5D2TA

Directed evolutionary changes in kemp eliminase ke07 - crystal 3 wild type
Total Genus 93
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
93
sequence length
258
structure length
251
Chain Sequence
AKRIIAALIVKDGRVVKGSNFENLRDSGDPVELGKFYSEIGIDELSFWDITASVEKRKTMLELVEKVAEQIDIPFTVGGGIHDFETASELILRGADKVEINTAAVENPSLITQIAQTFGSQAVVVYIAAKRVDGEFMVFTYSGKKNTGILLRDWVVEVEKRGAGEIVLGSIDRLGTKSGYDTEMIRFVRPLTTLPIIAHGGAGKMEHFLEAFLAGADAAKANSVLHFREIDVRELKEYLKKHGVNVRLHHH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags De novo protein, lyase
source organism Synthetic construct
publication title Directed evolutionary changes in Kemp Eliminase KE07 - Crystal 1 Wild Type
rcsb
molecule keywords De novo designed kemp eliminase KE07
total genus 93
structure length 251
sequence length 258
ec nomenclature ec 4.1.3.-:
pdb deposition date 2015-08-06
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 5d2tA00
4BWLC 5C6MA 2GVJA 2Z6JA 1XXXA 1KTNA 3TROA 2QEZA 3N19B 2CLLA 3T78A 4FIRA 5D33A 1THFD 2V82A 4TMBA 1LROA 4PC8A 3UWZA 4Z1DA 3LXCA 1TPUA 4FNSA 3PWAA 1A5AA 3W07A 3LTYA 3UZJA 3NPUA 3OG3A 1YXCA 5T26A 4KFOA 4Z08A 2A85A 2ZRYA 5SWUA 1JCJA 3TQKA 3HG3A 3G1FA 2YDAA 3LRLA 3W1RA 2E6FA 2ZZ5A 3KX6A 3O15A 1OFAA 1VCGA 4ZQRA 1KFJA 4A29A 3E9AA 3LERA 4YL2A 3NQEA 2YW3A 3EXTA 1SW0A 3LX9A 3CC1A 2W79A 2I1OA 1H5YA 4JTHA 4JTEA 1LTDA 3BG3A 4LVDA 1VHNA 3WK2A 1A5SA 1JVNA 4FIQA 3UXDA 2W6RA 4R7JA 1H7XA 5EL1A 1S5VA 3LHVA 2A21A 2QUVA 1OABA 4WY0B 5D04C 1NAL1 4XTDA 4BK9A 3EB2A 5G2HA 3W7NA 3RF9A 3TCEA 1H51A 4IQLA 3PC0A 3LCIA 1Z48A 5U4NA 4UFLA 1LDCA 3EXRA 4ML9A 2Y7EA 3L21A 4QSHA 3I68A 1PHQA 3RLVA 4LRSA 1VLWA 4Z0SA 5HULA 3KFTA 4O53A 1OFEA 1JJKA 1KV8A 5C55A 1WAUA 5TQLA 3LRMA 4IXHA 5HUOA 3CTLA 2QCFA 1E51A 3NL5A 4H3DA 1U83A 2VFDA 3TA6A 5LGZA 5F2MA 5BNKA 3WJWA 1TPH1 4K39A 4WOQA 1TQJA 1CX9A 5DLCA 2Y7GA 3LHWA 3QSTA 5FEXA 3W72A 1LORA 1AW1A 5I3KA 2B7QA 3PB0A 4DO6A 5TIMA 1AW2A 3N9SA 1B57A 2R14A 3PG9A 3N14A 3TKFA 3G8RA 1F7BA 1S5WA 4MOZA 2TYSA 3USBA 3W23A 1MO0A 1DV7A 2Y7DA 1QPNA 3CIWA 5I3IA 5LNUA 2CLIA 1C29A 3CQ0A 4JYFA 3L2IA 3RK8A 3LTPA 2C13A 4Y90A 5EMUA 3HF3A 3VNDA 4UMAA 3GLCA 2WSRA 2BSLA 4K7VA 1T8XA 3MHGA 3U6WA 1UASA 1W0MA 2H8ZA 4ZL1A 4FNQA 1M7PA 4UNLA 1YLVA 1KA9F 4LRTA 2J9ZA 3AO0A 3G1XA 4C1KA 1ADOA 3MP4A 2QCMA 5KZDA 1L6WA 3W76A 3PY2A 4IMCA 1PIIA 4ZQPA 2DZVA 4PCFA 4OBTA 2E6AA 1ONRA 5I3HA 2FLIA 3BARA 3UWQA 2GJLA 1SSGA 2EF9A 3NA8A 3HQ1A 3TW7A 1Q45A 5IM51 1OVDA 4AF0B 2G95A 1XI3A 3HOJA 1GZGA 1GVQA 4B5NA 5FEWA 1FUYA 1FWTA 3GDTA 4Z0JA 4UMCA 3M16A 3EX3A 3MP5A 4YWIA 4WXZA 3DGRA 1DOSA 5FEZA 4JDBA 5AHEA 3TIMA 1SO4A 1FDZA 3E0IA 4WUIA 1MEHA 1N7KA 5F1UA 2B7NA 4O14A 3MMTA 2Q8LA 1I2RA 1IF2A 4O1DA 3UPWA 1A5CA 3NQ2A 1ZJIA 4P2VA 4UTMA 5DXXA 3O06A 2A6LA 4FXRA 1GTHA 4JTLA 3S1WA 1L2UA 4JY8A 1ME9A 4AHPA 1Y0EA 2EPHA 1D3HA 1JULA 2AGKA 3LCWA 1R2RA 4ZQMA 3SECA 5D30A 1U5JA 1W5QA 4LV9A 1RVGA 5FEPA 3JRKA 4RLIA 3P8JA 3G0XA 2WV8A 2ZTKA 1ICPA 2DZUA 1W3TA 1NF7A 5D2TA 4JS3A 3NPXA 1QNVA 1TTJA 3V75A 2DZXA 2VEKA 1FWRA 1SFLA 5LHFA 2P10A 2C0AA 1W3IA 3TJXA 4GUGA 3P8IA 3B06A 3NVTA 1KLYA 4HSNA 4WJEA 4XQ6A 1DVJA 2X2GA 3Q94A 3ZFHA 3TNOA 4BI7A 2GOUA 1F73A 2FQIA 4Z1BA 2WNQA 4TR9A 4I7WA 4HNTA 4AH7A 2J27A 3CLMA 4GJ1A 2ZA3A 5CZ0A 2Z0IA 4WD0A 1QCWA 2AQWA 1QO5A 5G4WA 2PCQA 1F5ZA 1PCWA 3LRKA 5DY3A 3T40A 5LNSA 3G24A 3W1PA 2ISWA 4ZZ9A 3CHVA 2ZTJA 1P1XA 4S2CA 3MI3A 3LLFA 5KINA 3LDVA 3PF3A 4JX5A 4RV8A 3S42A 3DFOA 3O6YX 4MY9A 3M0ZA 2HMCA 1YDVA 4FNRA 1X7FA 3O05A 1DQWA 1DQXA 3PBVA 1LLWA 3GVGA 3TAKA 1OX5A 3QSRA 4QM1A 1G7UA 3W6YA 2Y63A 1P0KA 3IGUA 3LGEA 3MWAA 4AB4A 1K3UA 4GE8A 1GOXA 3QMTA 1GYLA 4P61A 3EWYA 2RKXA 1JRBA 2GQ8A 2BZNA 3B05A 4LT9A 1LYXA 1OYAA 4JR5A 4JNMA 4O11A 3QF0A 4WX2A 3TFXA 1VGAA 2D73A 4YLWA 3MBDA 1SZGA 5GVJA 4R34A 1DJQA 3EXSA 1UUMA 2QJGA 3UWWA 5G2IA 3SJ3A 4N2YA 2E1DA 3S8HA 1FDJA 4NX5A 3VKJA 3DHFA 2E77A 4AMAA 5MHBA 1DORA 4O1CA 1LZOA 2DZPA 4IPJA 4IUOA 5HNRA 3HG5A 1OG0A 4NJKA 1TPEA 2DZWA 3G18A 2PRMA 5L9FA 2RHGA 1KM3A 2DU2A 1C9DA 1L6SA 4FHAA 3G0SA 1KV5A 4JGDA 4JYDA 4IX0A 4UFKA 2QCEA 1TV8A 4GNJA 4RJEA 3M1ZA 2F7FA 2I9EA 4OHQA 3F1QA 2GUUA 4WZHA 3S1XA 3V1PA 1HFBA 2GQ9A 1ZNNA 4Y9AA 1WBJA 3DFPA 3DXIA 5H91A 4ALDA 4FB7A 5FF0A 4MYXA 2G97A 5H2ZA 3G1HA 1YADA 2NLIA 1GYNA 3PB2A 1TPWA 3WK1A 2XN0A 4UFMA 3PBYA 2QCGA 3HGJA 3C61A 4DPPA 2A7NA 4MZ1A 2PC4A 5HUPA 4CCCA 2VEPA 3VFLA 1MXSA 1W37A 2A1YA 2YR1A 4H6KA 4AAJA 2Q3OA 3W7JA 1PE1A 2NUXA 5D2YA 4LVFA 3TUUA 4FX6M 2QAPA 4FNTA 3I7SA 1KM4A 2ZZ1A 1JRCA 1CI1A 3SZ8A 4YXGA 4JYEA 4N6EA 2OMAA 1XBYA 1GVRA 5KSWA 1H60A 4XUGA 1W5MA 1GEQA 3NPWA 3A24A 1EPXA 2VENA 3FA5A 2X1RA 4BI5A 5AYYA 3PVFA 4ADTA 1KTCA 1YPFA 1ZY9A 1XL9A 3C2EA 4UNKA 3R5EA 1GVOA 5I3FA 1ZAIA 1JCNA 2FPVA 3L67A 1K8XA 1FBAA 3C52A 3NQ6A 4O1BA 5EPDA 3GNNA 4LUJA 1EIXA 2R91A 3QH2A 1O95A 8TIMA 5AHIA 3NXFA 4O0KA 5F2GA 3KVKA 1SO3A 4WY0A 5G2WA 4CNOA 3IIOA 2OJPA 3FJ6A 3IIZA 3EX6A 1FCVA 3I6RA 5DBUA 4PA8A 1P5BA 1HL2A 1R47A 1TV7A 3ABQA 4MZYA 4MUZA 1K7EA 1LRQA 1T96A 3U8GA 1UBSA 4MVAA 3LLDA 5D02A 4XWUA 3INPA 1WXJA 4JEQA 1JR1A 3S5NA 1FY6A 2Y7FA 4EOUA 1OX4B 4NX0A 3W3OA 2ABAA 4L4MA 1JUKA 3Q37A 3L68A 2QCDB 3NAVA 3GXTA 3GKAA 3CWOX 3MUXA 1VR6A 3EWXA 1J5TA 1F2JA 4LTSA 2BWGA 3W87A 5AB3A 1R46A 3KVJA 3CB8A 1EB3A 4Q4KA 5D37A 1QWGA 3WJXA 2JGQA 4K7YA 4UFHA 3LV5A 2YPIA 2QUTA 2A4AA 5G1YA 2JBMA 3QFEA 4IMGA 1NVMA 1I2NA 1X1OA 3PG8A 2NWSA 3OIXA 3LHZA 4KFNA 4A3UA 3T44A 3EX2A 3MP3A 1TPVA 2CZEA 5AC7A 4LC6A 4LVBA 2NUYA 3LBCA 1IXNA 5CSRA 3EWWA 1O5KA 1B4KA 3KXQA 1XUUA 3M41A 4A2SA 3BW4A 2C1HA 3HMJG 4X9SA 1XBZA 4O54A 2ZFAA 3SW6A 3ZR4A 4TO8A 1FCUA 1Q3NA 3NO5A 3W7KA 1RV8A 1BTMA 2LLEA 3O07A 3PUDA 1R2TA 4UCGA 1G67A 2FJKA 2VFFA 4IPIA 3CT7A 1TSIA 1YTKA 3ZWSA 1H7NA 3M5YA 3VE7A 4I7UA 1I2OA 4JIQA 3W74A 5AOUA 3G0UA 4JTJA 4AF0A 4XTIA 4M19A 3QW4B 3BW2A 4UTIA 1GJPA 2O7SA 2VKZG 4IJBA 4O57A 4BFAA 3A5VA 1KM5A 3VCRA 4O19A 3MO7A 4NT0A 3DFSA 3UY7A 5LNWA 2UV8G 3NNTA 1OYBA 2V0TA 4GFSA 1EUNA 1K8ZA 1G69A 2Y70A 4OGZA 3HIJA 4BI6A 4X3ZA 1EA0A 1H63A 4ORIA 3VE9A 2RDUA 1QO2A 3SFKA 5AYZA 3LXBA 1KW1A 5E1QA 1MZHA 3M5XA 3TE9A 1B9BA 4GUFA 3NPVA 2GQAA 2E6YA 4GUJA 2GVLA 1QR7A 1LM1A 4G1KA 4ICNA 2FPYA 1QPRA 2VEMA 3RFAA 3STCA 1TQXA 5AFDA 3R13A 1ICQA 5BRBA 2QF7A 3FIGA 1Z41A 2OCZA 1VCFA 5DCDA 5HWJA 1LBLA 1V7YA 2FB3A 3S1UA 1OYCA 3NR0A 5KITA 3KRZA 3S9YA 3IIXA 1FWNA 4JICA 1BKSA 4MYAA 1AK5A 5EYWA 4MFDA 1TPDA 3O1NA 2ZRUA 3HPSA 1AW5A 3P5ZA 2E09A 4DBEA 3Q2DA 1A5BA 1YYAA 3NEVA 3NQVA 3GNDA 4Z1CA 4O8RA 3P62A 2X16A 2YFNA 5G4EA 4NQ1A 1JCLA 1QPOA 2V2CA 3HB9A 3NQAA 4Y96A 3ZS4A 3PAJA 4U28A 3P61A 2E68A 2ZZ6A 3SIZA 5DELA 2EKCA 4JXCA 3NQGA 1K03A 1ZALA 1NF0A 4YCOA 1XCFA 3F4WA 3PSWA 4UR8A 2C14A 1TYGA 3ABSA 4NXKA 3A22A 4X22A 5FF4A 5BOOA 1J4EA 3NGJA 1FWSA 5DXYA 2Z2UA 2QJHA 3KRUA 3S5YA 4MLJA 4MY8A 4CCDA 1XFBA 4IGHA 3PBWA 4IMDA 3PULA 3TQ0A 4JTTA 4HKPA 1XBVA 1LBMA 1LP6A 3HBLA 2VFGA 3P60A 3M44A 4JIPA 1SUXA 1MEIA 1HO4A 1KM6A 5K3VA 5D03A 4RZ5A 5K9DA 4E0CA 1PL9A 3CPRA 2FFCA 3QYQA 4JTKA 4DF1A 3RLUA 3C2VA 1PV8A 4KKXA 3GR8A 3TK7A 4A22A 1SZNA 2NXIA 1ZAHA 2XN1A 4FXSA 3MYOA 1RQBA 4JD4A 4UTLA 1F6KA 4LUIA 4NZFA 1JQXA 4FEZA 4R33A 4HSOA 4ADSA 1I8JA 3DAQA 5CZJA 1VHCA 1O5XA 2C18A 2QKFA 1L9WA 2Y6ZA 4I7VA 4O18A 3EWZA 3O6CA 3W7HA 1TPFA 3UYCA 3GK0A 2ALDA 3B0VC 1KM0A 2CZ5A 3MYPA 4RXGA 5EKYA 3MW7A 3STGA 5HQEA 3RMJA 1YTDA 3W1XA 2DJXA 1M5WA 2R8WA 3MI6A 5J5RA 3W2LA 5BW6A 4MY1A 3C0JA 2QCHA 1DHPA 2A6NA 4QISA 3NOEA 2B7OA 1W8SA 1GWJA 3TU9A 3KHJA 2NV1A 1EP3A 3L0GA 4CCEA 4PL1A 3ANYA 4AHQA 3G22A 3MBFA 3S5ZA 2QCCA 4MJZA 2X1TA 3G1VA 5C2XA 1BEUA 1OHLA 3QPYA 4ZQNA 5FESA 5IBXA 1G4SA 3BG9A 1KFLA 4EIVA 2CLMA 1FWWA 3B4UA 1SPQA 4NJJA 5I3GA 4R53A 2YX0A 5HWMA 1QPQA 4M5PA 1TRIA 1H61A 2BX7A 1YDOA 2B7PA 3C6CA 3T7VA 1UJPA 3LHUA 5AYXA 5K7JA 4O50A 2TMDA 3O8AA 3LI1A 1A53A 3TC7A 3ATZA 1EX5A 3IIPA 3GAKA 4BR1A 5FF3A 4UC5A 4PL2A 3I7RA 4QJ1A 3FOKA 4UFJA 1A50A 4PFMA 1SW7A 2J24A 3B8DA 3W7MA 1OK4A 1F05A 2NX9A 3LCXA 4OT7A 2ZYFA 2V2HA 2KZHA 2I14A 4LNYA 3FFSA 5DCBA 3T4CA 4DPQA 3EX1A 4A2RA 4NNAA 4XBKA 1NSJA 5CGQA 2W0UA 1UCWA 5DCEA 4RCXA 2RDTA 1GPWA 1PS9A 1AG1O 3TMQA 4O0ZA 4O17A 1W31A 5HJLA 3M5VA 1RZMA 2ZDRA 4XKYB 1I2PA 2QJIA 3L5LA 3BV4A 1AL8A 1OFOA 4N9BA 3EWBX 3ZWTA 3GDMA 4TIMA 1H1ZA 3CM4A 4UMBA 3P5YA 1PCKA 3EX4A 3L5AA 1VYPX 3G3DA 3W2KA 3PUOA 4UTWA 3L66A 3DFNA 2ZRXA 3MI2A 1H1YA 1AMKA 3R8RA 1TCDA 4A21A 2WPBA 1QOQA 3NQ8A 4JY9A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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