1HJQA

Structure of two fungal beta-1,4-galactanases: searching for the basis for temperature and ph optimum.
Total Genus 129
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
129
sequence length
332
structure length
332
Chain Sequence
ALQYKGVDWSSVMVEERAGVRYKNVNGQEKPLEYILAENGVNMVRQRVWVNPWDGNYNLDYNIQLARRAKAAGLGLYINFHYSDTWADPAHQTTPAGWPSDINNLAWKLYNYTLDSMNRFADAGIQVDIVSIGNEITQGLLWPLGKTNNWYNIARLLHSAAWGVKDSRLNPKPKIMVHLDNGWNWDTQNWWYTNVLSQGPFEMSDFDMMGVSFYPFYSASATLDSLRRSLNNMVSRWGKEVAVVETNWPTSCPYPRYQFPADVRNVPFSAAGQTQYIQSVANVVSSVSKGVGLFYWEPAWIHNANLGSSCADNTMFTPSGQALSSLSVFHRI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structure of Two Fungal Beta-1,4-Galactanases: Searching for the Basis for Temperature and Ph Optimum
pubmed doi rcsb
molecule keywords BETA-1,4-GALACTANASE
molecule tags Hydrolase
source organism Humicola insolens
total genus 129
structure length 332
sequence length 332
ec nomenclature ec 3.2.1.89: Arabinogalactan endo-beta-1,4-galactanase.
pdb deposition date 2003-02-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF07745 Glyco_hydro_53 Glycosyl hydrolase family 53
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 1hjqA00
3VIHA 1MFUA 2VZSA 4HA4A 1QNRA 1KB3A 4PUEA 3GNRA 4DWSA 4UFMA 2XSBA 2WLZA 2FDMA 3CZ8A 4TX8A 1V0KA 3FHQA 1EOKA 2WVVA 1XGZA 3VD3A 5DFAA 3W27A 1HJUA 1B3YA 3U7BA 4HOWA 1UH3A 3SURA 1CGUA 3VU2A 1MXGA 2X2YA 3VNZA 3KWXA 3MANA 1QBAA 1SMAA 2X0HA 5FL0A 3VINA 2PBGA 3WDRA 5I0DA 4X0VA 2YA0A 1BG4A 1UR2A 3WL1A 1ESWA 1TFVA 3AS3A 2WVUA 1E5JA 2WVSA 3G6MA 3PZVA 1BYBA 1LQ0A 2CHOA 3IAQA 5A2AA 3EDEA 3AICA 5GPRA 3CTTA 1JZ8A 3CH9A 1JZ7A 3BCDA 4UNIA 4AD3A 2AOSA 4EAMA 1UR4A 3AHTA 2E40A 3EBVA 5D9PA 1WZLA 1L8NA 4GKLA 4MDPA 1GHRA 1UWTA 4DUWA 3PZMA 5JIPA 2EEXA 4JL1A 1GQLA 1E9LA 2G3NA 4AEFA 1C93A 6TAAA 4PTVA 1RPKA 3F5KA 2WHMA 2OYLA 1HKIA 1TA3A 5IHSA 2VO5A 1BYDA 1DWAM 1I1WA 3NCOA 5KZ6A 2RGMA 1KQZA 3A47A 4AIOA 5A6BA 2IXUA 1VEPA 2BY1A 3UESA 2J47A 5A6KA 1GCYA 1UYQA 2VQUA 2DQXA 4AD2A 1FH8A 3OLIA 1LG2A 3ZOAA 4F9DA 2QLYA 1HJSA 1EDGA 1ZBCA 2GSJA 3PZOA 4P7QA 3SUUA 3LPPA 5CLWA 5IFPA 2VMFA 2NT0A 2EPLX 2A3AA 1KXTA 3FHAA 3W24A 4AZHA 4YPJA 1XD1A 2QPSA 4L4OA 1NOWA 2WM0A 2W61A 3DC0A 4WSJA 1V3LA 1E73M 4W87A 2DIEA 3ARUA 4N42A 3AROA 3UEQA 2CITA 1ZJAA 1Q6EA 3G6LA 2AAAA 2O92A 3U5UA 1BAGA 3T0BA 2WNWA 3PZIA 5JBEA 1VBUA 3BAJA 3CLWA 3PZNA 1JD9A 5A95A 3CUFA 3BH4A 4UTFA 5FIPA 4LYRA 4AZ5A 1V6YA 1UWIA 1GZJA 3NJ3A 1MYRA 1JXKA 2BVDA 1FP8A 1HNYA 3VIKA 2BXZA 1HP5A 4CD7A 1JFXA 3WH6A 1J0IA 4FLRA 4MJ4A 2F8QA 3TTYA 4PMYA 3BLKA 3CO4A 1MW3A 3FW6A 1ZU8A 4AZ7A 4ATDA 2BY3A 5HNNA 1CIUA 4GZJA 3TP4A 3WH9A 1Q6DA 2VRQA 1YQ2A 2A3BA 4V2XA 2WMGA 3AMKA 4W85A 3VM5A 5ECUA 2CBVA 3AIVA 1OT2A 1NWSA 3KL3A 4CKQA 4F8XA 1W3KA 3AMGA 3IJ9A 4TUFA 3EDKA 3S6TA 2O9RA 4Q22A 1VB9A 3ZT6A 5CSYA 4ATLA 3VDBA 3RM4A 3K8LA 3NYDA 2GFTA 2VX6A 1RP8A 3FY1A 3TA9A 1DEDA 5CLTA 5HDRA 1EIBA 4AZBA 4P7LA 4NSBA 4JFSA 3BMWA 2JEQA 1CXLA 2WCGA 5BRPA 1CXHA 3NIYA 1UD3A 1XC6A 1QI5A 3WQWA 1CGVA 2ZWZA 4TOQA 4B16A 5ABEA 1CLXA 1UOKA 3ZR5A 3GTNA 2DH3A 4PRWA 2ZE0A 3PZ9A 4NRRA 2XIBA 3I3DA 4U31A 1K9DA 2CKRA 2ZX7A 4X9YA 3VIIA 1EQPA 2ZIDA 1V6UA 2JFEX 1TR1A 3KZSA 1MW1A 3CHFA 1E6PA 2XM1A 3DECA 4J3UA 2VUYA 1UA7A 3VDHA 1FOBA 3NSMA 3W4RA 2J7EA 2PWDA 1PAMA 4WIWA 4M29A 2YJQA 3WNNA 1LG1A 3WELA 3N17A 4EE9A 3FN9A 4HOXA 2XGBA 5D8WA 2XFRA 4EANA 1W32A 2YA2A 1E1FA 4UCFA 4LYPA 4OIFA 4W5UA 3BMVA 2GVYA 1FHDA 4UFKA 1QVBA 4HZ8A 2V3FA 3MV01 2VX5A 1HN1A 1BG9A 1BGAA 2XG9A 4PTWA 2D0HA 1ZS2A 1JF5A 1E4NA 2VRKA 2VRJA 3HMCA 4Z2IA 1JDAA 4AC1X 1TVPA 1QHZA 3GXFA 2VX4A 1QI2A 5E09A 1UKPA 3VX1A 4YN5A 1W9VA 3HJEA 4E8DA 3AXXA 5A8QA 4OOZA 3CZKA 5A69A 4IPLA 3B9DA 3T08A 1F4HA 3HU7A 3WN6A 4B9YA 1HIZA 3ARTA 1LL6A 2A3HA 3NSXA 1GVYA 4C7DA 1WNOA 4N0RA 4UOZA 5E0FA 2EPOA 4OBRA 1UH4A 8A3HA 3L4YA 2DSKA 4C7GA 3VIOA 3O2LA 1HX0A 4CD6A 1VAHA 2PC8A 1UKQA 2YL8A 1MQPA 3PHAA 3RDKA 2NW0A 3OGVA 1J9YA 1GOOA 1UQYA 3CHEA 3VDAA 3K8KA 1ISWA 2WZIA 2CBJA 1FH7A 3LPOA 4PYSA 2YA1A 1WP6A 3BAIA 5A94A 3K1DA 5LYRA 1G9HA 2ZUNA 2BV9A 2QV4A 3OLDA 3PZTA 2V5DA 4AYSA 1W1VA 2VJXA 3POCA 2D0GA 3PTQA 3DHUA 1DWGM 1M7XA 1BYAA 5A1AA 3QR3A 2OWCA 4KGLA 4M80A 2CPUA 3WF1A 3MKKA 4AISA 4TVCA 5HBFA 1VRXA 5CJ5A 1E0WA 2JALA 4CD5A 4QFUA 3NUKA 4D6IA 4HMEA 5I79A 4AMCA 1MVYA 4MB3A 1J18A 3QOKA 2XUCA 2F61A 2VCCA 4QP0A 1J12A 1OGBA 1XRVA 4TX6A 3QHNA 5I5RA 3AQUA 3AS1A 2F2HA 2WXDM 2WC7A 2ZXDA 4A3HA 1US3A 3RM9A 1JZ4A 1XH2A 4MADA 3DYOA 4ML4A 1B2YA 4WSKA 4W88A 5BROA 1WZAA 3GH7A 1B9ZA 1CECA 3WD3A 1CENA 3THCA 1FFQA 4ATWA 1CPUA 2GDUA 1JGIA 3T09A 1D7FA 1E4MM 4J3XA 4HU8A 1JDDA 2WZHA 3AZTA 3UCQA 1IZKA 1YHTA 2EPNA 1UR0A 2X0YA 1MXDA 6CGTA 3WIJA 1NQ6A 3LPGA 2ZICA 4NF7A 1ODZA 1J01A 2WVTA 4TTUA 1OIFA 3WD1A 1H3GA 3WF3A 1G0CA 3WDHA 4HU0A 2Y8KA 4A4AA 2C0HA 5A8NA 1ITCA 5E70A 3MSGA 5M03A 4S3KA 3ZJ7A 4DUVA 2XFYA 4D72A 5CSUA 2YBTA 1H4PA 1OGGA 1ZB5A 3SUWA 2BVYA 5A3HA 1JAEA 4NZCA 2VNCA 3MMWA 2VQTA 1LWHA 1G5AA 2Z1SA 2XSAA 2WMIA 1K6AA 1QNOA 3DYMA 1H11A 4KRUA 3SUSA 2W92A 4JAWA 3B9AA 1CGXA 1H5VA 3CGTA 4JHOA 1AQ0A 5GNXA 2VX7A 1CLVA 1ZBKA 1JDCA 4LPCA 4F79A 4F66A 4PMDA 4W86A 1C7SA 5CZKA 4CU6A 2VVSA 1ZL1A 2J7BA 1E6ZA 2EPKX 4U33A 1O6IA 3ARZA 4WLCA 3AISA 2ZX9A 3I3BA 1CWYA 1W91A 2VCAA 1WPCA 3AI0A 2XVPA 4QLJA 1W9PA 4P8WA 3CHDA 3B9EA 2VZVA 4HMCA 2WAGA 2W91A 4PN2A 1ISVA 1AVAA 3KE0A 2BNJA 1GOQA 3WNOA 4YHEA 3L4ZA 2PWGA 4GQQA 2OSYA 1UZ1A 1LF1A 2PWHA 1WZMA 2JEPA 1W9UA 2MANA 2O9OA 2XFFA 3D5HA 2XJ7A 4JCMA 2G3MA 5GNZA 4H8VA 5CXPA 1OB0A 2VL4A 4PSPA 4MB1A 1WAWA 3VGGA 3AXIA 1E6XM 2WB5A 3MU7A 4Z2LA 2Y5EA 3GDBA 1FH9A 1E6SM 2XWDA 2J7FA 2D0FA 3ARQA 1ISYA 3WUGA 3OB8A 3VMPA 2J62A 5EFFA 1BF2A 4AEEA 4CD4A 2WK2A 2EJ1A 2FHFA 2VZTA 4TXEA 4XUYA 3WEOA 4U3AA 1W1PA 1DWFM 3CZGA 2V38A 3HN3A 1U33A 2V3GA 2YIHA 1R8LA 3VD7A 3PZQA 3VGHA 4XV0A 2E0PA 1J0KA 5D9MA 4YHGA 2V3DA 5EB8A 2WANA 1JL8A 1V08A 3GBEA 4W89A 1JFHA 3GM8A 2ZXQA 4BQ5A 2GDVA 4P8XA 3TONA 4DWSB 1E70M 1W2PA 4U2YA 4JFWA 5I3DA 4PTXA 4BA0A 1UKOA 4OUEA 1WB0A 3WH8A 1W2VA 2CYGA 1VIWA 2WKLA 4GXPA 2Q8XA 1OBAA 2OYMA 1JXJA 4D6JA 2G3JA 1BLIA 2JIEA 3WSUA 3BAWA 1H1NA 3RMEA 3CIVA 4IPNB 2VZOA 3ARXA 2BHZA 1QI4A 1VBRA 1E6NA 1GJWA 3AS0A 4DM1A 1PJ9A 2WSKA 4HPGA 5GNYA 4B3KA 2DIJA 5LA1A 2ZOXA 3WNLA 2ZUTA 3VVGA 4GI8A 2JF7A 1MFVA 4H7VA 1EDQA 2FGZA 4Z2HA 1V02A 1HVQA 1XH0A 3OIHA 3RM8A 3AIUA 1AMYA 1B3ZA 5C70A 5IHRA 1HL8A 3SCPA 4U5IA 2J7GA 4RE3A 3W38A 2WMHA 4PMZA 3OGSA 1V0MA 1W1YA 2VZUA 4DWSD 3BXWA 2J7HA 1SYTA 5A8OA 1UG6A 2E9BA 3UG4A 5I23A 1DHKA 5E6ZA 4RE2A 4H8UA 3AJ7A 3W0KA 4MNKA 3SCRA 1R7OA 2WHKA 1UH2A 5CPTA 4ACYA 4W8AA 5CQ1A 1UA3A 2WZEA 2Y24A 1E40A 2PWEA 3CHCA 4AZGA 1V02E 1PZ3A 1QPKA 4IM4A 4LQ1A 3WMSA 1U30A 2VVNA 3J7HA 5BRQA 3VNYA 3WBEA 3IANA 2YDQA 3K46A 4D6DA 4GINA 4M24A 4DM2A 1UD5A 3N11A 1VFOA 1B3XA 2J75A 4W7VA 4B9ZA 4IUGA 4JFUA 4BCEA 1Q4NX 2B31A 1RP9A 3W6MA 1PBGA 1L0PA 3OGRA 1NH6A 4HA1A 2VR5A 4JZ5A 1CZ1A 1FFRA 3UETA 1E4LA 1V0LA 4OOUA 1XV8A 4V28A 1UD6A 3ZT7A 1C7TA 4PMRA 1GOKA 4M81A 1GUVA 2EQDA 3A6OA 3VO0A 1TE1A 3CUIA 2WSPA 4UQEA 4OKDA 4QLKA 2WHJA 3W26A 1CYGA 1SFSA 2Y2WA 1JI1A 3SCSA 2DSWA 4R5EA 1BQCA 3ALGA 3AIQA 3BAKA 2W66A 3WD0A 5DMYA 1HVXA 3VD9A 2EPMX 4ZXLA 4D6CA 3GXMA 3CMGA 3ZO9A 4LXFA 5JBFA 5A6BD 2D1ZA 2EBNA 3UR8A 5I77A 3MSDA 1O7AA 3WQ6A 1XSJA 3CZLA 2DSVA 1DWHM 1WE5A 4JL2A 5AY7A 3WNPA 2YL5A 7CGTA 8CGTA 3TOPA 2WWCA 1VFMA 1W3HA 4CN1A 1TZ7A 4UZSA 1KR0A 2XYLA 3ECQA 1B3WA 2OYKA 1E55A 1UKTA 1FA2A 1VFUA 3AXHA 2DSUA 5ABHA 4Z2GA 2XM2A 4Z2KA 1H2JA 1C8YA 3VDCA 2TAAA 1ITXA 1J0JA 3VILA 3AHVA 1VJSA 3MMDA 1UR8A 3OZOA 4HZ6A 3VGEA 3WUBA 2UWFA 4M8UA 3L4VA 5HOSA 2GK1B 3N13A 4PMXA 4FF5A 4HPHA 4Z2JA 1C8QA 1EA9C 4UQCA 2YL9A 3I3EA 3T2QA 3TTQA 4AIUA 3KL0A 4JKLA 4GPNA 5EBAA 1Y7VA 2AMGA 1B31A 1FP9A 1VFFA 3OG2A 4LGXA 5A2BA 1MQQA 1B30A 4BQ2A 1HKMA 1VJZA 3WDPP 1Q6CA 3L4TA 5A6LA 4JHZA 1V6XA 1E3ZA 2G4FA 5KEZA 5CPQA 2VTFA 4CUCA 1TG7A 1CGTA 3L4WA 4JFTA 4WKHA 1PIGA 4MAZA 4WF7A 5JBDA 1OCQA 1Q6FA 1KFWA 2Z1KA 5AC5A 4P7OA 3ARPA 4GI6A 4LYQA 3AZRA 3QGVA 5DO8A 5A6SA 2V5CA 2DPEA 4PMNA 3BCFA 1OM0A 4MJ2A 1QI3A 3PZGA 2C8NA 2XTKA 1J0HA 1ZBVA 2HISA 3SCVA 3WDQA 4AXNA 1KXHA 3ZT5A 3GBDA 1JZ3A 2CCRA 1DWJM 1BGGA 3OBAA 4PUDA 2FHCA 3U5YA 2GJRA 1K9FA 3WL0A 1OD0A 1DP0A 4ACZB 2JIWA 4P8UA 4J27A 5F7UA 3WDIA 3ZMRA 3BAYA 3L2LA 1IZJA 2ZUMA 3WF0A 3O9NA 4UQAA 1HKKA 3AIBA 3W37A 1KQYA 3W53A 1BVZA 2YOCA 4AY1A 1UUQA 1X1NA 3VGDA 9CGTA 2YKKA 1E1EA 4CU8A 5AC4A 1UHVA 3L4XA 2W63A 2ZX8A 1CGWA 4J3WA 4MNLA 4QCEA 3AIWA 1WCGA 1UD8A 3GYCA 5BXTA 3W28A 4CU7A 1NOFA 2G8ZA 1JYNA 3VIFA 3WDJA 5AYBA 4D6EA 2DT0A 3LPFA 3ARYA 1WO2A 3CUHA 3AHZA 1C91A 2D2OA 2FH8A 1PX8A 1VEMA 1C3FA 2CNCA 1PEZA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3VIH A;  1MFU A;  2VZS A;  4HA4 A;  1QNR A;  1KB3 A;  4PUE A;  3GNR A;  4DWS A;  4UFM A;  2XSB A;  2WLZ A;  2FDM A;  3CZ8 A;  4TX8 A;  1V0K A;  3FHQ A;  1EOK A;  2WVV A;  1XGZ A;  3VD3 A;  5DFA A;  3W27 A;  1HJU A;  1B3Y A;  3U7B A;  4HOW A;  1UH3 A;  3SUR A;  1CGU A;  3VU2 A;  1MXG A;  2X2Y A;  3VNZ A;  3KWX A;  3MAN A;  1QBA A;  1SMA A;  2X0H A;  5FL0 A;  3VIN A;  2PBG A;  3WDR A;  5I0D A;  4X0V A;  2YA0 A;  1BG4 A;  1UR2 A;  3WL1 A;  1ESW A;  1TFV A;  3AS3 A;  2WVU A;  1E5J A;  2WVS A;  3G6M A;  3PZV A;  1BYB A;  1LQ0 A;  2CHO A;  3IAQ A;  5A2A A;  3EDE A;  3AIC A;  5GPR A;  3CTT A;  1JZ8 A;  3CH9 A;  1JZ7 A;  3BCD A;  4UNI A;  4AD3 A;  2AOS A;  4EAM A;  1UR4 A;  3AHT A;  2E40 A;  3EBV A;  5D9P A;  1WZL A;  1L8N A;  4GKL A;  4MDP A;  1GHR A;  1UWT A;  4DUW A;  3PZM A;  5JIP A;  2EEX A;  4JL1 A;  1GQL A;  1E9L A;  2G3N A;  4AEF A;  1C93 A;  6TAA A;  4PTV A;  1RPK A;  3F5K A;  2WHM A;  2OYL A;  1HKI A;  1TA3 A;  5IHS A;  2VO5 A;  1BYD A;  1DWA M;  1I1W A;  3NCO A;  5KZ6 A;  2RGM A;  1KQZ A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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