5C6MA

Crystal structure of deoxyribose-phosphate aldolase from shewanella halifaxensis
Total Genus 100
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
100
sequence length
247
structure length
247
Chain Sequence
MSDLKKAAQQAISLMDLTTLNDDDTDQKVIELCHKAKTPAGDTAAICIYPRFIPIARKTLNEIGGDDIKIATVTNFPHGNDDIAIAVLETRAAVAYGADEVDVVFPYRALMEGNETVGFELVKACKEACGEDTILKVIIESGVLADPALIRKASELSIDAGADFIKTSTGKVAVNATLEAAEIMMTVISEKNPKVGFKPAGGVKDAAAAAEFLGVAARLLGDDWATPATFRFGASSLLTNLLHTLEL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Lyase
source organism Shewanella halifaxensis
publication title Trading off stability against activity in extremophilic aldolases.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Deoxyribose-phosphate aldolase
total genus 100
structure length 247
sequence length 247
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 4.1.2.4: Deoxyribose-phosphate aldolase.
pdb deposition date 2015-06-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01791 DeoC DeoC/LacD family aldolase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 5c6mA00
1XUUA 2WKJA 2EKCA 1SQ7A 4CLMA 5HR6A 1M7OA 4O15A 1ZY9A 2QEZA 2R14A 5I3GA 3W87A 1VZWA 5CPNA 4AHQA 3GDMA 3O6YX 1JUBA 4QITA 2FDSA 2FJKA 3M7WA 3NQEA 3VFLA 1WBJA 2YFNA 2NX3A 3GDTA 5FI8A 3W86A 2B7QA 3QQ1A 1RPXA 3HJZA 4K37A 4NQ1A 3G22A 4X22A 3W3OA 3UYCA 3I68A 2R91A 3QSTA 3VI2A 3ZWSA 4HIBA 3N9SA 2ZZ5A 1SR9A 1WV2A 3FOKA 4MLRA 1OVDA 2E5CA 2YCEA 1G7VA 2QCCA 1I2PA 4IPIA 3H55A 1T8XA 3LXAA 4JTFA 6ALDA 4ZMGA 1AMKA 2DJLA 4DO6A 4TR9A 3CEUA 4IOTA 5G2IA 2C3ZA 4K39A 1YPIA 5AHNA 3UPBA 1DL3A 4WQ6A 5F4XA 3W2LA 4ORMA 4M6PA 3W74A 1ML1A 2HMCA 4UTTC 3MBDA 1Q6RA 4JIQA 1G7UA 3L5LA 3OA3A 4O17A 2FFCA 1XC4A 1ZJIA 1UUMA 4TMBA 4PEKA 2QDGA 1JUKA 3FFSA 1H7RA 3N14A 1S5WA 4PTNA 1YLVA 4AHOA 3L0GA 1RZMA 1VYRA 3C56A 2E6YA 3P74A 4O0KA 1UJPA 3NM1A 1H7OA 1M6JA 4JX6A 3PBVA 2W79A 4IGHA 1S3HA 2Z6JA 1DHPA 4XZ9A 1TPWA 1IXQA 1WX0A 4HPXA 4Y96A 1KLZA 2QCGA 5LNVA 2QCHA 2ZBTA 1F6KA 3SW6A 1X6UA 4DXVA 3WJSA 5GVJA 3MJYA 3MWAA 3NQGA 2GJLA 5D2YA 3EB2A 3TCEA 2TYSA 1MEHA 3KXQA 4Q33A 1XFBA 2G5WA 3EKZA 4LVDA 5AHFA 1QO2A 1QPRA 2JKPA 1IXPA 2ZA1A 2Y7DA 4MOZA 3W22A 3NQAA 4MZYA 2ZRUA 2A4AA 5G2WA 2Z6IA 3CIXA 3KVLA 1OHLA 1N8FA 3DZ1A 3WJWA 3KVMA 4MZ1A 8TIMA 4FNTA 1JCMP 3GB6A 1QOQA 4CQ8A 3W76A 1W37A 2A2IA 2ZZ6A 1Z42A 4A22A 3IIPA 3QZEA 1YTEA 3EX3A 5G5IA 4GUHA 3NVTA 4AAJA 4AH7A 4JTUA 3TXVA 5CSSA 5AC6A 1B4KA 3F03K 4JEQA 3TQKA 4LV9A 1TTIA 2G97A 3GX9A 3KX6A 2J9YA 3W84A 5FF4A 4AWTA 3P60A 3GDKA 3BV4A 1KW1A 4GXMA 1G67A 4K8EA 4HN4A 2CZFA 3P81A 4NNAA 4O4VA 1K7XA 3IIOA 2YPIA 2YSWA 4HT3A 3I6RA 3B0PA 3UPWA 4CCEA 3NZ1A 3GK0A 2VFGA 4N4QA 5J5DA 5F2IA 5LGXA 1FCUA 3C2FA 5CZSA 4Z1DA 5F4SA 2YX0A 2ZRXA 5AHIA 1QDSA 2O7SA 2A0NA 3HPZA 4K36A 4GFSA 3IVTA 4G1KA 1W5NA 3ABOA 4XBKA 5CPMA 1L6YA 2Q8ZA 2FIQA 4MIMA 1B9BA 1X1ZA 2P1FA 3KVJA 1EA0A 5LZLA 1X1OA 3RF9A 1KFJA 1M7PA 3O16A 5D32A 3LI1A 3W70A 3UY7A 1E51A 3ABSA 4YMZA 1H7PA 3TR2A 1VHNA 3W2UA 1LBLA 4ML9A 2CLEA 2HSAA 3NQDA 3STFA 3F1QA 1VRDA 3SY5A 3L5AA 1JQVA 4UR8A 5F1UA 5DN1A 1XCFA 4XKYA 2R8WA 1R2SA 3N2XA 1GTHA 3P61A 2F84A 4QQ3A 4UTWC 1R46A 5F2LA 4XQ6A 4MY1A 3A23A 3DU0A 4TX9A 3TQVA 4AXKA 1R47A 3H53A 4WX2A 1D9EA 3RLVA 3NR0A 1QWGA 4ZQPA 3CIWA 1KLYA 2Y62A 4Y8FA 1JCYA 4LVFA 2PRLA 3TSBA 3PSVA 5FEXA 5EA9A 5AHLA 3LHWA 1H7XA 1ICPA 1L2UA 4AEOA 1GPWA 1I2NA 5TQLA 1WDWA 2FTPA 3EWZA 4PCFA 3NQVA 5FF7A 4UFLA 3GVGA 5DELA 2WNNA 1TPVA 1N7KA 4LVBA 1MZHA 4JNMA 2QUTA 4FIQA 3QPYA 5LHFA 3QFEA 4A3UA 4LU0A 3VNDA 2C13A 4UNKA 3W75A 3PG8A 1DQXA 4UTWA 1T96A 3QRHA 1J2WA 4PODA 3BK0A 3T40A 4NX0A 3P8IA 4WUIA 3W7CA 1O94A 1QPOA 5BNKA 2RHGA 3QH2A 3PC0A 1LOQA 2CZDA 1R2TA 1JR1A 3P67A 4N9DA 4O1BA 1TPUA 4CQAA 4JYDA 1EP3A 3TU9A 2CLHA 1I8JA 2FQIA 4WY0B 1OYAA 3IRDA 2FPVA 4LOCA 3W7LA 4JTGA 2DP3A 1FCQA 4BK9A 3G0UA 1GVRA 4RXGA 2ZZ1A 2CWNA 1SFJA 1NFBA 4JTTA 2HS6A 4FNQA 4OE7A 4DO5A 2RH9A 3IVUA 5KZDA 4I7WA 1KFKA 4ALDA 4JR5A 3K30A 4R34A 2ZQ0A 4N9BA 4FO4A 3EWXA 5HWMA 1AL7A 1LDCA 3NL3A 4UTHA 1R30A 3CLMA 4NJHA 4KWVA 3PM6A 1Q45A 4NJIA 3TH6A 2ZTJA 1TTJA 5EBUA 2YZRA 3DI1A 3TNOA 3W1MA 2Y7FA 3MI2A 3PWAA 3B0VC 1XXXA 2D73A 1I2QA 2XN0A 2Y7EA 5EMUA 3SECA 4GJ1A 1ZALA 3O6CA 1BWKA 3P7YA 3LCLA 4JYFA 3TJLA 1OJXA 5G4WA 3C2RA 2E5BA 1QFEA 3W7PA 1LRTA 3TC7A 3UXAA 1EWEA 3PUOA 4OV4A 5CPLA 3DHFA 3LLFA 3ELFA 3G3MA 3LHZA 2DZWA 2Z2UA 4MY8A 1P0KA 2YXGA 4E2DA 1B57A 4LV4A 3N2MA 1YPFA 3MO7A 4RXFA 2DZPA 1GVFA 2DZUA 1PHQA 3M43A 3LDVA 3T4CA 4JXCA 3R2GA 1FBAA 1TO3A 4AWUA 4O28A 1ME7A 2A21A 1KM1A 4YLWA 2R94A 4NX5A 3HIJA 1TB3A 4XTDA 1ZAHA 1PCKA 3NYZA 4ADTA 2E6FA 5BOOA 2JGYA 1TPB1 5C6MA 1ZAIA 3O6DA 4H4IA 2ISSA 2QR6A 4ICNA 2VELA 4LS1A 1H63A 3NEVA 2H6RA 3LERA 5ABTA 1ZENA 1SSGA 3USBA 1IGSA 1I45A 1W3TA 4O50A 1L6SA 4S1FA 3EX4A 3DFNA 1L9WA 5HWJA 3KAOA 4TIMA 3NNTA 3C3NA 2ZRZA 4MKNA 3L65A 4IWWA 1XM3A 1M5WA 3LCWA 3KFTA 2FB3A 3MP5A 4UFKA 3TQ0A 3C61A 2VFHA 4RZ6A 4K6AA 3TIMA 1QCWA 3EXSA 2ATSA 3CHVA 1KFBA 1V7YA 3B4UA 2EGZA 1LROA 1PVNA 2CZEA 3CWNA 4ZVJA 2C0AA 2GQ8A 2AGKA 1K8XA 4NNBA 4ONVA 4Q32A 3CEPA 1FY6A 3G1XA 1SPQA 4R7JA 2C6QA 3PUDA 4CCCA 1THFD 4K8HA 3AO0A 2QCFA 2WNZA 4C1LA 3MHUA 1YXCA 1FWWA 4Z1BA 1W0MA 1CX9A 2Z0IA 2NXGA 4QM1A 5G2HA 4GUFA 1A53A 5F4WA 3SI9A 1VPXA 3O8AA 1HL2A 2TPSA 1WOAA 4BI7A 3M5ZA 4K38A 4LS2A 4H6KA 4S2CA 1BTMA 2VC6A 4D2JA 4JTSA 3HGSA 3AJXA 3CQ0A 3QJAA 1LZOA 1LM1A 4X3ZA 2QCLA 3QMTA 3NZRA 5L6UA 1UCWA 4OT7A 1RD5A 3LRKA 3G1HA 3IVSA 5F1VA 2E77A 1H1ZA 4JD4A 4IMCA 3R12A 6TIMA 1FDJA 1TQJA 3W7EA 2RDTA 1LP6A 1XDLA 4RV8A 1JVNA 2QDHA 4N2YA 2VFFA 3VKJA 3LV5A 5KINA 4GBUA 2V82A 3P80A 3KRUA 4HNVA 1GYNA 4H3DA 3Q37A 3M47A 3LCIA 3LGEA 5FEPA 2V30A 2DU2A 1W5OA 2CZ5A 3WJZA 3M0ZA 1OX4A 3O05A 3THQA 4UCGA 4UR7A 2A7RA 1GZGA 4LY8A 2HS8A 4UIOA 3LV6A 1PS9A 3WK1A 3FS2A 1Q6QA 2GQAA 4A29A 2B0MA 3I7RA 1MEIA 4HNTA 3SR7A 2ISWA 3NG3A 5KZMA 2BLEA 3HG2A 4MJMA 1QPQA 3MYOA 4NNCA 5FEWA 2VXNA 2NV1A 5CSRA 3L66A 3TE9A 1JQXA 4BWLC 4AWSA 1IXNA 4LNYA 3TDFA 3GXTA 3TAOA 3OBKA 4DF0A 3PF3A 1VYPX 2QJIA 4FX8A 1K03A 3S1UA 4OWGA 1TQXA 3ATYA 2VFDA 1H50A 2CLMA 2H3DA 1GVSA 4P61A 3W71A 2CLIA 4JY9A 1WA3A 3UQNA 1MEWA 4GWEA 4LW7A 4GUIA 4UFIA 5FEZA 3FYPA 1ME9A 1DV7A 1G4SA 1LBMA 4XWUA 3OIXA 1DBTA 5I3FA 5KMYA 1VHCA 3W2MA 1VC4A 2CLKA 5CZTA 3QMSA 1JRBA 1TRDA 3TROA 1AL8A 1DJNA 2FB2A 2TRSA 3QSRA 3ZR4A 2H8XA 3DBPA 4MJZA 4U4MA 2Y63A 4FNSA 4IMFA 1GQNA 4BWLA 4I9AA 3UZ5A 4O19A 4M5PA 4KFOA 1O4UA 1K7EA 4NXSA 3FEMA 1VCFA 3W72A 1EX5A 2CU0A 4IX2A 3W7DA 1FQ0A 4NJJA 4XBSA 1HFBA 4RKAA 4CCDA 1VH7A 3DKLA 3TC6A 3NQ2A 1H51A 3W1UA 3TAKA 5LNRA 2XFWA 1WAUA 5LKYA 1T0OA 1TV5A 1SO6A 5EPDA 4YXGA 4WY0F 2YFOA 4FNRA 1OFQA 4JTHA 3LTPA 1R2RA 4LVAA 3C8FA 3LCGA 3WFAA 2H3BA 4Y9AA 1W1ZA 1XBZA 1GT8A 3MBFA 4A2SA 1H7WA 1AW5A 4Q4KA 4CNOA 1GTEA 3HGRA 4L4LA 2X1RA 2P10A 2BWGA 2X1UA 3E96A 2Q3OA 2QCDA 3BG5A 1ICQA 3L9CA 3C4UA 2OJPA 1ZAJA 1SUXA 2ZRVA 5HQEA 4LTSA 3DFSA 3GIYA 5TIMA 4ADUA 1P5BA 2V81A 2VFEA 4LUIA 2OT1A 3W1NA 3S1WA 1A50A 1OFOA 1OFDA 1TPDA 2WSRA 4JTJA 1H60A 3RLUA 2E6AA 3BLFA 2DZSA 4JN6A 1G4TA 3E12A 1RV8A 3M5XA 1Z44A 4M19A 2PCQA 3P84A 5AYZA 3TFXA 4DQWA 4N6EA 1XBVA 1SFLA 3W7IA 1KM0A 3NL6A 4HSNA 2A7NA 4IUOA 3LTYA 3IEBA 4N4PA 4MFEA 4UFHA 4TO8A 3NOEA 4K7YA 5CG7A 1K3UA 4JDYA 1BWLA 1KFEA 4O10A 1F7BA 4ZQMA 4DBDA 4IMDA 1YTDA 4MVAA 4RR4A 4JX5A 1O95A 5LGZA 2WSQA 4AVFA 4OBTA 3SGZA 3IV3A 1RQBA 3L0KA 1AW2A 4UFJA 1TPFA 4UTLA 5LHEA 2E09A 4OGZA 1QOPA 4E2BA 1TTPA 4EWND 4WOQA 2YGYA 1Q6OA 3T55A 1IXOA 3BO9A 4O57A 4PC8A 2B4GA 2QJHA 4M7TA 2EAWA 4UNLA 1IF2A 1L6WA 1KBJA 1H61A 4RX0A 1GVQA 3TSMA 3JR2A 4KFPA 3LRMA 1A5BA 2I1OA 2NUXA 4AB4A 4JS3A 3MP4A 4LS0A 1KBIA 2UV8G 2HTMA 3EX2A 5BW6A 2JGQA 2TSYA 1PE1A 1OFEA 1TJPA 3GDLA 1ZHAA 3LXBA 1O60A 5KTLA 4NZJA 4FEZA 4S2BA 3UWYA 4O53A 5U7SA 5SWUA 4RJEA 5G1YA 3SZ8A 4LRTA 5IM51 3W1XA 2G96A 4N9CA 1C9DA 1S5VA 4UC5A 2VEIA 3G24A 1GOXA 3E02A 2ZZ7A 3P62A 5LNSA 4BR1A 4U28A 1TIMA 3OVRA 1XBYA 2BZNA 2A5HA 3QC3A 3TW7A 3PB0A 3G0SA 5K4XA 3GNDA 5EYWA 3W7GA 5DBTA 4QNEA 4UTMA 5AB3A 4WY0A 4JYEA 3MI6A 3HG4A 4XKYB 1KM5A 3GKFA 3QW3A 4IXHA 3PBUA 2C15A 1LOSA 5D37A 3DAQA 3GXPA 1FWNA 2B7OA 3NGJA 1KTCA 1TPH1 1MSSA 1Q3NA 3HPXA 3LI0A 5K9XA 4FNUA 1EB3A 1EPXA 5D04C 2QAPA 3BG3A 2ZZ4A 1JUEA 2X30A 3C52A 4JTEA 3PR2A 2QCNA 2W6RA 3CT7A 3NQ6A 4NJKA 1KTNA 3W1AA 1W5MA 3DENA 5T26A 5A5WA 3PB2A 3FYOA 1VLIA 3P8JA 4FNPA 2J6XA 1DKWA 4FF7A 2J24A 2GUUA 3LHVA 3W1LA 2E6DA 2ZZ3A 4WD0A 4MFDA 1YADA 3ZFHA 1FUYA 3W23A 4O1CA 3U2OA 1ME8A 3DH7A 4RCXA 1SZFA 2QKFA 4J9JA 2NWRA 2J9ZA 5EL1A 3GZ3A 1SW0A 1G4PA 1AG1O 4DELA 3QPZA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3Q67 A;  1M04 A;  3ITG A;  1V3K A;  1XLM A;  4UQD A;  5I3G A;  1EC7 A;  3U5U A;  1VZW A;  4KRZ A;  4C6F A;  3S6O A;  4AHQ A;  3O6Y X;  3C0Q A;  1L2Q A;  3NQE A;  2SFP A;  1V79 A;  3T0C A;  3W86 A;  1MZR A;  3QQ1 A;  4DX3 A;  3AS1 A;  3G22 A;  3W3O A;  1ITQ A;  2R91 A;  1EZ2 A;  3QST A;  3N9S A;  2ZZ5 A;  1PIG A;  1OVD A;  2YCE A;  1G7V A;  5EMK A;  3H55 A;  4KGJ A;  6ALD A;  3FX4 A;  1EOM A;  1LQA A;  5G2I A;  2C3Z A;  3UPB A;  1GW1 A;  1YPI A;  4AD3 A;  2BGQ A;  3W2L A;  4H9X A;  3WEZ A;  1ML1 A;  3R79 A;  1Q6R A;  1G7U A;  4O17 A;  1GHS A;  1R7O A;  4U31 A;  3KW3 A;  2QDG A;  5HNN A;  1B30 A;  4AHO A;  3L0G A;  4Z2H A;  4OZO A;  3UXL A;  1UJP A;  4HZ7 A;  4YYF A;  4U10 A;  2W79 A;  3BLD A;  4XZ9 A;  3K4A A;  3BJS A;  1IXQ A;  5REQ B;  1KLZ A;  2ZWY A;  5LXE A;  3TN6 A;  5I24 A;  5LNV A;  2QCH A;  4DO7 A;  1ZGD A;  3WJS A;  3H7V A;  4LCS A;  3TCE A;  4DLF A;  4XX6 A;  1VBJ A;  4GZ7 A;  3K1D A;  1CXK A;  2YBT A;  2G5W A;  3EKZ A;  1JPK A;  2XSB A;  1QO2 A;  3VOI A;  3SUU A;  4MZY A;  1W1T A; 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 1NDV A;  1UMY A;  5GNY A;  3SCN A;  1E1E A;  3WUF A;  1KGX A;  1TWW A;  3RLV A;  4E4U A;  1QWG A;  4H1Z A;  3NZG A;  2Y24 A;  2CEQ A;  3OHM B;  5EA9 A;  4Y9P A;  1IEX A;  4L4P A;  1L2U A;  1I2N A;  1UOK A;  1EQP A;  4MKS A;  3GVR A;  4PCF A;  2OQL A;  4H8U A;  5E09 A;  3CAW A;  4RE0 A;  3GVG A;  2VZU A;  2XDF A;  1E4L A;  5DEL A;  3GHT A;  1N7K A;  4TQT A;  1MZH A;  5I02 A;  2FDM A;  2O9R A;  4LU0 A;  3PG8 A;  2VX4 A;  4DWS C;  1OIF A;  3AZT A;  4I9J A;  4HYV A;  3P8I A;  2GK1 B;  4WUI A;  4YVX A;  1O94 A;  1H2J A;  2HEJ A;  2RHG A;  1R6W A;  1QBA A;  3CUG A;  4PUN A;  1CB7 B;  3B4Y A;  3H2O A;  1FP8 A;  3QH2 A;  3BAW A;  1LF1 A;  2CZD A;  2WHJ A;  3DIP A;  1R2T A;  3AMK A;  2IMR A;  3SRD A;  4YIW A;  4H9M A;  1N8I A;  1B3X A;  2ZX9 A;  1OYA A;  1JDA A;  2FPV A;  1FCQ A;  2KX9 A;  2DIJ A;  1JZ8 A;  3G0U A;  4RXG A;  4NRR A;  4XZW A;  4IID A;  1OZQ A;  1RH9 A;  1C3F A;  2RH9 A;  2JFE X;  4I7W A;  2QT3 A;  1KFK A;  3URN A;  2ZUW A;  3K30 A;  4DWS A;  4AY7 A;  4N9B A;  2NQZ A;  3EWX A;  5HWM A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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