1KBJA

Crystallographic study of the recombinant flavin-binding domain of baker's yeast flavocytochrome b2: comparison with the intact wild-type enzyme
Total Genus 141
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
141
sequence length
412
structure length
393
Chain Sequence
GETKEDIARKEQLKSLLPPLDNIINLYDFEYLASQTLTKQAWAYYSSGANDEVTHRENHNAYHRIFFKPKILVDVRKVDISTDMLGSHVDVPFYVSATALCKLGNPLEGEKDVARGCGQGVTKVPQMISTLASCSPEEIIEAAPSDKQIQWYQLYVNSDRKITDDLVKNVEKLGVKALFVTVDAPSLGQREKDMKLKFSASRALSKFIDPSLTWKDIEELKKKTKLPIVIKGVQRTEDVIKAAEIGVSGVVLSNHGGRQLDFSRAPIEVLAETMPILEQRNLKDKLEVFVDGGVRRGTDVLKALCLGAKGVGLGRPFLYANSCYGRNGVEKAIEILRDEIEMSMRLLGVTSIAELKPDLLDLSTLKARTVGVPNDVLYNEVYEGPTLTEFEDA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Oxidoreductase
source organism Saccharomyces cerevisiae
publication title Crystallographic study of the recombinant flavin-binding domain of Baker's yeast flavocytochrome b(2): comparison with the intact wild-type enzyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords CYTOCHROME B2
total genus 141
structure length 393
sequence length 412
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 1.1.2.3: L-lactate dehydrogenase (cytochrome).
pdb deposition date 2001-11-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01070 FMN_dh FMN-dependent dehydrogenase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 1kbjA01
5HULA 1I4NA 4RV8A 4CCDA 2I14A 2ZYFA 4NZFA 4NXKA 4K37A 5FF4A 1HG3A 5TIMA 4O10A 1RVGA 3C2EA 4XKYA 2PRLA 4YCPA 3N3MA 1O5XA 1U83A 1OX4A 2Y61A 4FXSA 2V2CA 3LGEA 3M0ZA 4O15A 1OHLA 2CLLA 5I3GA 2FB3A 2HS6A 4K38A 1LRQA 1O5KA 4N9BA 5AC6A 5E1QA 4A29A 3Q37A 4HSOA 3EX1A 2O7SA 2V30A 2A21A 1L6WA 2CLHA 1AW1A 2V5LA 3UYCA 4UC5A 3EEGA 3G1XA 4XZ9A 1O94A 1PHWA 3C8FA 2X1RA 1VPXA 1C29A 3PAJA 4UTWA 5AYXA 2E1DA 2I9EA 4RXGA 2EKCA 3L67A 1TPH1 1IXQA 5C5YA 1OFPA 1R2TA 4JXCA 5G2HA 3HF3A 3F03K 5G2WA 3GNDA 1W3IA 4QJ1A 2KZHA 4UTMA 4X9SA 3BLFA 2X30A 1VLIA 3BG9A 2CLFA 3E0IA 3V1PA 3U2OA 1JCJA 1TPB1 4UFLA 2VELA 4LTSA 1VHCA 3MHGA 4O52A 3O6DA 4TIMA 1Z41A 1F7BA 1KBJA 4HSNA 2WNQA 5EPDA 5FI8A 3W23A 3HBLA 4A2SA 3O07A 3M7WA 3QZEA 3GZ3A 3MMTA 1TTJA 1S5WA 1ZFJA 4O18A 4M5PA 3UWZA 4DXVA 4JICA 1HL2A 4RKAA 4UUIA 3TSBA 2A85A 4ZQMA 2V82A 3VFLA 4LUIA 3B0VC 1M7PA 1H7NA 3MI6A 3DHFA 1R2RA 2RDTA 5LNUA 1ONRA 4NT0A 3DHDA 4WXZA 1VYPX 1G6CA 3PULA 2YCEA 1UUOA 1XBXA 3G1YA 1RV8A 1OYBA 3QSRA 1OX4B 1DQXA 3LV5A 3PS7A 2WO5A 5I3JA 4AWTA 2OMAA 1UCWA 3QSTA 4LS0A 4XBSA 5F4XA 1GEQA 4XUGA 5BMXA 1OFQA 4MOZA 3VNDA 1P1XA 2E5DA 3FLUA 1DHPA 3O06A 4UFKA 3W76A 3TAKA 1TMHA 5D02A 3S8HA 4BWLA 4AH7A 3L66A 2JGQA 1JR1A 5LHFA 4O4WA 3RK8A 4GUFA 1DJQA 1KTBA 2ZZ2A 3M44A 4O0ZA 3ELFA 5KITA 1W5PA 4A21A 1TV8A 3MI2A 4N02A 4FX7A 1KM2A 5FEZA 3SGZA 5AC8A 2G5WA 2G96A 3CWNA 2XN0A 1S3HA 4UNLA 2Y63A 1LORA 1QPRA 4Y90A 4JYEA 2NV1A 3S0CA 3NEVA 4LNYA 1U5JA 3E12A 3CIWA 3OA3A 3OIXA 3HGOA 3BGGA 3S6DA 2ATMA 1GZGA 1VH7A 3HJZA 1I2NA 1LBLA 5K4XA 2FJKA 2V5BA 1QOQA 1SSGA 1GVFA 4ORIA 4Q33A 5DCDA 5AC7A 1YXDA 4M6PA 1VS1A 3CT7A 3LI0A 4E0CA 2Z0IA 4O11A 1YYAA 1KM6A 3CEUA 4IMDA 2CFFA 5DXYA 3KAOA 3IVTA 1JCNA 2NUYA 3B03A 4K8EA 3U8GA 1OG0A 4S1FA 1XC4A 5U4NA 3SIZA 3IVUA 1JCMP 2OT1A 4QNEA 3HIJA 1FDJA 4OT7A 1OFRA 3PUOA 3BG5A 3W2UA 1KFKA 4YMZA 3UWQA 4HPJA 4DPQA 1B57A 3GKAA 3M5VA 4GUGA 4N9EA 3NL3A 5F2LA 2DZUA 3TW7A 3PVFA 3MO7A 4CNOA 1SFJA 3S1WA 4JY8A 3QFEA 3O8AA 1LCOA 4R34A 3P67A 3TUUA 3PSVA 3NXFA 3RU6A 1KFLA 4QNWA 5LHEA 3AJXA 3PC0A 3TJLA 4DO6A 2ZDRA 4GUJA 2DZPA 4BR1A 1LOLA 1YTEA 3M41A 1C8VA 4GWEA 3I6RA 1WAUA 3BV4A 1RPXA 1QPOA 2TPSA 3HMJG 4E38A 5EA9A 3O16A 5BNKA 5D33A 1WBHA 3G1VA 3KRSA 1A5BA 3UWVA 4LY8A 4AMAA 4ML9A 3G22A 1OF6A 2NV2A 1ZAHA 3BO9A 1PCWA 1KFBA 2CLIA 2EF9A 1F73A 2A6LA 5TQLA 5F2GA 2A2IA 3UY8A 1FWSA 1TB3A 5E93A 3P74A 4BFAA 2Y85A 1K7FA 3PR2A 3SW6A 4OU1A 5KZMA 1K02A 1KV5A 4IPIA 1LRTA 3TR2A 4DELA 4O8RA 1VHNA 5G4EA 1VYSX 1Y0EA 3I7SA 5HUOA 1P5BA 2NX3A 1G69A 2WKJA 1YDOA 3INPA 4JTFA 4UTTA 1YXCA 3GDLA 1A50A 5K7JA 3SSJA 5LNWA 2OCZA 4WUIA 2QCLA 3W1LA 3RLUA 2DZWA 1W54A 3HGSA 3MW7A 3I7QA 4YXGA 1O60A 4OV4A 2Q8LA 2YR1A 1ME7A 3SECA 4JX4A 1TYGA 1TSIA 3MI3A 2ZTKA 2E6AA 3QQ1A 1PE1A 1LLZA 3NQVA 2ZRXA 2YGYA 1MEIA 1H1ZA 2ZBTA 1H62A 1DKWA 2QUVA 2QDHA 2QJIA 1QPQA 3EB2A 3PY2A 1TPWA 3DFNA 3H55A 4NX0A 5H91A 3NQDA 2GVLA 2QCDA 2E68A 2GUUA 3I68A 4TU1A 4RLIA 1ZJIA 3I7RA 2ZRUA 2NWSA 2Q3RA 1B9BA 3DFPA 3LCIA 1DV7A 2J9ZA 4ZQNA 1I2QA 3UWYA 4NNCA 2PURA 3B8DA 3AO0A 3ATZA 2GJNA 4JGDA 4PCFA 4HNUA 2NLIA 1TRIA 1JUEA 2H90A 4Z08A 1KLYA 2H6RA 3QC3A 4XQ6A 2ZZ7A 5CG7A 1WQ5A 3NO5A 1SU5A 3QRHA 1Q6OA 3W7QA 4A22A 1UB3A 1IGSA 5D03A 5K4ZA 3W73A 1GWJA 3KVLA 1K3UA 1Q3NA 1JUBA 4NNBA 5KMYA 1VR6A 4YL2A 1WOAA 4IWWA 3DAQA 4FNSA 3TC7A 3TMLA 1F2JA 5IM51 4OWGA 4MLRA 5K3VA 4ZVJA 5CPLA 4UFIA 1RD5A 3W7IA 2BWGA 1VCFA 3TK7A 3WJSA 1QO2A 3C61A 3EXRA 1SSDA 1N55A 1K8ZA 1AL8A 1VLWA 2J9YA 4JYDA 5FF3A 3KVMA 3K30A 4ZMGA 3M5YA 4AF0B 1EWDA 1XDLA 2OX1A 3L2IA 2H8ZA 2ZZ1A 3P60A 2X1SA 1YADA 1AG1O 3HGRA 4O57A 5LNRA 2QAFA 1GQNA 1QR7A 2C0AA 1OFBA 3ABSA 1H50A 4KWVA 3FS2A 1P0KA 1ALDA 4JIQA 1H60A 3CM4A 4HPXA 4HNVA 3LTSA 4X3ZA 4FIQA 1G7VA 1F76A 2YFOA 4UTIA 1VCGA 3CC1A 3PWAA 3C2FA 2YW3A 5AN7A 2RHGA 5D38A 3W70A 1GG0A 2C19A 3L0GA 4WOZA 1GTHA 4LS1A 2GQ9A 4MY9A 4Z0SA 3TW6A 1MZHA 1NSJA 4M19A 1SW3A 2ALDA 2Y7FA 3IIZA 3W7KA 3OEXA 2NUWA 4EIVA 1ZHAA 4WY0F 7TIMA 3DKLA 2CLKA 3NQ6A 1GVSA 2H3DA 1JQXA 1LBFA 3TNOA 4AHPA 2IQTA 4ZQPA 4IQLA 3CU2A 2YYTA 3PBYA 1XBYA 3L5MA 4NXSA 3T40A 2R94A 1T0OA 3EX6A 3TAOA 5AB3A 1Z42A 1D9EA 3ANYA 3LRMA 3RMJA 2QCHA 4LV9A 3WK2A 1KV8A 1T8XA 4EOUA 4IXXA 3KXQA 1FBAA 3S5NA 3O15A 2ZZ5A 4RR4A 4IMCA 4M6QA 3NQ2A 1NAL1 3L0NA 3TKFA 1KFCA 1B3OA 3LXBA 1ICPA 3VI2A 3LRLA 2BTMA 2FIQA 1B4EA 2E6DA 5AFDA 2Z2UA 1CI1A 3S5YA 3W74A 4BF9A 2CLOA 4ZZ9A 1Q6RA 3T78A 2X1TA 4O0KA 3IRDA 5F2MA 1LYXA 1YXYA 3LHUA 1W5OA 2J6XA 3P80A 4JN6A 5L6UA 3QEZA 3W1UA 3W71A 1W31A 3NQFA 2WNZA 4QITA 4CQ8A 1LOSA 4P2VA 2CWNA 2PRMA 1KBIA 4JTUA 3LBCA 3UZJA 5AYYA 2GJLA 3LLDA 1W5NA 1NFBA 4KKXA 2Z6JA 4RCXA 1BKSA 1ME9A 1RQBA 2QDGA 1SO3A 3W2LA 1W0MA 3MBFA 3W7DA 2AAMA 2Y6ZA 4OBTA 3CWOX 4MJZA 4HNTA 1OX5A 3PBWA 4PL1A 4K7VA 3R5EA 4LT9A 3W6YA 3N34A 3WJZA 1UUMA 4NZJA 2JK2A 3P8JA 1JRCA 1TTIA 2A6NA 4O53A 2YPIA 1F6KA 3EWUA 1HTIA 3GDRA 3HPSA 1F6PA 1VJIA 3KFTA 1GVOA 4L4LA 2GQ8A 1VRDA 2C1HA 3G3MA 5CKSA 4JNMA 3BPWA 1F5ZA 3LX9A 3DKJA 3OVRA 1ML1A 3SGUA 3I65A 1NF7A 1EB3A 1K03A 2ZRVA 3DZ1A 5CGQA 3MHFA 1KTCA 2WSRA 3W88A 3S9YA 1WOBA 4GC4A 4N4QA 2Z6IA 2EGZA 3NYZA 2HS8A 5AHEA 3GDTA 2R8WA 4CCCA 5LZLA 5CSSA 3P5YA 1VYRA 4XKYB 5LGXA 3W7CA 5DBTA 3W83A 3GNNA 2DU2A 1WX0A 3JR2A 4UTTC 1AW2A 2BSLA 3LRKA 3NQGA 3QW3A 1DL3A 1MXSA 4AVFA 3S42A 2RFGA 2A7NA 4RJEA 1ICSA 3HG3A 4MPQA 3SY5A 1FCVA 5HR7A 3UNDA 2C14A 2FQIA 1X7FA 3QH2A 2ZRZA 1O95A 3MYPA 2VC6A 3NOEA 1G4PA 1JVNA 2YW4A 2DZVA 5C55A 2QJHA 2HSAA 2NUXA 3IIOA 4UTLA 1P0NA 3E96A 3NQ8A 4Y8FA 1SO6A 5HWMA 2A7PA 5F1VA 1OFOA 1QCWA 2JKPA 3T7VA 5C54A 4NJKA 5F1UA 4ZL1A 1GVRA 4AWSA 4O50A 3WJXA 5TBOA 2B4GA 3BLIA 4LU0A 3QMSA 2EAWA 2PRHA 1GPWA 1XBVA 2V2HA 3STEA 1YPFA 4CCEA 3NL6A 1S5VA 1FWTA 2X1UA 1QMLA 2CZ5A 1TV5A 1CX9A 3M16A 5CPNA 3TE9A 4DO5A 3UPWA 2NX9A 3W1RA 1K7XA 4W9TA 1KA9F 3ZFHA 3BW3A 3N9SA 1XCFA 3P82A 5KZDA 1PCKA 1KFJA 4O16A 4UTUA 3O1NA 1VQTA 4MIMA 1ZCOA 4ZQOA 3THQA 1QFEA 4MY8A 3G8RA 4O1AA 4XTDA 5I3HA 1TPFA 3L5LA 3CEPA 1UBSA 4JX6A 1KM4A 3C0JA 3DFTA 4IXHA 4TMBA 1QNVA 2QCMA 1A53A 4G1KA 1SZNA 5D09A 1B4KA 2YX0A 1WV2A 3LXAA 4UTKA 3QMTA 4E2BA 3CHVA 3W1XA 2WSYA 2G95A 4AAJA 4UNKA 3ABRA 3RF9A 3UWWA 1EA0A 5G5IA 2W0UA 3N73A 1QOPA 3DBPA 3M6YA 3W22A 2QEZA 4MYXA 2C16A 1SW7A 2ABAA 5L9FA 4NJGA 2VFIA 4TX9A 4I9AA 5K9XA 3EWWA 4HKPA 5HWNA 3H54A 3LTPA 3HG5A 1FDYA 3W7MA 3L9CA 3W87A 4DQWA 5DY3A 1TJRA 1DVJA 1LOQA 4JTHA 3TFXA 1D3GA 1EUAA 3LB0A 3IGUA 4O54A 1WBJA 1K7EA 4N9CA 1TTQA 3P81A 3B06A 2W79A 1M6JA 3NM3A 3C6CA 2V81A 1WA3A 4CNNA 1VC4A 3MP5A 1JJKA 2BZNA 4MFDA 5BRBA 3F1QA 3DFSA 3KOFA 2XN1A 1NEYA 3C56A 2ZRYA 1BTMA 1KM0A 1TRDA 2E5CA 4RXFA 3C2OA 4JS3A 5D2XA 3E9AA 1M7OA 2Y88A 4UFMA 5I3FA 2A5HA 1SFLA 4Y9AA 2CLEA 5HJLA 2WSQA 1Q45A 1H7XA 4QIUA 5LNVA 5F4WA 4GE8A 5DBUA 2NX1A 5HUPA 4O12A 1KM5A 1IXPA 3TROA 4UMBA 1G4SA 5HINA 3NPWA 3IVSA 2VFGA 1MSSA 1I45A 4MZ1A 3O6CA 3KRUA 3S5ZA 3W1NA 2FFCA 3W1MA 1DJNA 4MUZA 4DPPA 3TCEA 1OF8A 3GXTA 4B5NA 5D32A 1SQ7A 3G18A 3W7NA 3SFKA 2JKEA 3NA8A 2VEIA 1R47A 1KFEA 4NJJA 5DCBA 2ZZ6A 4FF7A 2TMDA 1DORA 3MP4A 2FDSA 1IXOA 3B0PA 4A2RA 5HR6A 4JD4A 2CU0A 3FJLA 4N9DA 1FY6A 4K7YA 3UQNA 5G1YA 1TPDA 4ZQCA 3P61A 4I7WA 1H51A 3S1XA 4LRSA 2HTMA 4NU7A 1EP2A 1NVMA 4KWWA 2C13A 1TIMA 4ADUA 1BWLA 3LCXA 1R2SA 2VEMA 4LC6A 2QUUA 4DBEA 4GBUA 5J5DA 3W7HA 3PUEA 1EWEA 1I2OA 2C18A 4KFOA 4FNQA 5CPOA 2B7OA 2CZEA 3QYQA 3MJYA 1SO4A 5AHNA 1F05A 2G97A 3BGJA 3QJAA 4PH6A 1L2UA 1OK6A 2JGYA 4PTNA 2R14A 4K8HA 1L6SA 1K8YA 1IF2A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 5HUL A;  2A3B A;  1IZC A;  4IQE A;  3KZP A;  2G41 A;  4P8U A;  1TX0 A;  4CCD A;  4NZF A;  4C1N A;  1GOW A;  2VCB A;  1ISV A;  3I4E A;  1RVG A;  3A4W A;  1VB9 A;  4PMO A;  2IXV A;  3N3M A;  1CEN A;  1O5X A;  1U83 A;  1OX4 A;  4TTG A;  4FXS A;  1VEO A;  3LGE A;  3M0Z A;  1TV2 A;  2CIT A;  4DJE D;  3D3A A;  4N9B A;  4AZC B;  1WDQ A;  8A3H A;  3Q37 A;  3SJN A;  2BHY A;  1OC7 A;  3LEP A;  1QHZ A;  1BWV A;  1L6W A;  3U2C A;  3TZN A;  3EEG A;  3UG3 A;  1XYM A;  1XJB A;  3PAJ A;  1JXK A;  3GXM A;  4PMX A;  1B31 A;  2BOG X;  2EKC A;  3L67 A;  4IHC A;  5C5Y A;  3BL3 A;  1XR2 A;  3F03 K;  3S4T A;  5G2W A;  2ADA A;  2XYL A;  2QDE A;  4X9S A;  3PBM A;  3SQM A;  3NTY A;  2CLF A;  1B3Y A;  1JPI A;  4CU8 A;  3V1P A;  4LEQ A;  1TPB 1;  2VEL A;  2GGG A;  1VHC A;  1KXT A;  2VZT A;  4O52 A;  2CXG A;  3O6D A;  3GBE A;  4TIM A;  1Z41 A;  1GW1 A;  3HBL A;  2VCC A;  4DAF A;  2DUA A;  4LAL A;  2JF7 A;  1ZFJ A;  1Y8B A;  4M5P A;  4O1E A;  3CQJ A;  4DXV A;  4JIC A;  4RKA A;  3W0K A;  3TSB A;  3MY9 A;  1GQK A;  3GHR A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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