3VIPA

Crystal structure of beta-glucosidase from termite neotermes koshunensis in complex with a new glucopyranosidic product
Total Genus 200
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
200
sequence length
472
structure length
472
Chain Sequence
TVYTFPDEFKLGAATASYQIEGAWDENGKGPNIWDTLTHEHPDYVVDGATGDIADDSYHLYKEDVKILKELGAQVYRFSISWARVLPEGHDNIVNQDGIDYYNNLINELLANGIEPMVTMYHWDLPQALQDLGGWPNLVLAKYSENYARVLFKNFGDRVKLWLTFNDPLTFMDGYASEIGMAPSINTPGIGDYLAAHTVIHAHARIYHLYDQEFRAEQGGKVGISLNINWCEPATNSAEDRASCENYQQFNLGLYAHPIFTEEGDYPAVLKDRVSRNSADEGYTDSRLPQFTAEEVEYIRGTHDFLGINFYTALLGKSGVEGYEPSRYRDSGVILTQDAAWPISASSWLKVVPWGFRKELNWIKNEYNNPPVFITENGFSDYGGLNDTGRVHYYTEHLKEMLKAIHEDGVNVIGYTAWSLMDNFEWLRGYSEKFGIYAVDFEDPARPRIPKESAKVLAEIMNTRKIPERFRD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
source organism Neotermes koshunensis
publication title High-resolution structures of Neotermes koshunensis beta-glucosidase mutants provide insights into the catalytic mechanism and the synthesis of glucoconjugates
pubmed doi rcsb
molecule keywords Beta-glucosidase
total genus 200
structure length 472
sequence length 472
ec nomenclature ec 3.2.1.21: Beta-glucosidase.
pdb deposition date 2011-10-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00232 Glyco_hydro_1 Glycosyl hydrolase family 1
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 3vipA00
4JKMA 4JFVA 2WB5A 4AIOA 4OKDA 1RH9A 2J79A 3CTTA 3ZO9A 1VEOA 1TA3A 3L4YA 4M1RA 1HKMA 3CZGA 3AMKA 1GOQA 2JF7A 2W67A 5IFPA 4W86A 1D3CA 2WPGA 3NCOA 3WY1A 2FH6A 1RD6A 3W4RA 1QW8A 4MTVA 3THCA 2V5CA 3K8LA 1E4IA 2XVLA 4CN1A 3CIVA 1XYZA 5ABHA 2EPMX 1KR1A 1GQJA 4UQEA 1EDQA 3AS1A 1CXHA 1HP4A 1RP8A 3U5UA 1BG4A 2WNWA 2WWCA 4HPHA 3SEPA 3DECA 1PX3A 4CU7A 1E1FA 3RIKA 2G8ZA 1H0GA 2D0HA 1UD3A 4PN2A 3BLPX 1EGZA 2O9RA 1GW1A 1VF8A 2FHFA 5M03A 1GOKA 4W87A 3VM7A 1E6PA 3PZQA 1J0KA 1C7TA 2D3LA 3CUJA 3AICA 2WWDA 5HBFA 3K1DA 2CESA 3NUKA 1JDAA 4P7RA 4HMEA 1EO5A 4IUGA 2J78A 3TOPA 1W1VA 1E0WA 4CCCA 1AQ0A 1OT2A 5KZ6A 3N11A 4LXFA 4PCTA 5EFDA 2ZX6A 4H8VA 4AZ6A 4CCEA 1W1PA 5A6KA 4IPNB 4UCFA 5JUVA 2CHOA 3KWXA 2C7FA 3FW6A 3WFLA 3I3BA 5F7UA 5IFTA 4JIEA 2ZWZA 5D9PA 3MKKA 1PZ3A 1XH1A 4NI3A 4TVUA 4YHGA 2E8ZA 4P7LA 4TX6A 3ZSSA 4U5KA 4FLQA 1X6NA 1WB0A 5M3WA 4AEEA 2A3CA 4JKKA 3WQWA 2WC4A 4GIAA 3UERA 1ZJBA 3A4WA 1V0KA 1W3KA 4HA1A 1J0JA 2ZWYA 1UH3A 4AY1A 1L8NA 5AC5A 3L4WA 2VR5A 1CPUA 3WENA 4AD3A 4PMVA 3EMZA 2G3MA 2FH8A 1B9ZA 3WD4A 3ZSTA 1NOUA 1VFUA 5JBFA 2ZX7A 5JIWA 4URIA 1CXIA 1X6LA 4F79A 1QVBA 4H8HA 2BV9A 2ZUMA 2XGBA 1DWJM 1D2KA 2A3HA 4J3VA 3VD5A 6TAAA 5DT7A 3SUUA 2WVTA 3GBDA 4MADA 1RP9A 1V6YA 4M80A 2BY1A 3WIJA 1CBGA 2OSWA 4FLOA 2J7GA 2W92A 2XTKA 1CGVA 2CITA 4HOWA 4V2XA 2ZXAA 3FXYA 1LJYA 1WDSA 5I3DA 1IT0A 6CGTA 1CDGA 3F5KA 3CHCA 2ZICA 4C7GA 3BAIA 3ZT7A 1M04A 1WPCA 2DIEA 1ZBWA 3CUHA 5HOSA 4J3TA 3GNOA 4ZE5A 1B0IA 1S46A 1UR2A 5BXTA 1HJQA 1JZ5A 1G94A 3CUGA 5CGMA 1E1EA 1PX4A 5JBDA 4W7WA 1HXJA 3T0BA 5I23A 2W62A 1BVZA 1G9HA 5A2AA 3OBAA 2YOCA 2QHAA 4NF7A 2DH3A 1B31A 3GBEA 3ARTA 1JL8A 2CHNA 4JKLA 4BQ2A 1DWHM 2OWWA 2G4FA 1LLOA 3AHZA 2ZX5A 1Q6FA 5I77A 3VDBA 1ZL1A 1OD8A 1IZKA 3S6TA 4AD2A 1TA3B 2Y5EA 5CPQA 3AS2A 3WQVA 2ZUNA 2VNCA 2GUYA 4PMUA 4BA0A 1G5AA 5BYWA 3EYPA 3AIVA 1HJWA 3SCVA 2FDMA 4YPJA 4Z2KA 3AOFA 2WKGA 4LYQA 2X2YA 2CBVA 3LPOA 3W38A 2BY2A 4DWSB 2EPKX 2HISA 5A6JA 3FHQA 5HDRA 3ARRA 1MXDA 4N0RA 2J7DA 3AXIA 3VO0A 2WZIA 4AMCA 4TVCA 4CU8A 4HMDA 4L4OA 1QI5A 3AZTA 4QDMA 2YIHA 5DF0A 4ACZA 1CLVA 3VIGA 1K9FA 2ZUSA 1CXEA 5BXSA 3FY1A 1KB3A 4MNLA 1LL4A 4OOZA 3AIBA 1CECA 2E0PA 4X0NA 3WNPA 1JGIA 4Z2LA 2EO7A 2GJXA 1B2YA 1Q6CA 4PBGA 1JI1A 2E9LA 3VDCA 3ZT6A 4P8UA 2ZX8A 3SCPA 1LL6A 2QF8A 5FL1A 3L4TA 1E9LA 4N42A 2O92A 1OGGA 4UQ9A 3WMCA 3WDRA 3W53A 2YJQA 2GK1A 4XZWA 2VQUA 1GQIA 1GOIA 1A47A 2W61A 3SCOA 2WBKA 5DEZA 1JNEA 4PMRA 2G3NA 3EMCA 4TUFA 2YA0A 1V6VA 3VD3A 4DWSD 2EJ1A 3NSXA 2CYGA 1V02E 4DM1A 2UWFA 3WMBA 3AHXA 4C7FA 3RJYA 3DHUA 4KWUA 1GJWA 3BC9A 3CHDA 1TE1A 1EXPA 2D2OA 2CPUA 3GXDA 5I2UA 2VMFA 3BGAA 1HKJA 1UWQA 2ZXQA 4CVWA 1PIGA 1J11A 2E8YA 5TD4A 3U5YA 4M56A 1QI0A 1A3HA 1VFMA 1QW9A 4R5EA 2D20A 4JCMA 5A94A 3M07A 3O6AA 4GPNA 3UG3A 3A4AA 3IANA 4KMQA 4A3HA 2GSJA 4ZENA 3WBAA 4HA4A 5CPSA 3DC0A 4B9ZA 2VR4A 4M81A 2JF6A 3WDJA 3ARQA 4P7OA 1CLXA 3BAYA 3B9AA 1ISXA 3AIQA 4GQQA 3B9DA 4LYPA 1KQYA 4PSPA 4E4PA 4ML4A 3AJ7A 5E9AA 2IXUA 1J10A 1UKQA 3EMQA 4W89A 1DTUA 2W4XA 3I3DA 4H41A 3WDQA 3T2PA 1JZ7A 2WXDM 3OG2A 1KBKA 1M03A 1B3YA 2ZXBA 1SYTA 1UKSA 1UWTA 2XG9A 1E4LA 1EA9C 1V3HA 4MNKA 4P8XA 2V3EA 4EAMA 5EB8A 4XUYA 1JZ4A 3VIJA 3WSUA 8CGTA 1I1WA 1B3XA 3TA9A 1QHOA 5CG0A 3BH4A 4UQAA 1I1XA 2OWXA 2GDVA 2W63A 5FCZA 4AEFA 2BS9A 1IZJA 4BQ3A 4B3LA 1JXJA 5CZKA 4J3UA 2WVVA 4MB4A 1UG6A 2XWEA 1QNSA 2E3ZA 1XH2A 2GJPA 5I6SA 1NQ6A 1US2A 3PTMA 1G0CA 3VIMA 3N15A 5A8QA 3D5HA 3EDEA 3BAKA 4J27A 1KGXA 1NWSA 4F9JA 5ABEA 1WDQA 7TAAA 3W27A 2XFYA 1UKTA 4MAVA 4UFMA 5A95A 2NT0A 4CD4A 1PEZA 1U2YA 4W8BA 4TOQA 3HN3A 3QHOA 4B3KA 1XHGA 1ZBCA 1DWIM 1M7XA 2VL4A 1V3MA 5EMYA 5A6BD 4ACZB 1UR1A 3POCA 4U2YA 3UEQA 5BXRA 4AZHA 1K9EA 3MU7A 1ECEA 1EO7A 2CEQA 1C8XA 2V5DA 4D1JA 1GHRA 1H3GA 4A4AA 1TZ7A 3OIHA 1BG9A 2WMKA 1BQCA 2J8GA 1C93A 4UFHA 5GNXA 3W37A 2BNJA 1JDCA 2GJXB 3SCUA 2CKRA 1HNYA 3NYDA 1UR4A 1WZKA 1UA3A 2JIWA 4XX6A 2J47A 2IXVA 3VD4A 1UR0A 2WYSA 4K68A 3W24A 2VOTA 1W3HA 2GK1B 3APGA 1WCGA 2QPSA 1WDPA 2Y8VA 2JFEX 3OLEA 1KCKA 1UD4A 4WSJA 2WC3A 3ARVA 4E8CA 2VI0A 3BSGA 3WBEA 5CXPA 2WSPA 4UQCA 3GXFA 4CD8A 3DYMA 3VIFA 1YQ2A 3OLDA 1JF5A 2BFGA 1E73M 2DGAA 3ZT5A 3WKZA 4D6CA 1NWRA 4MAZA 5D4YA 3OZOA 1E0VA 1CXFA 2UY2A 1ODUA 3VNZA 4PUDA 1CTNA 4A3YA 3BAXA 3KL0A 4DM2A 3WEOA 1EH9A 3BXWA 3AIEA 2YDSA 3IJ9A 2XFFA 4RE4A 1CGTA 3L4UA 2BVDA 4GZJA 3MSDA 4D6HA 3SCQA 1NOWA 4FMVA 4PYSA 1LL7A 2J8FA 1PPIA 1UKPA 1B3WA 1NH6A 4HU8A 2Y4SA 2J75A 1XGZA 3JUGA 4W8AA 3VD9A 4GINA 3CUFA 3VGBA 2VC9A 3QGVA 3RCNA 5D9OA 3NSNA 2VCCA 5A6AA 2WHMA 3OGSA 1E6NA 3OGRA 3PHAA 2J7BA 4MJ2A 2PB1A 5D8WA 1O7AA 4IISA 2OSXA 1W9DM 1HL8A 2PWDA 1C90A 1W1TA 4WF7A 1MFUA 3N17A 4FLRA 3GYCA 3WL1A 5EBAA 4GI6A 1OINA 1JFHA 5A8PA 2DPEA 1E3XA 2V3FA 1CNVA 3VTRA 3RJXA 3VGDA 1BVNP 1TUXA 1FH9A 3VIKA 4AYSA 5I79A 4GQRA 3L4ZA 4JFUA 2JALA 4QFUA 1UD2A 4H8UA 3OA5A 4PTVA 2WVVB 1W9VA 3T09A 2WMIA 1MW1A 1HN1A 1W2PA 4PCSA 3UG4A 1XCXA 2QLYA 1GNXA 1PZ2A 5CSUA 1GHSA 3QOMA 1NP2A 3NIYA 1U30A 5FOOA 1CGUA 3IJ8A 4OUEA 3EDDA 3WF1A 1HF6A 1QBBA 3MUY1 3N9KA 3CBWA 5A8OA 1J01A 3WQ6A 4W5ZA 2TAAA 5D8ZA 1C8QA 3VU2A 5I24A 1N82A 3AIWA 2WC7A 3LPPA 3U57A 4B16A 3PZMA 1WZLA 3ARUA 1OGBA 1UQYA 2WLYA 1E5JA 4TTGA 1EDTA 2XUCA 3RO8A 2IUZA 1V0LA 1XRVA 4AZCA 1HJVA 4CD7A 1BYAA 2YBUA 2J25A 3OLIA 4AZ7A 3ZR6A 1LWJA 3VGGA 2AOSA 2V3GA 3MANA 1JNDA 2DH2A 4J3XA 5EFFA 1E15A 3DYPA 4TX8A 3W29A 4UTFA 4HZ6A 1E5NA 4GO9A 4B15A 1JYWA 2X05A 3WEMA 2ESCA 5AYIA 4S3JA 4AZGA 2PWFA 2J77A 3DHPA 1V08A 1OT1A 3W6LA 2BVYA 3K8MA 4TXEA 2G41A 4PSRA 3IK2A 3B8SA 2ZUVA 3WDHA 1V02A 4EKJA 2D1ZA 1UD8A 3VGEA 3VGHA 5IHSA 1V3LA 2WW5A 5KEZA 1QHPA 4JHOA 3ZOAA 2HVMA 1WDRA 4Q7NA 4UZUA 2YKKA 1MVYA 1XSIA 1EQPA 3VPLA 1HJXA 4UFKA 4P7QA 3TTQA 4NRSA 4PEEA 3WF2A 2V38A 1ZBKA 5A69A 5I5RA 1TG7A 7CGTA 3SUVA 4PUEA 1B90A 1OIMA 2PWGA 2ZIDA 3AIRA 3PZUA 1WNOA 4WKFA 2XVNA 1ISYA 3AROA 2WHJA 3PBGA 2GDUA 1TR1A 1EOKA 1FH8A 3POHA 3PN8A 1H49A 4ATWA 1PAMA 1JXKA 3AYRA 4JL2A 1OWQA 4JAWA 2XVGA 1H2JA 1BF2A 1XCWA 1QI3A 3HMCA 4MB3A 1C3FA 3GZAA 3MV11 3WD2A 4OBRA 2VUYA 1QI2A 2W5FA 4PMQA 2X09A 1DWFM 3MUZ1 1GONA 4PMYA 4PTWA 2NSXA 3TTOA 3LPGA 1SMAA 1GOOA 1PX8A 2FHBA 3SUSA 5DMYA 1EQCA 3AFBA 4D71A 3LPFA 3SURA 4MJ4A 2WZHA 3PZIA 1PBGA 2VJXA 5A2CA 4HOZA 1UKOA 3ZJ8A 2VRKA 1E55A 4J28A 1W9PA 4D6FA 5BXPA 3CH9A 1UWUA 4OIFA 2DT3A 1R7OA 2VX5A 3WEZA 4W8LA 1JFXA 3GXIA 3D3AA 1E43A 2WBGA 1KBBA 3SUTA 1KGWA 3F4VA 2WMIB 1F4AA 4E2OA 1MW3A 4M82A 4DWSC 2BXZA 3WMSA 1UZ4A 3VILA 1NWUA 1K9TA 3OLGA 2WCSA 3I3EA 1EHNA 5M5DA 2JE8A 4UFJA 3W82A 1XD1A 1GCYA 2XM2A 2WLZA 1QPKA 2NT1A 3KE0A 2QV4A 2WCGA 3KL5A 3PZTA 2VTFA 4JL1A 7A3HA 1W91A 1GPFA 1ZS2A 1E4MM 2NW0A 2J7CA 5FKYA 1TMQA 1HJUA 1KXQA 4Y7EA 2VVNA 3RM4A 3VDAA 2WMGA 3UESA 3MMDA 1AQMA 2WHKA 1IV8A 1JD7A 4EANA 2J7EA 1FOBA 1Z32X 1MXGA 4ZEPA 1UZ1A 2VZOA 3AQUA 3BMVA 3L4VA 1Q4NX 4Q22A 3TTYA 2WVUA 4RE3A 3AIUA 5C70A 4KGLA 4V28A 2XGIA 2XIIA 1EDGA 1BYBA 4UQBA 5GQBA 1XV8A 5E70A 1L0PA 1JZ2A 4W5UA 4QCEA 3WDPP 2E40A 1V3IA 2F2HA 3VMOA 4Z2IA 4FF5A 1SMDA 2Y24A 3RM8A 8A3HA 1UWRA 1Q6GA 1VAHA 4CD5A 2Z1KA 1W2VA 3WUBA 2AMGA 2EPLX 3G6MA 3AMCA 1QNRA 3ALGA 3VGFA 3MSGA 3ARYA 1B3ZA 1TVNA 3FHAA 3CZ8A 4JCLA 2Y2WA 4GKLA 2CBUA 4HOXA 3ZMRA 5FD0A 1HL9A 1E6XM 1CIUA 3LMYA 3ZJ7A 3AMGA 3WUFA 1HKKA 3AS0A 5E6YA 5JBEA 3BMWA 3RM9A 1E56A 3VD7A 1J0YA 2XWDA 5AC4A 1MFVA 2PBOA 3W6MA 1P6WA 4H7VA 1NOFA 3ARXA 4AZBA 1H41A 3FAWA 4CUCA 2WCAA 4WLCA 2CXGA 1CEOA 1UYQA 3GNRA 1UD5A 4W7UA 3AMLA 1OGSA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4JKM A;  4JFV A;  2WB5 A;  4AIO A;  4OKD A;  1RH9 A;  2J79 A;  3CTT A;  3ZO9 A;  1VEO A;  1TA3 A;  3L4Y A;  4M1R A;  1HKM A;  3CZG A;  3AMK A;  1GOQ A;  2JF7 A;  2W67 A;  5IFP A;  4W86 A;  1D3C A;  2WPG A;  3NCO A;  3WY1 A;  2FH6 A;  1RD6 A;  3W4R A;  1QW8 A;  4MTV A;  3THC A;  2V5C A;  3K8L A;  1E4I A;  2XVL A;  4CN1 A;  3CIV A;  1XYZ A;  5ABH A;  2EPM X;  1KR1 A;  1GQJ A;  4UQE A;  1EDQ A;  3AS1 A;  1CXH A;  1HP4 A;  1RP8 A;  3U5U A;  1BG4 A;  2WNW A;  2WWC A;  4HPH A;  3SEP A;  3DEC A;  1PX3 A;  4CU7 A;  1E1F A;  3RIK A;  2G8Z A;  1H0G A;  2D0H A;  1UD3 A;  4PN2 A;  3BLP X;  1EGZ A;  2O9R A;  1GW1 A;  1VF8 A;  2FHF A;  5M03 A;  1GOK A;  4W87 A;  3VM7 A;  1E6P A;  3PZQ A;  1J0K A;  1C7T A;  2D3L A;  3CUJ A;  3AIC A;  2WWD A;  5HBF A;  3K1D A;  2CES A;  3NUK A;  1JDA A;  4P7R A;  4HME A;  1EO5 A;  4IUG A;  2J78 A;  3TOP A;  1W1V A;  1E0W A;  4CCC A;  1AQ0 A;  1OT2 A;  5KZ6 A;  3N11 A;  4LXF A;  4PCT A;  5EFD A;  2ZX6 A;  4H8V A;  4AZ6 A;  4CCE A;  1W1P A;  5A6K A;  4IPN B;  4UCF A;  5JUV A;  2CHO A;  3KWX A;  2C7F A;  3FW6 A;  3WFL A;  3I3B A;  5F7U A;  5IFT A;  4JIE A;  2ZWZ A;  5D9P A;  3MKK A;  1PZ3 A;  1XH1 A;  4NI3 A;  4TVU A;  4YHG A;  2E8Z A;  4P7L A;  4TX6 A;  3ZSS A;  4U5K A;  4FLQ A;  1X6N A;  1WB0 A;  5M3W A;  4AEE A;  2A3C A;  4JKK A;  3WQW A;  2WC4 A;  4GIA A;  3UER A;  1ZJB A;  3A4W A;  1V0K A;  1W3K A;  4HA1 A;  1J0J A;  2ZWY A;  1UH3 A;  4AY1 A;  1L8N A;  5AC5 A;  3L4W A;  2VR5 A;  1CPU A;  3WEN A;  4AD3 A;  4PMV A;  3EMZ A;  2G3M A;  2FH8 A;  1B9Z A;  3WD4 A;  3ZST A;  1NOU A;  1VFU A;  5JBF A;  2ZX7 A;  5JIW A;  4URI A;  1CXI A;  1X6L A;  4F79 A;  1QVB A;  4H8H A;  2BV9 A;  2ZUM A;  2XGB A;  1DWJ M;  1D2K A;  2A3H A;  4J3V A;  3VD5 A;  6TAA A;  5DT7 A;  3SUU A;  2WVT A;  3GBD A;  4MAD A;  1RP9 A;  1V6Y A;  4M80 A;  2BY1 A;  3WIJ A;  1CBG A;  2OSW A;  4FLO A;  2J7G A;  2W92 A;  2XTK A;  1CGV A;  2CIT A;  4HOW A;  4V2X A;  2ZXA A;  3FXY A;  1LJY A;  1WDS A;  5I3D A;  1IT0 A;  6CGT A;  1CDG A;  3F5K A;  3CHC A;  2ZIC A;  4C7G A;  3BAI A;  3ZT7 A;  1M04 A;  1WPC A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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