4JTG | Genus

Total Genus 87

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	87
sequence length	277
structure length	253
Chain Sequence	MDIKINDITLGNNSPFVLFGGINVLESLDSTLQTCAHYVEVTRKLGIPYIFKASFDKANRSSIHSYRGVGLEEGLKIFEKVKAEFGIPVITDVHEPHQCQPVAEVCDVIQLPARLAAQTDLVVAMAKTGNVVNIKKPQFLSPSQMKNIVEKFHEAGNGKLILCERGSSFGYDNLVVDMLGFGVMKQTCGNLPVIFDVTHSLQTRGRRAQALDLALAGMATRLAGLFLESLHLLEDFLIRIKALDDLIKSQPIL

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Examining the Role of Intersubunit Contacts in Catalysis by 3-Deoxy-d-manno-octulosonate 8-Phosphate Synthase. pubmed doi rcsb
molecule keywords	2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase
molecule tags	Transferase
source organism	Neisseria meningitidis
total genus	87
structure length	253
sequence length	277
chains with identical sequence	B, C, D
ec nomenclature	ec 2.5.1.55: 3-deoxy-8-phosphooctulonate synthase.
pdb deposition date	2013-03-23

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00793	DAHP_synth_1	DAHP synthetase I family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	4jtgA00

3MP3A 2VELA 3EX4A 4AHQA 1K3UA 5K7JA 3LX9A 2CLLA 1PHQA 5H91A 2YFNA 1K8XA 3EX2A 3P80A 1W5PA 1D3GA 2X1SA 3ABRA 3QMRA 3KAOA 3FKRA 4L4MA 4NQ1A 3NQEA 2QJGA 1A5CA 4JTGA 3EXTA 3TXVA 3WJZA 3D0CA 4UFHA 3QYQA 5DY2A 4LS1A 5F2IA 3O06A 2DZUA 1G6CA 1OF8A 1FCUA 3W7KA 1N8FA 1Z42A 3NL6A 4WY0B 7TIMA 1Q6LA 2YCEA 4AVFA 8TIMA 3I7SA 2NX3A 2ZZ4A 4MY9A 1UUMA 3L5MA 4O1CA 5I3FA 4E38A 4N9EA 4LY8A 2NWRA 5AHEA 5AYZA 4MFDA 4GUIA 3W7PA 1WBJA 1GZGA 4EF8A 4K38A 1AW2A 1P5BA 1L6SA 3W1AA 1TQJA 3S42A 5DXYA 1QPRA 1ZENA 2FTPA 3HG4A 3CEPA 5G1TA 4QQ3A 3ZWSA 1TTQA 2GQ9A 4B5NA 4O13A 2OCZA 3OBKA 3HMJG 3GAKA 1XBXA 2Z6JA 1W1ZA 5U4NA 3B06A 3MHFA 3ZR4A 4PH6A 2CLKA 3H53A 5I3JA 4ZVJA 1ZJIA 2NUXA 4GUHA 3HGOA 1YTEA 3NQFA 3UWYA 1ICQA 3JS3A 1LOLA 3LHZA 1PV8A 1H5YA 4LS0A 3EWBX 3P8JA 2J6XA 3G3MA 3FJLA 4PFMA 4NX5A 3GDMA 4UTKA 3F4NA 2Y89A 5E93A 3W1QA 4O10A 3HO8A 1YTKA 5AHFA 3TA6A 3U6WA 5FEWA 5LZLA 3CWNA 1VGAA 3P61A 5G4WA 1Q6OA 4A22A 2DJLA 4K7VA 5HQEA 2DZTA 3HF3A 3W2UA 3KHJA 1TREA 2DZWA 2XFWA 4ZQCA 4YL2A 4X3ZA 2FFCA 3QJAA 3R12A 2NUWA 3UPWA 3C2FA 2W0UA 2Z2UA 3LLFA 1KW1A 1N7KA 3VKJA 3GDTA 4AF0B 1C8VA 4AAJA 4JR5A 1AL7A 1SQ7A 1VH7A 4RCXA 1VRDA 4E2BA 1NAL1 3PF3A 1W37A 4J9JA 3PM6A 2P1FA 1GPWA 4GUGA 4LWWA 2BX7A 1F74A 3KVMA 3L21A 4LRSA 3W07A 1FCVA 4GWEA 3RFAA 1DVJA 4Z1DA 2NUYA 3WJYA 1EP1A 2HTMA 1HTIA 3LHUA 3IVSA 4O4VA 1SW3A 3CB8A 5DXXA 1G7VA 1H61A 1SUXA 3GNDA 3PB2A 2FJKA 1RPXA 4HT3A 5KZDA 3W73A 3TCEA 4JD4A 3MMTA 3LRLA 3W7GA 3TSMA 5LHEA 3QM3A 1WDWA 5BRBA 2VENA 4QITA 1IXOA 1MXSA 2V81A 3CWOX 3W7CA 5LSMA 4Z0SA 2R94A 3P60A 4ZQRA 4X2RA 4YCPA 2OX1A 1Q6QA 3O6YX 4I7VA 1H60A 3G22A 1H50A 1FBAA 4UMAA 4UTWA 2YX0A 1LOSA 1GOXA 3PSVA 1WQ5A 2YDAA 4UUIA 2V30A 5CZTA 1GYLA 3W1TA 3ZS4A 2FIQA 3JRKA 1VC4A 2BSLA 1SO3A 3O05A 3PS7A 3TSBA 2Y63A 4BWLC 2Q8LA 4MOZA 1TPB1 1E51A 1K8YA 4POCA 3PB0A 4K7YA 4PODA 1XL9A 3G18A 1OX4A 1QAPA 3NL3A 4RXFA 2JKPA 4NVTA 1NVMA 3NDOA 1IGSA 3IV3A 4LRTA 5A8GA 3TV8A 2ZYFA 1VHNA 1KM6A 3GXPA 1Q6RA 3CPRA 2E6AA 3OVPA 3CIXA 3DFTA 3UY7A 1LROA 1N55A 3O15A 3L68A 1LBMA 4JS3A 4PL2A 3B03A 2G95A 2WV8A 3W7IA 1R2SA 3SECA 4EVZA 2A2IA 1LZOA 2PC4A 2X1RA 3RF9A 4YCOA 1K7XA 3IIVA 4JTFA 4UFJA 3CEUA 4RR4A 4DPQA 3LCWA 4K6AA 5HWJA 5CPOA 4HPXA 2H3DA 3QMTA 2VEMA 5KMYA 1LORA 3YPIA 1IF2A 4ZQPA 4UMCA 4R53A 1VYPX 3ZFHA 3GIYA 1WA3A 3UWUA 1OK4A 4JY9A 2OMAA 3MHGA 3GK0A 1DQXA 3DKLA 4JTHA 5H2ZA 1HG3A 4MUZA 2ZA1A 1EUAA 4Z0JA 1JCNA 1GTHA 1TPDA 1K02A 4CLMA 1WOBA 4MY8A 4JYDA 1NF7A 3VFLA 2HS6A 4QSHA 4JDBA 2C18A 1TYGA 3DH7A 3TFXA 5L9FA 4JYFA 1QNVA 2E5DA 3S5OA 3DXIA 3QPYA 3V1PA 4NNCA 1O60A 4FNTA 3NO5A 4FX6M 3E9AA 3HGJA 2DZSA 3PWAA 3WK0A 4K37A 3TQVA 3NQGA 1W5NA 3E12A 4I9AA 3R2GA 2WNQA 3UWWA 1FWNA 3LGEA 5DCEA 2OZ0A 3NQ6A 3TMQA 2ZBTA 4NXKA 5EPDA 3CHVA 1M5WA 1CX9A 1PVNA 2J9XA 5CZJA 4N4PA 2PURA 1RV8A 3W74A 3F1QA 3W23A 2C14A 3R13A 3SW6A 4LVFA 4RK8A 1OFOA 1PCKA 1R47A 5K4XA 2VFEA 1KFKA 5KSWA 4NZJA 3GX9A 3P81A 3S9YA 3DFSA 3NOEA 2Y7EA 3GKAA 1RQHA 3FLUA 2V0TA 3CIWA 1TPC1 3TJLA 5D03A 5AHLA 1K7EA 1LOQA 1S5TA 1OFDA 5BMWA 3FS2A 5I3GA 4FX8A 2E77A 1TPWA 4XWUA 1F7BA 1Z48A 2Y85A 2ZRXA 1Q45A 4OE7A 2B7QA 3BLFA 4M6PA 4O1BA 1YDNA 3B0PA 4O19A 5C6MA 2ZQ0A 4UIOA 3C52A 4DF1A 1TPH1 2NV1A 3HG2A 1H1ZA 1CI1A 3W72A 3C2OA 1SO4A 3FKKA 5KITA 4P2VA 3CLMA 3A24A 3L65A 2E5CA 1NF0A 4YMZA 3TROA 4JNMA 3M9YA 4TMCA 3ABSA 5CGQA 3UWQA 3SSJA 2C16A 4HNNA 4K8HA 1ME8A 1I2QA 4JDYA 5EYWA 4UTTC 1KBJA 2ISWA 1X1OA 3WK1A 2FB2A 3N19B 1YDOA 3TQ0A 3NPVA 2JGQA 1MEWA 2Y61A 4XBSA 1LLWA 2W79A 2A6LA 4ICNA 4TX9A 1KFEA 3HPZA 2QCGA 3LCGA 3LI0A 2ZZ7A 1DKWA 1XUUA 2H8XA 3NXFA 4EWND 3LOTA 4UTHA 2BZNA 2CLMA 3L0KA 4A2RA 2A1YA 4N02A 2CLFA 3HGRA 3HPXA 4CCDA 1U5JA 4LT9A 2UV8G 2GQAA 2V2CA 1TJRA 4JEQA 4JTJA 3IIZA 3PAJA 2Y7DA 4JGDA 4O53A 4O57A 1VZWA 2PRHA 3O6DA 1TMHA 1LTDA 4QNWA 1LLZA 3VNDA 3G1VA 2NX1A 4O16A 1SZFA 3EWUA 4NJIA 4OGZA 5F1UA 1BTMA 2P0OA 3UYCA 3M5YA 5D04C 1QWGA 2I1OA 3LCIA 1AW1A 4U28A 4RZ4A 3PUDA 4E0CA 4LVGA 4IX2A 4FX7A 4O8RA 3H54A 5CZ0A 3ANYA 3HQ1A 2J24A 1XDMA 1Z44A 4H3DA 4WOQA 1KTCA 4FEZA 4S2CA 2RDWA 2HSAA 4XTDA 1R2RA 5F2GA 2BTMA 5KZMA 3NM1A 3DI0A 4Y8FA 1TPFA 1JVNA 3LB0A 1YPIA 1ZAIA 1HUVA 5LNUA 3MHUA 1SZGA 3R5EA 5F2MA 2DORA 4NX0A 1FWSA 1EEPA 2ATMA 2GUUA 2Q3RA 3RMJA 4I7UA 3KRZA 3UY8A 1SZEA 1TO3A 5EMUA 3P7YA 1C9DA 3BO9A 3W1LA 1TPUA 4QNEA 5LGXA 3ABQA 2GJNA 2NX9A 2V9DA 3LI1A 3LRMA 4NNBA 5DCDA 3UQNA 3LTPA 1ICSA 2NXHA 4TIMA 3EX1A 3DU0A 4O1AA 2IQTA 4RZ6A 1L6YA 1ML1A 4HSNA 1FDZA 2CU0A 3PG8A 4UFIA 3LV6A 1R2TA 4UTLA 1W3NA 1SU5A 4M7SA 4LUJA 2ZFAA 2QCLA 3L9CA 2TRSA 3EB2A 3NVTA 5CSRA 2NZLA 1W3IA 2DZXA 1XUZA 4UC5A 1I2PA 3S6DA 1P0KA 4RV8A 4IMFA 5D37A 3LTYA 5HNRA 1F73A 3NR0A 1EUNA 3JR2A 1JR1A 4ADSA 2WNNA 3DGRA 5LKYA 2VKZG 1GTEA 2TPSA 2QR6A 4RX0A 2RDUA 3DKJA 2E5BA 5J5DA 4KKXA 4JTLA 1JUBA 3AJXA 1W54A 1TPVA 1JULA 1R30A 2E6YA 2EPHA 4JX6A 3G3DA 3EKLA 3S0CA 5DN1A 1PL9A 3P62A 3HIJA 4IMGA 1FX6A 1BKSA 3EXRA 4PL1A 3LCLA 1ZNNA 2X30A 2ZDRA 3GR8A 3TSDA 1GVQA 3W83A 2BWGA 5T26A 3W1NA 2F84A 5D32A 1LP6A 5D2YA 2FLIA 5LGZA 1O4UA 3PBUA 4ZQNA 2TYSA 2QDGA 3TIMA 3LHVA 3BG3A 5SWUA 2J27A 4WY0A 3M7WA 4IQLA 2J9YA 1LM1A 1KFJA 4DO6A 5E1QA 1AK5A 1FXQA 4FIQA 4BR1A 4FO4A 1MSSA 4CQ9A 2CZFA 4LU0A 2E1DA 2JGYA 3DFNA 3OVRA 1OFRA 2RKXA 3IEBA 1F6PA 5D05A 3N2MA 2X1TA 5AOUA 4EOUA 1TQXA 4PA8A 2VFHA 1KM1A 3MW7A 3EX6A 1OFPA 2CLEA 3ATZA 3HOJA 3THAA 3RU6A 3MYOA 1W56A 4QM1A 1IIGA 2GQ8A 5U7SA 4LS2A 3L5AA 1XCFA 3TC6A 3C2EA 3VI2A 3B8DA 1D3HA 1H7PA 3C3NA 1YXYA 4OWGA 5F1VA 1X6UA 3P74A 5C2XA 5F4SA 4O28A 2Y7GA 3T4CA 3KOFA 3GDKA 3GXNA 3TR2A 1HFBA 3LCHA 4AWTA 3LXBA 4LVBA 3WFAA 2QCEA 2XN1A 1TV5A 3W84A 1P1XA 3S1VA 3MP5A 3OA3A 4WXYA 2A7PA 3GKFA 4XKYB 3G1DA 2ZRZA 2EHHA 4O54A 4WJEA 3RNDA 4JXCA 4ALDA 1OVDA 2E68A 1EWEA 3MO7A 1G7UA 1JQXA 1F2JA 2RDTA 1RR2A 1MEIA 3QZEA 3QPZA 4N4QA 3PR2A 5AC6A 1GVSA 4FXRA 4JIQA 4LC6A 4AB4A 2V2HA 3G1AA 4GXMA 4R34A 4IUOA 4UTJA 4AF0A 1UCWA 3QQ0A 1QDSA 3W7EA 4WQ6A 4RLIA 4BWLA 4XTIA 5EY5A 2WNZA 1A5BA 1KTNA 1OJXA 3C2VA 4YLWA 2HS8A 3UZ5A 3INPA 1G4PA 2PE4A 3B0VC 3C2RA 3I65A 4TU1A 1AW5A 1ZHAA 4IXXA 1KV5A 2H3BA 3VCRA 4DF2A 3SI9A 5D2VA 3RLVA 3DHDA 4KFNA 1HO4A 1FWWA 2DJXA 2ZA2A 1F5ZA 3E0IA 3QH2A 5LHFA 1GG1A 4JTIA 4NJKA 2YYUA 1KM5A 4H4IA 2R14A 3MP4A 4I7WA 3ABOA 1PIIA 4GC4A 1RQBA 4M6QA 3FJ6A 4IJBA 4OQVA 5I3HA 4WY0F 3TMLA 4XKYA 3G1SA 3NZRA 4WZHA 5CSSA 3BGGA 4DELA 3NGJA 3PBWA 3DZ1A 1QFEA 2EF9A 4WD0A 2FDSA 4TR9A 3TAOA 1YLVA 2WO5A 4A3UA 3Q58A 1VJIA 3GDRA 4DF0A 1THFD 3A23A 5FF0A 3G0XA 2NWSA 3E96A 5G4EA 5HUPA 1W8SA 3QRHA 2FPYA 4IX0A 4TMBA 3M47A 4JYEA 5G1YA 1BWLA 3LBCA 2ZRYA 2QUVA 3L67A 1ZFJA 3G1XA 4LC8A 3NNTA 3L2IA 3NZ1A 2X2GA 4M19A 5AHMA 4A29A 1U83A 2QUUA 3KVKA 3S5NA 1ALDA 4CNNA 1EPXA 3W70A 1EP2A 3OEXA 5C55A 4FXSA 1B4EA 3IVTA 1HO1A 3LBMA 3NQCA 4N9DA 3S8HA 5HR6A 5HWNA 1G69A 2CWNA 4Q32A 1JJKA 1YTDA 2QCDB 5AC8A 5IBXA 4O4WA 1VCVA 3QF0A 5J5RA 2VC6A 3QSTA 4M6VA 3WJSA 3IGXA 2P10A 3W1RA 4AHPA 2VXNA 2A4AA 2FB3A 3P67A 1PHWA 4HNTA 3WK2A 3UWVA 1EP3A 3WJXA 1I2NA 1BEUA 5BMXA 6ALDA 4MZ1A 3GNNA 4JTUA 5D2TA 1SO6A 2Z0IA 3UPBA 3NYZA 4JICA 2X16A 2G5WA 2JKAA 3W1PA 4BI7A 3W1MA 3E49A 4Z1AA 5CG7A 4KFOA 1I8JA 2B7OA 4FNQA 3LERA 1SW7A 4RKAA 3PBYA 3S1UA 1G4EA 5DLCA 2ZZ2A 4NZFA 2NV2A 1UUOA 3WJWA 4LVDA 3N34A 1K8ZA 3V75A 4OHQA 2HMCA 3Q94A 1OF6A 3M5ZA 1DQWA 5HINA 3KXQA 3M0ZA 3W7RA 3GLCA 2A7RA 2H90A 2Q3OA 4GUFA 3LHYA 3A22A 5DBTA 4HHPA 3P8IA 2WSQA 2X1UA 4IOTA 3S1WA 4MY1A 3BG5A 3G8EA 4QAIA 3KVJA 1YYAA 3NL2A 1SZNA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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4JTGA

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