2YZRA

Crystal structure of pyridoxine biosynthesis protein from methanocaldococcus jannaschii
Total Genus 102
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
102
sequence length
309
structure length
307
Chain Sequence
TDLLKKGFAKMVKHGVVMDVTNVEQAQIAEEAGAVAVMALERVPADIRGGVARMSDPALIEEIMDAVSIPVMAKCRIGHTTEALVLEAIGVDMIDESEVLTQADPFFHIYKKKFNVPFVCGARNLGEAVRRIWEGAAMIRTKGEAGTGNIVEAVRHMRLMNEAIAQLQRMTDEEVYGVAKFYANRYAELAKTVREGMGLPATVLENEPIYEGFTLAEIIDGLYEVLLEVKKLGRLPVVNFAAGGVATPADAALMMQLGSDGVFVGSGIFKSENPLERARAIVEATYNYDKPDIVAEVSKNLGEAMKG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structure of pyridoxine biosynthesis protein from Methanocaldococcus jannaschii
rcsb
molecule keywords Pyridoxal biosynthesis lyase pdxS
molecule tags Lyase
source organism Methanocaldococcus jannaschii
total genus 102
structure length 307
sequence length 309
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature ec 4.3.3.6: Pyridoxal 5'-phosphate synthase (glutamine hydrolyzing).
pdb deposition date 2007-05-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01680 SOR_SNZ SOR/SNZ family
A PF05690 ThiG Thiazole biosynthesis protein ThiG
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 2yzrA00
4YCOA 1EUNA 1DBTA 4UFKA 1TV8A 4O28A 3T78A 1H7NA 1I2PA 2VEKA 2YFOA 2G5WA 1TTPA 3PBWA 2Y61A 3QMSA 4RJEA 1NF0A 5G1YA 4GUGA 1TMHA 5I3KA 1FCQA 2E6YA 4K7YA 5C5YA 1TPFA 5KZMA 1TREA 1OK6A 1GYLA 1S5TA 7TIMA 3SFKA 4O13A 1XDLA 2JBMA 1KLZA 3VE9A 2YR1A 4NNCA 1MEIA 1D3HA 3S1XA 1FWRA 2ZDRA 4DBDA 3OIXA 3NM3A 1JRCA 3UQNA 4LTSA 4DPQA 2AGKA 4CNOA 2CWNA 3QW3A 4NX0A 5CSRA 1HTIA 3PM6A 1SQ7A 4FX6M 2E5BA 4MZ8A 3C2FA 4N9EA 2A2IA 4K6AA 3LHVA 2WNQA 4JY8A 1R2TA 4HHPA 3KVJA 5F1UA 1XBZA 3O8AA 1QAPA 1G4TA 4MOZA 3UYCA 1VQTA 1BKSA 1VC4A 1NEYA 3GZ3A 1A5BA 3GVGA 3R2GA 4JYEA 4AB4A 3P67A 3CEUA 5SWUA 3HMJG 3LTPA 1EP2A 3TQVA 3ABRA 2C1HA 4NJJA 3PG8A 4KWWA 2DU2A 5LZLA 1TV5A 2E6FA 4NQ1A 3FS2A 1RV8A 3EWWA 1FWSA 2DZVA 3P7YA 1R47A 5U7SA 4K36A 3F1QA 5EY5A 3EX3A 5F2IA 1JR1A 5EKYA 5AC6A 3NQ6A 1F7BA 2C15A 4S2CA 1GYNA 1EWEA 4PL1A 1EEPA 3G3MA 4E38A 3P8IA 3DFTA 3IIZA 4CCEA 3LERA 4QITA 5F2MA 3I7SA 5D30A 4UTWA 4IJBA 2AQWA 1DJQA 4Z1CA 3TH6A 4FB7A 4ZVJA 4XBKA 3S5NA 1ME8A 4O19A 4GUIA 3O05A 1ICSA 1MEHA 1TTQA 1H7PA 1TPVA 2A7NA 4BI6A 5H2ZA 3TSDA 3W71A 3EX1A 4PA8A 3HB9A 2J9XA 3RK8A 4Q33A 1W54A 3JRKA 2CLMA 4NJKA 5AOUA 3LCIA 1K03A 2H3DA 1H5YA 4FNRA 1I2NA 4P61A 1I2OA 2QCGA 3PUOA 1K02A 4WY0B 3T55A 3CU2A 5LGZA 1JUEA 2YGYA 1TO3A 3UZJA 3DZ1A 3GDLA 4W9TA 5D2VA 2ZZ1A 5FEZA 2X1TA 6TIMA 3DFOA 4UFJA 2BXVA 5GVJA 1FUYA 1G4PA 3NPWA 1L6YA 1PE1A 1H63A 1TTJA 3QC3A 1O5XA 2NV1A 2NWSA 3FA5A 1G4SA 3EKLA 3G8EA 1KV5A 1XFBA 4TMCA 3DKJA 2A6LA 2W79A 2I9EA 1JCMP 2DZTA 4GWEA 3QF0A 3CTLA 2V2HA 3B03A 3WK0A 3EXRA 3M0ZA 4I7WA 4OWGA 3SECA 1DQXA 1KFBA 1SZNA 2PCQA 2A1YA 1OX6A 5F4XA 2ZA1A 4O0KA 3LRKA 5FEPA 4UTLA 5D33A 1H7WA 1QPNA 1TPDA 4JX6A 1VGAA 3WJYA 4O1CA 1LBLA 4XWUA 4I9AA 1GPWA 1LTDA 4IOTA 1P0KA 2QEZA 3W76A 2FFCA 3O07A 3KFTA 4Y96A 4OQVA 4Y8FA 4UXDA 2PURA 3TR2A 4L4MA 5KINA 3GXPA 3H54A 1EX5A 4FX7A 4ZMGA 3VI2A 4KKXA 3BV4A 1B3OA 4ZZ9A 2CZ5A 1VZWA 3I7QA 3DI0A 3NEVA 5E93A 4TU1A 4GNJA 2NX9A 3CQ0A 3EWBX 2VXNA 3BPWA 1TQJA 3G1VA 4XUGA 3MP4A 1F6KA 3UWWA 3N19B 3O06A 3TJXA 2BZNA 2ZRYA 4XTIA 4RLIA 1LOLA 1N8FA 2ATMA 2PRLA 4MUZA 4QISA 2C19A 4J9JA 5I3FA 4KFNA 5ABTA 4R33A 2FIQA 5KZEA 3W84A 2PE4A 3QMTA 3LCGA 3RF9A 4KFOA 3CT7A 3ATYA 3L5AA 3O63A 3L21A 1VJIA 4JD4A 1R2SA 3MBFA 1OVDA 1LZOA 2YW3A 4HNUA 3M7WA 4JTHA 5BRBA 4CQ8A 2HTMA 1GWJA 1TYGA 3NAVA 4UR7A 1Y0EA 4ONVA 3MW7A 1J4EA 1YPIA 3GLCA 4MZYA 5E0KA 1G7UA 2FJKA 4CNPA 3PR2A 4M7SA 2QAFA 3OEXA 1VLWA 1AW2A 4IQLA 2B0MA 3W1TA 3WK3A 2Y7FA 2RDWA 5KZDA 5MHBA 2AAMA 2Y7DA 4P2VA 3G1YA 2RH9A 5DCDA 5EMUA 1NVMA 1SW3A 1FDYA 3B0VC 4IMEA 4ML9A 4A3UA 3G1SA 1VCFA 6ALDA 2BLEA 2CFFA 3R8RA 2RDUA 1W5OA 3NPVA 1LYXA 2VFEA 3TKFA 3SW6A 3OVQA 5TBOA 4WXZA 4O53A 5FESA 5CPNA 1ZFJA 3TFXA 4JTGA 2HSAA 4JNMA 4NJHA 4O1BA 4FIRA 2C6QA 3DXIA 4TX9A 1OFPA 2DZPA 1Q6QA 3E02A 2PC4A 4U28A 4XKYB 2CLIA 1OX5A 2TYSA 1FCBA 5HWMA 3TW6A 3F03K 3STEA 3UWYA 2QF7A 1FQ0A 2FB2A 2RFGA 1YDNA 3EX6A 5LHEA 2WKJA 3C4UA 4O18A 1D9EA 2Y7EA 3CC1A 1WXJA 8TIMA 3BLEA 4K8EA 3S8HA 4UFLA 1KM6A 2J6XA 4FHAA 3FEMA 1VYRA 2WJZA 4JXCA 4OHQA 2B4GA 4FNTA 1KFJA 1ZHAA 2BWGA 1JRBA 4HPXA 4UTHA 2VFDA 4Z08A 3P60A 1FXPA 3GR7A 3W1AA 2V5LA 4WY0A 3TW7A 5K9DA 1JULA 3TSMA 3C6CA 1XBYA 2ZRUA 4IX0A 3W07A 3GX9A 4TR9A 2C0AA 3WFAA 1UCWA 3MP3A 1DKWA 2NXHA 1KFEA 4QSHA 1HUVA 3TAOA 3CLMA 2EPHA 5HR7A 4YL2A 1X8FA 4CCDA 1LRTA 4UC5A 5LNRA 3W75A 3HGSA 2F7FA 3FKKA 1W31A 2CZEA 3PUEA 1GEQA 2OT0A 2FLIA 2I14A 3LHZA 3QM3A 2A4AA 3G0SA 5D2TA 1UUMA 3W1RA 3B0UX 3FFSA 3S1UA 3NNTA 3FKRA 4O50A 1GVRA 1PVNA 2CW6A 4WUIA 3NL6A 4UTMA 4BI5A 3QRHA 2WSQA 5DCBA 3I68A 4NXSA 1KM4A 3OHIA 4IMCA 4DPPA 1AG1O 1A5CA 2V2DA 3N2MA 2GVLA 2YDAA 2WNNA 3USBA 4DXVA 1K8XA 2NXIA 3STFA 1Z44A 3P62A 2JK2A 5F4WA 5DCEA 2GQ9A 4OBTA 4E0CA 4YWIA 3I7RA 3B06A 3LI0A 3MBDA 1WA3A 4HN4A 3PBYA 1FXQA 3W7KA 1YPFA 5EPDA 3GYEA 4JN6A 2ZZ7A 4JEQA 4EF8A 4ADUA 3W1QA 3QEZA 1LORA 4H4IA 5EYWA 1PHQA 2A21A 4MPQA 1IIGA 4MYAA 2NX3A 3D0CA 4AH7A 3W87A 3NYZA 1MXSA 5D2WA 3TDFA 4QAIA 1YLVA 4PODA 1SW0A 3LCXA 3GK0A 2CZFA 2YW4A 4R34A 4AXKA 2VELA 3W88A 4A21A 4LUJA 1P5BA 2B7NA 3G1DA 3L66A 1FWWA 2WPBA 2A7RA 3A5VA 1F74A 4GXMA 3BARA 2Y85A 4N9CA 3P80A 5L6UA 2TRSA 1IF2A 1T99A 3TU9A 3S5ZA 1GVFA 1VHNA 1XBVA 2QR6A 1SO3A 2QUVA 1LRQA 2E5DA 1ML1A 3H53A 4N6EA 4AHPA 5LNUA 2P10A 1LLZA 4S2BA 1YXYA 4MY8A 3G22A 5K9XA 3R89A 3C0JA 3THQA 2DP3A 2H8XA 4LWWA 3GDRA 4DQWA 1L6WA 1TJPA 1PS9A 5AHFA 2VEPA 2WSYA 3TCEA 4RKAA 4K7VA 3HOJA 1OJXA 2QJIA 3T4CA 4NX5A 4OV9A 1AL7A 1KLYA 3L0GA 1ADOA 3DHDA 5TIMA 4RXGA 5HUOA 2HMCA 3CEPA 3PS7A 3LB0A 1V7YA 4GRSA 1JCJA 5K4XA 4AEOA 5LHFA 1NAL1 4AWTA 3N34A 5HR6A 1H7XA 4LS0A 2O7QA 4AF0B 1YYAA 3ELFA 1GVOA 3JS3A 1QMLA 5IBXC 1TPWA 3BG5A 3EWXA 1B4EA 2CZDA 1FDJA 3S1WA 1HFBA 3P5ZA 2QCDB 1NF7A 1GVQA 1JCXA 4XKYA 3EWZA 4O0ZA 5D04C 2E68A 4WOQA 1NSJA 3OBKA 2JGYA 2DJLA 3G1HA 1DVJA 1SPQA 2R14A 3G24A 1Q45A 2PRMA 5D05A 4M5PA 3PULA 5J5DA 1ZCOA 1EB3A 1WAUA 3PBUA 3RLVA 3ZWTA 2H3BA 1H7RA 3FJ6A 3W85A 3IIXA 2QCLA 1QPQA 3RMJA 3W9ZA 2DZUA 4I7UA 1BWLA 3R5EA 2ZA3A 4Z0SA 4JTIA 3SIZA 2QAPA 1QPRA 3GIYA 3L68A 3HPSA 5DXYA 5TQLA 4KWVA 3W1LA 2QKFA 2RHGA 2FTPA 3PSVA 1EP1A 4FNSA 1EP3A 1GG0A 1Q6OA 3U2OA 3V1PA 2Y7GA 3W2MA 2ZRXA 2ABAA 3AO0A 3G3DA 3TFCA 3SZ8A 5C54A 2O7SA 1JQVA 4LY8A 2BTMA 3LHTA 3TUUA 3DI1A 3QMRA 1GT8A 3S0CA 1ZNNA 4JDYA 4DO5A 1OHLA 3LXBA 4O10A 2OCZA 3W7HA 4NVTA 4PC8A 4RX0A 3IVTA 4IMDA 3BW4A 3HGOA 4LRTA 5LGXA 1XL9A 4MJZA 3NM1A 1KBJA 3ZWSA 3GDMA 3W1UA 3RNDA 1S3HA 2FPYA 2BSLA 2V8ZA 5F2GA 3A22A 4GC4A 1QFEA 1SSDA 4O4VA 3U6WA 3HO8A 3LCFA 1S5VA 3YPIA 3T40A 2DZSA 2ZBTA 3M1ZA 3IGSA 3C2OA 1JCNA 3DHFA 4L4LA 5HMSA 1K3UA 5A8GA 4O12A 4N02A 3M5ZA 1KTCA 3I6RA 1OFRA 3BK0A 3GNDA 3BVJA 3HIJA 3KXQA 1WDWA 1T96A 1R30A 3IRDA 3A5FA 1OF6A 2TMDA 4C1KA 2OJPA 4ADSA 4X22A 4X9SA 1G67A 3GR8A 3E9AA 5D37A 1VHCA 3RFAA 1JQXA 5BNKA 3EWYA 2QCFA 4AVFA 2H6RA 2GVGA 4ZQOA 2X2GA 3KRUA 3C56A 3BG9A 5CPMA 2HS6A 4BF9A 2E1DA 5D02A 4MLJA 3W2LA 1B4KA 3R13A 2OMAA 1LRNA 3NQ7A 3E96A 2ZRWA 3MWAA 3G0UA 4HNVA 5K2ZA 1XUUA 2ZZ2A 3M5YA 3W7GA 1SO6A 4HIBA 2JKAA 4A2SA 2NLIA 3FYOA 2QCNA 3KRSA 1LROA 5HWNA 2GPTA 3NQCA 4BFAA 4OU1A 4NUWA 4LUIA 5FEWA 2FB3A 3BW3A 1XCFA 1W5PA 1SW7A 1YTKA 3C2EA 3PVFA 1LOQA 3PC0A 3DU0A 1XI3A 3NOEA 1OFOA 1JVNA 3GXNA 4ORIA 1SSGA 1W5QA 4LVDA 1WYIA 4UFIA 2ALDA 2NUWA 4NJGA 5C6MA 3W7DA 3NL5A 4ALDA 4Q4KA 4FEZA 1Q6LA 3B8DA 4WOZA 4YMZA 1W3TA 5K7JA 2DZXA 2R94A 1MEWA 2WV8A 4HPJA 1RQBA 1ZAHA 2ZFAA 3LTSA 1OG0A 3A21A 2A5HA 3TA6A 1TQXA 1XUZA 3KVMA 5CPOA 1JCLA 4R53A 5AYZA 3N9RA 4ZQMA 4DBEA 1W37A 4AF0A 1U5JA 3NQMA 3B4UA 3P5YA 1I2QA 2DZWA 1H7OA 1FWNA 1W1ZA 2Z6JA 3FYPA 4JS3A 3WJWA 3U8GA 2QCDA 3QQ1A 2B7OA 4ZQCA 1WBJA 1LBFA 4FO4A 4X2RA 4AHQA 1UJPA 4HNNA 1G69A 5FF7A 3WJZA 1JJKA 4G1KA 2QCEA 3DFPA 4IXHA 1IXOA 1TJRA 3TSBA 1SZEA 1SFJA 3M5VA 4GFSA 4UMBA 3BGGA 3N3MA 4MY1A 3UWQA 3MHFA 1TPH1 3QJAA 3S1VA 3NQDA 3P81A 1R46A 1KFCA 4YCPA 1PCKA 4LC6A 2QUUA 4M19A 3WK2A 4HSOA 3MYOA 4LVFA 1VCGA 1XC4A 1RQEA 2VKZG 4O1DA 1RQHA 1FWTA 1LDCA 2ATSA 4RZ5A 3AJXA 3L67A 3IVSA 3BLFA 4O54A 5E1QA 1H62A 3LXAA 4FXRA 3B05A 3FJLA 2CLFA 1J5TA 4FF7A 3IGUA 3W7RA 5HINA 3V75A 5LNVA 2V0TA 3WK1A 2F84A 2ISSA 3OA3A 3TMLA 1AW1A 4LRSA 1KV8A 3K30A 2XN1A 1CI1A 5U4NA 3W23A 3UXDA 3IIPA 3W2KA 2X1UA 1OK4A 4EF9A 3PSWA 3NL3A 2R91A 3UWZA 5T26A 1VYPX 4IX2A 5G2WA 1ICQA 1X1OA 3G8RA 3S6DA 2G97A 2QDHA 3W2NA 2E6DA 4WQ6A 1TIMA 4WX2A 4JTTA 5CGQA 1H50A 2Z0IA 3L0KA 1N55A 3W2UA 3NQVA 1WQ5A 1KFKA 1FCVA 2QDGA 3C8FA 1DORA 3NQFA 3QPYA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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