1JUB | Genus

Total Genus 118

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	118
sequence length	311
structure length	311
Chain Sequence	MLNTTFANAKFANPFMNASGVHCMTIEDLEELKASQAGAYITKSSTLEKREGNPLPRYVDLELGSINSMGLPNLGFDYYLDYVLKNQKENAQEGPIFFSIAGMSAAENIAMLKKIQESDFSGITELNLSCPNVPGEPQLAYDFEATEKLLKEVFTFFTKPLGVKLPPYFDLVHFDIMAEILNQFPLTYVNSVNSIGNGLFIDPEAESVVIKPKDGFGGIGGAYIKPTALANVRAFYTRLKPEIQIIGTGGIETGQDAFEHLLCGATMLQIGTALHKEGPAIFDRIIKELEEIMNQKGYQSIADFHGKLKSL

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Oxidoreductase
source organism	Lactococcus lactis
publication title	Lactococcus lactis dihydroorotate dehydrogenase A mutants reveal important facets of the enzymatic function pubmed doi rcsb
molecule keywords	dihydroorotate dehydrogenase A
total genus	118
structure length	311
sequence length	311
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 1.3.98.1: Dihydroorotate oxidase (fumarate).
pdb deposition date	2001-08-24

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF01180	DHO_dh	Dihydroorotate dehydrogenase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
2.30.26.10	Mainly Beta	Roll	Dihydroorotate Dehydrogenase A; chain A, domain 2	Dihydroorotate Dehydrogenase A, chain A, domain 2	1jubA02
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	1jubA01

3OVRA 5ABTA 4O52A 1DHPA 4IXXA 1ME8A 4O14A 3R89A 2GPTA 1FX6A 3CEUA 5BRBA 4LTSA 4UTIA 3ABOA 5G2HA 4M5PA 4UTJA 3GVGA 1JUEA 4NX5A 5BNKA 2ZCGA 4NXSA 2ATSA 3BVJA 1K8ZA 3VFLA 3W1PA 3LCWA 4O1AA 4HNTA 1W56A 4AHOA 2V2DA 1IGSA 1JUKA 4O50A 1TSIA 1LRNA 4EIVA 2QAPA 1NAL1 2A7NA 2A2IA 3UZJA 3W2UA 3SGUA 2V5LA 3STCA 3UWQA 4OBTA 2R91A 1ALDA 2GVGA 4M6PA 3W87A 2ISVA 3QSTA 4GUJA 1B57A 4XZ9A 4CQ8A 5AFDA 4X22A 3W7OA 4JDBA 2VC6A 1YDNA 1OX6A 4PEKA 3L5LA 3MW7A 3W7EA 3CWOX 3WJXA 5LNWA 1HL2A 2R14A 4RJEA 4KWWA 4O10A 3DFNA 2Y88A 5LNSA 3SW6A 3PBYA 4DPQA 3TNOA 1JULA 1TCDA 4ALDA 1NFBA 3N2MA 2FFCA 1LM1A 4MIMA 3TXVA 2NLIA 5T26A 3UY7A 3CIXA 2P10A 5G5IA 1UBSA 3S5NA 5HJLA 3PBVA 4WXYA 4JTIA 4XUGA 4OV9A 3IIOA 4UMBA 3UWVA 4A2SA 3TQ0A 1KV5A 2ZDRA 3E49A 1E51A 2WO5A 3FIGA 3LHVA 1O94A 1PV8A 1HTIA 2PRLA 1OYCA 1EP1A 3NQMA 4LUJA 3MUXA 1VH7A 2G5WA 3L0NA 5EL1A 1TTIA 1XDLA 5D2TA 1SO3A 4NJKA 1U83A 5AYZA 1NVMA 4O17A 1KV8A 4JX4A 3LRLA 1MXSA 4Z0JA 4N02A 3V75A 1SZGA 1PHWA 1Z48A 2ZTKA 3P5ZA 5HWMA 5C54A 1V5XA 2XFWA 3Q94A 4AWTA 2A7RA 1N7KA 3TKFA 3TDFA 1WV2A 4DO6A 3N9RA 2B7OA 2BLEA 4UCGA 1W8SA 4DO5A 4ADSA 3O07A 3SIZA 1F76A 3GXNA 5CZ0A 4AEOA 1B4KA 5KSWA 2NUXA 1TV7A 2Y61A 2C19A 4ZQNA 4KWVA 3PULA 4IXHA 3M44A 4LW7A 4ORMA 1EX5A 1L9WA 3B8DA 4UXDA 5A5WA 1TO3A 2YW3A 5I3HA 3P60A 3W7LA 4IX0A 3RK8A 3G1YA 5K4ZA 3G0SA 2B7QA 4UTLA 4UIOA 4MFEA 2WNQA 1AL7A 1WBJA 1IXQA 4BK9A 3U6WA 5AC8A 3UQNA 2LLEA 3A9IA 2DZUA 3M5YA 4N9BA 1EB3A 3UWZA 2QCDA 1YPFA 4I7UA 5CSSA 1T99A 2V2HA 3P81A 3H55A 4AWSA 1ZALA 1VYSX 5E0KA 1GQNA 1LCOA 3VE7A 4K7YA 1TV8A 1G7VA 1T0OA 1OFEA 1K3UA 4K7VA 3SI9A 3M5VA 4GUFA 3W22A 1YDVA 1ME7A 4YL2A 2NZLA 4LUIA 4OHQA 3A24A 1SW3A 1LRTA 4HKPA 3W7IA 3PF3A 2ZA3A 2ZZ1A 4EF8A 1FWWA 1HUVA 5HMSA 2QJHA 3GR8A 1QR7A 4O15A 1XUUA 4UTHA 4N6FA 4RZ4A 1GWJA 4CQAA 3LI1A 5BOOA 2GVJA 4P61A 3TU9A 2ZRXA 1DKWA 4LC8A 4JS3A 4MLJA 4BI7A 1XUZA 3EWXA 3LHTA 1H7PA 5CZTA 5D37A 3R12A 1P5BA 5AHIA 2E5BA 3HG2A 4PL2A 1XC4A 4MYAA 2G95A 3ZS4A 2YYTA 1OFRA 2ABBA 3W83A 3O6DA 4RXFA 1W5MA 3DKJA 1RQBA 3DFOA 1EP3A 3WK2A 3E12A 2BXVA 3O8AA 4NXKA 1A5AA 1B4EA 4LVAA 2J88A 5E1QA 1I45A 1K02A 3FEMA 4FEZA 4MY1A 2OX1A 2WNZA 1DQXA 3PWAA 4MUZA 2NV1A 2Q3OA 4N4PA 5AHLA 3DH7A 3NL6A 3K30A 3NQGA 3GZ3A 1KFBA 1M7PA 5F4SA 1GG0A 3TSBA 4WOQA 1PVNA 3ELFA 1HO1A 1TYGA 3U2OA 1VCVA 2RKXA 1QPQA 4AHQA 3FFSA 1OFQA 3PS7A 4O12A 1AW2A 3Q37A 2OZ0A 1KM4A 2GQ8A 2Y7EA 1KBJA 1K8XA 3O05A 4AF0A 4O0ZA 2YGYA 1XL9A 4OE7A 3UXDA 3B0UX 2Y7DA 1SZEA 4ZQOA 1TTPA 1FCBA 4UTUA 2JK2A 4JR5A 2NXGA 3H54A 3UYCA 4FO4A 3TX9A 3C2VA 3EKZA 2C14A 2J24A 4WZHA 2VFGA 3O06A 1RVGA 2J9YA 3W1AA 1I2NA 3GNDA 4PFMA 2E6DA 3G1AA 4G1KA 1K7FA 4NJIA 2ATMA 2QJGA 1H62A 2JGYA 3EWYA 2OJPA 3ABRA 3RNDA 1BTMA 2X1SA 2QDHA 1IXNA 2X1TA 3N2XA 1GPWA 1ICPA 3OBKA 1MZHA 3G8EA 5F2MA 1X7FA 1O5KA 3MP3A 2Q8ZA 1DVJA 2YXGA 4HNVA 4WJEA 1RQEA 4YMZA 4K8EA 5G2WA 1NF7A 2FJKA 3P74A 2I1OA 1VPXA 4K38A 2B7NA 2Y7FA 1H61A 1JR1A 4MOZA 3GYEA 2RFGA 1SPQA 2G97A 2A7PA 3ABQA 1IXOA 3DU0A 3EKLA 1CI1A 3GKFA 3KVLA 3ZWSA 1W5PA 3USBA 4HSOA 2QEZA 1H63A 4O4WA 2WV8A 3NPWA 1FY6A 1CW2A 4NJGA 5DXXA 2NUYA 2R94A 1TPEA 3W86A 2V9DA 3B4UA 3NR0A 5FI8A 2CFFA 3F4WA 2Y62A 3HPXA 2A5HA 3L0GA 4IPJA 3QYQA 1KW1A 1TQXA 4P2VA 2CLFA 1SO6A 1C8VA 2E6FA 4TMBA 2ZRWA 1OX5A 3W2MA 1GTHA 3F1QA 1MEWA 4DBEA 1XI3A 4WY0B 2X1UA 4DF0A 2ZZ7A 1OFDA 2OT0A 2VFDA 3RU6A 3D0CA 3W9ZA 3CPRA 1LBLA 1ZNNA 1F5ZA 4E38A 3W72A 1MEHA 3QMTA 4JTFA 3QRHA 2Z2UA 3KVKA 1B3OA 3BK0A 3FKKA 1LLZA 4M7TA 4I7VA 3G1XA 2HMCA 3W7JA 4UFHA 1A53A 3MI3A 3EXTA 3P8IA 1R30A 4L4LA 5D03A 5KINA 4UNKA 3CHVA 4FNPA 3IVSA 1JCNA 2CLLA 4DXVA 1A50A 1P4CA 4MY9A 2ZA1A 4JY9A 4BFAA 4XWUA 5D2YA 3GAKA 4HPXA 4GBUA 1BKSA 1GYLA 2FB3A 2TSYA 1H51A 3KVMA 2C18A 3LBCA 1I2RA 3O63A 1I8JA 1QWGA 4J9JA 4JICA 1G6CA 3CTLA 3MYOA 2NXHA 4S2CA 1I2OA 3NA8A 5L9FA 3THAA 4DBDA 3S9YA 3W1RA 3A21A 4WX2A 5F4WA 4K36A 3TC6A 1OJXA 3NZ1A 1Q3NA 3HJZA 1H7XA 5CPOA 3I65A 5D30A 5G2IA 1DV7A 2QCLA 3W07A 4A2RA 3C0JA 2F7FA 3QQ1A 5D2XA 1QPRA 4U28A 3F03K 3W7CA 1ZFJA 4X2RA 2FPYA 4HIBA 4O8RA 5CZJA 3NL2A 1KM1A 3RLVA 3IIVA 1PIIA 2RH9A 4NQ1A 3O15A 1YXDA 3MI6A 3MMTA 2TRSA 4GUIA 2QCFA 4PH6A 1GVSA 4LNYA 2HS8A 3T4CA 3CEPA 4E2DA 3IGSA 4IJBA 1JCJA 3L0KA 5HINA 2VFEA 2VFFA 1SO5A 1JCYA 4UTWC 1F2JA 2QUTA 4N9EA 4WUIA 3VI2A 4O19A 1EWDA 4AAJA 3P7YA 3S0CA 4GUGA 2HSAA 2VOMA 2GQ9A 1G4PA 1NEYA 1D3GA 1KM6A 2CU0A 3M41A 3SSJA 2YR1A 2V5BA 5EKYA 4EOUA 2GJNA 5LGZA 5A8GA 5LGXA 3W70A 4K37A 3N9SA 3EX2A 4IPIA 4GFSA 5G1TA 2ZZ4A 4N6EA 1IXPA 5F2IA 1YTEA 1L6WA 3WK3A 5I3KA 3W23A 4UTMA 2AAMA 4O53A 1K03A 1KTBA 3UWWA 1ZAIA 4ONVA 2DORA 5HR7A 3TROA 3QC3A 1KTNA 5AHFA 5LHFA 5E93A 3W2JA 2TYSA 4LV4A 2E77A 2QF7A 5I3IA 2QCHA 4UFJA 3L2IA 3B0VC 1UUMA 1RD5A 3ZWTA 3TW6A 2ZYFA 5CZSA 2W6RA 3BLFA 3C4UA 5KZDA 3GDKA 4X9SA 1S3HA 1K7XA 4QIUA 3MBDA 4IWWA 5DCBA 5H91A 4PTNA 3GIYA 1ONRA 4JX6A 4O57A 4XTIA 1VHCA 4Z1BA 3OIXA 3OVPA 2DJXA 2V2CA 1OF8A 1LOLA 3EWUA 1TPB1 2FDSA 3QM3A 1O4UA 4NNBA 1WOAA 1SFJA 4UC5A 1UJPA 2G96A 5EY5A 5F4XA 3NL3A 1OFBA 1SO4A 3LCGA 3NM3A 4CQ9A 1EUNA 3Q2DA 2PCQA 1DJQA 1H7RA 1TPH1 3UWYA 1UASA 2E1DA 3THQA 4K6AA 3OA3A 3IVUA 2NWRA 4H6KA 3M47A 1EP2A 2A4AA 5HQEA 4FXRA 1Q6LA 2Z6JA 2WSYA 1JRCA 2PRHA 3PSVA 3UD6A 5KMYA 2YFOA 3B06A 1G4EA 3LXCA 4FX6M 2Y70A 1WOBA 3E96A 4O16A 3G24A 2A21A 3TQVA 3BGJA 1SFLA 4FHAA 5IBXC 3KAOA 2BSLA 3W1TA 3DI1A 5LNRA 4Y90A 5IBXA 4A3UA 4N9DA 1KM5A 1OG0A 4DEFA 1TV5A 3L68A 1WBHA 3KRZA 3LHWA 5C5YA 4FNTA 3BW3A 3W85A 3G0XA 3LDVA 4POCA 3DHFA 4RV8A 2DZTA 1M5WA 1JCLA 2VELA 3KFTA 1PS9A 2ZBTA 3C52A 2QCDB 4CCCA 3BO9A 1GG1A 3T44A 5L6UA 3M7WA 4BWLC 3GR7A 3TK7A 2DJLA 1EA0A 3VKJA 4BWLA 2RDTA 3QSRA 3P8JA 1YDOA 2JKAA 4NUWA 3UY8A 2WSRA 3PVFA 1P0KA 4S1FA 1TPDA 3QEZA 1VS1A 2VEMA 3LERA 5K9CA 2WQPA 1QO5A 1XBYA 3P61A 1N55A 1AW5A 3QFEA 3VCRA 2CLMA 1VR6A 3DZ1A 1K8YA 3OG3A 4JTSA 1P1XA 4GC4A 4NT0A 5FF3A 3O16A 3M16A 3NQDA 3R13A 5F1UA 1P0NA 3JRKA 2A85A 2Z1BA 2FQIA 3W75A 2QJIA 3HOJA 3KVJA 1OYAA 1A5CA 2P0OA 4QISA 4M7SA 1SU5A 3LXBA 3P62A 3GXPA 1FDYA 3HB9A 4BF9A 2DZSA 4RX0A 3S1XA 1WYIA 1H7NA 3MJYA 2ISSA 5EPDA 2F84A 3GAYA 1LRQA 2CLHA 3W2LA 1XCFA 4ZL1A 4QJ1A 3BGGA 2V0TA 3TC7A 1EUAA 4KFPA 3T78A 1AK5A 1ICQA 2ZRUA 3WJYA 1O5XA 4UTTC 5U4NA 3PSWA 3FA5A 4UTTA 4OT7A 3KHJA 3O6CA 3OHIA 5D38A 1S5TA 1SSDA 3NQ2A 2YFNA 2QKFA 2BZNA 3U8GA 4Q4KA 2AQWA 2WJZA 3BG3A 3PM6A 1R2TA 1SUXA 4MPQA 4MJZA 5K2ZA 3O1NA 5CPLA 2YZRA 4ZMGA 3C8FA 1WX0A 5D2VA 4AF0B 4JTTA 1SZNA 2J27A 3RMJA 1ZJIA 5C55A 4FNUA 3NQVA 4ZQMA 3N73A 2H8ZA 3W7PA 2CLEA 3PB0A 5J5RA 4Z0SA 4JTKA 3PR2A 3DKLA 4EVZA 4NZFA 4JY8A 1ZAHA 1VLWA 2EPHA 1L6SA 1H50A 1DL3A 4TMCA 3L21A 3MO7A 1VRDA 2A0NA 3MP4A 3C2RA 3TH6A 1T96A 4UR7A 3ATZA 1WDWA 4FXSA 3TSDA 1SZFA 3G1DA 1SQ7A 1YYAA 1TRDA 4JX5A 1LORA 4OU1A 4K39A 3MP5A 4KFNA 4QNEA 2VEKA 1S5VA 1HFBA 3UWUA 1L2UA 4I7WA 1ME9A 3NQAA 3LM7A 2NXIA 3W1MA 1Z41A 1MEIA 3HPZA 3MBFA 3L9CA 4RR4A 8TIMA 1A5BA 1GVFA 2FB2A 3TJLA 5D33A 1TPUA 2I9EA 1YXYA 3TR2A 1X1ZA 4IGHA 5FESA 3EWZA 1QCWA 4IUOA 4AVFA 1NSJA 4YCPA 4YXGA 3QH2A 1FCVA 2CLOA 1LTDA 3LHZA 1AW1A 3QPYA 4HT3A 4HHPA 3PC0A 2Y89A 3CWNA 4JYDA 1KLZA 4N9CA 2VKZG 4UNLA 3WK1A 4JDYA 2NX3A 5DLCA 3TAKA 3S1VA 4GRSA 4Q33A 4R34A 3NVTA 3FKRA 3MHUA 1SSGA 4JYEA 4YLWA 3WJZA 2VENA 4JD4A 4GE8A 4MFDA 4O4VA 1J2WA 1TB3A 3IV3A 5EBUA 4HPJA 2RHGA 2J6XA 3DBPA 3MYPA 3DGRA 4FNQA 4I9AA 2Q8LA 3R8RA 4ADUA 1L6YA 1I2QA 3AJXA 1XBVA 4PL1A 2E6AA 5I3JA 5D04C 2A6NA 1J4EA 3EX6A 1KM2A 4UFLA 1FUYA 3DXIA 5DBTA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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1JUBA

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Chord Diagram

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