3UQNA

Crystal structure of dihydrodipicolinate synthase from acinetobacter baumannii complexed with oxamic acid at 1.9 angstrom resolution
Total Genus 112
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
112
sequence length
291
structure length
291
Chain Sequence
TIQGSIVAIVTPMLKDGGVDWKSLEKLVEWHIEQGTNSIVAVGTTGEASTLSMEEHTQVIKEIIRVANKRIPIIAGTGANSTREAIELTKAAKDLGADAALLVTPYYNKPTQEGLYQHYKAIAEAVELPLILYNVPGRTGVDLSNDTAVRLAEIPNIVGIKDATGDVPRGKALIDALNGKMAVYSGDDETAWELMLLGADGNISVTANIAPKAMSEVCAVAIAKDEQQAKTLNNKIANLHNILFCESNPIPVKWALHEMGLIDTGIRLPLTPLAEQYREPLRNALKDAGII
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Lyase
source organism Acinetobacter baumannii
publication title Crystal structure of dihydrodipicolinate synthase from Acinetobacter baumannii complexed with Oxamic acid at 1.9 Angstrom resolution
rcsb
molecule keywords Dihydrodipicolinate synthase
total genus 112
structure length 291
sequence length 291
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.2.1.52: Transferred entry: 4.3.3.7.
pdb deposition date 2011-11-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00701 DHDPS Dihydrodipicolinate synthetase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3uqnA00
2DZPA 2TMDA 1K3UA 5LGXA 5D05A 1EA0A 3NDOA 5DCDA 1FWSA 1YTEA 4O14A 2QDHA 3UPBA 3TFXA 4X22A 3G0SA 1A53A 3G1YA 4QISA 4UTUA 3JS3A 4L4MA 5F4SA 4UMCA 1OX5A 3LB0A 1OFAA 5LZLA 4W9TA 1DQXA 1GVSA 3INPA 2C13A 1AK5A 1KLYA 1TPB1 1CX9A 1ZAJA 2Y70A 3EB2A 4UUIA 4GUHA 4UTTA 4JR5A 4WY0B 5BRBA 5K3VA 2FDSA 1Y0EA 1AW5A 6TIMA 4P2VA 1JCNA 3W1XA 2YPIA 3NXFA 3W7DA 3QPZA 4PODA 4LRTA 1LP6A 3TQKA 2WKJA 3TXZA 1QOQA 1KW1A 4DPQA 4K7VA 4N02A 5K9CA 4HNVA 3B03A 3O8AA 4Q33A 3NL5A 3KFTA 1MEHA 2VEKA 3HBLA 4FX8A 2E6DA 4QSHA 4TX9A 3MJYA 3S1VA 3M7WA 4JTKA 2Y7EA 1WOBA 4BF9A 4S2CA 5AHLA 1XDLA 4JTGA 1P1XA 4LS2A 3PWAA 1TQXA 3T55A 3P61A 5AHFA 3VI2A 1QO5A 2GUUA 4LTSA 4AAJA 3Q37A 1ALDA 1O95A 3S42A 2C14A 3CT7A 1W56A 3QFEA 1KM5A 4DQWA 3NL6A 3R2GA 2HMCA 1GOXA 2ZYFA 3A21A 4JIPA 4U4MA 1H7PA 4S1FA 4HNNA 1OK6A 1E51A 1JVNA 4FX7A 2QJHA 3LTSA 1TQJA 1O5KA 4IMFA 3TV8A 1GZGA 1A5CA 1KTBA 5KZEA 5FF3A 1PL9A 2A0NA 3BV4A 5DCEA 2V8ZA 3TIMA 3UXAA 4Y90A 4BI7A 3TX9A 3SIZA 3DBPA 2A7PA 4IMEA 4LNYA 4AHQA 3MBFA 3P82A 2W6RA 2YR1A 4A2SA 3B04A 1SW0A 3MI2A 3N3MA 5HWMA 1YDVA 1DJNA 4LVFA 4B5NA 4CNOA 5AHEA 3PSWA 1W0MA 2Y7GA 5H2ZA 3TUUA 2YYUA 3M47A 4UMAA 2V2HA 4O57A 4AF0A 1WBHA 2YFNA 3EX2A 1Z44A 3C52A 3DI1A 1H7XA 1SFLA 4I9AA 3S9YA 1SZFA 3N2XA 5D2YA 5G1TA 1KFKA 2X1UA 4LVGA 2TSYA 3CQ0A 3GNDA 3VE7A 4S2BA 3EKLA 1OFRA 1J4EA 4GJ1A 1JULA 2CZFA 1W1ZA 3L5MA 3UD6A 2X30A 3BPWA 2ZDRA 3RMJA 1O5XA 3G1XA 4EF8A 1OK4A 2A4AA 2GQAA 5FI8A 1SSDA 3WK0A 3GKAA 2QDGA 3P5ZA 3NVTA 1VJIA 2A6LA 2Z6IA 4AMAA 3THAA 3W84A 4UTMA 1MO0A 1OX4B 1A5BA 5G2IA 4Z0JA 4FF7A 2BLEA 3RFAA 3OBKA 3W7JA 1YPIA 1KTCA 4Q4KA 5HMSA 5CPMA 1LRQA 4JX6A 2VKZG 4ZQMA 3GXTA 1TPH1 2QCGA 1VYRA 1NAL1 1ZENA 2ZRYA 4UTWA 3HQ1A 1Z48A 1RQHA 1TPDA 1K02A 4JTIA 3W73A 3LERA 3NQVA 3UZ5A 2V9DA 1HUVA 4LW7A 1B3OA 1LOSA 3H55A 1XKYA 4DEFA 3W7RA 1DORA 4A22A 1BWKA 4BWLA 4TR9A 4N9EA 1QPNA 2V81A 2HS8A 4NXSA 2J88A 2DORA 4N4QA 4OV9A 3GZ3A 4UFLA 5HULA 4D2JA 4K8HA 3N9SA 3W6YA 3L0NA 2BXVA 3FKKA 1JUEA 1GVFA 1G7VA 5CG7A 2OT1A 4BR1A 5FESA 4O8RA 4MFDA 4GUGA 3TW6A 3BVJA 3S1XA 4FEZA 4O4WA 4UTTC 1XFBA 3PBVA 1QMLA 2C19A 1VCGA 3DXIA 3TAOA 1CI1A 2PRLA 2A7NA 2WNQA 4HIBA 4Q32A 5D30A 3UWYA 4N6FA 5K9DA 3O6YX 2QUTA 1VS1A 1VLWA 1EP2A 3NQGA 3SZ8A 5EL1A 3GR8A 3NR0A 1QCWA 4C1LA 5D2VA 4NJKA 1SPQA 1IXNA 1LCOA 3W2KA 4HSOA 3NQ6A 4O17A 1LOQA 3QRHA 5F4WA 3IRDA 3N34A 5EMUA 1TCDA 3STGA 2VOMA 1FCUA 1H60A 1EUNA 5F1VA 2YW4A 5I3HA 1YTKA 1BWLA 1F05A 5D37A 3S5YA 3CTLA 3FS2A 1X7FA 3QPYA 5HUPA 3MW7A 4CLMA 3BGGA 5AHMA 3UNDA 4OV4A 3TJXA 4IWWA 2TYSA 3E96A 3MWAA 2EHHA 4FXRA 4LC6A 5AB3A 1RV8A 1XXXA 1SW7A 3ABSA 4FNQA 4JYEA 3EX3A 3BGJA 1SW3A 5SWUA 3L9CA 8TIMA 3SW6A 4GXMA 3L5AA 3A5FA 4R7JA 5AFDA 1PS9A 4O10A 1JCJA 3PM6A 3DHFA 5CPLA 5G4EA 2QCDA 4CCDA 4LT9A 1GVOA 2O7SA 2A85A 1OHLA 2HS6A 4IXXA 4OQVA 3ZR4A 3ZWTA 3GLCA 1M7OA 4Z0SA 1T0OA 4EWND 3QMTA 1SO5A 3PUEA 1XBYA 3E12A 2Z6JA 5K7JA 1G4PA 2E6YA 3W86A 1O4UA 2DJLA 3GYEA 4UIOA 3GR7A 2FLIA 2ZZ1A 4UXDA 3CIXA 4JTJA 4AB4A 1DL3A 3C0JA 2NUWA 4X9SA 3GXNA 2PCQA 3YPIA 3WJXA 4NX5A 3G18A 1IXPA 2LLEA 3FYPA 4GBUA 3TQVA 5DBUA 1Z41A 2W0UA 3W83A 1GEQA 4TIMA 2YDAA 4BI6A 1ZHAA 3VCRA 4LS1A 4O18A 1T8XA 3UXDA 5CZTA 3TJLA 2E77A 2OMAA 2QR6A 4EIVA 3NQFA 2DZWA 4RR4A 3UY7A 3T40A 1LYXA 4XZ9A 4JNMA 4FNSA 4DELA 2P10A 2JGYA 3EX1A 4I7UA 2H3DA 4JTTA 3DFPA 1QAPA 3PVFA 4NVTA 1LLZA 3CEPA 1M6JA 3HG2A 3KRZA 2P1FA 4O1DA 2JK2A 3QMSA 3NQ2A 5L6UA 5DY3A 2KZHA 5HJLA 4ZZ9A 1TPVA 1U83A 2X1RA 1GYNA 3Q2DA 4LV9A 1WQ5A 4NXKA 3BK0A 1JCLA 3W1AA 4ML9A 1R46A 1NVMA 3LHWA 1QDSA 3NQCA 3WK3A 4PCFA 2PE4A 3WJWA 4XTDA 3IIVA 4WJEA 1IIHA 3L21A 3PF3A 4UTKA 2H3BA 3QEZA 2YYTA 3OA3A 1OFQA 5G1YA 1DQWA 2ZCGA 1DOSA 2QJIA 3C2OA 3OVQA 3TMLA 2QCCA 3V1PA 2E68A 4KFPA 3HG3A 1OG0A 5K4XA 5G5IA 2TPSA 1KM4A 4MYXA 1KFEA 4BI5A 1PV8A 2GPTA 2A7RA 2NWSA 4X2RA 4H4IA 3PBWA 4E38A 1F7BA 4BWLC 4K6AA 2GVJA 1VHNA 2Q3OA 4GWEA 1I4NA 1OYAA 1PE1A 3D0CA 2DZXA 1W31A 1V5XA 1S5TA 2ISSA 1WBJA 2I1OA 2OT0A 1F73A 3DFOA 3W7MA 2WNZA 3LLDA 4GFSA 4MJMA 4DO4A 3P62A 5EKYA 2YW3A 5LNUA 1WYIA 2Y85A 3W7HA 1MSSA 4LY8A 4HNUA 3NGJA 4O50A 3HF3A 3PB2A 3EX6A 5AC6A 2V5BA 3TA6A 7TIMA 3JRKA 1IGSA 4HPXA 2A1YA 3EWUA 1FY6A 5G2WA 4I7VA 4DBDA 4N9CA 4UR7A 2QCFA 3ELFA 2E09A 3BARA 1TPC1 2CLFA 2B7NA 2E5DA 3VNDA 2CLIA 1EUAA 4ADTA 3DFTA 3HPSA 4HHPA 1LRNA 3B0UX 3PBYA 1HO4A 3QSRA 2VXNA 2DZSA 3EXTA 3I7SA 3BLEA 3GKFA 1FCBA 2ZZ5A 3NQDA 3LBMA 3TXVA 2CWNA 1H63A 4K38A 1UB3A 2A5HA 2NX1A 2Z1BA 4JEQA 1FQ0A 1EP1A 1VR6A 1YLVA 3PG8A 4Z08A 5D03A 5LSMA 2WQPA 1D9EA 1OJXA 1RR2A 3LI0A 5KINA 3C8FA 3NAVA 1X1ZA 3HGOA 1HL2A 4OGZA 3TC7A 5LNVA 4O52A 4WUIA 3A24A 3KVKA 2WJZA 2ZRWA 5EPDA 5BMWA 3FIGA 2V0TA 1KFJA 3LTPA 5EYWA 2Z0IA 4QAIA 1WDWA 3EWYA 4FNTA 5DLCA 3LCFA 2BSLA 1F6PA 2FJKA 3VFLA 3HOJA 3P8IA 5DELA 3O16A 3PR2A 4Y6GA 4QITA 3W1LA 4YCPA 5AHNA 2NZLA 1IXQA 3EWZA 3G1DA 1DVJA 3G3DA 4ZQRA 1H5YA 1MZHA 1SZGA 3P7YA 2RH9A 3G1HA 3CWOX 5LHFA 3NQMA 3R8RA 4MUZA 3EXRA 3DZ1A 3QQ1A 5HR7A 3HB9A 4JN6A 5IBXA 1BTMA 3ZS4A 3I65A 2Q8LA 3TSBA 1ZAHA 2W79A 3LGEA 1I2RA 2FTPA 5A8GA 3W3OA 5C6MA 4O15A 3WJYA 3GDRA 2ZQ0A 3BLIA 5U7SA 3W75A 2WSQA 1X1OA 1OFEA 3FOKA 1XL9A 1QNVA 5BMXA 1FWTA 1FWWA 2VEMA 1I45A 1XM3A 2ZRUA 1N8FA 1WA3A 1VC4A 1NF7A 1B4EA 3PB0A 3O06A 3ANYA 3P5YA 3M5XA 3L5LA 4MLRA 3THQA 4DPPA 1O94A 1XI3A 2NX9A 1TTQA 3C2FA 1JUBA 5J5RA 4HKPA 2NLIA 3DI0A 2C15A 2H6RA 1UBSA 2VEPA 3W76A 3NM1A 1YDOA 1ME9A 3K30A 4R33A 1R2SA 3M9YA 5LNWA 4IX0A 4UCGA 1KV8A 2GOUA 3IIXA 4MVAA 4NJIA 1T96A 1GJPA 3RLUA 3IIZA 2CU0A 3L0GA 4FXSA 3LHZA 4Z1DA 1J2WA 2CZEA 4LU0A 3UY8A 1H7NA 2XN0A 3NPUA 1PVNA 5HNRA 5E0KA 4NT0A 3SSJA 4O12A 3G3MA 2FB3A 4GC4A 2V82A 1TPEA 2X1TA 3W1QA 1MEWA 5I3FA 2FB2A 3Q58A 1OX6A 1KV5A 2AQWA 3W85A 1RPXA 3HPZA 3P67A 5D33A 1P0NA 2NX3A 4A2RA 1OFPA 4O0ZA 4XQ6A 4XWUA 4JYFA 5F2LA 3GVGA 3DFNA 4ONVA 4FNUA 2FFCA 4KWVA 3PSVA 4UFMA 3CC1A 3ABRA 4DBEA 3PAJA 4DF1A 1DHPA 2DZTA 1B4KA 5BW6A 3N73A 4KKXA 4CQ9A 1WXJA 4O16A 4RZ6A 4FIRA 2A2IA 3L65A 2Y61A 3N2MA 4CCCA 3QC3A 3CLMA 3W2MA 5LNRA 2QCNA 3HGSA 3W70A 4PC8A 4E0CA 2QAPA 2PRMA 3NEVA 2X16A 1UUOA 3IGUA 4JX4A 4LOCA 2J24A 4Z1AA 1IXOA 5CGQA 4WXZA 3NPXA 4UTJA 3LCXA 1KFBA 3W1NA 5BOOA 1F5ZA 3VE9A 3AO0A 1VZWA 4POCA 4RK8A 4MIMA 1O60A 4MFEA 1VYSX 5DCBA 1TTPA 3MI6A 2RDWA 3BW4A 3MYPA 1H62A 2DJXA 3KHJA 3USBA 2ZRXA 4UTIA 3S8HA 5J5DA 3LXAA 1TREA 1QPRA 5G4WA 5EA9A 1LTDA 1B9BA 1W3TA 2YGYA 4JTHA 3NA8A 4IGHA 1YADA 1PIIA 1SO4A 5K2ZA 1KM0A 3H54A 1SZEA 1H7RA 3LCGA 3ABQA 4NJJA 3W23A 1FDYA 4ZMGA 4K8EA 4RX0A 1N7KA 4KFOA 1FBAA 2ISVA 2VFHA 3UWZA 1QFEA 1FWNA 1DKWA 4M5PA 5DY2A 1GYLA 3E49A 3LX9A 1NF0A 3UWWA 5AHIA 3TQ0A 1JJKA 1I2PA 4AWTA 4O1AA 1SR9A 1VH7A 1LROA 4QNEA 2G96A 4QJ1A 5C55A 2EAWA 3O63A 4NQ1A 1VHCA 3LDVA 5I3KA 4AWUA 3B8DA 4MY1A 4HPJA 2JKPA 3CU2A 3NO5A 4TO8A 3GXPA 4M19A 3I6RA 1SSGA 1TMHA 1KA9F 1AMKA 4UFIA 3MP4A 5DBTA 2IQTA 2WSYA 1LDCA 2V30A 4ORMA 5ABTA 3FA5A 1AL7A 1TJRA 3FYOA 2J9XA 3FFSA 1LOLA 3NYZA 1W5MA 1EWEA 1OF6A 1TIMA 3SY5A 3PY2A 3R5EA 4WXYA 4MKNA 2VFEA 2QCHA 4O53A 1ZAIA 1TV5A 2PRHA 3P8JA 1FDJA 3IV3A 3WFAA 3GK0A 3KRUA 4LC8A 1ME8A 1ZCOA 1FX6A 2VENA 1I2NA 3HGRA 1HG3A 3BG5A 4ALDA 2VFGA 1D3HA 3DH7A 3W7CA 1H61A 5DXXA 4MZ8A 5FF7A 4O0KA 1ICPA 3DKLA 5TBOA 4XKYA 5G2HA 1KBIA 4WZHA 4EOUA 1NSJA 4OHQA 3NOEA 3EEGA 3W7GA 1UUMA 4CNPA 3TW7A 2R14A 5K4ZA 1FWRA 3G0UA 2OJPA 5FEZA 2YXGA 2B4GA 2PURA 4N2YA 3W87A 2ATMA 4JGDA 1QPQA 3C6CA 2Y7FA 4J9JA 1G7UA 4OWGA 4WD0A 1FCVA 4OU1A 1FUYA 2J9YA 3TE9A 1R2TA 5AOUA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 5C7H A;  2TMD A;  4MDP A;  2PU1 A;  1U5H A;  1UKT A;  2OEJ A;  3NDO A;  4CVW A;  5DCD A;  2YL5 A;  4A6G A;  4PSR A;  1TUF A;  1GQL A;  4E2O A;  3RCM A;  4GXP A;  1Z6K A;  1OFA A;  4BF5 A;  4W9T A;  5LXX A;  2C13 A;  1AZ1 A;  1CX9 A;  3EB2 A;  4UUI A;  4PCP A;  4M1B A;  4WY0 B;  2FDS A;  1AW5 A;  4KWU A;  1KQZ A;  1T41 A;  1F4H A;  1NDV A;  2VGG A;  1VEO A;  3REQ B;  1NJJ A;  1LP6 A;  3FHQ A;  1PKL A;  3TXZ A;  1QOQ A;  3C86 A;  3I3D A;  3GTX A;  4DPQ A;  3QY8 A;  2DIK A;  3O7U A;  3LG3 A;  4HNV A;  1V3I A;  1BD0 A;  1S46 A;  1MEH A;  3UU0 A;  2VEK A;  2VVN A;  2E6D A;  2EG7 A;  4ICM A;  4TX9 A;  5A2B A;  3MJY A;  1ZU8 A;  5JBF A;  4MUP A;  3GIQ A;  4QG9 A;  5I07 A;  4JTK A;  4CKQ A;  4D6G A;  1UA3 A;  2V3E A;  4DWS A;  4RNJ A;  1GK8 A;  3GU2 A;  4NHV A;  3T55 A;  3P61 A;  1DTN A;  2VZT A;  1RBA A;  3Q37 A;  3P6L A;  3S42 A;  2C14 A;  3AZR A;  3WZ0 E;  5A6K A;  2XFF A;  3H2A A;  1PBG A;  3WDJ A;  3ARQ A;  4D6J A;  2HMC A;  1GOX A;  4IPN B;  4TUF A;  5C9R A;  5CBI A;  4U4M A;  4UTF A;  1OK6 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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