2PF0 | Genus

Total Genus 151

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	151
sequence length	394
structure length	394
Chain Sequence	AWDYDNNVIRGVNLGGWFVLEPYMTPSLFEPFQNGNDQSGVPVDEYHWTQTLGKEAALRILQKHWSTWITEQDFKQISNLGLNFVRIPIGYWAFQLLDNDPYVQGQVQYLEKALGWARKNNIRVWIDLHGAPGSQNGFDNSGLRDSYNFQNGDNTQVTLNVLNTIFKKYGGNEYSDVVIGIELLNEPLGPVLNMDKLKQFFLDGYNSLRQTGSVTPVIIHDAFQVFGYWNNFLTVAEGQWNVVVDHHHYQVISGGELSRNINDHISVACNWGWDAKKESHWNVAGEWSAALTDCAKWLNGVNRGARYEGAYDNAPYIGSCQPLLDISQWSDEHKTDTRRYIEAQLDAFEYTGGWVFWSWKTENAPEWSFQTLTYNGLFPQPVTDRQFPNQCGFH

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Carbohydrate binding sites in Candida albicans exo-beta-1,3-glucanase and the role of the Phe-Phe 'clamp' at the active site entrance. pubmed doi rcsb
molecule keywords	Hypothetical protein XOG1
molecule tags	Hydrolase
source organism	Candida albicans
total genus	151
structure length	394
sequence length	394
ec nomenclature	ec 3.2.1.58: Glucan 1,3-beta-glucosidase.
pdb deposition date	2007-04-03

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00150	Cellulase	Cellulase (glycosyl hydrolase family 5)

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.80	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Glycosidases	2pf0A00

1XD1A 1HF6A 3VIMA 1VENA 4PMOA 1KXHA 2EPKX 1B3XA 4MAZA 3E1F1 3A6OA 1B9ZA 1OB0A 1CLVA 1E0WA 3CZEA 3AHZA 1L0PA 4IM4A 3WNPA 3VM7A 1BAGA 3F5LA 1ZJBA 1J12A 3EDFA 4U2YA 1UKPA 1GJUA 2D24A 4ACYA 3TA9A 1BYBA 2E8ZA 3CO4A 3WNOA 3DECA 2J4GA 3D5HA 4UQ9A 1W32A 5HDRA 4CU7A 1XH2A 3NSMA 4TX6A 1DWFM 5CSUA 3EDJA 4E8CA 1W9XA 4BQ4A 1LG1A 5FL1A 1EDQA 3OBAA 3VD5A 1TCMA 1E1FA 1WZMA 4KWUA 3VIOA 4BA0A 4AY1A 1V0LA 2VMFA 1HJWA 1ISVA 3WDPP 3BC9A 3QOMA 3FXYA 2G3JA 3VNZA 4ATDA 1CXEA 2J62A 4AZ6A 3KL0A 1XHGA 1RD6A 2VUYA 2IXUA 1ZBKA 1JYXA 2W67A 1E6PA 2FGZA 1JNEA 4GQQA 1H2JA 4WKAA 2D0GA 1GQJA 4PSRA 4LQ1A 3KE0A 1QI5A 4U5KA 5E0CA 3CPUA 1E0XA 4W7VA 3NSXA 3WD3A 1ZBCA 3M07A 1R8LA 3AIBA 4HMCA 3BAWA 1UOKA 2YL5A 3RO8A 2ZWZA 1GW1A 1U33A 1UKTA 3WH6A 3N04A 4CVUA 3N12A 3GH7A 1FP8A 3SCPA 4IPLA 1FH9A 5EMYA 1HKKA 1CENA 4WK9A 5A6LA 1WKYA 4FLQA 1MVYA 1OM0A 3VIIA 1UWIA 1LG2A 1UKSA 3CHEA 5A3HA 1HJQA 1YQ2A 3WDHA 1UKOA 3ZT5A 1DTUA 3LMYA 3K8MA 1ZB5A 3QHOA 1E5NA 4UOJA 3AJ7A 4DUXA 3UR8A 1HJUA 3QR3A 2XVNA 3SUVA 3AROA 3CUHA 5GNYA 5D9PA 2WB5A 2J8GA 1R85A 1KFWA 3CMJA 3EDDA 1X1NA 4ZE4A 4XZBA 1NOWA 3WMCA 2QPSA 1HXJA 1BF2A 3ARTA 4PSPA 1AQHA 4WIWA 3JUGA 1Q6FA 4LYRA 2PWFA 3PZTA 2DQXA 4U33A 4MNJA 2XVPA 3ARYA 1W1TA 3K8LA 1ESWA 4PMUA 2EO7A 3HN3A 3G6MA 4CN6A 3A4AA 1XH0A 1UD8A 3WH7A 4L4PA 2GDUA 1C90A 5CXPA 4ZE5A 2E9MA 1JZ5A 1G5AA 4W85A 2J25A 3WD1A 3SURA 2DGAA 3ARRA 3OIHA 3T2QA 4M8UA 3VGBA 2E8YA 2WWDA 2WMFA 1AQ0A 2D2OA 4YPJA 3WNNA 1W9DM 4B3KA 4X0VA 5JIWA 3SCNA 2ESCA 3MO4A 2A3CA 2UY5A 4HPGA 2ZUTA 2CESA 2JF7A 4FLRA 4EK7A 3CTTA 4P8UA 4RE3A 2WWCA 4D6IA 3SCRA 3AFBA 3ZJ8A 1WO2A 1HP5A 3EDKA 2J7CA 1MW2A 5E0FA 5JBDA 2QMJA 5LA2A 1DHKA 1MW3A 4FF5A 1WCGA 4HOXA 1B3WA 3N15A 3FY1A 3VGDA 3KL5A 3ZQ9A 4W87A 2D1ZA 4EANA 4YHGA 1FHLA 3FHQA 4PMZA 2VX6A 3GYCA 3W38A 3MV01 5A2AA 1VFFA 1W9PA 1US2A 1R7AA 4D6CA 1J0HA 3CHFA 4NRRA 2W61A 5A2CA 3FAWA 3ZSTA 1VF8A 2XJ7A 4JL2A 2EQDA 1E4IA 2ZX6A 2OWXA 4P7NA 2ZUNA 4JKLA 3A4WA 5CSYA 1E5JA 2QF8A 3L4WA 1W3LA 4AISA 1V08A 3CUFA 4H8HA 2YLLA 1R7OA 5LA0A 3ARWA 4PN2A 2J7EA 1DWHM 4XV0A 4D6GA 3VX0A 4HP5A 3VILA 3CZKA 4D1JA 4DWSB 1V3KA 2UY2A 1B3ZA 3WUBA 5CQ1A 3DHPA 2XVKA 1EHAA 3AZTA 3IK2A 2CBVA 1BYCA 3T2PA 1JZ4A 4J3WA 2XTKA 1CGVA 1Q6EA 6TAAA 5A6BD 2WMIB 1V02A 4Y7EA 2PBGA 1PZ3A 2WHKA 4S3JA 3GM8A 4M56A 3K4DA 3CZJA 4OOZA 1B90A 2DEPA 3ARSA 1HVQA 5AC4A 1XSIA 4GIAA 1Q6DA 2EBNA 3NDZA 2ZUSA 1V6VA 4HA3A 1WZLA 2BS9A 4JHOA 5DMYA 5DO8A 1BTCA 2XFYA 4M1RA 1C8QA 3VX1A 2VNCA 1JYVA 1JGIA 1UD5A 4J3XA 3AOFA 3T08A 1UWRA 4ZXOA 4CCCA 5D9OA 1ZBVA 4P8VA 3MUIA 4TVDA 1FH7A 1WDQA 4R5EA 3QHMA 1J11A 3RM9A 4NI3A 4W86A 4CKQA 3EMQA 4MADA 5HPOA 1KWGA 4J28A 1OINA 3N1AA 3W25A 2O9OA 3OLIA 4AD2A 4JFUA 1Q4NX 1DWJM 3VTRA 1J10A 2YA2A 2CPUA 1XH1A 3BCFA 1XCXA 4TOQA 1UD2A 7A3HA 5CPTA 3ARUA 4D72A 1ISYA 5A6AA 3GNPA 2XFRA 2BHYA 4CU6A 4CD4A 4E8DA 2BHZA 4ML4A 3BXWA 4PMDA 1FFQA 3MMUA 4M82A 1W9VA 4GQRA 2IXVA 1M01A 1B1YA 3GZAA 1HVXA 4QDMA 1NM9A 3WEMA 3GXIA 5M5DA 1C7TA 2XUCA 1S46A 1PAMA 3ARVA 3KZSA 2WZIA 3BLPX 4GPNA 4HZ6A 3VGGA 3DC0A 1UH4A 4J3TA 3VDAA 5D8ZA 1PPIA 4HOZA 2O9RA 1B3YA 3WD4A 1N82A 3AHXA 5DF0A 1HKMA 1NOFA 3VU2A 1JZ7A 3AIVA 4KGJA 1WP6A 3BAXA 4UFJA 1OSEA 5A8OA 3M46A 1DWGM 3PZMA 4CD5A 4TVCA 1O6IA 3WIJA 2CBUA 4H8VA 1ZS2A 5FCZA 3AXHA 4C7FA 4TUFA 3THDA 2RGLA 2WSPA 3PZOA 1CDGA 1P6WA 1XSJA 4AMCA 3L2MA 4MNLA 1O7AA 2VX5A 4CUCA 3CHDA 1E71M 2D23A 3CBWA 2WBKA 2WBGA 3WH8A 4KGLA 2ZUVA 4AZBA 2V3GA 2C0HA 4MAVA 2WHJA 1ZJAA 3MANA 4DUWA 5A1AA 4P8WA 4A3HA 2OYLA 1MQQA 3EDEA 4UNIA 4PCTA 3WUGA 1KXQA 4UFIA 5KZ6A 1VRXA 4MPKA 1NARA 4GXPA 4H41A 2WKLA 1E6XM 4RL3A 1KWKA 1CXFA 3GXDA 2CITA 1GORA 2DT0A 2VT0A 2F61A 4NSBA 1HNYA 4H04A 2YL8A 1H09A 3UG3A 1LL6A 4PTWA 1IV8A 8A3HA 1XCWA 2AMGA 4HMDA 3IJ9A 2B31A 1UD4A 4QCFA 1PZ2A 5TD4A 1E6SM 2E3ZA 3WNMA 3SUUA 4W84A 4J3VA 1CXIA 5CPSA 2X8RA 2E40A 2DSWA 1W1VA 4MB4A 3NYDA 2QMKA 5GPRA 2NW0A 5BXPA 2FGLA 4IPNB 2Z1SA 1QNQA 2GSJA 3D3AA 2XFFA 2WVVB 3A3HA 2WMHA 2Z1KA 1IZJA 1WE5A 2OSYA 4ZFMA 2WZEA 2YL9A 1QVBA 1LF1A 4Z2GA 2NT0A 2YBTA 4WKHA 5IDIA 4X0NA 1K9TA 3T09A 1UQZA 1UR0A 3L4UA 4W7UA 1KGXA 2YIHA 4LYQA 1KXTA 2D0FA 4ZEPA 3W29A 1BHGA 3LPOA 2WVUA 1QOXA 1ODUA 3RILA 2ZOXA 4JZ5A 3BSHA 1E70M 3RJXA 4JKMA 4J3SA 4OZOA 1CZ1A 4BCEA 4HA4A 2JFEX 1EH9A 1GOIA 2PF0A 1C92A 4K68A 4M81A 1QNSA 2X1IA 1V0KA 1FFRA 4W93A 4CD6A 2YLAA 3SCTA 6A3HA 1UH3A 3WD2A 4CN4A 5I3DA 4PTXA 4FMVA 3VD3A 3AI0A 4W88A 2HISA 4QFUA 4PMQA 4IISA 4AYSA 2D20A 1EO7A 2ZIDA 4P7OA 1GHRA 1VIWA 2XSBA 3TP4A 1H0IA 2EPOA 4U3AA 3VIPA 1HJXA 1GVYA 3OGVA 1E0VA 4F9DA 3T0DA 4TX8A 3BAKA 3WQ4A 1E9LA 4WLCA 3UCQA 1E1EA 5I2UA 3BSGA 2WMKA 2D0HA 3WQ8A 1NH6A 4UOQA 3AICA 3MMDA 4GZEA 1EO5A 1BPLB 2WKGA 1UA3A 1ISXA 3WFZA 2ZX5A 3VO0A 2OSWA 3N18A 1XC6A 3VUPA 1V3HA 1CECA 2IUZA 1E73M 3K46A 3WQVA 3L4VA 3BAJA 3OA5A 4N42A 1X6LA 4Z2IA 5HOSA 4KRTA 4OIFA 3CUIA 5CLWA 1ZL1A 1B3VA 2WVTA 1WB0A 1E72M 5BROA 2CKSA 5HXMA 3SUWA 4GZIA 1M7XA 4H8UA 2C8NA 1E6ZA 3AXXA 4BQ2A 3AIEA 1JAKA 3DYPA 1F4AA 3ZMRA 2VQTA 3SIMA 2G3IA 1R87A 1GONA 2RGMA 3RDKA 3AS1A 5A2BA 4B9ZA 2XIIA 1VEMA 4AIOA 3SUSA 3W27A 2J77A 4H2CA 2BVTA 4PUEA 2BY1A 5HNNA 1JZ3A 3WH5A 4B15A 3CUGA 4MB5A 5JIPA 2D3LA 4TTUA 2DSZA 3WUEA 1MQRA 3WDRA 1VB9A 1D3CA 5A6SA 5BRQA 2JEPA 2GJRA 1QHPA 2YA1A 2Y8KA 4UQEA 2BNJA 1NWUA 3MSDA 1UR8A 1VJSA 2BY3A 1BGAA 3CIVA 4D1IA 2DT2A 3WL1A 2W62A 3U5YA 3QGVA 2V5DA 3ZJ7A 3WBEA 2UY3A 1W2VA 5DEZA 5E6YA 5JUVA 1GQIA 1V3LA 3RPMA 1LWJA 4EAMA 4GI8A 3PHAA 2EPMX 4NRSA 5E9AA 3IANA 4C7GA 3PZQA 5GNXA 3WBAA 2FH6A 1HKJA 3IAPA 4CN1A 2J7GA 1WDPA 3ZT6A 1G9HA 4JFSA 4B16A 4FLOA 5GNZA 1BG4A 3CLWA 4M24A 4BQ5A 4CU8A 1TUXA 3ZR6A 2GK1B 3PTQA 2BV9A 1GJWA 5BXRA 4UCFA 1GPFA 2BFGA 1A47A 2XG9A 4PYSA 4HZ8A 4JAWA 4W8LA 4U3CA 4BS0A 4JL1A 2J7BA 4MTVA 3WF3A 4OBSA 1GNXA 2CCRA 3GTNA 3VMPA 5BCAA 4GINA 4D6FA 1DWAM 5ABEA 1CGYA 3F5KA 1ISWA 4AZ7A 1UD6A 2BHUA 3W37A 1BQCA 3WUFA 1V02E 3TONA 1ODZA 4J7RA 3O2LA 4HMEA 3ZOAA 4DM1A 5LA1A 1VEOA 4QP0A 2J75A 1I1XA 1HJSA 5AY7A 1J9YA 3TTYA 4MB1A 3PZVA 1XD0A 2WC3A 5IHRA 3UETA 3NCOA 4DWSA 2X0YA 4W5UA 1UR4A 4UFLA 3AYRA 1H4PA 5CG0A 1XSKA 1AQMA 2ZE0A 3WQWA 3MU7A 4TXEA 4RE4A 1CGTA 2DPEA 1C93A 4UFHA 1WDRA 1E3XA 2WMIA 4C7DA 1VJZA 2ZXAA 2ZXQA 1EIBA 2CXGA 3CZLA 2E0PA 2GUYA 1GZJA 4AD3A 5ABFB 3U7BA 2JIEA 1UR1A 2YOCA 3IJ8A 3SCSA 3F5JA 1UHVA 2VR4A 4AWEA 1H5VA 1HL8A 2VOTA 3OLEA 4JIEA 3WENA 3VGHA 4YHEA 3K4AA 2QPUA 1JI2A 1JIBA 2VCAA 3WF0A 1GUVA 1LL7A 1R86A 3O9NA 3AIRA 4ZENA 3W0KA 3BMWA 1B30A 4CCEA 2VI0A 3TTSA 2YJQA 1HJVA 3AIQA 1V0MA 3II1A 2ZX9A 1KGUA 3VD4A 3VVGA 4WSKA 1QW9A 7TAAA 1UWUA 1TMQA 2VCCA 2JALA 2CNCA 1VEPA 4AD1A 1NP0A 1UA7A 5CPQA 3AYSA 2QHAA 3CHCA 2ZUUA 4CVWA 1SMDA 1UZ4A 1QI3A 4HPHA 1QI4A 2WHLA 1JDAA 1G1YA 1LWHA 3MMWA 5M3WA 3SCQA 1JF5A 3AZSA 4DUVA 4U31A 1JFXA 3MV11 3W4RA 1E4NA 3BLKA 1JI1A 1NOUA 2DSKA 3N11A 4V28A 1W91A 3LPPA 2NT1A 1QW8A 3HU7A 1PEZA 2BY2A 3B9EA 1JAEA 4LYPA 1UR9A 2DT3A 3GBDA 4AW7A 5I77A 2FHFA 3THCA 1OGGA 2W92A 2WM0A 2OWWA 1EOKA 1WNOA 1V3JA 1YHTA 5A8PA 3EYPA 2X2YA 3AIWA 3GDBA 4MNKA 5A6JA 4LGXA 2EPLX 1TVNA 1CPUA 5KEZA 4KRUA 2XM1A 4WKFA 1UUQA 2JEQA 5A8NA 3U57A 4H7VA 2WPGA 3APGA 4GO9A 3ZT7A 4F66A 1U2YA 2F8QA 3K8KA 2W66A 1JL8A 4UQCA 2MANA 1EQPA 1V0NA 4UZUA 4AEFA 1GOKA 1JDCA 2C7FA 1GOOA 1PBGA 2XM2A 2G8ZA 4U5IA 3WF1A 1E4LA 4NF7A 2ZUWA 1MYRA 4LXFA 1TFVA 3VIHA 1UKQA 1W9BM 1XV8A 5CLTA 1RP8A 4Z2LA 1KR1A 4XB3A 2OSXA 1UYQA 1OD0A 1Y7VA 5BXSA 3N9KA 4U2ZA 3T0AA 4NZCA 1HT6A 2XWEA 5EFDA 2VX7A 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 1JND A;  1JYW A;  3OGR A;  1OGS A;  4BQ3 A;  2DH2 A;  3RM8 A;  1BVN P;  1E6N A;  1XRV A;  4AZC B;  3AXI A;  5DFA A;  5HPC A;  2XHY A;  3MSG A;  1BLI A;  4JHZ A;  4A4A A;  2V3E A;  1BYD A;  1UD3 A;  3G6L A;  4PCS A;  3SUT A;  5A8Q A;  1UQY A;  5EB8 A;  3NDY A;  3CH9 A;  1BSI A;  3GXF A;  2A3B A;  3FN9 A;  1JF6 A;  4BF7 A;  3UR7 A;  4QCE A;  1NWR A;  2XPK A;  2JF6 A;  2WCG A;  4PMN A;  4UTF A;  4UQD A;  2J78 A;  3BGA A;  5E70 A;  3WKZ A;  4J27 A;  3T0B A;  3W53 A;  1PX4 A;  4QLJ A;  1C3F A;  5I24 A;  2WMJ A;  3WEZ A;  1HL9 A;  2XGI A;  1VFU A;  4LX4 A;  3W81 A;  4Q7N A;  1WZA A;  2WK2 A;  1GCY A;  1SMA A;  2WNW A;  3ARP A;  1C91 A;  1ITC A;  1H41 A;  4A3Y A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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 1H61 A;  4H9U A;  1FH9 A;  5EMY A;  6XIM A;  1PUD A;  4JTR A;  2G0W A;  4ZB5 A;  2HRO A;  1SVD A;  1MVY A;  3VII A;  3DN5 A;  4NZ4 A;  1FKX A;  5A3H A;  3CHE A;  3MZ2 A;  5K2Z A;  1UPM B;  1UC4 A;  3M5Y A;  3LMY A;  4IPI A;  1ZCC A;  4B5N A;  4UOJ A;  4ZSU A;  3AJ7 A;  4DUX A;  2FZD A;  2BMB A;  5CBB A;  1HJU A;  4ICM A;  2HXU A;  4E8G A;  5HWJ A;  4C90 A;  4FI4 A;  2PC4 A;  2VGF A;  5FAG A;  2R1K A;  2ZRW A;  2WB5 A;  3OBE A;  1RY8 A;  4ZE4 A;  3IVU A;  2QPS A;  4UTT C;  4CQ9 A;  3ZLH A;  2PWF A;  1MDR A;  1URO A;  3E49 A;  3PZT A;  4BI7 A;  5HJL A;  1GPW A;  4MNJ A;  4PCF A;  3ARY A;  4DO5 A;  3E38 A;  1W1T A;  5B7Z A;  1ESW A;  2OQH A;  4PMU A;  1K8C A;  2HK1 A;  2ACU A;  4AXK A;  1DE6 A;  3UWZ A;  1OEP A;  5AKQ A;  1SO5 A;  4HSN A;  1C90 A;  5CXP A;  3MB9 A;  1ICQ A;  2E1W A;  5CSR A;  3BW3 A;  4DXK A;  3SFW A;  1K8X A;  3VFL A;  2DGA A;  1TX2 A;  1UBS A;  3VGB A;  2E8Y A;  2WWD A;  3W00 A;  2WMF A;  2AKZ A;  1SZG A;  1AQ0 A;  2D2O A;  3T4W A;  2IQT A;  4X0V A;  1E9Z B;  3PS7 A;  3W2L A; 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Chain Sequence

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Chord Diagram

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