3RDKA

Protein crystal structure of xylanase a1 of paenibacillus sp. jdr-2
Total Genus 136
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
136
sequence length
333
structure length
333
Chain Sequence
APLKDVYKNDFLIGNAISAEDLEGTRLELLKMHHDVVTAGNAMKPDALQPTKGNFTFTAADAMIDKVLAEGMKMHGHVLVWHQQSPAWLNTKKDDNNNTVPLGRDEALDNLRTHIQTVMKHFGNKVISWDVVNEAMNDNPSNPADYKASLRQTPWYQAIGSDYVEQAFLAAREVLDENPSWNIKLYYNDYNEDNQNKATAIYNMVKDINDRYAAAHNGKLLIDGVGMQGHYNINTNPDNVKLSLEKFISLGVEVSVSELDVTAGNNYTLPENLAVGQAYLYAQLFKLYKEHADHIARVTFWGMDDNTSWRAENNPLLFDKNLQAKPAYYGVID
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
source organism Paenibacillus sp. jdr-2
publication title Novel structural features of xylanase A1 from Paenibacillus sp. JDR-2.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Endo-1,4-beta-xylanase
total genus 136
structure length 333
sequence length 333
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.8: Endo-1,4-beta-xylanase.
pdb deposition date 2011-04-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00331 Glyco_hydro_10 Glycosyl hydrolase family 10
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 3rdkA00
5EFFA 3PZ9A 1B3WA 4HU8A 3OLDA 3AISA 3ECQA 2OSXA 1NOWA 2D1ZA 1V6XA 2TAAA 4J28A 3OZOA 2YL8A 4PYSA 2E9MA 1HL9A 3II1A 2E3ZA 1R7AA 2G8ZA 1JZ7A 5BXTA 3W0KA 2EPLX 3K46A 1QW8A 1X1NA 2PF0A 1CWYA 2ZWZA 5A8MA 3WF3A 2JF6A 4MJ4A 1OIMA 3PZTA 1C91A 3N11A 1KR0A 1IZJA 2ZX5A 5AC4A 4URIA 1ZBCA 3AS1A 3AMGA 1JZ6A 2X09A 2X0YA 5KZ6A 1KR1A 2VX5A 2CHOA 1EO5A 2W67A 2YBUA 1LG2A 3BAKA 1UR8A 3AIEA 1V08A 1E4NA 4WK9A 1ZB5A 2YA2A 4P8VA 1UQYA 4PBGA 1H2JA 3MKKA 1V3IA 1Q6CA 4FLSA 4FLQA 1CPUA 1TFVA 1G01A 1WB0A 1W9UA 2Z1KA 1OGBA 2YJQA 5CGMA 1OGSA 1SMAA 4MPKA 2VVNA 3T2QA 5ECUA 2Y8VA 2JALA 1WZMA 1J0HA 4H2CA 1E43A 4QLLA 1PIFA 1UD6A 1H0GA 3VDAA 4JIEA 1SFSA 5IHRA 1EIBA 1JYVA 2G4FA 4EKJA 1ZL1A 3WQ5A 1O6IA 3WELA 5A6KA 1BQCA 3UG5A 3VIOA 1V6UA 1E3XA 1BG9A 1FH7A 1Q6FA 3DHUA 4AWEA 5A6SA 2DSUA 2F8QA 3SEPA 4GI6A 1KXVA 4CVWA 3K8LA 1VAHA 3M6DA 5BRQA 3CBWA 1E40A 3OA5A 3PZMA 1GZJA 3GNPA 4S3KA 3NDZA 2FHFA 3PZOA 1OINA 1QI5A 5M17A 1KGUA 5C71A 4GI8A 4RE3A 3T0AA 3ZIZA 1BYBA 1TA3A 2AAAA 1ISXA 3WQ6A 2ZIDA 5I3DA 2ZX6A 4LYRA 2V3GA 3UR8A 4HMEA 3RJYA 5FOOA 2PBGA 4W87A 4XUYA 2EPKX 2VX4A 2XIBA 5JIWA 4M24A 2YL9A 3VNZA 4JHOA 4PTMA 4F66A 4TOQA 1WDRA 3A4AA 4HMCA 2PBOA 1VB9A 1Z32X 5I5RA 1HVXA 3VTRA 4CKQA 3W81A 3GBEA 3VGHA 3K8KA 1J9YA 5BROA 2BFGA 3WNNA 4D6JA 2BVTA 4P7RA 1YQ2A 4MB1A 2NT0A 3AHTA 3TOPA 3NDYA 1WZKA 4F9JA 1JYWA 4YN5A 2GJRA 4RE2A 1UG6A 3VX1A 4AD4A 3CPUA 1X6NA 3MMWA 2XSBA 3ZR5A 3MANA 1R87A 2EQDA 2PWEA 2WB5A 1NM9A 1HP5A 3F5JA 3RIKA 2UY5A 4WJXA 1E71M 2VZTA 5IHSA 1KXTA 3W6LA 3VUPA 2Z1SA 3VU2A 3AZTA 1CYGA 5D9NA 3VD5A 5CXPA 2MANA 4X0NA 1GQIA 1MVYA 4JKLA 2ZXAA 3S2CA 3U5UA 2V3EA 4TVDA 2JIEA 1ZU8A 4W86A 1OGGA 5BXRA 1US3A 1UKOA 3B9EA 1HKIA 1ISZA 1KCKA 4BS0A 2OWXA 4W93A 3ZJ8A 1E4LA 3FXYA 5A8NA 1GJUA 1E6RA 3OIHA 2BVDA 3AYRA 1XD1A 1GPFA 4AZ6A 3WD4A 3MMUA 3BAYA 1QOXA 1H11A 1QVBA 4H8HA 1EQPA 4LXFA 3VKKA 1EH9A 1QHOA 1JI1A 3E1F1 1M01A 1GOWA 5I78A 1R86A 3RM4A 4AD1A 1AQ0A 1E0WA 1XCWA 3RCNA 1W1YA 4F9DA 4YHEA 3QOKA 3VINA 3BCFA 4QCFA 4U3CA 2DSKA 1JAKA 4AEEA 2VO5A 3CHCA 3O6AA 3WH5A 3AMDA 3OLGA 1RPKA 1R8LA 1W1VA 3VGFA 1HX0A 2F61A 3N18A 1LL6A 4KGJA 3FY1A 1A3HA 1W1TA 2NT1A 1NP0A 1W3HA 3AMLA 3ZJ6A 4EANA 3NSXA 4CU6A 2ZUUA 4V27A 4IPNB 5A6MA 1E1EA 3SUUA 1QI2A 1C90A 1G1YA 1ODUA 3CZ8A 1JG9A 4W8BA 1ZBKA 1WZAA 3FHQA 3WQWA 2A3HA 4U31A 1F4HA 4CU7A 1LG1A 4PSRA 1J10A 1KB3A 2W92A 1ODZA 5CSYA 3SCUA 1CGUA 1QNOA 2WHLA 2PB1A 2J8FA 4UZSA 4AZCB 2VC9A 2VX6A 2DT2A 2BS9A 4QLJA 3VD4A 4AISA 2DSZA 2E4TA 3GTNA 3VDHA 2WYSA 4IISA 3BAIA 4LX4A 1E5NA 2J7CA 4CN1A 4UFLA 1EXPA 1E9LA 1PEZA 2DT3A 1C7SA 1MQRA 3QHMA 3N1AA 5DF0A 3G6MA 2VCCA 1DWAM 1B1YA 3NIYA 1EA9C 4HZ6A 2CBVA 1KBKA 3BCDA 5I77A 1BYDA 2OSYA 2WC3A 4AIUA 1JNEA 3BLKA 4M81A 3BAWA 4H8VA 4HA1A 3CUGA 1UWSA 1PAMA 5ABEA 3DYMA 4Z2LA 4MNMA 2XFFA 5DT7A 4KWUA 4UTFA 2O9RA 4UQDA 1HJWA 2XGIA 4XZBA 2X8RA 2V3DA 3DC0A 2W91A 4D1JA 2EPNA 5I6SA 2GDUA 3VIJA 4PMUA 4E8CA 2XHYA 1P6WA 3APGA 3L4UA 3N9KA 4PCSA 2A3CA 3ZR6A 2CEQA 4H7VA 2XG9A 3THCA 3TTYA 5DO8A 1LWJA 1NQ6A 4XB3A 4CD7A 1DP0A 3VDCA 3HMCA 3AIBA 4F79A 1JI2A 4DWSA 2DEPA 3MSDA 2UY4A 5A69A 4J7RA 4GPNA 4ATDA 3MS8A 4F8XA 1E1FA 1LL4A 4Z2GA 2WC4A 2DQXA 1BSIA 2ZOXA 2QV4A 3WDIA 4JL2A 1NOFA 4AD5A 3WDPP 1C92A 4OUEA 4ZE5A 1XSJA 1W9DM 1CGYA 1GOMA 1BTCA 4W8AA 1VEPA 3UERA 4D6GA 2DT0A 4N42A 3W26A 1XH2A 4UQAA 1W9BM 5CPTA 1H4PA 2XM2A 3PZQA 1PZ3A 3MUY1 1SR0A 3MV01 1G9HA 1J0JA 3ZT6A 4CVUA 4W85A 2VCAA 1UOKA 1GVYA 1MXDA 1Y7VA 3PZUA 4V2XA 3VDBA 2UWFA 4GZEA 1J12A 2HVMA 4AMCA 2BY1A 3DYOA 2XSAA 3I3BA 2BVYA 4IM4A 4HMDA 2ZXQA 1XH1A 2DH2A 2OWCA 1JXKA 4W5UA 3FAWA 5JBFA 1UR9A 5ABGA 3HJEA 5A2CA 1HJXA 3DHPA 3W37A 1QW9A 4Z2HA 1B31A 1NWTA 4W89A 1KGWA 1KXQA 1XSKA 2VURA 5HNNA 2XM1A 3GXIA 4E2OA 2J79A 4JFUA 4TXEA 3WEMA 1JL8A 4UFHA 2XVKA 1VIWA 3WKZA 1B3ZA 3EDFA 4Q22A 4OOUA 4JFSA 3ZMRA 5HBFA 4D1IA 3D5HA 2X0HA 4AZCA 1J01A 4GI9A 2D20A 3CUJA 3CMJA 4M56A 1CXEA 1IV8A 3A47A 2CERA 2XVNA 5BYWA 2VJXA 1O7AA 5D8ZA 3CUIA 3M46A 5A1AA 2VUYA 1JGIA 1ZJAA 3PZVA 1JDAA 3UG4A 4B9ZA 3W27A 1WAWA 5JBEA 2YOCA 1C8QA 1B3YA 3AICA 1B30A 4W88A 2NW0A 1ESWA 1V02E 1VJZA 2W5FA 2CPUA 2WCGA 1CGVA 1DTUA 4RE4A 1QNQA 1PX3A 5EB8A 5I79A 2G41A 4WKHA 4PTWA 4GO9A 2W63A 2Y2WA 4WF7A 1MW3A 2XIIA 3KL0A 4J27A 4AIEA 4ZEPA 1H5VA 3U57A 3OB8A 1NWSA 1E6QM 4UFJA 3CZKA 3T2OA 5E09A 3OBAA 3O9NA 1L8NA 3EMZA 2CITA 4M80A 2J25A 2YL5A 3BGAA 4UOQA 2J7EA 2BV9A 1BGAA 1V0KA 5EFDA 4M29A 4AZIA 4HU0A 1E4MM 2WMIA 3T09A 1ZBVA 1PBGA 1LQ0A 5DEZA 5A8PA 2WANA 1HN1A 1VEMA 3FN9A 2FDMA 1BYAA 1I75A 3M7SA 5BCAA 4KGLA 4B3LA 1B0IA 4FLOA 5A8OA 1J11A 3SCNA 2OWWA 2CBJA 3HN3A 4WKAA 3QHNA 1NWUA 4UNIA 2O92A 1R85A 4WIWA 4D6EA 4DUWA 1LWHA 4ACZB 4ZXLA 3ZT7A 1JF5A 3WL1A 4BA0A 4AW7A 5TD4A 1TMQA 1FP9A 1HNYA 3UR7A 3N12A 3POHA 4PUDA 3KL3A 4FK9A 4PMRA 4PSPA 3G6LA 1LF1A 3K8MA 3UESA 3SUSA 7A3HA 3MV11 3SCVA 3KL5A 2WAGA 3AFBA 3WMSA 1HIZA 3UEQA 3ZM8A 3MMDA 1MW2A 2E40A 4PN2A 1Q6EA 1E6NA 2CBIA 3W6MA 2J7FA 2AMGA 3LPGA 1UH2A 4MB5A 4NI3A 2GFTA 4CUCA 1V0LA 3AMCA 3VPLA 3WFZA 1V0NA 3VIGA 5CG0A 3T0DA 4JL1A 1UHVA 3WL0A 1JDCA 3AIWA 2E8ZA 1E6ZA 5LA2A 3KE0A 3WH7A 4W7WA 4NF7A 2VR4A 1E0VA 4MJ2A 2XWEA 1UWIA 1MQQA 4HA4A 4D6HA 1UZ1A 3IAQA 1E6XM 4B3KA 4GQQA 1JNDA 2CNCA 3N17A 2IUZA 1QBAA 4LPCA 2VZOA 2V38A 5FIPA 1XCXA 1H1NA 3K4DA 3BSHA 1JF6A 2ZX8A 4MNKA 4D72A 4J3TA 1UA7A 1D7FA 2D2OA 4JKMA 1J18A 1UKTA 3VIFA 1UKSA 3WUGA 1EO7A 2WLZA 1MXGA 1HXJA 1UWUA 1C8YA 3WMCA 3GH4A 2GK1B 2ZICA 4HTYA 1WP6A 5A6JA 1D2KA 1A47A 3GH5A 1WE5A 2WSPA 1CLVA 1MQPA 3CZEA 2YIHA 4HPGA 5A8QA 1FH9A 3VIIA 3CHEA 5LA0A 2ZXBA 4R5EA 1M04A 4BQ4A 1KFWA 4UQ9A 1U33A 4V28A 4P7QA 3FHAA 2ZXDA 1ITCA 2J62A 4TX8A 1K6AA 2XJ7A 4PMZA 4J3SA 1HJSA 1QBBA 1DWFM 3WDRA 4DUVA 4PMNA 4LYQA 5E9AA 3AJ7A 5CQ1A 3SCOA 7CGTA 1TCMA 3OLEA 1LLOA 4PMQA 4U2ZA 3KZSA 2VRKA 1HJQA 3ZJ7A 2YKKA 4GINA 4CD6A 3ARWA 1GOOA 4OZOA 3NSNA 2WWCA 4HOWA 4HZ7A 2PI6A 3L4WA 1F4AA 2BHYA 3WQ8A 3QR3A 3O2LA 1BFNA 1OD8A 4ACZA 4WSJA 1HL8A 1I1WA 2WM0A 1V3JA 4Z2KA 1EDTA 4DM1A 1TR1A 4L4OA 4NRRA 1V0MA 1XV8A 2WCSA 3WIJA 2GSJA 1GCYA 1UR4A 1E4IA 3WBEA 4ZFMA 1WCGA 3VNYA 3BC9A 3VOCA 2WBKA 4YHGA 3K1DA 5DFAA 2W62A 4BQ5A 2A3EA 2DSVA 1UQZA 2ZUNA 3WD1A 4P8XA 4CD5A 4MNJA 3L2LA 5CGTA 4Z2IA 3SCSA 4XX6A 4GXPA 3TA9A 2QHAA 3NUKA 2WHMA 4CCCA 1XH0A 1E5JA 2G3IA 4AZBA 1JZ3A 4U33A 3VIMA 1UKQA 3N04A 1UH4A 1E56A 1UKPA 1UD3A 3W25A 3HU7A 1E3ZA 1HKKA 3MUAA 4NRSA 2JF7A 4TVCA 3QGVA 1MFUA 4UFKA 3AIVA 4AD3A 4KMQA 3UCQA 3F5KA 3GDBA 3JUGA 4CN4A 1KCLA 2V5DA 2DPEA 3ARVA 5EBAA 1VFFA 1KQZA 4JCLA 1GQLA 1QNRA 3SCRA 1G5AA 3VGEA 3WMBA 2DT1A 4OKDA 5D4YA 1PPIA 2G3JA 2W66A 2WKLA 4LYPA 2IXVA 5GNYA 5BWFA 1DWIM 2FH6A 5D9OA 4AD2A 2CHNA 3CZJA 2ZE0A 1QI4A 3SCWA 1K9FA 3VM7A 1VFMA 4OJYA 3ZJKA 1WDPA 2E8YA 4OBRA 1W9PA 3CUHA 1RD6A 4IPLA 1JZ5A 4PCTA 1KWKA 1L0PA 4GIAA 2ZUSA 4D6FA 3U7BA 2JFEX 4GKLA 2A3AA 3NCOA 3PZNA 1ECEA 1FFQA 2BHUA 3OG2A 2G3NA 3RM8A 3AZSA 3EBVA 4C7GA 2WMGA 3VGGA 2CCRA 4S3JA 5CLTA 1TG7A 2VT0A 4QP0A 1J0ZA 3W29A 3EMCA 1VEOA 2CETA 3GYCA 1KQYA 1XC6A 3LPFA 4K68A 2G3MA 2FGZA 1V3LA 1B90A 5BXSA 3MU7A 1VBUA 2WSKA 1W2VA 4NSBA 2YA0A 1E55A 1H0IA 2ZUWA 3SCTA 1GOKA 4E4PA 3IANA 3L4XA 2D0HA 1UZ4A 4B9YA 4MAVA 1AMYA 2VZUA 3FAXA 2J7GA 3RM9A 2J75A 2QF8A 4FF5A 2WMFA 4DWSC 4MNLA 5HPOA 4AY1A 5CSUA 1MYRA 3CMGA 4NZCA 1GQJA 1GNXA 1B2YA 2CIPA 4OIFA 5IFTA 1JIBA 1VFUA 2VRQA 4P8WA 3DECA 4A3YA 1JXJA 3GZAA 1CXIA 3ZQ9A 2EBNA 3T08A 3WD2A 1K9DA 2J47A 3ZOAA 3MUIA 3WDHA 2WVTA 4MAZA 4H8UA 3MO4A 1BVZA 2D22A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5EFF A;  3PZ9 A;  1B3W A;  4HU8 A;  3OLD A;  3AIS A;  3ECQ A;  2OSX A;  1NOW A;  2D1Z A;  1V6X A;  2TAA A;  4J28 A;  3OZO A;  2YL8 A;  4PYS A;  2E9M A;  1HL9 A;  3II1 A;  2E3Z A;  1R7A A;  2G8Z A;  1JZ7 A;  5BXT A;  3W0K A;  2EPL X;  3K46 A;  1QW8 A;  1X1N A;  2PF0 A;  1CWY A;  2ZWZ A;  5A8M A;  3WF3 A;  2JF6 A;  4MJ4 A;  1OIM A;  3PZT A;  1C91 A;  3N11 A;  1KR0 A;  1IZJ A;  2ZX5 A;  5AC4 A;  4URI A;  1ZBC A;  3AS1 A;  3AMG A;  1JZ6 A;  2X09 A;  2X0Y A;  5KZ6 A;  1KR1 A;  2VX5 A;  2CHO A;  1EO5 A;  2W67 A;  2YBU A;  1LG2 A;  3BAK A;  1UR8 A;  3AIE A;  1V08 A;  1E4N A;  4WK9 A;  1ZB5 A;  2YA2 A;  4P8V A;  1UQY A;  4PBG A;  1H2J A;  3MKK A;  1V3I A;  1Q6C A;  4FLS A;  4FLQ A;  1CPU A;  1TFV A;  1G01 A;  1WB0 A;  1W9U A;  2Z1K A;  1OGB A;  2YJQ A;  5CGM A;  1OGS A;  1SMA A;  4MPK A;  2VVN A;  3T2Q A;  5ECU A;  2Y8V A;  2JAL A;  1WZM A;  1J0H A;  4H2C A;  1E43 A;  4QLL A;  1PIF A;  1UD6 A;  1H0G A;  3VDA A;  4JIE A;  1SFS A;  5IHR A;  1EIB A;  1JYV A;  2G4F A;  4EKJ A;  1ZL1 A;  3WQ5 A;  1O6I A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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