1B3X | Genus

Total Genus 127

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	127
sequence length	302
structure length	302
Chain Sequence	EASVSIDAKFKAHGKKYLGTIGDQYTLTKNTKNPAIIKADFGQLTPENSMKWDATEPNRGQFTFSGSDYLVNFAQSNGKLIRGHTLVWHSQLPGWVSSITDKNTLISVLKNHITTVMTRYKGKIYAWDVLNEIFNEDGSLRNSVFYNVIGEDYVRIAFETARSVDPNAKLYINDYNLDSAGYSKVNGMVSHVKKWLAAGIPIDGIGSQTHLGAGAGSAVAGALNALASAGTKEIAITELDIAGASSTDYVNVVNACLNQAKCVGITVWGVADPDSWRSSSSPLLFDGNYNPKAAYNAIANAL

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Family 10 xylanase
publication title	Xylan binding subsite mapping in the xylanase from Penicillium simplicissimum using xylooligosaccharides as cryo-protectant. pubmed doi rcsb
molecule keywords	PROTEIN (XYLANASE)
total genus	127
structure length	302
sequence length	302
ec nomenclature	ec 3.2.1.8: Endo-1,4-beta-xylanase.
pdb deposition date	1998-12-15

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00331	Glyco_hydro_10	Glycosyl hydrolase family 10

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.80	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Glycosidases	1b3xA00

4ZXLA 1V0LA 2EQDA 3WEOA 2DSVA 4MTVA 2YOCA 2VX5A 3SCSA 3PTQA 1PIGA 1M7XA 2Y8KA 3VDBA 3NSMA 2CBVA 1PPIA 2VTFA 1GHSA 1PBGA 2GUYA 3GYCA 3VNYA 3KWXA 1K6AA 1QPKA 3UERA 1JF5A 2D0HA 5HOSA 3U5YA 1E1EA 4HMCA 1R86A 3FHAA 1CECA 3WNMA 2AOSA 5A6KA 4PMRA 3NCOA 3ZIZA 3BLKA 1PJ9A 3II1A 3MUIA 1UH3A 5A6AA 2WKLA 4W8LA 2ZUNA 4R27A 1OT1A 3TONA 3PZ9A 2PBOA 3ARRA 4D6CA 1W9BM 3ZMRA 5A2CA 2UY5A 3QHNA 2X05A 4B3LA 3POHA 4HA4A 5CJ5A 1UHVA 5FKYA 2WCSA 1CLXA 2VMFA 4D1IA 4JHOA 4DWSD 1EIBA 2Y24A 2J77A 2W63A 3AIUA 1U30A 1NOWA 1CLVA 3WDRA 1J9YA 1UYQA 4HP5A 1PX3A 5FCZA 4AEEA 3ARSA 1DWAM 1M53A 3SCUA 1KCLA 2J7CA 2XFYA 2E8YA 2QHAA 2JALA 1I75A 3LPFA 3MSGA 2VX7A 1EHAA 2BY0A 1OCQA 1UG6A 1GOIA 4BCEA 1KCKA 1ITXA 2NT1A 5DT5A 4AC1X 4UOZA 3I3BA 3WD1A 3VMPA 1WZMA 2GJXB 4GXPA 2Y8VA 1KBBA 1GQJA 2A3CA 4MB1A 3VIHA 2GK1B 2GJXA 2ZUTA 2GK1A 2XPKA 4HZ7A 1BYBA 1QBBA 3VM5A 1D7FA 2XFRA 1QNOA 1V6VA 2J78A 3GH5A 2YLAA 1V6WA 4H2CA 2ZX6A 1K9DA 1V6UA 4EAMA 3NYDA 4AZ6A 2VZVA 3OGSA 2WMHA 1CDGA 2XVGA 2V38A 5CG0A 1UR2A 4LYRA 4UFIA 1ZJBA 2VUYA 2XWEA 2VR4A 3L2MA 1OSEA 1GVIA 1QI3A 2DSUA 4AD3A 4GKLA 3ARXA 2YA2A 1PZ3A 1CWYA 4U2YA 1GUVA 1J12A 4DUVA 4LYPA 4Z2KA 3KL0A 2WB5A 4KH2A 3WMSA 1HNYA 5CSUA 3AOFA 2VNCA 3N18A 1JD9A 1YHTA 4CCDA 4AZ7A 4FF5A 5KEZA 1HJXA 3RJYA 4MAZA 4CD4A 3K8KA 3PTMA 1D3CA 5GPRA 3VD4A 2XIIA 4GI6A 2O9OA 3T0AA 3QGVA 1IZKA 4BQ2A 3VDHA 4B15A 4W8AA 2V3FA 1E43A 1DWGM 3WNKA 3L2LA 4H8HA 4U5KA 4KRUA 4EANA 3BAWA 4E2OA 1E0VA 2X0YA 5HPOA 1LL4A 4QCEA 1W9VA 3RM4A 3OZPA 4Q7NA 2XSBA 3SIMA 4FK9A 3D3AA 1XSJA 1QI2A 2W61A 1I1XA 2V5DA 3ARVA 1VFUA 3TTSA 2EPOA 3VD5A 1R87A 3EDJA 3DYPA 3RIKA 3UCQA 4TTGA 1W32A 2WLYA 1AVAA 1UR0A 2AMGA 3MMDA 3IANA 3VIPA 2CYGA 1O7AA 4CU7A 2W62A 5BXRA 1EGZA 4JFSA 2X2YA 1H09A 2UY3A 1LWJA 2YL9A 2VQTA 5BWFA 1NQ6A 1ZBCA 5I5RA 2CEQA 4P8XA 2VI0A 4TOQA 1ECEA 7TAAA 2E0PA 1EH9A 5DMYA 2JF7A 2QV4A 1UR1A 2FHFA 2ZUWA 1GOQA 1H3GA 4DM1A 5IFTA 2ZX5A 4F79A 3SUWA 2PI6A 2CKRA 1XD1A 3A4WA 1RH9A 2YDRA 3VGHA 4JKLA 1VF8A 3W6LA 5CLWA 1NOFA 1E6XM 2CBIA 1IT0A 2VRKA 4BQ4A 1CXFA 3KL3A 1UH4A 3PZTA 1E55A 1E40A 3AZRA 1JFHA 3AS3A 4M80A 2V3GA 3W27A 3WSUA 1VEPA 3WY1A 2OSYA 3CTTA 2WVVB 4URIA 1BSIA 4UFHA 4V27A 3EDFA 1MXGA 2DQXA 2XG9A 4CN4A 1ISVA 4M81A 4PMZA 2WHLA 2JEQA 3MANA 2WVVA 4QDMA 4RE4A 4HZ6A 1WZAA 2NW0A 3PZVA 4AYSA 4B9ZA 5FOOA 1EQCA 1B2YA 1WNOA 4PMDA 4MNMA 3RM8A 1E6NA 3ALFA 3APGA 5DO8A 5CSYA 1W91A 2O9RA 3CUJA 3SUTA 3OIHA 4ZFMA 4LXFA 1XH2A 1US3A 5A8OA 4GI9A 1NWSA 1NP2A 5AC4A 4MJ4A 4PUDA 4Z2HA 2ZWZA 5BXTA 4ZXOA 2VL4A 2FHBA 3AROA 3VGBA 1NARA 1E1FA 3HJEA 4YPJA 3WFZA 3N17A 4GO9A 5FL0A 3GXMA 3AISA 1E73M 5DEZA 1BF2A 3CPUA 3VX0A 4WKHA 3IJ8A 3N9KA 5LA2A 1V0MA 3N12A 4C7GA 3B9EA 2CBUA 1AQ0A 4MB5A 1F4HA 5I78A 3CUGA 4MB3A 4AZGA 1OBAA 2DT3A 3UESA 4KMQA 2WK2A 3VMOA 3VIMA 3GDBA 1RPKA 3EDEA 4PBGA 5AYIA 1EDGA 4TXEA 1ISXA 3LPGA 2W4XA 3GNPA 4W88A 1VIWA 1J01A 2VRJA 1XCXA 1ISWA 2ZICA 1PX8A 1BFNA 2F2HA 3VD3A 4AZHA 3MUY1 1HJWA 2CXGA 3CZEA 5A2AA 3N15A 1FHDA 1BLIA 5M3WA 1Q6GA 4TX8A 5HBFA 2AAAA 4UFKA 4F66A 1TR1A 1FFRA 2XGIA 2CETA 5ABHA 1B1YA 4M24A 3AIWA 3F5KA 1XCWA 4F9DA 4GZIA 3WQ5A 4F9JA 2OWWA 4LX4A 4FLSA 2W66A 3S6TA 1HJSA 1MW2A 3RDKA 2WHMA 4UQDA 3WQ8A 5A2BA 3A4XA 1CXIA 1BHGA 2GJPA 3N13A 4J3VA 5EB8A 1HL9A 2CCRA 1C8YA 4UFJA 1OD0A 4WK9A 5JIWA 2VURA 1UR4A 7A3HA 2RGLA 2XVLA 5A6SA 1WDRA 1CBGA 3WNPA 3PN8A 3B9DA 3ZO9A 3AMLA 4QLKA 5CZKA 4M56A 3B9AA 3CHDA 1NWUA 1WAWA 2GFTA 1LJYA 3FY1A 2WCGA 1EDQA 5E6YA 4WJXA 4Z2IA 3L4WA 1E4NA 1HP4A 4U2ZA 1E6PA 3W82A 2WC7A 1GQLA 2FGLA 3GH4A 1BGAA 1W9DM 1BG4A 2Y4SA 1UD4A 2YA0A 4CU6A 5M17A 4K68A 1BQCA 3UETA 2DT1A 1AMYA 1G01A 3WQWA 1ITCA 1E0XA 4OOUA 4JFUA 4M82A 3VIFA 1MFVA 2J7HA 1UZ4A 3SCQA 1H0GA 1GORA 4PMXA 2J8GA 2EO7A 3D5HA 3VKKA 4D6EA 2BHZA 3T09A 3T0DA 1NWTA 2PWGA 3BAKA 3PTKA 3TP4A 3NUKA 1MWOA 1V6XA 1ZJAA 1H5VA 1LF1A 2Q8XA 2VZOA 1GPFA 1CXLA 2VT0A 1E5JA 5I79A 2VOTA 1JXJA 3PZUA 4QLLA 1JIBA 1PAMA 1JZ8A 1ZBVA 3BLPX 5GNXA 3DECA 3GTNA 5I0DA 3GNRA 3MV11 3AXXA 2J7FA 1W9PA 1V3LA 1O6IA 1UD2A 3UG3A 4UOJA 3SCTA 2J62A 1KGUA 2QMJA 1QI0A 1JDDA 4BQ5A 4TTUA 4UCFA 1JI2A 2F61A 4UZSA 3CUIA 4Q22A 4AD4A 3SEPA 4BF7A 3ZT7A 3ARWA 2VO5A 2WYSA 4UZUA 1B3VA 4WSKA 1HN1A 1BYAA 1JZ2A 3SUUA 4W86A 3NDYA 5A3HA 2J25A 3BH4A 3RMEA 4PSRA 1OB0A 2EPKX 4Z2LA 4W84A 4JL2A 1GW1A 4TVDA 3W25A 1FOBA 1E4LA 1HJUA 1H41A 1QBAA 1J0JA 3WDHA 4AZCA 1B3YA 4QP0A 4RL3A 2VC9A 1IV8A 1JXKA 3WMBA 3IAPA 3VINA 3ECQA 2D2OA 3AMCA 3OB8A 1XC6A 4V28A 1I1WA 3M46A 3MS8A 3WD3A 3VD7A 1LWHA 4FLRA 1UA3A 3OGVA 3O2LA 5E70A 2GSJA 4J3WA 1RD6A 4P7QA 2FH6A 4B16A 4BA0A 1C7TA 3W26A 2OWXA 5E09A 1FHLA 3VIGA 1ZL1A 1JZ6A 2D0GA 1ZBKA 5BXPA 1D2KA 5A8MA 4EK7A 4TVCA 4S3JA 3M6DA 1WZLA 3ZOAA 3QR3A 3PZMA 1CGTA 2WMKA 2RGMA 1UD5A 3RILA 1KR1A 1S46A 5BROA 1NM9A 5BCAA 3WF0A 2DT0A 3SCPA 2GJRA 4MNLA 1ZBWA 4AD2A 2UY4A 4B3KA 1AQMA 3VGGA 3HU7A 1Q6EA 4MPKA 4JZ5A 2Z1KA 3TTYA 3MUAA 4AXNA 1GCYA 2X1IA 5ECUA 2XM2A 3SCNA 2BV9A 4MAVA 4J27A 3VOCA 1VJSA 3AHYA 4OKDA 5A1AA 4Z2JA 1X1NA 1WP6A 3GXIA 2VJXA 3ZT6A 3AXIA 2BHUA 3VX1A 3FN9A 4CCEA 1SYTA 2EPNA 2IUZA 4PEEA 2WMFA 3WD0A 4GZJA 4QAWA 1V02E 1US2A 3OA5A 4BZYA 2WC4A 4WF7A 4JFVA 2ZUVA 4H8UA 1XRVA 2VZSA 2XGBA 3KL5A 2VCAA 3K1DA 4HU0A 2WZHA 1EO5A 1E5NA 2VZTA 5A69A 3QHMA 6TAAA 5A95A 3MMUA 2B31A 3SURA 3WDPP 3T08A 4UNIA 3BSGA 5D9MA 1XSIA 1UUQA 2EPLX 5ABGA 4D6HA 2XHYA 1UR9A 1F4AA 2J7DA 3SUVA 2DH3A 3BCDA 2ZXDA 4E4PA 1KGXA 4R5EA 4J3TA 1BVZA 1KXQA 5A6JA 2E9BA 2WWCA 4UFLA 5F7UA 2DEPA 3WNLA 5D9NA 3NJ3A 4AD0A 5I3DA 1E56A 4J28A 2PB1A 1OGBA 2BVYA 2W92A 1RP9A 4HU8A 1W3HA 4GO8A 4QLJA 3L4YA 4HOZA 1GQKA 1MW1A 4KWUA 4CU8A 1MQQA 3FAXA 4UQCA 3LMYA 3SCRA 2C8NA 5IDIA 3WH7A 5C70A 1HJVA 3E1F1 5BRPA 1HL8A 3VDCA 3CH9A 4ACZB 2DSKA 4YHGA 3WUFA 3VMNA 2ZUSA 1EA9C 1NH6A 3W6MA 2J7EA 2GVYA 4MNKA 2CHOA 4ACZA 4LGXA 4PMUA 1Q4NX 2CNCA 3QOKA 5I24A 2BY1A 4ML4A 3LPOA 1CGWA 1B90A 2WSKA 3BGAA 1C3FA 4W87A 1E6QM 7CGTA 2QLYA 1EHNA 5IXEA 1GHRA 2HISA 5A6LA 3WN6A 1DWFM 4RE3A 4AISA 2DT2A 3M7SA 1TG7A 4ATWA 1HIZA 1B3ZA 4HA3A 1G5AA 2O9TA 1CNVA 1BTCA 1NOUA 3ALGA 3ARPA 1XV8A 1M01A 2D1ZA 2BNJA 2VVNA 4CGTA 1R7AA 3CZKA 3AICA 4HTYA 4C7FA 1JYXA 5ABFB 5A6BA 1HKIA 3CUFA 1Y7VA 1VFFA 2WW5A 1C91A 2YDSA 3K46A 4ZE5A 4CD5A 2ZXQA 8CGTA 4X9YA 5CLTA 1LG1A 1CEOA 4XV0A 5ABFA 2G41A 5I23A 1XGZA 1DWHM 4AD1A 4CD8A 1TVNA 1V0NA 2X8RA 3WUBA 3CBWA 3CZ8A 4IISA 3WF1A 1MW0A 3DYOA 3K4DA 2E8ZA 2FDMA 3O9NA 5HNNA 4L4PA 2D24A 1N82A 2OSWA 1E4IA 1E6RA 3GBEA 1GOKA 2GDUA 1DWJM 5CPTA 1QHZA 4U33A 8A3HA 4PUEA 1RP8A 2XM1A 3AIVA 1HKMA 2XWDA 3FAWA 4UQBA 2W5FA 3IJ7A 5C8BB 4XB3A 3GXFA 4J3XA 3CHCA 4UOQA 4UFMA 4FMVA 1V3JA 1OWQA 1J0HA 1MVYA 1BAGA 1QW9A 3WF2A 3W81A 4WSJA 1EXPA 4U31A 2G8ZA 1V0KA 3BAJA 4CN1A 6CGTA 2ZIDA 4QFUA 1WDQA 4OJYA 3OLDA 4W93A 5GQBA 4W8BA 2V5CA 5HPCA 1JYVA 4Z2GA 1OM0A 2YKKA 4NSBA 4AD5A 3DC0A 4U3CA 4IM4A 5I77A 3GM8A 5CXPA 5E0CA 4E8CA 4AMCA 1B3WA 1KGWA 3EMCA 2ZXBA 5BXSA 4CKQA 4JCMA 3WH5A 2E4TA 4D6FA 3UR7A 4N42A 3MV01 4FLOA 2ZUMA 4Y7EA 4P7LA 4P8UA 3ARZA 4BS0A 1KFWA 3WELA 3WL1A 2W91A 5FD0A 4EKJA 2CKSA 3TTOA 2WPGA 3CHFA 1UKOA 2CITA 1MFUA 4HA1A 2DPEA 1GJUA 3WD4A 2DH2A 1UWIA 2F8QA 4OUEA 3WQ4A 3PZIA 1X6NA 1G0CA 1R7OA 2WVUA 4P8VA 1OIMA 4CN6A 2VCBA 3DYMA 5C71A 3CO4A 5D8WA 1MQPA 1OINA 3SUSA 1KXHA 3EDDA 1HP5A 3AHXA 1LQ0A 3THDA 1W9UA 3AIEA 2PWFA 2XJ7A 2OLHA 1L8NA 4H7VA 5HDRA 1MW3A 1V6YA 1FH8A 1W1YA 1VFMA 4QCFA 1UD3A 4UQEA 3L4TA 1IZJA 1OIFA 1QOXA 4JFWA 3I3EA 3MKKA 1UWRA 3W38A 3AS2A 1LLOA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 1WCG A;  1CGY A;  4E8D A;  1EOK A;  5DFA A;  3IAQ A;  1KXV A;  3W29 A;  1JDC A;  2BS9 A;  1KXT A;  3AFB A;  4MB4 A;  3J7H A;  1TCM A;  2BVD A;  1QHP A;  5D9P A;  2C7F A;  2A3A A;  1GON A;  1KBK A;  3WL0 A;  4YN5 A;  2WMJ A;  2YIH A;  3AMD A;  3L4V A;  3WFL A;  1HVX A;  3AIR A;  1VJZ A;  3EBV A;  4GIN A;  1E3Z A;  3ART A;  5BRQ A;  3T0B A;  2D23 A;  5D4Y A;  1ODZ A;  2YJQ A;  5AYB A;  1U33 A;  2EXO A;  2VX6 A;  3WF4 A;  3W4R A;  2A3H A;  4HOW A;  1W2P A;  1HVQ A;  4GPN A;  1JZ3 A;  4UQA A;  4MDO A;  4AZI A;  1J11 A;  3ZM8 A;  1CTN A;  2WM0 A;  1E4M M;  1GOW A;  5TD4 A;  2WMI B;  4PMQ A;  4V2X A;  1NP0 A;  1PIF A;  3BXW A;  4PMO A;  3L4Z A;  4HPH A;  2WMI A;  1HJQ A;  3CLW A;  2MAN A;  3G6L A;  4OBS A;  4XX6 A;  1QHO A;  2DIJ A;  5A94 A;  4W5Z A;  1V03 A;  3THC A;  3VIK A;  1TA3 B;  4DUW A;  2VCC A;  2DGA A;  4ATL A;  4ATD A;  1TA3 A;  3WF3 A;  2C0H A;  1KQY A;  2IXV A;  3PZQ A;  3AIQ A;  2G3N A;  2EPM X;  2BY3 A;  4JAW A;  4GQR A;  4X0N A;  6A3H A;  2XTK A;  3AJ7 A;  1C92 A;  3MMW A;  3RCN A;  4AZB A;  3POC A;  4GI8 A;  4DUX A;  2ESC A;  2G4F A;  3W53 A;  1MXD A;  2X09 A;  4NI3 A;  1CGX A;  5CGT A;  2BHY A;  4PMY A;  1JND A;  1CIU A;  2YA1 A;  3N1A A;  1JYW A;  4U5I A;  3N11 A;  3PHA A;  2OSX A;  4PSP A;  4ACY A;  1CPU A;  2BFG A;  2OYK A;  3WQV A;  1C8X A;  3ZT5 A;  1H49 A;  1XSK A;  2XVP A;  3AS0 A;  4PTW A;  4JHZ A;  1QVB A;  2E40 A;  3TTQ A;  4GZE A;  4D72 A;  4A4A A;  2A3B A;  1BYD A;  1H11 A;  1UA7 A;  4AWE A;  5M5D A;  3EMQ A;  1UD8 A;  5JBF A;  5FL1 A;  1SR0 A;  3K4A A;  1TZ7 A;  3GBD A;  4PMN A;  4WIW A;  5LA0 A;  4P7N A;  9CGT A;  2G3I A;  2E9L A;  3MSD A;  3OLE A;  5HXM A;  1SMD A;  3AHV A;  2YL5 A;  5DT7 A;  3NSX A;  4U3A A;  1G9H A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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1B3XA

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Chain Sequence

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Chord Diagram

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