4ADUA

Crystal structure of plasmodial plp synthase with bound r5p intermediate
Total Genus 96
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
96
sequence length
278
structure length
278
Chain Sequence
NDSILLKHGWCEMLKGGVIMDVKNVEQAKIAEKAGAIGVMILENIPSELRNTDGVARSVDPLKIEEIRKCISINVLAKVRIGHFVEAQILEELKVDMLDESEVLTMADEYNHINKHKFKTPFVCGCTNLGEALRRISEGASMIRTKGEAGTGNIIEAIKHIRTVNNEIKYLCSLDESEVYNFAKKLRAPIDLILLTRKLKRLPVVNFAAGGIATPADAAMCMQLGMDGVFVGSGIFESENPQKMASSIVMAVSNFNNPKILLNVSLGLGKAMHGNTKV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Assembly of the Eukaryotic Plp-Synthase Complex from Plasmodium and Activation of the Pdx1 Enzyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords PYRIDOXINE BIOSYNTHETIC ENZYME PDX1 HOMOLOGUE, PUTATIVE
molecule tags Transferase
source organism Plasmodium berghei
total genus 96
structure length 278
sequence length 278
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-01-03
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 4aduA00
4FXRA 1H7NA 1YPIA 3DFPA 4ZQOA 1FDZA 5D2TA 2FIQA 3HG3A 1QAPA 4X2RA 4I7UA 1XBZA 4S1FA 1TQJA 2A21A 5DBTA 2A7PA 3IEBA 2QUTA 1JQXA 3TE9A 5K4XA 4JTLA 4GUHA 2NV1A 3G1DA 2A0NA 1DVJA 1JULA 1DL3A 5D38A 2Z6JA 3HO8A 3PBWA 3QW3A 3IGUA 1KW1A 5BW6A 1H61A 4JGDA 4O53A 5E1QA 4M7TA 4ZQCA 2X1RA 4ADTA 2CLOA 3ZS4A 1ZAJA 3MJYA 3C6CA 3W1UA 3S9YA 4MKNA 3MHUA 3DENA 3TFCA 1OFOA 4JEQA 4AF0A 1FY6A 2GQ9A 4LVFA 2FPVA 5DLCA 4LWWA 2E6DA 2X1TA 3NPWA 5I3GA 2VEPA 2ZZ1A 5EA9A 4A2SA 4RXFA 3CM4A 2ZBTA 3I7SA 1V5XA 3S5OA 1HL2A 1QNVA 3O1NA 3TK7A 2OT1A 4R33A 2ZRWA 1YADA 1ZHAA 4FNPA 1OFEA 1CI1A 3MO7A 4RZ4A 4JDYA 2EKCA 2Z2UA 4UC5A 3EB2A 4G1KA 3L9CA 2XFWA 5KITA 3LXAA 1A5CA 3UWYA 2WNZA 1YLVA 3MI2A 2QF7A 3STCA 5EMUA 1TRIA 4MY8A 3O6CA 4AVFA 1KM0A 2WJZA 1KM6A 2PRLA 2P1FA 1F6KA 1JR1A 1P0NA 3MHFA 5CKSA 3DGRA 1JUKA 3VKJA 1FDJA 4LT9A 1JCNA 4LW7A 3P74A 3TIMA 1OYAA 5D33A 3IGSA 2F7FA 4JN6A 3W84A 4DPQA 2ZRXA 3L68A 5HNRA 3N19B 2CLKA 8TIMA 1VH7A 1YYAA 4MJZA 1DV7A 4N9CA 5TIMA 4IPIA 1SFJA 2XN2A 4UNKA 4UIOA 2FB2A 3LGEA 1SU5A 1GVOA 1Q6OA 1GWJA 3G18A 3QZEA 1XBXA 4IX2A 4NQ1A 3AJXA 4AEOA 3NQ8A 3LHZA 3JS3A 5MHBA 3TAOA 5AC6A 3CWOX 4OV4A 2NUYA 2CFFA 4GC4A 5AHIA 1FCVA 4Z0JA 3BW2A 5C6MA 1XUUA 4DQWA 2VOMA 2WNQA 2QCLA 3LTYA 2X30A 2PRMA 3BW4A 3N2MA 3QPYA 1KM5A 3GXPA 5A8GA 2H8ZA 2C15A 4LV9A 3DHFA 1QOQA 1H7RA 1T8XA 1K3UA 4ZZ9A 3PUOA 3W2MA 1OFDA 3GDMA 3PR2A 1F5ZA 1OJXA 1H7WA 1OX4B 2VELA 3GLCA 1TPWA 3GB6A 3S6DA 1LDCA 1RPXA 1GTHA 3LRKA 3BG3A 1L6WA 3U8GA 3LBMA 1OFAA 1QO5A 3VFLA 1RQBA 4HNTA 2PE4A 3STFA 2R14A 2A1YA 3BGGA 1M7OA 4L4LA 4O12A 6TIMA 1KM4A 3S1VA 2EHHA 3HBLA 4JXCA 3ZFHA 2WO5A 5G5IA 5AHNA 4X3ZA 3QSRA 1W5MA 1SO6A 4FF7A 4LC8A 3LHYA 4EF9A 3LCIA 4IMEA 3TAKA 1O5KA 2ZCGA 3W83A 2BLEA 1GZGA 3CEPA 5FI8A 5HWNA 5T26A 3C2VA 1XI3A 1VYRA 1TPFA 3HG4A 3NL2A 3L66A 4AAJA 4XUGA 3C61A 4N02A 1DOSA 4A29A 1WAUA 3A5VA 1FCBA 1GVQA 1TPEA 1VCGA 2Z1BA 3LERA 1BKSA 3C0JA 3PWAA 3O63A 2OT0A 1H63A 1QMLA 1VC4A 4IXHA 1F74A 7TIMA 3CTLA 4ORIA 5HINA 1EX5A 1H1ZA 2E77A 2ZQ0A 3PSVA 4CCCA 2VFGA 3W7PA 1SO4A 3OEXA 3W71A 1THFD 3N73A 1QFEA 1T96A 2TPSA 4S2BA 4GWEA 2YZRA 3QQ0A 3TXVA 1QOPA 5C55A 3TKFA 4FEZA 3RF9A 4WQ6A 1SPQA 3NL3A 4IUOA 4X22A 3E0IA 5BRBA 1NSJA 3PB0A 4NJGA 3UWUA 1K8XA 3DFTA 1L6SA 3SGZA 2LLEA 3B04A 1TYGA 4PEKA 3FIGA 3KHJA 4M6VA 3M9YA 4MYAA 4NX0A 1XFBA 3W2NA 2C16A 4ORMA 1AW2A 1Q3NA 4UMAA 2J9YA 2R91A 1YTKA 3EWYA 3WJXA 2O7SA 1ICSA 4JD4A 3FYPA 2A85A 3P62A 1GEQA 2BSLA 4MVAA 4DELA 3VE9A 2NX9A 5F2MA 3U6WA 2V5BA 3TMLA 1EEPA 3EX6A 4EWND 4JR5A 4DBEA 4YMZA 1NF7A 1UUMA 2A7NA 3SI9A 4Q33A 5K7JA 3EXRA 1MZHA 1RQHA 3W1RA 4YCPA 2YGYA 3QW4B 3RLUA 1ZAHA 3LM7A 3EKLA 2NWSA 1L6YA 3NPXA 4FX8A 3UPWA 3CHVA 1XDLA 2VFEA 1U5JA 1NVMA 4MIMA 2V9DA 3BPWA 4WOQA 3EX4A 2H3DA 2W0UA 3QYQA 5D05A 3E02A 3S42A 2Y88A 1A5SA 5I3FA 2VEKA 1ICQA 3LTPA 4A3UA 2YPIA 1BWKA 5KMYA 3BK0A 4Z1CA 3G0XA 4UMBA 1I8JA 4QSHA 3W1TA 3UD6A 1TPC1 1OK4A 3P80A 1JUBA 1YTEA 1OYCA 4XBKA 4P2VA 4ML9A 2A4AA 4H4IA 4N6FA 1ML1A 2JKAA 2QAFA 2G95A 1TPVA 1UCWA 3FS2A 5DXYA 4E2DA 4GUIA 4U4MA 4W9TA 4JS3A 3MMTA 1K8ZA 3NEVA 3NQFA 2WOQA 3LRMA 3W75A 5HMSA 4A21A 3ZWSA 1EB3A 1Q6RA 5LKYA 3GXTA 3NQGA 1WV2A 1KBIA 2QCDB 3W2KA 1VRDA 1GVSA 4JTKA 1S5VA 3ABRA 3R12A 4AMAA 4FNSA 1I2QA 1FUYA 3RFAA 2QJGA 3G1FA 3AO0A 2CLLA 3QPZA 3L0GA 1O94A 3NZRA 3R13A 4OV9A 5CZTA 1YDVA 4LTSA 1NEYA 2GOUA 2C18A 3C56A 2W79A 4K7VA 3QH2A 5LSMA 2R8WA 1ALDA 3EX2A 3KVJA 3LBCA 1W56A 5U4NA 1ZENA 1FXPA 2QCDA 4MFEA 3OBKA 1LLWA 5HJLA 1QDSA 4ADUA 2C6QA 1Q45A 3W1QA 4OU1A 2AGKA 3O16A 4N2YA 3OA3A 1AK5A 2Z6IA 2C13A 2WPBA 4JY8A 3P82A 3W88A 2B7QA 3G1YA 5HWMA 2Y7GA 2WSYA 5DY2A 4MZ8A 2V82A 1PS9A 3ANYA 4LVBA 2OMAA 3I68A 3B05A 3L67A 5K9DA 3L0KA 4OHQA 4Y90A 2ZA1A 1MEWA 4JTHA 3LV6A 4AWTA 1KFEA 3THQA 3NA8A 3U2OA 3E9AA 1OHLA 1SQ7A 2E5BA 4HHPA 3L65A 4O16A 3QJAA 3H53A 1TV7A 3DFNA 4CLMA 5CPMA 2WNNA 3UZJA 2JKEA 4LVDA 2QR6A 3TW6A 5CZJA 3NM1A 4PODA 3KFTA 1TJPA 3NZ1A 4GUFA 1SZFA 1KTBA 5FEPA 4XKYB 3SGUA 1VLWA 3M6YA 3SFKA 2X1UA 4DBDA 3UNDA 3W2UA 1ICPA 3MYOA 2B4GA 4IGHA 2PC4A 5F1UA 3TSMA 4B5NA 4NUWA 2WQPA 5AYZA 5D2VA 1H7OA 1EWDA 5AHLA 3O6DA 3DI1A 1AMKA 1C9DA 2BX7A 4IMFA 1XKYA 4LV4A 2QDHA 3D0CA 3FFSA 5CPNA 1KTNA 1KA9F 1KTCA 3MP5A 5LNRA 4RKAA 3T7VA 3NQCA 4POCA 3KOFA 3QSTA 1T0OA 2WSRA 1AL8A 1WBHA 2DZVA 3WK2A 3B0UX 4GUJA 2NX1A 5IM51 1CX9A 2QCGA 1H51A 3UZ5A 1TREA 3CIXA 1DQXA 4RLIA 3W2LA 3L5MA 3L2IA 3DU0A 1I2NA 4JICA 5AHMA 3LRLA 3TW7A 5G4EA 1H60A 4IQLA 1VHNA 5DN1A 2CLEA 4UCGA 5I3IA 4HSOA 4O1BA 1SZNA 2V30A 4X9SA 2V2DA 2TMDA 1ADOA 4LUJA 4WOZA 1KFKA 1LRQA 2J24A 4NNBA 3F03K 4GUGA 2Y89A 1A5BA 3L5AA 1ZAIA 3LTSA 1R2SA 3TQ0A 3QMSA 3O8AA 2IQTA 2HSAA 4RV8A 3F4NA 5L9FA 4DF1A 4AF0B 3QEZA 3W1NA 4P61A 4RZ5A 3PF3A 1VS1A 2CW6A 2ZZ5A 3CT7A 5DBUA 2ZTKA 1W5OA 3LCHA 2VFHA 3L5LA 1TTPA 4TIMA 1B3OA 2E1DA 1J4EA 2FDSA 4RJEA 3LX9A 3O15A 5F4SA 2ISWA 5K3VA 3VE7A 1GJPA 2EAWA 1JCLA 4QNWA 5LNUA 5LNWA 5LZLA 1TO3A 3CQ0A 5KZDA 3W1LA 2Z0IA 3FKRA 1F05A 1W5NA 4UFLA 5CPLA 5CG7A 3TV8A 2VFIA 3TXZA 2JGYA 2YFNA 1EP2A 1BWLA 4UTTC 2Y7DA 3LDVA 2PURA 1X1ZA 3PVFA 3PC0A 1XCFA 1JCXA 3LI0A 3TJXA 1LZOA 3F4WA 4JX4A 3THAA 3C2EA 3R5EA 4JTIA 4UFJA 1EUAA 4O11A 3P8JA 3UXAA 3WJSA 1EPXA 4N4PA 1ZNNA 2DZSA 1GYLA 2V2CA 1BEUA 3UWQA 3Q2DA 1HG3A 4QIUA 1RQEA 3M5VA 3W7JA 1IXNA 4GJ1A 3GXNA 2GQAA 3IIVA 2C3ZA 3NQAA 3L0NA 3LI1A 4RR4A 4WUIA 3LB0A 1FWSA 4CQ9A 3BLEA 3STGA 2Y7FA 1H1YA 3IIOA 4LRSA 4O4WA 1QPNA 3GAYA 4YLWA 3IRDA 3DAQA 1F6PA 1F7BA 3GAKA 3BG9A 1N7KA 5G2IA 1XC4A 2XN1A 2JK2A 2Y61A 3GZ3A 2CZDA 4LC6A 2J27A 4LS0A 4RX0A 1L9WA 1QWGA 4ZMGA 3F1QA 4JTJA 1TB3A 3DI0A 3TQKA 3TX9A 3LOTA 1X7FA 1YXCA 4KFPA 4NT0A 3S0CA 5HQEA 2ALDA 3TSDA 1G67A 1O5XA 1VQTA 1HO1A 2C19A 4NNAA 3HPSA 3O05A 1KLYA 5K9CA 1W31A 4FXSA 4Y96A 1G7VA 2ZRVA 2ATSA 3B0VC 3NQMA 2ATMA 3DFOA 1XUZA 3C2RA 5FEXA 3OIXA 2QCMA 2G5WA 2QUVA 3CEUA 1FDYA 3N14A 4K7YA 4LS2A 4NX5A 4YWIA 3M7WA 3TDFA 5KSWA 1G4EA 3GKFA 5DY3A 2EPHA 2ZA2A 4DF2A 2YW4A 4OBTA 2I9EA 2G97A 3YPIA 2H8XA 1FBAA 3EWWA 3JRKA 1OX6A 2JGQA 5CZ0A 3TNOA 2CLFA 4AB4A 2JKPA 3V1PA 3W70A 2W6RA 1UASA 3N2XA 2FLIA 2ZZ7A 3BARA 1WOBA 4PFMA 4NZFA 1FX6A 3HPZA 3PY2A 4UR8A 5I3KA 4PA8A 5HR7A 4KFOA 4CCEA 3NQ7A 5LGZA 3W3OA 2VEMA 4OQVA 5C54A 3FYOA 3C8FA 1G4SA 3G0UA 4UTKA 3I6RA 4QISA 2OJPA 4YXGA 2A6LA 4CQAA 5BMXA 2OCZA 1IXPA 1PHQA 3NQ2A 4PCFA 1G4TA 5KTLA 2GJNA 1SZEA 1TMHA 3UPBA 1QPRA 3W7DA 1UB3A 3W87A 3LV5A 1FWNA 1ZFJA 3LCLA 3TJLA 1PE1A 2OZ0A 3CIWA 1S5WA 2E09A 3B06A 4GE8A 1WYIA 1M6JA 4YCOA 4BR1A 1K7XA 3QQ1A 5FEZA 4WY0F 3NL6A 3IV3A 2NZLA 2ZFAA 4FX6M 1ZALA 2NXIA 2FQIA 4UXDA 2V2HA 2KZHA 3ABQA 1AG1O 4JTGA 1JCJA 4FHAA 5FF0A 4M5PA 1B4EA 2Y70A 3A21A 3NGJA 5BNKA 4UR7A 1JCYA 5U7SA 4RZ6A 2X1SA 2GUUA 3R89A 4UFIA 5HUOA 1D3GA 3PUEA 2YYTA 3EWBX 1VPXA 1ONRA 3ATYA 3I7QA 4CCDA 1DKWA 4N9EA 1VHCA 3GNNA 3WK0A 1LOLA 2NUXA 4DXVA 3NOEA 5AC7A 1ZJIA 3MHGA 1LBLA 1DJNA 1JVNA 3PS7A 1M5WA 4QM1A 5DCDA 3HG2A 2HS6A 4JIQA 2QJIA 4R7JA 3OVPA 2WV8A 2QCCA 2QJHA 3NR0A 3M5YA 2AQWA 4IWWA 1SR9A 3TR2A 1IIGA 4JTFA 3W1XA 4FIRA 4EOUA 5G1TA 4JYDA 3GVGA 4M6PA 4Y9AA 1VCVA 5DELA 1EWEA 4UFKA 1KM1A 1DHPA 1TRDA 1XM3A 5EBUA 3TU9A 3ZR4A 4I7WA 1K7FA 4PL1A 3FKKA 5G2HA 1WDWA 4HNNA 3MI6A 1N55A 4FNTA 4AHOA 1R2TA 4EIVA 2C0AA 3GDKA 2RH9A 3QFEA 3GDTA 4IX0A 4JTUA 3CU2A 3T78A 4JTTA 2CLHA 4OWGA 3P84A 4Z1BA 1H62A 4NZJA 1G4PA 1Z48A 5K2ZA 3G8RA 1DORA 2DJLA 3NPUA 3G22A 4O28A 4S2CA 1YTDA 3L21A 1N8FA 3UXDA 4QNEA 3M0ZA 2BWGA 1PV8A 5E93A 2FJKA 3G1HA 1TIMA 1VGAA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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