3VIHA

Crystal structure of beta-glucosidase from termite neotermes koshunensis in complex with glycerol
Total Genus 202
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
202
sequence length
473
structure length
473
Chain Sequence
DTVYTFPDEFKLGAATASYQIEGAWDENGKGPNIWDTLTHEHPDYVVDGATGDIADDSYHLYKEDVKILKELGAQVYRFSISWARVLPEGHDNIVNQDGIDYYNNLINELLANGIEPMVTMYHWDLPQALQDLGGWPNLVLAKYSENYARVLFKNFGDRVKLWLTFNEPLTFMDGYASEIGMAPSINTPGIGDYLAAHTVIHAHARIYHLYDQEFRAEQGGKVGISLNINWCEPATNSAEDRASCENYQQFNLGLYAHPIFTEEGDYPAVLKDRVSRNSADEGYTDSRLPQFTAEEVEYIRGTHDFLGINFYTALLGKSGVEGYEPSRYRDSGVILTQDAAWPISASSWLKVVPWGFRKELNWIKNEYNNPPVFITENGFSDYGGLNDTGRVHYYTEHLKEMLKAIHEDGVNVIGYTAWSLMDNFEWLRGYSEKFGIYAVDFEDPARPRIPKESAKVLAEIMNTRKIPERFRD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
source organism Neotermes koshunensis
publication title High-resolution structures of Neotermes koshunensis beta-glucosidase mutants provide insights into the catalytic mechanism and the synthesis of glucoconjugates
pubmed doi rcsb
molecule keywords Beta-glucosidase
total genus 202
structure length 473
sequence length 473
ec nomenclature ec 3.2.1.21: Beta-glucosidase.
pdb deposition date 2011-10-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00232 Glyco_hydro_1 Glycosyl hydrolase family 1
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 3vihA00
2QV4A 4BS0A 4TTUA 3BH4A 3TTQA 1B3WA 2VX4A 3AJ7A 2YLAA 4PEEA 1RD6A 1BSIA 3VM5A 2EQDA 6TAAA 4W86A 1KCKA 5A8OA 2D0FA 1VAHA 2ZUSA 4XUYA 4IISA 3SCUA 3VGFA 3SCNA 2W5FA 1G01A 1BGGA 1O6IA 3WIJA 3B9EA 4TVDA 3MSDA 1EGZA 1E43A 1QHZA 3EMQA 2BHYA 1MW1A 3BMWA 3PTQA 2CCRA 1W9VA 3AOFA 2VZVA 3GTNA 4U2ZA 4ACZB 3NSMA 4F9DA 2CKSA 1UR4A 3BLPX 3ALFA 3SIMA 1FP9A 1UD8A 4J7RA 1E0VA 2Y5EA 3VDHA 3CHFA 4LQ1A 1KXVA 1MQPA 3IAPA 1H09A 2E9BA 4IPLA 1WDSA 1FH8A 3AXXA 3A47A 2YA0A 5CGMA 1K6AA 1B3XA 4LYQA 3CZJA 1CEOA 1E6QM 1TR1A 4UOQA 4AZHA 3ARUA 1LQ0A 4HP5A 4LYPA 3WQ6A 1G1YA 3FHQA 4WF7A 3TA9A 3CHEA 3LPOA 1QI5A 3VGEA 3CUFA 2UY4A 2O9TA 3CO4A 1CXEA 3VD9A 4OBSA 3FAWA 4GO9A 2PF0A 4U2YA 1QNSA 3AIWA 3VUPA 4D1JA 2DT0A 1GHRA 1MQRA 3AIBA 2CBIA 2BY1A 1H1NA 2EO7A 1V3JA 3DYOA 3CUHA 2VX5A 3O2LA 3CZ8A 5JIWA 3ZT7A 2E9LA 3WNPA 5E6YA 3T0DA 3VVGA 5KEZA 3T09A 2WMIA 5IHRA 3BLKA 2WCAA 3F4VA 4PTVA 3WEOA 2GK1B 1RP9A 2WMGA 3I3EA 1GJUA 1CBGA 3L2LA 3WH5A 3VD7A 4J3WA 4QP0A 2JALA 4UFMA 4W84A 3CTTA 2OYLA 4UOJA 4CVUA 4H04A 2X8RA 2WM0A 2DSWA 4D6EA 7TAAA 3ARPA 2GJRA 2UY3A 4D1IA 1UWUA 4TVCA 1XH0A 1CXIA 1P6WA 3F5JA 1DWFM 3CZLA 3OLIA 3BC9A 1Q6FA 2VZUA 4LGXA 5A6AA 2NT1A 4Z2IA 5HNNA 1PX3A 3ZSTA 1LG1A 2D3NA 4U5IA 3ZM8A 1KBBA 2G8ZA 1TA3A 2A3EA 2PWGA 4AXNA 2BXZA 1HN1A 4JL2A 1XYZA 1KXQA 1H11A 3IK2A 1JYWA 2FDMA 1TUXA 3OA5A 2F2HA 1KGXA 3ARWA 3AHZA 1TFVA 3WF3A 3OB8A 1OGGA 3W38A 3PZUA 4MAZA 1KGUA 1JXKA 1NQ6A 2W66A 2A3HA 3OBAA 4EK7A 5I6SA 3AHTA 1K9DA 2YL6A 4OOZA 4PYSA 4CD8A 3NCOA 3W4RA 2WMJA 2ZUWA 3VU2A 1ZS2A 3GBEA 1GOMA 1B31A 4W87A 3AI0A 3QHMA 2C0HA 4FF5A 4P7LA 2ZX8A 2WPGA 4EKJA 1VBUA 4P7OA 3T2QA 3CUJA 3AMLA 1UH2A 1VJZA 4CD7A 1CECA 4URIA 2WHLA 1EH9A 1E9LA 1TZ7A 1QOXA 2CHOA 2YKKA 4WK9A 3BCFA 1YHTA 5BRPA 5HBFA 1VFMA 3ZT6A 4NRRA 1UR8A 4PMVA 2J7HA 2F61A 5I24A 5E0CA 1UKSA 2YBUA 3AISA 3OZOA 4MNJA 5I77A 3AROA 3THDA 3OGSA 3BAKA 3WD4A 5TD4A 4H8VA 1Q6DA 3MV11 1CDGA 3RCNA 3VTRA 3VIGA 4MJ2A 4GQQA 2D1ZA 2DT3A 4AEEA 4HZ6A 2CETA 1AQHA 2J8GA 1JZ2A 4PBGA 1HT6A 1XD0A 4HMCA 2DH3A 2WZIA 2J7GA 3GM8A 5I5RA 1KCLA 1BVNP 2WSKA 3RMEA 4H7VA 1ZBWA 1J0JA 1KR1A 4UZUA 3WDQA 4U33A 3N12A 5D4YA 1AQMA 3N17A 4D6GA 3PTKA 2W91A 1UWIA 4BQ2A 1ISZA 3SCRA 1WDQA 3QGVA 1D7FA 3ZQ9A 1E1EA 2QMJA 1C93A 1UKTA 3AS0A 4HZ7A 3PZIA 3WF2A 3A4AA 5F7UA 2BVDA 2Y24A 4V2XA 3SCQA 1NM9A 1E6PA 4B9YA 1EO7A 4UFHA 4IM4A 4Y7EA 3WH7A 3MANA 1CXFA 3EYPA 4CD5A 2BS9A 3AXHA 4YHEA 1OT2A 3AIRA 4W93A 1UG6A 2YA2A 2JF7A 1R86A 2W92A 2WBKA 2CEQA 2UY2A 2HISA 5CXPA 1C7TA 3ZMRA 3PHAA 1X6LA 2V3DA 1UZ4A 1QI4A 2GDUA 1GOOA 4TVUA 1WDRA 1M04A 4FLRA 1JF5A 5JBEA 1I1WA 1L8NA 2WC7A 3DHUA 1J10A 1M03A 2V5DA 4HA3A 1LJYA 1LF1A 1V3IA 1JYNA 4HPHA 1V3MA 1W9BM 1OT1A 2YDSA 3KE0A 5D9PA 1UQZA 2E0PA 2VRKA 2VTFA 3HU7A 3PTMA 1EIBA 2XWEA 5A94A 2WHMA 2C7FA 4NRSA 3WENA 4JFTA 1WE5A 4ZXLA 1SR0A 3DYPA 3L4YA 3BAYA 4AWEA 1KQZA 2XFYA 1HJXA 1WZMA 1E71M 4BCEA 1UR0A 3SCWA 5ABFA 1KQYA 3II1A 2BNJA 3NSXA 3VGDA 2WB5A 1CGVA 1V6XA 4Q7NA 2DSVA 1VFUA 1FFRA 4Q22A 3W6MA 4HMEA 2DSKA 3CZKA 1UZ1A 2YJQA 4LX4A 2WKLA 1E5NA 4AZGA 3VD3A 3CIVA 3PZTA 4CVWA 2G41A 1HXJA 3ARXA 3WQWA 5GNXA 1H0IA 4W7VA 4UQDA 2J74A 1CXLA 1BHGA 4PUEA 2O9RA 1WPCA 5AYIA 3BGAA 3AMKA 3WBEA 4ZE4A 5CJ5A 1WZAA 3DYMA 5CGTA 1JZ7A 4P8UA 1C8XA 1W1TA 3MMUA 1K9FA 3BAJA 3NDZA 2D23A 2X1IA 1JGIA 5LA2A 1IZKA 2XM1A 4HZ8A 2J62A 4J3XA 5A2BA 4CU6A 2WMHA 4TOQA 3ZOAA 3VNYA 1UHVA 3WEZA 3EDFA 1PEZA 1US2A 3W0KA 1UR2A 4CN6A 4BQ4A 2EEXA 4TX6A 1M01A 1LWHA 2V3EA 1E15A 1JI1A 3U7VA 3WY1A 3VM7A 4AY1A 4GIAA 4WKHA 4UQ9A 4W8BA 1BG4A 1J9YA 4M56A 1JDDA 2FGLA 1E3ZA 1XH2A 1NH6A 1A3HA 1JAKA 4YHGA 1WB0A 2WMIB 1OSEA 2IXUA 4M29A 1EDTA 1V3HA 2E3ZA 4BQ5A 1MFVA 1F4AA 2HVMA 3AS3A 1H0GA 1Z32X 3WMCA 4FMVA 2CIPA 1CLVA 5CPTA 1UUQA 2ZX9A 3CUIA 3CMGA 1UWQA 2WAGA 1Q6EA 4AIUA 5E9AA 1R85A 2WANA 3RDKA 4E8DA 3OGRA 4AIOA 2E8ZA 1BF2A 3DC0A 1DTUA 3HJEA 1LL7A 4Z2LA 1ISVA 1E56A 1FH9A 3IJ9A 3WNKA 2ZUTA 1LLOA 4D6IA 2E4TA 2E9MA 3VGHA 1QNPA 3MSGA 3DHPA 5DF0A 3F5KA 3LPFA 1ZU8A 3EDKA 3AYSA 1TA3B 4OZOA 4F66A 5DT7A 3GH4A 4JFWA 4UTFA 2CKRA 2VCAA 1GNXA 3D5HA 4E2OA 4UNIA 2W4XA 3RO8A 3OZPA 3WNNA 4JIEA 1NARA 3CLWA 3KL0A 3AMCA 4MB1A 5E6ZA 4AD0A 4F8XA 3CGTA 2PI6A 2JF6A 4CUCA 1V3KA 3U7BA 2BFGA 1CWYA 4AIEA 3RM9A 2YOCA 3WDRA 4AYSA 4U31A 1PIFA 1B9ZA 1UYQA 2OYMA 4UQAA 5D9NA 4RE2A 1DWIM 1TG7A 1NWUA 2YDRA 4NI3A 2BY2A 4YN5A 4UQBA 5EB8A 3EMCA 4UCFA 2QMKA 1VJSA 3SCOA 3AHXA 3OGVA 3AS2A 2VO5A 2AAAA 4U5KA 3MUAA 4MB5A 1JXJA 1GCYA 2EBNA 3VGBA 3WN6A 4H8HA 3NUKA 4WSKA 1BQCA 3AS1A 1UD2A 2WCSA 4MNKA 4F79A 2XGBA 1W1PA 4WSJA 4PMXA 1NOUA 1B90A 4PCSA 2G3NA 5BCAA 1QNQA 4IUGA 1C7SA 5I2UA 3N1AA 2X2YA 4L4OA 3WH8A 2VUYA 5FCZA 4A4AA 4J28A 2XG9A 1XCXA 2DQXA 2G3JA 4P7QA 2VX6A 2PWEA 3A3HA 1O7AA 3MS8A 3KWXA 1HJUA 1UD5A 4WJXA 1EHAA 4P8VA 4BA0A 3A4XA 3WQ5A 3B8SA 3VINA 5D8WA 3CHDA 3GH5A 1JFXA 4MB3A 1CLXA 2Y8VA 3T2PA 3FNDA 3TONA 3K1DA 3SCPA 1Y7VA 3N15A 1W91A 3MU7A 5ABHA 1E0WA 3VO0A 3SUSA 3L4XA 2YLLA 2Z1KA 4AZCA 4AZIA 3VDBA 4ZFMA 1E55A 3GNPA 4KGLA 3WFLA 2GDVA 2EPLX 1ECEA 1ZJAA 1R8LA 4AMCA 4UFKA 4JKKA 1B30A 1JFHA 1XV8A 1JYXA 1JZ5A 1VFFA 1NWTA 2PWHA 3FN9A 2CYGA 3TTSA 2CBJA 1LL6A 4OBRA 2EPNA 4C7DA 4MPKA 2ZX7A 2OLHA 2DGAA 4B3LA 4CKQA 1CGWA 5I23A 1NWSA 1GORA 3SEPA 1GUVA 4UZSA 3CBWA 1OD8A 3L4UA 2G4FA 3VIPA 1E72M 1VEPA 5JIPA 2X09A 1WZLA 1HL9A 1VRXA 2G3IA 1JNDA 2DT2A 4P7RA 3IJ7A 1B3VA 2ZX6A 2VMFA 6CGTA 4PMZA 5FD0A 1V6YA 5KZ6A 1DWJM 1QNRA 4V27A 2X0YA 1ODZA 2WLZA 3VOCA 2WCGA 2DSUA 1QBAA 3EDJA 1QI2A 2ZXAA 1C8YA 1GONA 5HPOA 1VEMA 1XCWA 5D8ZA 1PBGA 5JBDA 4WKAA 3NYDA 4MNMA 1KFWA 3HMCA 4QDMA 2D0GA 1MVYA 3QOMA 4LPCA 2JEPA 4JCLA 2C8NA 3K4DA 3BSGA 3KL5A 1CIUA 3GXDA 4OUEA 1ISXA 3ARSA 2W62A 2V38A 4Z2JA 2ZUVA 1W1VA 1Q4NX 1V0MA 1XH1A 4CU8A 1E1FA 2WMKA 1JZ4A 2XVGA 1NP0A 1ISYA 1EOKA 5LA1A 3I3BA 4HTYA 3UR7A 5IFTA 1E4MM 1H2JA 3QOKA 3WF4A 3W28A 2X0HA 2VZTA 1NOFA 4M24A 4PTWA 1TCMA 3FHAA 1W9XA 1BG9A 4HA4A 5C71A 1J0HA 4KH2A 3RILA 3UERA 3TTYA 3ALGA 2VNCA 2BXYA 3UG3A 3K46A 4N0RA 3CHCA 4W88A 3GXIA 5HXMA 3RPMA 3VIMA 2NW0A 1GVIA 4DM2A 4GI8A 5A8QA 1BTCA 1OWQA 1GQIA 1W9UA 2CESA 3WDJA 1LG2A 3MO4A 4KRUA 1UA3A 4OIFA 1EA9C 2WZHA 1LL4A 2FHBA 2CXGA 3BXWA 1SMAA 1RH9A 1JDAA 1WAWA 4H2CA 1IT0A 2ZXDA 1QNOA 2NSXA 1E6ZA 5CSUA 2IXVA 1VENA 4UFLA 5A2CA 3VDAA 3VIFA 1BYCA 1R87A 3MMDA 4AD3A 1G94A 3L4TA 1PJ9A 2WMFA 4XB3A 2ZICA 4QCEA 1C92A 5JUVA 1JZ6A 1FP8A 3K8MA 3GH7A 4ZEPA 4MJ4A 1KBKA 1UKPA 1QHOA 4DWSA 2WHJA 1QVBA 2J77A 3BCDA 3M07A 3BMVA 2O92A 2WSPA 2DT1A 3VD5A 4GKLA 1U33A 3U57A 4HOXA 2DPEA 1H41A 3IJ8A 2GUYA 4J3SA 4JZ5A 3VIHA 2J75A 1HX0A 4HMDA 2O9OA 2BY0A 3M7SA 4GI9A 4KWUA 2VVSA 3WL1A 1J18A 3AMGA 5EBAA 2OYKA 2ZX5A 1X1NA 2OSXA 3AFBA 1S46A 3VIKA 4MB4A 3QHNA 1GVYA 2RGLA 4AEFA 1GOKA 3THCA 2BY3A 2A3BA 1QW9A 3AIEA 9CGTA 4S3JA 2GJXA 4D71A 1ZL1A 1E6NA 2WXDM 2XIIA 2FHCA 2VQTA 2J79A 4MTVA 3AZRA 2WC4A 3AZSA 1DWAM 3PZVA 1J01A 1EQCA 1AMYA 3ZJ8A 1JD7A 4J3TA 4QLLA 3BAWA 1EO5A 5A1AA 1VB9A 4U3CA 4W5ZA 1M7XA 1KR0A 3ARVA 4MNLA 4BF7A 3RIKA 3WF0A 1CGXA 3G6MA 3VDCA 1PPIA 3WSUA 3ARQA 4X9YA 3QR3A 1V0KA 3WQVA 3AZTA 4OOUA 5BXPA 4M82A 2PB1A 3O6AA 4N42A 1OBAA 5AC5A 4CD4A 4E4PA 1KWKA 3VNZA 3PZMA 2XVKA 3G6LA 2YIHA 1GW1A 2JEQA 1C3FA 3WD1A 1UR9A 3W29A 1BFNA 2PBGA 5A6BA 1BYBA 1HJWA 1ZJBA 1YQ2A 4HU0A 2QPSA 4W7WA 4AD4A 2UY5A 2V3FA 4WIWA 2OWXA 3M6DA 1HVQA 1E4LA 1EOMA 5ABEA 1FA2A 1LWJA 4GZIA 1MYRA 1H5VA 3SUVA 5CZKA 3VIJA 3W26A 4NZCA 2J7FA 2XVLA 1UWTA 5M3WA 1UOKA 5CPQA 1FHDA 1ITCA 1V0LA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2QV4 A;  4BS0 A;  4TTU A;  3BH4 A;  3TTQ A;  1B3W A;  2VX4 A;  3AJ7 A;  2YLA A;  4PEE A;  1RD6 A;  1BSI A;  3VM5 A;  2EQD A;  6TAA A;  4W86 A;  1KCK A;  5A8O A;  2D0F A;  1VAH A;  2ZUS A;  4XUY A;  4IIS A;  3SCU A;  3VGF A;  3SCN A;  2W5F A;  1G01 A;  1BGG A;  1O6I A;  3WIJ A;  3B9E A;  4TVD A;  3MSD A;  1EGZ A;  1E43 A;  1QHZ A;  3EMQ A;  2BHY A;  1MW1 A;  3BMW A;  3PTQ A;  2CCR A;  1W9V A;  3AOF A;  2VZV A;  3GTN A;  4U2Z A;  4ACZ B;  3NSM A;  4F9D A;  2CKS A;  1UR4 A;  3BLP X;  3ALF A;  3SIM A;  1FP9 A;  1UD8 A;  4J7R A;  1E0V A;  2Y5E A;  3VDH A;  3CHF A;  4LQ1 A;  1KXV A;  1MQP A;  3IAP A;  1H09 A;  2E9B A;  4IPL A;  1WDS A;  1FH8 A;  3AXX A;  3A47 A;  2YA0 A;  5CGM A;  1K6A A;  1B3X A;  4LYQ A;  3CZJ A;  1CEO A;  1E6Q M;  1TR1 A;  4UOQ A;  4AZH A;  3ARU A;  1LQ0 A;  4HP5 A;  4LYP A;  3WQ6 A;  1G1Y A;  3FHQ A;  4WF7 A;  3TA9 A;  3CHE A;  3LPO A;  1QI5 A;  3VGE A;  3CUF A;  2UY4 A;  2O9T A;  3CO4 A;  1CXE A;  3VD9 A;  4OBS A;  3FAW A;  4GO9 A;  2PF0 A;  4U2Y A;  1QNS A;  3AIW A;  3VUP A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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