4TVD | Genus

Total Genus 332

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	332
sequence length	1045
structure length	1028
Chain Sequence	GLRQDSNGKLRYFDLTTGIQAKGQFVTIGQETYYFSKDHGDAQLLPMVTEGHYGTWVYRDQNNTILKGLQNINGTLQFFDPYTGEQLKGGVAKYDDKLFYFESGKGNLVSTVAGDYQDGHYISQDGQTRYADKQNQLVKGLVTVNGALQYFDNATGNQIKNQQVIVDGKTYYFDDKGNGEYLFTNTLDSTNAFSTKNVAFNHDSSSFDHTVDGFLTADTWYRPKSILANGTTWRDSTDKDMRPLITVWWPNKNVQVNYLNFMKANGLLTTAAQYTLHSDQDLNQAAQDVQVAIERRIASEHGTDWLQKLLFESQNNNPSFVKQQFIWNKDSEYHGGGDAWFQGGYLKYGNNPLTPTTNSDYRQPGNAFDFLLANDVDNSNPVVQAENLNWLHYLMNFGTITAGQDDANFDSIRIDAVDFIHNDTIQRTYDYLRDAYQVQQSEAKANQHISLVEAGLDAGTSTIHNDALIESNLREAATLSLTNEPGKNKPLTNMLQDVDGGTLITDHTQNSTENQATPNYSIIHAHDKGVQEKVGAAITDATGADWTNFTDEQLKAGLELFYKDQRATNKKYNSYNIPSIYALMLTNKDTVPRMYYGDMYQDDGQYMANKSIYYDALVSLMTARKSYVSGGQTMSVDNHGLLKSVRFGKDAMTANDLGTSATRTEGLGVIIGNDPKLQLNDSDKVTLDMGAAHKNQKYRAVILTTRDGLATFNSDQAPTAWTNDQGTLTFSNQEINGQDNTQIRGVANPQVSGYLAVWVPVGASDNQDARTAATTTENHDGKVLHSNAALDSNLIYEGFSNFQPKATTHDELTNVVIAKNADVFNNWGITSFEMAPQYRSSGDHTFLDSTIDNGYAFTDRYDLGFNTPTKYGTDGDLRATIQALHHANMQVMADVVDNQVYNLPGKEVVSATRAGVGNDDATGFGTQLYVTNSVGGGQYQEKYAGQYLEALKAKYPDLFEGKAYDYWKNANDGSNPYYTLSHGDRESIPADVAIKQWSAKYMNGTNVLGNGMGYVLKDWHNGQYFKLD

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

molecule tags	Transferase
source organism	Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides
publication title	Structural Insights into the Carbohydrate Binding Ability of an alpha-(12) Branching Sucrase from Glycoside Hydrolase Family 70. pubmed doi rcsb
molecule keywords	Dextransucrase
total genus	332
structure length	1028
sequence length	1045
ec nomenclature	ec 2.4.1.5: Dextransucrase.
pdb deposition date	2014-06-26

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF02324	Glyco_hydro_70	Glycosyl hydrolase family 70

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
2.10.270.10	Mainly Beta	Ribbon	left handed beta-beta-3-solenoid	Cholin Binding	4tvdA01
3.20.20.80	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Glycosidases	4tvdA03
3.20.20.470	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Glucansucrase	4tvdA04

3UG3A 1UD6A 1F4AA 1B90A 4U5KA 1W2PA 3WUGA 3WNOA 5BYWA 4TOQA 2C7FA 3CHFA 2G4FA 3ARSA 4M56A 3OG2A 2CERA 4MB4A 1UH2A 1E6XM 2B31A 1DWFM 4AC1X 3A3HA 4OKDA 4W86A 4PMZA 3S2CA 4UTFA 2WYSA 4QCEA 2Y2WA 1QPKA 4X0VA 3ARVA 3A4XA 2FGLA 3W27A 3BSHA 3THCA 2O9OA 3JUGA 1EH9A 1V02A 3AMDA 4AYGA 5IHRA 1LF1A 2VYUA 3MUZ1 5BWFA 3ZR5A 2DT1A 1E0VA 1BHGA 3WH5A 2DQXA 3OLEA 1KR1A 4GZEA 1VJZA 4MAVA 3WDQA 4PMVA 3KL0A 2QPSA 4Z2LA 1E6ZA 2CIPA 4MJ2A 1UD3A 2O9PA 3AS3A 4WLCA 4WKAA 4F9DA 1JYNA 1MW0A 1V3IA 1CIUA 2ZUNA 4JHZA 3SCQA 3WN6A 1C8QA 3AXXA 2XVPA 3VU2A 5CSUA 3PZ9A 4PUEA 4DM1A 3GXMA 4PMXA 4U2ZA 5JBFA 3N9KA 2UY5A 2CBVA 3EDFA 1VAHA 3BAXA 3AFBA 4UR9A 1PBGA 4D6CA 3WL1A 1OINA 1GOWA 4AD0A 3WEZA 2VTFA 3U5YA 4Z2IA 2RGLA 3CBWA 1V0LA 3VX1A 1X6NA 1QNOA 4WK9A 3ZJ7A 1KXQA 4FLOA 1AVAA 1UKPA 3KLKA 1QW9A 1QBBA 1G1YA 1XSKA 1Q6CA 3SIMA 2VVNA 5E0FA 1FH7A 1C3FA 3AMLA 1W9VA 2D0HA 1LL6A 4JKMA 2YOCA 1Q6GA 1TFVA 5D9PA 3CUHA 1QI2A 1UKTA 2OSXA 2Y8KA 1EQPA 3NSMA 1LJYA 1V0KA 2VRQA 1LG2A 3AQUA 4UQEA 1OSEA 3EDEA 4JFWA 3AYRA 1ODUA 3A47A 3QHOA 4CCCA 1FHDA 4KRUA 4UOZA 4JFTA 1JD7A 3BLPX 5I23A 2CPUA 2D23A 4B3LA 5CQ1A 5I79A 1KWGA 2VNCA 5HNNA 3ZT6A 3GXFA 4PYSA 3S6TA 1E3XA 2DIEA 1E4MM 3CHEA 4HU0A 4OZOA 3B9DA 5D9MA 3D3AA 3ZQ9A 1XH1A 3UG5A 3MV01 4D6EA 3L2MA 1U33A 7CGTA 4B3KA 4F66A 1BYAA 3HZ3A 1B0IA 4JHOA 3WQ8A 1EA9C 1HL8A 2PBGA 3WH9A 5AC4A 3VOCA 5A8PA 2WMGA 3AZTA 4TUFA 5A2BA 3CUFA 3WUBA 3FN9A 1GZJA 1XD1A 1QVBA 4QCFA 2F8QA 1K9EA 4FK9A 3WBEA 3WF1A 3GYCA 1KR0A 1VFOA 1G01A 1EO7A 1GHRA 1E56A 4LXFA 1L0PA 5LA2A 4GIAA 2E0PA 2YDRA 2V38A 4J3UA 1WZMA 4M80A 1HN1A 4TTUA 5ABHA 2VZOA 2BV9A 3CZKA 4UFHA 4QDMA 5ABFA 3LMYA 1JGIA 1OT1A 4WF7A 2E4TA 4BZYA 3RPMA 4D6DA 1E1EA 2EEXA 2QPUA 3SCSA 2WWDA 2VX5A 2XUCA 3CMGA 2VX7A 3OZPA 2WAGA 4NRSA 4ACYA 4H8VA 2GDVA 1EGZA 3N13A 3RILA 1KWKA 4JIEA 3VD7A 1E1FA 1IZJA 4IUGA 2QJ6A 1CTNA 1V3JA 1W9XA 4WSJA 3TTQA 1WE5A 2PWHA 1YHTA 2PWGA 3RJYA 5GQBA 4OJYA 3VGFA 1UOKA 2FGZA 3CUGA 1EOKA 2Y4SA 4ACZA 1HP5A 3WD1A 3MUIA 3VX0A 3MMUA 4W8LA 3DHUA 3SCVA 2OWWA 1G9HA 3GH7A 3AYSA 4ATLA 5LYRA 4Q7NA 4AZCB 3PZUA 4E8DA 5A6LA 4P7QA 3SCUA 1K9DA 5A1AA 1B3WA 1SFSA 1XSIA 5I5RA 2ZUUA 3E1F1 4W7WA 4M8UA 4PMNA 4GKLA 1BAGA 3ARQA 3GM8A 4AEEA 3FHAA 2VC9A 1W9DM 1QNPA 3ZJ6A 1DWJM 4AEFA 1V02E 2VT0A 5ABEA 2XGBA 3CZLA 3ARWA 3ARUA 3IJ8A 3VDBA 3HMCA 1H8GA 5I3DA 4D6FA 4NBXA 1XH0A 3KZSA 4LYPA 1UWRA 1OWQA 3VIOA 4AISA 4FLQA 7TAAA 3ARYA 2CCRA 5GNXA 4W84A 1KXHA 2XFFA 5DF0A 1OT2A 2VZVA 3AIRA 1GONA 1NWSA 5DT5A 3RO8A 1KXVA 4F8XA 8A3HA 3O6AA 2ZUWA 2E9BA 4CN6A 1VIWA 1QNSA 1B1YA 5EFFA 4P8UA 2TAAA 3W0KA 3WH6A 3CTTA 1ISVA 4HMEA 2YL6A 2FH6A 4D6HA 2YL5A 2ZUMA 1OD8A 2E9MA 3BAYA 5CGMA 3TTOA 4UFMA 5FKYA 4Z2KA 1PIGA 2W66A 5CLTA 1GOOA 4R27A 3G6LA 3VIKA 1CLXA 4P7NA 1L8NA 1XGZA 3WKZA 4AIOA 1B3VA 1UR9A 4J3XA 3VIJA 2D24A 1M01A 3PZNA 3PN8A 1ZU8A 1VEMA 4W87A 3SCOA 4N42A 4QFUA 1B3XA 1V6UA 2ZE0A 4C7DA 1GQLA 5A2CA 4X36A 5BXRA 1H1NA 1C8XA 2ZXBA 2DGAA 2O9RA 5A6BD 1NH6A 5FOOA 2ZUVA 4LX4A 2XYLA 4QAWA 2XGIA 1UG6A 4UQCA 3WFZA 5FL1A 3HIAA 1CYGA 4E2OA 1NOFA 1H09A 5F7UA 2JEPA 4MB1A 4DWSC 2W63A 3VIHA 1XCWA 5I77A 3W28A 3BMWA 2NSXA 1JF6A 2VQUA 4MAZA 4W88A 3WDJA 3MSDA 1WO2A 2W61A 4BQ3A 3IK2A 3OLDA 4E8CA 1CWYA 3B9AA 3GNRA 3M6DA 4S3KA 4XV0A 3B8SA 1MQPA 3WFLA 4AD5A 2XWDA 4UZUA 3AS0A 1D7FA 1E71M 4KRTA 4CVWA 4CCEA 4CUCA 1OCQA 2YL9A 2ZX5A 2BMLA 3IAPA 4AD2A 1UD4A 2G3JA 2VCCA 4N0RA 1E72M 1V3HA 2G41A 4UCFA 2WVSA 1UD8A 2GK1B 5LA1A 4NZCA 5CSYA 1CENA 3AIBA 3T0BA 1J10A 1GOIA 3UR8A 3MKKA 3GBEA 1E5JA 1UKSA 3T2QA 1AQMA 1Q6FA 4ZXLA 1EOMA 5I2UA 1NM9A 2VX4A 1OBAA 8CGTA 4X9YA 4EK7A 4K68A 4UFIA 4W89A 3RIKA 3K1DA 1WB0A 1WDSA 2EPLX 2UY2A 3VD4A 3ZSSA 1PEZA 1BGAA 4D1JA 1WNOA 2VI0A 1UHVA 1V3KA 2X8PA 3I3EA 3PZMA 5IHSA 4YHEA 3A4WA 1OIMA 4J7RA 5CGTA 2W4XA 2YDSA 4D71A 2V04A 1C91A 1EXPA 2W62A 1JDCA 1W2VA 3EMQA 1TMQA 1ZBVA 2PWFA 1JDAA 1GUVA 4LQ1A 4OBRA 5D9NA 1MW3A 4GQRA 1PX3A 3UERA 4DWSD 1E43A 4AZHA 1BG4A 4MNLA 5IFPA 3F5LA 2YKKA 4QLJA 3SURA 1C8YA 2XIBA 2JF6A 4D6GA 1V3LA 2WMHA 4R5EA 2IXVA 4XUYA 2VMFA 1E6RA 4RL3A 5D8WA 1LG1A 1VENA 1VBUA 2D0FA 2QHAA 3W24A 2WC4A 1OM0A 2CYGA 1HKKA 3UETA 4HTYA 2ZUTA 1O7AA 2J4GA 1GVMA 1FA2A 2BHZA 3CPUA 1E0WA 2AOSA 3M46A 4H8HA 4PMOA 2J8GA 4DM2A 1FH8A 4B16A 3VIIA 4V27A 3M7SA 4M81A 1ZBWA 4AW7A 2JALA 2XPKA 3BAKA 2A3CA 2WWCA 1JIBA 1IV8A 1GQJA 5IXEA 1HX0A 4PCSA 1IT0A 1PX8A 3NYDA 1V6XA 4CN1A 5JUVA 1WCGA 2WZHA 3O2LA 2DSKA 4PTMA 3TOPA 3GDBA 1E3ZA 1QOXA 5I24A 2XM2A 5A6MA 2FHFA 2QF8A 5A94A 1JAEA 1V03A 1J0YA 2WKLA 1CXEA 1VB9A 3PZQA 3WMBA 2ZXAA 1PPIA 3O9NA 1ZBCA 3DC0A 2ZXDA 1J0HA 3VM5A 1ZB5A 1E6NA 1JNDA 2ZWZA 1CXIA 3OBAA 3W4RA 1FP8A 1M03A 1Y7VA 5FD0A 3W53A 2JIWA 2D22A 3K8KA 3NSXA 5AYIA 3WF2A 1XSJA 3RM8A 3GXIA 4TVCA 5I0DA 1JNEA 5JIPA 2WMFA 2NW0A 3N1AA 2ZICA 1Q6DA 1TVPA 3IJ9A 2X0YA 1FP9A 1VRXA 4EE9A 3PTKA 1UWSA 1OGGA 1HP4A 3WEOA 3BLKA 5BXTA 1HVQA 3VD5A 5BCAA 3WELA 2WLZA 5EB8A 3SCRA 3WNMA 1EIBA 4CU8A 4GPNA 1JD9A 2AMGA 1KGWA 1CEOA 1YQ2A 1D2KA 1GJWA 4GQQA 5BRQA 1PX4A 3WMCA 5A8NA 4RE2A 5DO8A 4H8UA 5DMYA 1B2YA 2W91A 4A3YA 3PHAA 1CGUA 2A3EA 4EANA 4LYQA 1UR8A 2E8YA 1C92A 4DWSB 2W5FA 1G94A 4GZJA 1MYRA 4CCDA 4GO9A 1ISWA 1J0ZA 3BAJA 3HJEA 4AIEA 4Y7EA 4M29A 3ARRA 4MADA 5DT7A 2GJXA 2OLHA 4OUEA 1OIFA 2C0HA 1O6IA 1WDPA 2DIJA 3VD3A 3VNZA 3OIHA 4AZCA 2OYLA 3CHDA 5E6ZA 4NC0A 1J11A 2CETA 1MW2A 2WSKA 3N18A 3WL0A 5A2AA 1LLOA 1FH9A 2XVLA 4H41A 4UFKA 3TTSA 3L4UA 4Z2HA 3SUSA 4YN5A 1W9PA 1GVIA 4HPHA 4CD4A 2WMIB 3AHTA 1RP8A 1QBAA 4D1IA 4W5UA 5M5DA 2JEQA 1SR0A 1M53A 2YBTA 4TVUA 4NSBA 3EDJA 1JDDA 2WW5A 2WKGA 2V3GA 5I78A 3BAWA 5CPQA 1E4LA 1HKMA 4JFUA 1B30A 5A8OA 3NSNA 4UFJA 4QLKA 1HJQA 3BH4A 5A6KA 3AHVA 2WBKA 3SUTA 3WDPP 1TCMA 2VCBA 1UA3A 2WHKA 3IANA 4CD8A 4Q22A 3VDAA 3DYPA 3VIPA 1BLIA 4CKQA 1XV8A 3CZ8A 1GOKA 2ZX7A 4PMRA 1HL9A 1EDTA 3AJ7A 3U5UA 2WLYA 1JZ8A 4J3SA 2PF0A 2V3EA 5FL0A 1H5VA 4JFSA 2WBGA 3ZSTA 4W93A 3VVGA 1DWGM 2VZUA 1NOUA 1DWAM 3AIWA 1ESWA 4BA0A 2BS9A 4WJXA 1TG7A 4WKHA 3WUEA 1TA3B 5DFAA 1XYZA 4ZE4A 4M82A 5GNYA 2NT0A 1WDRA 4C7FA 1JZ2A 2WMKA 2WMJA 2WK2A 1S46A 3KLLA 3WDRA 4NBZA 5D8ZA 4CGTA 3K4DA 3F4VA 3ARPA 2J7BA 1CNVA 1J0KA 2FDMA 4HZ6A 1MWOA 1LL4A 2W92A 5E9AA 3WDIA 3WNLA 2PBOA 1IZKA 2WC3A 1VEOA 3FNDA 5EMYA 3SCWA 1JZ3A 4NBYA 3N15A 4AZ7A 5E0CA 5A3HA 1W3KA 2BVYA 2BVDA 1CECA 1V0NA 5CG0A 4AZ6A 4A3HA 2CEQA 3L4TA 4JKLA 4PTWA 1HJSA 5JIWA 1CGWA 2JIEA 4U31A 2PWDA 3PZTA 2UY3A 4IM4A 5ABGA 3U7VA 3GH4A 1PIFA 4XX6A 2BNJA 4XB3A 1QHOA 5ECUA 3ZOAA 4RE4A 1W3JA 4UQAA 4NF7A 5A6JA 1UR2A 3VMOA 3FY1A 2PWEA 1W91A 1VFFA 2GK1A 4HOXA 4KWUA 1MXGA 2WVVB 2YDQA 1B9ZA 1R7OA 3RCNA 1ZJAA 2Y5EA 3CZEA 5AYBA 2XIIA 3A4AA 5BRPA 4MJ4A 4PTVA 3T0AA 5TD4A 1DEDA 3MUY1 3GBDA 6A3HA 2VZTA 1VFMA 4IISA 1UKOA 1JI1A 3T0DA 3AXIA 4JKKA 1H41A 1E6PA 1BVNP 4JL1A 4PSRA 1HJWA 3CGTA 2EQDA 3VIMA 1HNYA 4MNMA 2XWEA 1CLVA 4J3TA 5C70A 1MQRA 1G5AA 1WKYA 1V6YA 4BS0A 1CDGA 1ECEA 2YL8A 4A4AA 3LPFA 4D6IA 1W9UA 1ITXA 1WDQA 2V3DA 2ZIDA 1UKQA 4HZ8A 1XHGA 3HU7A 3CHCA 1W9BM 1JI2A 1RPKA 2J7CA 2ZX9A 4B9ZA 2FHCA 3VINA 2Z1SA 2GVYA 3ZM8A 1SMDA 2VURA 5E09A 4QP0A 2OSWA 2XJ7A 4PMUA 3K4AA 3RJXA 2CBUA 1UWUA 1BPLB 1K6AA 4L4PA 3TONA 3ZIZA 5ABFB 2WC7A 2O9TA 3WH8A 1VBRA 2WHJA 3DHPA 1QHZA 1MFVA 2VOTA 3N11A 1DHKA 1JXKA 1D3CA 2XVNA 1GW1A 1HKIA 3II1A 3LPGA 1UD5A 3OGSA 5I6SA 2EBNA 3ALFA 4HU8A 2XVGA 5M17A 4V28A 3VUPA 4AD3A 4DUVA 1W3LA 1NWUA 1CGYA 4L4OA 1Q4NX 4AIUA 3WEMA 2CESA 3EDDA 4HOWA 3W25A 2WXDM 4W8BA 1E4IA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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4TVDA

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