2XGIA

Crystal structure of barley beta-amylase complexed with 3,4- epoxybutyl alpha-d-glucopyranoside
Total Genus 193
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
193
sequence length
487
structure length
487
Chain Sequence
VNVKGNYVQVYVMLPLDAVSVNNRFEKGDELRAQLRKLVEAGVDGVMVDVWWGLVEGKGPKAYDWSAYKQLFELVQKAGLKLQAIMSFHQCGGNVGDAVNIPIPQWVRDVGTRDPDIFYTDGHGTRNIEYLTLGVDNQPLFHGRSAVQMYADYMTSFRENMKEFLDAGVIVDIEVGLGPAGEMRYPSYPQSHGWSFPGIGEFICYDKYLQADFKAAAAAVGHPEWEFPNDVGQYNDTPERTQFFRDNGTYLSEKGRFFLAWYSNNLIKHGDRILDEANKVFLGYKVQLAIKISGIHWWYKVPSHAAELTAGYYNLHDRDGYRTIARMLKRHRASINFTCAEMRDSEQSSQAMSAPEELVQQVLSAGWREGLNVACENALPRYDPTAYNTILRNARPHGINQSGPPEHKLFGFTYLRLSNQLVEGQNYANFKTFVDRMHANLPRDPYVDPMAPLPRSGPEISIEMILQAAQPKLQPFPFQEHTDLPVG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title Chemical genetics and cereal starch metabolism: structural basis of the non-covalent and covalent inhibition of barley beta-amylase.
pubmed doi rcsb
molecule keywords BETA-AMYLASE
molecule tags Hydrolase
total genus 193
structure length 487
sequence length 487
ec nomenclature ec 3.2.1.2: Beta-amylase.
pdb deposition date 2010-06-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01373 Glyco_hydro_14 Glycosyl hydrolase family 14
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 2xgiA00
1HIZA 1PIGA 1V3KA 2E4TA 1V6YA 3PTQA 3EDJA 1OCQA 4ATLA 2BY1A 3WDJA 4J3UA 1EDQA 1SYTA 2DSUA 2WWDA 4P7NA 3VD7A 2ZUWA 1WDRA 4GZIA 4Q22A 1K9TA 5CGTA 2VVSA 4MNKA 5I5RA 3VU2A 5FL1A 4YPJA 3M6DA 4WIWA 1HL9A 2DGAA 1EA9C 4F79A 4U5IA 1UKSA 3ZR5A 2G3MA 2RGLA 5D4YA 2XJ7A 2E9LA 2BVTA 5CPSA 4Z2GA 1MFUA 2Y8VA 1E1EA 2WVUA 1UH4A 1E3XA 5FCZA 4W84A 2QMJA 4GQQA 2BVYA 1W9UA 4HMDA 4AYSA 3VMOA 5A6KA 2UY2A 1E6NA 2V38A 4WSKA 1W1TA 1OD8A 2BV9A 2WVTA 3CZJA 1UD4A 1UQYA 1GOKA 3VGBA 1MYRA 2WW5A 4ATDA 1CLXA 3RILA 3W26A 3RM8A 4JL2A 1WDSA 1M04A 2ZIDA 4KWUA 4AC1X 5IHSA 5CSUA 3G6MA 4AIOA 5DEZA 5LA2A 3KEHA 3WDRA 2GJPA 1MW0A 4K68A 3CUHA 1M53A 1QI5A 1PAMA 2VZSA 3GZAA 1JGIA 3VIKA 5BRQA 2OYLA 4TVCA 4AEEA 2V3DA 3F4VA 3PTKA 3WQ4A 3EDDA 2VZOA 3RJXA 1JYXA 3SCWA 2VR5A 1X6LA 3B8SA 5A6LA 3D5HA 3UERA 2PWFA 4Z2JA 2XIBA 4YN5A 2GJXB 1VEOA 1B3VA 3GXIA 2WAGA 4OIFA 3AYSA 4W93A 3PZQA 2VRJA 2VL4A 1U33A 3AMDA 1P6WA 1GHRA 3DYMA 1O7AA 1SR0A 4TX8A 3K1DA 3ALFA 1GHSA 3VOCA 5I2UA 3PZGA 2GK1A 3GNOA 4BQ4A 3AS1A 4UQAA 5ABHA 2WSKA 3UR8A 3SCNA 4P8UA 4A3YA 2YL8A 5E6YA 3K8LA 5E70A 4NRRA 3FW6A 1CTNA 2D20A 4UFHA 3BAYA 2XUCA 1NOFA 2J7BA 4Z2HA 1ZS2A 2JE8A 3AISA 3AS2A 2VX7A 1OD0A 1VFFA 4MTVA 1Z32X 4J3VA 2D0HA 2EJ1A 1E73M 3GM8A 4DM2A 3AXHA 1WKYA 1FA2A 4M82A 1US2A 1E4MM 3CBWA 4ZE5A 3IJ7A 1QPKA 3AHXA 1XD1A 3PZIA 1KGUA 4ACZB 4PCSA 2GDUA 4H7VA 4DWSB 1FHLA 1FFRA 2VQTA 1VENA 3RDKA 1W3LA 1NWUA 1B3WA 2CBJA 2CPUA 3WN6A 1N82A 1LF1A 2WKLA 1BAGA 2A3AA 2WSPA 3MS8A 2XYLA 1CGUA 1NM9A 3ZIZA 1U2YA 2WLZA 2MANA 3MV01 1OGSA 4XB3A 4D6HA 1B30A 1QI0A 3OGVA 3UG4A 1XV8A 4CU7A 4UTFA 1ISYA 3WFLA 4GZEA 1VFMA 5EMYA 3B9EA 4PCTA 1Q6DA 4MDPA 1EDGA 3FXYA 1GZJA 3NSNA 1JI2A 3FAXA 1KQZA 4AZHA 1LL4A 3W37A 4HZ6A 3SIMA 2VZVA 3WH5A 4UOQA 4AZ6A 2QLYA 2WMIA 1OM0A 5M5DA 2BY2A 1MW3A 3VNYA 1FFQA 1WPCA 3AHZA 3DYPA 5BWFA 3KL0A 4C7GA 4CU8A 4YHGA 3VUPA 1GCYA 2C8NA 1TVNA 1B31A 3I3DA 1G01A 2W92A 2GDVA 2E8ZA 2FH6A 4UFMA 1PZ2A 1EOMA 3MKKA 4HOZA 3L4UA 1PJ9A 3WD1A 3EMCA 1K9EA 1B3XA 1BYBA 2WVSA 1JI1A 3TONA 4DM1A 5I79A 4D1IA 4EKJA 4UQEA 5GNXA 3QOMA 2E9MA 2VVNA 2OYKA 4B9YA 4KH2A 1HX0A 2J47A 1E56A 1ZBWA 5DO8A 3CUFA 2EBNA 3W6MA 2VX4A 1V02E 1OGGA 5IFPA 2FGZA 5DF0A 4J3XA 2NT0A 2WC7A 4CVUA 3T0BA 5A1AA 1C7TA 5EFDA 1QI2A 1BYCA 3ZT7A 1C8YA 4URIA 3NSXA 2ZUNA 1UH3A 1BF2A 2V5DA 1WAWA 5GQBA 2WMKA 5A2AA 3UCQA 5ABGA 2CEQA 2CKSA 3SCVA 1XSKA 1KGWA 1E6RA 1JDDA 4Z2KA 2WC3A 4GI6A 5E9AA 4C7FA 1CGVA 3W27A 1UWTA 2AMGA 4UOZA 4A4AA 3N17A 4LYPA 1KQYA 1JZ7A 2ZXAA 3A4WA 2DT3A 4U2ZA 4Z2LA 4HU8A 1W9BM 1FP9A 1LWJA 2VURA 4BF7A 2WB5A 4FMVA 3OLDA 4UZUA 1NH6A 1K9DA 2Y5EA 2OWCA 3WD3A 2G3IA 3I3EA 3WNNA 3VIGA 3GH7A 4AY1A 3W25A 2WLYA 3BC9A 4U3CA 2WNWA 2ZICA 3OLIA 5EBAA 3RMEA 2VNCA 4AZ7A 2WVVB 1B0IA 5GNYA 1MW1A 1FHDA 4QCEA 3CHEA 3T2QA 4AD5A 2WCGA 4D1JA 4TXEA 1SMDA 3ZM8A 4WLCA 1BGAA 1XSIA 3IJ8A 2WHMA 5BRPA 3CTTA 4D6CA 5FOOA 1EHAA 3BMVA 1VFUA 1MWOA 3S6TA 1GQKA 1PEZA 4HMCA 3N18A 4MJ2A 2ZUVA 4LQ1A 1QVBA 1GOQA 1UKPA 1DWFM 1CLVA 4FLSA 4HZ7A 4GI8A 1UD5A 1UZ4A 1IV8A 2Y24A 1B3ZA 3WBAA 1UWUA 3GYCA 1FH8A 1TVPA 1VEPA 3L2LA 3AMKA 4WK9A 3GNPA 4CCDA 1FH7A 3UG5A 4E2OA 3VO0A 4AEFA 2HISA 1QNPA 1W32A 4PUEA 4JL1A 4A3HA 3WUFA 4PTVA 4MADA 4TVDA 3EMZA 4Y7EA 4UFLA 3W6LA 4D6DA 1W1PA 4FF5A 1BGGA 3CO4A 4L4OA 1DWJM 4W8BA 2JF7A 1ITXA 2CIPA 1F4HA 4ZFMA 1E4IA 4TTGA 4B3KA 1HVQA 1ITCA 5E6ZA 5A8PA 4J3SA 1E3ZA 3CZEA 1QBBA 1WDQA 2FHFA 3HU7A 1OGBA 4NSBA 2OSWA 4JFUA 2D0FA 1QHOA 1ZU8A 2D3LA 2Y8KA 1MQQA 4N0RA 3T0AA 3SUWA 4LYRA 1J01A 1GOWA 3CGTA 3ARZA 3B9AA 1KXQA 3POHA 1OWQA 1PX8A 1BLIA 1V0LA 2VRKA 3W24A 1CXIA 3QHMA 4CD4A 1WNOA 5EFFA 1XH2A 1CDGA 3AMGA 4LXFA 2WCSA 3WQVA 2O9TA 4W87A 1JXKA 9CGTA 4Z2IA 3RM9A 1CWYA 1GOOA 2DEPA 1CGYA 4PMXA 1HP4A 3W4RA 4JAWA 2EPKX 1E15A 4QLKA 2G3NA 4EK7A 1XC6A 4W7WA 2J7HA 1ZL1A 2E8YA 3CUGA 4JHOA 1F4AA 1QHZA 1DTUA 1JZ4A 2J78A 5A6BA 3ARTA 3OB8A 3N15A 3HMCA 2WZIA 4KGLA 4CD6A 4JKKA 1CXLA 2FH8A 4S3JA 3ZJ7A 1H11A 1V3MA 2NSXA 3CH9A 5E09A 1JYNA 1JXJA 3BSGA 1G9HA 3AXXA 3AIWA 2WHLA 2QPUA 1VBRA 3WMCA 4PTMA 5HOSA 3VIFA 1XYFA 2J8GA 2WBKA 4X0VA 1HJUA 3VD4A 4HZ8A 4JFSA 5FIPA 2DH2A 4YHEA 5AC5A 1CXEA 2E9BA 2QPSA 2DQXA 1CGXA 1UWRA 3HN3A 3L4ZA 1CNVA 3WH8A 1JFHA 5M03A 4H41A 4QCFA 1ZB5A 3VIOA 3SCSA 2VMFA 2YDRA 3ARSA 2YL9A 1JDCA 3W81A 1QNQA 3WD2A 3NUKA 4HA4A 3PTMA 1AVAA 4TX6A 4DUXA 5KZ6A 4WJXA 3WNKA 3O6AA 5C8BB 2Y4SA 5JBFA 4PMOA 2NW0A 4WSJA 4ZEPA 1TR1A 4AD0A 3SURA 3ARPA 3SCPA 1Q6FA 1R7OA 3GH4A 1JZ8A 1V3IA 4TVUA 2CBIA 4M24A 3AHYA 3OLGA 5ABFB 4L4PA 1C7SA 2X09A 4JFVA 2NT1A 3WNMA 3WEMA 3VVGA 1MVYA 3A4XA 2D1ZA 4ACYA 4WKFA 4D6GA 4HOXA 1GOIA 2VZUA 2X8RA 2YA0A 1UA7A 4AD2A 1E40A 4AXNA 3KZSA 1LL6A 1BHGA 2DSZA 3GBDA 4U5KA 1JZ5A 5A94A 4LYQA 1PPIA 3HJEA 2X0YA 2Z1SA 3AMCA 2VZTA 2OYMA 1R87A 3MMUA 4OKDA 4JFTA 1UD2A 3WUGA 2UWFA 4E8CA 3KL5A 5BYWA 4H8HA 1PIFA 4XZBA 1CECA 1QNRA 3MU7A 1J0YA 3BH4A 4CCEA 4AD4A 2VRQA 3BAJA 1C90A 2E0PA 2VQUA 4BZYA 3DHPA 5JBEA 2ZUUA 4UFIA 2ZX5A 1RD6A 1JZ3A 5HNNA 2VO5A 4W86A 3IK2A 4S3KA 2BY0A 3CIVA 1HJVA 4JKLA 3VIMA 4AISA 4UCFA 1V6VA 1FP8A 4ATWA 3FAWA 3ARRA 1E6PA 3J7HA 3AZSA 4LPCA 5LYRA 5A6BD 3I3BA 2ZX6A 2ZWZA 3NSMA 3WEOA 1ZBCA 4KRTA 1J0HA 1GVIA 4PSPA 1BG4A 3M7SA 4CD8A 2VI0A 2J7CA 3N12A 5FKYA 2D23A 1H41A 3F5KA 3W82A 2XSAA 2OSXA 3WIJA 4PTXA 1JNDA 1PX4A 5A69A 3GDBA 1MXDA 1VIWA 1UA3A 3ZSTA 1BVNP 2EPLX 5D8ZA 2D22A 5HPOA 4AZCB 4IUGA 3THDA 4AZIA 2V3FA 3AIRA 4NZCA 4X0NA 1E9LA 1H0IA 1W9XA 1HKKA 3MSGA 1WDPA 4RE3A 4AD3A 3QGVA 3ARQA 2AAAA 2PBGA 1ECEA 2O9RA 3UESA 3WBEA 1GQLA 1TMQA 1OIFA 1CGWA 1KFWA 2ZUMA 1VEMA 2A3BA 4P7QA 4CD7A 5A2BA 3BGAA 4F9DA 1PBGA 2V3GA 1W3JA 3T09A 3N1AA 1HL8A 1DHKA 1GJUA 3L4YA 5D9PA 1C93A 4QLJA 4V27A 1AQHA 1C3FA 1E6ZA 2HVMA 1H49A 4QAWA 3VD3A 3PZOA 1MQPA 4EANA 4CVWA 2XVLA 1V3LA 3VGEA 4CKQA 4OBRA 1W1VA 3RO8A 4FLRA 1GQIA 2WK2A 2WZEA 3EDEA 3RIKA 4XUYA 1FH9A 4M29A 1UR0A 1A47A 1JNEA 4AZ5A 2AOSA 5BCAA 4MPKA 3WNOA 1E4NA 3TTQA 3ZO9A 1KWGA 3SUVA 5HDRA 5KEZA 4HPHA 4TUFA 4UQBA 1E0VA 2XFFA 2EPNA 1DWIM 3WF4A 3K4DA 1B90A 4BQ3A 3TTOA 2VUYA 1H2JA 1J11A 3SUUA 1QHPA 1C8QA 1KBBA 3MUAA 5IDIA 1NP2A 2W5FA 1ESWA 2JEPA 2CXGA 4B3LA 3OA5A 1G1YA 4DWSA 2F61A 4PYSA 2FHCA 3AHTA 5DMYA 1KCLA 4C7DA 5I23A 2IUZA 1RPKA 1UWSA 4W89A 1I1WA 1CXFA 2JIWA 4PSRA 3OGSA 1UWQA 3JUGA 3WD4A 1UYQA 4AW7A 2XM2A 3BMWA 1UHVA 5D9MA 3BAKA 4H8UA 3TTYA 3SUSA 1JF6A 3E1F1 7TAAA 2WBGA 4U2YA 1H5VA 2UY5A 3AIEA 5D9OA 1V08A 1BG9A 3APGA 3VGHA 3CHDA 2Q8XA 1EXPA 4J7RA 1OSEA 2ZXDA 4FLOA 5I77A 2XHYA 4AZGA 4GO8A 1GONA 3GH5A 4AIUA 4P8VA 3TTSA 5I24A 5A6JA 5CLTA 4AIEA 3BLKA 5TD4A 2WXDM 3IJ9A 4MNJA 4EAMA 1KXHA 3FHQA 4CN6A 4R5EA 1V03A 4V28A 5IHRA 4GPNA 1GVYA 1VJZA 3WQ6A 4HP5A 4KMQA 2VJXA 2DSKA 3VDCA 4P8WA 1WZKA 1QOXA 1BQCA 2OLHA 3ARWA 2O9PA 4JKMA 3AIVA 2WM0A 1CPUA 3WQ8A 1PZ3A 2G8ZA 5BROA 2JF6A 4QDMA 1VAHA 4MB3A 4BS0A 1ISZA 2XIIA 1QW9A 1JF5A 1CENA 2YOCA 3G6LA 3VD9A 2QHAA 2TAAA 3VGGA 4ZXOA 2PWDA 3MSDA 4U31A 2WKGA 2W91A 3AI0A 4GI9A 5AY7A 2CYGA 1QBAA 1GW1A 1Q6EA 1HN1A 2D0GA 1X1NA 1BFNA 1CXHA 3VIIA 2VCBA 4H04A 1GNXA 3SEPA 3PBGA 1AQMA 1R7AA 1QNOA 1CXKA 2O92A 2BXYA 3CHCA 2V5CA 1OB0A 2VT0A 2EQDA 3O2LA 4W5ZA 2ZX9A 3WNLA 2FDMA 1J0IA 4PBGA 2J7DA 1UOKA 2JEQA 3CUJA 4M1RA 3GXFA 3VNZA 3PHAA 2CETA 3ECQA 1S46A 1V0NA 1E5JA 1J18A 1EOKA 4DWSD 3WH6A 4BQ2A 1W2VA 3UR7A 3KL3A 4HA3A 3GTNA 3WF1A 4XZWA 4B9ZA 3UEQA 1JYVA 4IPNB 1TCMA 4M81A 2WHJA 2B31A 1HJXA 5A6SA 2YIHA 3W29A 1W3KA 2CBUA 3VKKA 3AXIA 5A8NA 1QI4A 4MB4A 2PB1A 5CG0A 5CJ5A 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1HIZ A;  1PIG A;  1V3K A;  2E4T A;  1V6Y A;  3PTQ A;  3EDJ A;  1OCQ A;  4ATL A;  2BY1 A;  3WDJ A;  4J3U A;  1EDQ A;  1SYT A;  2DSU A;  2WWD A;  4P7N A;  3VD7 A;  2ZUW A;  1WDR A;  4GZI A;  4Q22 A;  1K9T A;  5CGT A;  2VVS A;  4MNK A;  5I5R A;  3VU2 A;  5FL1 A;  4YPJ A;  3M6D A;  4WIW A;  1HL9 A;  2DGA A;  1EA9 C;  4F79 A;  4U5I A;  1UKS A;  3ZR5 A;  2G3M A;  2RGL A;  5D4Y A;  2XJ7 A;  2E9L A;  2BVT A;  5CPS A;  4Z2G A;  1MFU A;  2Y8V A;  1E1E A;  2WVU A;  1UH4 A;  1E3X A;  5FCZ A;  4W84 A;  2QMJ A;  4GQQ A;  2BVY A;  1W9U A;  4HMD A;  4AYS A;  3VMO A;  5A6K A;  2UY2 A;  1E6N A;  2V38 A;  4WSK A;  1W1T A;  1OD8 A;  2BV9 A;  2WVT A;  3CZJ A;  1UD4 A;  1UQY A;  1GOK A;  3VGB A;  1MYR A;  2WW5 A;  4ATD A;  1CLX A;  3RIL A;  3W26 A;  3RM8 A;  4JL2 A;  1WDS A;  1M04 A;  2ZID A;  4KWU A;  4AC1 X;  5IHS A;  5CSU A;  3G6M A;  4AIO A;  5DEZ A;  5LA2 A;  3KEH A;  3WDR A;  2GJP A;  1MW0 A;  4K68 A;  3CUH A;  1M53 A;  1QI5 A;  1PAM A;  2VZS A;  3GZA A;  1JGI A;  3VIK A;  5BRQ A;  2OYL A;  4TVC A;  4AEE A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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