3SCOA

Crystal structure of rice bglu1 e386g mutant complexed with alpha-glucosyl fluoride
Total Genus 191
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
191
sequence length
472
structure length
472
Chain Sequence
NWLGGLSRAAFPKRFVFGTVTSAYQVEGMAASGGRGPSIWDAFAHTPGNVAGNQNGDVATDQYHRYKEDVNLMKSLNFDAYRFSISWSRIFPDGEGRVNQEGVAYYNNLINYLLQKGITPYVNLYHYDLPLALEKKYGGWLNAKMADLFTEYADFCFKTFGNRVKHWFTFNEPRIVALLGYDQGTNPPKRCTKCAAGGNSATEPYIVAHNFLLSHAAAVARYRTKYQAAQQGKVGIVLDFNWYEALSNSTEDQAAAQRARDFHIGWYLDPLINGHYPQIMQDLVKDRLPKFTPEQARLVKGSADYIGINQYTASYMKGQQLMQQTPTSYSADWQVTYVFAKNGKPIGPQANSNWLYIVPWGMYGCVNYIKQKYGNPTVVITGNGMDQPANLSRDQYLRDTTRVHFYRSYLTQLKKAIDEGANVAGYFAWSLLDNFEWLSGYTSKFGIVYVDFNTLERHPKASAYWFRDMLKH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
source organism Oryza sativa japonica group
publication title Structural investigation of the basis for cellooligosaccharide synthesis by rice BGlu1 glycosynthases
rcsb
molecule keywords Beta-glucosidase 7
total genus 191
structure length 472
sequence length 472
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.21: Beta-glucosidase.
pdb deposition date 2011-06-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00232 Glyco_hydro_1 Glycosyl hydrolase family 1
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 3scoA00
5LA2A 1DWFM 3A3HA 3WDIA 1L0PA 1R7OA 4P7OA 1UQZA 2VMFA 1UHVA 2ZXDA 4UFKA 1XV8A 1L8NA 2W63A 4HPHA 3L4UA 3MU7A 4UCFA 3AOFA 1US2A 2EEXA 4YPJA 4BQ5A 2MANA 3POHA 2E9BA 2UWFA 3TTOA 1X6NA 3N04A 4AD0A 1NWTA 2YL6A 3VMPA 5DEZA 3M07A 3VIHA 4OBRA 2Y8KA 1WE5A 1ITCA 3BMVA 2WBGA 1D3CA 1WDRA 1XCWA 1ZS2A 1OD0A 4KH2A 1Q6DA 2VQUA 1GORA 3AJ7A 4FLSA 4BZYA 1WNOA 2YDRA 1P6WA 1UH2A 3AZRA 1LQ0A 2ZUTA 4XUYA 3N11A 5A6BA 3UESA 1KXHA 3CHFA 1ESWA 2GDVA 2VX4A 3SUSA 3U5YA 4UNIA 2WYSA 1ISVA 3W4RA 4UZUA 2BV9A 3EMZA 4EKJA 4AD2A 1WP6A 4TVDA 2G41A 3A4WA 4OZOA 1DWHM 1V0MA 1NOWA 2NSXA 5FL1A 3U57A 1IT0A 4C7GA 4WKHA 1WZLA 3I3BA 2YA2A 1TVPA 4ATDA 3MV01 1XH1A 4MAZA 3GXDA 3U7BA 2WMHA 5BXSA 1WDPA 2J7GA 2WHLA 2OWCA 4H2CA 1KR1A 8A3HA 3ARUA 1B3YA 4PCTA 3MMUA 3KL3A 1W3KA 4DUWA 1XSKA 3OLGA 1HVXA 1Q6EA 2WB5A 3SCVA 4LX4A 1UKQA 2YJQA 2ZWZA 2PWFA 2E0PA 2W5FA 4NRRA 1JDCA 4NI3A 1BYCA 4PTWA 2O9PA 3CLWA 4ML4A 1GJUA 1HJWA 1JL8A 4XV0A 4E2OA 1B3XA 4PN2A 3WUBA 3T0AA 1UKPA 3N12A 4JKKA 1IZKA 3ZSSA 1MYRA 3PZ9A 3AIWA 3L2MA 4TUFA 1W9VA 4OBSA 1CPUA 1CXHA 1GQJA 2W92A 4WK9A 1E3XA 3CUGA 4S3JA 3SCNA 2OWXA 3ARWA 4NZCA 2J25A 1PPIA 3PN8A 2VCBA 2DH3A 3SUVA 1AVAA 1QHPA 2D20A 3WDRA 1VJZA 3AZSA 3CHEA 1CBGA 3N17A 1OT2A 1J0ZA 3L4WA 1SR0A 3WMSA 4RE4A 1GOKA 3VD7A 1TA3B 3PZGA 1ODZA 3W0KA 1ZB5A 3VO0A 3T08A 3NSMA 3CH9A 4PSRA 2YBUA 1I1WA 1GCYA 5BCAA 3W6LA 2GUYA 3GXMA 1XD0A 1M03A 2ZICA 1E4LA 4DWSA 1NARA 3ZT6A 1LJYA 2E8YA 3AIVA 2E4TA 1FHLA 2ZUSA 1EHAA 1PBGA 1JXKA 1UKOA 1HL9A 2Y4SA 2Z1SA 4KRUA 1E4IA 3OLIA 3WBAA 6TAAA 1GHSA 2ZUWA 1E55A 5E6YA 3OLEA 3TTQA 2O9RA 3NSXA 3BH4A 3T0DA 1KBBA 3ZR6A 5KZ6A 5BWFA 4HA3A 2WVVB 2QMJA 3WMBA 3W81A 5BRQA 1OGGA 3WL1A 1UD5A 2BHZA 3WL0A 2BXYA 3MMDA 1WPCA 3WNOA 5FD0A 1VFMA 4QLJA 1QI5A 4AZ7A 1OGBA 2DDXA 1W9UA 2C8NA 3WSUA 5BRPA 1MW2A 3AXHA 1EIBA 4TX6A 4J3XA 5M3WA 4PUDA 5CXPA 3MO4A 3VNYA 2BY1A 1QI4A 1K9EA 4IUGA 4E8CA 4WSJA 3PZVA 2E8ZA 3CO4A 4BQ2A 3AI0A 2D3LA 3AICA 3UG5A 1UOKA 1EA9C 3VDBA 3CGTA 5A8OA 4CGTA 5TD4A 1ZJAA 2E9MA 1OIMA 3AXIA 3SIMA 9CGTA 1MQQA 1XSIA 3WNPA 2OYLA 3MUY1 1J0YA 1E5NA 5DO8A 5FL0A 1JAEA 1VFOA 2WZEA 2XWEA 2QHAA 4AEFA 2XVKA 3WH8A 3WQ4A 4CVWA 5A6LA 3N1AA 3VD9A 2EXOA 1U2YA 2GJPA 1UR4A 3F5LA 1DWAM 2BNJA 3ARXA 1PJ9A 5CJ5A 2ZX9A 3QHNA 3ALGA 4J3TA 5F7UA 1ZBCA 3VIOA 4W86A 1OGSA 4CCEA 4JFVA 4AIUA 3CUHA 2WHKA 4GI8A 5IHSA 1VEOA 1HL8A 2XIBA 3AMGA 3QHOA 4HZ8A 3W38A 5IHRA 1XH2A 3AFBA 2NT0A 2XPKA 2VX5A 2G3NA 5I3DA 4KWUA 3IJ9A 4AZIA 4Z2HA 4AZ6A 5I77A 1BGGA 5A8PA 3BAIA 4TOQA 3FY1A 3D3AA 7CGTA 4Z2KA 3OIHA 4CN4A 5AC5A 3SCRA 1UWIA 1NM9A 1TA3A 2Y24A 2J47A 4UQ9A 2YL5A 3B9DA 3ZJ7A 1JZ5A 1V3KA 1XYFA 4MDPA 2JEPA 1CGTA 1PZ3A 5I24A 1KB3A 3AIUA 1GOQA 1NP2A 1ISYA 5EFFA 2A3CA 1KWGA 5A6BD 3CZJA 4P8VA 2V5DA 1UD8A 1S46A 1XCXA 3L4TA 4HMEA 3RCNA 1ISWA 5ABFB 4XX6A 1JZ4A 1LWJA 3AMDA 4M56A 2QPUA 3T0BA 1F4HA 1HF6A 1EOKA 4JFUA 4JL2A 1AQ0A 4CD8A 4U3CA 2WC4A 3AIRA 1J11A 1NQ6A 3EDJA 4HU0A 2JE8A 5AY7A 2X09A 2J4GA 2FHFA 2X05A 1WB0A 1G1YA 2ZE0A 1E6PA 3UG3A 2WLZA 4UFLA 2BVTA 2BY3A 2Y2WA 1R85A 4V2XA 3UEQA 3B8SA 3IAPA 3BAWA 4PYSA 5BXRA 3WNMA 2W91A 4PUEA 4XZBA 2GJRA 4ZE4A 1QNOA 1WDSA 1H0GA 4GO8A 1WZMA 3VGFA 2WC7A 1QNPA 4HZ7A 1V02E 5I6SA 3WH6A 3RDKA 3VIPA 3AIEA 1JZ8A 2OSXA 3WDJA 2WNWA 1JYWA 4CKQA 5JIWA 4IM4A 3THDA 3W28A 1C8QA 2W4XA 3ARSA 4YHEA 1FA2A 2VJXA 1XHGA 2JF7A 4MB3A 1KQZA 3I3DA 4BA0A 2ZWYA 4M82A 4JZ5A 4CD5A 3GZAA 3IJ8A 4NSBA 3M46A 2DPEA 1FOBA 2FHCA 3EMCA 1W1YA 3T2QA 3WDHA 2F8QA 5HNNA 5JIPA 2CESA 2VX7A 1E6NA 1ISXA 1TR1A 2WMIB 1GPFA 2D2OA 4DWSC 3NDYA 5C71A 2EJ1A 1V6UA 2WCSA 4J3SA 4PEEA 3B9EA 4WJXA 4UOQA 2GFTA 3LMYA 4OUEA 3BAXA 2DT0A 5A2CA 1BSIA 1V0KA 4W8AA 2WWCA 1H4PA 2BY0A 4AW7A 4GQQA 5AYBA 1GOOA 2DSUA 5C8BB 1U30A 1J0HA 4X0NA 4Z2GA 1H0IA 5CQ1A 3W26A 2OSWA 1HN1A 4Y7EA 1JXJA 1GQIA 2VVNA 1BLIA 4LGXA 5FIPA 6CGTA 3WF2A 2DT1A 1E40A 3W53A 1V0LA 3VMNA 4DWSD 4TTGA 2CBIA 1PIFA 4PMZA 5BROA 4HA4A 1JFHA 3KL5A 5HOSA 2PWHA 2EPKX 2WMFA 1V3LA 7TAAA 3QHMA 4GI6A 2VO5A 3O2LA 3NDZA 1JDDA 3DHPA 3QOMA 2A3AA 1JZ6A 1CENA 3QR3A 1CZ1A 4W8LA 3ARYA 1QBBA 2DQXA 5M5DA 4UFIA 4PTXA 3AMKA 2VZUA 4PRWA 4V28A 2WBKA 3WEMA 5ABFA 1LG2A 3BLPX 1H41A 1MW1A 3FHAA 1W3LA 4JFSA 3RPMA 1E9LA 5JBFA 3UR7A 5DT7A 3GDBA 1CXFA 1K9TA 4ZEPA 5A95A 4W7UA 1O6IA 2YOCA 5IDIA 2VR5A 2WVTA 1H09A 4D6GA 1TFVA 1QI2A 1E5JA 4ZE5A 5HBFA 3GNPA 3GXIA 1JYNA 1MQPA 5A6JA 1TCMA 4CD6A 2JEQA 3M7SA 1UH4A 1FH7A 4Z2JA 4F9DA 2XYLA 3GNOA 2BHYA 1JYXA 1JG9A 1TG7A 2WHJA 2W62A 3OZOA 1JI2A 4W89A 4MAVA 4CCDA 3A6OA 3BCDA 3VINA 3WBEA 5LA0A 2NW0A 1KR0A 4Z2LA 3N15A 2VNCA 1MW0A 4CCCA 1GQKA 5HPOA 1DWJM 1QOXA 2D23A 3BAKA 4D71A 1CWYA 1BAGA 5E9AA 1KQYA 2PBOA 2ESCA 5EBAA 4CVUA 2WC3A 3SURA 3HU7A 4IPNB 3WQ5A 1MXDA 5A6KA 1EDQA 2HISA 4UOJA 2ZUVA 1CXKA 1SMAA 4W7WA 4P7LA 3WENA 3WD2A 2CETA 1Z32X 1BGAA 2XJ7A 2C7FA 4HTYA 5A8QA 3WH9A 2XIIA 3UERA 1QW8A 4A3YA 3AHXA 2YLLA 5I79A 1OSEA 4H8UA 2FHBA 4PSPA 2YA1A 2WM0A 2DIEA 2ZXAA 4N0RA 1VF8A 1W9DM 3IK2A 4HPGA 1VFUA 1J0JA 1UH3A 1XH0A 2YKKA 4OOUA 5D9PA 5I5RA 5CLWA 1HKMA 5CLTA 4GZJA 2XGBA 4B9YA 3FHQA 1E1EA 1B30A 4E8DA 4W5UA 4AY1A 3KWXA 2QV4A 1J10A 4BS0A 3THCA 1MVYA 4W87A 1LG1A 1H2JA 1E0VA 1U33A 4GZIA 2F2HA 3GH7A 3PTMA 3MUIA 1HP4A 2DEPA 1A3HA 1V0NA 3ECQA 4GXPA 3WDQA 5FKYA 4D6EA 1E6XM 1K6AA 1C92A 1GZJA 4MTVA 4W85A 1C90A 1LL7A 3KE0A 5CPTA 2GSJA 1B3VA 1LF1A 4ZFMA 3G6LA 1Y7VA 4C7FA 5A8NA 5AYIA 4WKFA 3SUUA 2UY3A 4OKDA 2CYGA 4A4AA 5CGMA 1KGWA 4EAMA 1UWUA 1G9HA 2CHOA 3GBDA 4PBGA 3VD5A 3G6MA 3VTRA 1GHRA 2A3HA 2VURA 1GUVA 3CZLA 1GOIA 1UKTA 4PMXA 4UR9A 3WQWA 3WQ8A 1GNXA 3PZIA 3WDPP 4UTFA 4PMNA 1OD8A 1D7FA 2VT0A 1W3HA 2FH6A 2VTFA 1QHZA 3TTSA 1V6WA 1QNRA 2GDUA 1E71M 2QMKA 1EO7A 5M03A 3ZMRA 2OWWA 1LL6A 1PX4A 3E1F1 2VRJA 1HJSA 1ISZA 3K4DA 1W1TA 4AD1A 3CUIA 2WZHA 3O6AA 1FP8A 1JNDA 1UQYA 1KXQA 1QI3A 1FP9A 4K68A 1HXJA 1B1YA 3WFZA 1IZJA 2WPGA 1W9BM 1N82A 4UQEA 2UY4A 4U31A 4F66A 3TA9A 3MKKA 2EQDA 3AHYA 2EPOA 5A2AA 4QLKA 2C0HA 3MV11 2WMKA 4YN5A 3BAJA 1EH9A 1PIGA 1VJSA 4EE9A 1J0KA 2XVGA 4AEEA 2O9TA 3WD1A 4D6CA 2YIHA 1MWOA 4LQ1A 3TONA 3GBEA 1DEDA 3DYPA 3ARVA 2X0HA 1JD9A 2GJXB 3VGBA 4X9YA 4GQRA 4J7RA 1H3GA 2V3GA 1UR2A 3PHAA 1EXPA 1B9ZA 2CITA 3ZJ6A 1VIWA 1TUXA 3ZJ8A 2PB1A 2WVSA 2WCGA 1BPLB 1JGIA 1HT6A 3HMCA 3VD4A 4F8XA 4PMUA 5EFDA 1MQRA 1M7XA 4P7NA 1KFWA 2XM2A 1PZ2A 3WN6A 3GNRA 5HDRA 2J78A 1H1NA 1JDAA 2J8GA 3AYSA 5ABEA 1G94A 3CTTA 2IUZA 1DWIM 4M80A 3UETA 2AOSA 1JF6A 3ARTA 3RM9A 3B9AA 4WKAA 5IFPA 1V6VA 4UQBA 1CXEA 3WEOA 3AHTA 4W88A 4URIA 2W67A 2X0YA 1NP0A 2J77A 1V3MA 3PTKA 1BG4A 2DGAA 1UD6A 2D22A 3II1A 1BHGA 4AISA 2B31A 1I1XA 5BXTA 1VBRA 2WHMA 5HPCA 2QLYA 3WD3A 5A8MA 1YQ2A 2Y5EA 4HMDA 1LWHA 2WZIA 3NSNA 3WNKA 1HKIA 4UOZA 1C3FA 1UD2A 3CMGA 3OG2A 2VRQA 3VDHA 3WY1A 4FLOA 1UZ4A 1WZKA 2DSVA 4LYRA 1UWRA 3RILA 4RL3A 3EDDA 2QPSA 3WF3A 2WWDA 1J01A 4BF7A 3CMJA 3WQ6A 3JUGA 3BSHA 2XTKA 1HJQA 2PWEA 1ZBVA 3W82A 2G3MA 4BCEA 5E09A 3WEZA 5JBEA 2DT3A 4PMVA 4JL1A 2ZX6A 1M04A 3IJ7A 4AMCA 1B2YA 1BVNP 4H8VA 4J3WA 5E0CA 2PC8A 2G3JA 1Q4NX 1NWRA 4UQAA 3K8MA 5I23A 1OM0A 3W6MA 1WAWA 5ABGA 2V5CA 3EMQA 2RGMA 7A3HA 5DMYA 2WLYA 4AWEA 3VX0A 2F61A 2JIWA 1UD3A 4PMOA 1SMDA 5AC4A 2ZUUA 1UWQA 1CGXA 3K8KA 3PZMA 2CBUA 4ACZB 1UD4A 1FFQA 1CTNA 1C8XA 3ZOAA 1NWUA 5JUVA 1AMYA 3OGSA 4W5ZA 1V02A 2WVVA 4FK9A 3LPOA 3BCFA 4MADA 4MB1A 3APGA 4NRSA 1KGXA 2D0HA 3S2CA 6A3HA 2PBGA 4AYSA 5D9MA 3RM8A 2RGLA 1CYGA 4CD4A 1KXVA 5CZKA 2VUYA 4B9ZA 1UWTA 5A2BA 2XWDA 1C7SA 1Q6CA 4GO9A 3WD0A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5LA2 A;  1DWF M;  3A3H A;  3WDI A;  1L0P A;  1R7O A;  4P7O A;  1UQZ A;  2VMF A;  1UHV A;  2ZXD A;  4UFK A;  1XV8 A;  1L8N A;  2W63 A;  4HPH A;  3L4U A;  3MU7 A;  4UCF A;  3AOF A;  1US2 A;  2EEX A;  4YPJ A;  4BQ5 A;  2MAN A;  3POH A;  2E9B A;  2UWF A;  3TTO A;  1X6N A;  3N04 A;  4AD0 A;  1NWT A;  2YL6 A;  3VMP A;  5DEZ A;  3M07 A;  3VIH A;  4OBR A;  2Y8K A;  1WE5 A;  1ITC A;  3BMV A;  2WBG A;  1D3C A;  1WDR A;  1XCW A;  1ZS2 A;  1OD0 A;  4KH2 A;  1Q6D A;  2VQU A;  1GOR A;  3AJ7 A;  4FLS A;  4BZY A;  1WNO A;  2YDR A;  1P6W A;  1UH2 A;  3AZR A;  1LQ0 A;  2ZUT A;  4XUY A;  3N11 A;  5A6B A;  3UES A;  1KXH A;  3CHF A;  1ESW A;  2GDV A;  2VX4 A;  3SUS A;  3U5Y A;  4UNI A;  2WYS A;  1ISV A;  3W4R A;  4UZU A;  2BV9 A;  3EMZ A;  4EKJ A;  4AD2 A;  1WP6 A;  4TVD A;  2G41 A;  3A4W A;  4OZO A;  1DWH M;  1V0M A;  1NOW A;  2NSX A;  5FL1 A;  3U57 A;  1IT0 A;  4C7G A;  4WKH A;  1WZL A;  3I3B A;  2YA2 A;  1TVP A;  4ATD A;  3MV0 1;  1XH1 A;  4MAZ A;  3GXD A;  3U7B A;  2WMH A;  5BXS A;  1WDP A;  2J7G A;  2WHL A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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