1Q6Q | Genus

Total Genus 81

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	81
sequence length	214
structure length	213
Chain Sequence	SLPMLQVALDNQTMDSAYETTRLIAEEVDIIEVGTILCVGEGVRAVRDLKALYPHKIVLADAKIADAGKILSRMCFEANADWVTVICCADINTAKGALDVAKEFNGDVQIELTGYWTWEQAQQWRDAGIGQVVYHRSRDAQAAVAWGEADITAIKRLSDMGFKVTVTGGLALEDLPLFKGIPIHVFIAGRSIRDAASPVEAARQFKRSIAELW

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase
source organism	Escherichia coli
publication title	Structural Evidence for a 1,2-Enediolate Intermediate in the Reaction Catalyzed by 3-Keto-l-Gulonate 6-Phosphate Decarboxylase, a Member of the Orotidine 5'-Monophosphate Decarboxylase Suprafamily pubmed doi rcsb
molecule keywords	3-keto-L-gulonate 6-phosphate decarboxylase
total genus	81
structure length	213
sequence length	214
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 4.1.1.85: 3-dehydro-L-gulonate-6-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date	2003-08-13

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00215	OMPdecase	Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	1q6qA00

1SW0A 3NZ1A 3TA6A 2P0OA 3LXCA 3GDTA 2E5DA 2CW6A 2A2IA 3SY5A 4K7VA 3S1XA 4DF0A 1THFD 2G95A 3DZ1A 2E68A 3PAJA 4TR9A 1XFBA 3A22A 3FLUA 3PM6A 5I3KA 4LRSA 3TX9A 1L6WA 3FYOA 3G8EA 3ABRA 3W7EA 4AWSA 1ZENA 4BWLA 1K8ZA 1K8XA 4GXMA 2OCZA 3CEUA 4O11A 1T0OA 5FEXA 3VKJA 4O54A 4JDBA 2QJGA 3R5EA 4FHAA 5D2WA 1DJQA 3C61A 3PULA 4GJ1A 4AWUA 4IX0A 4BI6A 1N55A 1P0KA 2FPTA 1K02A 2V2CA 1NFBA 4BFAA 2RDUA 3CWNA 3N73A 3TR2A 1G4PA 2JBMA 4YWIA 2GQ9A 1G7VA 1TSIA 3N9SA 4ONVA 3ZFHA 4YCPA 5GVJA 2G5WA 3QMRA 1TTQA 4S2CA 2NZLA 3P8JA 5DN1A 1M7OA 3FS2A 2V9DA 1T99A 3NQCA 3P84A 4KKXA 1VS1A 1BKSA 4NZFA 1DQXA 1FY6A 1FCVA 5TIMA 3PS7A 2B7NA 2TRSA 3UNDA 3KAOA 2Z2UA 2ZA2A 1WOAA 4H4IA 4LNYA 4GC4A 4NNCA 4LVGA 5AHLA 5I3IA 4RLIA 1Z41A 1TPC1 3LERA 1GJPA 2GVLA 1W3TA 5BW6A 2X30A 1OFPA 4JX6A 3CIWA 4ADSA 5BNKA 2J9YA 3GVGA 4DO6A 5LNRA 1VCFA 3NDOA 3IVSA 4UFMA 3NEVA 3ABQA 3HB9A 2ZZ5A 3HPZA 2TYSA 1AK5A 2QDGA 1A5AA 5DY2A 2YYTA 1D3GA 4WD0A 2A0NA 2VFHA 2YDAA 3W7HA 5HR7A 3TJXA 3LXAA 1ZAJA 3TXZA 1TCDA 5FF0A 1KTCA 3PUEA 3TV8A 3O16A 1OHLA 2VFEA 4O18A 2XN0A 4D2JA 3WJSA 1TB3A 2QCMA 3LOTA 2FDSA 2IQTA 1D3HA 1TQJA 3FJ6A 4NJJA 3W2JA 3BW3A 4O15A 1J5TA 4N6FA 1EP2A 2NUYA 5A5WA 4QSHA 4UMBA 1M6JA 3Q58A 4R33A 3N34A 1H7OA 1DORA 1VLIA 3IGUA 3DHFA 3LXBA 1YXDA 3GXPA 1W56A 2X1RA 2YZRA 4O50A 4OGZA 5I3JA 3SZ8A 3DAQA 3GAYA 1JQXA 2B0MA 2V2HA 1VCVA 3NQMA 3GB6A 3W7LA 1QPRA 4BF9A 3HBLA 5KZDA 4UTTC 1I2OA 2QCEA 2A1YA 3G0UA 3PBWA 4UIOA 4EF9A 2V8ZA 5HWJA 3SFKA 4PODA 2X1UA 4OQVA 3ZR4A 3GIYA 1R30A 4RXFA 5DXXA 2CFFA 1F6KA 2A7RA 2B7OA 1X1ZA 4LTSA 4N02A 3EKLA 3P7YA 4DPQA 3SIZA 4Q32A 4EVZA 2B7PA 4WUIA 3G3DA 5CZTA 3U2OA 1EIXA 1O5XA 4FIRA 1SW7A 2OT0A 5G2WA 3IGSA 3NZRA 3DI1A 4R34A 4FXSA 5AN7A 1WBHA 3NG3A 3KXQA 3NPUA 3ABOA 1CX9A 5AOUA 5BRBA 1O5KA 4JTGA 1HTIA 4M6PA 5C55A 2PRMA 1H50A 2CLIA 3S1VA 3P74A 1OFQA 2EKCA 2LLEA 3G0XA 3UPWA 2ZRUA 3M41A 4EIVA 5F4WA 1DOSA 2PRHA 1XUUA 2Y63A 4IMEA 4JYDA 3BV4A 3OHIA 5I3GA 1H5YA 4A2RA 5D2VA 3C4UA 4OT7A 3HGOA 3N14A 1PE1A 3THQA 4JIPA 2Q8ZA 3KVKA 4MOZA 3PG8A 2FB2A 2GQ8A 4AAJA 2Y7GA 3DU0A 4CCEA 2QUVA 3T44A 1S5TA 3EXRA 1YDVA 2DZWA 3C2VA 1OF8A 3MP4A 3P81A 1CW2A 1G4EA 4IPJA 1FCUA 2ZZ4A 4MKNA 3W07A 1KM1A 1GWJA 4BK9A 3EWUA 2V30A 4C1KA 2Y7FA 1FCBA 4LVDA 1GPWA 4O10A 3S9YA 1GZGA 3RF9A 1O94A 3UXAA 2V5LA 1O60A 1XBXA 1FWWA 1GT8A 1KM3A 8TIMA 4FNTA 1OX5A 1PIIA 4NUWA 1GYLA 3PY2A 4S1FA 2CZDA 3QMTA 2CLKA 2CZFA 2G97A 1FBAA 1P0NA 1TPDA 4MFDA 3PR2A 1SO3A 3LV5A 1JCXA 3EWYA 4UNLA 1DQWA 1W5MA 3H55A 2BTMA 2JGYA 2DZUA 1FWTA 5K9CA 1JUKA 4EF8A 5LZLA 4WOQA 4Y90A 5DXYA 4E2BA 1YDNA 3CC1A 3TJLA 1UJPA 1I2QA 2ALDA 1YTEA 2TPSA 3HGSA 1I4NA 3I68A 1Q3NA 4RZ5A 2ZA1A 3VCRA 3L5AA 3DFQA 4UR8A 1FX6A 4K39A 2RH9A 2CLHA 4JN6A 2CLMA 3F4NA 4ZMGA 3LLDA 3N3MA 3STEA 3W72A 4FXRA 4MLRA 2WQPA 3KHJA 3BARA 3M1ZA 3W76A 3G0SA 2WSRA 2YPIA 3P62A 5DCEA 1LRNA 1TPB1 3W73A 1ICQA 4O53A 2ZFAA 1V7YA 4LOCA 3GXNA 3W1LA 3C8FA 4Z1CA 2ZRWA 1TV5A 4ZZ9A 3NPWA 2C19A 4DBDA 1LRQA 1AW1A 2GOUA 5BMXA 2EAWA 1A5SA 5G4EA 1FWNA 4RXGA 4NJIA 3TAOA 1X8FA 3TDFA 4DF1A 3L0GA 3NQEA 3C56A 5EYWA 2C15A 2CLEA 3HJZA 4UTWA 2HSAA 1Q6RA 1TPVA 3DFNA 4GE8A 4QJ1A 2DJXA 1B57A 4O0KA 4IQLA 4QQ3A 3TCEA 3TKFA 3L67A 1B3OA 2TMDA 4RCXA 2E5BA 2WO5A 3VE7A 1VLWA 3DI0A 3UZ5A 3CTLA 3BLFA 4JTUA 4BR1A 4R7JA 3CU2A 4HSOA 3NL2A 1WV2A 4DBEA 4O1CA 4LW7A 1JUBA 3IIVA 4M6QA 4A21A 3W7JA 3PBUA 4QM1A 1FDJA 2RHGA 4O13A 3BG9A 3R89A 1XBZA 4O1DA 3W1PA 4AB4A 4IPIA 4IOTA 3S5YA 2PCQA 4AF0A 5F1UA 1KTBA 4KWWA 2NV2A 1RQHA 2ZCGA 3NQ8A 3RNDA 1HO1A 3W1UA 2YW4A 2BX7A 1H62A 4O57A 3F1QA 4O1BA 1SW3A 3O07A 5LHFA 3NQFA 2QCHA 1ZJIA 2ZRXA 5BOOA 4GUFA 1RQEA 3TQ0A 5FESA 1YLVA 4GBUA 3TC6A 4YL2A 4XQ6A 2WKJA 1YDOA 1C9DA 1WOBA 4AMAA 3NVTA 5HR6A 3AO0A 1KFLA 4MPQA 2QCGA 2YX0A 4WY0F 5C5YA 4JS3A 2QEZA 3LDVA 4XKYB 1GVFA 3W75A 3UWYA 3FYPA 1LM1A 2VC6A 4O8RA 4FNPA 5AHFA 5MHBA 4UFHA 2KZHA 1A5CA 4NJGA 4IGHA 2NUWA 2A6NA 2ZZ6A 6ALDA 4TIMA 2Y89A 1DHPA 3L0NA 1W8SA 3TMLA 2H6RA 2VFGA 2G96A 3NQDA 1OFRA 3P82A 3HG3A 3O8AA 2E77A 3CHVA 3TH6A 3W86A 5F2GA 5HINA 1DJNA 3MWAA 3KRUA 5HULA 3KRSA 4N2YA 3UYCA 5HUOA 1TRIA 3G1XA 4JY8A 3TK7A 1IIGA 1H7XA 1PCWA 3TSMA 5AFDA 2VEPA 5L9FA 2NXGA 1SZNA 3LV6A 4A3UA 1JVNA 2HS8A 7TIMA 3L0KA 1K3UA 1QR7A 4XUGA 3QW4B 5G4WA 3G18A 3NL6A 4N9CA 3NQ2A 4K37A 2C16A 1AW2A 1L6YA 2QF7A 3P67A 4FNRA 3RLUA 3LI0A 5CKSA 3GDRA 4UTLA 2E6DA 3W2MA 1O95A 1SFLA 4XTIA 2WJZA 3B0VC 1GVRA 1U83A 1F2JA 2JKAA 2QCDA 1NVMA 1TIMA 3HIJA 2ATSA 4G1KA 3LTSA 3C2OA 4FNUA 3EWXA 3RFAA 1VYPX 2QR6A 1Q45A 3MBFA 3QFEA 1QMLA 2J6XA 3KVLA 3N2MA 1OJXA 2ZDRA 3F4WA 4QISA 2PRLA 4WOZA 1GVSA 3LTPA 1W5OA 3L5MA 4I7VA 1MEIA 3TE9A 1KFEA 4PEKA 4WY0B 3FKRA 5LNWA 3TAKA 2V2DA 1G6CA 2VEIA 1OX4B 2WNNA 1T8XA 5CPLA 3SGUA 2ZZ7A 1R46A 2BSLA 5EL1A 4LVAA 3LHUA 3M5XA 5C54A 4GNJA 4LY8A 2BWGA 3G3MA 1TJPA 3MYPA 3QPYA 2AQWA 1GTHA 1JRBA 4JR5A 3E49A 5HJLA 3W87A 1EB3A 3B0UX 2Y62A 1KBIA 1PCKA 1KM5A 1FCQA 2X1TA 3E9AA 3C3NA 4MJZA 3B04A 3PB0A 1EP1A 1QPOA 3FFSA 3DXIA 3NQ7A 1KV8A 3EX1A 4LS2A 4AHOA 3NPVA 4UC5A 5LNSA 1K7EA 2C14A 4L4MA 4ICNA 1AG1O 4A29A 3BLEA 1QAPA 3QMSA 4CQ8A 4FIQA 4Z1BA 2H90A 4MZYA 5FF4A 4OWGA 3PB2A 1F73A 4UTKA 5D38A 3P80A 1SO6A 1K7XA 5LGZA 3EX3A 4KFOA 3W9ZA 1YPFA 4IMCA 5I3FA 1RVGA 1F05A 4QIUA 4NNBA 4JNMA 3W7NA 3LX9A 5FI8A 5KSWA 1XL9A 2EGZA 3MW7A 5FF2A 2Y61A 3GXTA 1MXSA 1U5JA 1KFCA 2QCNA 3QQ1A 1JQVA 4N4QA 1SO4A 4W9TA 3M47A 5KZMA 4M7TA 3RU6A 3GKAA 2Z6IA 4RJEA 3DH7A 3EX2A 3OEXA 3IIOA 2NX9A 4FNQA 1SPQA 1LORA 3WJYA 4WZHA 4CQ9A 4ZQNA 4ZQRA 2V5BA 2RFGA 1V5XA 3WJWA 1GOXA 3S42A 1SR9A 3W7DA 2FQIA 3E0IA 4JX4A 1S5VA 1EEPA 1J2WA 2P1FA 5G2HA 1ZAIA 4GUIA 1FXPA 2A21A 4XZ9A 1VC4A 3NR0A 2Q3OA 3EXSA 1Z48A 3QM3A 3T4CA 3EWZA 4RKAA 3GNNA 2E09A 3G1DA 3M9YA 4M7SA 4DELA 2ZZ3A 3GNDA 3LRLA 3HG2A 3P8IA 5G1YA 4CNOA 1OYCA 4O4WA 2GVJA 1Y0EA 1KFKA 3TFXA 3M43A 4LT9A 1ALDA 4UTUA 2ZRZA 4K6AA 4JDYA 4KFPA 4K7YA 1JULA 3G1YA 3PSWA 3W2NA 1S5WA 2VFFA 5FEWA 4BI5A 1EA0A 3EEGA 2Z1BA 4YLWA 3R2GA 3NQ6A 2NX3A 4GUGA 2A6LA 1YTKA 5BMWA 1H1YA 3BGJA 3TROA 1XI3A 3LLFA 4MJMA 4PH6A 3G1HA 1O4UA 2DZSA 1WA3A 2ZQ0A 1A5BA 3OIXA 4UXDA 3LI1A 1XDLA 2YXGA 3L65A 2QJIA 1MEWA 3S6DA 4X3ZA 4O12A 1H63A 2I14A 3EWBX 3TMQA 4JY9A 3LRMA 3CPRA 1EUAA 4NU7A 1IIHA 3TUUA 4CCCA 1H61A 2RDTA 5CZJA 3NNTA 1W31A 3HOJA 1KLYA 3G1FA 3LRKA 3S1WA 1BWKA 2C13A 4UFKA 5CPNA 1ML1A 3LHVA 1YXYA 3PSVA 3Q37A 1GVQA 3ZWTA 1JCMP 1N7KA 2NLIA 3A23A 4UFIA 5D09A 3GAKA 1ZALA 3PG9A 4PFMA 3STGA 4HKPA 3M0ZA 3LHYA 5DLCA 4WQ6A 4HIBA 1I2NA 2F7FA 3MP3A 2ABBA 3P61A 1X1OA 1KA9F 1UBSA 3BVJA 3USBA 4JTJA 4Z08A 3KRZA 4UTTA 1DV7A 1P4CA 1G69A 1B4EA 2E6AA 3NO5A 4DO4A 1W37A 1BTMA 1KFJA 3PUOA 5HWNA 1W1ZA 1WDWA 4DO5A 3CM4A 3FA5A 4N9BA 2VXNA 1UB3A 4UTIA 1SO5A 4HNUA 4MIMA 2P10A 3M7WA 4MUZA 4AHPA 3IVUA 3EKZA 1PVNA 1KM4A 2W0UA 2PC4A 3SI9A 1GQNA 1ONRA 2QAPA 3G22A 1A53A 5D03A 6TIMA 4P61A 1NAL1 1LDCA 2YW3A 5CPOA 5K9DA 4HPXA 3AJXA 4O19A 4RZ6A 3DBPA 3SJ3A 4O14A 4PA8A 1LOSA 1XBYA 4X22A 4DPPA 1VJIA 1H7RA 4ZQPA 2CWNA 4YXGA 2PURA 2DORA 1DL3A 4O1AA 3MHUA 3IRDA 3GK0A 3RLVA 1W54A 3TW7A 5G2IA 4QNWA 3CIXA 3NQAA 3W1RA 2QAFA 4IXHA 3I7SA 1E51A 1LLWA 1EX5A 3LCXA 2FB3A 2X2GA 1UUMA 2XFWA 5LGXA 2ZZ2A 1I8JA 4H3DA 1F76A 4AEOA 2NWSA 3C52A 2QDHA 3LBCA 4XBKA 1RQBA 2ISWA 3NQGA 1LBFA 5AC7A 1WBJA 3NM1A 4DF2A 5TQLA 3N19B 3QSTA 5DY3A 4LU0A 4MYXA 4DXVA 3W1TA 1DKWA 2OT1A 3NPXA 2HMCA 3BW4A 3KFTA 4JTIA 4OV4A 1KLZA 4ML9A 1DVJA 3DENA 4JX5A 1RR2A 1W5QA 1HO4A 4Z0JA 1TPH1 3O6DA 4JTLA 2RKXA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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1Q6QA

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