1W54A

Stepwise introduction of a zinc binding site into porphobilinogen synthase from pseudomonas aeruginosa (mutation d139c)
Total Genus 113
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
113
sequence length
323
structure length
311
Chain Sequence
TRLRRNRRDDFSRRLVRENVLTVDDLILPVFVLDGVNQRESIPSMPGVERLSIDQLLIEAEEWVALGIPALALFPVTPVEKKSLDAAEAYNPEGIAQRATRALRERFPELGIITDVALDPFTTHGQCGILDDDGYVLNDVSIDVLVRQALSHAEAGAQVVAPSDMMDGRIGAIREALESAGHTNVRVMAYSAKYASAYYGPFRDAATYQMDPANSDEALHEVAADLAEGADMVMVKPGMPYLDIVRRVKDEFRAPTFVYQVSGEYAMHMGAIQNGWLAESVILESLTAFKRAGADGILTYFAKQAAEQLRR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Tracking the Evolution of Porphobilinogen Synthase Metal Dependence in Vitro
pubmed doi rcsb
molecule keywords DELTA-AMINOLEVULINIC ACID DEHYDRATASE
molecule tags Synthase
source organism Pseudomonas aeruginosa
total genus 113
structure length 311
sequence length 323
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.2.1.24: Porphobilinogen synthase.
pdb deposition date 2004-08-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00490 ALAD Delta-aminolevulinic acid dehydratase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 1w54A00
5AHNA 3W7GA 3P8IA 4NT0A 3W7PA 1YYAA 4A2RA 2E5BA 2E6YA 2FQIA 3LRMA 1EUAA 5G5IA 5TBOA 4O53A 5H91A 1TRDA 5BRBA 4GC4A 1GZGA 1GVRA 1LROA 1SO5A 1JCLA 3FEMA 1UASA 3QC3A 5LNWA 2YW4A 2ZZ7A 2TPSA 5D38A 2DJXA 1RQBA 1NVMA 1Q6LA 3HPXA 1MEHA 1OYAA 1QNVA 5DBUA 3GYEA 1OFDA 1H5YA 5HNRA 3L68A 5C55A 4QQ3A 4MLRA 3IIOA 3FIGA 2DZUA 4N02A 4OE7A 3W7KA 3LV5A 2CU0A 2GJLA 2HS6A 1U83A 4NJIA 4A21A 3W2KA 4PTNA 3LHTA 2G5WA 3NA8A 3W7CA 1GWJA 3IEBA 3HO8A 1TO3A 2VFGA 1RPXA 1DJQA 4GUJA 1DHPA 1JUEA 1S5VA 1M6JA 1L6YA 2X1SA 5FEWA 1SZFA 5LHEA 2ZRWA 1F5ZA 4JTIA 1VLWA 2F7FA 5A8GA 1I2RA 2YFOA 1W3IA 3BLFA 3STFA 1KM5A 5I3IA 1P5BA 1WX0A 4LOCA 3TUUA 2BLEA 2CLIA 1TMHA 3CPRA 4U4MA 1W31A 4IX0A 1I2NA 3E12A 2E6AA 3PWAA 4GUFA 3W76A 1ME9A 2NV2A 3NQ2A 3NPXA 2O7QA 4LVGA 5LZLA 2C1HA 3VE7A 1R2RA 4QISA 1LTDA 2V0TA 1F76A 1WBJA 1P1XA 2FPTA 1FCQA 4DPPA 3OG3A 4FNPA 4PL2A 1DL3A 4L4LA 7TIMA 2Y70A 1K7EA 2NX3A 3NL2A 4YWIA 3FLUA 4LVFA 4POCA 5F1VA 3D0CA 1W3NA 2QCMA 2JKPA 4GNJA 3KOFA 4DF2A 1J2WA 3B0UX 1AL8A 4UTUA 2ATSA 3QYQA 1YDNA 1QAPA 1K8XA 5U4NA 3KX6A 3LGEA 3TA6A 1SZGA 4R53A 1WXJA 3DI1A 4N6FA 3TAKA 1R46A 4AHPA 5FF2A 3TIMA 1KM3A 5IBXC 4UTWC 4BR1A 2BXVA 4FXSA 1V5XA 3KRSA 3FS2A 2VEKA 1V7YA 3NXFA 2ZTJA 3UY8A 3VI2A 3L21A 4FNRA 3Q58A 5C6MA 4FIQA 3NG3A 4IPJA 4O50A 5TIMA 3A24A 1OYBA 3M9YA 3NL5A 4LV9A 3CIWA 1OX6A 3LRKA 4ONVA 4JDYA 3QH2A 4FNQA 3LBMA 4JTSA 4IPIA 1G6CA 4IX2A 3TXZA 5EMUA 1H50A 1GTEA 1Z42A 4CCCA 3HGRA 5IBXA 5E1QA 4LRTA 4UTWA 5C2XA 2ZRXA 4MLJA 3KVJA 4UIOA 1DQXA 1SUXA 1GEQA 1VGAA 3BARA 3UZJA 1YPIA 5DY3A 5CZTA 3BGJA 5A5WA 1LCOA 3RNDA 2R8WA 4KKXA 4XTDA 3MI3A 3WK1A 2H8ZA 3L0GA 3LHZA 4UMCA 1DBTA 5D2XA 3PVFA 1AG1O 1YPFA 4JTFA 5EBUA 1KW1A 5D37A 1TRIA 3C2EA 3LCGA 4O0KA 1VZWA 3R5EA 3Q94A 2FTPA 1TPH1 4QITA 3EEGA 5G4WA 1TPEA 1FBAA 3DI0A 2ZFAA 1QCWA 2Y85A 1SW3A 4YXGA 3W7OA 1H1ZA 3W2LA 2GOUA 4O10A 4JTUA 2OMAA 1LLZA 1DOSA 3NQDA 4O1BA 2QCNA 1RV8A 3QMRA 3S5OA 1R2TA 3MHFA 4XWUA 3NYZA 4AWSA 4WOQA 1ME8A 2F84A 4O8RA 1W56A 2DJLA 1S5WA 3TMQA 3W7HA 1OFBA 2WNQA 4L4MA 2AAMA 2YDAA 3SSJA 4QNWA 3PBWA 3JS3A 3MYPA 4ADTA 1T99A 1XCFA 4N2YA 4NXSA 4DQWA 1OJXA 2FJKA 3KAOA 3GX9A 1XBVA 2GQ8A 4JNMA 3W1MA 5F2MA 2Z0IA 2ABAA 1TTJA 3M5VA 3G1VA 4JR5A 4TMCA 1JUKA 5DCDA 4PA8A 3TQVA 4RZ4A 2NZLA 2X30A 4AWUA 4WY0A 1XUZA 1W37A 4UMBA 3S1WA 4EF8A 3S1UA 1OFOA 4MJZA 4O28A 4ADSA 4IXXA 2TMDA 3WK3A 3NDOA 1WV2A 3PBYA 4JGDA 5LNRA 4XKYA 5F4XA 2YGYA 1F74A 2I1OA 4BFAA 3DGRA 2Y89A 3W2NA 2OT1A 4JIPA 3HG5A 4K6AA 1W5OA 5HJLA 1TREA 4HIBA 5F2LA 2TYSA 3NVTA 2DZSA 5KZDA 3NQGA 3IV3A 1B4KA 3ZR4A 1XL9A 1TB3A 4JN6A 3CU2A 5HWNA 2ZA3A 3OHIA 2AGKA 4RZ5A 1LP6A 3HIJA 2Y62A 3S9YA 3PULA 1VR6A 1JVNA 3E9AA 3LRLA 4AF0A 5DN1A 5FEXA 2NWSA 3SGZA 4R34A 2H6RA 1XXXA 3P61A 1OFRA 2O7SA 2YW3A 2QJHA 2WSRA 3BW3A 4WD0A 3LX9A 1OG0A 3W86A 5H2ZA 3W3OA 4AVFA 1JULA 5HMSA 3QQ0A 4Z1BA 3SFKA 4NZJA 4K36A 3A21A 3HOJA 2JBMA 3PB2A 4IWWA 5D2YA 3NQ6A 2OT0A 2YPIA 3PG9A 3PUOA 3DXIA 3CB8A 3O06A 4DBEA 1VCFA 5DLCA 3P67A 2C19A 3RLVA 1TPFA 1J4EA 5DCBA 3UXAA 3U6WA 1OFPA 4RCXA 3PSVA 3KXQA 3GZ3A 4WZHA 2VXNA 4UFKA 4JTJA 3LDVA 5K7JA 1PHQA 3W7NA 1VHCA 5LGXA 2X2GA 3DU0A 2JK2A 5HUPA 1BEUA 2BX7A 3ZWTA 2H8XA 5CPMA 3RFAA 3LHUA 1VYPX 2QUTA 3ABOA 4JTGA 2C16A 3W1LA 1ONRA 4MYXA 1NF7A 4Y9AA 1YXCA 3WJWA 2H3BA 4FX6M 4QIUA 4X9SA 3L66A 5EKYA 2VFEA 2C18A 4UFIA 4JICA 1PE1A 3N3MA 2VENA 2GVGA 4N4PA 1CX9A 3A9IA 3QW3A 1KBJA 2X1RA 3G1FA 2CZ5A 3S5NA 5I3FA 3O07A 1EEPA 2CLEA 5D2WA 3TQ0A 3M5XA 2Z2UA 1LBMA 3B03A 4PH6A 3FA5A 3FYPA 3U2OA 1NEYA 3L2IA 3QSTA 1ZHAA 3OIXA 4Z1CA 3QPYA 5FF7A 3GDKA 3SIZA 5D2TA 3T55A 1ZJIA 2Q3OA 1PS9A 1SZEA 5LKYA 3BGGA 2YSWA 4IMCA 1YDOA 1LDCA 4M19A 3W71A 3OVQA 4G1KA 4QSHA 5CSSA 4DXVA 5C54A 2RH9A 3OBKA 1FQ0A 1WOBA 1MO0A 1P0NA 3THQA 3DKJA 4LC6A 5AHIA 2D73A 3AO0A 1TPVA 1I2OA 2V81A 3HQ1A 1OHLA 2FIQA 4UMAA 1O94A 3C56A 4RXGA 4UFHA 3GKAA 2YZRA 4IMEA 1E51A 3UY7A 3CM4A 3M5ZA 3QZEA 3INPA 4TU1A 1G7VA 3STGA 3CHVA 1D3GA 4WY0B 1W3TA 1LBFA 1L9WA 4NQ1A 3QRHA 3I7QA 1ZENA 3IGUA 1X1ZA 3GXPA 3PS7A 1U5JA 2ZZ5A 2NWRA 3FKRA 1G4PA 5EL1A 1UUOA 3IVUA 4GFSA 3STEA 3HG2A 2JGYA 4MOZA 4XKYB 3USBA 4CQ9A 1WBHA 2NXGA 5BNKA 3TFCA 4GUHA 3N14A 1W0MA 1R47A 1B57A 3H53A 3O15A 4NU7A 3W1TA 1MXSA 3VKJA 4HPXA 3MHGA 4BI7A 3GXNA 4LVAA 1F2JA 3HG4A 5HQEA 5I3JA 2QCDB 4RLIA 5J5RA 3PM6A 2E6FA 2VKZG 1P0KA 2B7OA 1TV8A 4UNLA 1ZCOA 1YTEA 5D2VA 1ZAJA 2YXGA 3F03K 4AF0B 4O13A 2BSLA 4M6QA 1WDWA 2QCHA 1SR9A 4JTLA 3C2VA 4NJHA 2Z6JA 3L65A 2PE4A 3W83A 5C5YA 1QPRA 5IM51 2BWGA 2C13A 4MKNA 1PV8A 2DZPA 1TPB1 3NPVA 3TCEA 1A5CA 2V8ZA 5F1UA 3T7VA 3UWZA 1LOQA 4NNAA 4LV4A 1H7PA 1KM2A 1H62A 3MP3A 2W0UA 4H4IA 3R2GA 1GYLA 3GAKA 3TJXA 2Y7DA 4IMFA 3WK0A 3N2XA 4MFEA 1Z48A 1G4SA 1GOXA 3NQCA 1IGSA 1PL9A 1H51A 3PUEA 2A1YA 5CPNA 5J5DA 4MJMA 2WO5A 5FEPA 2I9EA 4AB4A 5CKSA 2CZEA 1WAUA 4FEZA 5CPLA 3O63A 3QM3A 4M6PA 4FXRA 3UXDA 1AW2A 5G2WA 4E2BA 1CW2A 4K8EA 1AW5A 8TIMA 4FIRA 3C0JA 2EHHA 2ZQ0A 3GLCA 1JJKA 4JTKA 1G4EA 3S6DA 3L67A 3QPZA 1H7RA 2W6RA 3QQ1A 3S0CA 3HPZA 1UJPA 2ZRZA 4J9JA 2NXHA 1FDZA 2C15A 4R33A 2ZTKA 2WNNA 3LV6A 3L9CA 3S42A 1G4TA 4AEOA 2DORA 4ZZ9A 3N73A 1GVQA 3EX6A 4HKPA 2HSAA 1ML1A 4ZVJA 3LTYA 3O1NA 2A2IA 3E96A 2DZVA 1H7OA 3W07A 3QW4B 3W87A 1G67A 2RHGA 1EUNA 5DBTA 3GDTA 1ALDA 5DXXA 4GXMA 2QCCA 3GNDA 3KFTA 2Z1BA 2VEPA 1LZOA 3RK8A 4GWEA 4ZQPA 4ADUA 1KFJA 1B9BA 3SY5A 4KWVA 2Q8ZA 2RDUA 5AHEA 3W6YA 1QDSA 1HFBA 1YADA 4LTSA 3W7MA 5CZSA 4JTTA 1KFLA 2PRHA 2G96A 4TX9A 1RZMA 1OVDA 3UPWA 5AHLA 1W5MA 1QPQA 1VJIA 2GVLA 4LC8A 4NNBA 3QJAA 3G22A 4DELA 4IMGA 2QDHA 1EIXA 4O12A 2FDSA 4JYDA 2ZYFA 4E2DA 3WJYA 4Y90A 4CQ8A 1IIHA 5D32A 2ZA2A 2QCEA 3C2RA 4Y8FA 2HTMA 4OHQA 3R8RA 3S8HA 2YX0A 4UTLA 1DVJA 3V1PA 4FNTA 2IQTA 4O16A 4CQAA 1UB3A 1EPXA 1N8FA 3GIYA 3A5VA 3NQ8A 2ISWA 5I3KA 1C8VA 3O6YX 3BO9A 4ZQNA 5E93A 4UTMA 4DEFA 2R91A 4U28A 1M5WA 1LBLA 2A85A 2E5CA 1RQEA 5K9CA 3C4UA 5G1YA 1FXQA 4I9AA 3NOEA 2RDTA 4M7SA 1A53A 4OV4A 3HJZA 2WOQA 1MSSA 4BI5A 1B4EA 2NUYA 3M41A 1F6KA 1GT8A 2J9ZA 3CTLA 1PIIA 3VE9A 5G4EA 3W1NA 1Z44A 4NVTA 1TTPA 3L5AA 1HO1A 4JYFA 2KZHA 4GBUA 1G69A 2X1UA 1J5TA 4N9BA 3TR2A 4MY9A 4BF9A 2ZBTA 3VFLA 1C9DA 4NUWA 4N9CA 1W5NA 3KHJA 1I2PA 4P2VA 3W2UA 4WJEA 3EWYA 4HT3A 4JEQA 3DENA 3DHFA 4NJKA 3PR2A 1S5TA 2JKEA 4O4VA 3PG8A 4M6VA 3LERA 4OGZA 3UWYA 2Y7EA 2Y61A 2JGQA 2YFNA 3NQVA 4EOUA 1GYNA 4LVBA 3B4UA 5F2GA 1QO5A 3TSDA 2J88A 3EX3A 4LWWA 1BKSA 3E49A 4TMBA 3NZRA 3TNOA 3DFPA 1BWKA 3DFSA 3NM1A 1TYGA 2FFCA 3KVKA 3G24A 3P5YA 3W1QA 5HWMA 1AMKA 1SQ7A 5HR7A 3E02A 3TROA 5KSWA 1HG3A 3DBPA 2DU2A 1VRDA 3DFNA 2A7NA 4S1FA 1PCKA 2H90A 1NFBA 3N34A 4JX6A 4N9EA 1GPWA 1Q6OA 1H7XA 1W5PA 4RJEA 1JQVA 3CT7A 2XN2A 3ZS4A 2XFWA 2E1DA 5HINA 1ICPA 1VHNA 5AOUA 3TJLA 5HR6A 1FCVA 2DP3A 2ZCGA 3BW2A 4AXKA 4O52A 1L6WA 4WQ6A 5D02A 3RF9A 1SU5A 5I3GA 3DH7A 5D03A 4N9DA 5AC7A 3QMSA 2G95A 3W2MA 3W7EA 4O57A 4JX4A 1EP2A 1OK6A 5HUOA 1IXOA 1ZY9A 2CLMA 3PBUA 4A22A 5BW6A 4HPJA 4UC5A 1TPUA 1F7BA 3G0XA 1VCGA 1IXQA 3DFTA 2ZZ3A 3TW6A 5AYYA 1Q45A 4O19A 2QCDA 1SO6A 3W72A 3W7IA 3MBFA 1KLZA 3GK0A 4AH7A 2QR6A 1WYIA 5E0KA 1K7FA 5CG7A 1OYCA 4ZQRA 1QO2A 4UFLA 3W73A 5LNUA 3G18A 1FXPA 3TC7A 4O54A 4NJJA 3V75A 2QF7A 4N4QA 2OJPA 4IMDA 4Q33A 1LM1A 3C8FA 3U8GA 4OWGA 3RMJA 1XM3A 2YCEA 4ML9A 4JTHA 4MVAA 4H3DA 2PC4A 2YYUA 1S3HA 4FHAA 4UCGA 1KV5A 4UUIA 4DPQA 4TO8A 5K4XA 1LYXA 4HSNA 4NX5A 3W22A 2ZA1A 2NV1A 3C61A 4JIQA 1OX5A 1VQTA 1FY6A 4LY8A 4Z0JA 4XBKA 3M44A 1VCVA 1XFBA 2R14A 3W70A 4DF1A 2QUUA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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