1H09A

Multimodular pneumococcal cell wall endolysin from phage cp-1
Total Genus 92
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
92
sequence length
338
structure length
338
Chain Sequence
VKKNDLFVDVSSHNGYDITGILEQMGTTNTIIKISESTTYLNPCLSAQVEQSNPIGFYHFARFGGDVAEAEREAQFFLDNVPMQVKYLVLDYEDDPSGDAQANTNACLRFMQMIADAGYKPIYYSYKPFTHDNVDYQQILAQFPNSLWIAGYGLNDGTANFEYFPSMDGIRWWQYSSNPFDKNIVLLDDEEDDKPKTAGTWKQDSKGWWFRRNNGSFPYNKWEKIGGVWYYFDSKGYCLTSEWLKDNEKWYYLKDNGAMATGWVLVGSEWYYMDDSGAMVTGWVKYKNNWYYMTNERGNMVSNEFIKSGKGWYFMNTNGELADNPSFTKEPDGLITVA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural Basis for Selective Recognition of Pneumococcal Cell Wall by Modular Endolysin from Phage Cp-1
pubmed doi rcsb
molecule keywords LYSOZYME
molecule tags Hydrolase
source organism Bacteriophage cp-1
total genus 92
structure length 338
sequence length 338
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2002-06-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01183 Glyco_hydro_25 Glycosyl hydrolases family 25
A PF01473 CW_binding_1 Putative cell wall binding repeat
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.10.270.10 Mainly Beta Ribbon left handed beta-beta-3-solenoid Cholin Binding 1h09A02
2.20.120.10 Mainly Beta Single Sheet Multimodular pneumococcal cell wall endolysin, domain 3 Multimodular pneumococcal cell wall endolysin, domain 3 1h09A03
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 1h09A01
3SCVA 4HMDA 1GNXA 4RL3A 4GO9A 2GJRA 1FHDA 1JFHA 4ZE4A 4QCFA 4PCTA 3TONA 2V04A 1HN1A 1E4IA 3L4WA 4BQ2A 4Z2LA 3VOCA 4D6FA 2A3CA 4AEEA 1HCXA 1DWHM 4N0RA 1FA2A 2IXVA 4NBXA 1V0MA 4Q7NA 4EAMA 1VENA 3K1DA 1MWOA 1OCQA 2J47A 2PBGA 4JL2A 1B30A 4W93A 4YPJA 2AMGA 2F2HA 1CGYA 2FHBA 2J78A 1HJVA 4AZCB 2D0FA 3BCFA 3U5UA 1QHOA 3PTKA 4HZ8A 2A3HA 4KRUA 4W5ZA 2WMHA 2DT0A 1JDAA 2QMKA 4WJXA 1CGXA 1W1TA 3PTMA 1I75A 2XVPA 2XFRA 2ZXQA 1V08A 4TX8A 5D8ZA 1B2YA 4FMVA 4ATLA 2W5FA 1BF2A 4MNMA 2VZSA 1GVMA 3RPMA 3A3HA 3WDPP 4ACZA 1W32A 1EIBA 1UH2A 5EB8A 1JZ4A 2WMIB 4S3JA 1NWRA 2A3AA 3UESA 3FNDA 2CNCA 3CHDA 3IK2A 2X0YA 4B16A 4WIWA 4E2OA 1Y7VA 1J0KA 2OSXA 4M29A 4P7NA 4K68A 5D8WA 2PI6A 2XVNA 1NWUA 5AYBA 3PZVA 3K8LA 4LQ1A 3EYPA 2FDMA 4F9JA 4JKLA 3M46A 4KRTA 3VIOA 4MB3A 1E0VA 5JIPA 1MW3A 2WMGA 1PZ3A 4PBGA 2BV9A 3ZJKA 3W4RA 3WEOA 5ABFB 2CBIA 3VM5A 1U2YA 3GXMA 4PTWA 1CGTA 2E0PA 3ALFA 5FOOA 1U30A 1OB0A 2DT3A 2W92A 5ECUA 3AFBA 5DMYA 1JI2A 1HL8A 1SMDA 2A3BA 8CGTA 1QHPA 3MU7A 3HMCA 4F8XA 1KCKA 3WDHA 1WCGA 1E70M 4KGLA 2DPEA 3PZGA 3QR3A 1E3ZA 5E09A 3QOKA 3WQ8A 3PZOA 3PZ9A 1B3WA 3GDBA 1XSIA 4HOWA 4P8UA 8A3HA 1ZBVA 1FOBA 3VIKA 3BAJA 3OG2A 3WD1A 2W62A 4AIOA 1HP5A 1V3IA 1VJSA 1UR9A 2FGLA 5AC4A 5M3WA 2OYLA 3ARTA 2CHNA 1WPCA 1L8NA 1UHVA 1R7OA 2WCAA 2GFTA 3WQ4A 4PRWA 1V6YA 1EQCA 2UWFA 1W3HA 3WY1A 1FH7A 3I3EA 1GJUA 1CXKA 2GJPA 4V2XA 7CGTA 1H09A 1X1NA 1UR2A 3PBGA 1GOKA 3EMCA 4MDPA 1UWSA 3BLKA 3MO4A 2B31A 4HTYA 4IPLA 3ZSSA 5EFDA 4B9ZA 4AIUA 2VR4A 1XD1A 3WF4A 4PSRA 1ECEA 2PC8A 3HU7A 1XH2A 1EDGA 3L4UA 5GNXA 3OLIA 2E8ZA 1RPKA 3DYPA 3OBAA 3CZLA 4TXEA 3TTOA 1R7AA 3VDBA 4GI9A 3ZMRA 4ZENA 4Z2KA 2XFYA 3BC9A 4AYSA 1IV8A 1XRVA 4H7VA 1J0JA 1UD5A 2W67A 3W6MA 4JZ5A 4B15A 1BAGA 3SCTA 3AMCA 2GJXB 1TR1A 4W5UA 1NH6A 3AIEA 5E6YA 2ZWYA 2V5DA 3IANA 2G3NA 1UQZA 1JZ2A 3EDDA 2OYMA 1M53A 2UY5A 1V3MA 5JBEA 1CGVA 1E15A 1UR8A 2CETA 2BHZA 1CPUA 1TA3A 4JL1A 3VMPA 5HNNA 4BQ3A 1C90A 3N17A 4W87A 1JG9A 3VGEA 3AROA 3VX0A 4PMUA 4HA1A 1E5JA 3M7SA 1ZBWA 2J75A 4JFTA 2VYUA 1HF6A 3W28A 1ZBKA 5IFTA 2W61A 3QHOA 3ZIZA 1DWFM 1HJWA 1UWTA 4AD3A 5LYRA 1E6ZA 1E0XA 3N9KA 1UKPA 2ZUTA 3U57A 2X8OA 3N12A 2PBOA 2YDRA 1R8LA 1HJUA 4U3CA 5M17A 1E73M 4CN4A 1A47A 2WZIA 1ESWA 2J7CA 1DWIM 2V3EA 4HU0A 2VX5A 3D3AA 3AIBA 2XM1A 4GI8A 2GVYA 4PMDA 4HMEA 1TMQA 3KL3A 1KXTA 2YDQA 2CPUA 4BA0A 4KMQA 4PMRA 1JZ7A 4AWEA 2CHOA 2VQUA 3ZO9A 1XSKA 3OB8A 2ZUVA 1QOXA 1UD8A 3WBAA 1OT1A 5IHRA 4MB5A 1XHGA 3CUHA 4TX6A 1B1YA 3VNYA 1HL9A 1H2JA 2ZX5A 4JKKA 3WBEA 4W8AA 1W91A 2YLAA 1Q6GA 1OD8A 1QI0A 3BAKA 3ARYA 1DWGM 2UY4A 4M56A 2YOCA 4EKJA 3CTTA 5TD4A 1LJYA 2CBJA 2VO5A 1H4PA 1W1PA 1LLOA 3N1AA 1F4HA 4PUEA 3TP4A 3WUEA 4ZE5A 2DSVA 4W7WA 1WZMA 5JBDA 3WF1A 5IHSA 1CDGA 3VDAA 3BAXA 4H2CA 4ZFMA 1H8GA 1XH0A 4NC0A 2O9OA 1PX3A 3VMNA 1FFRA 3DECA 4GPNA 1GQIA 2WW5A 1XYZA 2Y5EA 2AAAA 3VIMA 4MAVA 4AD4A 3WNPA 1LWHA 2RGLA 4GQQA 4QLKA 4C7GA 3S6TA 1H0IA 2ZUWA 5DT5A 1JZ5A 2E9BA 3NDZA 5CLTA 4E4PA 2WC3A 4MJ2A 1UQYA 2XVKA 1E9LA 1XYFA 5CSYA 1SFSA 2VCCA 4OKDA 2E9MA 3WF0A 1HKIA 3THCA 2ZUSA 4AZIA 1CZ1A 1W9BM 1SYTA 2X8MA 1VFFA 4XB3A 5CZKA 4P7LA 1MW0A 2WC4A 4DWSA 1ZJAA 5A6BD 1PJ9A 1DWJM 2PWFA 1ZS2A 4D6IA 1XSJA 4JFSA 3OIHA 3PZQA 4PN2A 1V02E 1H1NA 1N82A 1JDDA 3WH8A 1ODUA 2WXDM 3BMVA 3IJ7A 2XFFA 4EK7A 4UFMA 3VGGA 3F5LA 3F5KA 3WF3A 1GVYA 1NOUA 2WNWA 3BLPX 3PZTA 1GONA 1KGUA 1CBGA 4D6DA 2EEXA 2BHUA 1MQQA 1D2KA 3L2LA 1OIFA 1Q6CA 1BFNA 2ZICA 2JALA 3CO4A 1LG2A 5CGTA 1JNDA 4UQCA 2BY0A 2YA0A 5D4YA 1W1VA 3OLGA 2BS9A 3CHEA 2G7CA 4UNIA 2GDUA 2ZX7A 1JFXA 3HN3A 5EBAA 2YL5A 2CBUA 5AY7A 4AZBA 5ABFA 2J7DA 2O9PA 1V6UA 1W9DM 1BGGA 5IFPA 4WK9A 3J7HA 1CECA 3UR8A 4AD2A 1BYDA 2XIBA 2OSWA 5A6LA 2WKLA 2XSAA 4TUFA 1BGAA 4OBRA 1AQMA 2QPUA 1TVNA 1VF8A 4DUWA 1ISZA 3ZSTA 3WNNA 2XTKA 5A6AA 1CXLA 2XG9A 2J7HA 2DEPA 1EQPA 3LPOA 1VEPA 1LWJA 1W2VA 2EPMX 3SCPA 5A8NA 3TTQA 2C7FA 2WC7A 3AS3A 4W85A 2PF0A 3FN9A 2QLYA 5FIPA 1XD0A 3UG5A 1MQRA 3BAWA 5I23A 3N13A 2IXUA 5M03A 3ALGA 2JEPA 1D7FA 1V03A 3GTNA 2WHLA 2ESCA 4RE2A 4MTVA 4P8XA 4WKAA 3JUGA 1JF5A 2EQDA 1W1YA 4FF5A 3VILA 3FAWA 5CLWA 4LYQA 1VBRA 1W3JA 2OLHA 1BPLB 1HT6A 5BXPA 2PB1A 4AD1A 1MYRA 2DT2A 1VRXA 2OYKA 2PWDA 4A3HA 1WZLA 2WBKA 1GQJA 3W37A 2D20A 2J7GA 2IUZA 3GM8A 3EMZA 5HPOA 2J8GA 4AISA 5C71A 2WB5A 4W8BA 1AMYA 4Y7EA 4AZHA 1QI2A 3VDCA 2YBUA 4QCEA 3EMQA 3UEQA 1ISYA 1JIBA 4PMNA 1Z32X 2WWCA 1ODZA 1UD2A 4AC1X 4XX6A 4L4OA 3IJ9A 1B31A 2WVSA 2VTFA 1E6SM 2DGAA 4PMVA 2DQXA 2BY3A 1C8XA 3L4XA 1EA9C 2XHYA 5A1AA 1HJSA 2D0GA 1MVYA 5D9PA 3VD3A 3VD5A 4PMQA 2GJXA 4V28A 3POCA 5C8BB 1UKSA 4HOXA 6CGTA 2UY3A 3NSXA 1JD9A 1KBBA 2X2YA 2V38A 3B8SA 1WKYA 3AI0A 3ARQA 4PYSA 1K9EA 2ZXDA 3GH4A 2WPGA 5I3DA 1JZ3A 2X0HA 1VFMA 4U3AA 4UOJA 1OGBA 4GXPA 3MMUA 5GNZA 2JE8A 3VO0A 3WELA 1G1YA 3WFZA 2VZVA 1H0GA 1QPKA 4UQDA 1JL8A 4YN5A 2D3NA 4J3VA 3CH9A 4LX4A 2FH6A 3I3DA 4BCEA 1C7TA 1J18A 2ZUNA 1CGUA 1QHZA 3WD2A 4QLLA 1CTNA 3PHAA 1J12A 2VX6A 2QV4A 3POHA 1B0IA 4J3SA 1TUXA 2CIPA 2F6EA 2GDVA 4HZ7A 3UR7A 1XCXA 4GI6A 5D9NA 4UQEA 1QVBA 4KWUA 5CGMA 2F61A 2RGMA 2X1IA 4B3KA 2VJXA 3RJYA 2OWCA 2PWGA 4NI3A 3BCDA 1J0IA 2YL6A 5LA2A 1MFUA 1H49A 2VC9A 5C70A 1E1FA 1MXDA 3PZUA 2VNCA 3WD4A 2WCGA 4MNKA 1UKOA 5I2UA 5DO8A 1BVNP 1MW1A 1O6IA 1BYBA 5A2CA 1JZ6A 2XGIA 1AVAA 4LGXA 3W24A 1CYGA 2ZX6A 1JDCA 1TFVA 1UR0A 4R27A 3VUPA 3VIGA 4PMXA 1WNOA 4UQBA 3OGSA 4LPCA 3W27A 4AEFA 1E71M 1UH3A 3AMDA 3GH7A 1KFWA 4MJ4A 1Q6EA 1V6VA 1NQ6A 3OLEA 2VUYA 3KE0A 4XV0A 3RILA 3ARZA 4D6CA 4TVCA 3SCOA 4A4AA 4AY1A 2WVVA 5DFAA 5A6MA 4IM4A 2WWDA 3GXDA 3F5JA 1NP0A 2G3IA 4UR9A 3IAPA 4BZYA 3AHVA 4TTGA 1RD6A 1KXHA 3AIWA 2J74A 3OGVA 3W25A 3SCRA 5I5RA 1EH9A 3LPFA 1CNVA 4MNJA 3WEZA 1CLVA 3AISA 2ZIDA 2D0HA 3T0AA 3AIUA 1E72M 4MPKA 3K8KA 4JFWA 1EHNA 4D6JA 3AIRA 1HVXA 1QNSA 3CZGA 4C7DA 1QI5A 1HKMA 4D1JA 5AYIA 1M04A 4WKFA 4BQ5A 3VVGA 4X0NA 4GZIA 3WUBA 1OINA 4Z2HA 4W7VA 1KWGA 1E1EA 3N18A 4WKHA 4CD5A 3SCWA 5I79A 5BYWA 5CXPA 3S2CA 1UWRA 3VDHA 4CKQA 2EO7A 5A2BA 4AZ5A 4NRSA 2UY2A 3WIJA 1JI1A 3SUWA 2EPNA 2WCSA 3VGFA 2FH8A 3W81A 2Y2WA 3WNLA 4BQ4A 4CVUA 1FP9A 3MS8A 2BMLA 3NSMA 4KH2A 3RJXA 3W82A 2WVUA 2J7EA 5M5DA 2EPOA 2D24A 2GUYA 2FHCA 3VGHA 3RCNA 1ISVA 3ARSA 3CUGA 3QHMA 3AS0A 3PTQA 3CMGA 4UOQA 1GOOA 3BAYA 3MMDA 2XIIA 2X09A 3PZIA 3RMEA 2WANA 2AOSA 2VR5A 5A2AA 2FHFA 1QI4A 1JYVA 3FXYA 1M03A 1BSIA 1QNQA 2J7FA 1GQKA 3OA5A 4JCMA 3SCQA 1PBGA 1WDPA 2XYLA 1ZU8A 4UQAA 3AIVA 1PIFA 4ATDA 3DYMA 3AZSA 1UR1A 5GNYA 1W9XA 2WVTA 1BG4A 1J0HA 1E4NA 1QI3A 2ZUMA 2XSBA 4B3LA 1G9HA 1EXPA 4DUXA 1UZ4A 2ZOXA 5I77A 4H8HA 3FW6A 4D71A 2YA2A 4U5IA 5D9MA 1FFQA 1VEOA 3FY1A 4AZ6A 4U31A 5EMYA 1OBAA 3A4AA 4A3YA 3K4AA 2CXGA 1WDQA 3CZ8A 2BVDA 3CLWA 3WSUA 1DP0A 2JIWA 5A6KA 1PX4A 2NT0A 4J28A 3W53A 1I1WA 1UH4A 4MAZA 4UTFA 1E56A 4KGJA 2YL9A 2VZUA 1TG7A 4R5EA 1QBBA 3DHUA 5CG0A 1NWTA 4X36A 4HOZA 3WD3A 1B3YA 5CPTA 2YKKA 3GNRA 3A4WA 4JFVA 1UA3A 4J27A 4OZOA 1JYXA 2WKGA 4P8WA 2YJQA 1X6NA 5A6SA 3U7BA 4W84A 3VIPA 1BTCA 2WHJA 2ZE0A 3MUY1 4QDMA 3G6LA 1W9VA 1R85A 4MNLA 4W7UA 5LA0A 4OOUA 1SMAA 1E3XA 1GOQA 2WK2A 3VIJA 4PMYA 1UD6A 1KR1A 3W38A 3L4YA 4AZCA 1M01A 2WHKA 2DT1A 2YBTA 1E6NA 1KXVA 1UWIA 3TTSA 5EFFA 3TOPA 2J62A 2EBNA 4NZCA 1H41A 3E1F1 1KGXA 1GHRA 1W9PA 3ZR6A 3L4ZA 4IPNB 1GOMA 3L4VA 3K8MA 1YHTA 1UWQA 1CXIA 2DDXA 2ZUUA 4EE9A 4W8LA 5ABEA 5A95A 1VJZA 3SCSA 1EOMA 3ARWA 2EXOA 3BH4A 4D6HA 4TVDA 3MSDA 1I1XA 3EDKA 2J8FA 1HXJA 4PEEA 1HIZA 2DH3A 2NT1A 3HJEA 2WMIA 3RO8A 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3SCV A;  4HMD A;  1GNX A;  4RL3 A;  4GO9 A;  2GJR A;  1FHD A;  1JFH A;  4ZE4 A;  4QCF A;  4PCT A;  3TON A;  2V04 A;  1HN1 A;  1E4I A;  3L4W A;  4BQ2 A;  4Z2L A;  3VOC A;  4D6F A;  2A3C A;  4AEE A;  1HCX A;  1DWH M;  4N0R A;  1FA2 A;  2IXV A;  4NBX A;  1V0M A;  4Q7N A;  4EAM A;  1VEN A;  3K1D A;  1MWO A;  1OCQ A;  2J47 A;  2PBG A;  4JL2 A;  1B30 A;  4W93 A;  4YPJ A;  2AMG A;  2F2H A;  1CGY A;  2FHB A;  2J78 A;  1HJV A;  4AZC B;  2D0F A;  3BCF A;  3U5U A;  1QHO A;  3PTK A;  4HZ8 A;  2A3H A;  4KRU A;  4W5Z A;  2WMH A;  2DT0 A;  1JDA A;  2QMK A;  4WJX A;  1CGX A;  1W1T A;  3PTM A;  1I75 A;  2XVP A;  2XFR A;  2ZXQ A;  1V08 A;  4TX8 A;  5D8Z A;  1B2Y A;  4FMV A;  4ATL A;  2W5F A;  1BF2 A;  4MNM A;  2VZS A;  1GVM A;  3RPM A;  3A3H A;  3WDP P;  4ACZ A;  1W32 A;  1EIB A;  1UH2 A;  5EB8 A;  1JZ4 A;  2WMI B;  4S3J A;  1NWR A;  2A3A A;  3UES A;  3FND A;  2CNC A;  3CHD A;  3IK2 A;  2X0Y A;  4B16 A;  4WIW A;  4E2O A;  1Y7V A;  1J0K A;  2OSX A;  4M29 A;  4P7N A;  4K68 A;  5D8W A;  2PI6 A;  2XVN A;  1NWU A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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