2VC6 | Genus

Total Genus 105

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	105
sequence length	292
structure length	291
Chain Sequence	MFEGSITALVTPFADDRIDEVALHDLVEWQIEEGSFGLVPCGTTGESPTLSKSEHEQVVEITIKTANGRVPVIAGAGSNSTAEAIAFVRHAQNAGADGVLIVSPYYNKPTQEGIYQHFKAIDAASTIPIIVYNIPGRSAIEIHVETLARIFEDCPNVKGVDATGNLLRPSLERMACGEDFNLLTGEDGTALGYMAHGGHGCISVTANVAPALCADFQQACLNGDFAAALKLQDRLMPLHRALFLETNPAGAKYALQRLGRMRGDLRLPLVTISPSFQEEIDDAMRHAGILL

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase
source organism	Sinorhizobium meliloti
publication title	Structural, functional and calorimetric investigation of MosA, a dihydrodipicolinate synthase from Sinorhizobium meliloti l5-30, does not support involvement in rhizopine biosynthesis. pubmed doi rcsb
molecule keywords	DIHYDRODIPICOLINATE SYNTHASE
total genus	105
structure length	291
sequence length	292
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 4.3.3.7: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase.
pdb deposition date	2007-09-18

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00701	DHDPS	Dihydrodipicolinate synthetase family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	2vc6A00

1ADOA 1K8ZA 1VJIA 4ZQMA 4AAJA 3NQ7A 1FY6A 5IBXA 2CZEA 3B0VC 2WOQA 1QFEA 5D30A 2JKAA 4UTUA 4LC8A 3N19B 5H2ZA 4I7UA 5D2WA 3C4UA 2JBMA 5CZTA 3OG3A 5CPLA 1T99A 1JULA 5AYYA 4HNTA 1KTNA 4WZHA 4CNOA 3P5ZA 3QZEA 3LTYA 4LVAA 2D73A 1AMKA 3BG3A 3INPA 4YCPA 2RDWA 2C19A 1DQWA 1OF6A 3I7SA 1A5BA 3BG5A 3A5FA 4FEZA 4Y90A 5LHEA 2Y88A 3I7RA 3STFA 5K2ZA 2RFGA 1R47A 5CG7A 4UTWA 1OVDA 1O94A 4EOUA 3FEMA 1WV2A 4JTEA 1GG1A 3DGRA 3HG5A 3UZJA 2J9XA 3EWZA 4KWVA 1Q6LA 4NQ1A 1W3TA 4M6VA 3L5LA 3QRHA 1LOLA 4FNUA 3K30A 3VE9A 2QCHA 2H3DA 2ZFAA 2ISWA 2E77A 2A7PA 3SECA 1H63A 4PODA 1K7XA 1G69A 3LHVA 3PF3A 3N2MA 3GDRA 2VC6A 4JD4A 1GVSA 1W5PA 1W5QA 1DBTA 1DJQA 2RDUA 4NX5A 3G3DA 2EKCA 3R13A 1QNVA 2A0NA 2V82A 2DZWA 3PUOA 2QCDB 3WK2A 3TC6A 2OT0A 3V1PA 3PB0A 5DCDA 3P81A 1TQJA 3BG9A 3NPWA 3WJYA 1N7KA 4OV4A 6ALDA 3RFAA 3QW3A 1T8XA 1P1XA 3W87A 1X7FA 3W3OA 1R2SA 4UC5A 3WJZA 2YR1A 4ML9A 3LHYA 1R2TA 2Y89A 2ZCGA 5A8GA 1UBSA 4GBUA 4KKXA 3BW4A 3G3MA 3DFOA 5BMWA 3UWUA 3UZ5A 3M9YA 3CQ0A 4XKYA 3O6CA 1DKWA 4XZ9A 3ABQA 4I9AA 1XUUA 3OIXA 2Q8LA 3W2MA 5C5YA 5D32A 2Q8ZA 1TV8A 4LV9A 2CWNA 3NL5A 4FIQA 2NUYA 2NV2A 1ZAIA 5AHNA 1C29A 1PVNA 3BGGA 3I7QA 3WJWA 3ABOA 4MJZA 5G1YA 3NQAA 2DZSA 2V81A 2WQPA 3W1XA 3QH2A 1TTPA 1XKYA 1A5SA 6TIMA 1B9BA 3P84A 4UTTA 2A85A 5E0KA 1G4EA 1I2NA 3C2FA 3P60A 4O28A 2B4GA 2E5CA 2CZFA 5HWMA 1H7XA 2VEPA 1X1ZA 2ZDRA 3RK8A 3N2XA 3LHTA 3GDTA 4DO5A 2Z0IA 1QO5A 1MO0A 3O8AA 4UFLA 3CPRA 3F4WA 3NQFA 1TJRA 1Q45A 2OCZA 2J27A 4H3DA 4IUOA 3UY7A 3O06A 5AYZA 5G5IA 5BNKA 3HG3A 3ZS4A 5LZLA 2GUUA 2HS6A 3DFPA 4CCDA 2FJKA 2TPSA 4U4MA 5FF7A 1IIGA 3CEPA 3OA3A 4WY0A 3T40A 3BVJA 4FHAA 4LVFA 5EL1A 5I3GA 3L67A 2NZLA 3IVTA 1PCWA 1JCMP 3I68A 2QCLA 3ZWSA 2FB3A 3QFEA 3C6CA 4QNEA 2CLKA 4UTWC 3WK1A 5AOUA 2YW4A 1G7VA 4I7VA 4S1FA 4PFMA 3MI6A 3W1AA 3MW7A 3NL6A 3RMJA 1DQXA 5CPMA 1VGAA 4UUIA 3UWQA 3PY2A 4P2VA 4NUWA 3SW6A 4M6PA 4BI6A 1IXOA 1VYRA 2Y63A 3S6DA 4MLJA 4NJKA 4IMEA 3TSMA 2A7NA 2E6DA 3TAKA 4R33A 3W84A 2BSLA 2C0AA 1EX5A 1OFRA 1YXYA 3CM4A 5AHMA 4TIMA 1EA0A 3NOEA 3C0JA 5J5DA 1TO3A 3IIVA 3STGA 4XBKA 4H4IA 4UMBA 1ZAJA 4MUZA 4XWUA 5I3FA 5T26A 2GQ8A 5AC8A 3LCGA 1OYBA 4GNJA 4GUHA 1OFQA 4MZ1A 1LP6A 3O1NA 4JXCA 2GJLA 5FF0A 3W7QA 1H62A 1HO4A 1JCJA 5HNRA 4O14A 1WQ5A 4DBEA 3W7EA 1ZJIA 2X1SA 3NQMA 3UWYA 4XQ6A 2NXGA 2V5LA 4FXRA 4DPPA 1QDSA 1SZFA 5AHIA 5G4WA 1S5VA 1LBFA 4Z08A 3B4UA 5K3VA 3M5VA 1XBYA 4GFSA 3FS2A 5D2TA 3HQ1A 1L6SA 3UQNA 3GDMA 4RXFA 4HPXA 4X3ZA 3EWXA 4JY9A 1QR7A 2FPVA 1VHCA 3NG3A 2FB2A 8TIMA 3C2RA 1XDLA 2TYSA 1JQXA 4JTSA 2X1RA 3O6DA 1SO3A 3CIWA 3NGJA 4MKNA 1VC4A 2VEIA 1ZFJA 3NEVA 4O19A 4ZQRA 3P8IA 5FEXA 3LHZA 1MEIA 3UXAA 3FKRA 4POCA 1YDOA 1FQ0A 1PL9A 3L9CA 4MFDA 3QMRA 2PE4A 2VFGA 1OYCA 4HSNA 4M7TA 2C1HA 2VFDA 2GQ9A 2ZRWA 3RLUA 3DU0A 5EBUA 3TXZA 3DXIA 1KFCA 2OJPA 2FPTA 3O6YX 3IGXA 1ZY9A 3R2GA 5CGQA 2GPTA 4LW7A 5LGZA 1XBVA 5HJLA 4DF1A 4EF9A 1VCVA 3LLDA 4DBDA 3SGUA 4Z0JA 1F76A 2Z6JA 4AXKA 1SQ7A 1VR6A 4XTIA 4WQ6A 1K03A 2CLIA 3W85A 3EWUA 4IPIA 4QM1A 1ICQA 1H5YA 4UTKA 4JYDA 1EUAA 4NT0A 4ZQPA 3M5YA 3QSRA 1QOQA 1W5OA 1TRIA 2I9EA 3W7GA 4O50A 1LTDA 5K9XA 4IMDA 1FWNA 1QPOA 1TMHA 3P74A 3GNNA 4KFOA 3EX3A 2E09A 4RX0A 3CLMA 1QOPA 4ORMA 4QNWA 4PL1A 1RQHA 3IRDA 4AWUA 1V5XA 2H90A 3M16A 3DFTA 2Y7FA 3GK0A 4M5PA 1I8JA 3MI3A 1R46A 2DZTA 2CW6A 2G95A 4JTTA 1KM4A 3S1VA 1PS9A 5G2HA 1PIIA 4ZZ9A 3P62A 3W7LA 5DCBA 4C1LA 5F4WA 3EKLA 5U7SA 2GJNA 3CEUA 5FF2A 4CLMA 2YFOA 3KRSA 3PG9A 4LU0A 1UCWA 3BW2A 2PRLA 3KX6A 3LOTA 3NM1A 4ICNA 1OFOA 1PE1A 3LI1A 4GUJA 2JGQA 2TMDA 2TSYA 3NR0A 2WSYA 4UFMA 1WAUA 1RR2A 3ZR4A 2OX1A 4XBSA 3RNDA 3QMSA 4N4QA 5BRBA 3BW3A 5BMXA 1H7PA 2OMAA 1ICPA 3MP3A 2B7PA 1LLZA 3TJLA 3S5ZA 1JJKA 2GOUA 3UWWA 1F05A 3RF9A 4LUIA 4H6KA 3TX9A 2Z2UA 1T0OA 3U2OA 1NSJA 2HS8A 3G22A 3JR2A 1B4EA 2YW3A 7TIMA 2XFWA 3OBKA 2YGYA 4BWLC 2AGKA 1O4UA 3L5MA 4X9SA 4OT7A 5LGXA 1GVFA 2ZBTA 1SSGA 4K36A 1D3HA 4EWND 2WNQA 3BLFA 2BWGA 5D37A 1L6WA 1GTHA 2CU0A 3A9IA 4BF9A 1NF7A 1KFEA 5K7JA 2BTMA 4JY8A 3R5EA 3C2OA 4MOZA 5LHFA 3GIYA 3TW6A 3M1ZA 5L9FA 4K6AA 3D0CA 4LTSA 2PRMA 1VPXA 5E1QA 1JCXA 1OF8A 1QCWA 3G1SA 4UNLA 1EWEA 4L4MA 3T55A 1TV7A 1KW1A 3W6YA 4RKAA 2GVJA 2VELA 3PC0A 3QF0A 2V9DA 3MWAA 3OVQA 5C6MA 3S42A 1JCLA 3L0NA 3PSVA 3L21A 3LRLA 3EKZA 4IX2A 4GWEA 5AHLA 3FA5A 1A53A 3KVMA 3NM3A 2AQWA 2GQAA 1OX4A 3C56A 4S2BA 4GUIA 1A5AA 1KM1A 1TB3A 4HT3A 3HF3A 3MMTA 4JDYA 3UPBA 2XN0A 1U83A 1YTEA 2X2GA 5D38A 1GJPA 3NQVA 1L2UA 3LB0A 2R14A 3STCA 4QAIA 3WK3A 5KTLA 1IF2A 2DZXA 1AL7A 1ZALA 1WDWA 1YDNA 1AW2A 4E2DA 4FXSA 3TQKA 5H91A 3LBCA 3LCIA 4HSOA 5MHBA 1SFJA 3LXBA 5DBUA 3SR7A 3W70A 1XBZA 4BFAA 3W2KA 2VEKA 4AVFA 4BR1A 1Z44A 1TSIA 2F7FA 5C54A 1W31A 1DV7A 3VI2A 3O15A 3TROA 2LLEA 1OFEA 3F4NA 2GVGA 1AK5A 4JR5A 4JTLA 3MP5A 1KM3A 4WX2A 3NDOA 3O16A 3LLFA 1QWGA 3USBA 1H61A 1EP3A 1SU5A 1ALDA 2V8ZA 3PUDA 3W1NA 4ORIA 2NXIA 3S9YA 3LCHA 5AHFA 1SFLA 3EX2A 3O07A 3ZFHA 4AHOA 1KLZA 3Q2DA 5D09A 3TUUA 2Y70A 3UNDA 4DQWA 1EPXA 4JDBA 4EF8A 2QDHA 3BLEA 2E5DA 2NLIA 3DI1A 3BARA 1B3OA 3FOKA 3HOJA 1Q6OA 1CI1A 4JTGA 1ZCOA 2EAWA 2PC4A 2ZA1A 3GXTA 3W1QA 2QJHA 4A29A 1RVGA 3M41A 4Y6GA 3QMTA 2B0MA 2Y61A 3QEZA 3AO0A 4LY8A 3ANYA 1F6KA 3FKKA 3G8EA 5HWJA 4JTKA 4UMAA 4N9BA 3P5YA 4WY0F 2C18A 4OWGA 5F4XA 3NPVA 4N9CA 4IJBA 2A6NA 2EGZA 2WNNA 4TX9A 4WXYA 4FNSA 2DU2A 1BTMA 1C8VA 1H60A 3FJ6A 3B03A 3IGSA 3NQ6A 4O17A 4N6FA 1IIHA 3TMQA 3PSWA 4DPQA 4M7SA 4OHQA 1AG1O 2ALDA 5D02A 2VFEA 3TKFA 2E6FA 5D05A 3VKJA 1D9EA 4GUGA 3HGJA 3T78A 1VYSX 3W7RA 1FBAA 4GE8A 3MYOA 4YLWA 1S5WA 1XM3A 2X1TA 2FPYA 2NV1A 3G0UA 1TPWA 1ML1A 4R7JA 3E49A 1JRCA 2VENA 3QJAA 4JTIA 3LERA 3G0SA 4LVDA 4Z0SA 2J88A 1RQBA 3EX6A 4TO8A 2ZA3A 3IIZA 5DY3A 5HQEA 1L9WA 1WOAA 2NWRA 1EIXA 4JN6A 1K7EA 3OEXA 5F1UA 1MZHA 1TRDA 4OV9A 1QPQA 1KM5A 4D2JA 1VS1A 3YPIA 1KFKA 3IVUA 3T4CA 1G7UA 2ZZ6A 3W1RA 1IGSA 2VEMA 4NZFA 1TTIA 3GX9A 5A5WA 1OFPA 3JRKA 2ZTKA 5DBTA 2C3ZA 4IQLA 1VQTA 4WOQA 3UWVA 1I2RA 1OYAA 4A22A 3HO8A 3W76A 2J24A 2Q3OA 5IBXC 1YTDA 1BWLA 1RD5A 2FIQA 3MP4A 2ZRUA 1GYNA 1LOQA 3HJZA 2C6QA 1KA9F 1UJPA 4DF0A 4LVGA 3S5YA 1S5TA 3PVFA 4JIQA 5HUPA 1XCFA 1VCGA 1TPEA 3W7CA 2WKJA 2EF9A 1OFDA 3IIOA 4AWTA 2B7OA 2ZTJA 4CCCA 4GJ1A 4W9TA 3SGZA 3TQVA 3RU6A 4FX7A 4O15A 4AF0A 2QDGA 3PAJA 1SZNA 2PRHA 1R30A 3IIXA 5I3HA 2CLFA 2QCEA 3KAOA 1OK4A 2RKXA 5EY5A 2RH9A 3TA6A 2AAMA 3GDKA 4B5NA 3W71A 4JYEA 1EEPA 2E1DA 1O5KA 1FDJA 4XKYB 3DFNA 1AW1A 5D2YA 4ADTA 1ME8A 5LNSA 1XXXA 3I6RA 3GLCA 4ZQCA 1K3UA 1G6CA 1TPH1 5J5RA 4UTLA 4NJGA 1OJXA 2YCEA 3E96A 2Y6ZA 3A22A 5G2IA 2QJIA 3CT7A 1HUVA 3M5XA 3HIJA 4UNKA 4Q33A 4TMBA 1X6UA 4EIVA 3E9AA 5I3KA 1LZOA 5AC6A 1FCUA 4UFHA 2H8ZA 1JUKA 2V2HA 4UR7A 4JS3A 3G1YA 1TQXA 1F74A 3TW7A 4A2RA 3GR7A 3CB8A 3IV3A 1NF0A 1ZHAA 3Q94A 1N55A 1OABA 4LS0A 3Q58A 4JX5A 4PEKA 3DI0A 4Z1CA 1JCYA 1PHQA 5G2WA 3NQCA 4WY0B 1UUOA 1FXPA 2CZ5A 4AHQA 3MYPA 4HKPA 3UD6A 4UFJA 5K9DA 1H1ZA 1FWRA 1AW5A 4JNMA 1XUZA 2FTPA 5TQLA 5I3IA 1H51A 1PCKA 5KSWA 4YL2A 2QAFA 1MSSA 3W1UA 2JK2A 1O95A 3Q37A 4O1BA 5F4SA 3HG2A 3DZ1A 5F1VA 4CQAA 3MI2A 2C15A 3GKAA 4ZQOA 3H53A 3PM6A 3NPXA 1EP2A 3PUEA 3THAA 3TFXA 2OZ0A 4LNYA 1A50A 4N9DA 4JTHA 4UXDA 4PH6A 4O53A 3W73A 4YMZA 3S1WA 4UTTC 2WJZA 2YFNA 1JRBA 2VFFA 2WPBA 1F7BA 2ZRXA 1I2PA 1TYGA 3G1AA 1KLYA 1RV8A 2DJLA 2X30A 1TPB1 4LRTA 1N8FA 1TCDA 3VFLA 2QCCA 3HG4A 3P8JA 1GYLA 4N2YA 2UV8G 2Y7GA 1W1ZA 1PHWA 3FLUA 3MJYA 1ONRA 5FI8A 1FDYA 2E5BA 1H1YA 1LBMA 3DHFA 4MYAA 2BXVA 1TTQA 4E38A 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3HBLA 3KRZA 2HTMA 4Z1AA 3N34A 2CLHA 3C52A 2E68A 1UUMA 1LROA 1KM6A 4NU7A 1W56A 1SR9A 4K7YA 3W1MA 4GRSA 1YPIA 2H3BA 3SI9A 4JEQA 5FF4A 1KFLA 1M7PA 4PCFA 3W22A 4TMCA 1G4SA 1VCFA 3NQGA 1QPRA 1GPWA 1JCNA 3W86A 1I45A 4NJHA 3HGOA 4MY9A 1FWTA 2A1YA 4TR9A 1IXNA 1GVRA 3C3NA 5HULA 2A7RA 5C55A 3H55A 2DJXA 1SZEA 1UB3A 4LV4A 4O10A 1L6YA 5IM51 3DAQA 3UWZA 4JX6A 4Y9AA 1LLWA 4FIRA 3PB2A 3LX9A 4CNPA 4NJIA 3L68A 2IQTA 2NX9A 4NX0A 3W83A 5FESA 5U4NA 1LM1A 4O1CA 5KINA 1FWSA 4JTJA 3F03K 1VRDA 1TPVA 1X8FA 3CWOX 3W7PA 4O8RA 3C2VA 3EWYA 4MZ8A 2A2IA 4HPJA 1Z42A 1ICSA 1BWKA 4IMGA 2FDSA 2QCDA 4CQ9A 2A5HA 1J2WA 3E12A 2ISSA 4NJJA 4UTJA 2JKPA 2Q3RA 3W1TA 1MEWA 1Z41A 1D3GA 2YDAA 3TQ0A 3U6WA 1XDMA 3M43A 5DXXA 4IOTA 4KFNA 3HPZA 3MHGA 1LDCA 3PBUA 3S5OA 2YSWA 4O1DA 3A24A 3BGJA 1U5JA 1H7WA 2EHHA 2YYUA 4WJEA 3W7IA 3EXSA 4JX4A 3NXFA 3UXDA 3S8HA 3NL3A 3KXQA 2VOMA 2P10A 3TAOA 4NXKA 5CZJA 3W7MA 5GVJA 3M6YA 4L4LA 3RLVA 4UIOA 3GZ3A 3R8RA 4DF2A 4IX0A 4LOCA 3IEBA 5LNVA 4K39A 3A5VA 4Y8FA 4DO4A 3VNDA 2I1OA 1CW2A 2P1FA 2ATMA 4BI5A 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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