3DAQ | Genus

Total Genus 114

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	114
sequence length	292
structure length	292
Chain Sequence	THLFEGVGVALTTPFTNNKVNLEALKAHVNFLLENNAQAIIVNGTTAESPTLTTDEKELILKTVIDLVDKRVPVIAGTGTNDTEKSIQASIQAKALGADAIMLITPYYNKTNQRGLVKHFEAIADAVKLPVVLYNVPSRTNMTIEPETVEILSQHPYIVALKDATNDFEYLEEVKKRIDTNSFALYSGNDDNVVEYYQRGGQGVISVIANVIPKEFQALYDAQQSGLDIQDQFKPIGTLLSALSVDINPIPIKALTSYLGFGNYELRLPLVSLEDTDTKVLREAYDTFKAGE

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Structure and evolution of a novel dimeric enzyme from a clinically-important bacterial pathogen. pubmed doi rcsb
molecule tags	Lyase
source organism	Staphylococcus aureus
molecule keywords	Dihydrodipicolinate synthase
total genus	114
structure length	292
sequence length	292
chains with identical sequence	B, C, D
ec nomenclature	ec 4.3.3.7: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase.
pdb deposition date	2008-05-29

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00701	DHDPS	Dihydrodipicolinate synthetase family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	3daqA00

1B4KA 2NUWA 5EYWA 3BLFA 3R13A 1GYNA 3W74A 4YCOA 4BI7A 4CNPA 3G8RA 1IXNA 3BW4A 1DL3A 3NVTA 4H3DA 4EF8A 4NNBA 1J2WA 3F4NA 5HUOA 2O7QA 4BI5A 3G1DA 3PSWA 3D0CA 1KV5A 1FWWA 2QCDB 1X1OA 3OA3A 4NQ1A 3BPWA 5HMSA 2CWNA 5E1QA 1IF2A 3PULA 1H60A 2ISWA 4DPPA 1SSGA 3BG5A 4JEQA 5ABTA 1XM3A 2YFNA 3MP4A 4GRSA 1ALDA 3CIWA 5HWNA 4UTKA 1DVJA 3HOJA 1TTJA 2RKXA 3V1PA 4DBEA 4O15A 1UCWA 1BTMA 4LS2A 4GFSA 5A5WA 3M5XA 1GYLA 1YPFA 4O50A 5CPLA 1F6KA 2W79A 3IGXA 3NQAA 4LS1A 3NQ6A 4M19A 4AWSA 5C54A 1JCMP 3S9YA 2PRMA 1OFQA 3HO8A 5I3GA 3KOFA 5EY5A 5DXYA 2VEPA 4LVDA 3W9ZA 3HPZA 3G3MA 2QCMA 2NX9A 2WNQA 3IGSA 3KFTA 4K36A 2A7PA 3M0ZA 3U8GA 1FDYA 3E0IA 3W3OA 2QUTA 3GB6A 4BK9A 4O1CA 3TNOA 1EPXA 5CPMA 3MHFA 1VCFA 1JJKA 1ML1A 5CSRA 1AW5A 4K6AA 1PE1A 5IBXA 1DJNA 5D30A 2OJPA 1KTCA 2C14A 2VEIA 1TQJA 1L6WA 1RQHA 3TC6A 2Z6JA 1FWNA 2H90A 4NJHA 3HBLA 5DXXA 1Q6OA 1IXQA 1IIGA 1KFKA 3I65A 5AHIA 2QCEA 3W76A 4FIQA 2NV2A 1A5SA 1O94A 3NQMA 3R2GA 1Z48A 2GVGA 3W07A 1HFBA 4X9SA 4ZZ9A 1WV2A 4HNVA 3MMTA 1SSDA 3FJ6A 1TTPA 2VC6A 4ALDA 4M5PA 3HG2A 4GUFA 5K9CA 1QR7A 2J27A 3V75A 1Q6LA 3MI2A 1FXPA 3E49A 3VKJA 1OFBA 3W7MA 4MZ1A 1W3NA 3LCGA 3FS2A 1NAL1 1A53A 3LCHA 4HIBA 1W54A 3CC1A 3L5LA 3CWOX 4DF0A 1JRBA 3LCXA 2W0UA 2J9ZA 3P7YA 1AMKA 1DBTA 3NPWA 5D38A 1VPXA 3P62A 4UNKA 4MIMA 3C3NA 3STCA 4O0ZA 4JTJA 3A5VA 1GQNA 3DFNA 1LOQA 1QO5A 2C0AA 4Q4KA 4YMZA 1SUXA 2V81A 4O1AA 1H63A 4JIQA 4K8EA 1GOXA 1KFLA 2FJKA 4FNUA 2H8ZA 4ZQMA 4ORMA 1Y0EA 4ORIA 1LLZA 4J9JA 2QR6A 3LCIA 2A0NA 3HG3A 2QCLA 3EX2A 2GQ8A 4UTWC 3O16A 1K02A 1TB3A 5K4XA 1JCLA 3PWAA 5G2HA 2Y7GA 1L6YA 3NO5A 3W2UA 4NX0A 1YXCA 4GNJA 5FEZA 1SW3A 1MSSA 3TV8A 4MLRA 5D32A 2AGKA 4FEZA 1MEHA 1XBVA 2CLIA 3EXRA 4JTTA 2EAWA 4AB4A 1EUNA 1OX4A 3PR2A 3EWXA 3EWBX 2PRHA 3SGZA 4UR8A 3ELFA 2E6YA 2QJHA 2HS6A 2OX1A 1FCUA 1MEWA 2ZRVA 4O8RA 3VFLA 1I2NA 3W7PA 1QMLA 2B4GA 3BVJA 1I2PA 5DCDA 1GTHA 1YDVA 1H7RA 3LBMA 4WJEA 1R30A 4IGHA 4A2RA 3Q94A 1G4TA 3L0NA 4GE8A 1PIIA 3OHIA 1FDZA 4RLIA 1ZAHA 3ZS4A 4HNNA 4NJKA 3NPUA 2ATSA 4JX6A 3USBA 3LHTA 3R5EA 2VFIA 2YX0A 3NPXA 1N55A 4WZHA 1TRIA 5D2TA 1LZOA 1EWDA 1OK4A 3FOKA 1ZHAA 3DKLA 1KBIA 1LYXA 4FXRA 3DFQA 3MBDA 2FB2A 1I4NA 3O6CA 4JTLA 1OFAA 1M6JA 2P10A 1GG0A 4U28A 5CSSA 1PV8A 3C6CA 3B03A 1VH7A 3CQ0A 4RZ5A 5FF4A 3L66A 1PVNA 1QOQA 5FEXA 3GKFA 1FQ0A 3TAKA 3PY2A 1MEIA 1F74A 4DF2A 1G4EA 1OJXA 2JBMA 4JYDA 3A24A 5AHFA 2V8ZA 3GNNA 2P1FA 1GJPA 2Y89A 4JNMA 2P0OA 3S5ZA 3PBVA 4BFAA 3E96A 3S0CA 1FXQA 5L6UA 3WK3A 1KTNA 2E5BA 4AXKA 4MFEA 3NL3A 2ZZ5A 3HGOA 1ONRA 3W7OA 1AW1A 1LP6A 4OE7A 3AO0A 4JTKA 4IWWA 3LHZA 5AC8A 4LY8A 5AFDA 2CLOA 3LDVA 3NQGA 4GWEA 5F1UA 1Q6QA 1R2SA 4LVGA 1LOLA 4IMDA 2DJXA 3OVQA 4LW7A 5DY2A 4S2BA 1CX9A 2Y7EA 3LOTA 1GT8A 4W9TA 2ZTJA 2X1SA 2J24A 4Y6GA 1DKWA 4QM1A 1LTDA 1GVQA 3P8JA 4PTNA 5G5IA 3A21A 2PC4A 4I7UA 2ZRWA 2E6FA 3B04A 3B0PA 3QRHA 3S1VA 3W72A 2I1OA 3BG3A 1FDJA 4CQ8A 5MHBA 3WJXA 4FNSA 3LLFA 2WSQA 4RK8A 2I14A 2VFEA 3F03K 1L9WA 1VYPX 1P1XA 1DV7A 3YPIA 2DZTA 3LCWA 3LV5A 3GIYA 4LTSA 4O19A 2Q3RA 1P0KA 2UV8G 3TW7A 4RX0A 2ZRXA 1TPB1 1R2TA 3W7GA 4PH6A 4XWUA 1JCJA 2PURA 3EX1A 3UWQA 1K8XA 3TR2A 2A4AA 3KVJA 4MJZA 2V2DA 4JYEA 1WA3A 4Y9AA 1OFEA 1WOAA 3DFTA 5HJLA 3RU6A 3MW7A 1EA0A 1R2RA 2A6LA 5G2IA 4AHOA 4EIVA 4M6QA 4AH7A 4WQ6A 4LC8A 3S5YA 4DPQA 3NL5A 3P5YA 3NR0A 2DU2A 5LNVA 4FNTA 4S1FA 4R7JA 3TMLA 4FHAA 3GZ3A 4AWTA 1JUEA 1SR9A 1VCVA 5IBXC 3W87A 3W1QA 2DZPA 3LRMA 2BTMA 3ANYA 3UWYA 3EEGA 3ZFHA 1OX5A 1VCGA 2ZFAA 2VFGA 3DGRA 2J9XA 5E93A 3SR7A 2B0MA 1AK5A 5F2LA 3W88A 1S3HA 1LBLA 4QIUA 1B57A 3DHFA 5AHNA 4PC8A 2ZQ0A 3TFXA 4BI6A 3GDMA 3MYOA 5KITA 3QF0A 4Q33A 4OV4A 1DHPA 4AHQA 3S1UA 1H7PA 3HG4A 5C6MA 1QPQA 4AF0A 3WK0A 1LLWA 1LROA 4UIOA 3RLVA 4UTMA 4ZMGA 2B7NA 1ZY9A 2O7SA 3GX9A 2ZZ6A 4HSOA 4Z0SA 1G6CA 4ZQNA 3OVRA 2X30A 4UCGA 1UBSA 3OIXA 4FX7A 1PHWA 3PBUA 1TPUA 1H5YA 2FIQA 4O17A 4UC5A 3UPWA 3NXFA 4DO6A 5AHMA 2Y7FA 2NZLA 3RLUA 1JQXA 1LORA 3MO7A 2H3BA 5FF7A 1FWRA 4FB7A 1QPRA 5IM51 2WJZA 3UWUA 1TREA 3W1PA 4MYAA 1S5TA 4YL2A 5F2IA 4CLMA 3S5NA 3EX6A 3LI1A 5K4ZA 2EGZA 3B0VC 2DP3A 3W83A 4O52A 2G96A 1F76A 3CB8A 3L9CA 2C1HA 4K37A 3C61A 2CFFA 4Z0JA 1YADA 1GVOA 5K9XA 2V5BA 4UFMA 1F7BA 1XFBA 2FTPA 2QAPA 3NQCA 4JY9A 3N2MA 4FIRA 4JY8A 2CLEA 2C16A 4IMFA 4CCCA 3QC3A 1PL9A 1JR1A 5CZ0A 2PE4A 3GK0A 3LX9A 4PODA 3M16A 2YPIA 1C8VA 4KKXA 4ZQOA 5AYYA 3UWZA 2B7OA 4LRTA 3DFOA 1WOBA 1ZJIA 2Y62A 2OMAA 3PBWA 1EP1A 1VYSX 4O54A 4NVTA 3LRKA 3G8EA 1KTBA 1PCWA 1MO0A 3WJWA 3PB0A 1X8FA 2R8WA 1QO2A 1I8JA 3EX3A 3SIZA 2ISSA 2XN0A 5LHFA 1VGAA 1W5NA 1JQVA 5LGZA 5DELA 1PS9A 3GAYA 4JN6A 2RHGA 3NNTA 4N6FA 3DFSA 4MZYA 1KM2A 3TXZA 1XKYA 1YPIA 3KVMA 1RQEA 4OHQA 3CT7A 1SZNA 1EB3A 1G67A 1SFJA 1SPQA 4E2BA 2QCGA 4I7VA 2Z6IA 4ONVA 5EPDA 4FNRA 1XBXA 4QITA 3O15A 5KZEA 3NG3A 1E51A 1VRDA 5HULA 3H55A 1H1YA 2PCQA 3ABOA 4D2JA 4X3ZA 3HGRA 3GAKA 4NJJA 1ME7A 5J5RA 3THQA 1GVSA 2EPHA 3WK1A 1TPWA 3NEVA 2C13A 2IQTA 4DQWA 1QPNA 3CTLA 1YTEA 4OV9A 3ATYA 4XKYA 3TKFA 3TQVA 1VYRA 5CZTA 1H51A 3LXAA 1L6SA 3P61A 4CCDA 3TJLA 5AC7A 2ZYFA 5FF3A 2X1TA 4LS0A 2QF7A 3M44A 1K7XA 1KV8A 4PL2A 1WBHA 3QJAA 2VKZG 4O14A 2H3DA 4XBKA 3EX4A 2Z2UA 3UWVA 3VI2A 3QPZA 4Z08A 4K7VA 3UPBA 3PUDA 2RDWA 5F1VA 1EX5A 1M7OA 2J9YA 5TQLA 5F2GA 5BNKA 3PSVA 3C52A 2Y63A 5AB3A 3IVUA 3GDTA 4QQ3A 1B4EA 1VHCA 3GDLA 4CCEA 2CZ5A 3DZ1A 5I3HA 1VLIA 4AAJA 3QYQA 5DBUA 1OYCA 4RCXA 4NJGA 3W84A 2VEMA 3SJ3A 5BW6A 3W7EA 4EF9A 1W5OA 1WBJA 3MHUA 3M7WA 1VZWA 4MJMA 3QQ0A 4O16A 4C1KA 3U2OA 5F4WA 3W1RA 4DXVA 2QCHA 2CLHA 4DELA 4MY8A 2WO5A 2DJLA 1FCQA 3W73A 2WSYA 2D73A 3TUUA 5FESA 2ZZ7A 3TROA 3QMSA 4JIPA 1O5KA 3TIMA 5H2ZA 4JS3A 3CEUA 4DO4A 4A29A 1FWTA 3C56A 3HGJA 1T99A 4O28A 1YXYA 3PUOA 3IVTA 3TX9A 3W1LA 3KHJA 1KA9F 1XCFA 5AHLA 2NX1A 1GG1A 2V9DA 3LHWA 7TIMA 2NXIA 3OBKA 3GXNA 3QMRA 4WOQA 2Y85A 3RFAA 3O6YX 1VC4A 2E68A 4RKAA 2ZRZA 3I7QA 2J6XA 1NEYA 3TJXA 1ZAJA 1JVNA 4RJEA 4MUZA 4IOTA 1OK6A 3UXDA 3DH7A 3NQ2A 4JTFA 1AW2A 1TPVA 3DENA 4JTIA 1MXSA 3WK2A 3M5VA 1XBZA 1CI1A 3G24A 1OX6A 2WKJA 1AG1O 2CLLA 4O0KA 2CU0A 3IIPA 1NVMA 2OT0A 1UB3A 1J5TA 5AHEA 3FKKA 3W7JA 1LRNA 4OU1A 1JUKA 1EUAA 5FI8A 2VEKA 5KZDA 4WD0A 1H61A 4HKPA 5G4WA 4WY0F 3TE9A 3LLDA 3EWZA 3I6RA 2B7PA 3G0SA 3P84A 1O60A 1O95A 1PHQA 1FUYA 1W56A 3HJZA 4JGDA 2AAMA 5D04C 2WOQA 1OFDA 4O10A 1I2QA 5I3KA 2VELA 4X2RA 4R53A 2V0TA 4UMAA 1W0MA 1DJQA 2QUVA 4QNEA 1SZGA 3R89A 2PRLA 3H54A 3STGA 1H7NA 1JUBA 1X1ZA 1OG0A 2Q8ZA 4ICNA 3T44A 4JYFA 1TPFA 1HTIA 4OQVA 1ZALA 3M47A 3MBFA 3R12A 3BGJA 2WPBA 2A5HA 3TCEA 3QH2A 1LRTA 3SI9A 3LV6A 1KFBA 4GUJA 3TFCA 3WJZA 2ZTKA 4MOZA 2TPSA 3GKAA 1N7KA 5F4XA 2NX3A 4R34A 5D2YA 4CQAA 4AWUA 1G4PA 2H6RA 1SO3A 4B5NA 1QCWA 2TMDA 3C8FA 3T4CA 4WY0B 4RXGA 2JGYA 3A22A 2A21A 5EKYA 2NXHA 2J88A 3Q2DA 3UZ5A 5F2MA 3HPSA 3TU9A 1X6UA 3TSMA 3UQNA 4UTHA 4ZQRA 3DBPA 5GVJA 3TMQA 4FNPA 2ZZ4A 2WNZA 4DF1A 3W75A 4K7YA 4AEOA 3FFSA 3QQ1A 3PC0A 1AL7A 1TYGA 3CIXA 4ADSA 2V30A 1GTEA 1EEPA 4TMCA 4OBTA 4IPJA 3G1HA 4UUIA 8TIMA 3SY5A 5CPOA 1W5PA 1KFEA 4A3UA 4O57A 3C2FA 4AMAA 3F4WA 2C15A 3L67A 2LLEA 1TTQA 2WV8A 1HO4A 5AYXA 3M1ZA 2YZRA 3L5AA 2FFCA 1KM4A 1GVFA 4XZ9A 5D37A 4KFPA 5I3FA 2CZEA 4JX4A 4O4VA 1G4SA 1VLWA 4UNLA 5U4NA 3CPRA 2G97A 3ZWSA 3Q58A 1JCXA 1OYBA 4L4LA 2ZZ2A 4QISA 4IX2A 3B4UA 1QAPA 1F6PA 4XTIA 2QDGA 3DFPA 3A23A 3PG9A 5FEPA 4O12A 5LHEA 3W71A 3PM6A 6ALDA 4WOZA 3NYZA 3C2EA 5AC6A 2FPTA 1YYAA 4UMBA 4XQ6A 4MPQA 1YTKA 1WDWA 3SGUA 3HPXA 4M7TA 1AL8A 5U7SA 2H8XA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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