1SW7A

Triosephosphate isomerase from gallus gallus, loop 6 mutant k174n, t175s, a176s
Total Genus 93
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
93
sequence length
245
structure length
245
Chain Sequence
RKFFVGGNWKMNGDKKSLGELIHTLNGAKLSADTEVVCGAPSIYLDFARQKLDAKIGVAAQNCYKVPKGAFTGEISPAMIKDIGAAWVILGHSERRHVFGESDELIGQKVAHALAEGLGVIACIGEKLDEREAGITEKVVFEQTKAIADNVKDWSKVVLAYEPVWAIGTGNSSTPQQAQEVHEKLRGWLKSHVSDAVAQSTRIIYGGSVTGGNCKELASQHDVDGFLVGGASLKPEFVDIINAKH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Isomerase
source organism Gallus gallus
publication title Understanding protein lids: structural analysis of active hinge mutants in triosephosphate isomerase
pubmed doi rcsb
molecule keywords Triosephosphate isomerase
total genus 93
structure length 245
sequence length 245
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.2.3.3: Methylglyoxal synthase.
pdb deposition date 2004-03-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00121 TIM Triosephosphate isomerase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 1sw7A00
2Y7FA 4Z08A 4I7WA 1VLIA 1VYPX 3W76A 3VE9A 3TQKA 1GYLA 5DXXA 4AB4A 5DN1A 5J5RA 1LCOA 1C8VA 4WOQA 2DZXA 3PBWA 1KFJA 3S8HA 2ABAA 1VHNA 3HPXA 5DCEA 3OVQA 4S2BA 2BWGA 3MHFA 1O94A 4QIUA 3LBCA 1VYRA 4UFIA 3M5YA 3LCLA 1H7RA 3QFEA 1XDMA 4JIPA 4DO6A 1RQHA 3NA8A 3TE9A 4UFHA 1UUMA 2PURA 4NZJA 3FOKA 3M5XA 2Q3RA 1K02A 5LSMA 4E38A 4HT3A 1SSDA 1DV7A 1X7FA 1ALDA 2YGYA 3SW6A 4R53A 4JGDA 3A23A 3G8EA 3FYPA 1O95A 2X1TA 4AEOA 3P80A 4JNMA 2FDSA 2E1DA 3NL6A 3DFNA 5I3FA 2CLOA 1DJQA 4JTTA 4X3ZA 1FDYA 4LW7A 1AW5A 2FPVA 1EEPA 3UY8A 4EF9A 3HGJA 3TFCA 3W1PA 4FX6M 1VCFA 3TJLA 3LCWA 1S5VA 1VQTA 2A2IA 3VE7A 4TIMA 5HR7A 4WXZA 3FFSA 3TX9A 3P60A 3M16A 3DFPA 3O07A 1GVQA 4MKNA 2J24A 3LCXA 5CSRA 2C0AA 1QPRA 3E02A 3LRKA 2QAFA 1SQ7A 3CIWA 1DVJA 1ZAIA 2NXIA 1EA0A 3TXZA 3ZWSA 4DXVA 5DBUA 3HGRA 2UV8G 4S1FA 2DZWA 5HINA 2NXHA 2VFFA 4ADTA 1R2SA 3THAA 3KXQA 3W2JA 2E6YA 3DHDA 2JBMA 2ISVA 3E96A 4ICNA 4HPJA 3LCHA 7TIMA 1JCNA 3NQCA 3PUOA 2D73A 3UYCA 2C16A 5HUOA 4XTDA 1XCFA 3GLCA 5AYXA 5H91A 1LRQA 1OFAA 3P5YA 5D37A 4AVFA 3PM6A 3T44A 3P8JA 1JUEA 1T96A 3ATZA 3G0SA 3K30A 1SZNA 1ADOA 3BW4A 3C4UA 4LUJA 3U6WA 1OFQA 2ZZ7A 3A24A 1G4PA 5FF2A 1I2NA 4TO8A 4N9BA 1SO5A 1ME7A 1GQNA 3M0ZA 4WXYA 5J5DA 3SZ8A 3STEA 3W86A 1YDNA 3CB8A 2E6FA 4NJGA 3L9CA 1KTCA 3GVGA 4O50A 5CPNA 4ZQNA 5HJLA 5HULA 5AFDA 3A22A 3W1RA 1RR2A 3QMSA 1AW1A 1LP6A 2Y88A 3OEXA 3NR0A 1TCDA 2GQAA 4JTUA 3TFXA 2DJLA 4YCPA 2A7RA 2CU0A 5F2MA 2C3ZA 3TMQA 1L6YA 5C2XA 3NQDA 5CPLA 3GDLA 1JCJA 8TIMA 1PVNA 3N14A 2ZRZA 4FIRA 3JS3A 2VFIA 2A7NA 5C55A 4AMAA 3W7IA 3NAVA 3C56A 3IEBA 3WK2A 1LTDA 1YXDA 3W23A 3C2VA 4Z1CA 1GWJA 5DY3A 3LHVA 1BKSA 4RXGA 4CNNA 4DEFA 2V82A 3EEGA 4MOZA 2A0NA 2A21A 2FLIA 1H51A 3W2NA 1TPVA 4UTWC 3QZEA 4FNTA 3HPZA 2Y62A 5LNSA 1EX5A 2A7PA 4GWEA 1IF2A 3EX6A 3G18A 2OT1A 3A5VA 3GKFA 3VCRA 1BEUA 1BWLA 1W3TA 4AWTA 4OBTA 4N6FA 3NYZA 4W9TA 4UFMA 3E49A 3FYOA 5CPOA 1TSIA 1UCWA 4IJBA 1XFBA 3WJWA 3O6DA 1KTBA 5D05A 4WOZA 2QCGA 4FB7A 3S9YA 5FF7A 3DU0A 1W5MA 3BG9A 1H7XA 4N4PA 1CX9A 3ATYA 4AHQA 1JCLA 1TO3A 1D3HA 2NV2A 4LWWA 3I65A 1A50A 1UBSA 4JXCA 2ZZ2A 2V0TA 3QPYA 1EP1A 1FWWA 3IVSA 4ML9A 4WZHA 5D38A 5FEXA 1DJNA 4NUWA 4DF1A 1ZAJA 5KMYA 1N8FA 4LV4A 2OMAA 3UZ5A 4M7SA 4K8EA 4UTKA 3R89A 2V2DA 3B8DA 2YR1A 1SO6A 5SWUA 4JX4A 4JS3A 3W9ZA 5EA9A 1ICQA 1TB3A 3C0JA 2VFGA 2H8XA 2P0OA 1MXSA 2C14A 4IPIA 4YWIA 2YCEA 2PRMA 3W7JA 2CLHA 3B0PA 4JX6A 1ZCOA 3G3MA 2YYUA 1B3OA 1XM3A 3C2OA 4IMFA 5AHEA 3PBVA 4EVZA 3DFQA 1KV5A 3FJ6A 1LLWA 1OK4A 4O0ZA 2LLEA 2CLKA 3L0KA 3M41A 4K39A 4DO4A 1GVSA 3PBYA 1H7WA 4UTMA 3LBMA 1VRDA 4HKPA 4K8HA 4UTJA 4MVAA 1LRNA 3DAQA 1LROA 4MYAA 2YSWA 4JYDA 1G4TA 5EY5A 2H3DA 4JTLA 4MY8A 3BO9A 4M6QA 4PL1A 3TAOA 3QRHA 3BK0A 4KFPA 4OHQA 3QMRA 3PC0A 4IMDA 1W37A 4PTNA 3WK0A 1PCKA 1XI3A 1L6SA 3W7PA 4K7VA 3TNOA 3PF3A 3R13A 5AHMA 2V30A 4BWLC 4FNUA 3NEVA 4N2YA 1XC4A 3MI6A 3UWQA 1TJPA 3R2GA 3HG2A 3UY7A 3ZWTA 3L5AA 2DORA 3G24A 1AMKA 4Y6GA 3CU2A 1TV5A 4M6VA 3L66A 3HQ1A 3GR8A 2CFFA 3P67A 3GXPA 3O1NA 3U8GA 4RXFA 2E09A 2HS8A 5G1TA 3NVTA 4UTHA 2CZFA 3O16A 1O5XA 1IXPA 3DENA 3LHTA 3UWZA 3IIXA 2A6LA 5E1QA 3H53A 1K03A 4YMZA 3IGXA 2VC6A 1PE1A 3MYOA 4RV8A 1U5JA 3OVRA 3I7SA 1XUUA 2ATSA 3HB9A 5G5IA 4XWUA 2YPIA 3N2MA 1LBFA 3NDOA 2ISWA 3LHUA 1F7BA 1KM1A 2RHGA 3N19B 4P61A 3LCFA 1PS9A 2FIQA 4PC8A 1QO5A 4ZQCA 3SFKA 4A22A 1OHLA 3HO8A 2X2GA 3W1AA 4I7UA 1BTMA 3KVMA 1JRBA 5FEWA 2O7QA 3UXAA 4YXGA 1LLZA 5I3HA 1O5KA 1O4UA 3DZ1A 4MY1A 4FXRA 3T7VA 4HN4A 3NQ7A 1EP3A 2E5CA 4DPPA 3W1UA 4QAIA 4JY9A 1LYXA 3I68A 3G1XA 4UNKA 3DI1A 1SFLA 1N55A 2EGZA 1PHQA 1WX0A 5F4WA 3EB2A 1MZHA 5KZMA 5AC6A 4LRSA 3GAKA 2NUXA 1R47A 4BI6A 5HR6A 4Q32A 1TJRA 4WD0A 1EB3A 2YXGA 4O1BA 2X30A 4LS1A 4LS2A 1F2JA 3TA6A 2WSRA 3QQ1A 3P62A 1NSJA 3LLFA 3L67A 1K7EA 5CZSA 4DELA 2ZDRA 3B0UX 2EKCA 1F73A 5D2YA 1YTEA 1X6UA 4GE8A 3B0VC 3H55A 1H7OA 4FO4A 1FDZA 2OJPA 4IOTA 3HJZA 1Q3NA 3LV5A 1XDLA 3O6CA 3PUDA 4IXXA 2X1SA 4LS0A 3PY2A 3ABOA 1W1ZA 4KWVA 1FCBA 1KM5A 2FPTA 4O14A 4S2CA 4UCGA 1Q6RA 1K8ZA 4WUIA 4AHPA 1SZEA 5EKYA 2FPYA 5LHFA 1YXCA 2G95A 1TPUA 5E0KA 5F1UA 4BR1A 1FY6A 5K7JA 3YPIA 2X1RA 4PCFA 2GVGA 1G67A 5MHBA 2JKEA 4L4LA 3WJSA 1K8YA 4R7JA 1Z48A 5FEZA 5HWMA 2F84A 3S5YA 4OE7A 1KFKA 4MUZA 2AGKA 4BF9A 2C18A 5EMUA 4JTIA 1W5QA 4Z1DA 3P7YA 1OFPA 5TQLA 1KM4A 1D9EA 1H1ZA 2VELA 4O18A 1H63A 1LBMA 4IX0A 2EAWA 4QNEA 1THFD 1ME9A 1JUKA 1MEIA 1W31A 2H3BA 3UZJA 5LNUA 1ZAHA 3G1YA 1F6KA 2TYSA 1QPNA 1F74A 3S1XA 5LGZA 5LGXA 3QJAA 2JKAA 3G22A 1I2OA 3IVTA 1OX5A 4IUOA 3GAYA 1V5XA 4RK8A 4OT7A 5FF3A 3HGSA 5L6UA 1RPXA 1QFEA 3M6YA 4CQAA 3E12A 3G0XA 1YTDA 2Z6JA 3KOFA 3W7MA 1I45A 4LOCA 4ZVJA 3THQA 1LZOA 3S1WA 1YPFA 4GRSA 2ZZ1A 4N9DA 4LVBA 4I7VA 1H62A 2P10A 1EWDA 4M19A 1PHWA 2QCMA 5F2LA 2Z2UA 1YPIA 2B7QA 4O53A 1EPXA 2VEMA 3ABRA 1VH7A 1IIGA 2VENA 4MLJA 4PEKA 4Z1BA 4JICA 4UTWA 4A2SA 4NNCA 1XKYA 1Z42A 2RDTA 3P81A 2QAPA 1YDVA 2VFEA 3N9SA 3CC1A 3GZ3A 1QNVA 4QJ1A 1JQXA 5A5WA 4QITA 3W1NA 2ZRUA 3PSVA 3GIYA 2FFCA 5DELA 2PCQA 4CCCA 4E0CA 4FXSA 4IXHA 4TX9A 1ZNNA 1F05A 2Q3OA 1S5TA 4JD4A 3MO7A 3TSBA 4M6PA 3OG3A 5KZDA 1FCVA 1DKWA 5G4WA 1WOAA 3MYPA 1QPQA 1OX4A 4ZMGA 1NFBA 1YADA 1ZHAA 3SECA 4ADSA 2WNZA 3FKKA 3L21A 2QCCA 1H61A 2GVLA 2Q8ZA 2PRHA 1LM1A 3S1VA 3MP3A 1VS1A 4YLWA 4UIOA 1QDSA 4RX0A 2OCZA 1JULA 1WA3A 4FEZA 4NQ1A 1OX4B 3FJLA 5BMWA 3G1VA 2HMCA 1A5AA 1PL9A 2WNNA 4KKXA 5FI8A 1UJPA 4YCOA 3PAJA 2G96A 4NJHA 1LORA 4H6KA 2ZRVA 3L5LA 2ZZ5A 3GDRA 4QNWA 5ABTA 3IRDA 3LM7A 1K3UA 4LNYA 1TPDA 3HG4A 4UMAA 3BG5A 4DBEA 1RQBA 3W70A 3STGA 4O1CA 3BW3A 2ATMA 1HTIA 3C61A 3RNDA 2Y6ZA 4HIBA 5AC8A 3IGUA 3F1QA 2F7FA 4JTEA 4ZZ9A 3NZ1A 1EWEA 1GVRA 3W7EA 1G4EA 3BGGA 3TMLA 5C6MA 5K4XA 4TR9A 1TTIA 2C19A 3HGOA 2VFHA 4RZ6A 1L9WA 1RQEA 2E6AA 3NQ6A 5CG7A 4MJZA 2EPHA 4N02A 2NLIA 1VPXA 1LRTA 3CPRA 4BFAA 2QUUA 4BWLA 5I3KA 5F2IA 3LOTA 4IWWA 3W7QA 4RR4A 2CLIA 2WPBA 2Y7GA 4WY0A 1MO0A 2J9ZA 2I14A 2OZ0A 3CEPA 2QDGA 3DGRA 3W6YA 3LV6A 2E6DA 3S42A 1VCVA 3ABSA 2BLEA 1IIHA 2B7PA 2KZHA 3OHIA 3USBA 3VFLA 1KBJA 4JTHA 1GG1A 2YW4A 3C8FA 4D2JA 3BVJA 3O8AA 5F4SA 2OX1A 5IBXC 2ZYFA 4Q33A 4Z1AA 4K38A 4WY0B 1EUAA 1KM6A 4MZ8A 1JQVA 2C6QA 1H1YA 3W07A 4E2DA 3SJ3A 1DORA 2QCLA 4GC4A 2XN2A 2RH9A 3KAOA 3GDKA 3S6DA 4CCEA 2Y89A 3RFAA 4UTUA 1R2TA 1H50A 3UD6A 1FCUA 2BX7A 2J88A 2QDHA 3TSDA 4N4QA 5CPMA 4BI7A 5AHLA 1WAUA 5CZJA 5U7SA 4PL2A 3C52A 3HPSA 1TV8A 3W3OA 1VHCA 2QCNA 5E93A 3LRLA 3FLUA 1T99A 3W71A 2ISSA 2I9EA 1OVDA 1KFLA 4AF0A 1JUBA 1X1ZA 5G2IA 2E77A 1F6PA 2AAMA 3UWVA 3KHJA 5AC7A 3W7GA 3L0NA 4Y9AA 3MUXA 1GYNA 3HBLA 4MPQA 2Q8LA 1HG3A 3LTPA 4DF0A 4O52A 3N9RA 3IIZA 4O28A 1QOPA 1B57A 4NXSA 3GXNA 1HUVA 3G1DA 3MHUA 1G6CA 4AF0B 4KFNA 3O63A 5K9DA 2H8ZA 1TQJA 2A4AA 5AB3A 3UWYA 1OFRA 2Y70A 1VR6A 4POCA 2ZRYA 3BLIA 2NUWA 3G1HA 1AG1O 3MBDA 4A21A 3EWUA 1FQ0A 3QF0A 1J5TA 1OX6A 4LC6A 1QR7A 3G0UA 3LB0A 3EXTA 4UR7A 4JDYA 4NVTA 3S0CA 3GDTA 4AHOA 1VYSX 1XBYA 4O57A 3EKZA 2NV1A 4FF7A 2FQIA 4OGZA 3S1UA 3PWAA 3FIGA 2WV8A 4GUGA 4JIQA 2FB3A 3V75A 2C13A 3IIVA 3P84A 4O1DA 2A85A 3BG3A 1M6JA 3MP5A 3VKJA 5G2WA 4P2VA 4ZL1A 4DPQA 5AHIA 2QKFA 1B4EA 1JJKA 2YX0A 3AJXA 1YLVA 4ALDA 2V2CA 4JTJA 4AH7A 4MZ1A 2XFWA 1TYGA 2V81A 1RVGA 3W72A 3NPVA 5IM51 3TQ0A 3F03K 4HNTA 1OABA 1B4KA 4O1AA 4MJMA 3LX9A 1H60A 1AL7A 3CTLA 2V5BA 4O0KA 2PE4A 1Z41A 4N9EA 4UUIA 4MZYA 5FF0A 5CZTA 4TU1A 4LY8A 1KFCA 1XBVA 1IGSA 2A1YA 3P82A 5HWJA 4MY9A 4GUJA 2GPTA 2NX3A 1WV2A 2I1OA 5D33A 1OG0A 2X16A 3M47A 3LGEA 1TPEA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1VEO A;  4Z08 A;  4R7O A;  1WDD A;  4TTU A;  4UQC A;  1GYL A;  2X2Y A;  1S1R A;  3CV7 A;  4HU3 A;  1JFX A;  1HX0 A;  2B31 A;  1JZ6 A;  5J5R A;  3OW1 A;  1E6Z A;  4JFU A;  1QNO A;  4D6E A;  2DZX A;  4V28 A;  5G4H C;  4C6E A;  1TKK A;  2DEP A;  3OLI A;  3HPX A;  4HSH A;  4EWJ A;  1Q2R A;  1FRB A;  3HFT A;  3L2L A;  3M6D A;  2OYL A;  1SJD A;  3M5Y A;  4S3A A;  3EOS A;  4IMA A;  4TVU A;  4JFW A;  2OO6 A;  1BVN P;  4XO6 A;  3E74 A;  4DO6 A;  3BLK A;  3NA8 A;  4UFH A;  2QUM A;  2BB0 A;  3IAN A;  2PUR A;  4EP8 C;  5CC5 A;  3FOK A;  4GY0 A;  1PWM A;  2Q3R A;  1M68 A;  1K02 A;  4E38 A;  4HT3 A;  1SSD A;  1DV7 A;  1JGM A;  1ALD A;  1FH9 A;  2WBG A;  3RAO A;  3L7R A;  2RJG A;  3EDE A;  1O95 A;  2NT1 A;  2FDS A;  3DFN A;  5I3F A;  2CBV A;  4AC7 C;  1HN1 A;  3R10 A;  1PUD A;  2BHY A;  2CPU A;  1AW5 A;  1EEP A;  3HTW A;  4EF9 A;  4MG4 A;  2YCJ A;  2UY4 A;  2ZOX A;  1VCF A;  1HIZ A;  2VGI A;  1CZ1 A;  4HMN A;  4WXZ A;  3MS8 A;  3AOF A;  1GVQ A;  4MKN A;  3LCX A;  4WGH A;  3LRK A;  1ZCC A;  1EA0 A;  1ZAI A; 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