA 3TK7A 5D05A 1GG0A 1W5OA 4N4PA 5HQEA 5F4WA 5D2WA 1J4EA 1OABA 4E2BA 4FNRA 4CNPA 3A24A 2CZEA 4X2RA 3CC1A 4UTIA 1MSSA 3L5LA 4BK9A 1OX4A 1SUXA 3S5OA 3HPZA 4R34A 4LVFA 1KM6A 1X1OA 3DFPA 4QISA 2E6FA 3ATYA 4NJJA 5HNRA 3QMSA 5HMSA 1F6PA 3VE9A 1KW1A 4EF8A 2XN2A 4NUWA 3W23A 2E5DA 4O19A 3C4UA 4IPJA 3T55A 4R7JA 1EUNA 3HJZA 3O15A 3G1YA 1QPOA 2J88A 4FEZA 2ATMA 4Z1CA 1VGAA 4RR4A 4JEQA 4JTUA 3FKKA 1TPDA 3B03A 2C13A 4IMCA 2E09A 2HMCA 4DO6A 2NV2A 3M16A 2GQ9A 3G22A 5G5IA 2RDWA 1PCWA 1TIMA 4Z0SA 1YXYA 4UFMA 4UTTC 3M0ZA 2YX0A 4Z1BA 5LHFA 3MYOA 5TIMA 5A5WA 4UFIA 5D32A 4G1KA 4IOTA 2YGYA 1OF8A 2ZZ5A 1YTKA 3IVTA 3LXCA 2H6RA 3HPSA 4B5NA 3FIGA 4RZ6A 3E12A 4N9CA 3SJ3A 4JGDA 2RDUA 1PV8A 3G0XA 2NV1A 4UMAA 4O16A 2WV8A 2J9YA 3W72A 1A5SA 1LBLA 2C16A 1QFEA 1F05A 5DBTA 4NNAA 3U2OA 1X8FA 5LNWA 1YXCA 1P4CA 2C3ZA 5I3HA 2WSYA 3GVGA 3CQ0A 3U8GA 4Y96A 1OJXA 4JYDA 5G4EA 3LHVA 3W87A 3CEUA 4TIMA 3G1XA 5BOOA 2ZZ3A 1KFJA 2TSYA 3LCIA 3W2LA 2Q3OA 3OVPA 3W85A 2XN1A 4GBUA 3BK0A 4O18A 3HBLA 2VEMA 1PE1A 1G4TA 2NX1A 1IXPA 2X1UA 3A23A 1VCGA 4GRSA 4HT3A 1UBSA 5IBXA 4MLJA 4Z1AA 4JTGA 1OG0A 2IQTA 3S9YA 3OVRA 1CI1A 3MHFA 3W71A 3W6YA 2Q8LA 3W86A 4DXVA 2YZRA 1GVQA 1DQXA 5AC7A 1OFPA 1Q6QA 3B04A 1IXQA 1YDVA 5D30A 1JCNA 4MLRA 3ANYA 1GVRA 4LS2A 4WY0B 3USBA 1XBVA 4O17A 4M6PA 2YYUA 2ISWA 1QAPA 1G4SA 3HG3A 3C61A 2ZRWA 3Q2DA 3Q58A 4MYAA 3W73A 1W31A 1TB3A 2ZBTA 1G4EA 3E9AA 3DFOA 3VKJA 2VXNA 2E5CA 4NT0A 3GAYA 1F5ZA 3G8RA 4OBTA 3SECA 3QF0A 4BWLC 5KZMA 3M5XA 2J9ZA 1SU5A 3QEZA 1KLYA 2ZA3A 3P7YA 3W84A 3MUXA 1VLIA 3LHUA 3TW7A 1FBAA 4LVAA 3G24A 4WOQA 3A5VA 3TJXA 1IXOA 2WSRA 4MY1A 3QYQA 1HUVA 2O7SA 4PA8A 3WJYA 3OIXA 1FWRA 2B7QA 3KVKA 3FYPA 4IJBA 4K8EA 4IX0A 5D04C 1QO5A 4Q4KA 2EPHA 2FIQA 4LY8A 4JR5A 4PTNA 3TA6A 5KTLA 4WD0A 3P8IA 3A5FA 5F1VA 3E0IA 2V0TA 1ICSA 5LHEA 4O28A 2Y7EA 3EB2A 1CX9A 2YSWA 2GPTA 4O57A 1GEQA 1OFOA 3W1XA 3IIXA 3NPXA 1XC4A 1BEUA 3BO9A 1L6WA 4M19A 1FWNA 1H62A 2H8XA 1M7OA 2CWNA 1H63A 1SFLA 3FKRA 3T40A 1VLWA 4YXGA 2EKCA 3LX9A 2A6LA 3N2XA 5BRBA 5C5YA 3TSBA 2PC4A 3NO5A 3NQ6A 5K7JA 2FTPA 4NZFA 2PRLA 1SZGA 2ALDA 1YDOA 5T26A 1BTMA 3TJLA 3QMRA 4OGZA 3S8HA 1TTQA 2X16A 3DFSA 4O1AA 1KBJA 2BTMA 3DI1A 3P74A 3B0UX 1LTDA 1PCKA 5CPNA 3FEMA 4U28A 3W7OA 3W88A 3P8JA 4HPJA 2V30A 5K3VA 4KWWA 2PRMA 3PBWA 1SSGA 4AXKA 5CG7A 3LTSA 1X1ZA 2Y7GA 1RZMA 4LU0A 3B8DA 4A22A 4MYXA 3OG3A 5CSSA 4IMDA 5CGQA 5LSMA 1L9WA 2Y7FA 4P61A 3LCXA 1LDCA 4JYEA 1JQVA 1HO1A 3CWNA 1ME9A 1WOBA 2CZDA 3SFKA 1SO5A 1OX4B 4FXRA 4FNSA 2A1YA 1IIGA 5H91A 4N02A 3O6DA 3NQ7A 1T0OA 1T96A 4A21A 3IGXA 3TC6A 1ME8A 5FEWA 3DAQA 4LTSA 1TTPA 1OX5A 1DOSA 4LOCA 4Z1DA 3F4NA 3GKAA 4CQAA 1Q6LA 3NQGA 1V7YA 4R33A 3THAA 5HR6A 3S5YA 2GOUA 1JR1A 4OU1A 2QCMA 1XCFA 4O0KA 1I2QA 1S5VA 5FI8A 5FEXA 4JIQA 2TMDA 3N3MA 3M47A 4O8RA 1Q6RA 3HG2A 1QPQA 1LBMA 4JICA 1P5BA 4JX6A 4LVDA 3TXVA 4FNUA 4JXCA 1G6CA 4IQLA 4M6VA 1EP2A 1LCOA 4JX4A 3IGUA 2ABAA 4H3DA 2R91A 5DBUA 4MUZA 2A7RA 2NWSA 2FFCA 1TYGA 2JGYA 1GVOA 1L6SA 3MI3A 4O54A 4O15A 2FLIA 4O4VA 1OHLA 4CQ8A 5D38A 1ML1A 4GUJA 2DU2A 1ME7A 4GUFA 1NEYA 4O50A 4WJEA 3W7QA 1OYBA 1TREA 4QM1A 3QC3A 3NNTA 4PC8A 4Q32A 3GXPA 1VC4A 2NX9A 1K8YA 1A5CA 1ICQA 3S1UA 1T99A 1IF2A 1BWKA 4OE7A 4NXSA 3M9YA 1KM4A 1VCFA 1WDWA 2ZTKA 3PUOA 4CCCA 2B7PA 1GYLA 3TXZA 1QDSA 2CFFA 2YW4A 3B06A 1F2JA 1FDJA 3TQKA 6TIMA 4UTLA 1OK6A 5C2XA 3L68A 3UXDA 4O12A 2R14A 1N7KA 5D37A 2JKPA 3O8AA 1VS1A 3SW6A 4H6KA 3KFTA 4UFLA 3GZ3A 1W37A 4UFJA 3LHYA 4JTIA 3PUEA 2D73A 1SQ7A 4RJEA 1TTJA 3TCEA 4DEFA 1LROA 5E93A 1Q6OA 4D2JA 3TMQA 1RV8A 3ZS4A 3KRUA 5CZ0A 1P0KA 5D02A 2C14A 3V1PA 3L2IA 5GVJA 3N14A 2DJLA 2EF9A 5CPMA 4PH6A 3L5MA 3Q37A 4YCOA 4RZ5A 5LNVA 1U5JA 1MEWA 1AW5A 4ONVA 3GXNA 4PL2A 3P80A 3PBVA 3KHJA 4JS3A 4Z0JA 3LHZA 1XM3A 1TJPA 3MP5A 2PCQA 4AWSA 5U7SA 3DHFA 3RMJA 4XBKA 4DBEA 1DORA 1RQHA 3MYPA 5AYYA 1FWSA 3PVFA 4FNTA 4MOZA 1KM3A 2VFIA 4JTJA 4DPPA 2CLOA 2G95A 4YMZA 3T4CA 1F76A 1IIHA 1GT8A 1VJIA 2A21A 4JDBA 1OFBA 4ADSA 4XUGA 5C6MA 1NF0A 1ZAIA 2BSLA 4AMAA 1VCVA 1D3HA 4JNMA 2CLHA 4A2RA 3F4WA 1L6YA 1PHQA 2E1DA 3MHGA 1AW1A 3ELFA 1H7WA 3G1SA 1S5TA 3GAKA 1O94A 4WY0F 1GVFA 4DF0A 5G2IA 5C54A 1FCUA 3HGJA 5I3JA 3TE9A 3UD6A 4TR9A 3MO7A 1YXDA 2Y88A 3BG9A 1K02A 3LGEA 1ZCOA 2V82A 2NUXA 3R8RA 2KZHA 3LRMA 4HIBA 5KSWA 4ZQOA 5HINA 4JIPA 1TRIA 2OCZA 3LHWA 4EIVA 2QCLA 3NZ1A 2QR6A 2JKAA 3GNNA 3F1QA 4K39A 1GVSA 3LHTA 2BZNA 4K6AA 3UWYA 1ALDA 1WX0A 2VFGA 4I7VA 4UMCA 3UPBA 2QDHA 3WK1A 1B4KA 1AL7A 4NXKA 1JUEA 2Y89A 3FYOA 3PR2A 1W0MA 3N9SA 1TPB1 1V5XA 3FOKA 3LLDA 5EYWA 1W5PA 1Z42A 3HGSA 4ORMA 3L0NA 4FX8A 2VENA 3W2MA 3EWWA 3TNOA 3W75A 3NQ2A 3HMJG 5LNSA 3IVUA 5AOUA 3R89A 3HG4A 4I9AA 1ZFJA 3TV8A 3PAJA 3CM4A 3MJYA 4WQ6A 3L0GA 1VPXA 3I65A 2HS8A 4HSNA 4MZYA 3H55A 1K7FA 1DQWA 4DF1A 1WYIA 1MEHA 1PVNA 5AHEA 3GDTA 5D2VA 5KZDA 3EWBX 3TC7A 1SO3A 1O60A 1X6UA 5FF3A 3OA3A 4MY8A 4A2SA 2V9DA 1XI3A 5D2XA 5SWUA 1JRCA 1YTEA 4XKYA 1SSDA 3BG3A 4KFNA 5DELA 4NU7A 4CCEA 4X22A 4RXGA 5K4ZA 3UWWA 1C9DA 3EWUA 5F4XA 1K3UA 2DZWA 3TKFA 1UUMA 5U4NA 3DH7A 2GQ8A 2V5BA 4YCPA 1E51A 3BLFA 1KTBA 3JS3A 1FDYA 2J9XA 3W7RA 3TFCA 3GIYA 1U83A 2QF7A 2G96A 2E6DA 2AQWA 2W6RA 4GWEA 1A50A 1R2RA 5AHMA 3GDMA 3W1UA 1N55A 3OEXA 3LBMA 1A5AA 3T44A 3EWZA 2QUUA 2C15A 4XBSA 2ZZ4A 1N8FA 3O1NA 3G0SA 3O06A 7TIMA 3PM6A 1KM5A 4LC6A 4MKNA 1YTDA 4O53A 2DJXA 5KINA 1S3HA 3LDVA 5FESA 4UFKA 3W7CA 1QPNA 1O95A 3JRKA 3QFEA 5LZLA 4AWTA 1HTIA 2C0AA 2YFNA 4POCA 2ZA2A 4UIOA 3TAOA 1H61A 1SR9A 2ZA1A 4L4LA 4JX5A 4K8HA 3OBKA 3DXIA 1THFD 2NXHA 3G18A 4UUIA 3WJXA 3CT7A 2AAMA 1JCYA 3O6YX 2VOMA 3DZ1A 3M5VA 2QEZA 5F2LA 4P2VA 1XKYA 3STGA 1XBXA 1KLZA 4BI5A 3NZRA 3N73A 2X30A 1KV5A 4UFHA 3NQCA 2UV8G 2Y61A 1LYXA 4MZ1A 1EIXA 1H50A 1HG3A 2CLIA 3BGGA 4LRTA 3WJZA 2NZLA 1ZAJA 1ICPA 4EOUA 1W1ZA 5DN1A 1RPXA 1KFLA 3L65A 3IRDA 3IIOA 2A7NA 3DHDA 4AWUA 1W5QA 4ZZ9A 2FPYA 3W9ZA 3C2RA 3FLUA 4JY8A 1WA3A 5DLCA 2GVLA 4CNNA 2FPVA 4Y8FA 3I68A 2Y63A 4GE8A 4LS0A 3AO0A 2LLEA 4RV8A 5BW6A 1O5XA 4MFDA 3W22A 2WPBA 1GYNA 3TR2A 2E77A 2P1FA 2NUYA 3I7SA 4N4QA 2C6QA 3NL2A 2XFWA 3GX9A 5A8GA 1OVDA 2NXGA 3PBUA 3L67A 4MVAA 5F1UA 1GJPA 3VFLA 4GJ1A 4ZQRA 4O52A 3C52A 3GXTA 5HJLA 3EX6A 4L4MA 4N2YA 1EUAA 4UC5A 3W76A 2QJIA 3FFSA 4NJHA 2QAPA 4HNUA 4MY9A 3LERA 5HUPA 5AYXA 5G2HA 5FEPA 4QNWA 3W1RA 3HPXA 4DQWA 3TAKA 4QAIA 1SZEA 3DKJA 3Q94A 2QUTA 2ZRUA 4WZHA 2BX7A 4LC8A 2DZTA 3TH6A 5MHBA 4AF0A 2AGKA 4RXFA 1ZNNA 1EWDA 5K9CA 3W7EA 3NEVA 4S2CA 5AN7A 1T8XA 3HO8A 2V2DA 3LI1A 1TTIA 2I1OA 2QCDA 2ZRZA 5J5RA 1K03A 3SZ8A 4Y90A 4E0CA 3RF9A 1TO3A 3UWZA 1QPRA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1HNY A;  4J3Z A;  1B3V A;  1I2N A;  2W67 A;  1W56 A;  3H21 A;  3TQP A;  4O1D A;  1BRL B;  1XDL A;  3PZQ A;  4JN6 A;  4AIU A;  2QHA A;  3VM5 A;  3HQP A;  4DNM A;  3M0Y A;  5I00 A;  4RX0 A;  1SZR A;  3KTC A;  4QAW A;  4IX2 A;  3B0V C;  3WLH A;  3GTN A;  1PS9 A;  4GXM A;  3QRH A;  1TQJ A;  3U2Z A;  3IJ9 A;  3P5Y A;  1XDJ A;  5IFP A;  3IJQ A;  3SO7 A;  3LXB A;  4N6F A;  3SIM A;  2G3J A;  1LLZ A;  3CV2 A;  3KS5 A;  1H4P A;  5D03 A;  3OVG A;  7TAA A;  5L9F A;  2Y8U A;  1UW9 A;  1LUC A;  4U10 A;  1KQY A;  2NVA A;  1O6I A;  3SGZ A;  3WUB A;  3EAU A;  1DED A;  3GYE A;  2W27 A;  2HNE A;  3E2R A;  1QOQ A;  4NF7 A;  3IIV A;  3BMW A;  1H0I A;  3D46 A;  2Z1V A;  4LCR A;  1AH0 A;  4UTJ A;  4C1L A;  4GC4 A;  1XW8 A;  1U30 A;  4HCL A;  1QR7 A;  2INE A;  1S2A A;  1NAL 1;  1ZBC A;  3B9A A;  2ESC A;  1QU4 A;  4M6Q A;  3CH9 A;  3WMS A;  3HB9 A;  5I7G A;  2FZ9 A;  3OZO A;  2Z6J A;  3AQU A;  1TJR A;  3VDA A;  2WMF A;  2GQA A;  2CES A;  3SIZ A;  3VPL A;  3UPW A;  2CHO A;  2J6X A;  2H8Z A;  1KFW A;  1NP0 A;  1NFP A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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