3VKJA

Crystal structure of sulfolobus shibatae isopentenyl diphosphate isomerase, octameric form
Total Genus 134
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
134
sequence length
363
structure length
363
Chain Sequence
IVNRKVEHVEIAAFENVDGLSSSTFLNDVILVHQGFPGISFSEINTKTKFFRKEISVPVMVTGMTGGRNELGRINKIIAEVAEKFGIPMGVGSQRVAIEKAEARESFAIVRKVAPTIPIIANLGMPQLVKGYGLKEFQDAIQMIEADAIAVHLNPAQEVFQPEGEPEYQIYALEKLRDISKELSVPIIVKESGNGISMETAKLLYSYGIKNFDTSGQGGTNWIAIEMIRDIRRGNWKAESAKNFLDWGVPTAASIMEVRYSVPDSFLVGSGGIRSGLDAAKAIALGADIAGMALPVLKSAIEGKESLEQFFRKIIFELKAAMMLTGSKDVDALKKTSIVILGKLKEWAEYRGINLSIYEKVRK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Substrate-Induced Change in the Quaternary Structure of Type 2 Isopentenyl Diphosphate Isomerase from Sulfolobus shibatae.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Isopentenyl-diphosphate delta-isomerase
molecule tags Isomerase
source organism Sulfolobus shibatae
total genus 134
structure length 363
sequence length 363
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 5.3.3.2: Isopentenyl-diphosphate Delta-isomerase.
pdb deposition date 2011-11-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01070 FMN_dh FMN-dependent dehydrogenase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3vkjA00
2GQ8A 4KFNA 3SECA 3M7WA 3PBUA 1RR2A 3EWXA 3G1AA 3WJSA 2EF9A 3ZFHA 5D2TA 2VENA 1G7UA 5G2WA 1ME7A 3G1FA 3LCHA 1W8SA 1I2NA 3PBYA 1E51A 1WBJA 2RKXA 2DJXA 3IGXA 5F4SA 4S2BA 1K7XA 2B7NA 3EX4A 4LVGA 2QR6A 4PFMA 3EX1A 5AHIA 2QUUA 1OFPA 1FY6A 4DPQA 2O7SA 3QW3A 4O50A 3FEMA 1TYGA 3MBDA 1ZCOA 3STGA 3EX2A 2ZRYA 1TPUA 1MEWA 3PC0A 4ALDA 1BWKA 1C9DA 1GG1A 3L0NA 4XBKA 1FDJA 2VC6A 3NQEA 3RU6A 4LV9A 5J5DA 1P4CA 2NUXA 1Z42A 5TBOA 3ABOA 3ANYA 3IIPA 3RK8A 4Z1CA 3TK7A 4JTSA 4O53A 3U8GA 4QITA 1OX5A 1WOAA 3CIWA 3MWAA 2ZZ2A 2GUUA 5D2VA 4CCDA 2OCZA 1IIGA 1DOSA 4UMAA 1JULA 1H7PA 1FWTA 1X8FA 4EVZA 4AB4A 3P62A 3T55A 3IVTA 1DHPA 1YDOA 3OA3A 1UB3A 1TMHA 2C16A 2QJGA 3NL2A 1P0KA 5IBXC 1MZHA 1FCVA 3E96A 2A7PA 4CNPA 1TPB1 3LHTA 1W5MA 3T78A 4MJMA 5H91A 3HGJA 2E5CA 1U83A 3A5FA 1J4EA 3UD6A 1R30A 4OV4A 1PIIA 3EEGA 2ZZ4A 5A5WA 3TH6A 3W23A 2P10A 3FIGA 4IXHA 1RV8A 3GYEA 2V82A 4UFHA 3N3MA 2DZSA 3S5ZA 5G4WA 2BSLA 2C14A 2GJLA 4ORMA 3W83A 1RZMA 2WSYA 4Z1BA 1SPQA 3UYCA 1CI1A 3C4UA 3DHDA 2CLHA 4WX2A 1JCXA 3NM3A 3LB0A 1SW0A 3G1VA 1MXSA 1L6YA 1JRCA 3WFAA 3WJXA 3GVGA 4S1FA 3ATZA 3M44A 4LNYA 5LGXA 3PG9A 4N6EA 4CQ9A 2CLOA 5K3VA 7TIMA 5F2LA 1KTNA 4P2VA 3L0GA 2Y7DA 3A9IA 2XN1A 4MFDA 3O15A 4Q4KA 5D02A 5H2ZA 5HULA 1H7RA 4LTSA 1QPNA 1J5TA 3DHFA 1JUKA 3S6DA 3W22A 2H8ZA 4OU1A 2P1FA 3HMJG 4CCEA 2J6XA 1ADOA 3W07A 2A85A 3JRKA 3PBVA 5T26A 3QC3A 5KINA 4JTEA 4OQVA 1QMLA 2E09A 3M0ZA 4GUJA 4BFAA 3N2MA 3LHZA 4EWND 3G3MA 1CX9A 3W2UA 1P0NA 3W85A 4N6FA 2WSRA 3UY8A 3LCIA 4N9EA 3RMJA 3O6CA 1LTDA 1VZWA 4FX8A 5DCEA 3M5VA 4O28A 1YXYA 5I3HA 4DXVA 2Q3OA 6ALDA 2E6AA 4LRTA 3W7GA 4IX2A 4QNEA 4WQ6A 4MOZA 3O16A 5LNUA 3TU9A 2CZDA 3QPZA 3EWBX 4YMZA 4IXXA 3TA6A 5D30A 5KMYA 4FNTA 4BWLC 4NZFA 3VCRA 4A21A 1ICSA 2V8ZA 3W2KA 2NXIA 2ZCGA 4AAJA 2HTMA 3G0SA 3P84A 4DF1A 4M7SA 1AW2A 2I14A 4K7VA 1LP6A 3PAJA 1X6UA 1QFEA 5EMUA 4RZ5A 5LNRA 2G96A 3G22A 2OZ0A 4AH7A 3G1SA 3OVRA 3FJ6A 4NJGA 1ME9A 5D2XA 1D9EA 3N73A 4UTTA 2AAMA 2Z6IA 2B0MA 4LS1A 3I68A 5AN7A 4ZQNA 2FTPA 3NR0A 3W1AA 4FIQA 1X7FA 1O60A 2X1UA 3S8HA 3GDRA 3Q58A 1VYRA 1OFDA 4IMDA 3LRKA 4E2BA 1ZFJA 1MO0A 3SGUA 3NQFA 4FX6M 2ISVA 2YXGA 3MHGA 4O14A 2FQIA 3QMRA 1I2RA 2PRMA 1JR1A 3W1LA 3CWOX 1L2UA 4R34A 1GQNA 2RFGA 3VI2A 4MY9A 4U28A 1LBFA 4DQWA 1O94A 3P61A 3N9RA 1GYLA 1KFLA 2WPBA 3UWVA 4EIVA 1KFCA 2HS6A 4L4LA 5I3FA 1OF6A 3U2OA 1I8JA 2D73A 3ATYA 5CSRA 3G18A 4X3ZA 3TC6A 1XUUA 1KM2A 4DBEA 3P60A 1TPDA 4S2CA 3LTPA 5FF2A 1K7EA 3GK0A 1UJPA 4DPPA 1GZGA 4K8EA 4OGZA 1EUAA 3P82A 4HN4A 3CU2A 2V2CA 4RXFA 3DH7A 3W1TA 4IMCA 1S5TA 4LUJA 5KZEA 2WO5A 2HMCA 3P74A 1KLYA 3TKFA 5U4NA 1OFOA 5TIMA 3GZ3A 3KAOA 4GC4A 2GVJA 1F5ZA 1W5NA 3W7EA 3TQVA 3L2IA 2X1TA 2X16A 4N9BA 4X2RA 3W7RA 3PUEA 3WJWA 4UIOA 1HFBA 1A53A 1DKWA 3DFOA 3ABRA 3W7KA 3IRDA 2QDHA 4CCCA 2V0TA 2OT0A 4LRSA 3HG3A 2G5WA 4M6QA 4WY0F 3PR2A 1QDSA 1H7WA 2V9DA 4AF0B 4KFPA 4RZ6A 1T8XA 3R2GA 4M7TA 1FXQA 4UNLA 3IVSA 1FWNA 1QOPA 4ZQOA 3CHVA 3W3OA 4EF9A 4EOUA 4ADTA 3HF3A 2V2DA 2DORA 3RLVA 2XFWA 5FEZA 1WV2A 4AMAA 1K7FA 1XXXA 2NV2A 4OT7A 2W6RA 3IIZA 4HT3A 4IWWA 1VJIA 5FEWA 1W3NA 3LHVA 2QEZA 1OYCA 1KBIA 1EP1A 4BWLA 3ZR4A 1VCFA 3NQCA 3F03K 4JTTA 1ZJIA 4UR8A 1ME8A 5D05A 1T99A 2JKAA 4WZHA 4MLJA 4YWIA 4FF7A 2OX1A 1TJPA 3S1UA 1PCKA 2CZFA 3MMTA 4AF0A 3NQVA 4U4MA 4FX7A 4O1DA 5L9FA 5G1TA 1TV8A 1SZEA 2ZZ6A 3L67A 3BG9A 4ZQPA 1ONRA 1P5BA 3Q37A 1S5VA 3ZWSA 1ZAHA 3ELFA 4TX9A 3TJLA 2JK2A 4HNTA 5DLCA 1GYNA 1TPC1 3HG5A 4NT0A 2ZTKA 2C1HA 2QJIA 3EXTA 3MHUA 4RKAA 1Q6QA 2A21A 2Y7GA 3LTYA 4UXDA 2NUYA 1GVFA 2PURA 2ZDRA 3KVKA 4WY0B 2ISSA 3W7MA 3HG2A 1PCWA 4BK9A 1TB3A 2B7PA 3LTSA 4MZ8A 2NV1A 1J2WA 1WDWA 1IXNA 1QO2A 4A2SA 4XZ9A 3SFKA 2PRHA 3UNDA 1QCWA 4M5PA 3V75A 3M43A 4JTJA 1VPXA 4TO8A 3C2OA 3DKJA 2J9XA 2PE4A 1XFBA 5KTLA 5K4XA 4AVFA 1R2RA 3W7HA 4LS2A 2BTMA 4YLWA 1TJRA 4NXKA 1XM3A 3SI9A 3W2NA 2A2IA 3E02A 5DY3A 1C29A 1TPVA 1LM1A 5MHBA 1HUVA 3B0VC 5HR6A 4AWSA 3HGOA 3PWAA 5HWMA 3FLUA 1F05A 3W7LA 1YTKA 2W79A 1THFD 4WY0A 3O1NA 3W70A 3KVMA 5FF3A 3GX9A 5I3IA 5AYYA 1EX5A 1OX6A 2YZRA 2YX0A 2WNZA 4LUIA 2QCNA 2W0UA 1RPXA 1ZALA 4B5NA 5AOUA 5K9XA 1TO3A 1F2JA 4LC6A 4A22A 2ZZ5A 3NVTA 3DKLA 2QAPA 3BGGA 1VHNA 4K38A 3W7CA 4JYEA 3TSDA 3TC7A 1A50A 3S42A 5LKYA 3QPYA 4MFEA 3G8EA 1SO5A 1JCYA 1NFBA 5HINA 1KFKA 3PSVA 3WK3A 3N14A 3MUXA 2FB2A 4MY1A 3GDLA 1H51A 5CZ0A 2FIQA 1DJQA 1VRDA 1IXOA 4PODA 2ZZ1A 5C2XA 2NZLA 1V7YA 3TR2A 1JCMP 1SO4A 3O6YX 4YCOA 1LOQA 3PSWA 4QSHA 3CLMA 3DI0A 2RDTA 1AW1A 2ISWA 4Z08A 5E1QA 1I2OA 5FEPA 4Y8FA 3NDOA 3NO5A 3NEVA 5HUOA 4UR7A 5E93A 5CPOA 1HTIA 4O11A 1G4TA 1MSSA 3MYOA 1A5CA 4M6VA 4C1KA 1I2QA 2OT1A 1NAL1 3L5LA 2QDGA 4RLIA 2C13A 4X9SA 1V5XA 4OV9A 2KZHA 3VE7A 1D3HA 1WBHA 2J88A 2H6RA 5DBUA 1OFBA 4XUGA 3H53A 3SW6A 3BV4A 5G2HA 1KM4A 4IJBA 1OG0A 1EUNA 4JX4A 4UFMA 1K02A 3T7VA 1TSIA 1H63A 3TX9A 2X2GA 5D09A 2TSYA 2NWSA 3NOEA 5A8GA 5EL1A 3WK0A 4XKYB 4UTLA 1PVNA 2CLLA 1H7XA 1ZAJA 1Y0EA 3GDMA 5AHFA 4HSNA 5F1UA 3PVFA 5AFDA 1M7OA 1LZOA 3NL5A 3C61A 3JR2A 2FDSA 2ATSA 3UWUA 1FUYA 3NGJA 4NJIA 4LT9A 5LNSA 3QRHA 4GFSA 2G97A 1ZY9A 4R33A 1I45A 4YL2A 1EP3A 3BLFA 2JKEA 1L6SA 1TTJA 3MYPA 1H61A 2VEPA 3NQMA 2QCGA 5LNVA 2V5LA 1YLVA 4K36A 2O7QA 5BNKA 3A24A 1HL2A 4QQ3A 1K03A 1N7KA 4P61A 1Q6LA 5C5YA 1HG3A 1DL3A 1QOQA 1JQXA 1A5AA 4XKYA 5I3GA 2Z6JA 4XQ6A 4DO6A 1FCUA 3DFQA 3L5MA 3I7RA 2FPTA 2ALDA 2NXGA 1FX6A 1AG1O 3ABQA 3VNDA 1Z48A 4A3UA 5AHLA 3V1PA 2CLKA 2YW3A 5AHMA 2I9EA 5EKYA 3LCXA 4I7WA 3BO9A 1FDYA 4O1CA 4UMBA 3TE9A 2A7RA 5AC8A 2Y61A 2F7FA 3U6WA 4O0KA 3W86A 5D37A 1F6PA 1OVDA 1ZNNA 3GIYA 1EEPA 5CZJA 1EWEA 3TMQA 2A0NA 2YCEA 1BTMA 1PV8A 2E5DA 4MVAA 2GQ9A 2DZXA 5F4WA 3W1NA 3W7DA 3B0UX 2DZTA 4UCGA 4N4QA 3QSTA 4K37A 1JQVA 3FA5A 8TIMA 2VKZG 3HPZA 3BGJA 3R89A 3B03A 2PCQA 5TQLA 4MY8A 1R46A 3C2VA 1G6CA 2YFNA 3M16A 4POCA 4GE8A 1UUMA 4I7UA 5F4XA 3C0JA 2R14A 3TSBA 1WAUA 3B4UA 4W9TA 2VEIA 3NPWA 4JY9A 3RFAA 3GXPA 1PL9A 3G24A 3O63A 2C0AA 3E0IA 4ADUA 4O0ZA 3PULA 5HQEA 4JX6A 5AHNA 3LCGA 4O8RA 3FJLA 1U5JA 5CKSA 3O8AA 4NNBA 1OK4A 1H1ZA 5K9CA 3DENA 2EAWA 2ZYFA 3QH2A 3W71A 5F1VA 1JCNA 3PS7A 3SIZA 5CPMA 3FKKA 3EKZA 1CW2A 1IF2A 3O6DA 3CPRA 1W54A 5CGQA 4ZZ9A 5BRBA 4UFIA 2E6DA 1JCJA 5AYXA 4Q33A 1GWJA 3HBLA 1KFJA 2A1YA 3PG8A 1IXQA 3EB2A 4H4IA 4DELA 5EY5A 3UPWA 3QF0A 3ZS4A 1WOBA 1Z41A 2F84A 4CLMA 1W56A 4K7YA 2B7QA 3MP4A 4JN6A 2J24A 2WV8A 1QAPA 1W37A 1G4EA 1Z44A 2YPIA 2YR1A 3W9ZA 3P5YA 4MKNA 2X1RA 3CC1A 4GRSA 2NX9A 3INPA 5LSMA 3AJXA 3UXAA 3GR8A 5FI8A 1L9WA 5KITA 3STEA 3DAQA 4JD4A 1LDCA 1VGAA 4Y9AA 1C8VA 3BARA 4E38A 4YCPA 3FOKA 2WNQA 1LCOA 3RNDA 4I7VA 2C19A 3LI0A 3W6YA 4MLRA 5EBUA 3M5XA 4JTFA 3M5YA 2YYTA 4UMCA 3UXDA 5IBXA 3TAKA 1SW7A 4LOCA 1GTEA 2FFCA 3TAOA 1NF0A 4IMGA 3DXIA 1FWSA 2V81A 3G1YA 4UTUA 1ICQA 2Y89A 4K6AA 3T44A 3W2LA 2NUWA 1QO5A 1WYIA 2NLIA 4OE7A 3EXRA 1IIHA 1LRTA 4WXZA 3TUUA 1UUOA 1VC4A 1H7OA 3LBCA 5LHFA 2TMDA 3STCA 2WJZA 1QR7A 4RJEA 2CLIA 4NNAA 4O52A 3W75A 3LI1A 3M6YA 3BPWA 1SUXA 1AW5A 3OVPA 1X1ZA 2ZA1A 3LRMA 2Y85A 4FNUA 1RQBA 3MI2A 3G1DA 4NU7A 4FNRA 2Y7EA 3S5OA 1I4NA 4ZVJA 3TQ0A 1TPEA 1F73A 1XUZA 3L66A 3HOJA 3P5ZA 4O1AA 3W1MA 1XBZA 4N9DA 2ZZ3A 2ABBA 1KM1A 1VH7A 3DFNA 3FKRA 4Y96A 1A5SA 4O19A 1A5BA 2ZBTA 3R5EA 2DZUA 4JY8A 5CPNA 3GNNA 3W7PA 2QCCA 4E2DA 3LHYA 1JUBA 1AL7A 3NQ6A 4Y6GA 4DO5A 2ATMA 3A22A 3E49A 3RF9A 4NXSA 1GOXA 4FNQA 3LHUA 4GXMA 5FF0A 5CPLA 1GT8A 3A5VA 1LRNA 2ZA2A 2GOUA 3GKAA 2TPSA 3LDVA 3M47A 5FEXA 3S1VA 4NJHA 3OBKA 4GWEA 1UBSA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3G5E A;  3APT A;  4KFN A;  3SEC A;  3WJS A;  1E56 A;  5D2T A;  1J10 A;  1G7U A;  1R38 A;  4XD4 A;  5G2W A;  1XIN A;  1C93 A;  4V15 A;  3G1F A;  3LCH A;  1W8S A;  1I2N A;  3PBY A;  4HPG A;  1E51 A;  4TV5 A;  2DJX A;  2B7N A;  3GHR A;  3EX4 A;  3E3H A;  4LVG A;  1AQH A;  4P8V A;  3W4R A;  5AHI A;  3PZQ A;  1FY6 A;  1XLF A;  1QK0 A;  2GK1 A;  1XYL A;  2O4M A;  3WNN A;  3WEN A;  3SIM A;  3FEM A;  3THD A;  1UZD A;  2ZRY A;  3KE0 A;  1TPU A;  1MEW A;  3PC0 A;  4ALD A;  1BWK A;  3UBP C;  4CD4 A;  1GG1 A;  1EQC A;  1QBA A;  4XBK A;  3B8S A;  3RU6 A;  5J5D A;  4NAF A;  2NUX A;  4H8N A;  2WMI A;  5CC3 A;  3ABO A;  3ANY A;  4DZH A;  5AVN A;  4QIT A;  1EF3 A;  2O56 A;  1CXK A;  3BC9 A;  3CIW A;  1HKV A;  1XID A;  2ZZ2 A;  2OCZ A;  4UMA A;  1H7P A;  1X8F A;  3P62 A;  1DHP A;  2ZIC A;  4A05 A;  3NL2 A;  3KZS A;  3WDR A;  1FCV A;  3UNT A;  3S83 A;  4A8R A;  1E71 M;  4GIY A;  4C6C A;  2XVL A;  3T78 A;  1QI4 A;  1TV2 A;  4J3V A;  1TR9 A;  3S2L A;  3ERP A;  1J4E A;  1UWQ A;  3GC2 A;  4BEQ A;  4MUP A;  4Q8V A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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