3R89 | Genus

Total Genus 110

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	110
sequence length	289
structure length	289
Chain Sequence	SNAMKIIDKLYEKVSKNGFVCIGLDSSIDYIPENMKAGKSVSEALFSYNKEIIDQTYDVCAIYKLQIAYYESYGIEGMIAYRDTLSYLREKDLLSIGDVKRSDIAASAKMYAKAHFEGDFETDFITLNPYMGMDSIEPYEEYIEKGDKGVFVLLRTSNPGAKDFEVLPVDGEEFFYKVGDKMRELNEKYIGKSGFGPIGLVVGATHSEEVEKIRKRYDKMFFLIPGFGAQKADSMNVYKLLEGLNGGVVNSSRAILKNWQNYEDGSEKVGYYARKKAIETYEEIKANEV

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase
source organism	Anaerococcus prevotii
publication title	Crystal structure of orotidine 5'-phosphate decarboxylase from Anaerococcus prevotii DSM 20548 rcsb
molecule keywords	Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
total genus	110
structure length	289
sequence length	289
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 4.1.1.23: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date	2011-03-23

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00215	OMPdecase	Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	3r89A00

2WPBA 2VEKA 1VJIA 1TREA 3W7GA 1OFEA 1J4EA 2Z2UA 1L6SA 3NL3A 4NXKA 3HOJA 2ZZ4A 2VFEA 1WXJA 4MZYA 1NVMA 5D05A 4S2CA 3UD6A 4J9JA 5CPMA 2Y7FA 1C9DA 5LNWA 1PE1A 1VQTA 3C0JA 2ZA3A 1JULA 1G6CA 3C61A 3O1NA 2NV2A 5LZLA 1QO5A 4ZQRA 1OX6A 1I8JA 1O60A 3T78A 1QPNA 4NJHA 3QPYA 1QWGA 1YDVA 2JGQA 3L2IA 1JVNA 3W72A 1D9EA 4O19A 3NQMA 4O0ZA 4UMAA 3WJYA 2RFGA 3NQFA 3TW6A 1NAL1 3BPWA 5D33A 3P82A 2CLLA 2CLHA 3C4UA 2A5HA 3PBUA 4ORIA 2PRMA 1SW3A 1QPQA 3NZRA 1W5QA 3LV6A 4HHPA 4QIUA 4KFNA 1LM1A 1H63A 2G97A 3QQ1A 1WDWA 3O06A 5KZMA 3ELFA 1YTDA 3IGUA 5KINA 1LDCA 1LOLA 1Z44A 4O13A 3W1RA 4AWUA 1XBXA 3PM6A 5D32A 4XTIA 4W9TA 4ML9A 1SSGA 1BWKA 3E9AA 2GQ8A 2HMCA 3E02A 3HIJA 4O50A 5HUOA 1LRNA 3MI3A 4LVGA 4UFHA 3STCA 1K3UA 2V9DA 2ISVA 1UUOA 1YPFA 5CGQA 3L5MA 5KTLA 4LRTA 2BWGA 4M19A 2E09A 3BK0A 4IMGA 2V82A 1QNVA 1KM6A 2W79A 5DBTA 4ORMA 3AO0A 3O6CA 1YDOA 4XTDA 2CZDA 1X7FA 2RDWA 3N2MA 4NT0A 4ALDA 2GUUA 8TIMA 1OF6A 1ZHAA 2ZA1A 2H90A 3EWBX 3QQ0A 3W75A 3MP4A 3RF9A 4AEOA 3G1VA 4PODA 3UWQA 3IGSA 4HNNA 4X2RA 3NPXA 1EWEA 3G3MA 3GKFA 3MUXA 1H7OA 4JYFA 2EPHA 4MPQA 1XBYA 5D2YA 1Z41A 4E38A 2GQ9A 3RLVA 4LOCA 1H50A 1B3OA 3PWAA 5DLCA 1B4EA 2ZZ2A 2Y89A 3DFOA 4E0CA 4IQLA 4MLJA 5LNVA 5EKYA 1TO3A 4TO8A 4AHQA 3I7SA 1YXCA 1MO0A 2FIQA 1F73A 4K37A 2EAWA 4JTTA 1GVFA 1H7NA 1ZAHA 4OQVA 1F6KA 1BKSA 3C52A 2Q3RA 2E6AA 3SJ3A 2WNNA 1Y0EA 2G95A 2YSWA 4QISA 4XBKA 3E49A 2WV8A 2YZRA 1SO5A 3BO9A 5DY3A 2NXIA 5LGXA 3GXPA 4L4LA 1ML1A 2GJLA 2CZFA 2VEIA 4JTSA 4HPXA 4NNCA 4JY9A 2BTMA 4U28A 1M5WA 5FF3A 4LUJA 2ZRZA 5BW6A 3C3NA 3BGJA 1SUXA 3MYOA 2GQAA 2YW3A 1KFCA 3W3OA 5TBOA 3M44A 3P7YA 1H1YA 3W7RA 2ZRVA 4K8HA 4IUOA 3PSWA 1PHQA 1JRBA 3P67A 4FO4A 3M41A 3EWWA 1K8XA 3Q37A 4ZL1A 3LXBA 1SFLA 1DBTA 3W07A 1DVJA 1WOAA 2CZ5A 4A22A 4DEFA 3MHFA 1TQXA 4QAIA 3N19B 5LNSA 5FEPA 2C19A 3R12A 1JUBA 5F4WA 5U7SA 4FNPA 4Y8FA 5MHBA 4AVFA 5LNRA 2P1FA 1D3GA 3PVFA 5E1QA 6TIMA 1EP3A 4RKAA 2ALDA 5AN7A 2V30A 4TU1A 3E0IA 1K8YA 2VELA 3UWWA 1A53A 3LCWA 5KITA 4TX9A 2HTMA 4JEQA 4DO6A 3BLFA 2ATSA 3PSVA 4R34A 5F2IA 1DOSA 5EPDA 1I2NA 3NL5A 3CLMA 3DHFA 5H91A 4LW7A 3ZS4A 1GVSA 2HS8A 3FIGA 3BG9A 1HFBA 3G1DA 3U8GA 2WSYA 4BWLC 1XCFA 1LBMA 3NQ6A 1LOSA 1SSDA 1IIGA 4JN6A 2A2IA 4K39A 4DBDA 2NUWA 2XN0A 4GFSA 3W7NA 2VFIA 3LB0A 5G5IA 5D37A 3TUUA 2X1RA 5FI8A 4K6AA 5TIMA 1JCJA 1KTBA 5CZSA 1JRCA 3MBDA 3CB8A 1QO2A 2DZWA 2UV8G 5HINA 1XL9A 2Y61A 3E12A 1TV8A 2DJXA 1PHWA 3KHJA 3TKFA 3RLUA 4EWND 1W5PA 1LRQA 1V7YA 1F05A 2C0AA 3TXVA 3QM3A 2VEMA 4JNMA 1QOQA 3NNTA 2J9XA 2B7NA 1PL9A 1P0KA 2NX3A 1ICPA 3IV3A 3IIXA 3P74A 3S6DA 2PE4A 1EWDA 2BZNA 4OBTA 3G1AA 1TPDA 2OCZA 4N9BA 3NR0A 1TB3A 4KFPA 2QCLA 1PVNA 1T96A 1VCGA 3FOKA 3UWZA 4NZFA 3QW3A 4GUJA 2JKAA 3T40A 1VGAA 2W6RA 1KM1A 1LTDA 1SFJA 4RXGA 3W7LA 5L9FA 3ABSA 3G0XA 3N73A 2FFCA 4XBSA 3QFEA 3DFQA 3CQ0A 2NXGA 5AB3A 3IEBA 1X1ZA 2V8ZA 2ZTKA 5U4NA 2FPVA 1OYCA 4Z0SA 3VNDA 3KOFA 3NL2A 1AG1O 4RJEA 3TCEA 1TPVA 1K7EA 1SZFA 1OJXA 1VRDA 2QKFA 2C6QA 4UIOA 5I3HA 3PG9A 3GK0A 2XN2A 1TPUA 4N9DA 1H7WA 2ZZ5A 4LT9A 2YFOA 3QW4B 2RH9A 3INPA 2OZ0A 1W3NA 2JKEA 2BSLA 1WOBA 2ISSA 2OT1A 3MHGA 4BI6A 3HQ1A 3PB2A 1LBLA 1XM3A 4N9CA 2BLEA 4X9SA 1H51A 4O16A 1H5YA 1QFEA 5AYYA 4ZQPA 5C54A 1WA3A 3QMSA 3RFAA 3NAVA 2JGYA 4JTIA 3PG8A 3KXQA 3GR8A 3S0CA 3P80A 2DZXA 1OFAA 3O07A 2AAMA 1MSSA 3LXAA 2QDGA 1F2JA 2TRSA 5EL1A 1FWWA 1KFKA 1DJNA 1Q6QA 4JDYA 1GYLA 3EX1A 3VCRA 4GUIA 1P5BA 5CSRA 1W1ZA 4K7YA 3TU9A 3DFNA 2ISWA 4LVDA 3NQVA 1XDMA 5DY2A 1S5WA 2QCNA 2VKZG 2WO5A 5KMYA 3SECA 2C14A 1KFLA 3LHZA 3M7WA 4UMCA 1AL7A 4C1LA 1DJQA 1OABA 3DU0A 3W1UA 4HNTA 3DFTA 5G4EA 3CHVA 3DFPA 2Y85A 3FA5A 2CW6A 3W2NA 3W7MA 5BOOA 3W70A 3B06A 3EWYA 3L68A 1DV7A 3PBWA 1ZCOA 4JICA 1FDZA 2H3DA 3TAKA 4KWWA 1H61A 2QUTA 3LCFA 3M5XA 1XUZA 1T8XA 3TX9A 4LVBA 1N8FA 1XI3A 3ZWSA 2Y7EA 1GEQA 1QDSA 2WOQA 4IJBA 1HG3A 2GOUA 1YADA 3IVSA 3MJYA 1M7OA 1FY6A 3SSJA 1VS1A 3OEXA 4M7TA 3TDFA 3LHTA 1C29A 4LUIA 5KZEA 4HSNA 1H7RA 4ZQNA 4M6VA 3DH7A 3SI9A 2V81A 3SW6A 3JRKA 4YXGA 5I3JA 5D02A 1OFRA 3HG5A 1DKWA 4A2SA 1MEHA 4WUIA 2YXGA 1W3TA 3U6WA 1ZY9A 3LBMA 4LV4A 3HPSA 5D2XA 2GVGA 5K7JA 4S2BA 5DN1A 1A5CA 3GB6A 4JIPA 3CIXA 4LS0A 1PCWA 2IQTA 2WQPA 3LTYA 3KVLA 4LU0A 2YYUA 3P61A 3W85A 4IMCA 3ZWTA 1BTMA 3P5ZA 4MYXA 4OU1A 4DF2A 4OT7A 1JQXA 3C6CA 4CCEA 1YXYA 1OFDA 1KFJA 3I68A 3PUEA 5D2VA 1Q6LA 3NQDA 2GVJA 3M5YA 1I2OA 1G69A 4BF9A 5DCDA 1KV8A 2QCMA 4UFIA 3A24A 3M6YA 4WZHA 4A21A 5KSWA 1I4NA 1TPC1 4AXKA 2YX0A 4YL2A 4ZVJA 3MP5A 1ZAIA 3N2XA 4PEKA 5G2HA 3SGUA 3TR2A 4UTWA 3LTSA 4PL2A 3N14A 3LCHA 2FTPA 3G1XA 2LLEA 3QSTA 3KRUA 1M7PA 3KRSA 2CWNA 1TPEA 1ZENA 3M5ZA 2H6RA 5CZ0A 3NPVA 4DPQA 4RZ6A 3WK3A 5F2GA 1HL2A 3W76A 2CLIA 2DZTA 2A6LA 3S42A 3TJXA 2ZZ3A 2X1TA 1WX0A 4NNAA 1ZNNA 3G0SA 4WQ6A 5HR6A 1YPIA 5KZDA 1G4PA 1AMKA 3LCIA 4AB4A 4JR5A 3FS2A 3W1AA 5C5YA 3W1QA 2DORA 3R89A 2NUYA 2QCGA 3D0CA 3GDTA 3GLCA 2E5CA 4O28A 3S8HA 2B7OA 1WQ5A 1CX9A 1F6PA 3N34A 4O14A 4RR4A 1OFQA 3QPZA 4XWUA 2A7NA 1K8ZA 1J5TA 1KM4A 3DKJA 4O53A 2V2HA 1Z48A 3BG3A 1FDYA 3SIZA 4ZQCA 1YDNA 2NV1A 3JS3A 3ABQA 3K30A 3MO7A 3G1YA 4JTLA 3LCXA 3TQKA 1W0MA 1B57A 5AHIA 3NYZA 3W7DA 3NZ1A 3NEVA 4GUHA 3KVKA 1X1OA 4EIVA 1O94A 3C2EA 1JJKA 2RKXA 2ZBTA 3A9IA 4N4PA 5HQEA 4UMBA 3CEUA 3HGSA 4B5NA 5I3GA 5FEWA 1GG1A 3L0GA 4ADSA 1A50A 2FJKA 5TQLA 1IF2A 2YW4A 4FXSA 1D3HA 3G1FA 2V5BA 2WNQA 4GUFA 1OFBA 3DKLA 1OX4A 3Q2DA 1IXOA 4MZ8A 3NQAA 2B7QA 2A7RA 3W7HA 1TTIA 3CIWA 1RPXA 3L67A 3W2UA 3HF3A 5AHFA 5EMUA 3R8RA 1R2RA 4GXMA 4OV4A 2GJNA 3V1PA 4JTJA 2WNZA 2X30A 2OMAA 1I2RA 2ZRXA 3E96A 3L5LA 4BR1A 4E2DA 4LWWA 2NZLA 2VENA 2Z0IA 4O1DA 4LY8A 2DZSA 3W1NA 4O18A 1LYXA 3RNDA 2CLEA 1OX4B 3UYCA 3UWUA 2C16A 4MY9A 3HPXA 3W22A 3LLFA 3G0UA 5CKSA 3FKRA 3IIZA 5BMXA 3DFSA 3VKJA 5F1VA 3EWZA 3S1XA 3VE9A 1C8VA 2I9EA 4JTGA 2C15A 4Z1CA 3W9ZA 2Y62A 3M5VA 4O1AA 1VHCA 3S5ZA 1SO4A 1R2TA 1S5VA 3HBLA 1TV7A 3TSDA 1W31A 1TIMA 3L0NA 2CZEA 4FX8A 3TXZA 3U2OA 5FEXA 3NA8A 3MI6A 2E5BA 3N9RA 3A5VA 2ZCGA 1M6JA 2A0NA 3NPWA 3A22A 3MBFA 3G3DA 3LCLA 5LKYA 3B03A 4X22A 4AMAA 2E6YA 4AWSA 1TPB1 2J88A 3TQ0A 1UUMA 1W37A 2VOMA 1OHLA 2J9YA 3HMJG 3AJXA 4ZQOA 1ZJIA 4NVTA 4O17A 1SZEA 1RVGA 5HWNA 5CZTA 1GOXA 2Q8ZA 1H7PA 4A3UA 2C18A 4JYDA 1TV5A 1KM2A 2JBMA 3L0KA 4WD0A 4WY0A 5FF2A 3ZR4A 3W7KA 4X3ZA 1MZHA 1F76A 1OK4A 4TMCA 4IGHA 3WK0A 2R14A 5FF7A 3TC7A 2QCCA 5K4XA 1FX6A 3LI1A 3ABOA 4FXRA 5D04C 4UTIA 3NQ2A 1OX5A 3TFXA 6ALDA 4JTHA 3MI2A 4O8RA 4RLIA 2KZHA 1K03A 2DZUA 1ME9A 2DP3A 4JDBA 1EIXA 3KFTA 3WJSA 4NX0A 1Q45A 1O95A 2BX7A 4WY0B 4PH6A 3GNNA 2RHGA 4RV8A 5F1UA 4CNOA 2VFFA 3GDKA 1GVRA 2Y88A 4GNJA 5AHEA 2QUVA 3W7CA 1S3HA 5FF4A 1VHNA 2QJHA 5G2WA 3NL6A 4EF9A 1JCXA 4GC4A 3UWYA 2NXHA 3GVGA 2CLFA 1EX5A 2FB3A 4K38A 4WJEA 3W7EA 1DQXA 1YTEA 1WYIA 2F7FA 3GDMA 1SZNA 5C2XA 4WX2A 1B9BA 4I7UA 5FESA 1VCVA 3GIYA 1PV8A 3DAQA 4HKPA 1Z42A 1ZAJA 2NUXA 2GVLA 4JY8A 1SW7A 3OVQA 4MOZA 5AHNA 4CCDA 5AHLA 2QR6A 3W7IA 3ZFHA 1ME8A 4UFJA 4H6KA 3NQ7A 4DXVA 4DPPA 4E2BA 1TCDA 5AC7A 1W8SA 1MEWA 4PC8A 4O10A 1FXPA 3PR2A 1W54A 5A5WA 1YTKA 2ABBA 1K02A 4HSOA 4RXFA 1LOQA 3A5FA 4UR8A 2EHHA 1U5JA 1WBJA 2QAPA 3I6RA 3TAOA 1QPOA 1XBVA 3IIVA 4OGZA 2I1OA 3G8RA 1JR1A 1K7XA 3S5NA 4JX5A 4LV9A 4P61A 2HSAA 1KM3A 5D2TA 2ZYFA 1KTCA 3LV5A 3P60A 4JS3A 4QNEA 4TMBA 3OVRA 3S5YA 1ONRA 3FEMA 3Q94A 4IX0A 3IIPA 3BW4A 4TR9A 3OBKA 3EWXA 4UTTA 1RZMA 1UASA 3T4CA 4N4QA 5AOUA 3PB0A 1FUYA 3TQVA 3W2LA 3RMJA 3LX9A 2WSRA 3TSMA 4O12A 4GJ1A 2FPTA 1ADOA 1YLVA 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1VYSX 1V5XA 3T7VA 1RV8A 3STEA 2J6XA 1UCWA 1W5MA 4UNKA 3W1PA 1IXQA 1W56A 1X8FA 4PL1A 1FQ0A 3ANYA 1HTIA 4IMDA 1SZGA 3GXNA 1R47A 3HG2A 4WXZA 3F4WA 4DBEA 3NQEA 4UXDA 2QJIA 2V2DA 1AW1A 1VLWA 5CG7A 4H4IA 3HO8A 4LVFA 1U83A 3LDVA 2ZZ1A 1MXSA 5F2MA 1QOPA 4JTEA 4JX6A 2DJLA 4QJ1A 1NSJA 4QQ3A 4RX0A 1GG0A 3TV8A 2TMDA 3I65A 3B04A 3C2RA 4M5PA 3MMTA 1FWNA 4AF0B 4IXXA 4UC5A 1GTEA 4FHAA 4BI7A 4R7JA 3W1LA 3W86A 4NXSA 4UTKA 5HULA 5I3FA 1NF7A 3S5OA 2O7SA 3F4NA 3M0ZA 3S1WA 3EX4A 3FYOA 3P81A 1G4TA 1A5AA 2Z6IA 2E6DA 2A6NA 4XQ6A 2ZZ6A 1JCYA 3BARA 1VR6A 1GVOA 3W88A 3G1SA 1N55A 3WJWA 2PRLA 1NF0A 4EF8A 3PUDA 4GWEA 4IWWA 1AK5A 1X6UA 5D2WA 4BI5A 4GE8A 4LC6A 5D09A 4XUGA 4UTHA 2X1UA 3LLDA 2BXVA 4UFLA 1Q6RA 4CCCA 3DHDA 4N6EA 4CQ8A 1IXPA 2EKCA 2E77A 4HIBA 3TFCA 1I45A 1SO6A 3B8DA 4QITA 1DQWA 1LORA 2CU0A 2NX1A 2OT0A 3TNOA 3NQ8A 4N6FA 1FWTA 3W1MA 4EOUA 2QCFA 1VCFA 1EP2A 4DF0A 5D38A 1FBAA 3ATZA 2VC6A 2W0UA 2YDAA 4NZJA 3FYPA 3N9SA 2G96A 1TJRA 4NJIA 1PIIA 1EPXA 1XDLA 3PAJA 3UZJA 3LXCA 4M7SA 3TSBA 3UQNA 1RR2A 1KBJA 3STFA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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3R89A

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