3OBKA

Crystal structure of delta-aminolevulinic acid dehydratase (porphobilinogen synthase) from toxoplasma gondii me49 in complex with the reaction product porphobilinogen
Total Genus 126
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
126
sequence length
352
structure length
352
Chain Sequence
GPLDNNNYGEVWLPIQARPRRNRKNRAVRQLVQENLVKPSSLIYPLFVHDEETSVPIPSMPGQSRLSMEDLLKEVGEARSYGIKAFMLFPKVDDELKSVMAEESYNPDGLLPRAIMALKEAFPDVLLLADVALDPYSSMGHDGVVDEQSGKIVNDLTVHQLCKQAITLARAGADMVCPSDMMDGRVSAIRESLDMEGCTDTSILAYSCKYASSFYGPFRDALDSHMVGGTDKKTYQMDPSNSREAEREAEADASEGADMLMVKPGLPYLDVLAKIREKSKLPMVAYHVSGEYAMLKAAAEKGYISEKDTVLEVLKSFRRAGADAVATYYAKEAAKWMVEDMKGTQKFTEPCY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal Structure of Toxoplasma gondii Porphobilinogen Synthase: INSIGHTS ON OCTAMERIC STRUCTURE AND PORPHOBILINOGEN FORMATION.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Delta-aminolevulinic acid dehydratase
molecule tags Lyase
source organism Toxoplasma gondii me49
total genus 126
structure length 352
sequence length 352
chains with identical sequence B, C, D, E, F, G, H
ec nomenclature ec 4.2.1.24: Porphobilinogen synthase.
pdb deposition date 2010-08-06
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3obkA00
4O18A 5HWJA 1Q6OA 1U83A 2Y7FA 3LCWA 5DELA 3IIXA 4AF0A 1LM1A 3S9YA 1K8YA 4IMEA 4K39A 1TTQA 4TO8A 2QCEA 5HUPA 4MY8A 3CB8A 1VGAA 4ORMA 3T40A 1HG3A 1UASA 3G1DA 2X16A 2Q3OA 1RV8A 2WO5A 2NX9A 4YCOA 4NXKA 4ZVJA 2Q3RA 3HBLA 4BI5A 1A5BA 2X2GA 2KZHA 2YFNA 2VXNA 5F1VA 1TPB1 3G8EA 4WXYA 4P61A 1OFPA 1HL2A 2WQPA 1NAL1 3S42A 5I3IA 1YYAA 3U6WA 1SUXA 1DJNA 1J4EA 1PVNA 3UY8A 5CPLA 2ZFAA 4DO5A 1Q45A 3KFTA 2A85A 1LBLA 3CWOX 3R13A 3W7CA 1LRNA 1JCXA 1YXYA 2FPYA 1WQ5A 2X1RA 1K8ZA 1YPIA 1F7BA 1KFLA 4X2RA 4O10A 3R89A 1XDLA 4XKYB 3C52A 1XM3A 2J9ZA 1OX4B 2E5BA 3DU0A 4NJJA 5SWUA 1QOQA 2HMCA 1R2SA 2CU0A 2Y7DA 3CC1A 4R34A 3LI1A 1H1YA 3NDOA 4NJIA 3SECA 1W3TA 4UR8A 3IIOA 1CI1A 1H60A 2CLMA 2NWRA 1FDYA 2A0NA 3N2MA 3IVSA 1QOPA 1T8XA 1VYSX 3NPVA 2I9EA 4XBKA 4GNJA 3NXFA 4X3ZA 3TFXA 4IMFA 4JX6A 3PB2A 5LNSA 3D0CA 1EWDA 3LHZA 3LCGA 2C3ZA 3EKLA 2WOQA 1GT8A 1YADA 2VFFA 3N9SA 1KFKA 4N6FA 3UNDA 3G3DA 2C1HA 2Z0IA 4Y96A 1AL7A 3M47A 4IMCA 4JY9A 3C0JA 3M6YA 4S2CA 3O1NA 4IUOA 4RX0A 4O57A 5I3FA 3WK3A 3CT7A 4LS0A 3VE9A 1IXNA 3KRUA 3KXQA 1XXXA 2RDTA 1YLVA 4Y6GA 3W84A 2VOMA 3T78A 4AB4A 4O0KA 1XBVA 4M6VA 1GOXA 3O6CA 1BKSA 4AWTA 1W37A 1ML1A 2DJLA 3BVJA 1GVOA 4U4MA 3DFQA 2PRLA 4Z0JA 1SW0A 4WY0B 3W23A 1WAUA 4GUJA 1BWKA 3LB0A 4XUGA 3M43A 4E2DA 2QR6A 5FF4A 4LC8A 2H6RA 1FX6A 5K9XA 5LKYA 2Y6ZA 1XUZA 1UCWA 4NX0A 1I2NA 1JR1A 5FF2A 3M9YA 1SQ7A 4DBDA 3W1QA 3S0CA 3W7PA 4I7UA 3W7OA 3DZ1A 3W7HA 2X1TA 3RLUA 4BI6A 4KKXA 1Y0EA 4K36A 3THQA 2J9XA 4M6PA 3TX9A 4U28A 5G1TA 3WK1A 3TU9A 2P1FA 1EP1A 1TCDA 3O6DA 5K9CA 2YR1A 3LTSA 3NPXA 1DBTA 1RQBA 4RJEA 3SJ3A 3PF3A 4PCFA 2TMDA 2YX0A 3HG4A 4POCA 3BV4A 1DHPA 3RFAA 2DP3A 1F2JA 1K8XA 2FFCA 3GR7A 3STCA 3B03A 1VYRA 2C14A 4A2RA 3NL6A 3DAQA 2EF9A 3PUDA 3NQVA 4UTKA 2JKEA 3GYEA 4LVFA 1GEQA 1AMKA 5LNWA 4ONVA 3HOJA 4XKYA 3M41A 4KFOA 3B4UA 1GJPA 3W7IA 1OX4A 4PC8A 2GVLA 1RQHA 4DF0A 3R8RA 2C13A 3LRKA 5AHLA 3EXRA 1MEHA 3C3NA 1W31A 3QPYA 2NUYA 3S5OA 2ISVA 2C16A 1WV2A 1H7NA 1PE1A 4CCEA 3G3MA 3NM3A 4O1BA 3T44A 1LLWA 1LTDA 3UXDA 4IOTA 2G97A 3G1FA 3L0NA 2DZTA 4HSOA 2HS8A 3QJAA 1GQNA 1TTPA 4ORIA 5HR7A 1MSSA 5F4WA 4AEOA 3T7VA 1J2WA 4K8EA 1JRBA 4I9AA 4BI7A 1EPXA 3W1PA 2BX7A 4NJHA 2WKJA 1LBMA 3G1SA 3MW7A 3Q58A 2PC4A 5KINA 4RCXA 5FEZA 3NQGA 5D04C 5H2ZA 1FBAA 5L6UA 4UTTA 1WA3A 1TO3A 2ZZ3A 3N3MA 3PB0A 2E6DA 4K7YA 4LVGA 1QMLA 4JYEA 4GUHA 4C1KA 2A6LA 1AW1A 1JCNA 4O4VA 3NQFA 4LVAA 3P8IA 3GDLA 4NVTA 3NNTA 3PUEA 2YW3A 5C6MA 3TNOA 3TSMA 4GWEA 4GXMA 2CWNA 4MY9A 2QDGA 5TQLA 4FEZA 1ZENA 4JIQA 4MFEA 1BTMA 1P0KA 3QH2A 3BG9A 1T99A 3A5FA 4MIMA 4JTUA 3NO5A 2ZYFA 1S5WA 4LUIA 4YXGA 1I2RA 2NX3A 1I45A 1X8FA 3H55A 4LS1A 5AYXA 1YTEA 3PG9A 3QRHA 5AYYA 3ABOA 2B0MA 3IGSA 2LLEA 1P5BA 2V2DA 2WNQA 3K30A 5K3VA 1D9EA 4N4QA 5LNUA 3MO7A 5I3JA 3HJZA 5DCDA 4PEKA 3V75A 5L9FA 2PRHA 2J27A 2XN1A 5FF0A 4HN4A 2Y62A 5C5YA 3C2EA 1HFBA 2VFEA 5TBOA 1Z41A 2GQ9A 2O7SA 4JTEA 1JCMP 3NQ6A 5EPDA 4GUIA 1S3HA 3W2JA 1IIHA 3P62A 3S8HA 3ATYA 5G4WA 3DXIA 1M6JA 3NQCA 1F6KA 3M5XA 2GQ8A 5AB3A 5AC7A 3LRLA 3NEVA 5CZSA 3QQ0A 2V2HA 3TFCA 3TJXA 1XBYA 5F4SA 3EWYA 1TJPA 3B05A 5K7JA 3O15A 4ZQNA 3GAYA 1SSGA 1LORA 1YTDA 4TMCA 1EX5A 4RZ4A 1VJIA 1SZNA 3C56A 4TR9A 3IIPA 2ISSA 5D05A 2WSRA 1B57A 4DO6A 4K37A 3WK0A 2B4GA 2NUXA 2Y7EA 3N2XA 4DBEA 4R7JA 3LM7A 2A1YA 4JNMA 1QWGA 2H8ZA 3M44A 3W7RA 2XFWA 3MBDA 1B3OA 1G67A 2EPHA 2VEKA 2WPBA 3QF0A 2ZQ0A 1TRDA 2DZPA 3KVJA 4ZQPA 1O5XA 1WOBA 5KZEA 3PULA 4LT9A 4EF8A 5F2LA 1KV5A 1SO5A 1K02A 1ZAIA 1MEIA 4H4IA 3TC7A 3L0KA 3LI0A 4TMBA 4N4PA 1JCYA 2E68A 1ZHAA 1GPWA 3FEMA 6ALDA 5C55A 1A53A 4A21A 1YDVA 1G4EA 4HSNA 3QW3A 4JTKA 5HWNA 3NA8A 1RQEA 2ALDA 4H6KA 2G96A 3P5YA 4N6EA 1TPEA 5AYZA 5T26A 4YCPA 1JUEA 4IMGA 1Z44A 2AGKA 5D2XA 1DOSA 4IX0A 1FUYA 4DXVA 1ZJIA 4AHQA 5G2WA 3LERA 1DQWA 2W0UA 5HJLA 4O1CA 1JULA 1KFBA 2H90A 3L5MA 1X7FA 4WXZA 2QCMA 2V81A 4WY0F 4O50A 4IX2A 4CLMA 3ATZA 2ZZ5A 4FB7A 3GIYA 1OYAA 3I68A 1KM6A 4I7WA 4AWSA 5CG7A 3VFLA 1LOQA 3GXTA 1QAPA 3DHDA 2ZRVA 3W7JA 4MFDA 5BOOA 2WSYA 3O63A 4XQ6A 3EXSA 2DORA 4IGHA 3B0VC 3S1VA 4B5NA 2CZEA 1B4KA 1W5PA 2UV8G 4YL2A 4ZQMA 1HO1A 3MP3A 3P67A 1WXJA 4QAIA 5BNKA 1YDNA 3CM4A 3KX6A 4UXDA 4RKAA 4FNUA 3G0SA 3QQ1A 5GVJA 2A6NA 1H63A 2NV2A 3MI6A 5D2WA 2VFDA 4YWIA 4EVZA 1DQXA 2FLIA 1TV7A 5EYWA 1XDMA 3PSVA 2RDUA 5U7SA 1ZAJA 2CFFA 3KHJA 2JK2A 1LRTA 3NQAA 1R2RA 3GKFA 2J6XA 3KVLA 3NQDA 4XBSA 3WFAA 3ZR4A 3TAKA 2GJLA 3SIZA 1WBJA 1T96A 3MP5A 1LYXA 4UMAA 3GXNA 2O7QA 5AHFA 5AN7A 5FEWA 1KM2A 1LOLA 2ISWA 4Z1AA 5D2YA 1OFDA 4J9JA 1TJRA 1W56A 3IIZA 5DN1A 4O17A 3HMJG 2QJHA 1KA9F 4JR5A 1VPXA 3TROA 4JTIA 4RR4A 3UD6A 3RU6A 3C2OA 3TQVA 3OIXA 4Z1CA 4O28A 1QPQA 2OT0A 1S5VA 1SR9A 3IIVA 1Q6LA 4RXFA 3CQ0A 2YYTA 3QFEA 1KFJA 3DGRA 5D32A 3CPRA 1KLZA 3MI3A 3LRMA 3A9IA 2VEMA 3VKJA 2GUUA 2Z6JA 1FCUA 1U5JA 3FA5A 1W3IA 2D73A 4CNOA 3PY2A 4X22A 1YTKA 4WOQA 4DF2A 4K6AA 4O52A 2OX1A 3NL3A 4WOZA 5BMXA 2A2IA 4AWUA 1J5TA 4ML9A 3HPXA 3KOFA 4FNRA 5D03A 3U8GA 2AQWA 4LRSA 4LW7A 3UPWA 4AHOA 3LGEA 2CLHA 3NZRA 5F2IA 4OWGA 2A5HA 2CLLA 2Y61A 1G4PA 4M6QA 3MBFA 4FX6M 1OJXA 1Q6QA 4AVFA 4WUIA 4MZ1A 3SSJA 5DCBA 1EA0A 4BR1A 3DFPA 1PV8A 3LCIA 2ZRYA 3LHUA 5K4ZA 2Y7GA 5C2XA 5LGXA 2TSYA 3E49A 2GVGA 2NXGA 1W54A 4OQVA 3TQ0A 3LDVA 2Z2UA 2Y88A 3L2IA 4E2BA 2HSAA 2QAPA 3I7QA 2QJGA 3GDMA 1ZAHA 3DH7A 1JUBA 4IXXA 4XZ9A 1A5AA 5DCEA 2BZNA 1TREA 1X1ZA 3E9AA 4LS2A 2B7OA 2PRMA 3G8RA 4O54A 1VLWA 1TYGA 4O1AA 3AO0A 3SI9A 2FIQA 3PC0A 4OGZA 3S5NA 1ZNNA 4JYFA 2OJPA 3WJWA 1QR7A 5BMWA 1N7KA 4N02A 1FWRA 1OVDA 4GC4A 3KVMA 1OK4A 1ICPA 5EBUA 3HQ1A 1K7XA 1Z42A 3GNNA 5DBTA 4UTTC 3BLFA 1KFEA 4XTDA 4EWND 2ABBA 1VC4A 1B9BA 5CPNA 3EEGA 1GYNA 1TPC1 1T0OA 4M5PA 2WV8A 3W87A 3OBKA 2IQTA 3MP4A 1V7YA 3EX1A 3QSRA 3O6YX 5FF3A 3M7WA 3LCXA 3BGGA 3TDFA 1TPDA 1LZOA 4UMCA 3Q94A 1DJQA 5KTLA 3LOTA 1YXDA 5AHNA 3ANYA 4UFHA 2Y89A 1TTIA 3SR7A 2CZFA 2WNNA 3W07A 4O8RA 5HULA 4JEQA 1EB3A 3BG5A 4EOUA 1OHLA 1SO3A 3PM6A 4O19A 3EX4A 2CZDA 5I3KA 1NVMA 1F05A 3UZ5A 3PBWA 3QW4B 3TMLA 3QC3A 4MY1A 2DZVA 3BW3A 1X6UA 3JS3A 4S2BA 4UTIA 1KTBA 1VLIA 3MUXA 1LP6A 3W74A 3IVUA 1IIGA 3L65A 1JVNA 1XUUA 2QCGA 4Q33A 4PH6A 5J5DA 4JY8A 4RK8A 4GE8A 3S6DA 4A3UA 3CTLA 3MYPA 2A7RA 4ICNA 3I6RA 3DFSA 3O07A 1SFLA 3DFTA 3A21A 3GAKA 4TX9A 4Z0SA 2VEPA 3F03K 3TA6A 3H54A 2BSLA 3HG5A 2ATSA 5LHEA 4PL1A 3JRKA 3NQ2A 5F2GA 4MJZA 5ABTA 4LVDA 4Y90A 1GVQA 5FESA 1VHNA 3TJLA 1C9DA 2YDAA 4FIQA 3P61A 4KWVA 1RVGA 2CLOA 1W1ZA 4GFSA 3FYPA 5E93A 4HNNA 1W8SA 1YXCA 3FYOA 3FKKA 1H61A 3CWNA 1M7OA 5F1UA 4DELA 4A29A 2RKXA 4ZQOA 2X1SA 3W2KA 2CZ5A 4AXKA 4UR7A 1GTEA 5G1YA 1KFCA 1KV8A 1I8JA 4UCGA 5HNRA 1SZEA 1H7XA 4OT7A 3UWQA 3AJXA 4NNCA 4IPJA 4C1LA 3FOKA 3CIXA 3C61A 2ZRUA 1B4EA 3MJYA 4WQ6A 3A23A 2E6FA 3RNDA 1OF6A 3M0ZA 4O12A 1MZHA 3WJYA 2RDWA 3MHUA 2H8XA 2Q8LA 2YYUA 3G0XA 1KLYA 3OG3A 3CEPA 3OVRA 1DL3A 2NZLA 3I65A 1L6YA 4LTSA 1H7PA 1AW2A 3TV8A 5D09A 1WOAA 4QM1A 4TIMA 1XI3A 1FXQA 4UUIA 3UZJA 1V5XA 3NGJA 3WJXA 4FF7A 1D3GA 3NR0A 2ZZ4A 1VHCA 5KMYA 2R94A 5D30A 5J5RA 5BRBA 1S5TA 3L68A 2PE4A 1QFEA 1TPUA 2E6AA 4A22A 4JDYA 1EUNA 2P10A 2Z1BA 1OABA 4IXHA 2TPSA 4NNAA 2WSQA 3G1XA 1XBZA 3WJSA 2PURA 3E02A 3CU2A 1PS9A 2H3DA 2A7PA 2B7PA 3MHFA 1PL9A 2W79A 4CNPA 2YGYA 4OV9A 1Q3NA 3HGJA 2YCEA 1NEYA 4RZ6A 3LV6A 4OU1A 4L4LA 4PA8A 1JCLA 1NF7A 3G24A 1FXPA 1R2TA 1ZCOA 2CLIA 3VI2A 1LBFA 1ME7A 2DJXA 4QIUA 3HF3A 2C19A 5K9DA 1O5KA 2QJIA 1VS1A 4UFJA 2OMAA 3W76A 1RPXA 5DXYA 1EP3A 1KM1A 3BG3A 3NQEA 1G4SA 3V1PA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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