3VINA

Crystal structure of beta-glucosidase from termite neotermes koshunensis in complex with a new glucopyranosidic product
Total Genus 200
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
200
sequence length
472
structure length
472
Chain Sequence
TVYTFPDEFKLGAATASYQIEGAWDENGKGPNIWDTLTHEHPDYVVDGATGDIADDSYHLYKEDVKILKELGAQVYRFSISWARVLPEGHDNIVNQDGIDYYNNLINELLANGIEPMVTMYHWDLPQALQDLGGWPNLVLAKYSENYARVLFKNFGDRVKLWLTFNDPLTFMDGYASEIGMAPSINTPGIGDYLAAHTVIHAHARIYHLYDQEFRAEQGGKVGISLNINWCEPATNSAEDRASCENYQQFNLGLYAHPIFTEEGDYPAVLKDRVSRNSADEGYTDSRLPQFTAEEVEYIRGTHDFLGINFYTALLGKSGVEGYEPSRYRDSGVILTQDAAWPISASSWLKVVPWGFRKELNWIKNEYNNPPVFITENGFSDYGGLNDTGRVHYYTEHLKEMLKAIHEDGVNVIGYTAWSLMDNFEWLRGYSEKFGIYAVDFEDPARPRIPKESAKVLAEIMNTRKIPERFRD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title High-resolution structures of Neotermes koshunensis beta-glucosidase mutants provide insights into the catalytic mechanism and the synthesis of glucoconjugates
pubmed doi rcsb
molecule keywords Beta-glucosidase
molecule tags Hydrolase
source organism Neotermes koshunensis
total genus 200
structure length 472
sequence length 472
ec nomenclature ec 3.2.1.21: Beta-glucosidase.
pdb deposition date 2011-10-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00232 Glyco_hydro_1 Glycosyl hydrolase family 1
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 3vinA00
1IT0A 3OB8A 3ARZA 4AEFA 4UZSA 4UQCA 4NZCA 1J01A 1E5JA 2ZUVA 2WCSA 5M5DA 3WQVA 3AQUA 2NT0A 4PUEA 3N12A 1JZ8A 1PBGA 4MJ4A 3TTQA 1JG9A 5FIPA 3VMNA 4M29A 1V02A 1KCKA 2YA2A 1HX0A 4BS0A 1EQPA 5A6KA 4AZCB 3ZM8A 1PX3A 1V02E 5I2UA 3WQ5A 3LPFA 3CHEA 1E0XA 3CBWA 2NSXA 1QHPA 2J79A 1E43A 3GXFA 1V0KA 3PTMA 4DWSB 3POCA 4ZEPA 4PMRA 1AMYA 2UWFA 2BVDA 2CESA 1BYCA 4F79A 1E5NA 4ACZA 2OYKA 1Z32X 3VO0A 5DF0A 3AIWA 4KGJA 4X0VA 1DWFM 3DHUA 4P7OA 5IFPA 2WKGA 1E72M 4R5EA 2CBJA 2FGZA 3TA9A 1BF2A 5BYWA 5E0CA 4XX6A 1MXDA 2VCCA 4AD4A 1WZKA 3SUSA 5CG0A 3PZUA 2PWHA 3AXHA 4N0RA 1JL8A 2X2YA 2CYGA 2YA1A 3A4AA 2J62A 1C8QA 2YIHA 1FOBA 1G9HA 4E2OA 4YHGA 1UQZA 1FH7A 1J0HA 4F9DA 2WMIA 1CGWA 3GBEA 1QNSA 3WMCA 3RCNA 3GTNA 1XGZA 2WMHA 4AYSA 5FL1A 1BGAA 3GYCA 4YN5A 2YDSA 2ZUUA 2A3EA 4DUWA 3L2MA 2YBTA 2CERA 3VX0A 2VX4A 8A3HA 1Q6FA 4UFHA 1PX4A 1IZJA 4FMVA 4PEEA 3BAIA 2VL4A 3K46A 1UD8A 1UKSA 1UR8A 1IZKA 1WZMA 1V6UA 1CNVA 2E0PA 5HOSA 1PAMA 3WDRA 1V3HA 1E4NA 2CHNA 2BHYA 2EPNA 3W0KA 5CLWA 2YJQA 3CLWA 1PIGA 5D8ZA 5GQBA 1OD8A 4EKJA 2W66A 1Q6GA 3AZRA 2XVLA 3A47A 2W92A 5CGTA 4U5IA 3ZJ6A 1HVXA 1CENA 2J4GA 3ZO9A 2O92A 5A6BD 5A6MA 4CCDA 2A3CA 2XJ7A 3AIRA 4GXPA 1XH2A 4HA4A 5TD4A 3LPGA 2IXVA 1UD2A 2BS9A 5LA2A 4E8CA 2XIIA 4MTVA 1GW1A 5GNXA 4FLOA 4K68A 1OBAA 3WEMA 4TTUA 2W91A 1VEOA 1HJSA 4D71A 4E8DA 1QI5A 3LPPA 5GPRA 2FDMA 5IXEA 4HMDA 4OOZA 3VUPA 2YL5A 3WD1A 2BVYA 1HKMA 1EHAA 3LMYA 2GJXB 1DWAM 4J7RA 1BHGA 4CU7A 5JIWA 3I3BA 4GI6A 1W2PA 1KBKA 5CGMA 4HMCA 1X1NA 2XVPA 2EQDA 2VRKA 3FAXA 2J7FA 3BAXA 2WVUA 4TTGA 1U2YA 1CZ1A 1B9ZA 1UKOA 3VTRA 1VEPA 1GUVA 2CBIA 4F9JA 5A2CA 2QMJA 4Y7EA 5AC5A 3WH5A 1GQJA 3CMJA 2W5FA 4JKLA 2DT2A 1WP6A 4IUGA 1V3JA 3CZKA 3WUGA 1V6XA 3F5LA 5CPSA 1GQLA 3O9NA 3MKKA 1TVPA 1E9LA 2J74A 1HF6A 5EB8A 5LYRA 3KE0A 3AS0A 2IUZA 1FFQA 3NDZA 1WDSA 3K8MA 4QDMA 2F8QA 5HNNA 3AXXA 1WZLA 2HVMA 1NOUA 5A69A 3B9EA 4BCEA 2J77A 4QCFA 1F4HA 3AFBA 4DUVA 1EQCA 2XFYA 1GJWA 1E40A 1QNOA 1SMAA 2G3MA 4GIAA 4JAWA 3WELA 4DWSA 2X0HA 5KEZA 3GBDA 3VIIA 2OWCA 2OSXA 4J28A 4KWUA 3WNMA 2UY2A 1JI2A 5A8MA 1CYGA 2XSBA 1B31A 4JKMA 1A3HA 4LYRA 4TUFA 4CCCA 3MANA 1LF1A 3UG5A 3W38A 3ZT7A 4J3TA 3K4AA 1V6VA 4V2XA 3RMEA 5DFAA 1TR1A 4J3VA 1C8YA 5A8QA 1KWKA 3WUEA 1XYFA 2VR4A 4UR9A 4AD1A 1E6PA 3AHZA 1QBBA 4TVUA 5A6AA 2DSVA 4URIA 5D9MA 3S6TA 3UERA 1E56A 1JI1A 3GM8A 4XV0A 1UUQA 1CGXA 2BHUA 3VDAA 3SCVA 5A8OA 2WSKA 3ARRA 1FH9A 4B16A 3EYPA 3JUGA 3QOKA 4JKKA 1E4LA 4M81A 1V3IA 2D2OA 3ZMRA 5A8NA 4GI8A 2RGLA 1ISZA 4BF7A 1EO7A 2WCAA 2G4FA 2WAGA 4PCSA 1JFHA 2Y4SA 3CH9A 5IHRA 2V3DA 4C7GA 1FH8A 4V27A 4CUCA 1JYVA 1R7AA 3SCNA 3D5HA 2JEQA 2O9PA 1W9BM 2ZWZA 3AMCA 3CUFA 5DO8A 3VPLA 4UOJA 2PB1A 4AZHA 2XIBA 4MJ2A 3OLDA 3K1DA 3W82A 1FP9A 3HN3A 5EMYA 4W7WA 3WF1A 1HP4A 3VKKA 1H3GA 5A1AA 2TAAA 2X8RA 5I23A 1LWJA 1BAGA 1E6RA 1FA2A 2J78A 4H8VA 5FD0A 3RILA 3WEZA 4OJYA 1LWHA 2DPEA 1OGGA 4P7NA 4GINA 1X6LA 3FXYA 1FFRA 4GQQA 1O6IA 4MDPA 5HBFA 2XVNA 1S46A 4MNLA 4WKFA 1CTNA 2VZTA 2OLHA 3L4VA 3WMSA 4D6DA 2YDQA 2VC9A 2WC7A 1G5AA 3AHVA 5M3WA 2BY3A 2WPGA 1NOWA 4TVCA 1K9EA 5AYIA 3NIYA 1C3FA 1GCYA 2YKKA 1B3WA 1GORA 1M01A 3L2LA 3S2CA 1ISWA 1Q6CA 2ZWYA 3K8KA 2V3EA 4AZ6A 2VUYA 3GNPA 4LYQA 4AXNA 2J47A 1QVBA 1OGBA 1V03A 2FGLA 2X09A 3GH4A 2PI6A 4ZFMA 5ABGA 1PZ2A 2WB5A 3VIGA 1NARA 2HISA 3W27A 5AY7A 3KZSA 4UQBA 1UKTA 3AHTA 5M17A 4DWSC 3VX1A 1A47A 3VINA 3N04A 1B30A 3VU2A 4M82A 4AZBA 1EIBA 1TG7A 4RL3A 3GXIA 3OIHA 1XH1A 1QW9A 5BRQA 4KMQA 4J3SA 3PZMA 3VIOA 4WKHA 3AS2A 1HXJA 2OYMA 4CD8A 4RE2A 3TP4A 4PMNA 1G94A 1UZ1A 3WSUA 2A3HA 2Y8VA 1J0JA 3NDYA 1ODUA 1J12A 3OGRA 3MUZ1 5AYBA 3K4DA 3D3AA 1OIFA 4IPNB 1JDAA 1L8NA 4Z2JA 3SCOA 5A6JA 3CUIA 1QI0A 1XRVA 1JYXA 3CZLA 1BSIA 4W8AA 1QI3A 1JZ3A 3SEPA 2IXUA 3MUAA 4EE9A 1E6QM 2ZICA 3AXIA 3ARQA 2ZUTA 1L0PA 1VBUA 5ECUA 1TZ7A 1UA7A 3EBVA 4QCEA 1JAKA 1KXTA 4AIEA 3AROA 2ZUSA 3CIVA 2DIEA 3PZIA 2WKLA 2J7EA 2XVGA 4AISA 2WNWA 3WD4A 3CGTA 3O6AA 2WHJA 1VENA 4W5ZA 3SCUA 2ZXAA 3ZR6A 1C90A 2XPKA 3ARUA 2VVSA 3W6MA 3VDCA 3W28A 1M53A 4HP5A 5CZKA 1JZ4A 3AYRA 3MSDA 1WPCA 4ACYA 3KEHA 3W26A 2XTKA 3W81A 1VFOA 1BFNA 3WBAA 3WQ8A 1BPLB 4RE3A 1JDCA 4UQEA 3RJYA 3BSHA 2V3GA 3THCA 4V28A 5ABFB 4A3HA 1CXIA 1GJUA 3EDDA 4CN6A 3AZSA 2XG9A 1M04A 1W3LA 1UWTA 5I77A 2J8FA 2OSYA 2BXZA 4Z2LA 3WH6A 4H8UA 5F7UA 3VGBA 3WNPA 4MNKA 2Z1SA 1JZ5A 1R8LA 1VJSA 2VO5A 4C7FA 4TOQA 2BXYA 1R87A 3PBGA 1K9TA 3NSXA 4U2YA 4BQ2A 1KWGA 4ATLA 1MXGA 1CGVA 3UG3A 1SMDA 3T2OA 1H1NA 1W32A 3EMQA 4JFVA 2W62A 1KQZA 1OB0A 2YL9A 5I3DA 1WO2A 1GQIA 1JGIA 1OCQA 3EDJA 1RP9A 3BAWA 5A6SA 1D3CA 2CIPA 4Z2KA 1JF5A 1UWQA 3DHPA 4M24A 1NWRA 2A3AA 4AC1X 1KB3A 4P8XA 2E8YA 4BA0A 1UR2A 4PMVA 2GJPA 1OWQA 1E6XM 1UR0A 3WMBA 4WIWA 5KZ6A 1XYZA 3L4XA 1R85A 4JL2A 9CGTA 5E70A 4PTWA 3THDA 2DH2A 3WD2A 1WZAA 4CD6A 1E3XA 3OZPA 3PZ9A 2CEQA 1H41A 2GJRA 2DSWA 3F5KA 3VVGA 1OIMA 3EDFA 3TOPA 3WF4A 1V3LA 1XH0A 2PWGA 2D0GA 3WNKA 4IISA 2E3ZA 2VOTA 1UD6A 3UG4A 3VD5A 5JUVA 4S3KA 2VX6A 2GVYA 5A8PA 3EDEA 4UCFA 3M7SA 1N82A 2C0HA 2O9OA 1CGUA 1C7TA 3WN6A 4P8VA 2WMFA 3W29A 1DWHM 2RGMA 2WZHA 2XGIA 1UH2A 4M80A 1H4PA 1KR1A 1W3JA 4GZJA 5HPCA 4D6FA 1W1TA 1R7OA 1CXKA 4E4PA 2XWDA 5BROA 1XD1A 3RM4A 2G41A 1ZB5A 3WDPP 4JFWA 4QFUA 5E0FA 4PSRA 1FHDA 1KXVA 2PBGA 4AD2A 4Q7NA 1Q4NX 1UH4A 5BXSA 1DHKA 3AIBA 3IK2A 3UR7A 3W4RA 2EPKX 1MW1A 3CHFA 4H2CA 1HT6A 6TAAA 2J7HA 3N13A 3BMWA 2WLZA 3BAKA 1JNEA 4HTYA 1SFSA 4JFSA 3L4TA 4P7LA 2G8ZA 4UZUA 2W67A 3SUUA 1DWIM 4CU6A 4CD5A 4Z2IA 3HJEA 3CZEA 3G6LA 2ZX5A 3TTOA 4XB3A 5JBFA 1ZU8A 3VD9A 3WF2A 3VGFA 3L4WA 1JAEA 2W63A 1DWGM 4C7DA 3F4VA 2D23A 1CPUA 1JZ7A 1CXEA 2YDRA 4MB3A 4AZIA 3AMGA 2QPSA 2WBGA 4FLRA 1SYTA 1H5VA 4OUEA 3ARPA 1BGGA 2DT3A 3E1F1 3GXDA 4PMZA 3AISA 3BCFA 3KL0A 2D0FA 3CZGA 4JCMA 3BLPX 1LL7A 4FLQA 6A3HA 1W3HA 3B8SA 5JBEA 4JL1A 3A6OA 3VDBA 3CZJA 4U31A 4GKLA 3HU7A 2EPMX 4PMUA 5GNZA 4D72A 5CXPA 1HNYA 1ODZA 4LYPA 3OGSA 3SUTA 1WDRA 2W61A 1PX8A 5GNYA 4PSPA 3KL5A 2YA0A 3T09A 4MDOA 2D3LA 1O7AA 3OGVA 5ABFA 3TTSA 1H09A 1IV8A 2DEPA 4CN4A 4UOZA 2ESCA 2Y5EA 1CECA 2ZXDA 3OZOA 3KWXA 3WQ4A 3WFLA 3CUJA 1KBBA 3AIVA 3GXMA 5E6YA 5DEZA 2ZXBA 3WH8A 1XHGA 3MS8A 3SURA 4W85A 2UY4A 3PZVA 1GPFA 2YL6A 1TE1A 3CMGA 5D9NA 3BAYA 4X0NA 3ARVA 3WDQA 4Z2GA 1E3ZA 4OBRA 4QP0A 4HZ8A 3AHXA 2CBUA 2C7FA 1EDQA 1KGXA 1LL4A 2QHAA 4HZ6A 1PEZA 3M07A 1GOOA 5IFTA 5I78A 2BY1A 4PBGA 1CLXA 1QHOA 3GH7A 4LX4A 3VIMA 3PTKA 1EOKA 4OOUA 4CVWA 1D7FA 5EFFA 4NRRA 5FCZA 1XC6A 2VRQA 1MW3A 5C8BB 3AICA 4TXEA 1ZJAA 1U30A 4TX6A 3W6LA 2ZUWA 2XHYA 2ZUNA 1V0MA 3G6MA 2Q8XA 1JXKA 3MV01 1RD6A 5I79A 1ZJBA 4EAMA 1J0YA 3ZSSA 5D9OA 1BG9A 3NYDA 1V08A 3AOFA 4F8XA 4PMDA 5BXRA 1M03A 4PMXA 3VM5A 3WUFA 1DTUA 1HJWA 2G3NA 4KRTA 1QOXA 2CCRA 2D20A 4M56A 1XSKA 2G3JA 3N11A 3WBEA 3ARSA 4CD7A 1UWRA 3NSNA 3ARYA 1KXQA 1J10A 1HIZA 1UR9A 2JFEX 2QV4A 1OSEA 1B2YA 4HA3A 4GO9A 5CLTA 1EDTA 4W93A 1MWOA 1EGZA 4WK9A 1E55A 4U33A 2VR5A 4FK9A 1V0LA 4UFLA 2CKRA 4IM4A 5JIPA 2D1ZA 4XUYA 1ISXA 5C71A 2VZVA 1NH6A 3OLEA 4W5UA 2AMGA 3MSGA 2V5CA 4JHZA 3VIHA 2V38A 1E1EA 3APGA 4BQ3A 1Q6EA 1UA3A 3WL1A 1VFFA 5A6LA 5IHSA 1UWIA 2DSZA 2BY2A 1B3XA 3MUY1 4MPKA 2ZX9A 1VBRA 4ML4A 1US3A 3A4WA 1NWSA 5EBAA 3RIKA 4OZOA 1AQMA 3GH5A 3NSMA 1KFWA 2B31A 2BNJA 2XGBA 4W86A 1OT2A 3BMVA 2NW0A 4ZENA 4ZE4A 3VMOA 4HOZA 1V6WA 2PWFA 3VOCA 3VNYA 4MB4A 3ARWA 3DECA 1GOKA 1GOQA 3AI0A 2QF8A 3FW6A 1ECEA 4MAZA 2PF0A 2GK1B 4CU8A 3AJ7A 3WH7A 2ZX6A 3WDIA 1YQ2A 4PTMA 2CPUA 1OM0A 2VJXA 1CWYA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1IT0 A;  3OB8 A;  3ARZ A;  4AEF A;  4UZS A;  4UQC A;  4NZC A;  1J01 A;  1E5J A;  2ZUV A;  2WCS A;  5M5D A;  3WQV A;  3AQU A;  2NT0 A;  4PUE A;  3N12 A;  1JZ8 A;  1PBG A;  4MJ4 A;  3TTQ A;  1JG9 A;  5FIP A;  3VMN A;  4M29 A;  1V02 A;  1KCK A;  2YA2 A;  1HX0 A;  4BS0 A;  1EQP A;  5A6K A;  4AZC B;  3ZM8 A;  1PX3 A;  1V02 E;  5I2U A;  3WQ5 A;  3LPF A;  3CHE A;  1E0X A;  3CBW A;  2NSX A;  1QHP A;  2J79 A;  1E43 A;  3GXF A;  1V0K A;  3PTM A;  4DWS B;  3POC A;  4ZEP A;  4PMR A;  1AMY A;  2UWF A;  2BVD A;  2CES A;  1BYC A;  4F79 A;  1E5N A;  4ACZ A;  2OYK A;  1Z32 X;  3VO0 A;  5DF0 A;  3AIW A;  4KGJ A;  4X0V A;  1DWF M;  3DHU A;  4P7O A;  5IFP A;  2WKG A;  1E72 M;  4R5E A;  2CBJ A;  2FGZ A;  3TA9 A;  1BF2 A;  5BYW A;  5E0C A;  4XX6 A;  1MXD A;  2VCC A;  4AD4 A;  1WZK A;  3SUS A;  5CG0 A;  3PZU A;  2PWH A;  3AXH A;  4N0R A;  1JL8 A;  2X2Y A;  2CYG A;  2YA1 A;  3A4A A;  2J62 A;  1C8Q A;  2YIH A;  1FOB A;  1G9H A;  4E2O A;  4YHG A;  1UQZ A;  1FH7 A;  1J0H A;  4F9D A;  2WMI A;  1CGW A;  3GBE A;  1QNS A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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